Krooninen sairaus

tiivistelmä

Pro-syöpää aiheuttavia vaikutuksia prostaglandiini E2 (PGE

2) paksusuolen limakalvolla ei ainoastaan ​​säännellä hinnat välillä COX-2-(COX-2) biosynteesiä ja 15-Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase (15-PGDH) -riippuvaisella hajoamista mutta myös vakaan tilan pitoisuus PGE

2 solunulkoisen mikroympäristössä ylläpitämä keskeiseen prostaglandiini kuljettajat, usealle lääkkeelle resistenssiä Protein (MRP4) (ulosvirtaus kantaja) ja prostaglandiini Transporter (PGT) ( tulva carrier). Ymmärtää osuus geneettistä vaihtelua pitkällä koodaavat geenit COX-2/15 PGDH /MRP4 /PGT proteiinien CRC kehittämiseen, teimme sairaalan johdolla tapauskontrollitutkimuksessa mukana 246 CRC potilasta ja 480 syöpää vapaa valvontaa. Kaikkiaan 51 tagSNPs leimasi käyttäen Sequenom alustan kautta multipleksoidun vahvistusta sen jälkeen massa-spektrometriaa tuotteen erotus- tai alleeliset erottelu käyttäen reaaliaikaista PCR. Seitsemän tagSNPs olivat sekaantuneet CRC kehitys: rs689466 in

COX-2

geenin rs1346271 ja rs1426945 15-PGDH, The rs6439448 ja rs7616492 vuonna PGT ja rs1751051 ja rs1751031 in MRP4 koodaus geenit. Olipa kerrostunut analyysi mitattavissa geeni-ympäristö vuorovaikutus havaittiin välillä rs689466 ja tupakointi, yksilöiden yhä tupakoitsijoita kantajia rs689466 GG homotsygoottinen genotyyppi, joilla on lähes 6-kertainen lisääntynyt alttius CRC alkaminen (95% CI: 1,49-22,42,

P

= 0,011). Lisäksi multifactor dimensionality vähennys (MDR) analyysi määrittänyt yleisen neljän tekijän parhaiten geeni-geeni interaktiivinen malli, kuten rs1426945, rs6439448, rs1751051 ja rs1751031 polymorfismit. Tämä malli oli korkein ristivalidointi johdonmukaisuus (10/10,

P

0,0001) ja tarkkuus 0,6957 ja edelleen liittyy 5-kertaisesti lisääntynyt riski CRC kehittämiseen (95% CI: 3,89 -7,02,

P

0,0001). Lopuksi erityisiä alhaisen penetraation geenien pro-karsinogeeninen PGE

2 polku näyttävät moduloivan geneettinen alttius CRC kehittämiseen. Selkeämpi käsitys siitä CRC etiologiasta kautta tunnistaminen biomarkkerit paksusuolen syövän synnyn saattaa mahdollistaa paremman määritelmän riskimalleja jotka ovat todennäköisesti hyötymään kohdennettuja ennaltaehkäiseviä strategioita, joilla vähennetään CRC taakkaa.

Citation: Pereira C, Queirós S , Galaghar A, Sousa H, Pimentel-Nunes P, Brandão C, et ai. (2014) Genetic vaihtelu Key Geenit Prostaglandiini E

2 Pathway (

COX-2, HPGD, ABCC4

ja

SLCO2A1

) ja niiden osallistuminen peräsuolen syövän Development. PLoS ONE 9 (4): e92000. doi: 10,1371 /journal.pone.0092000

Editor: Kjetil Tasken, University of Oslo, Norja

vastaanotettu 25 marraskuuta 2013 Hyväksytty: 15 helmikuu 2014; Julkaistu: 02 huhtikuu 2014

Copyright: © 2014 Pereira et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat tutkimus avustusta Portugalin syöpäinstituutti Porton. Lisäksi CP on vastaanottaja PhD apurahan (SFRH /BD /64805/2009) alkaen FCT-Fundação para a Ciência e Tecnologia, osarahoittaa Euroopan sosiaalirahasto (ESR) alle Human Potential Toimintaohjelma (POPH) National Strategic viitekehyksen (NSRF). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat lukenut lehden politiikan ja ovat seuraavat ristiriitoja: RM on PLoS ONE Pääkirjoitus hallituksen jäsen. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen PLoS One Pääkirjoitus politiikan ja kriteerit.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) on yleisin pahanlaatuinen kasvain kehittyneillä alueilla, joiden osuus on yli 13% kaikista diagnosoitujen tapausten (728,550 tapausta) ja 11% kaikista syöpään liittyvien kuolemien 2008 (320,279 kuolemat) [1]. Taakka CRC kasvaa osoituksena väestönkasvu ja ikääntyminen, myös, lisääntynyt hyväksyminen syöpään liittyvien ”länsimaistetusta” elämäntapa [2]. Joten, täytäntöönpano väestöpohjaisen CRC seulonnan suuntaviivat keskittyen tunnistamiseen ja poistamiseen syövän esiaste on erittäin suositeltavaa onnistuneen laskun CRC ilmaantuvuus [3]. Valitettavasti noudattamisprosentit ovat kaukana toivottavaa ja huomattavasti pienemmät kuin raportoitu muut suositeltavat ennaltaehkäiseviä strategioita [4], joka haittaa tehoa näiden lähestymistapojen CRC ehkäisyyn. Tämä saattaa tarjota perustelut paitsi kohdennettuja seulontaan, mutta myös pyrkimys vaihtoehtoisia ja /tai täydentäviä strategioita, nimittäin käyttö kemopreventiossa pienentää huomattavasti syövän taakkaa.

