Krooninen sairaus

tiivistelmä

Glioblastoma (GBM) on aggressiivinen, pahanlaatuinen aivokasvain tyypillisesti johtaa potilaan kuoleman vuoden kuluessa diagnoosin; ja ne, jotka selviytyvät Tätä pidemmälle yleensä läsnä kasvaimen uusiutumisen kahden vuoden kuluessa (5 vuoden pysyvyys on 5%). Geneettinen heterogeenisyys GBM on tehnyt molekulaarinen näistä kasvaimista alueen suurta kiinnostusta ja johtanut tunnistamiseen molekyylitason alatyyppien GBM. Saatavuus sekvensointi alustoja, jotka ovat sekä nopea ja taloudellinen voivat edelleen antamista kasvaimen sekvensoinnin kliinisessä ympäristössä, mikä saattaa johtaa tunnistamiseen kliinisen toiminnan geneettinen tavoitteita. Tässä pilottitutkimuksessa, joka koostuu kolmikon näytteitä normaalista verestä, primäärikasvain, ja toistuva kasvain näytteet kolmesta potilaasta; vertasimme kykyä Illumina koko exome sekvensointi (ExomeSeq) ja Ion AmpliSeq Kattava Cancer Panel (CCP) tunnistaa somaattisten varianttien potilaan pariksi primääristen ja uusiutuvien kasvainten näytteitä. Kolmetoista geenien havaittiin satama variantteja, joista suurin osa oli yksinoikeus ExomeSeq tietoja. Yllättäen vain kaksi versiota tunnistettiin molemmilla alustoilla ja ne sijaitsevat

PTCH1

ja

NF1

geenejä. Vaikka luonteeltaan alustava, tässä työssä paljastunut merkittäviä eroja variantti tunnistamista data tuotetaan kaksi tasoa. Lisätutkimukset suurempien näytteiden koot tarvitaan edelleen tutkimaan eroja näiden teknologioiden ja parantaa ymmärrystämme kliininen hyöty paneelin pohjaisia ​​alustoja genomiltaan profiloinnissa aivokasvainten.

Citation: Virk SM, Gibson RM, Kinoneja-Mateu ME, Barnholtz-Sloan JS (2015) tunnistaminen vaihtoehdot Alkeisyhdistyksessä ja Toistuvat Glioblastooma käyttäminen Cancer-Specific Gene paneeli ja Whole Exome Sequencing. PLoS ONE 10 (5): e0124178. doi: 10,1371 /journal.pone.0124178

Academic Toimittaja: Javier S. Castresana, Navarran yliopisto, Espanja

vastaanotettu: 07 helmikuu 2015; Hyväksytty: 19 helmikuu 2015; Julkaistu: 7. 2015

Copyright: © 2015 Virk et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: Illumina koko exome sekvensointi tietoja on saatavissa The Cancer Genome Atlas: https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga. TCGA tunnuksia käytetään tässä analyysissä olivat: TCGA-0957 (UH1), TCGA-1389 (UH2), TCGA-4065 (UH3). Noudattamisen varmistamiseksi ohjeet tietojen suoja on johdettu ihmisen henkilöillä Ion AmpliSeq tietoja on saatavissa kirjoittajien pyydettäessä ja The Ohio aivosyövän Neuro-syöpätautien tauti tiiminvetäjä tohtori Andrew Sloan: [email protected] .

Rahoitus: Tätä työtä tukivat National Institutes of Health (www.nih.gov) 5R25CA094186 SMV, National Institutes of Health HHSN261201000057C, ja NIH /NCI 2P30 CA043703-23 ​​JSB.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

