Krooninen sairaus

tiivistelmä

Tarkoitus

Tämä tutkimus arvioi, onko geeni allekirjoitukset kemosensitiivisyys irinotekaanin ja 5-fluorourasiilin (5-FU) on johdettu in vitro kasvanut syövän solulinjoja voidaan ennustaa kliininen herkkyys näille lääkkeille.

Methods

voit testata irinotekaani allekirjoitus ja SN-38 allekirjoitusta voisi tunnistaa potilaat, jotka hyötyi lisäksi irinotekaanin 5-FU, käytimme geeniekspressioprofiilien perustuvat solulinjojen ja kliininen kasvaimen materiaalia. Nämä profiilit sovellettiin ilmaisun saatujen tietojen esikäsittelystä formaliinilla parafiiniin upotetut (FFPE) kasvainkudoksen välillä 636 vaiheen III paksusuolen syöpäpotilaiden kirjoilla PETACC-3 mahdollisille satunnaistetussa kliinisessä tutkimuksessa. 5-FU profiilin kehittyivät saman arvioitiin vertaamalla PETACC-3 kohortti kanssa kohortin 359 vaiheen II paksusuolensyöpä potilailla, joille tehtiin leikkaus, mutta ei saanut adjuvanttihoito.

Tulokset

Oli ei tilastollisesti merkitsevä assosiaatio irinotekaani tai SN-38 profiilit ja hyötyä irinotekaani. 5-FU herkkyys profiili osoitti tilastollisesti merkittävää yhteyttä uusiutumisen elinaika (RFS) (riskisuhde (HR) = 0,54 (+0,41-,71), p 1e-05) ja kokonaiseloonjääminen (HR = 0,47 (0,34-0,63) , p 1e-06) on PETACC-3 alaryhmässä. Vaikutus 5-FU profiili jäi merkittävä monimuuttujaisen Cox Proportional vaarat malli, säätämällä useista asiaan kliinis parametreja. Tilastollisesti merkitsevää vaikutusta 5-FU profiilin havaittiin käsittelemätön kohortissa 359 potilasta (uusiutumisen elinaika, p = 0,671).

Johtopäätös

irinotekaani ennustaja ei ollut ennustearvoa. 5-FU ennustaja oli ennustetekijöiden vaiheessa III potilaalla PETACC-3, mutta ei toisessa vaiheessa potilailla, joilla ei adjuvanttihoito. Tämä viittaa mahdollisen ennustava kyky 5-FU herkkyys profiilin tunnistaa paksusuolensyöpä potilaille, jotka saattavat hyötyä 5-FU, mutta mitä tahansa biomarkkereiden ennustavat etua adjuvantti 5-FU on tarkasti arvioitava itsenäinen ikäryhmät. Koska eroja kahden tutkimuksen ikäluokat, esillä olevat tulokset olisi edelleen vahvistettava.

Citation: Buhl IK, Gerster S, Delorenzi M, Jensen T, Jensen PB, Bosman F, et ai. (2016) Cell Line Derived 5-FU ja irinotekaanin Drug-Herkkyys Profiilit arvioitiin adjuvantissa Colon Cancer tutkimuksista. PLoS ONE 11 (5): e0155123. doi: 10,1371 /journal.pone.0155123

Editor: Ajay Goel, Baylor University Medical Center, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 16 joulukuu 2015; Hyväksytty: 25 huhtikuu 2016; Julkaistu: toukokuu 12, 2016

Copyright: © 2016 Buhl et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Kaikki array tiedot ja jotkut kliiniset tiedot ovat saatavilla ArrayExpress (tulonumero E-MTAB-990).

Rahoitus: työ oli osittain tukevat myöntäminen SNF 320030_135421 Sveitsin National Science Foundation. Tanskan Cancer Society tarjotaan stipendin Ida K. Buhl ja taloudellista tukea hankkeen avustuksen 31176.

Kilpailevat edut: 5-FU profiilin suojattu US-patentissa nro 8445198. Tekijät IKB, TJ, PBJ, NB, AH ja SK ovat kaikki taloudellisesti liittyy Medical Ennuste Institute. Kirjoittaja MD on varastossa tai muu omistus Roche. Tekijät SG, FB, ST, AR ei ole ilmoitettavaa. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen PLoS One politiikkaa jakaa tietoja ja materiaaleja.

Johdanto

antimetaboliittina 5-fluorourasiilin (5-FU) on selkäranka systeemisen hoidon ensisijainen ja metastasoitunut kolorektaalisyöpä (CRC), jossa on lisäksi aktiivisuus monenlaisia ​​kiinteitä kasvaimia, mukaan lukien muiden ruoansulatuskanavan pahanlaatuisten kasvainten, rintasyöpä, pään ja kaulan syöpien ja munasarjakarsinoomat [1]. 5-FU hoito johtaa eloonjäämishyötyä liitännäishoitona CRC [2] ja on useimmiten yhdessä oksaliplatiinin [3]. Metastasoivan CRC, 5-FU on parhaillaan yhdistetty joko topoisomeraasin-1-estäjä irinotekaani kuin FOLFIRI hoito tai oksaliplatiinin kuin FOLFOX hoito [4, 5].

