Krooninen sairaus

tiivistelmä

Koska transkription sääntelytoiminta estrogeenireseptoripositiivisten (ER) moduloi sen biokemialliset kofaktoreita, geneettinen vaihtelu sisällä ER kofaktorin geenit voivat muuttavat soluvaste estrogeenin altistuksen ja näin ollen muuttaa riskiä kohdun limakalvon syöpään. Me genotyyppi 685 koodaus SNP 60 ER kofaktori geenien 564 kohdun limakalvon syövän tapauksissa ja 1510 tarkastuksia Ruotsista, ja testataan niiden yhteenliittymien kanssa kohdun limakalvon syöpään. Olemme tutkineet yhdistysten yksittäisten SNP käyttämällä suuntaus testi sekä useita SNP geenin sisällä tai geeni kompleksi käyttämällä monimuuttujatestauksia yhdistys analyysi. Mitään merkittävää yhdistys ei havaittu mitään yksittäisten SNP tai geenejä, vaan marginaalinen yhdistys kumulatiivisen geneettisen vaihtelun

NCOA2

monimutkainen kokonaisuudessaan (

NCOA2

,

CARM1

CREBBP

,

PRMT1

ja

EP300

) kohdun limakalvon syövän riski havaittiin (P

oikaistu = 0,033). Kuitenkin yhdistys ei toistettavissa riippumattoman eurooppalaisen aineisto 1265 tapauksia ja 5190 tarkastuksia (P = 0,71). Tulokset osoittavat, että yhteinen geneettisiä variantteja sisällä ER kofaktori geenit eivät todennäköisesti merkittävä rooli endometriumin syöpäriskin Euroopan väestöstä.

Citation: Li Y, Low HQ, Foo JN, Darabi H, Einarsdόttir K, Humphreys K, et al. (2012) Genetic vaihtoehdot ER kofaktoripeptidi Geenit ja endometriumin syöpäriski. PLoS ONE 7 (8): e42445. doi: 10,1371 /journal.pone.0042445

Editor: Chunyan Hän, Indiana University, Yhdysvallat

vastaanotettu: 12 maaliskuu 2012; Hyväksytty: 06 heinäkuu 2012; Julkaistu: 02 elokuu 2012

Copyright: © Li et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä löytö aineisto tukivat rahoituksella American Cancer Society, National Institutes of Health, Department of Defense, Ruotsin Cancer Society, Swedish Research Council ja viraston tiede-, teknologia- ja tutkimus Singapore (A * STAR). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen. Validointi aineisto rahoitettiin seuraavasti: ANECS rekrytointi tukivat projektin avustuksia National Health ja Medical Research Council of Australia (ID # 339435), The Cancer neuvosto Queensland (ID # 4196615) ja syövän neuvoston Tasmania (ID # 403031 ja tunnus # 457636). HAKU rekrytointi rahoitti ohjelmaa avustusta Cancer Research UK [C490 /A10124]. Asia genotyypitys tukivat National Health ja Medical Research Council (ID # 552402). Ohjaus data tuotettiin Wellcome Trust Case ohjaus Consortium (WTCCC) 2, ja täydellinen luettelo tutkijat, jotka ovat osallistuneet sukupolven data on saatavilla WTCCC verkkosivuilla. Tekijät myöntävät käyttö DNA Britannian 1958 syntymäkohortti kokoelma, rahoittama Medical Research Council apurahan G0000934 ja Wellcome Trust myöntää 068545 /Z /02. Rahoitus tämän hankkeen tarjosi Wellcome Trust alla palkinto 085475. Rahoittajat ei ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

kohdun limakalvon syöpä on yleisin gynekologinen syöpä länsimaissa ja sen esiintyvyys on kasvussa [1]. Biologiset, kliiniset ja epidemiologiset tutkimukset ovat osoittaneet, että pelkän estrogeenin stimuloi solujen proliferaatiota ja indusoi karsinooma kehitystä kohdun limakalvon syöpä [2], [3]. Estrogeeni pelaa rooli kohdun limakalvon syövän kehittymisen kautta estrogeenireseptorin edistämällä sen dimerointi ja translokaation tumaan, jossa se moduloi ilmaus estrogeenin reagoiva geenien [4].

