Krooninen sairaus

tiivistelmä

Huolestuttava ruokatorven syöpä (EY) löytyy ihmisiä Henan Taihang Mountain, Fujian Minnan, ja Chaoshan alueilla Kiinassa. Aikaisemmat tiedot kuvaavat suuria aaltoja väestön siirtyessä Pohjois-Keski-Kiinassa (Henan ja Shanxi Hans) kautta rannikon Fujianin maakunnassa Chaoshan tavallinen. Vaikka nämä alueet ovat maantieteellisesti kaukana, me arveltu, että EY riskiryhmien näillä kolmella alueella voisi yhteinen syntyperä. Niinpä käytimme 16 Aasian-erityinen Y-kromosomin kaksialleelisten markkerien (yhden nukleotidin polymorfismien, Y-SNP) ja kuusi Y-kromosomin lyhyen tandem repeat (Y-STR) loci päätellä alkuperä n korkean riskin Chaoshan väestöstä ( CSP) ja geneettinen suhde CSP ja EY suuren riskin Henan Taihang Mountain väestöstä (HTMP) ja Fujianin väestöstä (FJP). Hallitseva haplogroups näissä kolmessa populaatioissa ovat O3 *, O3e *, ja O3e1, joilla ei ole merkittävää eroa väestön taajuus näiden genotyyppien. Toistojaon Pääkomponenttianalyysin paljasti, että CSP on läheistä sukua HTMP ja FJP, vaikka entinen on maantieteellisesti lähempänä toinen väestö (Guangfu ja Hakka klaanit). FJP on välillä CSP ja HTMP in päätekijä juoni. CSP, FJP ja HTMP ovat läheistä sukua Kiinan Hans kuin vähemmistöihin, paitsi Manchu kiinalaiset, ja jälkeläisiä Kiinan tiibetiläisten, ei Baiyues. Korrelaatio analyysi, hierarkkinen klusterointi analyysi, ja fylogeneettinen analyysi (naapuri-liittymällä tree) kaikki tuki lähellä geneettistä sukulaisuutta joukossa CSP, FJP ja HTMP. Verkkoon haplogroup O3 (mukaan lukien O3 *, O3e * ja O3e1) osoitti, että HTMP on korkein STR haplotyyppi monimuotoisuutta, mikä viittaa siihen, että HTMP voi olla progenitoripopulaation varten CSP ja FJP. Nämä havainnot tukevat suurta merkitystä jaetun syntyperää ymmärtämään lisää geneettinen alttius EY etiologia korkean riskin populaatiot ja vaikuttavat määrittämiseksi molekyylitason tämän taudin.

Citation: Huang H, Su M Li X, Li H, Tian D, Gao Y, et ai. (2010) Y-kromosomi Todisteet yhteisen Esivanhemmat Kolme kiinalaista populaatiot Korkea riski ruokatorven syöpään. PLoS ONE 5 (6): e11118. doi: 10,1371 /journal.pone.0011118

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 24 maaliskuu 2009; Hyväksytty: 19. toukokuuta 2010 Julkaistu: 15 kesäkuu 2010

Copyright: © 2010 Huang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Natural Science Foundation of China (nro 30210103904) ja Key Natural Science Foundation of Guangdong, Kiina (nro A1080203). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

ei-yhdistimeen osan Y-kromosomi (NRY) on ainutlaatuisia ominaisuuksia, kuten isän perintönä, ettei rekombinaatiota meioosin ja suhteellisen alhainen todennäköisyys toistuvia mutaatioita, näin kartuttaa sitä väestöpohjainen ja alue- erityisiä polymorfismit. Siten NRY on erityisen hyödyllinen tutkimus ihmisen evoluution ja populaatiogenetiikka. Kahdenlaista polymorfismien esiintymään NRY: yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) ja lyhyitä tandem-toisto (STR) loci, kukin eri mutaatio hinnat ja mekanismeja. Niinpä yhdistetty analyysi käyttäen näitä 2 eri polymorfisten markkereiden lisää valtaa NRY käytettäväksi jäljittämiseksi ihmisen evoluution sekä maahanmuuton eri maantieteellisillä locales ja aikatauluista, ja siksi voi olla tehokas myös kuvaa isän rakenteita populaatioiden.

Vuoden 1999, Su et ai. [1] todennut 17 Y-kromosomi haplogroups perustuva 19 Itä-Aasian-erityisiä kaksialleelisten markkerien jotka paljastavat isän rakenteita väestön Itä-Aasiassa. Tutkimalla 63 väestön näytteitä Aasiassa, Afrikassa, Amerikassa, Euroopassa ja Oseaniassa, kirjoittajat havaitsivat, että Kaakkois populaatiot Itä-Aasiassa ovat geneettisesti erilaisia ​​kuin ovat Pohjois ykkösiä ja ehdotti, että Itäaasialaiset peräisin etelästä. Pohjalta Y-SNP ja Y-STR varianssi, he päättelivät, että alkuperäisen ratkaisun modernin ihmisen Itä-Aasiassa tapahtui noin 18,000-60,000 vuotta sitten [1].

