Krooninen sairaus

tiivistelmä

HPV harvoin jatkuu ja etenee kohdunkaulan syöpä. Tutkimme isäntä geneettiset tekijät arveltu olevan merkitystä määritettäessä, mikä osajoukko yksilöitä tartunnan onkogeenisella ihmisen papilloomaviruksen (HPV) on pysyvän infektion ja edelleen kehittää kohdunkaulan ennalta syöpä /syöpä verrattuna useimpien tartunnan henkilöitä, jotka tyhjentää infektio.

Kartoitimme 7140 tag yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t) 305 kandidaattigeenit arveltu olevan osallisena DNA: n korjaukseen, virusinfektio ja solun merkintä 416 CIN 3 (CIN3) /syöpätapausta, 356 HPV pysyviä naisilla (mediaani 25 kuukautta), ja 425 satunnaisotannalla (RC) päässä 10,049 naiset Guanacaste Costa Rica Natural History tutkimus. Käytimme logistinen regressio laskea kertoimet suhdeluvut ja p-suuntaus CIN3 /syövän ja HPV pysyvyys suhteessa SNP genotyyppien ja haplotyyppien (ikä-). Saimme polku ja geeni-tason yhteenveto yhdistysten laskemalla mukautuva yhdistelmä p-arvot. Geenit /alueet tilastollisesti merkitsevää yhteyttä CIN3 /syöpä sisältyvät virusinfektio ja solun merkintä geenien 2 ’, 5’ oligoadenylaattisyntetaasi geenin 3 (

OAS3

), sulfataasi 1 (

SULF1

), ja interferoni-gamma (

IFNy

); DNA korjaus geenit deoksiuridiinista trifosfaatiksi (

DUT

), annostus suppressori MCK 1-homologi (

DMC1

), ja yleinen transkriptiotekijä IIH, polypeptidi 3 (

GTF2H4

); ja

EVER1

ja

EVER2

geenit (p 0,01). Kultakin alueelta, merkittävin yksittäinen SNP liittyy CIN3 /syöpä oli

OAS3

rs12302655,

SULF1

rs4737999,

IFNy

rs11177074,

DUT

rs3784621

DMC1

rs5757133,

GTF2H4

rs2894054,

EVER1 /EVER2

rs9893818 (p-trends≤0.001). SNP varten

OAS3

,

SULF1

,

DUT

, ja

GTF2H4

olivat HPV pysyvyys taas

IFNy

ja

EVER1 /EVER2

SNP: tä etenemiseen liittyvä CIN3 /syöpään. Toteamme, että yhdistysten havaitut olivat vähemmän kuin kaksinkertaiseksi. Havaitsimme vaihtelut DNA: n korjaukseen viruksen sitovia ja solujen merkintä liittyviä geenejä CIN3 /syöpä. Tuloksemme tarvitse uusia, mutta viittaavat siihen, että eri geenit voivat olla vastuussa moduloimaan riski kahdella keskeisellä siirtymisen vaihetta tärkeitä kohdunkaulan syövän synnyn: HPV pysyvyys ja taudin etenemiseen.

Citation: Wang SS, Gonzalez P, Yu K, Porras C, Li Q, Safaeian M, et al. (2010) Common Genetic vaihtoehdot ja Risk HPV Pysyvyys ja Eteneminen kohdunkaulan syövän. PLoS ONE 5 (1): e8667. doi: 10,1371 /journal.pone.0008667

Editor: Syed A. Aziz, Health Canada, Kanada

vastaanotettu: 01 joulukuu 2009; Hyväksytty: 18 joulukuu 2009; Julkaistu: 13 tammikuu 2010

