Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenaasi (15-PGDH) on aineenvaihdunnan antagonisti COX-2, joka katalysoi hajoamista tulehduksen välittäjänä prostaglandiini E2 (PGE

2) ja muut prostanoideiksi. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet 15-PGDH geenin paksusuolen syöpää estävien.

Methods

arvioitiin 15-PDGH kuin paksusuolensyöpä alttius lokukseen kolmivaiheisessa muotoilu. Ensin genotyyppi 102 single-nukleotidipolymorfismien (SNP) on 15-PGDH geeni, joka ulottuu -50 kb ylös ja alas-stream koodausalueen, vuonna 464 paksusuolen syöpätapausta ja 393 väestön valvontaa. Sitten genotyyppi saman SNP: iden ja määritettiin myös ilmentymisen tasot 15-PGDH paksusuolen kudoksissa 69 riippumaton potilailla, joille paksusuolen kudoksen ja pariksi ituradan DNA-näytteet olivat saatavilla. Loppuvaiheessa 3, me genotyyppi 9 lupaavimpia SNP vaiheista 1 ja 2 riippumattomalla näyte 525 tapausta ja 816 valvontaa (vaihe 3).

Tulokset

Kahdessa ensimmäisessä vaiheissa, kolme SNP (rs1365611, rs6844282 ja rs2332897) olivat tilastollisesti merkitseviä (p 0,05) yhdistetyssä analyysi yhdessä riskiä paksusuolen syövän ja yhdessä 15-PGDH ilme, säätämisen jälkeen useita testejä. Saat yhden ylimääräisen SNP, rs2555639, T-alleelin osoittivat lisääntynyttä syöpäriskiä ja laski 15 PGDH ilmaus, mutta vain jäi tilastollinen merkitsevyys (p-oikaistu = 0,063). Vaiheessa 3, rs2555639 yksin ilmeni merkkejä yhdessä kertoimet suhde (TT verrattuna CC) on 1,50 (95% CI = 1,05-2,15, p = 0,026).

Johtopäätökset

tiedot viittaavat siihen, että rs2555639 T-alleelia on lisääntynyt riski paksusuolen syövän, ja että kantajilla riski alleelin näytteille vähentynyt ilmentyminen 15-PGDH paksusuolessa.

Citation: Thompson CL, Fink SP, Lutterbaugh JD , Elston RC, Veigl ML, Markowitz SD, et ai. (2013) Genetic Vaihtelu 15 Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase ja Colon Cancer alttius. PLoS ONE 8 (5): e64122. doi: 10,1371 /journal.pone.0064122

Editor: Xiao-Ping Miao, MOE Key laboratorio ympäristöä ja terveyttä, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong tiede ja teknologia, Kiina

vastaanotettu: 16 tammikuu 2013; Hyväksytty: 10 huhtikuu 2013; Julkaistu: toukokuu 22, 2013

Copyright: © 2013 Thompson et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Cancer Institute (avustukset K07 CA136758 CLT, R01 CA136726 LL) ja asia Kattava Cancer Center (P30 CA043703). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Colon syöpä on lopputulos monivaiheinen prosessi geneettisten ja epigeneettisten muutokset, jotka johtavat aktivointi onkogeenisten polkuja sekä inaktivaatio tuumorisuppressorin polkuja [1]. Keskeinen tapahtuma etenemisen paksusuolen syöpä on ajan sääntelyn COX-2-(COX-2) onkogeeni [2], [3], [4], [5]. COX-2 katalysoi arakidonihapon PGH

2, joka on välituote substraatti erilaisia ​​bioaktiivisia prostaglandiineja, mukaan lukien PGE

2 [6], [7], hallitseva prostaglandiini löytyy paksusuolen syövän kudoksissa [8]. Useat tekijät osoittavat, että lisääntynyt tuotanto PGE

2 välittää kasvaimia synnyttävän vaikutuksen COX-2 [7], [9], [10], [11].