Ruokatorven syöpä (EY) on yksi yleisin kuolemaan johtavia syöpiä maailmanlaajuisesti [2] ja on korkea ilmaantuvuus joillakin maantieteellisillä alueilla. Kiinassa eniten EY potilaat elävät ns ”EY vyö”, joka ulottuu Keski-Kiinassa länteen Keski-Aasian kautta Pohjois Iran [3] – [4]. Tunnetuin alue korkean EY riski on pohjoiskeskisellä Henan Taihang Vuori alueella (HTM väestöstä [HTMP]), joka sijaitsee joukossa Henan, Hebei, ja Shanxi maakunnat (Fig. 1). Vähemmän tunnettuja alueita ovat Kaakkois rannikon Chaoshan Plain Guangdongin maakunta (CS väestöstä [CSP]) ja Minnan alue Fujian (FJ väestöstä [FJP]). Vaikka 2 jälkimmäinen maakunnat suhteellisen maantieteellisesti eristetään sisätilojen Kiinassa, he pidetään edelleen oleskella n vyö ja näyttöä on korkean EY riski näillä alueilla [5] – [6]. Esimerkiksi suhteellisen eristyksissä piirin sisällä CSP-Nanao Island-vuosikeskiarvo raakaöljyn ilmaantuvuus EY oli 103,98 /100000 ihmistä 1995-2004; Ikävakioitu esiintymistiheys EY olivat 72~150 /100000 urosta ja 26~64 /100000 naaraat, jossa on huomattavasti lisääntynyt ilmaantuvuus miehillä, mutta ei naisilla vuosina 1995 ja 2004 [5]. Sillä FJP, 18 maakunnat raportoitu kuolleisuus EY suurempi kuin 30/100000 ihmistä [7], joka on vähintään kaksinkertainen kansalliseen keskiarvoon verrattuna [8]. CSP, FJP ja HTMP on omistuksessa, Koillis-Aasian ryhmissä.

Nuolet osoittavat pohjois-etelä vaellusten Han asukasta Pohjois-Keski-Kiinan mukaan historiallisiin. CSP, Chaoshan EY korkean riskin väestöä; FJP, Fujian EY korkean riskin väestöä; HTMP, Henan Taihang Mountain EY korkean riskin väestöä.

geographies Kaakkois-ranta- (Chaoshan ja Fujianin alueet) sekä pohjois-Keski-Kiinassa (Henan ja Shanxi) ovat erillisiä, mutta populaatiot näillä alueilla jakaa suuren riskin EY [9]. Mukaan historiallisiin [10] – [11], Han asukkaat Pohjois-Keski-Kiinan (Henan ja Shanxi Hans) jatkuvasti muuttivat Chaoshan alueelle läpi Fujian paeta sota ja nälkä, ja vähitellen tuli hallitseva asukkaat Chaoshan. Lisäksi familiaalinen yhdistäminen EY on havaittu Pohjois-Keski-Kiinassa ja Chaoshan alue [12] – [14]. Nämä havainnot tukevat suurta merkitystä yhteisten syntyperä edistää geneettisen alttiuden EY riskiryhmien Kiinassa.

Siksi arveltu, että nämä kolme EY riskiryhmien voi olla geneettisesti sukua. Testata hypoteesia tavallisen syntyperä, analysoimme 16 Aasian-erityisiä kaksialleelisten markkerien [1], [15] (SNP) ja seitsemän Y-STR loci analysoitiin tutkia NRY rakenne n korkean riskin CSP, FJP ja HTMP. Todellakin, haplogroup frekvenssi ja pääkomponentti, korrelaatio, hierarkkinen klusterointi, fylogeneettisiin (naapuri-liittymällä puu) ja verkko analysoi kaikki tukevat tiivis geneettinen sukulaisuus CSP, FJP ja HTMP. Selvitettäessä geneettisen taustan EY potilaat voivat auttaa selventämään molekyyligeneettinen mekanismeja ruokatorven syövän synnyn, parantaa arvioinnin riskitekijöistä yksilöitä riskiryhmien, ja edistää tehokkaiden seulonta ja ehkäiseviä toimenpiteitä.