Copyright: © 2010 Wang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Cancer Institute Intramural ohjelmaansa ja National Institutes of Health (sopimusten CO-12400, CP-21081, ja CP-31061; myöntää CA-78527 ja RDB); National Institutes of Health Office of Research naisten terveydestä (ORWH); Costaricalaisen Foundation for Training in Health Sciences; Caja Costarricense de Seguro Social (Costa Rica). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Jatkuva infektiota, jossa yksi noin 15 eri ihmisen papilloomaviruksen (HPV) on kehittämiseen tarvittavia kohdunkaulan syövän ja sen välittömän edeltäjän CIN aste 3 (CIN3). Kuitenkin HPV-infektio ei ole riittävä syy kohdunkaulan syövän /CIN3 ja HPV kofaktoreita on tunnistettu, mukaan lukien suun ehkäisyä ja tupakointi [1]. Perinnöllinen yhdistäminen tutkimusten ja arvioinnin perinnöllisten geneettisten vaihteluiden lisäksi viittaavat siihen, että isäntä geneettiset tekijät voivat myös vaikuttaa kohdunkaulan syövän synnyssä [2]. Useat tutkimukset ovat arvioineet ja sekaantunut rooli HLA (

HLA

) [3], [4]. Olemme aiemmin raportoitu yhdistyksen välistä yhteistä variantteja geeneissä vaikuttavat DNA-vaurioita, etenkin,

FANCA

, jotka liittyvät sekä HPV pysyvyys ja etenemistä CIN3 /syöpään. Olemme myös raportoitu variantin luontaisen immuniteetin geeni

IRF3

HPV pysyvyys [5]. Täällä laajennamme arviointi isännän geneettisestä vaihtelusta DNA korjaukseen, virusinfektio ja solujen merkintä geenejä ja riskin HPV pysyvyys ja kohdunkaulan precancer /syöpä.

Kartoitimme tietoa 7140 ehdokas yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) in 305 kandidaattigeenit /alueet (161 virusinfektio ja solujen pääsyn ja 144 DNA: n korjaukseen geenejä). Kaikki tunnetut DNA: n korjaukseen geenit sisällytettiin [6] ja virusinfektiot ja solujen pääsy-geenit valitaan perustuen biologisen todisteita hypoteesin yhdessä kohdunkaulan syöpä, HPV, tai muita infektioita. Kaikki geenit ja niiden valitut vaihtoehdot arvioitiin riskin HPV pysyvyys ja etenemistä CIN3 /syöpään sisällä väestöpohjainen Guanacaste kohortti Costa Rica (geenit ja SNP: itä selityksin taulukossa S1). Ainutlaatuinen piirre pyrimme on kyky erikseen arvioida geneettiset tekijät, jotka liittyvät kahden tunnetun ja kriittistä siirtymätilat luonnollisessa historiassa kohdunkaulasyövän – (i) viruksen pysyvyys ja (ii) eteneminen ennalta syöpä /cancer.

tulokset

Pathway-Based Associations

Olemme löytäneet DNA korjaukseen liittyvän reitin kokonaisuudessaan tilastollisesti merkitsevää yhteyttä CIN3 /syöpä (p = 0,0197) ja HPV pysyvyys (p = 0,0472 ), mutta ei etenemistä (p = 0,7451) (taulukko 1). Yhdistykset ilmestyi vetämänä geenien muokkauksen /käsittely nukleaasien, modulaatio nukleotidivarastoihin, ja nukleotidin Leikkauskorjauksessa. Perhe Fanconin anemiaa geenien myös merkitsevästi HPV pysyvyys (p = 0,0326).

Gene /Region-Based Associations

Taulukossa 2 esitetään tulokset 9 geenien /alueet liittyvät jossa CIN3 /syöpä verrattuna satunnaisen valvonnan p 0,01, tilaamat niiden tilastollinen merkitsevyys. Kuusi geenien katsottiin huomattava kanssa FDR ≤0.2, mukaan lukien DNA: n korjaukseen geeneissä –

GTF2H4

,

DUT

, ja

DMC1 –

ja virusinfektio ja solujen entry liittyviä geenejä –

OAS3, SULF1

, ja

IFNy

. Yhdistyksen

GTF2H4

ja

SULF1

myös HPV pysyvyys (p = 0,005). Kolme alueet olivat tilastollisesti merkitsevästi etenemiseen liittyvä CIN3 /syövän p 0,05:

TMC6 (EVER1), TMC8 (EVER2) B, ja

FLJ35220

. Kaikki geenipohjaisten tulokset on esitetty taulukossa S2.