Tehokas transkription sääntelyä estrogeenireseptori edellyttää osallistuminen luokan proteiineja tunnetaan tumareseptori jaksoihin, jotka koostuvat koaktivaattoreiden ja korepressoreiden [5], [6]. Nämä jaksoihin on tärkeä rooli erilaisissa ihmisten sairauksien, kuten syövän ja jotkut aineenvaihdunnan häiriöt [7]. Tumareseptorin koaktivaattoreiden ovat nopeutta rajoittavia steroidi-reseptorivälitteisen geenin transkription [8] – [10] ja on kyky kääntää squelching on transkriptionaalista aktiivisuutta yhden steroidi-reseptorin toisella [9]. Sen lisäksi, että toimivan siltana reseptorien ja yleisen transkriptiokoneiston, ytimen reseptorin koaktivaattoreiden toimia kofaktorina kompleksit vaikuttavat reseptorin transkription sääntelyn kautta erilaisia ​​mekanismeja, kuten fosforylaatio, asetylaatio, metylaatio, Silmukointi ja chromatin remontin [10], [11 ].

Yksi perhe koaktivaattoreiden, The P160 perhe on hyvin tiedetään sitoutuvan suoraan hormoni-aktivoitu estrogeenireseptorin rekrytoida toissijainen koaktivaattoreiden [12], [13], jossa

CREBBP

ja

CARM1

muodostavat vuorovaikutuksen verkkotunnuksen, joka fyysisesti limittyy liittyvät siirrettävien aktivaatiodomeeneista n P160 perheenjäsenten [14]. Lisäksi on raportoitu, että ternäärinen kompleksi on muodostettu

NCOA2

,

CARM1

ja

EP300

tai

CREBBP

voitaisiin lisätä estrogeenireseptori (ER) funktio käytettäessä augmentation tavalla [15].

Vaikka yhteisessä geneettistä vaihtelua hormonaalisia geenejä [16], [17] ja estrogeenin metaboliareittiin [18] on osoitettu liittyvän endometriumin syöpäriski, geneettinen vaihtelu ER kofaktori geenit, tietojemme mukaan ei huolellisesti tutkittu heidän osallistumisensa kehittämisessä kohdun limakalvon syöpään.

nykyisessä paperi, pyrimme toteuttamaan kattavan yhdistys tutkimus polymorfismit sisällä ER kofaktorina geenien endometriumin syöpäriskiä. Teimme löytö tutkimuksen väestöpohjaisen endometriumsyöpään otos postmenopausaalisilla Swedish women ja suorittaa validointi analyysi itsenäisen Euroopan aineisto.

Tulokset

Discovery Analysis

yhteensä 564 tapausta ja 1510 kontrollia sisällytettiin löytö analyysi (taulukko 1). Kaikki tapaukset ja kontrollit olivat postmenopausaalisia Swedish women. Olemme onnistuneesti genotyyppi 685 tag SNP sisällä 60 ER cofactor geenejä, jotka voivat kaapata 2410 yhteinen SNP (MAF 5%), jossa 91% peitto keskimäärin (r

2 0,8) mukaisesti HapMap tietokantaan. Näistä 51 geenit oli peitto yli 80%. Tiedot SNP kattavuuden arviointi on yhteenveto taulukossa S1. Lisäksi olemme arvioidaan uudelleen kattavuus samoja tag SNP vaihtoehtojen MAF 5% 1000 genomeja projektitietokantaa, joka on päivitetty ja kattavampi luettelo ihmisen genomin vaihtelua. Keskimääräinen kattavuus laski 64% ja 19 geenit oli peitto yli 80%. Kuitenkin r

2 0,8, 5084 SNP oli kaapattu keskuudessa 7141 SNP 60 geenit.