Tulokset

jakelu NRY haplogroups kolmen EY riskiryhmien Kiinassa

haplogroup frekvenssi kolmen EY riskiryhmien perustuivat Y-SNP kirjoittamista. Kuten on esitetty taulukossa 1, 10 Y- kromosomin haplogroups oli Tunnistettu. Y-kromosomi haplogroups kolmen tutkituissa populaatioissa lähinnä klusterin ympärillä O3 *, O3e *, ja O3e1, jotka ovat ominaisia ​​haplogroups Pohjois Itäaasialaiset; yleinen taajuudet olivat 65,16%, 66,21% ja 60,42% varten CSP, FJP ja HTMP vastaavasti ja ei merkittävästi poikkea toisistaan ​​väestön (2-puolinen

X

2 = 4,213,

p

= 0,122). Nämä tulokset tarjoavat todisteita sukulaisuussuhteen näiden kolmen EY riskiryhmien. O *, O1 *, O2a *, ja O2a1, neljä yhteistä haplogroups eteläisellä Itäaasialaiset, esiintyi useammin CSP ja HTMP kuin FJP (2-puolinen

X

2 = 8,355,

p

= 0,015). C *, D1, ja F * haplogroups olivat yleisempiä pohjoisella kuin eteläinen ryhmä, ja niiden yhteenlaskettu taajuudet olivat huomattavasti alhaisemmat CSP kuin kahdessa muussa (2-puolinen

X

2 = 11,327,

p

= 0,003). Nämä tulokset tukevat hypoteesia geenivirran välillä HTMP, FJP, ja CSP.

PC analyysi paljastaa lähellä yhteenkuuluvuus kolmen EY riskiryhmien

PC tontit Y- SNP ja Y-STR taajuudet esitetään kuvioissa. 2 ja 3, vastaavasti, ja ne perustuvat -genotyypitystulosten kolmesta EY riskiryhmien ja muita tietoja muista Kiinan väestö. Kuviot. 2 ja 3 ovat kaksiulotteisia kuvaajia komponenttia 1 (PC1) ja komponentti 2 (PC2). Kumulatiivinen osuus PC1 ja PC2 osuus 79,88% ja 76,88%: lla, koko vaihtelut Y-SNP ja Y-STR, vastaavasti. Kuten on esitetty kuviossa. 2, kolme EY riskiryhmien lähinnä muodostavat klusterin. Kaksi Pohjois Hans populaatioiden (merkitty 4 ja 5) ja Hakka (merkitty 13) väestö, kaksi Etelä Hans (merkitty 22 ja 23) klusterin yhdessä, vastaavasti. Loput Northern Hans ja Etelä Hans muodostavat toisen ryhmän. N korkean riskin CSP on eristetty sekä Guangzhou Han (merkitty 15) ja Hakka populaatioissa. Kolmen EY riskiryhmien ja Manchu muodostavat erillisen klusterin (Fig. 3). Ne läheisempää sukua Kiinan Hans kuin kuuden muun vähemmistöjä. Kuusi vähemmistökansallisuuksien ja yksi Etelä-Han (merkitty numerolla 4) ovat hajallaan. Loput pohjoisen ja eteläisen Hans muodostavat toisen ryhmän.

pääasiallinen-komponentti juoni, sitä pienempi on etäisyys kesken väestö, sitä lähempänä heidän suhteensa. Yleensä 23 populaatiot jaetaan 4 klusterit: kolme EY riskiryhmien, kaksi Pohjois Han väestö (merkitty 5 ja 6) ja Hakka väestöstä, kaksi Etelä-Han väestö (merkitty 22 ja 23) ja loput Pohjois Han ja Southern Han klusteri, vastaavasti. 1, Chaoshan EY korkean riskin väestöä; 2, Fujian EY korkean riskin väestöä; 3, Henan Taihang Mountain EY korkean riskin väestöä; 4, Hebei Han; 5, Liaoningin Han; 6, Xinjiang Han; 7, Shangdong Han; 8, Gansun Han; 9, Shanxi Han; 10, Neimeng Han; 11, Henan Han; 12, Hakka Han; 13, Hunan Han; 14, Hubein Han; 15, Guangzhou Han; 16, Zhejiang Han; 17, Jiangxi Han; 18, Shanghai Han; 19, Anhui Han; 20, Jiangsu Han; 21, Yunnan Han; 22, Guangxi Han; 23, Sichuan Han. 4-11 viittaavat Pohjois Han ja 12-23 Southern Han.

Tämä kartta osuus 76,88% alkuperäisestä geneettinen vaihtelu. Kolmen EY riskiryhmien ja Manchu lomake 2 klustereita; Kolmen pohjoisen Han (merkitty 10-12) ja viisi Etelä Han väestö (merkitty 5-9) muodostavat toisen ryhmän. Loput populaatiot ovat hajallaan. 1, Chaoshan EY korkean riskin väestöä; 2, Fujian EY korkean riskin väestöä; 3, Henan Taihang Mountain EY korkean riskin väestöä; 4, Fujian Han; 5, Anhui Han; 6, Yunnan Han; 7, Henan Han; 8, Zhejiang Han; 9, Guangzhou Han; 10, Dongbei Han; 11, Peking Han; 12, Tianjing Han; 13, Tiibetin; 14, Uygur; 15, Krigiz; 16, Manchu; 17, Shui; 18, Naxi; 19, Zhuang. 4-9 viittaavat Southern Hans, 10-12 Pohjois Hans, 13-17 Pohjois vähemmistökansallisuuksien, 18-19 Southern vähemmistökansallisuuksien.