Yksi ryhmä yhdisteitä, joilla on laaja tiedot tukevat ennaltaehkäisevää roolia syövän puhkeamista sisältävät steroideihin kuulumattomien tulehduskipulääkkeiden (NSAID), osoitettu vähentävän suhteellinen riski CRC 40-50% pääasiassa kohdistamalla COX-2-(COX-2) entsyymi [5] – [7].

COX-2 on välittömästi varhaisen reagoinnin geeni, aiemmin osoitettu olevan säädelty vahvistavasti 40-50% peräsuolen adenoomien ja 85% CRC, joka johtaa solunulkoiseen microenvironment kertyminen prostaglandiinien (PG) [ ,,,0],8]. COX-2-johdetun PGE

2, suuret PG tuotettu Kolorektaalituumorien, on keskeinen osuus tunnusmerkkejä syövän stimuloimalla solujen lisääntymistä, invasiivisuus ja muuttoliike, parantaa angiogeneesi, kiertää apoptoosin ja moduloimalla kasvainvastaisen immuunivasteen [ ,,,0],9]. COX-2 on fysiologinen antagonisti 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenaasi (15 PGDH) joka katabolisoi PGE

2 inaktiiviseksi keto- yhdisteen [10]. 15-PGDH ilmentyy voimakkaasti normaalin limakalvon ja yksi alas geenien in Kolorektaalituumorien, joka on voimakas

in vivo

vaimennin paksusuolen neoplasia vähentämällä kataboliaa PGE

2 [11] , [12]. Lisäksi alhainen 15-PGDH arvot liittyvät vastustuskyvyn COX-2 selektiivinen Selekoksibi chemopreventive vaikutukset Kolorektaalituumorien kehittämiseen, vahvistamalla vaikutus menetys 15-PGDH ilmentymisen peräsuolen syövän synnyn [13]. Tästä huolimatta biologinen vaikutus COX-2 /PGE

2 koulutusjakson eivät ole vain säännellä hinnat välillä COX-2 biosynteesiä ja 15-PGDH riippuvaa hajoamista mutta myös vakaan tilan pitoisuus PGE

2 ekstrasellulaarisen microenvironment, säätelee keskeiseen prostaglandiini kuljettajat [14], [15]. Usealle lääkkeelle resistenssiä liittyvä proteiini 4 (MRP4) vastaa vientiä PGE

2 solunulkoiseen miljöö, jossa lukuisia väyliä aktivoituu sitoutumalla tiettyihin G-proteiiniin pari reseptorit [14]. Toisaalta, aktiivinen otto takaisin sytoplasmaan, jossa PGE

2 inaktivoituu 15-HPGD, suoritetaan-out prostaglandiini kuljettaja (PGT) [15]. Itse asiassa, Holla ja työtovereiden [16] kertoi, että PGT ja MRP4 mRNA-tasot ovat kääntäen säännellään ihmisen CRC, jossa PGT ilme on vaimentua ja MRP4 yli-ilmennetään CRC kudoksissa ja solulinjoissa nostamiseen johtavat PGE

2 solun ulkopuolelle siten upregulating vaikutukset COX-2 /PGE

2 kautta.

vuosikymmen sitten vapauttaa ensimmäisen ihmisen genomin luonnos sallittu syvempää tietoa arkkitehtuuri ja toiminta ihmisen genomin, korostaen merkitystä yhteisten geneettinen muunnelmia tauti genesis. CRC, suvussa on vakiintunut etiologic tekijä, irtoaminen hieman vihjeitä osallistumisen alhaisen penetraation geenien sen oncogenesis [17].