Niistä 685 tag SNP analysoitiin, nimellisarvo P-arvot alle 0,05 löytynyt 42 SNP (6,13%). Q-Q käyrä havaitut p-arvoja yhdistys testeissä on esitetty kuvassa 1, jossa genominen ohjaus inflaatiotekijä on 1,058, ilman selkeää näyttöä poikkeamana null. Merkittävin yhdistys havaittiin SNP rs130052 (MMM = 0,13) sisällä

CREBBP

geeni (riskisuhde (OR) = 1,41 (95% CI 1,16-1,72), ikävakioitu P = 0,002). Syrjäisimmillä alueilla tai ilman ikään säätö olivat samankaltaisia. P-arvot yksittäisten SNP voisi kuitenkin hengissä Bonferronin korjauksen useita testejä.

Arvioimme lisäksi yhdistys on perimä kunkin yksittäisen ER kofaktorin geeni suorittamalla useita variantti yhdistys analyysi kautta Admixture Farrow (AML) testi, tarjota geenipohjaisten P-arvo (taulukko S3). Löysimme yhdistysten neljästä geenistä,

CREBBP

(P = 0,017),

NEDD4

(P = 0,030),

NCOA2

(P = 0,037) ja

NR0B1

(P = 0,031) ja nimellinen P arvojen 0,05 (taulukko 2). Kuitenkin korjauksen jälkeen useita testejä, mikään yhdistysten pysyi merkitsevästi yhteydessä endometriumin syöpäriskiä.

Koska ER kofaktorin geenien hoitavat tehtävänsä kautta proteiinikomplekseina, tutkimme yhdistysten viiden ER kofaktori komplekseja käyttäen AML, nimittäin P160 perhe liittyvät histonien asetylointi metylaatio komplekseja (jotka sisältävät

CARM1

,

PRMT1

,

CREBBP

,

EP300

,

NCOA1

,

NCOA2

ja

NCOA3

); RNA käsittely monimutkainen (

PPARGC1A

,

PPARGC1B

ja

SRA

); Pol II rekrytointi kompleksi (

MED13

ja

PBP

); ligandista riippuva korepressoreiden (

NRIP1

ja

LCoR

) ja histonideasetylaaseja monimutkainen (

HDAC7

ja

NCoR1

). Viidestä kompleksien P160 perhe liittyvät histonien asetylointi ja metylointi monimutkainen osoitti yhdistys (P

yleinen = 0,023), mutta yhdistys ei selvinnyt korjausta testaamiseen viisi riippumatonta monimutkainen ryhmään (P

yleinen = 0,115) ( taulukko 3).

Koska kolme yksittäistä P160 histoni asetylaatio metylaatio komplekseja (

NCOA1

,

NCOA2

ja

NCOA3

) olla selvä rooli transkription säätelyyn, me tutki tarkemmin näiden yhteenliittymät sub-kompleksit käyttäen AML testiä . Vaikka

NCOA1

ja

NCOA3

Saharan kompleksit eivät osoittaneet yhdistys,

NCOA2

Saharan kompleksi osoitti merkittävää yhteyttä (P

yleinen = 0,011) ( taulukko 4), joka pysyi merkittävän korjauksen jälkeen testataan kolmea osa-kompleksit (P

yleinen = 0,033).

Validation Analysis käyttäminen in Silico replikointi Set

Vaikka kumulatiivinen geneettiset variantit P160 perhe monimutkainen eivät olleet merkittäviä jälkeen useita, edelleen sub

–

monimutkainen analyysi voi osoittaa lähteen signaali sijaitsee

NCOA2

sub-kompleksi. Siksi yritimme vahvistaa tuloksen riippumattoman eurooppalaisen aineisto 1265 kohdun limakalvon syövän tapauksissa ja 5190 tarkastuksia, joille GWAS Genotyyppaustulokset olemassa [19]. Poimimamme SNP päässä Illumina Infinium 610K array paneeli sijaitsee 5 kb reunustavat viisi geeniä osa-kompleksi. Kaikkiaan 65 SNP tunnistettiin ja 53 SNP läpäissyt laadunvalvontaa (taulukko S4). Kattavuus yhteinen SNP oli 96%