SNP-Based Associations

Yhdenmukainen meidän geenin /alue-analyysin perusteella, löysimme todisteita muuttuneen riskin (noin 2 kertainen) for CIN3 /syövän yhden tai useamman SNP kahdeksan yhdeksästä geenien /alueet, joissa p-suuntaukset ≤0.001 (taulukko 3, SNP aakkosjärjestyksessä geeni- nimi). Neljästä geenit HPV pysyvyys, SNP

DUT

(rs3784621),

GTF2H4

(rs2894054, rs6926723),

OAS3

(rs12302655), ja

SULF1

(rs4737999, rs4284050, rs10108002) oli merkitsevä p-suuntaus 0,05. Geeneistä /alueet etenemiseen liittyvä CIN3 /syöpä, SNP

IFNy

(rs11177074) sekä

EVER2 /TMC8

ja

EVER1 /TMC6

(rs9893818) olivat tilastollisesti merkitsevä p 0,05. Kerroin suhde ja 95%: n luottamusväli nämä SNP on esitetty taulukossa S3 (kaikki tiedot kaikista SNP on esitetty taulukossa S4). Toteamme, että muita SNP liittyvät CIN3 /syöpään sisältyvät ne, jotka ovat

OAS1

,

OAS2

, ja

POLN

geenejä (taulukko 3). Mitä

OAS3

, järjestöjen kanssa

OAS1

ja

OAS2

olivat merkittäviä HPV pysyvyys taas

POLN

liittyi taudin etenemiseen.

Haplotyyppifrekvenssianalyysi Associations

tulokset haplotyyppi perustuvia analyyseja (määritelty lohkojen kytkentäepätasapainossa) olivat yleensä yhdenmukaisia ​​geenin /alue- ja SNP-pohjainen havaintoja. Haplotypes tilastollisesti merkitsevää yhteyttä CIN3 /syöpään sisältyvät SNP sekaantuneet SNP-analyysi (kuten taulukossa S5

DUT

,

GTF2H4

ja

SULF1

jossa haplotyypin lohkot voisi rakennetaan). Ei uusia kiinnostavia alueita tunnistettiin haplotyyppianalyysissä käyttämällä liukuvan ikkunan lähestymistapaa 3 SNP (tuloksia ei ole esitetty).

Keskustelu

Tässä väestöpohjaisen tutkimuksessa, löysimme yhdeksän geenit /alueet liittyvä CIN3 /syöpä, joista 6 jäi merkitsevä FDR≤0.2 – kolme DNA korjaus geenit (

GTF2H4

,

DUT

, ja

DMC1

) ja kolme virus- infektio ja solun merkintä liittyvien geenien (

OAS3, SULF1

, ja

IFNy

). Ainutlaatuinen piirre Tutkimuksemme on kyky erikseen arvioida yhdistysten kanssa kaksi tärkeää siirtyminen askelia luonnonhistorian kohdunkaulasyövän – virus- pysyvyys ja etenemistä precancer /syöpään. Alueiden /geenien havaittiin olevan tärkeä, yhdistys oli ensisijaisesti HPV pysyvyys

GTF2H4

ja

SULF1

.

IFNy

ja epidermodysplasia verruciformis (EV) -associated geenejä (

TMC6-EVER1

ja

TMC8-EVER2

) olivat pääasiassa etenemiseen liittyvä CIN3 /syöpään. Kaikki top geenit peräisin geenistä /alue- ja SNP-pohjainen analyysit selityksin ja lyhyesti kuvattu taulukossa 4.