Korrelaatio analyysi paljastaa positiivinen yhteys kolmen EY korkea -risk populaatiot ja Kiinan Hans

edelleen valaista suhde väestön, suoritimme korrelaatio analyysi perustuu Y-SNP haploryhmä ja Y-STR haplotyyppifrekvenssit (taulukot 2 ja 3, tässä järjestyksessä). Merkittävä positiivinen korrelaatio olemassa kolmesta EY riskiryhmien. Korrelaatiokerroin n korkean riskin CSP ja FJP oli korkeampi kuin välillä CSP ja EY korkean riskin HTMP. Lisäksi Taulukossa 2 esitetään korreloivat positiivisesti välillä HTMP ja suurin osa kiinalaisesta Hans, positiivinen korrelaatio FJP ja ainoa Liaoningin Han, ja positiivinen korrelaatio CSP ja Hakka, Hebei, ja Hunanin Hans (taulukko 2) . Huonon viestintä ja liikenne aiemmissa, Chaoshan ja Fujianin on kenties tullut suhteellisen suljettu yhteiskunta, jossa on vähemmän geenivirta muiden väestö, ja koska EY: n korkean riskin HTMP sijaitsee Keski-Kiinassa, tämä väestö on voinut olla enemmän mahdollisuuksia kommunikoida muiden kiinalaisten Hans. Taulukossa 3 on esitetty positiivinen korrelaatio kolmen riskiryhmien ja Kiinan Hans. Yllättäen tiedot osoittavat positiivista korrelaatiota kolmen tutkituissa populaatioissa ja Manchu, joka on pohjoinen vähemmistö. Mitään merkittävää korrelaatio löytyi muut populaatiot ja kolmen EY riskiryhmien. Ristiriita Taulukoiden 2 ja 3 voidaan liittyvän verrattuna väestön ja erilaiset ominaisuudet STRs ja SNP. SNP: t on ominaista alhainen mutaatioaste ja alhainen todennäköisyydet takaisin ja rinnakkaisia ​​mutaatio, joten SNP-analyysi sopii jäljittämisessä varhaisen demografisista tapahtumista ihmiskunnan historiassa. Mutaatio nopeus yksiöiden on paljon suurempi kuin SNP ja siksi, entinen soveltuvat tutkivat yksityiskohtia demografisia tapahtumista on uudempi aikataulun.

Kolme EY riskiryhmien klusterin Kiinan ja Tiibetin kielen perheen

hahmottelevat geneettisen suhteen kolmesta EY riskiryhmien ja populaatioiden perustuu muihin kielikunnat, teimme vielä Pääkomponenttianalyysin tietojen avulla, edellyttäen valtion Key Laboratory of Genetic Engineering ja Center for antropologinen Studies (School of Life Sciences, Fudanin yliopisto), jotka sisältävät Y-SNP tiedot 64 Kiinan väestön kuuluvat 5 kielikunnat: Kiinan ja Tiibetin, hmong-Mien, Daic ( Baiyue), Austronesialaiset, ja Austroasiatic.

Y-kromosomi haploryhmä profiilit havainneet näissä populaatioissa käsiteltiin tulovektorit PC analyysiä. Kumulatiivinen osuus PC1 ja PC2 osuus 54,85% kokonaismäärästä varianssi. PC pistekuvaajan piirrettiin arvoja PC1 ja PC2 kuten X- ja Y-akselien, vastaavasti. Kuten on esitetty kuviossa. 4, PC1 arvot liittyy tiukemmin klusterointi väestön kuuluvien Kiinan ja Tiibetin kielen perheen; korkea PC2 arvot liittyvät haja jakautumista Kiinan ja Tiibetin väestön. Kolmen EY suuren riskin populaatiot ovat ryhmittyneet oikeanpuoleisin osassa PC juoni, joukossa voimakkain jakelu Kiinan tiibetiläisiä.

Chaoshan, Henan Taihang Mountain ja Fujianin EY riskiryhmien on ryhmitelty yhteen ja sijaitsevat joukossa Kiinan ja Tiibetin väestön, mikä viittaa läheinen geneettinen suhde joukossa.