NCOA2

, 86%

CREBBP

, 80%

CARM1

, 50%

EP300

ja 20%

PRMT1

(taulukko S5). AML koe levitettiin kutakin viittä geenien ja koko sub-kompleksi (taulukko 5), mutta mikään niistä osoittivat merkittävää yhteyttä (P = 0,71 varten osa-kompleksi).

riittävä genotyyppi SNP ja suuri kattavuus antanut meille mahdollisuuden tehdä syyksi analyysin kaksi geeniä,

NCOA2

ja

CREBBP

sekä Ruotsin ja Euroopan näytteitä. Kaikkiaan 19 SNP on

CREBBP

ja 270 SNP on

NCOA2

oli jaettu näiden kahden aineistoja. Suoritimme meta-analyysin tulokset näiden SNP poikki kaksi aineistot. Ei kuitenkaan SNP todettiin olevan merkittävästi liittyvän kohdun limakalvon syövän (taulukossa 6 ja S6).

Keskustelu

Tietääksemme tämä on ensimmäinen kattava analyysi yhdistyksen välisestä polymorfismien ER kofaktorin geenien ja kohdun limakalvon syövän riskiä. Emme löytäneet merkittävää yhteyttä yksi- SNP tai yksittäisiä geenejä, jotka liittyvät endometriumin syöpäriskiä. Vaikka geneettinen vaihtelu

NCOA2

monimutkainen kokonaisuudessaan on marginaalisesti liittyy endometriumin syöpäriskin Ruotsin väestöstä, emme onnistuneet vahvistaa tämän toteamuksen riippumattoman tutkimuksen aiheita eurooppalaisten syntyperää.

Perissi ja Rosenfeld [13] on kuvattu lukuisia säätelijäproteiinien-komplekseja, jotka toimivat ER välittämän transkription säätelyyn eri toiminnoilla ja entsymaattisen toiminnan. Tekemä tutkimus Lee ja kollegat osoittivat, että

NCOA2

,

CARM1

ja

EP300

tai

CREBBP

muodostavat kolmen komponentin kompleksin, joka voisi parantaa estrogeenireseptorin ( ER) toimivat synergistisesti, niin että [15]. Vaikka löytö analyysin tutkimuksessamme osoitettu toisarvoinen merkitys, että kumulatiiviset vaikutukset useita muunnelmia

NCOA2

kompleksi voi olla panos kohdun limakalvon syövän, yhdistys ei saataisi itsenäisessä näytteessä.

on raportoitu [20], [21], että ER koaktivaattoreiden ovat yleisesti ilmaistu ER-positiivisia kohdun limakalvon syöpä tai hyvin eriytetty, hormonaalisia endometriumsyöpään sijaan ER-negatiivinen kohdun limakalvon syöpä. Näin ollen on todennäköistä, että ER kofaktoreita säädellä estrogeeni sitoutumalla estrogeenireseptoreihin ER-positiivisia kohdun limakalvon syöpä. Valitettavasti emme pystyneet suorittamaan alaryhmä analyysi takia otoksen koon rajoittamista ja ER tilatietoja puute. Kuten

NCOA2

kompleksi muodostuu 5 geenejä (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1

ja

EP300) B ja kattavuus yhteinen SNP on alhainen (50%

EP300

ja 20% vuonna

PRMT1

) in validointi näytteistä, emme voineet kohdistaa SNP analysoitiin löytö tutkimuksessa. Ikä ja muut riskitekijät saattavat vaikuttaa tuloksiin, mutta valitettavasti emme voineet tehdä oikaisu puutteen vuoksi tietojen Validointitutkimuksessa.