Tulokset meidän DNA korjaukseen liittyvän reitin perustuvia analyyseja olivat yhdenmukaisia ​​meidän yksittäisten SNP-pohjainen tuloksia. Tarkemmin, huomasimme, että geenien nukleotidin Leikkauskorjauksessa (joka sisältää

GTF2H4

) ja modulaatio nukleotidivarastoihin (joka sisältää

DUT

) liittyvän HPV pysyvyys. DNA korjaus perhe editointi /käsittely nukleaasien oli etenemiseen liittyvä CIN3 /syöpä ja vaikka useiden geenien olivat tilastollisesti merkitseviä, yksikään ei ollut merkittäviä at FDR 0.2. Yhdistys välinen Fanconin anemia perheen geenien kanssa HPV pysyvyys on sopusoinnussa myös aiempien analyysien raportoitu

FANCA

variantteja HPV pysyvyys (5). Ei ole raportoitu polymorfismien

GTF2H4

,

DUT

tai

DMC

HPV pysyvyys, kohdunkaulan syöpä tai jokin muu syöpä tasalla. Kuitenkin

GTF2H4

sijaitsee kromosomissa 6p21.3 sisällä

HLA

alue ja on siten huomautuksen kuin useat tutkimukset ovat tutkineet

HLA

Luokka II ja I-geenien kohdunkaulan syöpä ja ovat johdonmukaisesti tunnistettu alleelit (esim

HLA

–

DRB

* 1301), jotka liittyvät kohdunkaulan syöpään [4]. Onko havaitun assosiaation

GTF2H4

variantteja ja HPV pysyvyys johtuu sen biologisen toiminnan ja ominaisuudessa DNA korjaavan geenin tai mahdollisen kytkentäepätasapainossa

HLA

edellyttää lisäarviointia.

vaihtoehdot kahteen geenejä oletetaan osansa virus- ja HPV sitova,

OAS3

ja

SULF1

, myös HPV pysyvyys väestöstä.

OAS3

on rooli vastustuskyvyn virusinfektion kautta hajoamista virus- ja solun RNA: t ja arvonalentumiset virusreplikaation. Erityisesti OAS geeniperheellä (

OAS1, OAS2, OAS3

) indusoidaan interferoni. Kun entsymaattisesti aktiivinen OAS on sidottu RNA: n RNaasi L on aktivoitu, jolloin hajoaminen virus-RNA: [7]. Erityisesti

OAS1

ja

OAS2

SNP myös HPV pysyvyys väestöstä (taulukko 3).

SULF1

(sulfataasi 1) osallistuu solujen signalointi ja on koreseptoria hepariinia sitovat kasvutekijät ja sytokiinit. Sulfs mahdollisesti olla rooli solun palautetta mekanismi, jossa ne muokata sulfatointi useiden hepariinisulfaattiproteoglykaanien [8]. Tämä on erityisen kiinnostava, koska hepariinisulfaattiproteoglykaanien arvellaan olevan ensisijainen kiinnitys tekijä HPV ja hoito hepariini ja hepariinisulfaatti ovat esti tartunnan joidenkin HPV-tyyppien [9].

kolme geeniä liittyy ensisijaisesti etenemiseen että CIN3 /syöpään mukaan lukien

IFNy

, sytokiini, on rooli synnynnäisen immuniteetin virus- tai bakteeri-infektioita. Se aiheuttaa myös OAS geenien perhe, joka johtaa hajoamiseen virus-RNA. Raportoimme myös yhdistyksen välillä geenien

EVER1 /TMC6

ja

EVER2 /TMC8

ja SNP, joka sijaitsee kahden geenien kanssa eteneminen CIN3 /syöpään. Mutaatiot joko

EVER1

tai

EVER2

geenit hyvin dokumentoitu harvinainen ihon karsinooma, epidermodysplasia verruciformis (EV), joka on ominaista infektio HPV5 [10]. Tämä yhteinen polymorfismit sisällä