Kilpailevat muuttujia molemmin kasvainsolun tasolla ja potilas taso voi varmistaa tai korruptoitunut tehoa 5-FU [6] ja /tai irinotekaanin [7] ja monet potilaat eivät saada etua, vaan ainoastaan ​​sivuvaikutuksia tällaista hoitoa, on olemassa täyttämätön tarve ennakoivaa biomarkkereita [8] . Tutkimus ennustavat 5-FU vaste on keskittynyt pääasiassa tymidylaat–syntaasi (TS) tavoitteeksi 5-FU ja tasoja entsyymin dihydropyrimidiinidehydrogenaasin (DPD), joka metaboloi 5-FU maksassa [9-11]. Kaiken ristiriitaisia ​​tuloksia yhdistysten kanssa hoidon vaikutus vaarantaa hyödyllisyyttä TS ja DPD prediktiivisinä 5-FU [12; 13]. Samoin monista yrityksistä huolimatta ei irinotekaani ennustava biomarkkerit ovat saavuttaneet tason todisteiden avulla rutiinikäyttöön kliinisessä käytössä [14].

lähestyi ongelmaa ennustaa 5-FU tai irinotekaania hyöty perustuu geenien ilmentyminen tietojen vertaamalla assosiaatioiden geeniekspressioprofiilien ja tehokkuus kyseisiä lääkkeitä National Cancer Institute US solulinjan arkiston NCI60 [15]. Mallit herkkyyden näiden lääkkeiden kehitettiin ennen esillä tutkimuksen mukaan Medical Ennuste Institute (MPI), Tanska [16]. Toinen askel sisältyvät suodatus tunnistettu geeni-ilmentymisen profiilit vastaan ​​mRNA-ilmentymisen kokoelma 3200 ihmisen kasvaimissa. Vain geenit on ilmennetty eri kliinisissä kasvaimen materiaali säilytettiin malleissa. Analogisesti rakennettu ennustaminen menetelmä on hiljattain ulkoisesti validoitu biostatisticians MD Anderson metotreksaatin akuutti lymfaattinen leukemia, sillä ABVD (doksorubisiini, bleomysiini, vinblastiini, dakarbatsiini) in Hodgkinin lymfooma ja epirubisiinia rintasyövän kolmessa erillisessä ennalta määritetyn kliiniset tiedot esitetään [17]. Samanlaisia ​​malleja hiljattain testattiin fulvestranttia rintasyövän [18] ja R-CHOP (rituksimabi, syklofosfamidi, doxorubuicin, vinkristiini, prednisoni) heikossa suuria B-solulymfooma (DLBCL) [19].

Tässä tutkimuksessa arvioimme 5-FU ja irinotekaanin MPI herkkyys ennustaja. Käytimme geenien ilmentyminen ja kliiniset Potilastietojen PETACC-3 paksusuolensyöpä (CC) potilaan alaryhmässä [20] ja populaatiosta II vaiheen CC potilasta, joille oli tehty leikkaus, mutta ei saanut adjuvanttihoito [21] profiloitu samalle microarray alustalle . Vuonna PETACC-3 mahdollisille satunnaistetussa kliinisessä tutkimuksessa, ensisijaisena tavoitteena oli tutkia, onko lisäämällä adjuvanttia irinotekaanin adjuvanttia 5-FU + leukovoriiniin (LV5FU) parantaisi uusiutumisen-elinaika (RFS). Tutkimuksessa todettiin, että lisäämällä irinotekaanin LV5FU ei merkittävästi parantaa selviytymistä, mutta ne havaittiin tilastollisesti ei-merkitsevä suuntaus hyväksi hoidon irinotekaanin lisäksi LV5FU [20].

Johtopäätökset Esillä olevan tutkimuksen olivat, että ei ollut yhdistyksen välillä irinotekaanikohortissa herkkyyden ennustaja ja potilaiden hoitotuloksiin, kun tiedot viittaavat 5-FU vastaus profiilia ei korreloi tuloksia saavista potilaista 5-FU-pohjainen adjuvanttihoito. Nämä tiedot oikeuttavat edelleen kliininen arviointi 5-FU vasteprofiilin.

