Krooninen sairaus

tiivistelmä

mikrosatelliittimarkkerin käytetään loss of Heterotsygoottisuuden, alleelinen epätasapaino ja klonaalisuuden analyysit syövissä. Yleensä kasvaimen DNA verrattuna vastaaviin normaaliin DNA: han. Kuitenkin normaali DNA ei ole aina saatavilla ja voi näyttää poikkeava alleelin suhteet johtuen kopioluvun vaihtelut genomissa. Lisäksi änkyttää piikit saattavat mutkistaa analyysiä. Käyttää mikrosatelliittimarkkerin diagnosointiin toistuvat virtsarakon syöpä, pyrimme valita markkereita ilman änkyttää huiput ja että on vakio suhde alleelit, jolloin vältetään tarve valvonta DNA-näyte. Olemme tutkineet 49 mikrosatelliittimarkkerin kanssa tri- ja tetranucleotide toistoja alueilla yleisesti hävisi virtsarakon syöpään. Analyysiin perustuvat 50 veren DNA: iden 12 tehokkaimpiin markkereita valittiin muutamia änkyttää huiput ja jatkuva suhde huippujen korkeuksia. Per merkki ylempi ja alempi katkaista arvot alleelin suhteet määritettiin. Loh on merkkiaineiden havaittiin 59/104 kasvain-DNA: t. Sitten määritetään herkkyys markkeripaneelin havaitsemiseksi toistuvien virtsarakon syövän määrittämällä 102 virtsanäytteestä näistä potilaista. Herkkyys oli 63%, kun potilaita stratifioitiin varten LOH heidän ensisijainen kasvaimia. Osoitamme, että alkuvaiheen valinta mikrosatelliittimarkkerin obliterates tarvetta vastaavan verinäytteen. Diagnosointiin virtsarakon syövän uusiutumista virtsassa tämä pienentää merkittävästi kustannuksia. Lisäksi tämä lähestymistapa helpottaa Retrospektiivinen analyysi arkistointiin kasvaimen näytteiden alleeliset epätasapaino.

Citation: van Tilborg AAG, Kompier LC, Lurkin I Poort R, El Bouazzaoui S, van der Keur K, et al. (2012) valinta mikrosatelliittimarkkerin virtsarakon syövän diagnoosi ilman Vastaava Veri. PLoS ONE 7 (8): e43345. doi: 10,1371 /journal.pone.0043345

Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japani

vastaanotettu: 02 huhtikuu 2012; Hyväksytty: 19 heinäkuu 2012; Julkaistu: 22 elokuu 2012

Copyright: © van Tilborg et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Euroopan yhteisön seitsemännessä puiteohjelmassa FP7 /2007-2012, avustussopimuksessa nro 201663; Hollantilainen Cancer Society myönnä. EMCR 2007-3863. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

mikrosatelliittimerkkien analyysi käyttää lyhyitä, erittäin polymorfisia toistosekvenssejä genomissa. Toistojen lukumäärä, jotka muodostavat tietyn mikrosatelliittimerkkien usein vaihtelee äidin ja isän alleeli. Mikrosatelliitit käytetään määrittämään alleeliset epätasapaino (AI) tai menettämisestä heterotsygoottisuuden (LOH) tiettyihin lokuksiin kasvaimen genomien ja sitä voidaan käyttää markkerina läsnä tuumorisolujen. Tätä tarkoitusta varten mikrosatelliittimerkkien analysoi intensiteetin vertailu vahvistus tuotteiden isän ja äidin alleeli kasvaimesta näytteestä vastaan ​​suhteet vastaavasta normaalista kontrolli (esimerkiksi leukosyyttien). Kun mikrosatelliittimerkki markkeri on informatiivinen (pituus kahden alleelin erilainen) määrä tuotteen molempien alleelien on sama. On kapillaari sekvensserin tämä näkyy kaksi huippua on suunnilleen sama korkeus. LOH tai AI kromosomaalisen alueen syöpä tehdään yleensä silloin, kun suhde alleeli huiput kasvaimen DNA on pienempi kuin 0,5-0,7 tai yli 1,5-2 verrattuna kontrolliin [1], [2], [3], [4].