EVER1

ja

EVER2

myös etenemiseen liittyvä CIN3 /syöpä voi mahdollisesti ehdottaa suurempaa roolia, joskin vaatimaton, sillä

EVER1

ja

EVER2

geenejä HPV herkkyys ja myöhemmät riskin taudin.

kuten aiemmin on kuvattu [5], tutkimus rajoitukset voivat olla mahdollisia selviytymisen harhaa kuin täydentävät tapaukset tunnistetaan Guanacaste olivat jälkikäteen todeta ja DNA: ta ei saatu kuolleen tapauksissa. Toinen rajoitus on meidän kyvyttömyys arvioida invasiivisen kohdunkaulan syövän erikseen. Tulevaisuuden tutkimukset suurempi määrä tapauksia tarvitaan käsittelemään onko geenit osallistuvat siirtymistä in situ invasiivisia sairauksia. Vaikka me kohdistettu

a priori

geenejä ja käytetty FDR 0,2 mitkä geenit olivat huomattavia, emme voi sulkea pois mahdollisuutta vääriä positiivisia (tai väärät negatiiviset). Tärkeää on, koska väestö koostuu Costa Ricans ja geenit merkittiin perustuvat valkoihoinen ja Yoruban populaatiot, joissa tiedot ovat saatavilla HapMap, on todennäköistä, että geeni kattavuus meidän Costa Rican väestö on epätäydellinen. Tutkimus vahvuuksia ovat meidän väestöpohjaisen tutkimuksen suunnittelu. Tämä muotoilu suunnilleen tapauskohtaisesti kohortti suunnittelu, koska naisten osuus kohortin kanssa CIN3 tai syöpä on pieni. Toinen tutkimus vahvuus on kyky arvioida geenien merkitystä HPV pysyvyyden ja geenien merkitystä taudin etenemistä. Lisäksi tutkimuksemme oli tiukkaa seurantaa, HPV testauksen ja patologian arvostelu tapausmäärittelyistä. Meidän tag-SNP lähestymistapa mahdollisti kattavampi kunkin

a priori

geeni /alueen tutkimuksen, verrattuna tunnetun ehdokas SNP-pohjainen genotyypitys lähestymistapoja. Meidän arviointi DNA korjaukseen liittyvä reitti oli lähellä complete perustuu viimeisimpään kirjallisuuteen ja mahdollisti polku-analyysin perusteella. Kuitenkin meidän viruksen sitovia ja solujen tulon geenit eivät olleet vastaanottavaisia ​​samanlaisia ​​analyysejä. Myönnämme, että meidän

a priori

lähestymistapa näytteet pieni joukko geenejä genomissa ja siksi todennäköisesti jääneet muita tärkeitä yhdistyksiä. Lisääntynyt voima ja replikointi tuloksemme ovat pakollisia ja suurempia ponnisteluja genomin laajuinen yhdistys tutkimukset pitäisi lisävalaisua geenejä ja alueiden merkitys kohdunkaulan syövän. Tutkimuksemme kuitenkin edelleen ainoa tarkoitus hahmotella yhdistysten HPV pysyvyys ja etenemistä CIN3 /syöpään.

Yhteenvetona tuloksemme tarvitse uusia vaan perustua edellisessä raportissa mahdollisen vastaanottavan geneettisiä variantteja merkityksellisiä HPV pysyvyys ja ne merkitystä etenemistä CIN3 /syöpään. Jos monistaa, lisätutkimuksia paikantaa syy SNP (t) ja määrittää niiden biologista merkitystä olisi jatkettava. Tulevaisuuden Siksi olisi edelleen leikkelyn pysyvyys, joka todennäköisesti johtaa etenemistä verrattuna lyhyen aikavälin pysyvyys, joka on vähemmän todennäköisesti edetä CIN3 /syöpään. Rooli isännän geenistä ja HPV metylaation sekä niiden roolia syy geenejä olisi myös harkittava. Nämä tiedot ovat tärkeitä tulevaisuuden tutkimusta arvioitaessa vuorovaikutusta viruksen ja isännän genetiikan määritettäessä riskiä HPV pysyvyys ja etenemisen CIN3 /syöpään.