Potilaat ja menetelmät

Predictor kehitys perustuu in vitro

in vitro perustuva MPI menetelmän kehittämiseksi ennustaja lääkevaste on kuvattu aiemmin [16-19]. Lyhyesti, se on algoritmi, joka perustuu kasvun esto-arvot (GI50) on NCI60 solulinjojen [15] käsitelty joko 5-FU, irinotekaani tai SN-38. SN-38 on irinotekaanin aktiivisen metaboliitin. Geenien ilmentyminen mittaukset suoritettiin kanssa Affymetrix HG-U133A array. Jälkeen logit normalisointi, geenit, joiden Pearsonin korrelaatiokerroin on GI50 yli 0,25 tai alle -0,25 pidettiin mahdollisina biomarkkerit herkkyys ja kestävyys hoitoon ja säilytti edistää profiilit 5-FU, irinotekaani tai SN-38, vastaavasti. Lajitella pois geenien vain aktiivinen in vitro, jossa mRNA mittauksia yli 3200 jäädytettiin kliinistä kasvain näytteet levitetään sitten kunkin profiilin. Tällöin vain markkereita tunnetaan jo olla läsnä potilaan kasvaimissa vaikutti lopulliseen profiileja. Jokainen allekirjoitus koostuu kahdesta sarjaa geenien (up- ja alassäädetty ominaisuuksia). Profiilia tulokset määriteltiin ero keskiarvot kahden ryhmän ominaisuuksia lääkkeistä kutakin. Peli sitten skaalataan kattaa alueella 0 100. Näyte luokiteltiin herkkä hoito, jos vastaava normalisoitu profiili tilanne oli suurempi kuin 50. Kaikki muut näytteet katsottiin olevan vastustuskykyisiä.

array (Almac Diagnostics peräsuolen syövän DSA), joita käytetään analyysiä varten mRNA: n FFPE potilaan näytteet on eri array (HG-U133A), jota käytetään johdettaessa mRNA profiilin in vitro. Joka vaati lisäkäännös profiilin yhdestä vektorityyppistä toiseen, jotka tehtiin MPI ennen profiilin testattiin ulkoisesti SIB kahdessa tutkimuspopulaatiossa.

NCI on saanut 60 solulinjoista lähteistään kuvatulla https://dtp.cancer.gov/default.htm [15; 22].

data sarjoja ja

PETACC-3 datajoukon, geeniekspressioprofiilien olivat syntyvät FFPE kolorektaalisyövän dioja. RNA uuttamalla ja hybridisaatio suorittaa Almac ryhmä kahdessa erässä. Tietojenkäsittely on kuvattu yksityiskohtaisesti S1 Doc. Esitetyt tulokset perustuvat 636 vaiheen III näytteitä.

Toinen kohortti koostuu 359 CC vaiheen II CC potilasta, joille oli tehty leikkaus, mutta ei saanut adjuvanttihoito Kennedy et al [21] olivat kaikki tutkittiin mRNA ilmaisun samoin kuin PETACC-3 näytettä. Kohortti tästä lähtien kutsutaan Kennedy kohortti.

Tilastollinen

Nykyinen projekti on yhteistyön tuloksena kahden riippumattoman laboratorioissa. Profiilia suoritettiin Medical Ennuste Institute lähetettiin Swiss Institute of Bioinformatics kaikkien tilastollisen analyysin tehdä siellä on täysin kiinteä testausmenettelyn määriteltyä analyysin suunnitelma edeltävässä.

Relapse-elinaika ( RFS) käytettiin pääasiallisena päätepiste vertailemaan tuloksia molemmissa aineistoja. RFS määritellään aika, jona jaetaan sattumanvaraisesti ensimmäiseen mennessä uusiutumisen (paikallinen, alueellinen tai etäinen), esiintyminen toisen ensisijaisen CC, tai kuolema. Kokonaiselinaika (OS), toissijaisena tavoitteena määritellään aika alkaen satunnaistamisesta kuolemaan tahansa syystä.

Muita muuttujia monimuuttuja analyysit olivat hoitoryhmässä, ikä, sukupuoli, kasvainpaikkaa, T vaihe (T1-2, T3 ja T4), N vaiheessa (N1 ja N2) ja kasvaimen (G1-2 ja G3-4), KRAS mutaatio, BRAF-mutaatio ja mikrosatelliittien epävakaus (MSI), kun muuttujat olivat saatavilla.

analyysisuunnitelma tarkoituksena oli etsiä assosiaatioita ennusteen tulokset ja kliiniseen tulokseen. Potilaat syrjitty 2 ryhmään sen perusteella lasketun profiilin pisteet. Potilaat, joilla on 5-FU profiilin pisteet pienempi tai yhtä suuri kuin 50 leimattiin huonoon ennusteeseen (kestävä). Toinen potilaiden katsottiin hyvää ennustetta (herkkä) suhteessa 5-FU hoidossa.

log-rank-testi käytettiin testaamaan profiilin kuin diskreetti muuttuja vertaamalla eloonjäämiskäyrien potilaiden ennustettu herkkiä niille ennusti kestävä. Toiseksi, suunnitelma oli sopivaksi (monimuuttuja) Cox Proportional vaarat malleja käyttäen jatkuvaa profiilia tulokset.

