Krooninen sairaus

tiivistelmä

Molecular johtavia tapahtumia epiteelin munasarjasyövän tunnetaan huonosti, mutta ovulaatiota hormonit ja suuri määrä elämän ajan ovulaatioita samanaikaisen leviämisen, apoptoosin, ja tulehdus, lisää riskiä. Havaitsimme geenejä, joita säännellään aikana kiimasykliä hiiren munasarjojen pinnan epiteeli ja analysoidaan näitä profiileja geenien tunnistamiseen väärin säädellystä ihmisen munasarjasyöpä, käyttäen julkisesti saatavilla aineistoja. Havaitsimme 338 geenejä, joita säännellään hiiren munasarjan pintaepiteelissä aikana kiimasykliä ja väärin säädellystä munasarjasyöpää sairastavilla. Kuusi seitsemästä valittujen ehdokkaiden immunohistokemiallista validointi ilmaistiin vakavien munasarjasyöpä, osallisuuden kystat, munasarjojen pinnan epiteeli ja munanjohdin epiteelissä. Useimmat olivat yli-ilmentynyt munasarjasyöpää verrattuna munasarjojen pinnan epiteeli ja /tai osallisuutta kystat (EpCAM, EZH2, BIRC5) vaikka BIRC5 ja EZH2 ilmaistiin korkealle Munanjohdin epiteelin kuten munasarjasyöpä. Me priorisoitu 338 geenit niille todennäköisesti tärkeitä munasarjasyövän kehittämiseen

in silico

analyysit kopioluvun poikkeamia ja mutaatio käyttäen julkisesti saatavilla aineistoja ja tunnistaa geenien vakiintuneiden rooleja munasarjasyövän sekä uusia geenejä varten joka meillä on todisteita osallisuudesta munasarjasyöpä. Kromosomi erottelu ilmeni tärkeänä prosessina, jossa geenien lista 338 olivat yliedustettuina lukien kaksi (

BUB1

,

NCAPD2

) ja on näyttöä vahvistusta ja mutaation. NUAK2, yläreguloituja munasarjojen pinnan epiteelin proestrus ja ennustettu olevan kuljettajan mutaatio munasarjasyövän, tutkittiin suuremmassa kohortin vakavien munasarjasyöpä, jossa potilaalla on pienempi NUAK2 ilme oli lyhyempi kokonaiselossaolo. Lopuksi määritellään geenejä, jotka aktivoituvat normaaliepiteelissä aikana ovulaation, jotka ovat myös väärin säädellystä syövässä on tunnistanut useita reittejä ja uusia kandidaattigeenejä jotka voivat edistää kehitystä munasarjasyöpä.

Citation: emmanuel C, Gava N, Kennedy C, Balleine RL, Sharma R, Wain G, et ai. (2011) vertailu Expression Profiles in munasarjojen epiteelin

In vivo

ja munasarjasyöpä Tunnistaa Novel kandidaattigeenit Mukana Disease Patogeneesi. PLoS ONE 6 (3): e17617. doi: 10,1371 /journal.pone.0017617

Editor: Thomas Preiss, Victor Chang Sydän Research Institute (VCCRI), Australia

vastaanotettu: 08 marraskuu 2010; Hyväksytty: 2. helmikuuta 2011; Julkaistu: 15 maaliskuu 2011

Copyright: © 2011 Emmanuel et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus rahoittivat National Health ja Medical Research Council (NHMRC) kohdeapuraha 389867 (nhmrc.gov.au) ja jonka Marsha Rivkin keskuksen munasarjasyöpä Pilot Award (marsharivkin.org). RLB on Cancer Institute NSW Fellow. Australialainen munasarjasyöpä Study tukee Yhdysvaltain armeijan Medical Research ja Material Command alle DAMD17-01-1-0729, The Cancer neuvosto Victoria, Queensland Cancer Fund, The Cancer neuvosto New South Wales, The Cancer neuvosto South Australia, The Cancer Foundation Länsi-Australian, The Cancer neuvosto Tasmania ja NHMRC. Australasian Biospecimens Network – Oncology rahoittaa NHMRC. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

epiteelikasvaimet munasarjasyöpä on viidenneksi yleisin syy syövän naisten yleisin kuolinsyy länsimaissa ja johtava kuolinsyy gynekologisista syöpäsairauksia. Suuruudesta huolimatta tämän kliinisen ongelman, tiedetään vähän mekanismi neoplastisten muutosta. Tällä hetkellä käsityksen synnyssä munasarjasyöpä tulee tunnettuja tekijöitä, jotka lisäävät riskiä. Näitä ovat peri mutaatioita