15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenaasin ( 15-PGDH) on nopeutta rajoittava entsyymi hajoamista prostaglandiineja, kuten PGE

2, ja sitä antagonisoi COX-2 onkogeenisiä reitin prostaglandiinin tuotantoa [12]. 15-PGDH ilmentyy voimakkaasti normaalissa paksusuolen limakalvossa, säädellään TGF-β-tuumorisuppressorin polku, ja läpikäy menetys ilmentymisen paksusuolen syöpä [13], [14]. Olemme aiemmin osoittaneet tuumorisuppressorigeenin toiminto 15-PGDH, todetaan, että uudelleen ilmentymistä 15-PGDH joka koolonisyöpäsolulinja lohkot kasvaimen kasvua injektoimisen jälkeen kateenkorvattomissa hiirissä, ja että tyrmäämällä hiiren 15-PGDH johtaa kasvaneeseen kehittämiseen paksusuolen kasvainten [13], [15]. Lisäksi ihmisen tutkimuksissa löydettiin merkittävä 12-kertainen ero tasojen peräsuolen 15 PGDH joukossa yksilöiden alimmasta ylimpään 15 PGDH transkriptipitoisuuksissa, ja että alhainen peräsuolen 15 PGDH liittyvän kohonneeseen suolen kasvainten (esiaste paksusuolen syöpä) uusiutumista [16].

Nämä havainnot sai meidät tutkimaan, onko perinnöllinen geneettinen vaihtelu on 15-PGDH lokuksen selittäisi laajaa väestön vaihtelut paksusuolen 15-PGDH, ja myös liittyä joissa riski sairastua paksusuolen syöpään. Arvioimme yhdessä paksusuolensyöpä riski SNP merkkiaineiden ulottuen -50 kB ylävirtaan -40 kB alavirtaan 15-PGDH geenin koodaavan alueen väestöpohjaisen tapauskontrollitutkimuksessa kahdessa vaiheessa. Sitten testataan nämä samat SNP niiden yhdistysten ekspressiotasot 15-PGDH paksusuolen kudoksiin erillisessä potilasryhmässä.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkimusasetelma

palveluksessa 3 vaihe tutkimuksen suunnittelu tämän hankkeen. Ensimmäisessä vaiheessa, tutkimme kaikki tunnetut SNP 15-PGDH geeni, joka ulottuu 50 kb ylävirtaan 40 kb alavirtaan, yhdistettäväksi riskiä paksusuolen syövän väestöpohjaisen tapauskontrollitutkimuksessa. Toisessa vaiheessa, arvioimme yhdistys näiden samojen SNP: iden kanssa 15-PGDH ilmentymisen paksusuolen epiteelikudoksissa riippumattoman näytteestä potilaita. Sitten käytetään meta-analyysi lähestymistapa yhdistää tulokset vaiheista 1 ja 2, jotta voidaan tunnistaa lupaavimmat SNP edetä vaiheen 3 vaiheessa 3, me genotyyppi nämä top SNP toisessa näytteessä paksusuolen syöpäpotilaiden ja väestön ohjaa vahvistettavaksi.

potilasryhmissä

yhdistyksen analyysi 15-PGDH SNP kanssa riskiä paksusuolen syöpä, tapaus tapausta tunnistettiin Kentuckyn osavaltiossa Surveillance, epidemiologia ja Lopputulokset ( näkijä) rekisteriä. Kontrollit rekrytoitiin satunnainen numeron numerot ja ystävä lähetteitä. Rekrytointi Tutkimuksen väestöstä kuvattu tarkemmin aiemmin [17]. Kaiken kaikkiaan tämä tutkimus väestöstä on noin 94% oli valkoihoisia [17]. Jotta minimoida väestön kerrostuminen ja lisätä homogeenisuuden, rajoitimme analyysimme vain yksilöiden itsensä raportointi valkoihoisten. Löytämisen asetettu (vaihe 1) tutkittaville rekrytoitiin helmikuusta 2003 kautta joulukuussa 2005 ja mukana 464 tapauksissa ja 393 valvontaa itseraportoiva kuin valkoihoisia. Replikaatiota setti (käytetty vaiheessa 3) sisältyy 525 valkoihoinen tapauksissa ja 816 valkoihoinen valvonta palvelukseen tammikuun 2006 ja kesäkuun 2010 kaikki osallistujat kirjallinen suostumus, valmistunut laaja riskitekijä kyselylomakkeen ja lahjoitti verinäytteestä. Kokoveri kuljetettiin tutkimuslaboratoriossa Case Western Reserve University yön yli ja käsitellään välittömästi. DNA eristettiin buffy coats erotetaan kokoverestä kerätty standardin EDTA: ta putkiin.