glioblastoma (GBM) on useimmin esiintyvä ensisijainen aivokasvain aikuisilla [1]. Vaikka pidetään harvinainen syöpä, jossa esiintyvyys oli 2 P3 tapausta 100000 ihmistä Yhdysvalloissa, tämä kasvain vaikuttaa suhteettoman syöpään sairastuvuutta ja kuolleisuutta [1, 2]. Nykyinen standardi hoito GBM potilaille on kirurginen resektio primaarikasvaimen seurasi liitännäishoitona sädehoito ja kemoterapia (eli ”Stupp” protokolla) [3]; kuitenkin, huolimatta aggressiivinen hoito, GBM toistuu monilla potilailla kahden vuoden kuluessa [4]. Tämän vuoksi korkea toistumisen todennäköisyys, on välttämätöntä, että saadaan parempi käsitys geneettistä ja molekyylitason muutoksia, jotka tapahtuvat primaarikasvaimen resektion ja hoitoa. Tämä tieto voi olla tärkeää uusien hoitojen kanssa mahdollisuuksia lisätä eloonjäämistä GBM potilaista.

geneettisten erojen primääristen ja uusiutuvien kasvainten ole vielä täysin selvitetty, jotka ovat rajoittaneet kehitystä tehokas kohdennettu hoitojen torjua toistuvat GBM [5]. Mutaatiot geenien on osoitettu olevan yleisiä GBM tapauksissa [6, 7]. Johtuen tunnettujen kansainvälisten ja sisäisten yksittäisten heterogeenisuus GBM [8, 9], huomattavia ponnistuksia on tehty paitsi tunnistaa yksilöllisesti mutatoitu geenejä vaan kehittää luokitusohjelmat luonnehtia kasvainten molekyyli- alatyypin [10, 11]. Lopullisena tavoitteena on käyttää kasvaimen luokitteleminen molekyyli- vianetsintävälineet ennustavana indikaattori kokonaiselinaika, johtaen lopulta löytämään uusia hoitostrategioiden.

Deep (seuraavan sukupolven) sekvensointia mullistaa käsityksemme somaattisten muutoksiin syövän genomin. Tutkimuksissa verrattiin useita kasvain tyyppejä valottaa sekä suhdetta geneettisten mutaatioiden ja syövän tyyppi sekä väärin säädellystä polkuja, jotka ovat yhteisiä kaikkialla syöpiä tai ominaisia ​​alijoukkoa syöpätyyppien [12-14]. Vaikka Illumina (Illumina, San Diego, CA) syvä sekvensointialustamme on nykyinen johtaja kliinisen syöpätutkimuksen [15], muita teknologioita, kuten Ion Torrent (Life Technologies, Carlsbad, CA) [16] soveltuvat laajempaan seulontaan perustuvien menetelmien alennetuista sekvensointi aikaa ja kustannuksia näytettä kohti [17]. Tässä tutkimuksessa arvioitiin kyky Ion AmpliSeq Kattava Cancer Panel (Life Technologies, Carlsbad, CA) tunnistaa varianttien triplikaattinäytteet (Hyväksytty veri, primääristen ja uusiutuvien kasvainten) kolmelta GBM potilaista ja vertasimme tuloksia koko exome sekvenointitulosten käyttämällä saadut Illumina alusta alkaen Cancer Genome Atlas (TCGA) [18].

Materiaalit ja menetelmät

tutkimus potilaat ja näytteen käsittely

GBM potilasta takautuvasti palvelukseen osa meneillään Ohio aivosyövän Study (OBTS), prospektiivinen tutkimus ensisijainen hyvän- että pahanlaatuisia aivokasvain potilaita neljän suuren akateemisen keskuksia Ohion osavaltiossa. Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta potilailta aikana ilmoittautuminen osaksi OBTS, jotka ovat tapahtuneet ennen näytteen keräämistä. Kaikki ihmisillä ja menettelyohjein hyväksyi Institutional Review Board University Hospitals Case Medical Center, Cleveland, Ohio. Esikäsittely verinäytteet sekä primääristen ja uusiutuvien pikajäädytettiin tuumorikudoksista (tripletti näytettä) kerättiin kolme aikuista potilasta. Kuvio 1 antaa yleiskuvan menettelyjen Tässä tutkimuksessa käytettiin. Kudokset jäädytettiin 15 30 minuuttia seuraavan resektio. Näytteet ja kliiniset tiedot kerättiin ja arkistoidaan suuntaviivojen mukaisesti perustettu The Cancer Genome Atlas [18] ja kasvaimen puhtaus käsiksi histologinen tarkastelu mukaan hallituksen sertifioitu neuropathologist. Kaksi osaa otettiin kunkin potilaan näytteestä (3 näytettä /potilas X 2) ja yksi kokoelma tripletti näytteet kaikista kolmesta potilaasta sekvensoitiin kummastakin sekvensointi alustoilla.

