Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Kallikrein 15 ( KLK15) /Prostinogen

on uskottava ehdokas eturauhassyövän alttiuden. Kohonnut

KLK15

ilme on raportoitu eturauhasen syöpä ja se on kuvattu epäsuotuisa ennustetekijöitä merkkiaine taudin.

Tavoitteet

Me tehdään kattava analyysi yhdistyksen variantit

KLK15

geenin eturauhassyövän riskiä ja aggressiivisuus genotyyppaamalla tagSNPs sekä otaksuttu toiminnallinen SNP tunnistettu laaja bioinformatiikan analyysi.

ja tietolähde

Kaksitoista ulos 22 SNP, valitaan sen perusteella, kytkentäepätasapainossa kuvio, analysoitiin Australian näyte 1,011 histologisesti varmistettu eturauhassyöpä tapauksia ja 1405 etnisesti verrokkiin. Replikointi haettiin kahden nykyisen genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS): Syöpä Genetic merkkiaineet herkkyys (CGEMS) hanke ja UK GWAS tutkimus.

Tulokset

Kaksi

KLK15

SNP, rs2659053 ja rs3745522, ilmeni merkkejä yhdistyksen (p 0,05), mutta eivät olleet läsnä GWAS alustoilla.

KLK15

SNP rs2659056 todettiin liittyvän eturauhassyöpään aggressiivisuus ja osoittivat todisteita yhdistyksen replikaation kohortin 5051 potilasta Britanniassa, Australiassa, ja CGEMS aineisto Yhdysvaltain näytteitä. Erittäin merkittävää yhteyttä Gleason havaittiin, kun tiedot yhdistettiin näistä kolmesta tutkimuksesta, jossa on Odds Ratio (OR) 0,85 (95% CI = +0,77-+0,93; p = 2,7 × 10

-4). Rs2659056 SNP ennustetaan muuttaa sitoutumisen RORalpha transkriptiotekijän, joka on rooli valvonnassa solujen kasvua ja erilaistumista, ja on ehdotettu ohjaamaan metastaattisen käyttäytymisen eturauhasen syöpäsoluja.

Päätelmät

Tulosten perusteella näyttää rooli

KLK15

geneettistä vaihtelua etiologiassa miesten eturauhassyöpä Euroopan syntyperä, vaikka lisätutkimuksia erittäin suuren otoksen sarjat ovat tarpeen vahvistaa vaikutus kokoja.

Citation: Batra J, Lose F, O’Maran T, Marquart L, Stephens C, Alexander K, et al. (2011) välisestä assosiaatiosta

Prostinogen (KLK15) B geneettisiä variantteja ja Eturauhassyöpä Risk ja aggressiivisuus Australiassa ja meta-analyysi GWAS Data. PLoS ONE 6 (11): e26527. doi: 10,1371 /journal.pone.0026527

Editor: Ronaldo Araujo, Federal University of São Paulo, Brasilia

vastaanotettu: toukokuu 10, 2011; Hyväksytty: 28 syyskuu 2011; Julkaistu: 23 marraskuu 2011

Copyright: © 2011 Batra et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tutkimus rahoittivat seuraavasti: National Health ja Medical Research Council (NHMRC, https://www.nhmrc.gov.au/) myöntää 390130, 290456, 614296, 1009458; Eturauhassyöpä Foundation of Australia (puitesopimuksesta, https://www.prostate.org.au/articleLive/) myöntää PG7 (A. B. Spurdle); NHMRC Senior Research Fellowship (A. B. Spurdle); NHMRC Principal Research Fellowship (J. A. Clements); NHMRC Varhainen ura Fellowship ja Institute of Health ja biolääketieteen Innovation (IHBI) Post tohtorin Fellowship (J. Batra); Australian jatko palkinto, IHBI Award ja Queensland hallituksen Smart State palkinnot (T. O’Maran), NHMRC urakehitys Award (S. K. Chambers); Syöpä neuvoston Queensland, eturauhassyöpä tutkimusohjelma (S. K. Chambers). UK tuki tuli seuraavista: Cancer Research UK myöntävät C5047 /A3354; Cancer Research UK Principal Research Fellowship (D. F. Easton); Institute of Cancer Research ja The Everyman kampanja; Eturauhassyövän Research Foundation, UK; Eturauhasen Research Campaign UK; National Cancer Research Network UK; National Cancer Research Institute (NCRI) UK; Health Technology Assessment Programme projektit 96/20/06 96/20/99; Department of Health, Englanti; Cancer Research UK avustus C522 /A8649; Medical Research Council of England avustuksen G0500966, ID 75466; NCRI, UK; Southwest National Health Service Tutkimus ja kehitys; National Institute for Health Research. Näkemykset ja esitetyistä arvioista ovat kirjoittajien omia eivätkä välttämättä edusta Department of Health Englannissa. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