vaikutuksen tutkimiseksi SNP kudosten geenien ilmentymisen (vaihe 2), normaali paksusuoli kudosleikkeiden kerättiin 69 valkoihoisiin palvelukseen yliopistossa sairaalat asia Medical Center (UHCMC). Kaikki osallistujat lupaa. RNA: n ja DNA: n kudosnäytteet valmistettiin uuttamalla guanidiini-isotiosyanaattia, kuten aikaisemmin on kuvattu [18]. Solun kokonais-RNA ja genomista DNA erotettiin ultrasentrifugoimalla uutteen läpi cesium tyyny. Molempien tutkimusten hyväksynyt UHCMC Institutional Review Board.

genotyypin

Sisältää kaikki tunnetut SNP 50 kb ylävirtaan 40 kb alavirtaan 15-PGDH että aloitettaessa tutkimuksemme olivat listattu Illumina Golden Gate validoitu, ja joille ABI TaqMan määritykset olivat saatavilla. ABI TaqMan -kemiaa genotyypittämiseksi näiden näytteiden mukaan valmistajan protokollaa. Erityisesti, 2 ul: n, joka sisältää 5-10 ng DNA: ta siirrettiin 96-kuoppaisille säiliön levyjen 384 ja Koelevyjä kunkin ollessa genotyyppi. Useita 384-kuoppaisia ​​levyjä syntyy; DNA kuivattiin alas, levyt tiivistetään ja jäädytetty, kunnes analysoitiin. 5 ul: n erä Master Mix, Probe Aluketta robotin lisättiin kuhunkin kuoppaan 384-kuoppaisen levyn aiemmin päällystetty DNA: lla. PCR [40 Cycles] suoritettiin ABI GeneAmp PCR System 9700 Dual Head Instrument ja päätepisteen lukee suoritettiin käyttäen ABI 7900 Sequence Detection System (SDS). Koska TaqMan kemia on PCR-pohjainen menettely, kaikki määrityksessä seokset valmistettiin amplikonin vapaan huoneen saastumisen välttämiseksi.

varmistaa tietojen laatu, kukin SDS tiedosto erikseen tarkistaa ennen tietojen vietiin varmistamiseksi perustaso on asetettu oikein. Vuonna 384-kuoppainen määritys layout, viimeiseen sarakkeeseen levyä varattu veden aihioiden varmistetaan, ettei saastuminen tapahtunut pinnoitus. DNA-näytteet, joko Coriell tai omasta tietokannasta, joilla tiedetään genotyyppien varten SNP kuulustellaan tässä tutkimuksessa olivat mukana jokaisessa määrityksessä levylle toimimaan positiivisena valvontaa ja tunnistaa 3 genotyypit. Neljä samanlaiset näytteet otettiin mukaan löytö näytteessä (vaihe 1) ja paksusuolikudos ilmaisun näyte (vaihe 2), joka genotyypattiin samanaikaisesti, ja 29 samanlaiset näytteet otettiin mukaan validointia näytteen (vaihe 3) vahvistaa tarkka genotyypitykseen tutkimus. Genotyyppi konkordanssin rinnakkaisnäytteessä ja kontrolli näytteitä vahvistettiin. Jos 100% vastaavuutta ei havaittu, ensisijainen tiedostoja tarkistettiin ja tyypillisesti määritys toistettiin. Yleinen verokanta oli 94,6% (yksityiskohdat taulukossa S1).