Virtsarakon syöpä (BC) on viidenneksi yleisin maligniteetti länsimaissa jälkeen rinta-, eturauhas-, peräsuolen ja keuhkosyöpä [5]. Yli 70% ensisijainen BC ilmetä huono laatu, ei-lihas- invasiivisia (PTA, pT1) kasvaimia. Poistamisen jälkeen nämä kasvaimia höyläysleikkaus (TUR), toistumisen on korkea (70%) ja monet potilaat kehittävät useita metachronous uusiutumista [6]. Progression muusta kuin lihas invasiivisia (NMIBC) lihakseen kohdunkaulan syöpä (MIBC) esiintyy 10-20%: ssa tapauksista, varsinkin jos alkuperäinen kasvain oli korkealuokkaisesta [7], [8].

Tällä hetkellä tavanomainen menettely diagnosoimiseksi BC on cystoscopy. Kystoskopia on invasiivinen diagnostinen lähestymistapa, joka on potilaalle epämiellyttävää, joka on tehtävä tällaisia ​​tarkastuksia välein 3-12 kuukautta monta vuotta resektio primaarikasvaimen. Arvioimme, että välillä 1-2 miljoonaa cystoscopies toteutetaan parhaillaan vuodessa EU: ssa ja Yhdysvalloissa seurannan näistä potilaista. Valitettavasti Osteri solujen läsnä mitätöity virtsassa ei yksinään tarjota turvallinen seulonta vaihtoehto kystoskopian sen huono herkkyys, erityisesti havaitsemiseen huonolaatuisen kasvaimia [9]. Vastaavasti nykyinen molekyyli virtsa perustuvia määrityksiä kuten fluoresoiva in situ -hybridisaatio (FISH), NMP22 ja BTA on herkkyydet, jotka ovat alhaiset havaitsemiseksi enimmäkseen huono laatu ja vaihe toistuva BC [10], [11]. Tämän seurauksena, useita eri molekyyli- analyysejä DNA eristettiin soluista läsnä mitätöidään virtsanäytteistä on kehitetty tavoitteena on parantaa havaitsemisen herkkyyttä ja vähentää taajuutta invasiivisen kystoskopian tutkimuksia. Yksi näistä määrityksistä liittyy mutaatiot

FGFR3

geenin [12]. Mutaatiot tässä geenissä ovat hyvin yleisiä pTa rakkokasvaimista (jopa 75% [13], [14]). Tämä määritys ei ole vaihtoehto havaitsemiseksi tuumoreihin mutaatio tässä geenissä, varsinkin kun potilaille, joiden

FGFR3

villityypin primäärikasvaimessa taajuus

FGFR3

mutaatioita toistuminen on paljon pienempi kuin potilailla, joilla on

FGFR3

mutantti primaarikasvaimen (19% ja 81%, tässä järjestyksessä) [15].

Monet kasvaimet näyttettäviä genomista muutoksiin kuten geenimutaatioita ja numeeristen poikkeavuuksien vaikuttavat lyhyellä genomista alueiden koko kromosomeja. Nämä kasvain-spesifisen genomisen muutokset voidaan havaita mole- tekniikoilla, kuten FISH [16], [17] tai mikrosatelliitti-analyysi (MA). Analyysit havaitsemaan nämä muutokset ovat osoittautumassa erityisen hyödyllinen tunnistamisessa syöpäpotilaiden kautta invasiivisen tai vähän invasiivisia menetelmiä [18], [19], [20], [21]. Virtsarakon syöpä Esimerkiksi menetykset osia tai koko kromosomin 9 havaitaan yleisesti kuin ne ilmenevät varhain kehityksessä kasvain [22]. Sairauden etenemistä liittyy yleensä ylimääräisiä numeerisia muutoksia kromosomijaksosta 8p, 10, ja 17p [23], [24], [25]. Me ja muut ovat aiemmin osoittaneet, että havaitseminen toistuvat virtsarakon syöpä voidaan parantaa mikrosatelliittimerkkien analyysi soluissa saatujen mitätöity virtsanäytteistä [4], [26].

Tämän työn aikana havaitsimme, että PCR-tuotteet mistä mikrosatelliitit kanssa dinukleotidi toistoja usein ollut useita (änkyttää) johtuvat piikit dissosiaatiota DNA-säikeet ja poikkeava uudelleenpariutuminen. Lisäksi monet mikrosatelliittimarkkerin oli poikkeava suhdelukua korkeuksien hallita DNA, mahdollisesti johtuen kopioluvun vaihtelut genomissa. Lisäksi on tarpeen analysoida valvonnan veren DNA teki mikrosatelliittimerkki määritys (MA) kallista [27]. Näiden ongelmien järjestelmällisemmin, olemme valinneet tri- ja tetranucleotide toistoja genomialuetta yleisesti vaikuttaa virtsarakon syöpään ja suunniteltu alukkeet noin näitä toistoja vahvistusta [28]. Nämä uudet mikrosatelliittimarkkerin testattiin sitten piikkien korkeuden suhde ja tekninen suorituskyky (eli ei änkyttää piikkejä, oikeudenmukainen vahvistus) sarjassa veren DNA-näytteitä. 12 Tehokkaimmat markkereita analysoitiin myöhemmin virtsasta DNA: ita terveistä yksilöistä määrittää katkaista arvot suhde piikkien korkeuksien saamiseksi spesifisyys 95%. Lopuksi validoitu markkereita virtsassa DNA: t, joilla on diagnostisoitu toistuvia virtsarakon kasvain.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteitä

verinäytteet kerättiin 50 virtsarakon syöpä . Virtsa kerättiin 106 yksilöille historia neoplastisen taudin. Nämä kasvain-negatiivista näytettä oli peräisin aikana seulonta tutkimus iäkkäillä miehillä (yli 50-vuotiailla) ilman edeltävää merkkejä virtsarakon syöpä [29]. DNA 104 primaarikasvainten oli käytettävissä LOH analyysiä. Kaikki kasvaimet eivät olleet lihas-invasiivisia (89% Ta, 11% T1). Kaikki kasvaimet olivat luokka 1 tai 2. virtsanäytteet, joille on suunniteltu TUR kerättiin ennen resektio histologisesti todistettu toistuva kasvain 102 potilasta. Tietoon kirjallinen suostumus saatiin kaikilta potilailta, ja tutkimussuunnitelmissa hyväksyi institutionaalisten tarkastuslautakunta tai eettisiä komiteoita kahdessa liittyvissä maissa (Keski-Jyllanti valiokuntaistunnot Biomedical Research Ethics Tanskassa ja Lääketieteellinen eettinen komitea Erasmus MC (METC) , Alankomaat). Kliinis tiedot näiden näytteiden esitetään taulukossa S1.

DNA: n eristämistä ja LOH analyysi

Kun keräys, virtsan tarkistettiin määrän valkosoluja, punasolujen ja nitriitin kanssa mittatikku (Siemens Multistix ® 10 SG). Solut pelletoitiin sentrifugoimalla 3000 rpm: llä 10 minuutin ajan 4 ° C: ssa. Solupelletit pestiin kaksi kertaa 10 ml: lla PBS: ää, suspendoitiin uudelleen 1 ml: aan PBS: ää, siirrettiin Eppendorf-injektiopulloon, ja otettiin talteen sentrifugoimalla 5 minuuttia nopeudella 6000 rpm. Supernatantti heitettiin pois ja solupelletti säilytettiin -20 ° C: ssa, kunnes DNA-eristys. DNA uutettiin verestä, kasvainkudoksen (formaliinilla parafiiniin upotetut (FFPE)) ja virtsa ja puhdistettu sopivilla sarjat (Qiagen, Hilden, Saksa) seuraavat valmistajan ohjeiden. DNA: n pitoisuuksia mitattiin Quant-iT PicoGreen® dsDNA Assay Kit (Molecular Probes, Leiden, Alankomaat). PCR eri mikrosatelliittimarkkerin suoritettiin erilliset alukepareja, joista 1 oligonukleotidi leimattiin 5-päästä, jossa on fluoresoivien väriaineiden 6-FAM (Invitrogen). Monistaminen tietyn DNA tehtiin reaktion tilavuuteen 15 ui sisältäen 0,2 mM dNTP, 2,5 mM MgCl2, ja 0,5 U AmpliTaq. Pyöräily suoritettiin Biometra thermocycler käyttäen seuraavia lämpötilaolosuhteet: 95 ° C 5 min, 28 sykliä 95 ° C: ssa 45 s, 55 ° C: ssa 45 s, ja 72 ° C: ssa 45 s, minkä jälkeen lopullinen laajennus vaiheen 10 minuuttia 72 ° C: ssa. PCR-tuotteet myöhemmin denaturoitiin 1 min 95 ° C: ssa Hidi formamidia (Applied Biosystems) ja erotettiin ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer varustettu 36 cm kapillaari array ladattu POP-7 polymeeristä. 500-Liz käytettiin sisäisenä koko standardia (Applied Biosystems). Näytteiden analysointi suoritettiin kanssa GeneMarker ohjelmistoversio 1.7 alkaen SoftGenetics (State College, PA).