BRCA1 /2

geenien pienellä osalla potilaista, ja erilaisia ​​hormoni ja /tai lisääntymiselle liittyvät tekijät yleisemmin [1], [2]. Jälkimmäisessä tapauksessa, hormonikorvaushoito ja suuri kumulatiivinen määrä elämän ajan ovulaatioita muutamia jaksoja anovulatioon raskauden takia, ehkäisytablettien käyttö tai imetys on liitetty suurentunut riski. Kääntäen, munasarjasyöpä pienennetään lisää suoria-syntymät, pitkäaikainen imetys ja ehkäisytablettien käyttö [3].

biologinen perusta muuttuneita riskejä hormonaaliset ja lisääntymiseen liittyvien tekijöiden on pääosin tuntematon, vaikka useat hypoteeseja on ehdotettu. Ensimmäinen on ”alituinen ovulaation hypoteesi”, arvelee, että ovulaatio ja sen jälkiseurausten lisää todennäköisyyttä maligniteetin [1], ja että raskaudet ja ehkäisypillerit ovat suojaavia, koska ne tukahduttaa ovulaation [4]. Toinen hypoteesi on, että verenkierrossa gonadotropiinien lisäävät pahanlaatuisten kasvainten ja että raskaus ja ehkäisytablettien käyttö suojaamaan tukahduttamalla eritystä hormonien [5]. Liian suuret gonadotropiineilla, LH ja FSH, jotka liittyvät aalto aikana esiintyvät ovulaatio, ehdotetaan edistää munasarjasyöpä kehitystä. Menetys sukurauhasakselin negatiivista palautetta vaihdevuodet, jolloin huippupitoisuudet FSH ja LH: iässä, jolloin ilmaantuvuus munasarjasyöpä kiipeää dramaattisesti, tukee gonadotropiinia hypoteesin [6] ja LH tasoja on raportoitu olevan koholla BRCA1-mutaation harjoittajien follikulaarivaiheessa verrattuna ei-kantajia, mikä viittaa siihen, että korkea LH voi myötävaikuttaa BRCA liittyvät lisääntynyt munasarjasyövän riski [7]. Suoja monisikiöraskauksiin ja pitkäaikainen ehkäisytablettien käyttö tarjoaa joitakin tukea gonadotropiinien teorian molemmat tekijät liittyvät alhainen gonadotropiinien sekä estyminen alituinen ovulaation. Kuitenkin taso suojan raskauden ja ehkäisytablettien käyttö, on ehdotettu olevan suurempi kuin alkaen ovulaation estyminen yksin [2] ja kolmas potentiaalinen selitys perustuu epidemiologisia tietoja on, että munasarjojen pinnan epiteeli on suojattu pahanlaatuisiksi altistamalla progesteroni tai progesteronin analogien raskauden tai ehkäisytableteissa [2], [8].

Vaikka uskotaan laajasti, että vakavien munasarjasyöpiä syntyvät munasarjojen pintaepiteelissä ja osallisuuden kystat muodostuvat, kun munasarjojen pintaepiteelissä tullut loukkuun munasarja [9], uudempaa hypoteesia aloittamisen munasarjasyövän viittaa siihen, että esiasteleesioita olemassa fimbriat päähän munanjohtimen epiteelin [10]. On mahdollista, että munanjohdin epiteelin tullut loukussa munasarjojen strooman aikana paranemisen ovulatory haava, jossa korkea hormonialtistuksessa voi aiheuttaa pahanlaatuisiksi tavalla sukua hypoteesin sisällytettäväksi kystat [9]. Tuki aloittamisen munasarjasyövän Munanjohdin epiteelin löytyy tutkimuksia, jotka osoittavat, että on olemassa samankaltaisuuksia geeniekspressioprofiilien of vakavien munasarjasyövän ja munanjohtimen epiteelin, mutta ne eroavat profiileihin havaittiin munasarjojen pinnan epiteeli [11]. On kuitenkin epäselvää, onko tämä on osoitus aloittamista munanjohdin epiteelin tai erilaistumisen munasarjasyövän kohti munanjohtimen kaltainen fenotyyppi, joka on ratkaiseva morfologinen ominaisuus vakavasta munasarjasyöpään.