Quantitative Real-Time PCR mittaus 15-PGDH

Integrity eristetyn kokonais-RNA tarkastettiin käyttämällä Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) ja pitoisuudet määritettiin käyttämällä ND-1000 Spektrofotometri (NanoDrop, Wilmington, DE). Kaikki käänteistranskriptio kvantitatiivisen tosiaikaisen PCR määritykset suoritettiin sen jälkeen, kun MIQE suuntaviivojen [19]. cDNA syntetisoitiin 1 ug RNA-käyttäen AMV Reverse Transcriptase (Roche, Indianapolis, IN) jälkeen valmistaa suosittelemaa menetelmää. Reaaliaikainen PCR mittaus 15-PGDH suoritettiin käyttämällä ihmisen hydrolyysi anturi /Primer asettaa Hs00168359_m1 (HPGD, NM_000860) Applied Biosystems (Foster City, CA). 25 ui reaktioseos sisälsi 1 ui (40 ng) cDNA-templaattia, ja laimennetaan 1:20 yksittäisen aluke /koetin asetetaan 1X Supermix (Bio-Rad, CA) ja ajettiin CFX96 optisen moduulin (Biorad, Hercules , CA). Lämpökäsittelyyn olosuhteet Kaikki määritykset oli 95 ° C: ssa 4 minuutin ajan, jota seurasi 50 sykliä 95 ° C 15 sekuntia ja 60 ° C 1 min. Sytokeratiini 20 (KRT20), merkkiaine koolonin epiteelisolujen massaa, käytettiin viite-geenin normalisoinnin ja monistettiin käyttämällä ihmisen KRT20 (NM_019010) hydrolyysi aluke /koetin kit Hs00300643_m1 Applied Biosystems jälkeen samoissa reaktio-olosuhteissa edellä. KRT20 valittiin, koska se on spesifinen merkki paksusuolen epiteelin massa [7], [15], [16], samoin kuin joilla on yhtenäinen ilmentyminen mikrosiruanalyysillä yli 16 normaalissa paksusuolen kudosbiopsioiden ja paksusuolen crypt epiteelisolut eristettiin vielä 5 normaali biopsianäytteissä (Markowitz, julkaisematon data). Kunkin käänteistranskriptioreaktio, 15-PGDH ja KRT20 kvantifiointi sykli (Cq

15-PGDH ja Cq

KRT20) arvot määritettiin keskimääräiset arvot, jotka saatiin kolmesta itsenäisestä reaaliaikainen PCR-reaktioissa. Yleistä tasoa 15 PGDH RNA ilmentyminen määritettiin suhde 15-PGDH: KRT20 = 2 exp (Cq

15-PGDH-Cq

KRT20). RNA, joka ei olisi suoritettu käänteistranskriptaasin vaihe sekä vesinäytteessä, joka suoritettiin käänteiskopioijaentsyymissä vaihe käytettiin negatiivisina kontrolleina ja olivat negatiivisia kaikissa määrityksissä suoritettiin.

TILASTOANALYYSI

laadunvalvontaan, kukin SNP testattiin poikkeamisen Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) vertailupopulaatiossa kautta chi-neliö testi eroa odotuksia. SNP että ilmeni merkkejä poikkeama HWE (p 0,05) jätettiin pois jatkotutkimuksia.

Kerroin suhde (OR) ja 95% luottamusvälit (CI) paksusuolensyöpä arvioitiin kautta logistinen regressio kontrolloiden ikää ja sukupuoli. Logistisessa Regressioissa alleelia yleisempää tapauksissa (verrattuna kontrolleihin) pidettiin Riskimuodon. Kullekin SNP, yksilöiden koodattiin 0, 1 tai 2, jotka edustavat useita riskin alleelien kyseisessä paikassa. Kertoimet suhteet laskettiin, jossa on yksi riski alleeli ja altistava alleeleja, verrattuna, joissa ei ole vaaraa alleeleja. Yleinen p-arvo laskettiin p-arvo suuntaus riskien lukumäärän mukaan riskin alleelien (lisäaine malli) B

Ero keskimääräisessä 15 PGDH kudosekspressiotutkimuksen kullekin kolmesta mahdollisesta genotyypit kunkin SNP arvioitiin käyttäen yksisuuntaista ANOVA kaksi vapausastetta. Koska olimme testaamassa

a priori

hypoteesi, että riski alleeli liittyy pienentynyt 15-PGDH ilme, raportoimme yksipuolinen p-arvot. Kun Riskimuodon osoitti korkeampi ilmaisun, p-arvo on 1 on määritetty.