Sequencing varten AmpliSeq CCP näytteissä oli tehty käyttämällä Ion 318 Chip ja koko exome sekvensointi esimuotoillut käyttäen Genome Analyzer II tai HiSeq 2000 niin Illumina.

Verta vedettiin PAXgene DNA putkiin ja DNA uutettiin käyttämällä PAXgene veren DNA (Qiagen , Valencia, CA). Yhteensä DNA eristettiin snap-jäädytetty aivokasvain näytteitä käyttäen Maxwellin 16 DNA Purification Kit (Promega, Madison, WI). DNA kvantifioitiin käyttäen Nanodrop ND-100 (Thermo Scientific, Waltham, MA) ja Qubit 2,0 fluorometri (Life Technologies, Carlsbad, CA). Potilas-pariksi kolmikon DNA-näytteet kolmesta potilaasta sekvensoitiin (i) koko exome sekvensointi on Illumina GA-IIX tai HiSeq 2000 [ExomeSeq] (kuvio 1) osana Cancer Genome Atlas hankkeen yksityiskohtaisesti [18] ja ( ii) Ion AmpliSeq Kattava Cancer Panel (Ion AmpliSeq CCP, Life Technologies). Tätä varten neljä amplikoni allasta per näyte, joka kattaa 409 geenit syövän kvantitoitiin (2100 Bioanalyzer DNA 7500, Agilent Technologies), valmistettiin ja rikastettiin sekvensointia annetun Ion Sphere hiukkaset (ISP) käyttäen Ion OneTouch 200 Template Kit v2 (Life Technologies ) kun Ion OneTouch ™ 2 System (Life Technologies). Mallipohjiin ISP kvantifioitiin (Qubit 2,0, Life Technologies) ja ladattiin Ion 318 Chip (Life Technologies) ratkaistava asteittain sen Ion PGM käyttäen Ion PGM Sequencing 200 Kit v2 (Life Technologies). Keskimääräinen lastaus tehokkuutta Ion Torrent PGM oli 88% kaikissa yhdeksässä Ion 318 pelimerkkejä keskimäärin 5,9 miljoonan lukee näytettä kohti. Yksittäiset näytteet keskiarvona 5,8 miljoonaa kartoitettu järjestyksessä lukee, joiden keskimääräinen lukea pituus 109 emäsparia. Keskimääräinen Kattavuustavoite että Ion Torrent PGM oli 315x ja 377x veren ja kasvaimen näytteitä, vastaavasti. Siinä tapauksessa, että TCGA Illumina koko exome sekvensointi, keskimääräinen kohde- peitto oli 121x ja 138x veren ja kasvainnäytteet, vastaavasti. Signaalinkäsittelyn ja pohja kutsuvan sekvenssidatamäärät syntyvät Ion Torrent PGM suoritettiin Torrent Analysis Suite versio 3.4.2. Korkea laatu lukee (laatupisteytyksen 20) päässä FASTQ tiedostot syntyvät Ion Torrent PGM Server karsittiin adapteri, viivakoodi, ja alukesekvenssit ennen linjaus ihmisen genomin kokoonpano 19 (Hg19) järjestyksessä.