Tone et ai . [11] havaitsivat, että geenien ilmentyminen profiilit munanjohtimen epiteelissä

BRCA

mutaation harjoittajien luteaalivaiheen olivat samanlaisia ​​ilmentymisen profiilit vakavien munasarjasyöpä kuin munanjohtimen epiteelissä harjoittajien follikulaarivaiheessa. Vastaavasti ksenografti tutkimukset ovat osoittaneet, että ksenografteissa munasarjasyöpä ovat todennäköisesti tulla toteen, jos ne istutetaan aikana proestrus vaiheen hiiren kiimasykliä, kun hormonitasot huippu [12]. Nämä tiedot viittaavat siihen, että herkkyys munasarjojen pinnan epiteeli /tai munanjohtimen epiteelin pahanlaatuisiksi voi muuttua koko kiimasykliä oletettavasti vastauksena vaihteleva hormonit, ja on osoitus rooli kuukautiskierto on munasarjasyöpä kehitykseen.

Olemme hiljattain tunnistettu geeni allekirjoitukset liittyy munasarjojen pinnan epiteeli eri vaiheissa hiiren kiimasykliä [13]. Me perusteltu, että nämä geenit, jotka ilmentyvät differentiaalisesti munasarjojen pinnan epiteeli kautta kiimasykliä ovat todennäköisesti hormoni säänneltävä ja mahdollisesti mukana liittyviä prosesseja ovulaation, myös solujen jakautumista, apoptoosia ja tulehdus. Dysregulaatio polkuja perustana kunkin näistä prosesseista on liitetty neoplastisen transformaation eri kudostyyppejä. Me arveltu, että osajoukko geenien normaalin munasarjan epiteelin solujen toimintaan myös johdonmukaisesti poikkeavasti ilmaistu munasarjasyövän ja tunnistaminen tämän osajoukon auttaisi priorisointiin ihmisen kandidaattigeenit ja reittejä sekaantunut etenemistä munasarjasyöpään.

tutkimuksen tavoitteena oli selvittää geenien säädellään aikana kiimasykliä ja mukana normaaleissa munasarjojen toiminnan rooli etenemistä normaalien epiteelisolujen munasarjasyöpään. Tätä varten luettelo geenien oli ilmennetty eri munasarjojen pinnan epiteeli yli kiimasykliä, oli rajat verrattava geenien kanssa raportoitu poikkeava ilmaisun munasarjasyöpä. Tavallisen geenien ilmentymistä useiden ehdokkaiden määritettiin immunohistokemiallisesti normaalin munasarjan pintaan epiteelisolujen, osallisuuden kystat, munanjohtimen ja munasarjasyöpä näytteitä. Lisäksi suhde geenien ilmentyminen ja kopioluku, ja läsnäolo mutaatioiden munasarjasyövän tutkittiin käyttämällä nykyisiä aineistoja. Tämä lähestymistapa yksilöitiin yksittäisiä kandidaattigeenejä ja polkuja, jotka voivat olla mukana patogeneesiin munasarjasyöpä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics selvitys

Tutkimus hyväksyttiin Tutkijavoimavarojen eettisten toimikuntien Sydney West Area Health Service ja Sydneyn yliopistosta; protokolla viitenumero: HREC2006 /2 /4,21 (2293). Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta Tutkimukseen osallistui.

Expression mikrosiruanalyysi hiiren munasarjan epiteelin

Ilmaisu erilaisia ​​analyysi hiiren munasarjojen pinnan epiteeli on aiemmin kuvattu yksityiskohtaisesti [13]. Lyhyesti, kokonais-RNA: ta (Stratagene Ehdottomasti RNA® Nanoprep tai Microprep Kit, Stratagene, La Jolla, CA), uutettiin laser microdissected munasarjojen pinnan epiteeli (Palm Robot-Microbeam järjestelmä, Microlaser Technologies) BALB /c-hiiriin 27 päivää iässä (epäkypsä; n = 4) ja 10-13viikko iässä aikana kiimasykliä, on proestrus (n = 4) ja kiiman (n = 4) [13]. Microarray diat käsittää ~15,000 ilmenevän geenin osiksi National Institute of Ageing 15 K hiiri klooni kirjasto (Australian Genome Research Facility, Melbourne, Australia) hybridisoitiin Cy3- ja Cy5-leimattu cDNA tuotetaan double-monistettiin RNA. Estrous vaihe-erityisiä geeniekspressioprofiilien saatiin vertaamalla suoraan munasarjojen pinnan epiteeli päässä epäkypsä hiiristä ja hiiristä lopetettujen päälle proestrus iltana (2200 h) ja kiima aamulla (1000 h) [13].

