PLoS ONE: DSIR: arviointi suunnittelu erittäin voimakkaita siRNA testaamalla Set of Cancer-merkitykselliset kohdegeenien
tiivistelmä Kemiallisesti syntetisoitu Sirna (siRNA) on laajalle levinnyt molekyyli väline kaataa geenejä nisäkässoluissa. Kuitenkin suunnittelemalla voimakas siRNA edelleen haastava. Joukossa työkalut ennustamiseen siRNA tehoa, hyvin harvat ovat validoitu endogeeniseen tavoitteet realistisia koeolosuhteissa. Olemme aiemmin kuvattu apuna tehokasta siRNA suunnittelu (DSIR, muotoilija siRNA), joka keskittyy luontaisista ominaisuuksista siRNA järjestyksessä. Täällä arvioimme DSIR suorituskykyä systemaattisesti tutkimalla tehon siRNA se suunnittelee kohdistaa kymmeneen syöpään liittyvien geenien. mRNA pudotus mitattiin kvantitatiivisella RT-PCR: llä soluihin perustuvissa määrityksissä, paljastaa, että yli 60% siRNA-sekvenssejä suunnitteli DSIR vaimennettu
Read more