eturauhassyöpä on yleisin syöpä (jälkeen ihosyöpä) länsimaissa yhdellä yhdeksässä miesten odotetaan kehittyvän eturauhassyövän vuotiaana 75 ja 20000 uutta tapausta diagnosoidaan vuosittain Australiassa (eturauhassyöpä Foundation Australian, https://www.prostate.org.au, 2010). Ikä, rotu ja suvussa eturauhassyöpää ovat vakiintuneita riskitekijöitä eturauhassyövän [1]. Lisäksi on olemassa vankkaa näyttöä varten geneettinen perusta taustalla riski eturauhassyövän [2], [3]. Kromosomaalinen alue 19q12-13 on huomattavaa kiinnostusta, koska edellinen geeni ja proteiinin ilmentyminen tutkimukset ovat osoittaneet tämän alueen satamaan sekä eturauhassyövän alttiuden ja aggressiivisuus loci [4], [5], [6], [7]. Ihmisen

Kallikrein

(

KLK

) geeniperheen käsittää 15 geenejä ja on ryhmitelty yhteen pienellä alueella noin 320 kb kromosomissa 19q13.4 [7], [8], [9 ].

KLK15

(kutsutaan myös Prostinogen) on viimeksi kloonattu jäsen ihmisen

Kallikrein

geeniperheen ja vieressä on

KLK3 /prostataspesifisen antigeenin (PSA) B geneettisessä sijainti [10], [11].

KLK15

on raportoitu voimistuvan mRNA-tasolla eturauhassyövässä [11], [12], [13] ja on kuvattu epäsuotuisa prognostinen markkeri eturauhassyövän etenemisen seuraavat eturauhasen [14] .

KLK15

on myös raportoitu olevan merkittävä ennustaja pienentää ilman taudin etenemistä ja kokonaiselinaika munasarjasyövän [15] ja suotuisan prognostinen markkeri rintasyövän [16].

Opiskelu on

KLK

geneettisiä variantteja ja niiden yhteydessä syöpä on kasvanut viime vuosina, jonka tarkoituksena ymmärtää paremmin biologiaa syöpien ja kehittää mahdollisia uusia tavoitteita geenitestien suhteen syöpäriski ja ennusteen arvioinnissa [ ,,,0],6], [10], [17], [18], [19], [20], [21], [22]. Äskettäin genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) ovat tunnistaneet useita yhden nukleotidin polymorfismien (SNP), jotka liittyvät riski sairastua eturauhassyöpään. Yksi näistä osumia, rs2735839, on lähellä

KLK3

(PSA) geenin [23], [24]. On jonkin verran keskustelua siitä, onko SNP liittyy eturauhassyöpään tai yksinkertaisesti korreloi PSA ekspressiotasoja, kontrolleina käytettiin vaiheessa 1 tämän GWAS rajoittuivat niihin, joilla on alhainen PSA-arvot ( 0,5 ng /ml) [19] , [23]. Nämä tulokset toistettavissa tutkimuksissa PSA valitsematta tarkastuksia, myös meidän tutkimusryhmän [23], mikä merkitsee, että on tärkeää tämän alueen eturauhassyövässä. Erityisesti koska

KLK15

sijaitsee lähellä

KLK3

, ja näyttää muuttunut ilmentyminen eturauhassyövässä, se on hyvin uskottava ehdokas eturauhassyövän geenin.

Vaikka jotkin

KLK15

SNP on genotyyppi GWAS, suuri enemmistö vaihtelu

KLK15

geeni edelleen tutkimatta varten yhdessä eturauhassyöpää. Tutkimus useita julkisia tietokantoja, kuten NCBI Entrez-dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/db=snp), paljastaa edellä mainittu GWAS alustat kattavat noin 6-55% on validoitu vaihtelu

KLK

geenejä (Lose, Batra

et al

, julkaisematon data, 2010). Nämä havainnot sai meidät tekemään yhdistyksen tutkimuksen välillä kaksikymmentäkaksi

KLK15

SNP, tunnistetaan

in silico

ja sekvensointi lähestymistapoja, joissa riski eturauhassyövän suuri joukko Australian men kanssa eturauhassyöpä ja mies ei säätele seulottiin PSA-arvot. SNP todettu liittyvän eturauhassyövän riskiä ja /tai aggressiivisuutta arvioitiin myös käyttämällä GWAS tietojen ylimääräisiä replikointi aineistot Britanniassa, Australiassa [24] ja USA [25].