Munasarjasyöpä geeniekspression array profiilit

geenien tunnistamiseen säädellään aikana kiimasykliä että ilmaistaan ​​ihmisen munasarjasyövän vertasimme ovulaatioon liittyviin geeni allekirjoitusta [13] oman julkaistu geeniekspressioprofiilien munasarjasyöpä [14] – [ ,,,0],16] samoin kuin muiden valittujen julkaistuja tutkimuksia [17], [18]. Tutkimme julkaistut tutkimukset laajamittainen geeniekspressioprofilointi munasarjasyövän yksilöitä julkaistaan ​​elokuuhun 2009 käyttäen PubMed (https://www.pubmed.com), ja valitsi osajoukko tutkimusten määrän perusteella ja histologiset alatyypin munasarjasyöpään tapaukset (serous syöpä oli edullinen), samankaltaisuus microarray alusta käytetään ja samankaltaisuus normaalistua (munasarjan pintaepiteelissä oli parempana kuin koko munasarja- tai solulinjoja). Tutkimukset, joissa ei julkaista ainutlaatuinen geeni tunnisteiden tai jossa analysoitiin solulinjoja ei otettu.

Kaikki valitun aineistot raportoitiin geenit ilmentyvät differentiaalisesti verrattuna normaaliin viite paitsi Tothill et al. [16]. Olemme määrittäneet geenit ilmentyvät differentiaalisesti munasarjasyövän tutkituista tapauksista Tothill et ai. [16] vertaamalla ekspressioprofiileja tietoihin munasarjojen pintaepiteelissä harjausta yhdistettiin kymmenestä potilaista syntyy samalla array alustaa [14]. Array tietoja molemmista kohortit RMA normalisoitiin yhteen käyttämällä R paketti ”affy”. Geenit, jotka ilmentyvät differentiaalisesti välillä munasarjasyöpä ja normaali määritettiin käyttäen merkitys analyysi mikrosiruja [19], jossa kaikki koettimet q-arvo on alle 5% ja käännä muutos 2 valittiin differentiaalisesti ilmentyvien geenien. Geenit luokiteltiin ”säädeltyyn” munasarjasyövän jos täyttää edellä mainitut kriteerit.

vertailu hiiren munasarjojen pinnan epiteeli ja ihmisen munasarjasyövän geeniekspressioprofiilien

Human ortologeihin on 905 hiiren geenejä löydetty voidaan ilmentää eri tavalla munasarjojen pinnan epiteeli aikana kiimasykliä [13] tunnistettiin käyttämällä luettelon hiiri-ihminen ortologisten geenien saatavilla Mouse Genome Informatics tietokannan (https://www.informatics.jax.org; näytetty Sept 2009) . Geenit säännelty aikana kiimasykliä jotka myös väärin säädellystä munasarjasyövän Sitten tunnistettiin sovittamalla Entrez Gene tunnusten ja muiden geenin symbolit muunnetaan HUGO geenin nimikkeistön symboleja. Lopullinen lista koostuu geeneistä, jotka olivat säänneltyjä aikana kiimasykliä ja osoitettiin olevan väärin säädellystä munasarjasyövän verrattuna normaaliin ainakin yhdessä munasarjasyövän aineisto.

Pathway ja geeni ontologian analyysi

MetaCore ohjelmisto (St. Joseph, MI, USA) käytettiin tunnistamaan solureiteillä epäillyn geenejä säädellään kiimasykliä ja väärin säädellystä munasarjasyövän ja tutkia geeni ontologiat olivat tilastollisesti yliedustettuina näissä geenin sarjaa.