Sen määrittämiseksi joka SNP osoitti eniten merkkejä sekä yhdessä 15-PGDH ilmaisua ja riskiä paksusuolen syöpä, käytimme Fisherin menetelmä yhdistää p-arvot [20] päässä löytö SNP yhdistys ja ilme analyysejä. Fisher menetelmä mahdollistaa yhdistää p-arvot, erityisesti monivaiheisen analyysin tehdä samanlaisia ​​päätellä käyttäen erilaisia ​​tilastoja lasketaan samoista näytteistä. Kukin tilastojen yhdistetyn testaa eri osa biologisen hypoteesin tutkittavana. Teho voidaan parantaa yhdistämällä p-arvot eri testeissä. Moniperusteiseen testaus, me sitten käyttää vääriä löytö määrä (FDR) menetelmää Benjamini ja Hochberg [21] yhdistetyn p-arvot.

top 9 SNP tunnistettu arvioitiin sitten yhdessä paksusuolen syövän riskiä että replikointi asettaa käyttämällä samoja tilastollisia menetelmiä kuin löytö asetettu. Yhdistimme Tulokset ensimmäisestä ja toisesta tapaus-verrokki näytteitä satunnainen vaikutus malli. Kaikki tilastotiedot paitsi meta-analyysissä laskettiin käyttäen SAS 9.2 ja p-arvot 0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

SNP-Colon Cancer Association Discovery

Kotelot vaiheen 1 olivat todennäköisesti mies ja olivat keskimäärin vanhempia kuin kontrollit (taulukko 1). Niistä 102 SNP arvioitiin löytö väestöstä 25 oli joko monomorphic tai ollut MAF 5% väestöstä. Lopuista, 2 todettiin olevan pois HWE, ja 1 oli soittaa nopeus 80%. Nämä 28 SNP jätettiin pois kaikista muihin analyyseihin. Niistä loput 75 SNP, 8 liittyivät merkittävästi paksusuolen syövän riskiä logistisessa regressiomallin klo p 0,05 (oikaisemattomat useita testaus) tasolla (taulukko S1): rs1365611, p 0,0001; rs6844282, p 0,0001; rs2332897, p 0,0001; rs10520282, p = 0,0035; rs1426936, p = 0,012; rs34299544, p = 0,024; rs2555639, p = 0,038; ja rs5007089, p = 0,046. Kaikki tulokset on esitetty taulukossa S1, ja viisi näistä, jotka täyttivät kriteerit sisällytettäväksi replikointi setti (perustuu tuloksiin sekä riski yhdistys ja paksusuolikudos geenien ilmentymisen koe, katso myös jäljempänä) esitetään yksityiskohtaisesti taulukossa 2.

Association 15-PGDH Expression

sama täydellinen 102 SNP arvioitiin yhdessä kudoksen ekspressiotasot 15-PDGH in riippumaton sarja 69 potilasta (täydelliset tulokset Taulukko S2). Näistä potilaista 38 (55%) oli miehiä ja 31 (45%) oli naisia. Keski-ikä oli 70,1 (SD = 13,8), ja ikäryhmä oli 18-94. Niistä 102 genotyyppi SNP, kaksi epäonnistui QC ja 14 olivat monomorphic. Nämä jätettiin muihin analyyseihin. Lopuista 84 SNP, neljä oli tilastollisesti merkitsevästi korreloivat ekspressiotasot p 0,05 (taulukko S2). Yksityiskohtaiset ilmaisun tulokset tarjotaan samaa 9 SNP valittu validointi (katso myös jäljempänä) Taulukossa 3.

Kun yhdistetään p-arvot ilmaisun ja yhdistys tuloksia käyttämällä Fisherin menetelmällä, 9 eniten tilastollisesti merkitsevä SNP (taulukko 2), valittiin validointi testaamalla yhdessä paksusuolen syövän riskiä riippumattomalla replikointi joukko tapauksia ja valvontaa. Näistä top 9 merkittävin SNP, 3 (rs1365611, rs6844282 ja rs2332897) säilyi merkitsevänä säätämisen jälkeen useita testejä (taulukko 3) (rs1365611 p = 0,038, rs6844282 p = 0,038 ja rs2332897 p = 0,032), ja yksi oli moninkertainen testaus oikaistu p-arvo on hieman yli 0,05 (rs2555639, p = 0,063).