tietojenkäsittely ja Variant Identification

Ennen varianttiin analyysin FASTQ tiedostoja tuotetaan molemmissa ympäristöissä tehtiin useita esikäsittely vaiheita. FASTQ tiedostot linjattu Human Genome Reference Consortium rakentaa 37 (Hg19) käyttäen Burroughs-Wheeler rinnastusalgoritmia täytäntöönpanemissa BWA ohjelmistopaketti v.0.7.2, jolloin tuotanto BAM tiedostot linjassa lukee. Sen jälkeen genomin linjaus, Genome Analysis Toolkit v.3.2.2 käytettiin realign lukee noin lisäys /poistot ja kalibroida pohjan laadun tulokset sekä ExomeSeq ja AmpliSeq tiedot. ExomeSeq lukee tehtiin monistaa merkinnän ja poistaminen ennen Säätö ja pohja uudelleenkalibroinnin vaiheita. BAM tiedostot lajitellaan koordinoida järjestyksessä ja BAM hakemistotiedostoja luotiin käyttäen Picard v.1.119. Variant calling suoritettiin tasattiin lukee pariksi potilaan näytteitä, eli veri (normaali) verrattuna ensisijainen tai toistuvia kasvainkudoksen käyttäen MuTect v.1.1.4 [19] yhdessä DbSNP 138. Vaihtoehdot olivat selvennettävä ANNOVAR v.111214 (http : //www.openbioinformatics.org/annovar/) ja lukea lähentämisiä visualisoidaan IGV v2.3.2 (https://www.broadinstitute.org/igv/). Variant analyysi rajoitettiin variantteja esiintyy exome alueilla.

Tulokset

Potilaiden demografiset ja hoito

Kolmesta potilaista Tässä tutkimuksessa keski-ikä oli 45 vuotta ja keskimääräinen kokonaiselossaoloaika oli 441 päivää (taulukko 1). Kaikki paitsi yksi potilas oli uros ja kaikki olivat valkoisia (yksi potilas myös itse tunnistettu Hispanic). Kukin potilas sai saman kohtelun, joka koostui kokoresektioksi seurasi adjuvantti temotsolomidia ja sädehoito. Lisäksi kaikki potilaalle tehtiin toinen leikkaus kun toistumisen. Puhtaus primaarikasvaimen näytteitä oli suurempi kuin toistuvia tuumorinäytteissä, jotka vaihtelevat 80-90%: sta 65-75%: iin (taulukko 1).

Variantit, tunnistetaan sekä ExomeSeq ja AmpliSeq CCP

Koska koko exome sekvensointiteknologioihin on kyky kattaa kaikki koodaus geenit genomissa, kun taas mikä tahansa paneeli lähestymistapa rajoittuu osajoukko koodauksen genomin, jotta sopivin välinen vertailu teknologiat rajoitti analyysin 409 geenit sisältyvät AmpliSeq paneelissa. Lisäksi, koska olimme eniten kiinnostuneita variantteja sisällä koodaavat alueet, myös keskittyneet analyysiin variantteja sisällä eksonien vain. Vaihtoehdot todettiin 13 (3%) ja 409 geenien analysoitu tässä tutkimuksessa. Suurin osa variantteja löydettiin ExomeSeq tietoja ja vain kaksi geeniä variantteja jaettu näiden alustojen välillä (kuvio 2).

Geenit, jotka sisältävät variantteja ja siihen liittyvä sekvensointi alustoja on esitetty. Useimmat vaihtoehdot liittyivät ExomeSeq tietoja ja oli yhteensä 409 geenien AmpliSeq CCP.

variantit saapuvat molemmilla alustoilla olivat geeneissä

PTCH1

(paikattu 1) ja

NF1

(neurofibromin 1). Yksityiskohtainen analyysi

PTCH1

variantti osoittivat samanlaisia ​​kattavuus mutatoidun emäksen (kuvio 3A) sekä AmpliSeq ja ExomeSeq tietoja 26 ja 24 lukee, vastaavasti; ja AmpliSeq paneeli oli alhaisempi (23% verrattuna 38%) lukee sisältävän vaihtoehtoisen pohjan. Toinen yhteinen variantti löydettiin

NF1

geeni (kuvio 3B), ja tässä tapauksessa näiden alustojen erosivat merkittävästi toisistaan ​​lukea kattavuus mutatoidun perusta. Vuonna ExomeSeq tiedot, oli 38 lukee kattaa muunnos pohja ja 18 (47%) sisälsi variantti; kun taas 360 lukee AmpliSeq data kattoi pohja ja 20% (71 lukee) sisälsi variantti.