Lisäksi riskisuhteita 5-FU profiili uusiutumisen-elinaika on PETACC-3 ja Kennedy kohortti verrattiin käyttäen z-testi. Tämä perustuu oletuksiin, että kun nollahypoteesi, että kaksi HR ovat yhtä suuret, että virhe jakauma arvioiden yleensä jaettu ja että molemmat kannat ovat vertailukelpoisia. On kuitenkin korostettava, että kahden populaation edustavat kahta erillistä ikäluokat kaikki erot tämä voi johtaa.

Tulokset

Expression taulukot ja solu-line arkaluonteisuuden data

irinotekaanikohortissa profiili peräisin NCI60 solulinjoista koostui 38 korreloi positiivisesti geenejä ja 32 negatiivinen korrelaatio geenien. Geenit annotoituna 353 korreloi positiivisesti ja 166 negatiivinen korrelaatio ALMAC koetinsarjojen päässä ALMAC peräsuolen syövän DSA array. 5-FU profiilin koostui 91 korreloi positiivisesti geenejä ja 114 negatiivisesti korreloivat geenejä. Koetin settejä Affymetrix kartoitettiin 232 korreloi positiivisesti ja 437 negatiivinen korrelaatio koetinsarjojen päässä ALMAC peräsuolen syövän DSA array.

Täydellinen luettelo koetinsarjojen ja geeni nimet irinotekaani ennustajan ilmi S1 Taulukko; 5-FU ennustaja on saatavana S2 Taulukko.

Baseline potilasryhmät

Alkuperäisestä PETACC-3 potilaan kohortin tunnistimme alaryhmä 636 vaiheen III CC potilaalla, joiden korkea laatu mRNA ekspressiotietojen. Tämä alaryhmä käytettiin testaamaan prognostisia ja ennakoivan merkitys MPI irinotekaani, SN-38 ja 5-FU-profiilit, vastaavasti. Koska irinotekaanin ja SN-38 tiedot olivat lähes identtiset me täällä vain raportoida irinotekaanin tuloksiin. Baseline potilasryhmät varten PETACC-3 tutkimus väestön ja parhaillaan tutkitaan alaryhmästä raportoidaan S3 taulukossa A ja B. On nähty, että alaryhmästä edusti koko vaiheen III PETACC-3 tutkimuspopulaatiosta. Lisäksi tämä alaryhmässä ei ilmennyt merkittäviä eroja tärkein PETACC-3 kohortti koskien hyötyä adjuvanttihoitoa. Lähtötilanteen ominaisuudet Kennedy kohortin on esitetty S3 taulukossa osassa C.

välisestä assosiaatiosta irinotekaanin profiilin ja lähtötilanteen ominaisuudet

S4 Taulukossa A-osassa esitetään assosiaatioita irinotekaanin ennakoivan profiilin ja useita perustason kliinispatologiset ominaisuudet että PETACC-3 alaryhmässä. Huomasimme Merkitsevä yhteys MSI /MSS tilan ja profiilin pisteet alaryhmästä on PETACC-3 tutkimuksessa. Tätä ei otettu huomioon myöhempää analyysia.

irinotekaanikohortissa geeniekspressioprofiili ja potilaan ennustetta

S4 Taulukko osassa B esitetään, että ei ollut tilastollisesti merkitsevä vaikutusta irinotekaanin pistemäärä RFS ( HR = 0,93; 95% CI = (0,77, 1,12); P = 0,450, N = 558) testattuna koko alaryhmä. Tulokset OS annetaan S4 taulukossa osassa C.

Jotta testata mahdollisen vuorovaikutuksen profiilin pisteet ja hoitoryhmässä, me varustettu mallien mukaan lukien vuorovaikutus termi RFS ja OS (tulos ~ treatment_group + profile_score + treatment_group: profile_score). Sillä irinotekaani profiilin, yksikään kolmesta ehtojen johti HR tilastollisesti merkittävästi erilainen 1 (OS ja RFS, se S4 taulukko osa D).

Kaplan Meierin eloonjäämiskäyriä irinotekaanikohortissa profiilin esitetään S1 Kuva. Tämä profiili pisteet ei liittynyt eroa selviytymisen ei RFS (paneeli A, HR = 1,07; 95% CI = (0,81, 1,41); P = 0,65; N = 636) tai OS (paneeli B, HR = 1,14; 95% CI = (0,82, 1,57); P = 0,43; N = 636)).

alaryhmäanalyyseissa

huomattava erottaminen ryhmien hyväksi korkean herkkyyden tilanne oli ole hankittu, kun verrataan irinotekaanin profiilin kanssa RFS on ”ainoastaan ​​5-FU” (ei irinotekaani lisätty) hoitoryhmässä (HR = 0,89; 95% CI = (0,6, 1,31); P = 0,55; N = 307), jolla on RFS vuonna FOLFIRI hoidossa ryhmä (HR = 1,28; 95% CI = (0,86, 1,91); P = 0,23; N = 329), jossa on OS ”ainoastaan ​​5-FU” hoitoryhmässä (HR = 0,83; 95% CI = (0,53, 1,3) ; P = 0,41; N = 307) kanssa eikä OS FOLFIRI hoitoryhmässä (HR = 1,58; 95% CI = (1, 2,5); P = 0,05; N = 329); katso S1 kuvio paneeli C, D ja E, F, vastaavasti.