COX-2

geeni on geneettisesti polymorfinen ja kohteena oli useita geneettisiä assosiaatiotutkimukset, syytetään mukana kolme polymorfismin

COX-2

geenin Kolorektaalituumorien kehitykseen (rs20417, rs699466 ja rs5275, joka tunnetaan myös nimellä -765G C, -1195A G ja 8473T C, vastaavasti), vaikka ei aina johdonmukaisesti [18]. Alustavassa tutkimuksessa raportoimme lisääntynyt alttius CRC kehityksen G alleelin kantajia rs689466A G polymorfismi

COX-2

promoottori n [19].

Hoeft ja työtovereiden [20] ensinnäkin tunnistaa kaksi koodaus yhden nukleotidin polymorfismit (tagSNPs), The rs8752 ja rs2612656 on

HPGD

geeni, joka koodaa 15-PGDH proteiinia, kuten lisääntynyt alttius markkereita CRC kehittämiseen. Viime aikoina Thompson ja työtovereiden [21] havaittiin 40% suurempi riski liittyy rs2555639 SNP sijaitsee 17,74 kb ylävirtaan 5’UTR

HPGD

geeni edelleen validoitu replikointi asetettu.

lukuun ottamatta kaksivaiheinen tapauskontrollitutkimuksessa on Espanjan väestöstä [22] ei ole aiempaa tutkimus tiedusteli roolia yhteisten geneettisten varianttien MRP4 ja PGT koodaus geenit (

ATP-sitova kasetti alaryhmä C jäsen 4

(

ABCC4

) ja

liuenneen aineen kantaja orgaanisten anionien kuljettajaproteiini perheen jäsen 2A1

(

SLCO2A1

), vastaavasti) CRC genesis. Kumpikaan osoitettu yhdistetty vaikutus SNP näiden neljän geenien kanssa keskeisiä rooleja moduloinnissa tasojen PGE

2 solun ulkopuolelle. Eli tässä tapauskontrollitutkimuksessa selvitimme yhteenliittymät 51 yhteisiä geneettisiä vaihteluita

COX-2 /HPGD /ABCC4 /SLCO2A1

PGE

2-reitin geenit CRC puhkeamista.

materiaalit ja menetelmät

näytteen koko Arvio

Arvioimme, että otoskoko tarvitaan havaitsemaan Odds ratio (OR) yhtä suuri tai suurempi 1,70 on 200 potilasta ja 400 valvontaa (2:01 suhde) saavuttaa tilastollisen tehon 80%, merkitsevyystasolla 5%, ja polymorfismit taajuudella parempi 15%. (Epi Info versio 6, Centers for Disease Control, Atlanta, Georgia). Ottaen huomioon, että r

2, käytetään valitsemaan tagSNPs, on kääntäen verrannollinen suuruus, jolla otoskokoa on lisääntynyt tutkimuksessa muotoilu, ar

2 0,8 meidän piti lisätä otoksen koko 25 %.

tutkimus Väestö

Tämä ei sovitettu sairaala-pohjainen tapauskontrollitutkimuksessa mukana 726 osallistujaa: 246 histologisesti vahvistettu CRC potilaita ja 480 syöpää vapaa tarkastuksia, pohjoisesta alue Portugalissa ja palvelukseen

Instituto Português de Oncologia do Porton

(IPO-Porto).

Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta palvelukseen osallistujat ennen kuin niiden sisällyttämistä tutkimuksen mukaan Helsingin julistuksen. Tutkimushanke hyväksyi eettisen komitean IPO-Porto (viite. 0084/08) ja

Comissão Nacional de Protecção de Dados

(viite. 6619/2011), joka on Portugalin tietosuojaviranomainen.

kontrolliryhmä.

tässä ryhmässä yksilöitä välillä 50 ja 75-vuotiaita, ilman kliinistä näyttöä CRC tai muiden onkologisesta pahanlaatuisen olivat satunnaisesti rekrytoitiin verenluovuttajien työskentely IPO-Porto välillä heinäkuussa 2005 ja helmikuun 2008

CRC potilaiden ryhmässä.

potilaat, joilla on histologisesti varmennettu CRC vasta diagnosoitu välillä tammikuu 2002 ja syyskuun 2007 otettiin tässä tutkimuksessa. Nämä potilaat valittiin kolonoskopia tietokantaan gastroenterologian osaston, iältään 50-75 vuotta, ei aiemmin tulehduksellinen suolistosairaus tai perinnöllinen oireyhtymien ja jotka oli tarkoitus seurantaan neuvottelevat osoitteessa

Serviço de Gastrenterologia

tai

Unidade de Digestivos

at IPO Porto maalis-toukokuussa 2008.

Kaksisataa ja neljäkymmentäseitsemän CRC potilasta osallistui ulos 387 odotetaan palvelukseen. Aikana rekrytointi tai jälkikäteen puhelimitse haastattelu potilasta pyydettiin muistaa niiden elämäntapojen (nikotiiniriippuvuus, BMI jne) edellisenä vuonna CRC diagnoosin. Potilastietoja tarkasteltiin purkaa kliinis muuttujat (vaiheessa kasvaimen, läsnäolo synkroninen ja metachronous vaurioita) ja sulkea luokitteluvirheet bias.