Väestö kerrostuminen on tärkeä kysymys geneettisten assosiaatiotutkimuksessa. Sillä validointitiedot Tämän tutkimuksen kaikki tarkastukset olivat UK ja oli tutkittu huolellisesti sulkea mitään aiheita Euroopan ulkopuolisten syntyperää [22]. Kaikki tapaukset olivat Australian ja olivat myös Euroopan syntyperä. Siksi säätimet ja tapaukset ovat samaa etnistä syntyperää. Lisäksi tämä aineisto on käytetty aikaisemmin julkaistu GWAS analyysi [19], jossa PCA-analyysi osoitti, että väestö kerrostuminen on vähäinen. Johdonmukaisesti, The λ

GC arvo genominlaajuisten tuloksia on hyvin pieni (1,04). Yhdessä nämä tulokset viittaavat siihen, että tapaukset ja valvonnan validointi aineisto käytetään nykyisessä tutkimuksessa olivat hyvin yhteen geneettisesti, ja geneettinen yhdistys tulokset nykyisen tutkimuksen ei pitäisi kärsiä haitallisia vaikutuksia väestön kerrostumista.

nykyinen tutkimus tarjosi kattavan analyysin yhteisten geneettisiä variantteja sisällä ER kofaktorin geenejä. Ensinnäkin suuri määrä tag SNP kattoi keskimäärin 91% yhteisten vaihtelu (MAF 5%) sisällä 60 kandidaattigeeneihin perustuu HapMap CEU tiedot (NCBI36) (taulukko S1). Keskimääräinen kattavuus laski 64%, joka perustuu 1000Genomes CEU tiedot (NCBI37), mutta määrä jää SNP: iden kasvoi 2585 ja 5084. Imputoinnilla analyysi suoritettiin löytämisen ja validointi näytteiden arvioida lisää tyypittömässä SNP: itä, ja sen varmistamiseksi, että samaa sarja polymorfismien analysoitiin löytö ja replikointi näytteitä. Joissa on yhteensä otoskoko 1829 tapauksia ja 6700 tarkastukset, Tutkimuksemme oli kokonaistehosta 85% merkittävyystasolla 0,05 havaita syy alleelin MAF yli 0,1 ja OR yli 1,2 kohdun limakalvon syöpään. Emme kuitenkaan ole löytänyt mitään todisteita yhdistyksen, vaikka yhdistys arvioitiin käyttämällä yksittäisten SNP, geenien tai ER kofaktori monimutkaisia ​​tehtävät kokeet. Siksi tutkimuksemme on osoittanut, että yhteisen polymorfismit näissä geenit eivät todennäköisesti merkittävä rooli yleisessä endometriumin syöpäriskin Euroopan väestöstä. Emme kuitenkaan voi sulkea pois sitä mahdollisuutta, että jotkut SNP voisi liittyä kohdun syöpä selviytymisen. Lisätutkimuksia tarvitaan tutkia jos yhteistä variantteja heikompi vaikutus tai harvinaisia ​​muunnoksia näissä geenit saattavat olla merkitystä vaikuttavat kohdun limakalvon syövän riskiä ja selviytymistä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics Statement

Tämä tutkimus hyväksyi Institutional Review Boards Ruotsissa ja National University of Singapore, National Health ja Medical Research Council of Australia ja Wellcome Trust Case Ohjaus Consortium UK. Potilaat Tämän käsikirjoituksen on antanut kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen julkaisemiseen runko-osat.

Tutkimus väestö- ja DNA Extraction

Ruotsin väestöstä.

Taulukossa 1 esitetään yhteenveto alkuperää, ja numerot tapausten ja kontrollien tässä tutkimuksessa käytetyt. Koehenkilöille kahdesta itsenäisestä väestön Ruotsista ja vaiheen 1 näyte joukko äskettäin julkaistun endometriumsyöpään GWAS [19]. Tiedot Ruotsin väestöstä valintaprosessi tätä tutkimusta on julkaistu aiemmin [23], [24]. Lyhyesti, 564 kaikista kohdun limakalvon syövän tapauksissa naisilla 50-74 vuotta iässä tunnistettiin valtakunnallisen syöpärekisterit Ruotsissa vuodesta 1994 vuoteen 1995. Tuona aikana 1510 ikä-taajuus verrokeilla valittiin satunnaisesti Ruotsin rekisterin koko väestöstä. Kaikki tapaukset ja hallintalaitteet ilman aiempaa pahanlaatuisen rekrytoitiin tutkimukseen. Vain naisille, joilla on kohtu katsottiin tukikelpoisiksi valvontaa. Kaikki kelvolliset aiheet tarjotaan riskitekijä tietoja kuten ikä, lisääntymis- historia ja painoindeksi (taulukko S2), joka saatiin kyselyillä.