Association between 5-FU profiilin ja lähtötilanteen ominaisuudet

S5 Taulukossa A-osassa esitetään assosiaatioita 5-FU ennakoivaa profiilin ja useat lähtötilanteessa kliinis ominaisuudet varten PETACC-3 alaryhmässä. Kuvaavassa taulukossa samat tiedot näytteitä Kennedy kohortti on saatavana S6 Taulukko osana A. Nähdään, että T-vaiheessa on merkittävä yhdessä 5-FU profiili PETACC-3 alaryhmän yksinkertaisia ​​ja useiden regressiomallit. Kuitenkin vaikutus on tilastollisesti merkitsevä verrattaessa T1-2 (pienin ryhmä) ja T3 (suurin ryhmä). Tätä ei otettu huomioon myöhemmin analyysiä. Ei erityispiirteet oli huomannut Kennedy kohortissa. Meillä ei ole MSI /MSS tietoa Kennedy kohortin.

5-FU geeniekspressioprofiili ja potilaan ennustetta

Taulukko 1 ja S5 Taulukko B osassa näyttää tulokset asennettu (monimuuttuja ) Cox suhteellisten riskien malleja PETACC-3 alaryhmässä. Taulukko 1 osoittaa, että vaikutus 5-FU profiilin tuloksista (RFS) oli tilastollisesti merkitsevä, vaikka korjaamisen joukko vakio kliinis muuttujien (HR = 0,72, 95% CI = (0,62, 0,84), P = 0,00002 , N = 558), jolla on korkea pisteytys (herkkä) ryhmä, jossa on pidempi RFS.

Kuten irinotekaanin profiilin testaamiseksi mahdollisen vuorovaikutuksen profiilin pisteet ja hoitoryhmässä, me varustettu mallien mukaan lukien vuorovaikutus termi RFS ja OS (tulos ~ treatment_group + profile_score + treatment_group: profile_score). 5-FU profiilin, vain HR profiilin pistemäärä oli tilastollisesti merkitsevästi erilainen kuin 1 (OS ja RFS, katso S5 taulukko osan C lisätietoja). Hoitoryhmässä ja vuorovaikutusta termi ei ollut HR tilastollisesti merkittävästi erilainen 1.

Kuvassa 1 Kaplan Meier käyrät on esitetty päätepisteen RFS (paneeli A) ja OS (paneeli B). Kussakin paneelissa potilaita ryhmiteltynä heidän 5-FU profiilin pisteet. On nähty, että pisteet jakaa potilaita hyvä ja huono ennuste ryhmä. Potilaat luokitellaan herkkä oli tilastollisesti merkitsevästi parempi eloonjäämisen kanssa RFS (HR = 0,54; 95% CI = (0,41, 0,71); P = 7.87e-6, N = 636; perustuu kahtia profiilin tulokset) ja OS (HR = 0,47 ; 95% CI = (0,34, 0,63), P = 7.4e-7; perustuva kaksijakoinen profiilin tulokset), (katso menetelmä kohta).

Potilaat, joilla on 5-FU profiilin pisteet pienempi tai yhtä suuri kuin 50 leimattiin huono ennuste, toisilla yhtä hyvä ennuste suhteessa 5-FU hoitoon. 5-FU oli kaikissa potilaiden hoitoa. Käyrät osoittavat, että 5-FU profiilin merkitsevästi erottaa potilaita hyvän ja huonon lopputuloksen (käyttäen RFS kuin päätepisteenä paneelissa A, OS paneeli B).

alaryhmäanalyyseissa

paneelit A kuvioissa 2 (RFS) ja 3 (OS) näyttää tietoja potilaista ”ainoastaan ​​5-FU” (ei irinotekaani lisätty) hoitoryhmässä. On nähty, että 5-FU profiilin myös merkittävästi splitted potilaista tämä käsittely varsi hyvä ja huono ennuste alaryhmä kanssa RFS kuvassa 2 (HR = 0,57, 95% CI = (0,39, 0,85), P = 5.38e -3, N = 307) ja OS kuvassa 3 (HR = 0,52; 95% CI = (0,33, 0,81); P = 3.03e-3, N = 307).

Samat tiedot kuin kuvassa 1A, mutta tulosten esittämiseen kohden hoitoryhmän. Paneeli A esittää tietoja potilaista 5-FU /FA varsi, paneeli B datan lla FOLFIRI hoitoryhmän. Käytetty päätepiste on RFS.