Näytteenotto ja biologinen käsittely

verinäytteitä kerättiin standardi injektiokanyyliin tekniikka EDTA sisältäviä putkia. DNA uutettiin ääreisverivalkosolut käyttäen QIAamp DNA Veren Mini Kit (Qiagen, Hilden, Saksa), seuraten valmistajan ohjeita.

Potilaille pysty antamaan verinäytteen DNA uutettiin formaliiniin parafiiniin sulautettujen (FFPE) korttelin päässä patologian osaston meidän instituutti. Kahdesta neljään 10 um paksuus osassa käytettiin jokaisen uuton koosta riippuen kudoksen alueen (1,5-3 cm

2). Lyhyesti, CRC kudosnäytteitä jokaiselta lasilevyllä kaavittiin, puhtaalla partaterällä, osaksi 1,5 ml mikrosentrifugiputkeen. Näytteet deparaffinised ksyleenissä 10 minuuttia, huoneenlämpötilassa, mitä seurasi sentrifugointi 14,000 g-16,000 g 3 minuutin ajan. Kudos Sitten pelletit nestemäiseksi 1 ml: lla absoluuttista etanolia, mitä seurasi sentrifugointi 14,000 g-16,000 g 3 minuutin ajan ja supernatantti heitettiin pois. Tämä vaihe toistettiin kahdesti. Sitten putki pidettiin auki 15 minuuttia haihtua jäljellä olevat etanolia. Lisätoimia DNA eristäminen suoritettiin käyttäen GRS Perimän DNA Kit – Tissue mukaisesti valmistajan protokollan (GRiSP, Porto, Portugali).

DNA mittaamaan NanoDrop 1000 Spektrofotometri (Thermo Fisher Scientific, Wilmington , DE, USA) ja niitä säilytettiin -20 ° C: ssa, kunnes genotyypin tarkastus. DNA laatu määritettiin mittaamalla optinen tiheys (OD) 260/280-suhde.

Validation DNA genotyypin uutettu FFPE Näytteitä

Sen arvioimiseksi, onko DNA eristettiin FFPE kohdat on luotettava jälkikäteen genotyypin vertasimme genotyypit 20 somaattisten DNA: t uutetaan FFPE yksilöitä ituradan DNA: t eristettiin tuoreesta perifeerinen veri samoista potilaista. Genotyypit olivat erittäin yhdenmukaisia ​​(100%).

polymorfismit Selection

Käyttämällä tagSNP lähestymistavan perimä haettiin joukko yhteisiä SNP Kaukasian väestöstä HapMap hankkeen (CEU) . Genome Variation Server (versio 7.00) käytettiin talteen tagSNPs syömällä vaihtelut (1), jonka pienempi alleelin frekvenssi yhtä suuri tai suurempi 15%; (2) sisällä koodaavan alueen geenien plus 2 Kb tuotantoketjun ja (3), jossa on r

2 ylivoimainen 0,8. Kaikkiaan 140 tagSNPs vangittiin: 6, 15, 31 ja 88 tagSNPs in

COX-2

,

HPGD

,

SLCO2A1

ja

ABCC4

geenit, vastaavasti. Olemme edelleen valittu SNP suurella todennäköisyydellä genotyypin onnistumisen käyttäen Sequenom alustan (Sequenom, San Diego, CA). Lyhyesti, tagSNPs priorisoitiin seuraavasti: ensinnäkin kaikki ei-singletons tagSNPs tai singletons odotettua toiminnallinen kaiku (FuncPred ohjelmistot) testattiin. TagSNPs alhainen genotyypityksen tulokset korvattiin edustajan variantteja; ja lopulta ei-merkitsevä singletons sisällytettiin array suunnittelussa. Kaikkiaan 55 SNP onnistuneesti muutettiin Sequenom alustalle.

Lisäksi olemme myös polymorfismit, joita aiemmin liittynyt Kolorektaalituumorien kehityksen ja oli pieni alleelin frekvenssi yhtä suuri tai suurempi 15%, joka ei muunnettu Sequenom alustan: rs20417, rs689466 ja rs5275 in

COX-2

ja rs2612656 ja rs2555639 in

HPGD

geenejä.

genotyyppi Characterization

TagSNP -genotyypitys suoritettiin käyttäen MassARRAY iPLEX Gold tekniikka (Sequenom, San Diego, CA), joka perustuu multipleksoidun monistus, jota seuraa massan-spektrometrinen tuotteen erottamisen. Tämä tekniikka toteutettiin-out

Unidade de Genómica /Serviço de Genotipagem do Instituto Gulbenkian de Ciência.