Validation Association

vaiheen 3 validointi näyte, tapaukset olivat todennäköisesti mies ja olivat vanhempia, on keskimäärin kuin kontrollit, kuten vaiheessa 1 (taulukko 1). Top 9 SNP, joka perustuu yhdistettyyn p-arvot osoittavat todisteita yhteydessä paksusuolen syövän riskiä ja /tai 15-PGDH ilmentymistä paksusuolessa, valittiin validointi itsenäisessä joukko 525 paksusuolen syöpäpotilaiden ja 816 valvontaa. Näistä SNP, rs2555639 osoitti tilastollisesti merkittävää näyttöä varten yhdessä paksusuolen syövän riskiä on p 0,05 tasolla (kautta regressioanalyysimme) (taulukko 4).

Yhdistämällä tietoja tapaus-verrokki löytö ja validointi väestön, meidän tiedot viittaavat siihen, että on kaksi kopiota T alleelin rs2555639 antaa tuotteelle arviolta 58% (95% CI: 19% -109%, p = 0,0015) kasvavan kertoimella paksusuolisyövän verrattuna yksilöiden kaksi kopiota C-alleelin (taulukko 5). Lisäksi rs2555639 T-alleelin liittyy myös vähentynyttä ilmentymistä tasoilla 15-PGDH tuumorisuppressorigeenin (taulukko 3, p = 0,012),

Keskustelu

Tässä esitämme näyttöä yhdistyksen välillä T alleelin 15 PGDH rs2555639 SNP ja riskiä paksusuolen syövän vaiheittain tutkimusasetelma. Tämä alleeli liittyi myös laskenut 15-PGDH ilmentyminen paksusuolikudos itsenäisessä potilasryhmässä. Tämä SNP kartat 17,74 Kb ylävirtaan 5 ’UTR 15-PGDH geenin, on oletettu säätelyalue geenin (Fig. 1). Tutkimuksemme mikä korostaa harkitsee geneettistä vaihtelua promoottorialueita arvioitaessa yhdistys perinyt vaihtelua alttius tautiin.

Vaikka rs2555639 oli ainoa SNP, joka oli merkitsevästi yhteydessä riskiä paksusuolen syövän kukin löytö ja validointi asettaa itsenäisesti, useita muita SNP oli erittäin merkittävää yhteyttä riski, kun yhdistetään tietoja löytö ja validointi näytteet (taulukko 5), mukaan lukien rs1365611 (OR = 1,73, 95% CI: 1,26-2,37, p = 0,0008 ), rs6844282 (OR = 1,42, 95% CI: 1,10-1,83, p = 0,0078), ja rs2332897 (OR = 1,74, 95% CI: 1,27-2,38, p = 0,0006). Löytö ja replikointi sarjaa kuitenkin merkkejä heterogeenisuus (taulukko 5), ja nämä 3 SNP olivat pieniä validointi näytteessä. Lisätutkimuksia suuremmalla otoskoko vaaditaan ennen lopullisia johtopäätöksiä pääsee koskien yhdistys näiden kolme ylimääräistä SNP kanssa riskiä paksusuolen syöpä.

SNP rs2555639 putoaa erittäin pieni LD lohko, jossa on huono korrelaatiot naapurimaiden SNP. Tämä saattaa selittää, miksi mikään muu SNP koodaus paneelissa testasimme liittyivät merkittävästi sairauden riskin (Fig. 2). Tästä samasta syystä, rs2555639 tuskin on havaittu aiemmissa genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS), jotka olivat riippuvaisia ​​valikoimat paneelit koodaus SNP, ja ei löytänyt tilastollisesti merkitsevä yhteys 15-PGDH alue [22] , [23], [24].

LD juoni kaikkien SNP valittu lisääntymään kaikissa valkoihoinen näytteissä. Arvot sisällä laatikot ovat korrelaatiot (R

2).

Myös edellinen kandidaattigeenifragmenttikloonien tutkimuksia yhdistyksen 15-PGDH SNP paksusuolen syövän riskiä myöskään havaita rs2555639. Nämä aiemmat tutkimukset tunnistettu kaksi SNP PGDH – rs2612656 ja rs8752 – erikseen osoittaa merkittävää yhteyttä paksusuolen syövän riskiä [25]. Kumpikaan ei kuitenkaan jäljiteltiin validointitutkimuksessa [26]. Molemmat nämä kaksi aikaisempien tutkimusten rajoitu tutkittavalla alueella joko runkoon 15 PGDH geenin tai vain 5 ke sivuavaa genomisen sekvenssin [25], [26]. Siten kumpikaan näistä tutkimuksista olisi havainnut yhdistys rs2555639 paksusuolen syövän riskiä. Toinen aiemmin tutkimuksessa arvioitiin yhdistys vain kaksi ei-synonyymejä koodaus SNP 15 PGDH paksusuolen adenooma riski [27]. Emme arvioi yhdistyksen näiden SNP kanssa riskiä paksusuolen syövän tutkimuksessamme, koska niiden alhaisen vähäinen alleelifrekvenssit (3% ja 1%, tässä järjestyksessä).