Methods

Tutkimus Väestö

Tämä tutkimus oli sisäkkäin väestöpohjaisen kohorttitutkimuksen naisten Guanacaste, Costa Rica. Tiedot kohorttitutkimuksessa menetelmillä [11], [12] ja väestöryhmästä valittu geneettisiä analyysejä [5] on raportoitu muualla. Lyhyesti, Guanacaste HPV luonnonhistorian tutkimus on väestöpohjaisen kohortin 10049 naisten palvelukseen yli 18-kuukauden aikana vuosina 1993-94 ja seurasi seitsemän vuotta. Sillä kohortti osallistujaa, kohdunkaulan solut olivat käytettävissä HPV DNA-testillä, kuten aiemmin on kuvattu [11], [12], ja valkosolukerros näytteet olivat saatavilla isäntä geenin polymorfismin testaus.

Naiset valittiin geneettinen Tutkimukseen osallistui: ( i) kaikki naiset kohortin histologisesti vahvistettu häiriöitä tai vaaratilanteen CIN3 tai syöpä (n = 184); (Ii) kaikki naiset kohortin joilla oli HPV pysyvyys, määritellään naiset positiivinen saman HPV-tyypin kahden käynnin (n = 432) (mediaani pituus pysyvyys: 25 kuukautta); ja (iii) satunnaisessa säätimet kohortin (n = 492) [5]. Kuten aiemmin on kuvattu [5], me myös 331 täydentävän CIN3 ja syöpätapausta Guanacaste jotka eivät olleet osallistujien luonnonhistorian tutkimuksessa mutta oli itsenäisesti diagnosoitu CIN3 tai syöpään samana aikana, jonka luonnon historian tutkimus suoritettiin. Toteamme, että nämä täydentävät tapaukset olivat hieman vanhempi, koska suurempi osa syövistä verrattuna meidän kohortti-pohjainen tapauksissa, joissa oli suurempi osuus CIN3. Alleelifrekvenssit vastasivat toisiaan meidän kohortti ja täydentävää tapauksissa perustellaan yhdistäminen kaksi ryhmää geneettisiä analyysejä (5).

Ethics lausunto

Tutkimus hyväksynyt sekä USA NCI ja Costa Rica Institutional Review Boards ja kaikista aiheista allekirjoittivat tietoon perustuva suostumus.

Laboratory Methods

DNA: n uuttaminen.

DNA uutettiin buffy coats kanssa Puregene puhdistuskittejä /Autopure protokolla (Gentra Systems ) at SeraCare (Frederick, MD). Täydentäville tapauksissa DNA uutto tehtiin yliopistossa Costa Rican käyttäen samaa pakki /protokollaa.

HPV testauksen.

PCR-pohjainen HPV-DNA-testausta L1 MY09 /MY11 konsensus pohjamaali menetelmiä [11], [13], [14] tehtiin kohdunkaulan soluissa tallennetaan standardin kulkuvälineissä (Qiagen, Germantown, MD) päässä luonnonhistorian tutkimusta vain. Koska kohdunkaulan soluja ei saatu täydentävät tapauksissa HPV ei ole saatavissa näille naisille. Varten HPV-rajoitettu analyysit, lisänä precancer /syöpätapausta oletetaan olevan HPV-positiivinen johtuen nykyisten tietojen että onkogeeniset HPV on vakiintunut ja tarpeellinen riskitekijä kohdunkaulan precancer /syöpä.