Kaikki polymorfismit eivät sisälly tagSNPs analyysissä oli ominaista kautta alleelinen syrjintä (Real-Time Polymerase Chain Reaction) käyttäen validoitua TaqMan® SNP genotyypin määritysten (C___2517145_20, C___7550203_10, C___15909858_20, C___16038735_10 varten rs689466, rs5275, rs2612656 ja rs2555639, vastaavasti) kanssa, lukuun ottamatta polymorfismin -765G C (rs20417), joka räätälöityä (Applied Biosystems, Foster City, Kalifornia, USA). Alleelisia syrjintä suoritettiin mittaamalla päätepisteeseen fluoresenssi käyttäen ABI PRISM Sequence Detection System (Applied Biosystems, Foster City, Kalifornia, USA).

Laadunvalvonta

genotyypit jätettiin pois analyysistä, jos jokin seuraavat kriteerit sovellettiin: soita korko huonompi 0,90; konkordanssin korko huonompi 0,95 ja Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) kanssa

P

0,05. Blank malleja sisällytettiin kuhunkin 96 ja 384-kuoppalevyille varmistaa saastuminen-vapaa tuloksia. Kaksi tutkijaa suoritti genotyyppi tulkinta itsenäisesti ja viisi kymmenen prosenttia kaikista näytteistä valittiin satunnaisesti ja uudelleen toimitetaan uusi geneettinen luonnehdinta vahvistamaan genotyyppien.

Tilastollinen analyysi

Geneettisistä jakelu analyysiä , Hardy-Weinberg tasapaino testattiin Pearsonin hyvyys fit testin verrata havaittu vs. odotettu genotyyppi jakautumisesta vertailupopulaatiossa.

Tietojen analysointi suoritettiin käyttäen tietokoneohjelmistoja IBM Statistical Package for Social Sciences-SPSS (IBM Corp., Armonk, New York, USA) Macintoshille (versio 19.0). Chi-square analyysiä käytettiin vertaamaan kategorisen muuttujia, käyttäen 5%: n merkitys. Ei-parametriset testejä käytettiin verrattaessa keskiarvot. Kerroinsuhde (OR) ja sen 95%: n luottamusväli (CI) laskettiin mittana yhdistyksen välisen perimä ja kehittymisen riski CRC. Kovariaatit osoittautunut eroa ryhmään populaatiot olivat mukana regressioanalyysimme. Gene-ympäristö vuorovaikutus analyysi tehtiin-out kerrostetaan tiedot huomioon sukupuoli, tupakointi ja painoindeksi (BMI). Lisäksi bootstrap resampling käytettiin tutkittaessa vakautta riskiestimaattien (1000 Toistoja). Lisäksi väärä positiivinen raportti todennäköisyys (FPRP) käytettiin vahvistamaan noteworthiness merkittäviä havaintoja, mukaan tutkimuksen Wacholder ja työtovereiden [23]. FPRP kynnys asetettiin 0,5 alle määritetty ennen todennäköisyys vaihtelee +0,01-,25 havaitsemaan tai 1,5.

Haplotyyppianalyysi suoritettiin geenin tasolla käyttäen SNPStats ohjelmiston (www. Http: //bioinfo .iconcologia.net /SNPstats). Haplotyypin taajuudet arvioitiin käyttäen täytäntöönpanoa EM-algoritmin koodataan

haplo.stats

paketti. Yleisimpiä haplotyyppi automaattisesti valitaan ohjeen luokkaan. Sillä

HPGD

,

SLCO2A1

ja

ABCC4

geenien haplotyypin lohkojen rakennettiin harkitsee merkityksellisin polymorfismien.

Avoimen lähdekoodin multifactor dimensionality vähentäminen (MDR) (versio 3.0.2) (www.epistasis.org) käytettiin arvioida mahdollisia geeni-geeni vuorovaikutukset SNP tilastollisin merkittävä vaikutus CRC geneettinen alttius. Kunnon MDR mallin arvioitiin määrittämällä testaus tarkkuus ja sen rajat validointi johdonmukaisuus (CVC). Käyttämällä 10-kertainen ristivalidointi menetelmässä data jaettiin 10 sarjaa, jossa 9 osajoukot harjoittelivat sarjaa ja yksi osajoukko oli Koepakettia. Näin ollen CVC on mitta, kuinka monta kertaa 10 osastojen aineisto paras malli uutettiin. Yksi paras malli on normaalisti maksimaalisen testaus tarkkuus ja CVC. Tilastollinen merkitsevyys arvioitiin käyttäen 1000-kertainen permutaatio testi verrata havaittuun testaus tarkkuudet kanssa odoteta nollahypoteesi null -alueella. Permutation testaus korjataan useiden testaus toistamalla koko analyysi 1000 aineistoja olivat yhdenmukaisia ​​nollahypoteesi.