Tulokset

in silico

analyysi,

KLK15

promoottori sekvensointi ja kytkentäepätasapaino- kartoitus

Olemme käyttäneet

in silico

ennustamisessa toiminta villityypin ja variantti promoottorisekvenssit kautta arviointi hormonin reseptorin elementtejä ja transkriptiotekijän sitoutumiskohtia; sekä ennustaminen todennäköisesti silmukoitumisvariantit kautta genomista, liittämiseen ja EST-tietokannat ja verkkosivuja, ja useita sekvenssin rinnastus paketteja kuten aiemmin on kuvattu [26]. Sekvensoimme ituradan DNA 20 aggressiivinen eturauhassyöpä potilailla (Gleason pisteet 7) sisällä oletetun

KLK15

promoottori ja havaittiin 20 SNP (6 jotka luokiteltiin ei vahvista NCBI-tietokanta aikaan luonti ). Seitsemän validoimattomia SNP NCBI tietokannasta havaittiin olevan ei-polymorfisen meidän sekvensointi kohortissa. Lisäksi tunnistimme kahta uutta SNP, mutta kumpikaan ennustettiin

in silico

olla toiminnallista roolia ja siksi ei pidetty edelleen genotyypitys.

SNP valittu Genotyyppausanalyysiin tässä tutkimuksessa olivat (i ) tunnistettiin koodaus SNP käyttäen HapMap version 22 (huhtikuu 07), käyttäen pieniä alleelin taajuus 0,05 ja pareittain kytkentäepätasapaino- kynnys r

2 0,8 (rs2659058, rs3212810, rs3745522, rs2659056, rs266851, rs2163861, rs266856) tai (ii) on valittu, koska

in silico

ennustamisessa toiminnallinen vaikutus

KLK15

ilmaisu (rs3212853, rs3212852, rs16987576, rs2659055, rs266853, rs266854, rs190552, rs266855, rs2739442, rs2033496, rs12978902, rs2659053, rs2569746, rs35711205, rs2569747) (taulukko S1). Koska taajuus tiedot monet näistä SNP ei ollut saatavilla, me genotyyppi kaikki 22 SNP 1000 mies valvontaa ja tuotti kytkentäepätasapaino- (LD) kartan Haploview 4,2 (kuva S1). Kaikki SNP paitsi rs3745522 havaittiin seurata Hardy-Weinberg Equilibrium (p 0,01) (taulukko S1). SNP rs12978902 oli ei-polymorfisen, kun taas rs3212853, rs3212852, rs16987576, rs266853 ja rs266854 havaittiin olevan vähäinen alleelifrekvenssit 0,05 (taulukko S1), joten ei jatkettu yhdistyksen analyysiä. SNP korkean LD muiden SNP (r

2 0,9; rs2163861, rs266856, rs2033496, rs2569747) ei myöskään analysoitu tarkemmin. Etusijalle asetettiin otaksuttu toiminnallinen SNP, joissa on yhteensä 12 SNP ehdolla edelleen genotyypitykseen Australian eturauhassyövän potilaiden ja verrokkien (taulukko S1).

Association eturauhasen syöpään ja taudin aggressiivisuus

Aluksi DNA 1011 miesten äskettäin diagnosoitu eturauhassyöpä ja 1405 male kontrollit Queensland (QLD), Australia, analysoitiin tässä tutkimuksessa. Taulukko 1 esittää useita sosiodemograafiset ja kliiniset ominaisuudet QLD näytejoukon tutkittu. Tarkempia SNP jossa replikointi haettiin, enintään 10685 eturauhassyövän tapauksista ja 12515 verrokkia UK, Australia ja USA olivat mukana tutkimuksessa.