In silico

validointi aineisto.

meidän validointidataa tehtiin alkaen 1. vaihe GWAS kohdun limakalvon syövän, yksityiskohtainen muualla [19]. Yhteenvetona vaihe 1 tapaukset olivat ensisijainen endomet- alatyypin endometriumsyöpään potilaalla esiintyy Euroopan syntyperä Australiasta (Australian National endometriumsyövän Study (ANECS)) ja Yhdistyneessä kuningaskunnassa (Studies of Epidemiology ja riskitekijät Cancer Heredity (HAE) Vaihe 1 tarkastukset ovat genotyyppi osana Wellcome Trust Case valvonta Consortium (WTCCC) Englannista, ja mukana 2694 tarkastuksia vuoden 1958 syntymäkohortti (1958BC) (a population-based study Yhdistyneessä kuningaskunnassa yksilöiden syntynyt 1 viikko 1958) ja 2496 tarkastukset tunnistetut Britannian kansallisen Veripalvelu (NBS) [22]. tiedot epidemiologiset riskitekijöihin tapauksessa aiheita ANECS ja HAE kerättiin kunkin kyselylomakkeilla kahden tutkimuksen. Näitä tietoja ei ollut saatavilla tässä tutkimuksessa.

löytämisen ja validointi näytteitä, bio-näyte kerättiin kirjallinen ilmoitti-suostumuksen hyväksymiä institutionaalisten tarkastuslautakunta.

Candidate Gene, Tagging SNP valinta ja genotyypin

yksityiskohdat ER kofaktorin geenien ja tag SNP valinta on kuvattu aiemmin [25]. Lyhyesti, geeni valinnat perustuivat kriteerien että geeni tulisi koodata ER kofaktoriproteiini. Valitsimme tag SNP sisällä 60 kandidaattigeeneihin perustuu HapMap CEU tiedot (Rel # 22 /vaiheen II Apr07 puolesta NCBI B36 kokoonpanoon, dbSNP B126). Käyttämällä pareittain SNP koodaus lähestymistapa r

2 0,8 Haploview [26] (versio 4), 806 koodaus SNP kanssa MAF yli 0,05 valittiin sisällä introneja, eksonit ja 5 Kb aluetta reunustavan kunkin geenin. Kaiken kaikkiaan 790 tagSNPs poikki 60 geenit onnistuneesti suunniteltu ja genotyyppi on kaikki saatavilla DNA-näytteet tapausten ja kontrollien kanssa Illumina GoldenGate Pitoisuus noudattamalla valmistajan ohjeita. Niistä 105 SNP jätettiin perusteella 81 SNP ottaa puhelun hinnan alle 0,96, 6 SNP jos asiasta ei ole Hardy-Weinberg Equilibrium testi (P ​​ (0,05 /685)) ja 18 SNP joiden MAF 0,01. Lopuksi 685 tagSNPs sisällytettiin tilastolliseen analyysiin. Genotyypin monistettiin 2% näytteistä ja oli konkordanssin 99% välillä päällekkäisiä näytteiden, mikä viittaa korkea genotyypitys tarkkuus.

validointi analyysin SNP geenissä

NCOA2

,

CREBBP

,

PRMT1

,

EP300

ja

CARM1

vedettiin 610 K paneeli perustuu fyysinen sijainti 5 kb kylkeen tietyn geenin alueilla. Yksityiskohtia genotyypin on kuvattu aikaisemmin [19]. Lyhyesti, tapausta genotyypattiin kanssa Illumina Infinium 610 K array ja valvonta genotyypattiin käyttämällä Illumina Infinium 1,2 M array (taulukko 1). Seuraavia kriteereitä käytettiin SNP suodatus: soita korko ≥95%, jos MAF ≥5% (tai soita korko ≥99%, jos MAF 5%), HWE P 10