Tulokset

kuvaus Study Population

ominaisuudet Tutkimuksen väestön yhteenveto taulukossa 1. asioissa olivat huomattavasti vanhempia kuin valvontaa, ja iän mediaani oli 63 vuotta (50-75) (vs. 58 vuotta kontrolleissa (50-69),

P

0,001). Urokset olivat yliedustettuina molemmissa ryhmissä (60,1% vs. 65,4% tapauksissa ja valvontaa, vastaavasti,

P

= 0,159) ja lähes 77% osallistujista oli ylipainoisia (

P

= 0,955). Valtaosa osallistujista oli lisäksi koskaan tupakoinut kummankin luokan (37,4% tapauksissa ja 39,7% kontrolleissa

P

= 0,636).

genotyypin Taajuudet ja riskiarvioita

kolme SNP ja neljä näytettä jätettiin pois analyysistä johtuen genotyypityksen epäonnistumisen ja neljä SNP pudotettiin koska niiden taajuudet poikkesi HWE (

P

0,05). Kaikkiaan 51 SNP sisällytettiin riskin arvio analyysin. Keskimääräinen genotyyppi soittaa ja vastaavuutta hinnat olivat 99,02% ja 99,3%, tässä järjestyksessä. Kuvaus valittujen SNP näkyy taulukossa S1.

Kaiken seitsemän geneettisten polymorfismien kaikkien neljän geenit sekaantuneet peräsuolen syövän synnyn, kuten voidaan havaita taulukossa 2. AG ja GG-genotyypit rs689466 polymorfismin

COX-2

geeni oli yliedustettuna ryhmässä tapausten johtavat lisääntynyt riski CRC selvemmin varten homotsygoottinen GG vaikkakaan tämä ei ollut tilastollisesti merkitsevä monimuuttujamenetelmin (OR = 2,01; 95% CI: 0,93-4,35

P

= 0,076). Rs1346271 ja rs1426945 SNP

HPGD

geeni liittyi 32% ja 44% vähentynyt riski CRC alkaminen (95% CI: 0,47-0,96,

P

= 0,029 ja 95%: n luottamusväli : ,34-+0,93,

P

= 0,026, että GC ja AA homotsygoottisia kantajia rs1346271 ja rs1426945 polymorfismien, vastaavasti). Viidestätoista geneettisiä variaatioita analysoidaan

SLCO2A1

geeni vain rs6439448 ja rs7616492 polymorfismien vaikutti alttiuden CRC. Yksilöt harjoittajien rs6439448 heterotsygoottista AG genotyyppi esitti OR 0,68 (95% CI: ,47-+0,99,

P

= 0,047). Toisaalta, kaksitahoinen lisääntynyt alttius havaittiin henkilöille siirtävän kopiot A alleelin rs7616492 polymorfismi (95% CI: 1,27-3,32,

P

= 0,003). Keskittyminen

ABCC4

geeni, 1,76 parannettu herkkyys havaittiin AA genotyyppi rs1751051 SNP ja suoja oli ilmeinen AG genotyypin kantajia rs1751031 polymorfismi (OR = 0,68; 95% CI: 0,47-0,97,

P

= 0,032). Bootstrap analyysi tukivat tulokset (taulukko 2). Genotyypit jakauma kaikki mukana SNP on esitetty taulukossa S2.

FPRP analyysi paljasti, että oikaisematon merkitseviä havaittu taulukossa 2, säilyttivät merkitys (FPRP≤0.5) kun etukäteen todennäköisyys yhtä suuri tai ylivoimainen 0,10 katsottiin, jossa lukuun ottamatta rs689466 polymorfismi (GG vs AA), joka esitti FPRP on 0,690, mikä viittaa Puolueellisuuden tässä positiivinen löydös (tuloksia ei ole esitetty).

Gene-ympäristön vuorovaikutuksen analyysi

Kun on kerrostettu analyysi havaitsimme, että lukuun ottamatta rs6439448 ja rs1751051 polymorfismien

SLCO2A1

ja

ABCC4

geeniä, vastaavasti kaikki muut vaihtoehdot näyttävät olevan sukupuolen riippuva käyttäytyminen erityisen tärkeää miehen kantajia GG genotyypin

COX-2

rs689466 SNP (OR = 3,3; 95% CI: 1,23-9,09,

P

= 0,018) ja AA homotsygoottisia rs1426945 polymorfismin

HPGD

geeni (OR = 0,38; 95% CI: 0,20-0,74,

P

= 0,004), kuten esitetty taulukossa 3.