Korrelaatio analyysi suoritettiin etsimään alkuperä jokaiselle tietokoneelle (taulukko 4). PC1 osoittivat merkittävää negatiivista korrelaatiota PC2 (r = -0,44,

P

0,001). Analyysi PC1 osoitti, että määrä korreloi negatiivisesti haplogroups, vaikka niiden heikko korrelaatioita, oli suurempi kuin positiivisen ryhmiä. O3e * on ainoa haplogroup kanssa merkittävä positiivinen korrelaatio PC1 (r = 0,61,

P

0,05). Varten PC2, lukumäärä positiivisesti ja negatiivisesti korreloivat haplogroups oli samanlainen. O2a * ja O1 edustavat eteläisen aboriginaalien haplogroups Itä-Aasian väestöstä ja O3e * on luultavasti pohjois haplogroup. Kuten on esitetty taulukossa 4, jakelu O3e *, O2a *, ja O1 on vastapäätä kanssa PC1 ja PC2. O3e * korreloi positiivisesti PC1, mutta O2a * ja O1 negatiivisesti korreloivat. O2a * ja O1 positiivisesti korreloivat PC2, mutta O3e * korreloi negatiivisesti. Tämä havainto viittaa siihen, että nämä kolme haplogroups ovat pääkomponentit PC1 ja PC2. Huomattavaa on, että analyysi vain haplogroup O3e * oli yhdenmukainen jakelu Kiinan ja Tiibetin väestön kuvassa. 4. Lisäksi kolme EY riskiryhmien ovat lähes huippuarvo PC1 ja klusterin joidenkin Kiinan ja Tiibetin väestön, mikä viittaa siihen, että EY riskiryhmien ovat tyypillisiä Kiinan ja Tiibetin väestön.

hierarkkinen klusterin analyysi paljastaa eristämisen n korkean riskin klusterin muiden populaatioiden

selventämään lisäksi yhteenkuuluvuus kolmen EY riskiryhmien ja muut kiinalaiset väestön hierarkkinen klusterin analyysi suoritettiin keskimäärin sidos (ryhmien välillä), joka perustuu Y-SNP dataa. Havainnollistamiseksi klusterin kolmen riskiryhmien ja sen suhdetta muihin Hans, Baiyue ja hmong-Mien ryhmiä, olemme mukana 20 kiinalaista Hans [16] – [18], tiedot Liaoningin, Guangzhou ja Guangxin Hans saatiin valtion Key Laboratory of Genetic Engineering ja Center for antropologinen Studies (School of Life Sciences, Fudanin yliopisto), kaksi hmong-Mien (Hän [19] ja Yao [1]) ja kaksi Baiyue väestön (Zhuang ja Dong) [1] ( kuva 5). Tiedot tietojen vertailua on esitetty taulukossa 5. Hierarkkinen ryhmittely analyysi valottaa geneettinen etäisyys väestöryhmistä. Kuviossa. 5, n korkean riskin CSP on geneettisesti lähellä EY korkean riskin FJP ja HTMP. Geneettinen etäisyys FJP ja CSP on lyhin. Lisäksi kolme eristetään muista väestö, mikä merkitsee erityisesti maahanmuuttopolitiikka tapahtuma muinoin.

Näyttää affiniteetti näiden kolmen EY riskiryhmien. Useimmat kiinalaiset Hans ryhmitellään suuri klusteri yläosassa dendrogrammia.

Geneettinen etäisyys analyysi ja rakentaminen fylogeneettistä puu

Jotta voitaisiin edelleen tutkia geneettisiä suhteita näiden kolmen EY riskiryhmien, Rst väliset etäisyydet paria populaatioita laskettu seitsemän Y-STR käyttämällä Alrequin 3.1 -ohjelmisto. Kuusi kiinalaisen populaatiot kuuluivat tähän analyysiin: Zhejiang [20], Henan [21], Dongbei [22], Tianjing [23], ja Hunan Hans [24], ja Tiibetin [25], jotka kaikki kuuluvat kiinalais -Tibetan kieliperheeseen, samoin kuin kolmen EY riskiryhmien. Vuodesta Rst etäisyyttä matriisi, joka on juurtumattomilla naapuri-liittymällä puu oli rakennettu käyttämällä MEGA 2.1 -ohjelmisto (Fig. 6). N korkean riskin CSP liittyi läheisesti n korkean riskin FJP ja HTMP. Kaikki kolme ovat lähempänä Kiinan Hans kuin Tiibetin väestölle. Hunan, Tianjing, Dongbei, ja Henan Hans kootaan yhteen.

Tämä juurtumattomilla puu rakennettiin geneettisten etäisyyksien populaatioiden. Näyttää, että EY riskialttiita Chaoshan on erittäin lähellä n korkean riskin FJP ja että 2 ovat ryhmittyneet EY: n kanssa korkean riskin HTMP. Hunan, Tianjing, Dongbei, ja Henan Hans on ryhmitelty yläosassa puuta.