Kun kaksitoista

KLK15

SNP arvioitiin erikseen (taulukko S2) Australian näytejoukon kaksi havaittiin marginaalisesti liittyy eturauhassyövän riskiä (taulukko 2), joista kumpikaan ei tietoja saatavilla nykyisistä UK GWAS ja CGEMS näytejoukoilla. Ikä säätää tai rs2659053 oli 1,25 (95% CI = 1,04-1,50; p = 0,050), että GA genotyypin verrattuna villityyppiin GG-genotyyppi. CG genotyyppi rs35711205 näytetään OR = 1,27 (95% CI = 1,06-1,52; p = 0,027) verrattuna yhteiseen CC-genotyyppi (taulukko 2). Jotta saataisiin enemmän verrattavissa ikäjakauma, me analysoitiin uudelleen tietomme ilman kaikkia ohjaimia nuorempia kuin nuorin tapauksessa (eli kaikki tarkastukset vähintään 43-vuotiaat, N = 70) ja samanlaisia ​​tuloksia saatiin molemmilta SNP (rs2659053: OR = 1,25, 95 % CI = 1,05-1,51, rs35711205: OR = 1,28, 95% CI = 1,07-1,53). Havaitsimme myös samanlainen tulos, kun tapaus-verrokki analyysi rajoitettiin valkoihoisiin (tietoja ei esitetty) tai kun analyysit mukana aggressiivinen potilaille ainoastaan ​​(Gleason score≥7) (Täydentävä taulukko S2). Nämä SNP: tä ei todettu merkitsevää yhteyttä eturauhasen syöpäriskin Äskettäin julkaistussa tutkimuksessa, jossa tulokset imputoimaan nextgen sekvenointitulosten ja PLCO tutkimus ryhmä CGEMS aineisto, taulukko 2 [27].

KLK15

SNP rs2659056 todettiin liittyvän eturauhassyövän riskiä UK vaiheessa 1 GWAS vain, OR = 2,01 (95% CI = 1,50-2,68; p = 5,45 x 10

-7) , mutta ei todettu merkittävästi liittyvän eturauhassyövän riskiä QLD aineisto (OR = 1,16, 95% CI = 0,83-1,62; p = 0,41) tai PLCO tutkimuksen ryhmä CGEMS aineisto (OR = 0,95, 95% CI = 0,68-1,33; p = 0,94) (taulukko S2).

analyysi yhdistyksen rs2659056 kanssa Gleason tulokset käyttäen tapaus tapaukselta analyysi QLD aineisto paljasti merkittävää yhteyttä (taulukko 3). C-alleeli oli huomattavasti yleisempää potilailla, joilla on vähemmän aggressiivisia tauti verrattuna potilaisiin, joiden aggressiivisempi taudin per alleeli OR = 0,70, 95% CI = +0,56-+0,89; p = 0,003) (taulukko 4). Analyysi tämän SNP on käytettävissä replikointi sarjat osoittivat todisteita yhdistyksen Britanniassa vaiheessa 3 aineisto (OR = 0,87, 95% CI = 0,78-0,98; p = 0,020), ja tulokset olivat samassa suunnan CGEMS aineisto (OR = 0,93, 95% CI = 0,77-1,12; p = 0,43), mutta ei muita 2 tutkimukset (taulukko 4, kuvio S2). Yhdistetty arviot kaikki 5 tutkimuksissa oli OR = 0,92 (95% CI = 0,86-0,98), mutta merkittävää näyttöä siitä heterogeenisyys (p = 0,023). Heterogeenisuus syrjäisimpien alueiden minimoitiin kun rajoittanut yhdistetyn analyysin QLD, UK GWAS vaihe 3 ja CGEMS aineistot (heterogeenisuus p = 0,86). Hyödyntämällä nämä kolme aineistoja, yhdistetty OR 0,85 (95% CI = 0,77-0,93; p = 2,7 × 10

-4) havaittiin rs2659056.

Keskustelu

nykyisessä tutkimuksessa, 12 SNP genotyypattiin vuonna 1011 Australian eturauhassyöpätapauksia ja 1405 male valvonta peräisin alun perin valitun joukon 22 SNP (7 tag SNP päässä HapMap ja 15 SNP on valittu sen perusteella,

vuonna silico

analyysi). Kaksi SNP, rs2659053 ja rs35711205, läsnä oletetun promoottorialueen

KLK15

geeni (molemmat ylävirtaan eksonin ”A”) [26], ilmeni merkkejä assosiaatio eturauhassyövän riskiä. Kuitenkin tuoreessa tutkimuksessa, ja 1179 tapauksia ja 1124 verrokeilla, julkaisija Parikhin

et al

, nämä kaksi SNP: tä ei todettu merkitsevää yhteyttä eturauhassyövän riskiä mistä laskennallisen data PLCO kohortin [ ,,,0],27]. Vaikka tämä voisi päätellä, että havainnot kuvastavat vääriä positiivisia yhdistysten parhaan tietomme näistä SNP ei ole suoraan genotyypitetty aiemmissa GWAS [28] [25] tai kandidaattigeenifragmenttikloonien yhdistys tutkimukset keskittyivät

Kallikrein

locus [19] ja siksi tarvitaan replikaatioon isompi näytejoukolla.