Lisäksi , lähes 6-kertaisesti lisääntynyt riski havaittiin yhä tupakoimattomilla kuljettaa GG genotyyppi

COX-2

rs689466 polymorfismi (95% CI: 1,49-22,42,

P

= 0,011 vs OR = 0,63; 95% CI: 0,13-3,08,

P

= 0.56 in koskaan tupakoimattomilla). Sen sijaan

ABCC4

rs1751051 AA genotyyppi näytti johtaa suurempaan alttiuteen henkilöillä, jotka eivät koskaan savustettu (OR = 2,32; 95% CI: 1,05-5,13, ​​

P

= 0,037). Rs7616492 homotsygoottinen AA genotyyppi

SLCO2A1

geeni pelataan vastakkaisia ​​rooleja harkittaessa vuorovaikutus BMI (OR = 0,06; 95% CI: 0,01-0,69,

P

= 0,023 ja OR = 2,18; 95% CI: 1,00-4,77,

P

= 0,051 yksilöiden BMI 25 ja ylipaino (BMI≥25 kg /m

2), tässä järjestyksessä).

haplotyyppianalyysissä

Neljä yhteistä haplotypes kuvattiin varten

COX-2

geeni, kuten voidaan havaita taulukossa 4. yleisin haplotyyppi, AGT, oli läsnä 52% valvontaa ja käytetään viite yksi. Lohko sisältävä rs689466 G-alleelin, GGT, liittyi 51% lisääntynyt alttius sopusoinnussa yksittäisten SNP-analyysi (95% CI: 1,10-2,06,

P

= 0.010). Vaikka emme huomanneet mitään vaikutusta rs5275 C alleeli CRC riskiä riippumatta, kantajia AGC haplotyypin oli 1,53-kertaa suurempi alttius CRC (95% CI: 1,13-2,19,

P

= 0,008). AGAC haplotyyppi

HPGD

geeni oli yleisin (30%) viidestä lohkoja. Suurentunut riski havaittiin Yksilöt kuljettavat lohkot, AGGC ja ACGC luodut rs1426945 G (OR = 1,70; 95% CI: 1,22-2,37,

P

= 0,002 ja OR = 1,60; 95% CI: 1,04-2,44,

P

= 0,031, vastaavasti). Johdonmukaisesti, vastakkaiset rs1426945 AA genotyyppi 40%: n riskin vähennys SNP-analyysi. Haplotyypin TAGAAC on

SLCO2A1

sisältävä geeni laski riskejä rs6439448 alleelin ja rs7616492 G-alleelin johti lähes 50% suojan CRC kehittämiseen verrattuna yksilöiden kuljettaa TCAAAC viite lohkon. Ainoa yhteinen haplotyyppi kattaa rs1751051 alleelin on

ABCC4

geenin (AATTA) lisäsi alttiutta CRC alkamisesta yli kahden taittuu toisin kuin TATTA yleisin haplotyyppi. Ei lohko sisälsi rs1751031 G-alleelin.

Gene-geeni Vuorovaikutusanalyysi

tyhjentävä MDR analyysi suoritettiin-out arvioimaan kaikkia mahdollisia rs689466, rs1346271, rs1426945, rs6439448, rs7616492, rs1751051 ja rs1751031 polymorfismien osoittautunut liittyvän CRC alkamiseen yksittäisten SNP-analyysi. Kuten taulukossa 5 on esitetty, havaitsimme korkein CVC (10/10) ja tarkkuus (0,6957) neljän tekijän vuorovaikutus malli, joka esittää vuorovaikutusta rs1426945

HPGD

polymorfismi, rs6439448

SLCO2A1

SNP ja rs1751051 ja rs1751031 polymorfismien

ABCC4

geeni. Tämä geeni-geeni vuorovaikutus liittyi 5-kertaisesti lisääntynyt riski CRC kehittämiseen (95% CI: 3,89-7,02,

P

0,0001).

Keskustelu

varhainen seulonta ja seuranta yksilöiden aiemmin todettu peräsuolen adenoomia on kulmakivi CRC ehkäisy [3]. Kuitenkin noudattamisprosentit maissa, joissa toteutetaan väestöpohjaisen CRC seulonnan suuntaviivat ovat kaukana toivottavaa onnistuneen vaikutus CRC ilmaantuvuuden [4]. Vaikka säännöllinen käyttö tulehduskipulääkkeiden on ollut jatkuvasti tehokkaita primaaripreventiossa Kolorektaalituumorien sen käyttö on nykyisin vaarantua puhkeamista vakavia ruoansulatuskanavan haittavaikutuksia keskimääräisen riskin väestöstä [24]. Joten, haasteena putoaa tunnistamisessa biomarkkerit, jotka voitaisiin kohdistaa suurempi Riskiryhmät peräsuolen seulontaan ja /tai chemopreventive strategioita.