Patient kudosnäytteistä

tiedot potilaan kohortin löytyy taulukossa 1. kohortti 1 koostui formaliinilla parafiiniin upotettu kudosnäytteistä i) vakavien munasarjasyöpä aiemmin hoitamattomien potilaiden (n = 20), ii) normaali munasarja (n = 10) ja vastaavat munanjohtimet (n = 9) potilaista, joille oli tehty profylaktinen salpingo munasarjan poisto perustuu suvussa (n = 6) tai jotka leikattiin muiden pahanlaatuisten naistentautien sairauksien (n = 4), kuten contralateral hyvänlaatuiset munasarjojen kasvaimia kahdessa tapauksessa. Kohortti 2 koostui 96 tapausta vakavien munasarjasyövän kanssa vakavien munasarjakasvain kudos edustettuina kudoksen mikrosirulla, joka sisälsi viisi tapausta kohortin 1. histopatologia edustajan kohdat kaikista tapauksista tarkasteli kokeneiden patologit (RS ja RB) diagnoosin varmistamiseksi, histologisia alatyypin ja arvosana karsinooma tapauksissa käyttää standardoituja kriteerejä [20] sekä tunnistaa kasvaimen alueita rakentamiseen kudoksen array. Core koepaloja (1 mm) parafiiniin upotettuja kasvaimen alueet fuusioitiin kudoksen microarray 1,5 mm: n ydin keskusten manuaalisella ryhmittäjällä (MTA-II, Beecher Instruments, WI, USA). Kukin tapaus edusti kerran kudosten microarray. Osa kudoksesta mikrosirulla värjättiin hematoksyliinillä ja eosiinilla vahvistaa sisällyttämistä kasvainkudoksen kussakin ytimessä ja ytimet ilman kasvaimen jätettiin analyysin ulkopuolelle.

Clinical Määritelmät.

Kirurginen lavastus arvioitiin mukaisesti International Federation of naistentautien syöpätaudit luokituksen. Ilman taudin etenemistä määriteltiin välinen aika, jona histologista diagnoosia ja ensimmäinen vahvistettu taudin oireita uusiutumisen tai etenemisen perustuu määritelmiin kehittänyt gynekologinen syöpä työryhmän aikaisemmin kuvatulla [21]. Useimmissa tapauksissa päivämäärästä progression osoitettiin käyttäen CA125 kriteerit. Tapauksissa, joissa CA125 ei ollut merkki, tai eteneminen edeltää lisääntyminen CA125, uusiutumisen perustui kuvantaminen (syntynyt uusia vaurio), tai, pienessä osassa tapauksia, globaalin terveyden heikkeneminen aseman taudista johtuvan. Kokonaiselossaoloaika laskettiin alkaen histologisten diagnoosi kuolinpäivä ja sensuroitu viimein kontakti päivämäärä, jos potilas oli elossa.

immunohistokemia

Formaliinifiksoidusta parafiiniin upotetut leikkeet (3 um) kiinnitettiin Superfrost Plus mikroskoopin (Lomb Scientific, NSW, Australia) ja kuivattiin 37 ° C: ssa 1 tunnin ajan. Osiot poistettiin vaha vuonna histolene ja rehydratoitiin kautta arvostellaan -etanolit, ennen huuhdellaan vedellä. Objektilasit värjättiin sitten sopivan vasta-aineen avulla EnVision + HRP dual link Kit (DAKO, Glostrup, Tanska) mukaan valmistajan ohjeiden mukaisesti. Lyhyesti, leikkeitä altistettiin antigeenille haku käyttämällä Target Retrieval Solution (DAKO, Glostrup, Tanska) ennen hoidon 3% H

2O

2 10 minuuttia. Seuraavat peräkkäiset huuhtelua vedellä ja PBS: llä, leikkeitä inkuboitiin ensisijaisen vasta-ainetta laimennettuna PBS /0,1% Tween-20 käyttäen laimennuksia ja inkubaatio-olosuhteita taulukossa 2. Huuhtelun jälkeen PBS /0,1% Tween-20, ja PBS: llä, leikkeitä inkuboitiin 30 min huoneenlämpötilassa leimatun Polymer-HRP-liuosta ja huuhdottiin sitten kuten edellinen. Sitoutunut vasta-aine visualisoitiin käyttäen diamino-bentsidiiniä (DAKO, Glostrup, Tanska), valmistettiin valmistajan ohjeiden mukaisesti. Leikkeitä altistettiin diamino-bentsidiinin 1-2 minuuttia ja reaktio pysäytettiin vedellä. Osiot vastavärjättiin Harrisin hematoksyliinillä (Amber Scientific, WA, Australia) ennen nestehukka kautta arvostellaan -etanolit. Leikkeet kuivattiin ilmassa ennen clearing kanssa histolene ja asennus normount (Fronine, NSW, Australia). Kontrolloida ei-spesifisen värjäytymisen, vierekkäiset leikkeet värjättiin kuten edellä, ilman, että ensisijainen vasta-aine.