Verkko analyysi Y-STR haplogroups kolmen EY riskiryhmien

korkein haploryhmä taajuus yhteinen CSP, FJP ja HTMP oli haplogroup O3. Verkkoon haplogroup O3 edelleen rakennettu käyttäen Network 4,516 ohjelmistoa (www.fluxus-engineering.com), joka perustuu kaikkiin haplogroup O3 (mukaan lukien O3 *, O3e * ja O3e1 *) henkilöitä analysoimiseksi välisiä suhteita CSP, FJP ja HTMP. Kuten on esitetty kuviossa. 7, 29 yksilöitä HTMP on 26 Y-STR, korkein Y- yksiöiden taajuus kaikkien, joista kuusi ovat yhteisiä CSP ja /tai FJP. 58 yksilöitä CSP on 47 Y- yksiöiden, 49 yksilöitä FJP on 37 Y- yksiöiden. Y- STR taajuus CSP on hieman suurempi kuin FJP, joka voi johtua maantieteellisen läheisyyden näillä kahdella alueella, ja useammin geenivirran niiden välillä.

Verkossa HTMP enemmän STR haploryhmä polymorfismien kuin CSP ja FJP. Kuusi Y-STR of HTMP ovat osakkeen CSP ja /tai FJP. Ympyrät edustavat suvusta, alue on verrannollinen taajuus, ja väri osoittaa väestöstä alkuperää.

Keskustelu

hypoteeseja tähän tutkimukseen, että EY riskiryhmien Henanin Taihang Mountain , Fujian Minnan, ja Chaoshan alueet Kiina voisi yhteinen syntyperä, perustui historiallisiin siirtolaisuuden ympäri Kiinan. Etelä-Kiinassa (Guangdong piiri) Baiyue väestö muodosti pian ratkaisun nykyhistorian. Ennen 2200 BC, yksi haara Baiyue väestön-the Minyue-oli tärkein ryhmä asuvat Chaoshan rannikon alueita. Pohjois-to-etelä kasvustrategian aloitti keisari Qin Shi Huang aloitti suuri etelään vaellukset Keski-Kiinan Hans 214 eaa lähtien [26]. Han-dynastian (206 BC~220 AD), kolme aallot mittavasta maahanmuutosta osaksi Etelä-Kiinassa johti vähenemiseen kantaväestön tällä alueella. Kirjattua sukutauluihin ja antiikin kirjoituksia aikana pohjoisen Song-dynastian (960~1127 AD), suuri määrä Etelä Fujian ihmisiä, erityisesti Quanzhou ja Putian, asettui Chaoshan alueella [27]. Vähitellen aikana 2000 vuotta, tämä tuli merkittävä väestöä Chaoshan alueella (kutsutaan Helao tai Fulao kansojen), tulevat pääosin Henan ja Shanxi kautta Fujianin hyvin hoidettu kieli ja tavat peräisin Pohjois-Keski-Kiinassa. Koska maantieteellinen eristyneisyys ja historiallinen vaikeuksia matkustusasentoon, Helao /Fulao tuli suhteellisen eristyksissä väestöstä. Tällä hetkellä useimmat Fujianin ja Chaoshan populaatiot uskovat jälkeläisiä Pohjois-Keski-Kiinan Hans, joka tukee sukututkimusasiakirjoissa, kivitauluihin, ja arkeologisen löytöjä [28]. Tiimimme on kerännyt ja analysoinut 40 genealogies eri sukunimet Chaoshan alueilla. Lähes kaikki esivanhemmat nämä 40 genealogies tulee Pohjois-Keski-Kiinassa. Useimmat niistä ensimmäinen ratkaistu Fujian, sitten siirtyneet Chaoshan alue (data julkaisematon). Tämä tulos vahvisti myös aiemmat tiedot ja meidän hypoteesi.

ilmaantuvuus ja kuolleisuus EY on erittäin korkea CSP, FJP, ja HTMP alueilla. Ehdotamme, että Chaoshan rantavyöhykkeen alue on EY suuren riskin alue, koska geneettisen taustan CSP ja FJP myös näille Pohjois-Keski-Kiinassa. Esi EY korkean riskin CSP saattanut peräisin EY korkean riskin HTMP kautta FJP. Tutkimus tarjoaa geneettistä näyttöä tukemaan tätä hypoteesia