NF1

oli myös yksi neljässä vaihtoehtoisessa tunnistettu toistuva kasvain näyte.

(A) View näkyvissä jännevälit CHR 9: 98,209,620-98,209,640 on

PTCH1

; muunnos pohja on G Mutaatio sijaitsee pohjan 98209634 on primaarikasvaimen potilaan UH1. (B) Näytä näkyvissä jännevälit CHR 17: 29,585,500-29,585,530 on

NF1

; variantti on G Mutaatio sijaitsee pohjan 29585518 toistuviin kasvain potilaan UH3. Muunnos perusta sijaitsee kahden pystyviivat rajan lukee.

Variantit, jonka tunnuksena ExomeSeq muttei AmpliSeq CCP

Oli yhteensä 10 varianttien kahdeksassa geenien muka sisälly siinä AmpliSeq CCP että vasta tunnistetaan ExomeSeq lähestymistapaa. Kaksi näistä geeneistä oli

PTEN

(fosfataasi ja tensin homologi) ja

TP53

(tuumoriproteiinia p53), jotka molemmat havaittiin, että primääristen ja uusiutuvien kasvainten potilaan UH3. Molemmat geenit ovat usein mutatoituneet GBM ja monet muut syövät. Vuonna primaarikasvaimen, eksonin sisältävä mutatoitunut tukikohtaan

PTEN

laajalti piiriin ExomeSeq lukee ja mutatoitunut pohja katettiin 26 lukee, 65%, joka sisälsi variantti; Kuitenkin sama eksonista kuuluvat vain osittain lukee AmpliSeq CCP (kuvio 4A) joista yksikään ei kata mutatoidun pohja. Samoin mutaatio

TP53

geeni piiriin 98 ExomeSeq lukee, 53% sisälsi variantti pohja, kun taas mitään AmpliSeq CCP lukee kattaa tämän alueen eksoni (kuvio 4B). Analyysi lukea kattavuus

PTEN

ja

TP53

on toistuvia kasvain potilaan UH3 löytyi kasvu määrän lukee kattaa muunnos pohja verrattuna primaarikasvaimen molempien geenien 68 ja 121, tässä järjestyksessä. Mitä osuus lukee voidetta pohjaan että myös mutatoitunut, oli vähennystä varten

PTEN

40% ja

TP53

osuus oli käytännössä sama kuin primaarikasvaimen 54%. Lisäksi AmpliSeq tiedot toistuvan kasvain tuotetaan yksittäinen luku kattaa mutatoitunut tukikohtaan

TP53

, tämä luetaan myös sisälsi variantti.

AmpliSeq tietoja ei tuottanut lukee kattavat muunnos pohja

PTEN

; kuitenkin, yksi lukea ei esitetty graafisessa kattoi variantin tukikohtaan

TP53

on toistuva kasvain. Tiedot primaarikasvaimista näkyvät. (A) View näkyvissä jännevälit CHR 10: 89,653,700-89,653,900 on

PTEN

; variantti on T G mutaatio sijaitsee pohjan 89653783. (B) Näkymä

TP53

näyttää alue CHR 17: 7,578,400-7,578,600; variantti on G Mutaatio sijaitsee pohjan 7578475. Sijainti variantin pohja on merkitty pystyviiva rajan lukee.