KLK15

tagSNP rs2659056 todettiin olevan merkitsevästi yhteydessä eturauhassyövän riskiä ainoastaan ​​Britanniassa GWAS vaiheessa 1 aineisto, mutta ei muita aineistoja. Tämä voi mahdollisesti johtua eri potilaiden ja ohjaus valintakriteerit. Erityisesti Britanniassa GWAS vaiheen 1 ehkäiseminen [24] valittiin suunnittelu alhainen PSA ( 0,5 ng /ml) ja mitään rajoituksia asetettiin tapauskohtaisesti PSA-arvot, kun taas vaihe 2 ja vaihe 3 UK GWAS aineistoja, osoittaen heikennettyjä riskiestimaattien oli väljemmät valikoima säätimiä (PSA taso 10 ja vaativat negatiivinen eturauhasen koepala jos PSA oli 4). Lisäksi QLD ja CGEMS näytteet osoittavat ole yhteyttä vaaraa ei ollut valikoima säätimiä PSA. Tämän tueksi selityksen, ohjaus alleelin taajuus Britanniassa vaiheessa 1 aineisto eroaa verrattuna muihin aineistoja (p = 0,0001). Mielenkiintoista, löysimme merkittävä yhdistys saman SNP eturauhassyövän aggressiivisuuden meidän QLD tutkimuskohortissa. Ei ollut genotyypin assosiaatio rs2659056 SNP ja erilaisia ​​muita kliinisiä merkkiaineita terveillä miehillä, mukaan lukien seerumin sterilisaatio (p = 0,89), ja alkoholin kulutus (p = 0,30), mikä näiden kliinisten muuttujien ei sekoittava tuloksemme. Oli todisteita uusittavissa Britanniassa GWAS vaiheen 3 aineisto yli 3000 potilasta Britanniassa ja Australiassa sekä CGEMS tutkimuksessa ~1,000 US potilaiden assosiointi rs2659056 SNP ja eturauhassyövän aggressiivisuus, mutta ei Yhdistyneessä kuningaskunnassa GWAS vaihe 1 ja vaihe 2 aineistoja, joilla on merkittävää heterogeenisyyttä havaitaan yli aineistoja ajaa Britannian GWAS vaihe 1 ja vaihe 2 aineisto. Tämä heterogeenisuus selittyy osittain eroista kasvain luokitukset urologien eri maissa, sekä eri potilasrekrytointi kriteereihin näytejoukoille – esimerkiksi Australian potilaan näytteet patologia-vahvistettu potilailla, joilla oli oireista tautia , kun taas Britanniassa GWAS vaiheen 1 näytteet havaittiin PSA ja myös runsaasti varhaisia ​​puhkeaminen sairauden tai potilaalla on suvussa eturauhassyöpää. Tämä mielenkiintoinen havainto hyötyisivät edelleen lisääntymään hyvin laaja konsortio näytejoukoille, kuten käytännön (

Pr

ostate

c

Ancer

ssociation ryhmä

t

o

i

nvestigate

c

Ancer

ssociated

l

terations genomissa konsortio).

SNP rs2659056 valittiin HapMap tagSNP, mutta sijaitsee geenin säätelyalue ~400 bps alavirtaan äskettäin tunnistettu

KLK15

eksonin [26]. Sen arvioidun mahdollinen yhteys vaikutus transkriptiotekijän Sitoutumisaffiniteetit tutkia, jos se voisi muuttaa

KLK15

geenien ilmentymisen kautta tämä mekanismi. TFSEARCH (https://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html) tietokantaan osoitti, että A-G muutos rs2659056 lisää pisteitä sitoutumisen orpo tumareseptori RORalpha, jonka on osoitettu olevan osallisena valvonnassa solujen kasvun ja erilaistumisen sekä valvontaa metastaattisen käyttäytymisen androgeenista riippumattoman eturauhassyövän soluissa [29]. Niinpä yhdistys rs2659056 SNP eturauhassyövän aggressiivisuus, jos vahvistetaan suuremmissa tutkimuksissa, olisi etusijalle rs2659056 SNP itseään mahdollisimman aiheuttavana SNP.

linjassa tuloksia, Parikhin

et al

äskettäin merkitykselliset yhdistysten välillä

KLK3

SNP-aggressiiviset eturauhassyövän vain [27]. Tuloksemme ja että Parikhin

et al

viittaavat siihen, että riski havaitut vaikutukset PSA lokuksen saattaa olla seurausta tunnistamisen miesten kliinisesti merkityksettömiä ja ei-hengenvaarallinen eturauhasen syöpiä käyttämällä PSA seulontaan eturauhasen syöpä. On kuitenkin mahdollista, että

Kallikrein

locus SNP edistää PSA-tasoihin ja eturauhassyövän itsenäisesti, ja siten tarvitaan lisätutkimuksia hahmotella rooliin

Kallikrein

locus SNP eturauhassyövän verestä.