Yleensä populaatiot samankaltaisten malleja Haploryhmä jakelun ovat todennäköisesti suhteellisen lähellä geneettistä suhdetta. Tässä tutkimuksessa, kolme EY suuren riskin populaatioita muistuttavat toisiaan jakelu haplogroups O3 *, O3e * ja O3e1 (taulukko 1), mikä viittaa siihen, ne ovat suhteellisen läheistä sukua. PC ja korrelaatio analyysit suoritettiin myös edelleen todentamiseksi geneettistä sukulaisuutta joukossa kolme EY riskiryhmien ja muut ryhmät. Kuten esitetään PC analyysi, isän rakenne n korkean riskin CSP on erilainen kuin Guangzhou ja Hakka Hans, vaikka ne ovat maantieteellisen läheisyyden ja kaikki pitävät itseään jälkeläiset pohjoiskeskisellä Kiina Hans. Sen sijaan EY korkean riskin CSP tiiviisti ryhmittyneet EY: n kanssa korkean riskin FJP ja HTMP, vaikka HTMP ja CSP ovat maantieteellisesti disjunct. Lisäksi korrelaatio analyysi perustuu Y-SNP haploryhmä ja Y-STR haplotyyppifrekvenssit paljasti positiivinen korrelaatio joukossa kolme EY riskiryhmien, mikä edelleen tukee niiden lähellä sukulaisuussuhteen.

Koska historiallisesti kirjattiin 2 vuosituhansien sitten, Etelä-Kiinassa alunperin asuttama Etelä alkuasukkaat, mukaan lukien puhuvat Daic (Baiyue), Itävalta-Aasian, ja hmong-Mien kielillä [29] – [30]. Siksi olemme mukana Daic, hmong-Mien, Kiinan ja Tiibetin, Austronesialaiset, ja Austroasiatic väestön PC analyysin vertailua. Tulokset on esitetty. 4 ja korrelaatio analyysi (taulukko 4) osoittavat, että EY korkean riskin CSP liittyy Kiinan ja tiibetiläisten, ei Baiyues, joka on sopusoinnussa maahanmuuttohistorian CSP. Tulokset hierarkkinen klusterointi analyysi tukee edelleen lähellä sukulaisuussuhteen kolmesta EY riskiryhmien. Lisäksi tuloksemme paljasti myös, että nämä kolme populaatiot ovat lähempänä Yunnan Han ja kahta Baiyue väestön (Zhuang ja Dong) kuin muiden kiinalaisten Hans, mikä viittaa geenivirtaa joukossa. Isän geneettinen rakenne kolmen EY riskiryhmien eroaa muiden kiinalaisten Hans. Fylogeneettiseen yhteenkuuluvuus kolmen tutkituissa populaatioissa edelleen paljastui naapuri-liittymällä puu (Fig. 6). Verkkoon haplogroup O3 (mukaan lukien O3 *, O3e * ja O3e1) osoitti, että HTMP on suurempi STR haplotyypin monimuotoisuus kuin CSP ja FJP, kun taas jakaa jotkut STR mutaatioita kanssa CSP ja FJP, mikä viittaa läheinen suhde joukossa ja edelleen viittaa siihen, että HTMP voi olla progenitoripopulaation varten CSP ja FJP. Yhdessä nämä tulokset tukevat hypoteesia, että EY suuren riskin CSP jakaa yhteiset geneettisten ominaisuuksien kanssa EY korkean riskin FJP ja HTMP, ja että he voivat jakaa viime yhteinen esi-isä. Yllättäen olemme löytäneet positiivinen korrelaatio kolmen EY väestön ja Manchu, pohjoisessa vähemmistö. Syynä tähän affiniteetti ei tiedetä, mutta ehdottaa geenivirran näiden ryhmien välillä.

Vaikka käytimme kahta Y-kromosomin polymorfisia markkereita ja osoittaneet yhdenmukaisia ​​tuloksia useilta analyysien, populaatiot muista EY korkean riskin alueilla eivät olleet mukana tässä tutkimuksessa, joten emme voi tietää, onko kaikki n riskiryhmien yhteinen geneettinen tausta. Tutkia tarkemmin tätä näkökohtaa, laajamittainen tutkimus EY riskiryhmien on tarpeen.

Yhteenvetona patrilineal geneettinen rakenne n korkean riskin CSP, HTMP ja FJP ehdottaa alkuperää geneettisessä taustalla n korkean riskin CSP. Kolmen EY riskiryhmien tässä tutkimuksessa näyttävät jakavat samanlaisen patrilineal geneettinen tausta, joka voi selittää ainakin osittain poikkeuksellisen korkea EY näillä aloilla Kiinassa. Se, missä määrin muista tekijöistä, kuten ympäristön ja tulli voi osaltaan yleisyydestä EY on tutkittava.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteiden kerääminen ja DNA: n eristämiseksi

verinäytteet 211 etuyhteydettömien Terveiden miesten kerättiin kolmesta EY suuren riskin alueilla Kiinassa vuonna 2002-2004; 89 näytteet olivat peräisin Chaoshan alueella, 48 alkaen Henan Taihang vuoristoalueella ja 74 Fujian alue (Minnan alue). Kaikki henkilöt antoivat tietoisen suostumuksen ennen tutkimuksessa mukana. Tutkimuksen hyväksyi eettisen arvioinnin valiokuntien Medical College of Shantou University. Genomi-DNA uutettiin kokoverestä standardi fenoli /kloroformilla menetelmillä [31]. DNA-näytteet säilytettiin -20 ° C: ssa jälkeen uuttamalla.