Samat tiedot kuin kuviossa 1B, mutta tulosten esittämiseen kohden hoitoryhmän. Paneeli A esittää tietoja potilaista 5-FU /FA varsi, paneeli B datan lla FOLFIRI hoitoryhmän. Käytetty päätepiste on OS.

Sama analyysi suoritettiin FOLFIRI hoidetuilla potilailla (ks paneelit B kuvioissa 2 ja 3). On nähtävissä, että 5-FU-profiili on myös halkaistu nämä potilaat kahteen merkittävästi erilaiset prognostisia ryhmät RFS (HR = 0,50, 95% CI = (0,34, 0,74), P = 3.48e-4, N = 329) ja käyttöjärjestelmän ( HR = 0,42; 95% CI = (0,27, 0,65); P = 5.52e-5, N = 329).

perusteella edellä esitetyt tulokset osoittavat merkittävää prognostinen arvo 5-FU ilmentymisen profiili potilasta kirjoittautui PETACC-3 tutkimuksessa, jossa kaikki potilaat saivat 5-FU, me sitten soveltanut 5-FU profiilin kohortin CC potilaista, joilla ei ollut adjuvanttihoito leikkausta Kennedy kohortti. Vuonna Kennedy kohortti [21] ei tilastollisesti merkitseviä eroja (yhden ja usean analyysi) in RFS (HR = 0,92; 95% CI = (0,64, 1,33); P = 0,671, N = 359) tai OS (HR = 0,96, 95 % CI = (0,67, 1,4); P = 0,849; N = 359) havaittiin, kun väestö kahtia, jonka 5-FU ennakoivaa profiilin, katso kuva 4. Sen lisäksi tarkistanut, että myös suorittaa analyysin käyttäen jatkuvaa profiilia pisteet ei johtanut tilastollisesti merkitseviä eroja RFS (S6 taulukko B osa) tai OS (S6 taulukko osan C).

Potilaat, joilla on 5-FU profiilin pisteet pienempi tai yhtä suuri kuin 50 leimattiin alhaiset pisteet, toisilla kuten korkeat pisteet suhteessa 5-FU hoidossa. Käyrät osoittavat, että 5-FU-profiili ei erota CC potilaita hyvän ja huonon lopputuloksen (käyttäen RFS kuin päätepisteenä paneelissa A, OS paneeli B).

sitten kysyi, oliko huomattava ero vaaran tunnusluvut 5-FU profiilin RFS molemmissa hoitoryhmissä (5-FU ja FOLFIRI) on PETACC-3 (HR = 0,54; 95% CI = (0,41, 0,71)) ja Kennedy kohortti (HR = 0,92; 95% CI = (0,64, 1,33)). Testi vertailevissa riskisuhteita osoitettiin merkitsevä ero (z-testi, p = 0,02, katso menetelmät).

Keskustelu

Tässä tutkimuksessa geenien ilmentyminen vastaus profiileja irinotekaanin ja 5-FU kehitetty perustuu NCI60 solulinjassa arkistoon ja suodatetaan kliininen kasvaimen materiaalia edustavat eri kasvaintyyppeihin jättää solulinjassa geenit [18] arvioitiin takautuvasti kasvaimen saadun materiaalin PETACC-3 mahdollisille ja satunnaistetussa kliinisessä tutkimuksessa [20] ja julkisesti saatavilla olevat tiedot vaiheen II CC potilaita, Kennedy kohortti [21].

MPI: n menetelmässä käytetään korrelaatio herkkyys huume ja geeniekspressio paneelia solulinjoissa. Saatu geeniekspressioprofiili geenien voi selittää ero herkkyyttä in vitro. Mutta tämä geeniekspressioprofiili ei voida suoraan ennustaa kliinisessä ympäristössä. Ennustaa potilaan vastauksia samaa lääkettä, käännöstä in vitro profiilin kliininen profiili on tarpeen. MPI suodattaa in vitro profiilin kautta veden biologinen verkon jotka määritellään potilaan näytteitä.

sovellus kliiniset tutkimukset, geenien havaittiin olevan selvästi ylös- tai alaspäin säännelty profiilit käännetty MPI laboratorio vastaaviin ALMAC koetinsarjojen jotta testataan kahdessa kliinisessä aineistoja.

Käyttämällä mahdollisille-retrospektiivinen tutkimus suunnittelua pidetään välttämätöntä päästä riittävän näyttöä määrittää kliinisen hyödyn tarkastamisen yhteydessä ennustava biomarkkerit [23]. Suunnittelu PETACC-3 tutkimus mahdollistaa suoran validointi irinotekaanin ennakoivaa biomarkkereiden kun siitä puuttuu käsittelemättömän käsivarren testata biomarkkereiden ehdokkaita ennustaa hyötyä 5-FU hoidossa. Kaikkiaan 636 vaiheen III CC potilaita PETACC-3 tutkimuksessa olivat mukana tässä tutkimuksessa.