Kuva-analyysi

värjätyt leikkeet analysoitiin käyttämällä TissueMap (Definiens, Munich, Saksa) . Lyhyesti, munasarjojen pinnan epiteeli ja osallisuuden kystat kussakin osassa normaalin munasarjan tunnistettiin analysoitavaksi. Käyttäjän määrittelemä TissueMap algoritmia käytettiin alueiden tunnistamiseksi munanjohtimen epiteelin ja kasvainkudoksen perustuu solutiheyteen. Tunnistetut alueet munasarjojen pinnan epiteeli, osallisuuden kystat, munanjohtimen epiteelin ja kasvainkudoksen analysoitiin sitten voimakkuus ja laajuus värjäys ja histoscore lasketaan seuraavasti: (% voimakkaasti värjättyjen solujen x 3) + (% kohtalaisen värjättyjen solujen x 2) + (% heikosti värjättyjen solujen x 1) /100, niin että tulokset on välillä 0 ja 1 merkitty heikkoa värjäytymistä; 1 ja 2 merkitty kohtalainen värjäytyminen; ja 2 ja 3 merkitty vahva värjäytyminen.

Analyysit kopioluvun poikkeamia ja mutaatio

Vertasimme geenejä säädellään kiimasykliä ja väärin säädellystä syövän geeneihin sijaitsevat alueilla kopioluvun poikkeamia (CNA ) tietojen avulla Cancer Genome Atlas (TCGA) (https://cancergenome.nih.gov) ja meta-analyysi SNP-pohjainen CNA analyysi 398 ensisijainen epiteelin munasarjasyöpä näytteitä [22]. Geenit alueiden sisällä vahvistuksen (log

2 kopiomäärä suhde 0,3) tai tappio (log

2 kopioiden suhteellinen määrä -0,3) vuonna yli 30% näytteiden Broad aineisto ladattiin TCGA data selain (https://tcga-portal.nci.nih.gov/tcga-portal/AnomalySearch.html). Gorringe et ai. [22] ilmoitetaan geenien ”huippu” alueilla kopioluvun muutos määritettynä ”Perimän merkityksellisten Targets in Cancer” [23] on osajoukko 240 näytteen. ”Kärjen” edustaa tilastollisesti merkitsevä alueilla minimaalinen nousu tai lasku, kun otetaan huomioon sekä taajuus ja amplitudi kopioluvun muutos verrattuna laskettuun tausta poikkeama korko. Geenit alueiden sisällä vahvistuksen (log

2 kopiomäärä suhde 0,3) tai tappio (log

2 kopioiden suhteellinen määrä -0,3) vuonna yli 30% näytteistä oli myös raportoitu.

myös verrattuna geenejä säädellään kiimasykliä ja väärin säädellystä syövän geeneihin yleisesti mutatoitunut syövän käyttäen kahta aiemmin julkaistu aineistot [24], [25] sekä COSMIC-tietokannan (https://www.sanger.ac.uk /genetiikka /CGP /kosmista). Futreal et ai. [24] laati yksimielisyys listan geenit, joissa mutaatiot edistävät kasvaimen kehittymisen, kun taas Greenman et al. [25] seulotaan 518 proteiinikinaasi geenien ja tunnistettu arviolta 119 geenien kanssa ”kuljettajan mutaatioita.

Tilastollinen

Kaikki tiedot analysoitiin SPSS (versio 16, SPSS, Inc.) ja 5%: n merkitsevyystaso käytettiin kauttaaltaan. Chi-square testiä käytettiin määrittämään i) jos oli merkittävää päällekkäisyyttä geeneissä differentiaalisesti ilmaistut hiiren munasarjan pintaepiteelissä aikana kiimasykliä ja geenit ilmentyvät differentiaalisesti epiteelin munasarjasyöpä verrattuna normaaliin, ja ii) jos oli korrelaatio välillä geenikopiomäärä poikkeamaa ja suunta differentiaalikaavojen. Parilliset kaksitahoiset t-testejä käytettiin verrata histoscores munasarjojen pinnan epiteeli, osallisuuden kystat ja munatorviperäiset epiteelin taas yksisuuntainen varianssianalyysi kanssa pienimmän neliösumman eron post hoc-analyysissä käytettiin vertailuihin munasarjasyövän histoscores. Yhdistykset välillä histoscores ja etenemisestä vapaan tai eloonjäämiseen määritettiin käyttäen Kaplan-Meier -käyrät log-rank-testi.