PIK3CG

(fosfatidyyli-4,5-bifosfaatin 3-kinaasi, katalyyttinen alayksikkö gamma) geeni oli ainoa geenin havaittiin olevan mutatoitunut useammalla kuin yhdellä potilaalla, erityisesti tämä geeni sisälsi kaksi eri versioita, ja yksi kutakin oli läsnä primaaristen kasvainten sekä UH1 ja UH3 yksilöiden (taulukko 2). Kiinnostavaa kyllä, kaksi versiota tunnistettiin

LLP

(LIM verkkotunnuksen sisältävä ensisijainen translokaatio kumppanina lipoma) geenin sekä primaarikasvaimen potilaan UH2 (taulukko 2). Nämä kaksi vaihtoehtoa sijaitsivat viereisten emäkset. Tutkiminen kaikki AmpliSeq CCP geenien sisältämät vaihtoehdot vain ExomeSeq data paljasti, että

LLP

geeni on suurin kattavuus 1388 ja 1403 lukee kattaa ensimmäisen ja toisen muunnelman, vastaavasti. Molemmissa tapauksissa, 80% lukee mutatoitiin.

Variantit, tunnistetaan yksinomaan AmpliSeq CCP

Toisin varianttien ainutlaatuinen ExomeSeq tietojen kolme vaihtoehtoa kolmessa eri geenien havaitsi AmpliSeq CCP mutta ei koko exome sekvensoinnilla (kuvio 2 ja taulukko 2). Kaikki kolme vaihtoehtoa havaittiin ensisijainen kasvaimia kahdella potilaalla (UH1 UH2), erityisesti

DPYD

(dihydropyrimidiinidehydrogenaasin),

MCL1

(v-myc myelocytomatosis virus onkogeeni homologin 1, keuhkokarsinooma johdettu [avian]), ja

TNK2

(tyrosiinikinaasi, ei-reseptori, 2) geenit. Yksikään kolmesta varianttien ainutlaatuinen AmpliSeq CCP nimettiin ”piiriin”, jonka MuTect ohjelmisto, mikä osoittaa alle 80% teholla havaitsemaan variantit 0,3 alleeliset murto.

Keskustelu

Deep sekvensointi menetelmiä on mullistanut monia biologisia ja biolääketieteen aloilla, joilla on syöpä, erityisesti diagnostiikan ja hoidon strategioita, on yksi eniten vaikutti [20, 21]. Paljon vaivaa on saatettu sekvensoimalla koko genomeja tai kokonaan exomes kriittisesti syöpään liittyvät mutaatiot, jotka voisivat ajaa henkilökohtaista ja kohdennettua hoitomuotojen [22]. Valitettavasti vaikka pääsy syvä sekvensointiteknologioihin on kasvanut huomattavasti viime vuosina, jatkuva suhteellisen korkea hinta sekvensointi ja monimutkaisuuden analyysi on saanut kehittämään edullisempia välineitä ja menetelmiä yhdessä yksinkertaistamista määrän geenejä analysoidaan. Ion AmpliSeq KKP kehitettiin kulkua-eksoni kattavuus 409 geenit syövässä, eli yli 50% Sanger-instituutti Cancer Gene Census (https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/census ). Tässä pilottitutkimuksessa käytimme AmpliSeq CCP sekvenssin Hyväksytty verta, primääristen ja uusiutuvien kasvainten kolmelta GBM potilaista ja vertasimme tuloksia koko exome sekvensointi saadut käyttämällä Illumina alustan The Cancer Genome Atlas (TCGA) projekti.

Kaiken muutamia geenejä havaittiin sisältää variantteja tässä tutkimuksessa (13 geenien) ja näistä vain kaksi versiota ovat yhdessä tunnistetaan kaksi sekvensointi lähestymistavat (ExomeSeq ja AmpliSeq CCP). Muunnos

PTCH1

geeni tunnistettiin primaarikasvaimen potilaalta UH1. Tämä tuumorisuppressorigeeniä toimintoja Hedgehog signalointireitin ja on osoitettu olevan mutatoitunut lapsipotilailla medulloblastoma [23]. Toinen vaihtoehto on geenin sisällä

NF1

(myös tuumorisuppressori), joka koodaa neurofibromin 1-proteiini ja on usein mutatoitunut geeni GBM [18]. Nämä kaksi versiota olivat ainoat kaksi kattamien MuTect ohjelmisto, joka tehokkaasti tekee

PTCH1

ja

NF1

kaikkein tunnistetaan luotettavasti variantit AmpliSeq CCP tiedot.