Erittäin mielenkiintoinen havainto oli tässä tutkimuksessa, että 5-FU vasteprofiilin merkittävästi erotti PETACC-3 potilasta isompaan ryhmään (79% potilaista) hyvän ja pienempi ryhmä (21% potilaista) ja huonoon ennusteeseen riippumatta tunnettujen ennustetekijöiden kliinis parametrit TN vaiheessa MSI /MSS-asema, site, laatu, ja aktivoivat mutaatiot in KRAS ja BRAF. Sen sijaan irinotekaani ilmentymisprofiilin ei johtanut tilastollisesti merkittävä split. Kun jakamalla läsnä potilaan kohortin mukaan hoitoryhmään, saatiin samanlaisia ​​tuloksia, mikä tarkoittaa, että irinotekaanin profiilin ei antanut ennustavaa eikä ennustetekijöiden tiedot.

skaalaus profiilin oli lineaarimuunnosta joka ei vaikuta jakelu mutta vain tulkittavuutta pisteet. Cutoff 50 on lähellä mediaani monissa populaatioissa, mutta siinä vaiheessa III PETACC väestön se oli kaukana mediaani. Meidän piti kiinni sulku 50, kuitenkin, koska tämä oli määritelty tilastollisen analyysin suunnitelma ennen katsomalla kliiniset tiedot.

Koska potilaista molemmissa hoitoryhmissä että PETACC-3 tutkimus sai 5-FU , ei ole mahdollista erottaa profiilin osoittaa pienempien luontainen riski profiilin ennustavan lisäsi eloonjäämistä johtuen 5-FU tehoa. Puhtaasti ennustetekijöiden profiilin pitäisi tunnistaa eri riskiryhmiin myös hoitamattomilla populaatioissa. Emme kuitenkaan ei havainnut tilastollisesti merkittävää ennustetekijöitä vaikutus Kennedy kohortissa, ei edes trendi. Tämä voidaan tulkita eron hyvän ja huonon selviytymistä ryhmien PETACC-3 kohortti jonka osoittaa 5-FU profiilin, johtuu pääasiassa ero hyötyä 5-FU.

Vaihtoehtoinen tulkinta että profiili on vahva puhtaasti ennusteen arvioinnissa vaiheessa III (PETACC-3), mutta ei vaiheessa II (Kennedy), tai että havainto johtuu muista ja tuntemattomia eroja kahden potilasaineistoihin ei voida sulkea pois.

vertailu biomarkkereiden vahvistustulokset useilta aineistoja on useita rajoituksia. Tässä tutkimuksessa ensinnäkin PETACC-3 subpopulaatio koostui vaiheen III CC potilaita, Kennedy kohortti vaiheen II CC potilaille. Toiseksi joukko käytettävissä covariates oli erilainen ja joitakin tärkeitä ominaisuuksia, kuten MSI asemaa, ei ollut aina saatavilla. Vuonna PETACC-3 subpopulaatio on olemassa yliedustus Miespotilaiden kun taas Kennedy kohortti tämä on paremmin tasapainossa. Lisäksi tasapaino vasen- vai oikeanpuoleista kasvaimia PETACC-3 kohortti ja Kennedy kohortti eroavat (monien puuttuvat tiedot ensisijaisesta kasvaimen paikka potilaiden Kennedy kohortin).

Olisi huomattava, että löytää sopivia tietoja asettaa arvioida mahdollisen ennustavan kyky biomarkkeri adjuvantti 5-FU ja /tai irinotekaanin hoito CC potilaille on vaikeaa. Useimmissa tutkimuksissa verrattiin hoitoa 5-FU hoitamattomiin potilaille tehtiin useita vuosia sitten ja potilasryhmissä ei olisi edustava nykypäivän CC potilaat enää. Esimerkiksi joukossa monia parannuksia, kirurgiset toimenpiteet ovat merkittävästi edelleen.

Huolimatta kaksi ikäluokat ovat erilaisia, kysyimme oli merkitsevä ero riskisuhteita 5-FU profiilin RFS vuonna PETACC -3 (HR = 0,54; 95% CI = (0,41, 0,71)) ja Kennedy kohortin (HR = 0,92; 95% CI = (0,64, 1,33)), jonka testi vertailevissa riskisuhteita joka osoitti merkittävää eroa (z-testi, p = 0,02). Kuitenkin johtuen suuria eroja kahden analysoitu ikäluokat, tämä tulos on vielä kliinisiä validointi kasvaimen saatu materiaali sopivasti tyyppinen tutkimus.