-12 (tapaukset) (tai HWE P 10

-7 jos mitään ristiriitaa kontrolliryhmiin) ja P 10

-6 (valvonta). Päällekkäiset vastaavuutta oli yli 99,9%. Kotelot ja kontrollit rajattu seuraavat kriteerit: sukupuoli kaikista näytteistä vahvistettiin naisten; identiteetti-by-laskeutuminen analyysi perustuu identiteettiin-by-tilaan tehtiin havaitsemaan ensimmäisen asteen cryptic suhteita; periaatteen komponenttien analyysi (PCA) käytettiin poistamaan ei-Euroopan syntyperä ja kaikki näytteet, joilla on alhainen tai korkea heterotsygotian ( 0,65 tai 0,68) tai soita asti 97% suljettiin pois. Kaikkiaan 1265 tapausta ja 5190 verrokkia käytettiin analyysiin.

Tilastollinen analyysi

riskin arvioimiseksi yhdistyksen välillä SNP ja kohdun limakalvon syövän riskiä, ​​per-alleelin kerroinsuhde (syrjäisimmillä alueilla) ja 95% luottamusvälit arvioitiin käyttämällä logistista regressiota sekä ruotsiksi ja validointi GWAS Genotyyppaustulokset. Cochran-Armitage suuntaus testiä käytetään laskettaessa P-arvoja. Koska kontrollit olivat nuorempia kuin tapauksia ruotsalaisen tutkimuksen, ikä diagnoosin /ilmoittautuminen (jatkuvana muuttujana) sisällytettiin säätöä varten. Käytimme Bonferroni korjaus säätää useita testaus (685 testit yhdistyksen), vaikka tämä ei konservatiivinen koska kaikki testit ovat riippumattomia. Koska tiedot ikä oli poissa edellyttäen GWAS tiedot, teimme Adjustoimaton analyysi validointi asetettu.

Kaiken todisteita assosiaation perimä ER cofactor monimutkainen ja kohdun limakalvon syövän riskiä arvioitiin käyttämällä sekoittumisen Maximum Likelihood (AML) menetelmällä, joka on kuvattu yksityiskohtaisesti Tyrer et ai [27] ja edellisessä tutkimuksessa [18]. Lyhyesti, ohjelmisto AML testiä arvioi koe-viisasta merkitys tutkimalla empiirinen jakauma yksittäisen markkerin testisuureen perustuu ”pseudo-uskottavuussuhde” testi, vertaamalla suhde arvojen optimoitu todennäköisyydet alle nolla ja vaihtoehtoisia hypoteeseja havaitun datan, jossa vastaavat arvot saadaan tietomäärien kanssa tapaus-verrokki tila permutoidun satunnaisesti. Menetelmä perustuu sovittamalla seoksen malli jakeluun testin tilastojen ja on kaksi osaa, joista toinen edustaa SNP jotka ovat riippumattomia tapaus-verrokki asema, muut edustavat SNP liittyvä tapaus-verrokki tila. Sen määrittämiseksi, onko olemassa kumulatiivinen vaikutus useista muunnoksia, Cochran-Armitage testisuureen siihen liittyviä SNP oletetaan kaikilla on sama kuin keskeisyys parametriarvoa (khiin neliö). Yhteinen vaikutus koko liittyvien SNP: iden sisällä monimutkaisia ​​on myös arvioitu kautta ei-keskeinen parametri. Suoritimme AML-pohjainen maailmanlaajuinen testi yhdistys 5 ER cofactor komplekseja, 3 sub-kompleksit ja 60 ER kofaktori geenien erityinen analyysi ruotsiksi analyysi, sekä NCOA2 Saharan monimutkainen validointi tietojen analysoinnin. Tämä testi arvioi koe-viisasta merkitys tutkimalla empiirinen jakauma yksittäisen markkerin testisuureen, jotta voidaan määrittää, onko olemassa kumulatiivinen vaikutus useista muunnoksia.

imputointimenetelmien analyysi

NCOA2

(CHR 8: 71181-71484 kbp) ja

CREBBP

(CHR 16: 3720-3875 kbp), me laskennalliset kahden alueen kahdessa aineistot: 2074 Ruotsin näytteitä ja 6455 validointi näytteitä, käyttämällä niiden genotyyppi SNP joiden genotyypit kaikki läpäisi QC kynnysarvot (puhelun hinnan 90%, MAF 1%, HWE P 10