Tässä tapauskontrollitutkimuksessa arvioimme osallistumista 51 tagSNPs neljässä geenejä (

COX-2 /HPGD /SLCO2A1 /ABCC4

) keskeisten roolien PGE

2 väylän CRC kehittämiseen. Tuloksemme osoittavat, että seitsemän geneettiset polymorfismit sekaantuneet peräsuolen syövän synnyn: Tällä rs689466A G

COX-2

The rs1346271G C ja rs1426945G A

HPGD

, The rs6439448C A ja rs7616492G A

SLCO2A1

ja rs1751051T A ja rs1751031A G

ABCC4

geeni.

rs689466A G

COX-2

geeni oli synergiavaikutusta CRC oncogenesis joka kasvoi alleeli annostus, edelleen vahvistamalla kausaalinen rooli syövän kehittymisessä. GG homotsygoottinen genotyyppi parannettu herkkyys CRC puhkeaminen 2-kertaiseksi ja näytti olevan sukupuolen ja tupakointi riippuvainen käytös, alati tupakoitsijoita, joilla on lähes 6-kertainen geneettinen alttius CRC. Nämä tiedot seurata aiempien havaintojen alustavan tutkimuksen [19]. Lisäksi kaksi haplotyyppien joissa on joko rs689466G (GGT) tai rs5275C alleelit (AGC) johti 50% enemmän riskiä CRC. Johdonmukaisuuden puute havaittu epidemiologisia tutkimuksia puuttumalla rs689466A G SNP eri etnistä alkuperää tai syöpä malleja näyttää viittaavan siihen, että ei vain väestön kerrostuminen ja elämäntapojen saattavat moduloida tätä polymorfismia käyttäytymistä mutta myös sen vaikutus voisi olla solu, kudos ja patologinen ehdollistumisen riippuvainen [19], [25] – [29]. Itse asiassa, on äskettäin julkaistussa tutkimuksessa raportoitiin, että tämä polymorfismi sijaitsee -1195 nukleotidia ylävirtaan eksonin 1 kasvaa

COX-2

transkriptionaalista aktiivisuutta kahden paksusuolen syöpäsolulinjoissa [30]. Tämä oli myös havaittavissa ihmisen hepatooma solulinjoissa [31], mutta antagonisoi lisääntynyt promoottorin aktiivisuuden havaittiin rs689466 alleelin mahasyövän solulinjoissa [25]. COX-2-yli-ilmentyminen on ehdotettu yhtenä savun aiheuttaman reittejä mukana karsinogeneesissä [32], [33]. Tupakka sisältää yli 60 tunnistaa karsinogeenien ja vaikka jotkut, kuten nikotiini ja bentso [a] pyreenin, osoitettiin laukaista COX-2 ilmaisun

b

adrenoseptoreita ja ERK1 /2 polkuja, vastaavasti patogeneesi tupakointiin liittyvää CRC on vielä tutkittu ilmiö [34]. Muita funktionaalisia tutkimuksia tarvitaan selvittämään luonnetta tämän geenin-ympäristössä vuorovaikutus.

rs5275T C polymorfismin, asetettu 8473 emäsparia eksonista 1 oli aikaisemmin liittyy suurentunut riski paksusuolen adenooma ja täällä kanssa suurempi herkkyys CRC yhteydessä AGC haplotyyppi (vs AGT) [18]. Tämä T-to-C korvaaminen 3’UTR todistettiin edistää COX-2 yliekspressio häiritsemällä miR-542-3p: mRNA vuorovaikutus ja vähentää siten COX-2: n mRNA rappeutuminen [35].

kuten jo mainittiin, COX-2 on hallitseva rooli synteesissä pro-karsinogeeninen PGE

2 bioaktiivisten lipidien ja tärkeimmät molekyylikohteena tulehduskipulääkkeiden. Itse Chan ja työtovereiden [36] huomasi, että aspiriinin ennaltaehkäisevä rooli oli yksinomaan tehokas alaryhmässä koolonsyöpien yli-ilmentävät COX-2-entsyymiä. Joten, geneettinen vaihtelu

COX-2

geeni voi auttaa ennustamaan yksilöiden suurempi riski ja odotetaan altistuvan korkeammille COX-2.

Ilmaisu ja aktiivisuus 15 PGDH on tukahdutettu kolorektaalisyövässä ja APC

min hiiri adenoomia, mikä johtaa laskuun PGE

2 hajoamista, paikallinen kudoksen kertymistä PGE

2 ja kestävyys Selekoksibi kemopreventiossa paksusuolen kasvaimissa [11], [13] .

Emme voineet lisääntymään väestön yhdistysten raportoitu aikaisemmissa tutkimuksissa [20], [21], [37].