irinotekaania profiili ei todettu merkittävää erottumista PETACC-3 potilasta tai Kennedy kohortissa. Yksi selitys tähän havaintoon, että koska ei ollut merkittävää vaikutusta lisäämällä hoidon irinotekaanin alkuperäisessä PETACC-3 tutkimuksessa, mikä tahansa alaryhmästä, jotka hyötyisivät lisäämällä irinotekaania saattaa olla liian pieni voidaan havaita kanssa käytettävissä potilaan näytteitä. Toinen selitys, jota ei voida sulkea pois, että ei ole mitään hyötyä adjuvanttia irinotekaanin hoitoa vaiheessa III CC. Tämä jälkimmäinen selitys tukee CALGB 89803 tutkimus, jossa oli samanlainen muotoilu kuin PETACC-3 tutkimuksessa ja joka myös ei todettu merkittävää hyötyä lisäämällä irinotekaanin LV5FU [24].

adjuvanttihoito CC potilaalla vaiheen II tai III on pysähtynyt jopa monta kertaa ottaa käyttöön uusia lääkkeitä viimeksi kuluneen vuosikymmenen aikana [25]. Biomarkkereiden auttaa lääkäriä osalta ennusteen, ennustuksen hoidon tehoa ja odotetaan Vaikea toksisuus on antineoplastisia hoitoon CC on pitkään odotettu. Vain harvat prognostisia biomarkkerit on toteutettu kliinisesti eikä biomarkkereita 5-FU tai irinotekaanin herkkyys on kehitetty vaiheeseen, jossa niitä voidaan käyttää rutiininomaisesti hoidossa CC. Tärkeä ongelma validointia biologisten merkkiaineiden adjuvanttihoitona CC on, että potilaat eivät kokeneet sairauden uusiutumisen voisi joko ovat parannettavissa ensisijainen leikkaus (eli herkkiä tai resistenttejä kasvaimia) tai myöhemmin kemoterapiaa (jotka edustavat herkkä kasvaimet), kun taas potilaat ottaa tauti uusiutuu katsotaan olevan resistenttejä kasvaimia. Tämä on olennainen ongelma, johon ei ole olemassa tyydyttävää ratkaisua, kun analysoidaan ennustava biomarkkereiden liitännäishoitona.

Yhteenvetona tämän tutkimuksen olevan uusi 5-FU mRNA ilmaisun profiilin, joka voisi erottaa vaiheen III alapopulaatio PETACC-3 potilaan kohortin alaryhmiin tilastollisesti merkitsevä eri lopputulokseen. By myös soveltamalla tämän profiilin kohortin käsittelemättömän CC potilaita, me täällä antaa ehdotuksia mahdollisesta yhteydestä 5-FU profiilin ja hyötyä adjuvanttia 5-FU hoidon vaiheessa III CC potilaille. Etsimme vahvistamaan meidän 5-FU data itsenäisessä potilaan kohortin.

tukeminen Information

S1 Doc. Data Processing in PETACC 3 datan.

Asiakirjassa kuvataan ihmisen näytemateriaalin ja tietojenkäsittely R tilastollisen ohjelmiston PETACC 3 datan.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0155123.s001

(DOCX )

S1 Kuva. PETACC-3 alaryhmästä potilaista ositettu niiden irinotekaanin profiilin pisteet.

Potilaat, joilla irinotekaani profiilin pisteet pienempi tai yhtä suuri kuin 50 leimattiin huono ennuste, toisilla kuin hyvää ennustetta suhteessa 5-FU hoidossa. Käyrät osoittavat, että irinotekaanin profiili ei jakaa potilaita hyvän ja huonon lopputuloksen (käyttäen RFS kuin päätepisteenä paneelissa A, OS paneeli B). Paneelit C ja D esittävät samat tiedot kuin paneeli A, mutta tulosten esittämiseen kohden hoitoryhmän. Paneeli C esittää tietoja potilaista 5-FU /FA käsivarsi, paneeli D datan potilaista FOLFIRI hoitoryhmän. Käytetty päätepiste on RFS. Paneelit E ja F esittävät samat tiedot kuin paneelissa B, mutta tulosten esittämiseen kohden hoitoryhmän. Paneeli E näyttää tietoja potilaista 5-FU /FA käsivarsi, paneeli F data potilaista FOLFIRI hoitoryhmän. Käytetty päätepiste on OS.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0155123.s002

(PDF) B S1 Taulukko. Probe asettaa irinotekaanikohortissa profiilin.

Osa A. Probe -laitteen geenien yli-ilmentynyt solulinjoissa herkkä irinotekaania. Taulukossa on esitetty Almac koetinsarjojen, joka vastaa tunnistettujen geenien solulinjoissa. Huomaa, että jotkut geenit on useita vastaavia koetinsarjojen, kartoitus ei ole ainutlaatuinen eikä inambiguous. Osa B. Probe -laitteen geenien yli-ilmentynyt solulinjoissa vastustuskykyisiä irinotekaania.