Yksi rajoitus Tutkimuksemme on, että me vain arvioida yhdistys 15 PGDH lokuksen SNP paksusuolen syövän riskiä yksilöiden itsensä raportointi valkoihoinen, jotka ovat pääasiassa Euroopan syntyperä. Näin emme pysty arvioimaan, onko yhdistys rs2555639 sekä paksusuolen syövän riskiä ja 15-PGDH ilmaisu pätee muihin roturyhmiä. Lisäksi olemme ulkopuolelle SNP vähäisellä alleelin frekvenssi on alle 5%. Tämä, yhdistettynä meidän suhteellisen pieni löytö otoskoko, saattanut rajoittaa kykyämme havaita mitään yhteyttä joko harvinaisia ​​15 PGDH variantit tai yleisempiä variantteja, joilla on hyvin alhainen vaikutuksia. Toinen mahdollinen rajoitus on, että molemmat meidän vaihe 1 ja vaihe 3 näytteet peräisin valtion Kentucky väestöstä. Validointi tuloksemme muissa riippumaton, Kentuckian populaatioissa perusteltavissa.

tärkeä rooli COX-2 ja arakidonihapon väylän kehittämiseen paksusuolensyöpä on vakiintunut, sillä on rooli 15 -PGDH kuten metabolisen vaimentimen COX-2-reitin ja paksusuolen syöpää estävien geenin [4], [5]. Tässä tutkimuksessa olemme osoittaneet todisteita perinnöllinen vaihteluita 15-PGDH geenin mahdollisesti säätelemällä 15 PGDH ilmentymistasot paksusuolessa sekä annetaan alttius paksusuolen syöpä. Olemme tunnistaneet yhden SNP, rs2555639, 17,74 kb ylävirtaan 5 ’UTR 15-PGDH geeni, joka liittyy sekä alemman paksusuolen 15-PGDH ilmaisun ja lisääntynyt riski paksusuolen syövän. Tämä tutkimus osoittaa etuna yhdistämällä testien SNP yhdessä kudoksen 15-PGDH ilmaisun ja Tautiriskiin, koska tämä yhdistetty lähestymistapa on antanut meille mahdollisuuden tunnistaa 15-PGDH rs2555639 T-alleelin potentiaalisesti toimiva ja uusi paksusuolensyöpä alttius variantti on 3-vaihe tutkimuksessa huolimatta vaatimaton otoskoot sekä löytämisen ja replikointi tapaus-verrokki sarjaa. Meillä on mainittava, että käytimme α = 0,05 cut-off julistaa replikointi merkitystä validointivaiheessa ilman lisäsäätöjä useita testejä. Vaikka validointi SNP valittiin perustuu yhdistettyyn todisteita vaiheista 1 ja 2 niiden yhteydessä sekä riski paksusuolen syövän ja 15-PGDH kudosekspressiotutkimuksen, varovaisuutta on tulkittaessa meidän replikointi tuloksia. Siitä huolimatta tuloksemme tulisi stimuloida lisätutkimuksia validoimiseksi rs25556399 variantti altistavia paksusuolen syövän muita riippumattomia populaatiot sekä tutkia muita SNP variantit 15 PGDH lokuksen kehittämisessä paksusuolen syövän.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Complete SNP-Colon Cancer Association Tulokset Discovery Population. Distribution (N (%)) Homotsygoottisen pääalleelille, heterotsygoottinen ja homotsygoottinen pieniä alleeli, ja OR homotsygoottisten riski (määritelty yleisempää tapauksissa kontrolleihin verrattuna) vs. homotsygoottinen viite.

Doi: 10,1371 /journal.pone. 0064122.s001

(DOCX) B Taulukko S2.

Complete SNP-Expression Results in Tissue otosryhmästä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0064122.s002

(DOCX) B