Johtopäätöksenä tämä työ edustaa perusteellisen tutkimuksen geneettisen vaihtelun

Prostinogen Twitter /

KLK15

geeni. Meidän tutkimus on tehty enintään käyttämällä olemassa olevia tietokantoja ja bioinformatiikan ohjelmistoja suosikkeihin SNP sisällytettäväksi eturauhassyövän geneettinen yhdistys tutkimus. Havaitsimme rs2659056 liittyvän kasvaimen aggressiivisuus QLD näytejoukolla ja tämä tulos toistui kaksi suurta kansainvälistä ikäluokat. Muita kokeellista näyttöä tarvitaan toistamaan tuloksemme ja ymmärtää vaikutuksia tämän variantin sääntelystä

KLK15

ilmaisun, ja sen suhdetta PSA tasoilla ja mahdolliset sekoittavat tekijät käyttöön tapaus ja ohjaus valintakriteerit perustuvat PSA-arvot .

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

tutkimusprotokolla hyväksyi Human Research Ethics komiteoiden QUT, QIMR, Mater sairaala (Brisbane Private sairaala), Royal Brisbane Hospital, prinsessa Alexandra sairaala ja Cancer neuvoston Queensland. Kaikki osallistujat antoivat kirjallisen tietoisen suostumuksensa.

TET

Queensland (QLD) eturauhassyövän tapauksissa ja valvontaa.

Queensland eturauhassyöpätapauksia (N = 1011) on varmistanut kaksi opinnot. Ensimmäisessä poikkileikkaustutkimuksen, miesten eturauhassyövän rekrytoitiin kahden vuoden kuluessa diagnoosin kautta urologi lähetteet kolmesta sairaalat Brisbane, Queensland (N = 154, ikä 51-87 vuotta) [17]. Toisessa pitkittäinen satunnaistetussa ohjaus koetutkimuksena oikeus Eturauhassyöpä tukihoitoon ja hoitotuloksia Project (ProScan): miehet vasta diagnosoitu eturauhasen syöpä 26 yksityisiä käytäntöjä ja 10 julkisten sairaaloiden Queensland olivat suoraan viitataan ProScan aikaan diagnoosi hoitavaan kliinikon (N = 857, ikä 43-88 vuotta) [30]. Kaikki tapaukset olivat histopatologisesti vahvistanut eturauhassyöpä, seuraava esitys normaalista poikkeava seerumin PSA ja /tai alempien virtsateiden oireita. Mies säätimet (N = 1405) ilman henkilökohtaista historiaa eturauhassyövän rekrytoitiin kahdesta eri lähteestä. Mies verenluovuttajien rekrytoitiin Australian Punaisen Ristin Veripalvelu Services Brisbane (N = 836, ikä 18-75 vuotta) [17]. Toinen kontrolliryhmä koostui miehiä valitaan satunnaisesti Australian vaaliluetteloon (äänestäminen on pakollista Australiassa), samanikäisiin (in 5 vuotta ryhmissä; ikäryhmä 54-90 vuotta) ja ala-koodin sovitettu ProScan tapauksia (N = 569) . Kliiniset ja epidemiologiset osallistujien ominaispiirteet esitetään yksityiskohtaisesti taulukossa 1.

Replikointi set.

Analyysit perustuivat näytteistä genotyyppi ensimmäisessä ja toisessa vaiheita UK /australialainen GWAS, kerätään kuten aiemmin on kuvattu [ ,,,0],24], [28], yhdessä kolmannen vaiheen, johon liittyy vielä 4574 (3041 koskevien tietojen kanssa Gleason) tapauksessa ja 4165 tarkastuksia. Lyhyesti, vaihe 1 eturauhassyöpätapauksia (N = 2017) olivat Britanniasta Genetic Eturauhassyöpä Study (UKGPCS) ja valittiin sen perusteella, joko diagnoosi vuotiaana ≤60 vuotta (N = 1291) tai ensimmäisen tai toisen aste suvussa eturauhassyöpää (N = 726). Mies säätimet (N = 2001) sisältyvät vuotiaiden miesten ≥50 vuotta ja PSA ≤0.5 ng /ml, maantieteellisesti sovitettu eturauhassyövän tapaukset valitaan suojausilmaisin tutkimuksessa.