Host genotyypitys.

genotyypin tag SNP 305 kandidaattigeenit /alueet (geenit ja SNP selityksin taulukossa S1) arveltu osallistuvan kohdunkaulansyöpä progession tai HPV pysyvyyttä suoritettiin NCI Core genotyypin Facility (Advanced Technology Center, Gaithersburg , MD; https://snp500cancer.nci.nih.gov) [15] käyttäen mittatilaustyönä IValitse Infinium määritys (Illumina, www.illumina.com). Infinium mukana yhteensä 27904 tag SNP, joista meidän kandidaattigeenejä /alueet edustettuina 7765 SNP. Tag SNP varten 305 ehdokasta geenit valitaan designable yhteiset SNP (pienet alleelin taajuus (MMM) 5%) genotyyppi Kaukasian (CEU) ja Yoruban (YRI) väestö näyte HapMap Project (Data Release 20 /Phase II, NCBI Build 36,1 kokoonpano, dbSNPb126) ohjelmiston avulla Tagzilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/), joka toteuttaa koodaus algoritmi perustuu pairwise laatikointi menetelmä Carlson

et al

. [16]. Koska ei ole Costa Rican väestö HapMap Project jota voisimme valita SNP, me mukana koodaus varten YRI lisäksi CEU väestön parantaa todennäköisyys saavuttaa geenin kattavuus väestöstä. Jokaista alkuperäinen kohdegeenin, SNP alueella kattoivat 20 kb 5 ’transkription aloituksesta (eksoni 1) 10 kb 3’ lopussa viimeisen eksonin ryhmiteltiin käyttäen laatikointi kynnys r

2 0,8 määrittämään geenin /alue. Kun oli useita selostukset saatavilla geenien ainoastaan ​​ensisijainen transkriptin arvioitiin.

Laadunvalvonta (QC).

Tag SNP joka epäonnistui valmistus (tilattu mutta ei muuntaa), epäonnistunut validointi ( ei vahvistusta tai klustereiden) ja määritykset, jotka oli vähemmän kuin 80% loppuun tai 80% yhteensopivuutta 90 Hapmap CEU käytettyjen näytteiden validointi jätettiin (n = 104). SNP alhaisen kurssin suoritusta ( 90% näytteistä) on edelleen suljettu pois (N = 138). SNP kanssa QC discordance keskuudessa 100 QC kaksoiskappaleet ja joukossa HapMap näytteitä 98% suljettiin pois (n = 383). Olemme myös ulkopuolelle näytteitä alhaisella Läpäisyaste ( 90%) (N = 7). Hardy-Weinberg tasapaino arvioitiin kontrollien joukossa. SNP joissa ilmenee poikkeama Hardy-Weinberg osuudet (n = 49, p 0,0001) merkitään taulukossa S1. Vaikka meidän QC tiedoista ei saatu mitään ilmeistä genotyypityksen virhe ja esittelemme niiden tulokset, toteamme varoen tulkita näitä valitse tuloksia. Niistä 7765 a priori SNP, 7140 SNP olivat mukana tämänhetkiseen analyysiin.

Final analyyttinen väestöstä.

arvioitiin yhteensä 416 naisten diagnosoitu CIN3 tai syöpä, 356 naisia ​​HPV pysyviä infektio, ja 425 satunnaisotannalla joille validoitu -genotyypitystulosten saatiin.

tilastollinen analyysi

Pathway- ja geeni /alue-analyysin perusteella.

Saimme pathway- ja geeni /aluekohtaisia ​​yhteenveto yhdistysten käyttäen adaptiivista yhdistelmä p-arvot [17], [18], joka yhdistää geeni-tason yhdistys näyttöä kautta mukautuva sijoitus katkaistu tuote menetelmällä. Tilille monimuuttujille, haimme väärä löytö määrä (FDR) menetelmää Benjamini ja Hochberg [19]. Pathway-pohjainen analyysit tehtiin DNA korjaavien geenien; ne ei ole tehty virusinfektioon ja solun merkintä geenejä valita vain geenit suunnattu arviointi- ja yhdessä eivät täysin edusta polku.