Oli myös vähän päällekkäisyyttä varianttien välillä yksittäisen potilaan ja kasvaintyypeissä. Ainoa geeni tunnistettiin muunnos useammalla kuin yhdellä potilaalla oli

PIK3CG

, joka on mutatoitunut primaaristen kasvainten potilaiden UH1 UH3. Tämä geeni sisälsi eri varianttien kahden kasvaimia ja oli läsnä vain ExomeSeq tietoja. Geenit

PTEN

ja

TP53

sisälsi vain geenivarianttien tunnistettu sekä primääristen ja uusiutuvien kasvainten saman potilaan, UH3. Vaikka molemmat geenit ovat ne usein mutatoitunut GBM nämä variantit olivat myös yksinoikeus ExomeSeq tiedot. Lisäksi tarkastus linjaukset on variantti emäkset havaittiin vain osittainen kattaminen variantin sisältää eksonit, jotka AmpliSeq lukee, joka on todennäköisesti tekijä muunnos ei havaita tämän paneelin.

Oletettiin, että olisi olla eroja variantteja tunnistettiin päässä ExomeSeq ja AmpliSeq CCP tiedot. Kun pyritään rajoittamaan näitä eroja, olemme rajoittaneet analyysiin vain ovat geenit, jotka olivat geeni luettelo AmpliSeq CCP. Eri tekniikan lähestymistavat sekvensoimalla koko exome vs. sekvensoidaan fokusoitu osajoukko syöpään liittyvien geenien voisi todennäköisesti johtaa löytää vähemmän mutatoidut geenit käyttämällä kohdistamalla toimintaa, koska tässä tutkimuksessa havaitut. Toinen kohta on tietoinen, että sisäisen kasvaimen heterogeenisuus on ominaista monien syöpien, kuten GBM. Analyysi raportoitu tässä tehtiin käyttämällä kahta eri leikkauksia kunkin potilaan kasvain ja meidän havaittu eroja variantin tunnistaminen voisi synnynnäiseen sisäisen kasvaimen heterogeenisyys GBM.

Tämä analyysi antaa todisteita siitä, että geenit

PTCH1

ja

NF1

voidaan luotettavasti havaita potilaan näytteitä ja että puute laajan eksonin kattavuuden voi vaikuttaa variantin havaitsemiseksi kyseisillä alueilla. Geenit sisältyvät AmpliSeq CCP valittiin edustavan laaja valikoima syöpätyyppeihin ja geeni paneelit tarkempia aivojen ja aivokasvainten voivat parantaa variantti havaitsemista GBM. Vaikka muutamat tutkimukset ovat arvioineet käyttö syvä sekvensointi puulevyjen nopeaan syövän genotyypityksen [23, 24], Pilottitutkimuksemme osoittaa mahdollisuudet Ion AmpliSeq CCP edistää mutaatiot sekä perus- ja syövän kliininen tutkimus. Lisätutkimukset, jossa on suurempi määrä näytteitä auttaa meitä ymmärtämään eroista näiden kahden menetelmiä ja lisätä nykyisen ymmärryksemme mutaatioita, jotka ohjaavat etenemisen ja uusiutumisen GBM.

Kiitokset

Tekijät haluavat tunnustusta potilaalla, jotka osallistuivat Cancer Genome Atlas (TCGA) hanke ja Andrew E. Sloan, MD, hänen tuki yliopistollisen sairaalan aivokasvain biopankissa. Tulokset julkaistaan ​​täällä ovat kokonaan tai osittain perustuu Cancer Genome Atlas hanke perustettu NCI ja NHGRI. Lisätietoja TCGA löytyy täältä: https://cancergenome.nih.gov/.