Vaihe 2 käsitti eturauhasen syöpä tapausten ja kontrollien Britanniassa ja Australiassa. Entinen todenneessa läpi UKGPCS kuten edellä (N = 332) ja sen kautta kerätään sarjassa eturauhassyöpään klinikoilla urologian yksikössä Royal Marsden NHS Foundation Trust (N = 1680) yli 14 vuoden ajan. UK kontrolliraskauksiin kautta UKGPCS tutkimuksessa (N = 449) ja suojata tutkimuksen (rajoitettu niille miehille, joiden PSA 10 ng /ml, N = 1712). Itse ilmoitettu ”ei-valkoinen” miehet jätettiin pois. Australialainen vaihe 2 tapausta todenneessa kolmesta tutkimuksesta: (i) populaatio pohjainen sarja eturauhassyövän kartoitettujen päässä Victorian Syöpärekisterissä vuodesta 1999, diagnosoidaan 56 vuotta (Early Onset eturauhassyöpätutkimusohjelmaan (EOPCFS); N = 526 ); (Ii) väestöpohjaisen tapauskontrollitutkimuksessa perustuu tapauksista diagnosoidaan Melbourne ja Perth (Riskitekijät eturauhassyövän Study (RFPCS); N = 594); ja (iii) prospektiivinen kohorttitutkimuksessa of 17154 vuotiaiden miesten 40-69 vuotta rekrytointivaiheessa vuosina 1990-1994 (Melbourne Collaborative seurantatutkimus (sekä MCC); N = 190). Sillä RFPCS, tapausta tunnistettiin väestöstä syöpärekisterit, oli histopatologisesti vahvistanut eturauhasen syöpä (lukuun ottamatta kasvaimia Gleason tulokset alle 5) ja oli diagnosoitu 70 vuotta kanssa näytteenoton ositettu iän diagnoosin. Australian vaihe 2 verrokit otettiin joko osana RFPCS tutkimuksessa, jossa ne tunnistettiin Australian vaaliluettelo ja taajuus sovitetaan ikäjakauma RFPCS tapauksista (N = 509), tai olivat satunnaisotos MCC kohortin (N = 760).

vaihe 3 näytettä valittiin UKGPCS kuin vaiheen 1 ja 2; alkaen Studies of Epidemiology ja riskitekijät Cancer Heredity (ETSI), joka on tapauskontrollitutkimuksessa perustuva alue kattaa Itä UK Syöpärekisterissä ja tiedotuskeskus (ECRIC); ja Australian epidemiologisista tutkimuksista kuin vaiheessa 2.

myös tietoja Cancer Genetic merkkiaineet herkkyys (CGEMS) tutkimuksessa käytettiin GWAS on 1117 eturauhassyöpätapauksia ylinäytteitetyn aggressiivinen sairaus ja 1105 tarkastuksia, vetää Euroopan PLCO tutkimuksessa (https://cgems.cancer.gov/).

KLK15

sekvensointi ja genotyypin

käytetyt menetelmät DNA: n valmistus ja genotyypin on kuvattu aikaisemmin [18]. Lyhyesti, ituradan DNA uutettiin Ääreisverenkierrosta Qiagen DNA eristyspakkausta kaikkien ihmisten palvelukseen tutkimuksessa. Neljä Alukesarjat suunniteltiin monistamaan valituille alueille valittu

in silico

analyysi otaksutun

KLK15

promoottorialueen. Promoottorin sekvensointi, alukesarjat suunniteltiin käyttäen NETprimer (https://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/etprlaunch.html) ja Sigma Proligo (Sigma Proligo, NSW, Australia). Kymmenen ng ituradan DNA: ta 20 aggressiivinen eturauhassyöpäpotilaisiin monistettiin 20 ul: polymeraasiketjureaktio (PCR) yhdistelmää optimoida kutakin aluketta kuten aiemmin on kuvattu [26].

SNP Queensland (QLD) aineisto oli genotyyppi käyttäen iPLEX Gold määrityksiä on Sequenom MassARRAY alustan (Sequenom, San Diego, USA), kuten aiemmin on kuvattu [18]. Laadunvalvonta parametrejä olivat yhdistelmä tapausten ja kontrollien jokaiselle levylle, genotyyppi puhelun hinnat 95%, ≥98% välistä yhdenmukaisuutta kaksoiskappaleita ( 5% kaksoiskappaleet jokaiselle levylle), neljä negatiivinen (H

2O) valvonta kohti 384-kuoppaisen levyn ja Hardy-Weinberg Equilibrium P arvot 0,05.

genotyypin replikaation näytejoukoille suoritettiin osana julkaistu genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa (GWAS) [25], [28]. Vaiheen 3 genotyypitys tehtiin käyttäen Illumina Golden Gate Assay (https://www.illumina.com).