genotyypin Y kromosomi SNP ja yksiöiden

kolme strategioita käytettiin tyyppiä Y-SNP ja Y-STR. SNP: t ilman pituus muuttuu (emässubstituutiota) genotyypitettiin PCR-pohjainen restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (PCR-RFLP) -menetelmää (aluke tiedot, restriktioentsyymejä, kuvio polymorfismi, ja PCR-olosuhteet ovat taulukossa 6) [17], [32 ]. SNP pituus vaihtelu (esim., Deleetio tai insertio) on kirjoitettu fluoresenssilla PCR (pohjamaali tiedot ja PCR-olosuhteet ovat taulukossa 7), ja fluoresenssileimattua pidentymistuotteet elektroforoitiin 3100 Genetic Analyzer (ABI yhtiö, USA). Y-STR analysoitiin myös tällä menetelmällä (taulukko 7). Analyysi M1 polymorfismin (Alu lisäys, jota kutsutaan myös YAP, katso taulukko 6) oli agaroosigeelielektroforeesilla suoraan PCR: n jälkeen [33]. Kaikki alukkeet syntetisoitiin Sangon Co. (Shanghai, Kiina). Restriktioendonukleaasit hankittiin New England Biolabs, USA. Y-SNP haploryhmä toimeksiantoja perustuivat kirjoittamista tuloksiin. Fylogeneettiseen kaavio 17 haplogroups määritelty 16 Y-SNP on esitetty. 8 [34].

Tässä kaaviossa määritelty 16 Y-kromosomi kaksialleelisten markkerien vedetään mukaan NRY haplogroup puu Itä-Aasiassa (esitetty viite 34). Tuorein markkereita määritellään haplogroups ovat vieressä oksat.

Tietojen analysointi

Y-SNP haploryhmä jokaisen yksilön määriteltiin mukaan -genotyypitystulosten ja Fig. 7. Y-kromosomi haplogroups voidaan pitää monophyletic haaran sisään fylogeneettiseen puu (ts joukko haplogroups kattaa kaikki jälkeläiset tuoreimpaan yhteinen esi, päätellä jaettu mutaatioista). Esimerkiksi O3 *, O3e *, ja O3e1 * kaikilla T → C mutaatio lokuksessa M122. O3 * on esi haplogroup että M122C alleelien, kun taas O3e * ja O3e1 * ovat 2 johdettu haplogroups ylimääräisiä mutaatioita, M134 ja M117, vastaavasti. Haplogroup frekvenssi laskettiin ja verrattiin joukossa kolme EY riskiryhmien. Chi-square suoritettiin arvioimaan eroja haplogroup frekvenssi väestöryhmistä.

PC analyysi ja korrelaatio analyysi suoritettiin vertaamaan sukulaisuussuhteen kolmesta EY riskiryhmien ja muut ryhmät. Tutkimuksessa populaatiot määriteltiin Pohjois-Aasian (NEAPs) ja Etelä-Aasian populaatiot (kiemurtelee) mukaan niiden maantieteelliset sijainnit. Jangtse käytettiin maantieteellinen raja erottaa NEAPs ja kiemurtelee; NEAPs jaettiin edelleen Pohjois Hans (NHS) ja Pohjois vähemmistökansallisuuksien (NMNs), ja kiemurtelee määriteltiin Etelä Hans (SHS) ja eteläinen vähemmistökansallisuuksien (SMNs). Muita Y-SNP sallittuja tietoja jakamiseksi suuren kiinalaisen Han väestön 2 ryhmään (tarkemmat vertailutietoja, katso taulukko 5): NHS, mukaan lukien Hebei [17], Liaoningin, toimittamat tiedot valtion Key Laboratory of Genetic Engineering ja Center for Anthropological Studies (School of Life Sciences, Fudanin yliopisto), Xinjiang, Gansu, Shanxi, Neimeng [16], Shandong ja Henan [17] populaatiot; ja SHS, kuten Hakka [18], Hunan, Hubein, Zhejiang, Jiangxin, Shanghai, Anhui, Jiangsu, Yunnan, Sichuan [17], Guangzhou ja Guangxin populaatiot, toimittamat tiedot valtion Key Laboratory of Genetic Engineering ja Center for Anthropological Studies (School of Life Sciences, Fudanin yliopisto). Lisätty analyysi olivat Y-STR tiedot 16 populaatioita, jotka olivat koko väestön että voisimme saada viittauksia.