SNP-pohjainen yhdistyksiä.

Laskimme kertoimet suhdeluvut ( OR) ja 95%: n luottamusväli (95% CI) kunkin genotyypin kunkin sairauden lopputulokseen, käyttäen homotsygoottinen villityypin (WT) genotyyppi kuin tarkoite ryhmä. Ensin verrataan CIN3 /syöpätapausta satunnaisia ​​tarkastuksia. Arvioimme lisäksi, onko tilastollisesti merkitsevä yhdistysten CIN3 /syöpään olivat yhdenmukaisia ​​HPV pysyvyys ja /tai sairauden etenemisen kanssa seuraavat vastaavat vertailut: (i) HPV persisters verrattuna satunnaisia ​​tarkastuksia ja (ii) CIN3 /syöpätapausta verrattuna HPV persisters.

Olemme suorittaneet sekä raakaöljyn ja analyysit ikä- ( 30, 30-49, 50 + vuotta). Kunkin tulos, laskimme

P

suuntaus perustuu kolmen tason järjestysluku muuttuja (0, 1, ja 2) sekä homotsygootti WT, heterotsygootti, ja homotsygoottinen variantti logistiikkaregressiomallin. Arvioinnissa yhdistysten HPV pysyvyys, myös laatineet analyysin, jossa HPV pysyvyys ja verrokkien rajoitu mihinkään onkogeeniset-HPV-infektio (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68 ). Kaikki logistinen regressio mallit olivat ehdottomia ja suoritetaan käyttämällä SAS versiossa 9,1 (SAS Institute, Cary, NC).

Haplotyyppifrekvenssianalyysi analyysejä.

Olemme suorittaneet haplotyyppi analysoidaan kahdella tavalla. Ensin arvioidaan syöpäriskiä, ​​etenemisen ja HPV pysyvyys liittyy haplotypes määritelty SNP: iden sisällä liukuvan ikkunan kolme lokusten yli geenin (HAPLO-tilastot, versio 1.2.1, haplo.score.slide, http: //mayoresearch.mayo edu /mayo /tutkimus /schaid_lab /software.cfm) kaikissa geenit. Globaali pisteet tilastoa käytettiin tiivistää todisteita yhdistyksen sairauden kanssa haplotypes jokaisen ikkunan. Toiseksi meidän visualisoida haplotyyppi rakenteita geenien jossa p 0,01 geenien /alue-analyysi käyttäen Haploview, versio 3.11 [20], joka perustuu toimenpiteistä pairwise kytkentäepätasapaino- SNP: iden välillä. Lohkoille kytkentäepätasapainossa saimme syrjäisimpien alueiden ja 95% CI, että taustalla haplotyyppien olettaen lisäaineen malli (haplo.glm, vähintään haplotyypin esiintymistiheys 1%). Kaikki haplotyypin analyysit ikä-.

Kiitokset

Kiitämme Drs. Chris Buck ja Patricia Day heidän tieteellistä panosta ehdottamalla kandidaattigeenit arviointi nimenomaan niiden merkitystä HPV sitovia. Olemme kiitollisia Sabrina Chen päässä Information Management Services, Inc. (IMS) tiedonhallinnan ja ohjelmoinnin tukea. Olemme kiitollisia Amy Hutchinson ja belynda Hicks niiden hallintaan tämän genotyypitys pyyntiponnistukseksi NCI Core genotyypin Facility ja heidän tieteellistä panosta meidän tutkimustyötä. Tulokset esitettiin osittain klo 25

th International papilloomaviruksen Conference, Malmö, Ruotsi, toukokuu 2009.

tukeminen Information

Taulukko S1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s001

(0,83 MB XLS) B Taulukko S2.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s002

(0,61 MB DOC) B Taulukko S3.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s003

(0,11 MB DOC) B Taulukko S4.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s004

(5,99 MB XLS) B Taulukko S5.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s005

(0,09 MB DOC) B