Tilastollinen analyysi

Kovariaatit, kuten ikä diagnostiikkaan, seulontaan historia ja ensi- aste suvussa eturauhassyöpää, tutkittiin, onko tällaisia ​​tekijöitä muutti riski arvioiden ≥10%. Näiden testien jälkeen vain ikä diagnoosin (portaattomasti) ja tutkimusryhmä (kategorisena muuttuja) sisällytettiin lopulliseen malleissa. Ennakoiva Analytics Software (PASW) Statistics versio 17.0.2 (SPSS Inc., Chicago, Illinois) käytettiin kaikissa analyyseissä, ellei toisin mainita. Vertailuja genotyypin jakelun ja niiden yhdessä eturauhassyöpä herkkyys ja kliiniset tiedot tehtiin yhteispäätösmenettelyllä hallitseva ja lineaariset mallit, käyttäen chi-neliö ja logistinen regressioanalyysi, ja kertoimet suhdeluvut ja p oli lasketuista arvoista. Eturauhassyöpä tapauksissa kasvain Gleason tulokset ≥7 luokiteltiin aggressiivinen. Yhdistetyn analyysin genotyypin ja fenotyypin data (tautitilanne, Gleason pisteet, ikä, suvussa jne) saatiin eri tutkimuksista ja analysoitiin kohti edellä säätämisen jälkeen opintoryhmiin ja ikä (kategorisena muuttuja). Laajuus heterogeenisuus tutkimuksissa mitattiin uskottavuusosamäärä. Levittämisen jälkeen Bonferroni korjauksen, p-arvo 0,004 katsottiin merkitseväksi selittämään 12 SNP tutkittu.

tukeminen Information

Kuva S1.

kytkentäepätasapaino- map tuottaman Haploview 4.2. Näyttötiheystiedot luotiin torjunta- mies yksilöitä ja LD karttaa piirrettiin. SNP lihavoitu todettiin taajuuksia 0,05.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0026527.s001

(PDF) B Kuva S2.

Forest graafinen esitys yhdistyksen välillä rs2659056 ja eturauhassyövän aggressiivisuuden viidessä eri tutkimusryhmissä käyttäen tapaus-tapaus analyysi.

doi: 10,1371 /journal.pone.0026527.s002

(PPTX) B Taulukko S1.

SNP valinta

KLK15

geneettinen yhdistys analyysi eturauhassyövän riskiä. SNP

KLK15

geeni peräisin HapMap tietokannasta ja ne mukaan

in silico

ennustus menetelmiä genotyypattiin uros- ohjaus, ja pienet alleelin taajuus (MMM) ja HWE laskettiin Haploview 4.2 terveillä miehillä. SNP lihavoitu oli ehdolla genotyypitys ja yhdistys analyysi pohjalta LD laskelmiin.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0026527.s003

(DOC) B Taulukko S2.

välistä assosiaatiota

KLK15

HapMap Tag ja oletettua toiminnallinen SNP ja eturauhassyövän riski QLD, UK Stage 1 GWAS ja PLCO tutkimusryhmissä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0026527.s004

(DOC) B

Kiitokset

Tekijät haluavat kiittää monien potilaiden ja verrokkien, jotka osallistuivat niin mielellään vuonna tässä tutkimuksessa, ja lukuisat toimielinten ja niiden henkilöstön, jotka ovat tukeneet rekrytointia. Australian näyte asetetaan, kirjoittajat ovat hyvin kiitollisia henkilökunta Australian Punaisen Ristin Veripalvelu palvelut niiden apua kerääminen riskitekijä tiedon ja verinäytteet terveiden luovuttajien valvontaa; Urologiset Society of Australia ja Uusi-Seelanti ja jäsenet Cancer neuvoston Queensland ProScan osallistujan tiedot, mukaan lukien Megan Ferguson ja Andrea Kittilä, ja tohtori David Nicol varten potilasrekrytointi osaksi Retrospective Queensland Study. Kiitos jäsenille QUT Eturauhassyöpä Program, erityisesti Patricia Vanden Bergh, Soulmaz Rostami, Naomi Richardson, ja Robert Smith; QIMR Molecular Cancer Epidemiology Laboratory niiden apua rekrytointiin ja biospecimen jalostus ja Xiaoqing Chen ja Jonathan Beesley teknisistä kysymyksistä. Yhdistyneen kuningaskunnan näytejoukoille, me kiittää Britannian Genetic eturauhassyöpätutkimusohjelmaan Yhteistyökumppanit ja British Association of Urologisessa kirurgien ”§ Syöpätautien niiden yhteistoiminnalle tutkimuksesta. Tekijät haluavat myös antaa tunnustusta valtava osuus kaikkien jäsenten Protect tutkimuksen tutkimusryhmä.