-6 kontrolleissa). Imputointi suoritettiin käyttäen tietoja 1000 Genomes [28] referenssinä paneeli 0 ja datan HapMap III [29] referenssinä paneeli 1 (CEU data) yhdessä imputointia analyysin suosittelemia laatijoiden Impute2. Laskennalliset genotyypit todennäköisyydellä alle 90% suljettiin pois; ja SNP kanssa imputoidaan info alle 80%, MAF alle 1%, HWE P 0,0001 kontrolleissa ja puuttuvat suurempi kuin 10% genotyyppien olivat laskeneet edelleen analyysiä. Association testaus suoritettiin Plink [29] käyttämällä Cochran-Armitage suuntaus testi analysoida genotyyppi-fenotyyppi yhdistys molemmissa tutkimuksissa. Meta-analyysi, Cochran-Mantel-Haenszelin testiä sovellettiin testaamaan genotyyppi-fenotyyppi yhdistys yhdistetyssä näytteissä käsittelemällä kahden yksittäisen näytteen koska riippumattomat tutkimukset. Breslowin päivän testi ja Q koe tehtiin arvioimaan merkitystä heterogeenisuus yksittäisten tutkimusten.

SNP assosiaatio-analyysit suoritettiin käyttäen STATA versio 8.0 (StataCorp, College Station, TX, USA). Kytkentäepätasapaino- (LD) laskelma suoritettiin Haploview versio 4.1 [26]. AML-analyysi suoritettiin käyttäen ohjelmistoa saatu laatijat menetelmän [27]. Ohjelmisto Quanto version 1.2.3 käytettiin tehon arviointi [30]. Ohjelmisto imputoidaan versio 2 [31], [32] käytettiin laskennallisten genotyypin tietojen tyypittömässä SNP.

tukeminen Information

Taulukko S1.

kattavuus arviointi yhteisten muunnos 60 ER kofaktori geenejä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s001

(DOC) B Taulukko S2.

Valitut ominaisuudet löytö näytteen asetettu Ruotsin väestöstä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s002

(DOC) B Taulukko S3.

Gene perustuva AML testi endometriumin syöpäriskin Ruotsin väestöstä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s003

(DOC) B Taulukko S4.

P-arvot 53 SNP uutetaan GWAS jälkeen PCA säädön.

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s004

(DOC) B Taulukko S5.

kattavuus vertailu 5 NCOA2 sub-kompleksin geenien välillä ruotsalaisen tutkimuksen ja GWAS analyysi.

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s005

(DOC) B Taulukko S6.

Jaettu laskennalliset ja genotyyppi SNP sekä ruotsiksi GWAS analyysi NCOA2 ja CREBBP geenejä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s006

(DOC) B

Kiitokset

Haluamme kiittää Heng Khain Koon ja Ong Eng Hu Jason genotyypin määritystä varten, Frans Verhoeff käsittelyä varten Genotyyppaustulokset.

Olemme myös kiitollisia kaikille naisille, jotka ottivat aikaa ja vaivaa osallistua tässä tutkimuksessa.

ANECS ja ETSI kiitos Penny Webb ja ANECS tutkimusryhmä, Itä Cancer rekisteröinti ja tiedotuskeskus ja ETSI tutkimusryhmä, lukuisia toimielinten ja niiden henkilöstön, jotka tukivat rekrytointia, ja tunnustaa panos meidän kliininen ja tieteelliset yhteistyökumppanit ja niiden henkilöstölle. Katso https://www.anecs.org.au/for täydellinen luettelo ANECS Group ja muita tukijoita ANECS.

yhteistyökumppaneita sisältävät

:

Caroline Baynes Don Conroy, Bridget Curzon, Patricia Harrington, Sue Irvine, Clare Jordan, Craig Luccarini, Rebecca Mayes, Hannah Munday, Barbara Perkins, Radka Platte, Anabel Simpson, Anne Stafford ja Judy West.