Tulokset

Munasarjasyöpä geeniekspressioprofiilien

Käytimme viisi julkisesti saatavilla munasarjasyöpä geeniekspression aineistot meidän analyysi. Valitut tutkimukset olivat joko pääasiassa tai yksinomaan vakavien alatyypin, suhteellisen suuri määrä tapauksia, kaikki analysoitiin koskevasta Affymetrix alustalla ja useimmat hyödyntäen munasarjojen pinnan epiteeli harjausta ilmentämiseen verrattuna. Tiedot julkaistuista tutkimuksista on esitetty taulukossa 3. tapaukset analysoitiin olivat enimmäkseen korkealaatuista, myöhäisessä vaiheessa kasvaimia ja mahdollisuuksien me jätetty tietoja rajatapaus ja ei-vakavien karsinoomien (taulukko 3). Olemme mukana saatuja tuloksia Heinzelmann-Schwarz et al. [17] analyysimme, huolimatta siitä, että he vertasivat munasarjasyövän kudoksen normaaliin koko munasarjat, koska ne integroineet tulosta 13 muun julkaistun munasarjasyöpä ilmaisun tutkimuksia ja nämä tulokset ovat todennäköisesti edustaa geenejä johdonmukaisesti erittäin ilmaistu munasarjasyöpä. Tärkeää on, Lu et ai. [18] ja Heinzelmann-Schwarz et ai. [17] ainoastaan ​​raportoitu geenejä, jotka olivat säädellään ylöspäin munasarjasyövän jolla otettiin käyttöön bias osaksi analyyseissä.

kokonaismäärä geenien differentiaalisesti ilmaistut munasarjasyövän ainakin yksi viidestä aineistot oli 7285. huolimatta samanlainen kohortteja ja joukko alustoja oli hyvin vähän päällekkäisyyttä aineistot – vain kaksi geeniä yli-ilmentynyt tavanomaiseen verrattuna kaikissa viidessä tutkimuksessa (

CD24

,

MAL2

) ja vain 14 oli yliaktiivista neljässä viidestä tutkimuksesta (taulukko 4). Oli 133 geeniä, jotka olivat johdonmukaisesti vaimentua kolmessa tutkimuksessa, joka ilmoitetaan downregulation. 15 geenejä lauseke oli matalin munasarjasyöpää verrattuna normaaliin esitetään taulukossa 4.

Kiimasyklin geenien poikkeavaan ekspressioon munasarjan adenokarsinooma

Aiemmin raportoitu globaali geeni ilmentyminen muuttuu puhdasta populaatioissa normaalin hiiren munasarjan pintaepiteelissä vihreitä hiiristä (matala hormonitasot), pyöräily hiirillä proestrus illalla (korkea hormonitasot juuri ennen ovulaatiota), ja kiima aamulla (matala hormonitasot vain ovulaation jälkeen) [13] . Löysimme 905 geenejä säädellään, suurin osa (n = 502; 55%) on säänneltyä proestrus iltana, juuri ennen ovulaatiota, co-tapaus kanssa nousuun ovulatory hormonit [13]. Vertasimme tämä lista 905 geenien 7285 ihmisen ehdokas munasarjasyöpä geenit valitaan viidestä julkaistu aineistot. Kaiken kaikkiaan 338 geeniä, jotka ovat säänneltyjä aikana kiimasykliä oli väärin säädellystä ihmisen munasarjasyövän yksilöitä joka on huomattavasti suurempi päällekkäisyys kuin olisi odotettavissa sattumalta yksin (p 0,0001, Chi square testi). Kaksi estrous säännelty geenejä,

EPCAM

ja

KIAA0101

, havaittiin neljä viidestä julkaistu munasarjasyöpä aineistoja ja 25 geenit tunnistettiin kolme viidestä ihmisen tutkimuksissa (taulukko 5) suurin ollessa yläreguloituja syöpään. Lähes puolet päällekkäisten geenien (11/27, 41%) on merkittävä määrä ( 5 julkaisut) ennalta Kirjallisuudessa syytetään rooli munasarjasyövän, kuten

NME1

, kun taas 13/27 , 48% edustaa uusia ehdokkaita (taulukko 5).

immunohistokemiallinen validointi ilmaisun munasarjasyövän ja normaaleissa kudoksissa

Kahdeksan kandidaattigeenit valittiin luettelosta 338 geenien säännelty aikana [22]. [25].