Tilastollinen

Statistical Package for Social Sciences 18 (SPSS, Inc.) käytettiin tietojen analysointiin. Herkkyys, spesifisyys ja ennustavan arvot määritettiin jokaiselle merkki ja kaikki merkit. Diagnostista tarkkuutta varten malli metylaation markkereita määritettynä AUC (käyrän alapuoliselle). Tulokset katsottiin tilastollisesti merkitsevä p 0,05.

Tulokset

Valinta mikrosatelliitteihin

Projekti koostui eri vaiheissa (kuva 1). Olemme aiemmin käytetty ryhmä 20 mikrosatelliittimarkkerin havaitsemiseksi toistuvien virtsarakon syövän mitätöity virtsasta potilaista tarkkailee mahdollisten toistuvien kasvainten [4], [18], [30], [31], [32]. Kuitenkin useat näistä merkeistä arvioitaessa alleeli suhde oli vaikeaa johtuen änkyttää huiput. Myös nämä merkit eivät täsmällisesti kata kiinnostavimpia alueita LOH virtsarakon kasvaimia. Lisäksi monet potilaat alleelin suhteen kontrolli-DNA vaihteli johtuen mahdollisesti genomisen kopioluvun vaihtelut, kuten näkyy kuviossa 2A. Tämän kokemuksen perusteella päätimme valita uuden paneelin mikrosatelliittimarkkerin suhteellisen vakio suhde alleelien näin obliterating tarvetta ohjaus veren DNA-näyte. Vähentää mahdollisuutta änkyttää piikin muodostumiseen, valitsimme 49 tri- ja tetranucleotide toista sisältävien mikrosatelliitteihin päässä UCSC genomista selaimen (https://genome.ucsc.edu), ja Genethon paneeli (http: //cedar.genetics. soton.ac.uk/pub) alueilla kromosomeja 8, 9, 10, 11 ja 17, jotka näyttävät LOH rakon syövissä [28]. Mikrosatelliittimerkki markkereita oli oltava vähimmäistaso Heterotsygoottisuuden 65% ja fragmentti pituus välillä 100-300 bp vähentää vahvistusta vaikeuksia leikattua DNA.

Y-akselin, välinen suhde kahden alleelin annetaan. X-akseli, eri mikrosatelliittimarkkerin on lueteltu. A. boxplots mukaan osa aiemmin käytetty markkereita on suurta vaihtelua niiden alleelin suhteen perustuu analyysiin veren DNA-näytteet 50 yksilöä. B. Behavior 12 valitun markkereita, mikä osoittaa niillä on hyvin vähän vaihtelua niiden alleelin suhteen testattaessa normaali veren ja virtsan terveiltä yksilöiltä. C. primaarikasvaimen DNA alleeli suhde on paljon vaihtelevampi johtuen LOH /AI.

Tekniset toistettavuus ja katkaista arvot kullekin merkki

markkereita testattiin 50 verinäytteet ja 12 mikrosatelliitteihin markkereita kanssa prosentuaalisesti eniten heterotsygoottisuuden ja huipun suhde alleelien joka oli lähes 1 valittiin jatkotutkimuksiin (taulukko 1, kuvio 2B). Tietoa muista 37 markkereita on esitetty taulukossa S2. Kuvio 3 esittää elektroferogrammit markkerin. Selvitimme parhaat asetukset toistettavuuden vaihtelemalla tulo DNA keskittyminen ja jaksojen määrä. Tämän perusteella päätimme käyttää 5-10 ng panos DNA 28 PCR sykliä seuraavissa kokeissa. Määrittämään katkaista arvot siten, että kunkin merkin olisi 95% tietyn diagnostisen virtsanäyte, me analysoidaan niitä kahtena virtsan DNA: t 106 syöpäsolujen hallintalaitteet 50 vuotta ja vanhemmat. 12 markkereita ja niiden ylä- ja ala-cut off-arvot on lueteltu taulukossa 2. Taulukko 2 osoittaa myös, että keskihajonta on alle 10%.

Y-akselin, piikin intensiteetti on annettu. X-akselilla, fragmentti koko annetaan emäsparia. Vasemmalla puolella, tulokset normaalista kudoksesta esitetään. Huomaa, että nämä merkit ovat vähän tai ei lainkaan änkyttää huiput ja melko vakio suhde (lähes 1) välillä korkeudet kahden alleelin. Oikealla puolella, tulokset edustavia kasvain näytteitä LOH esitetään.

Suorituskyky mikrosatelliittimerkkien määrityksen kasvaimissa

Myöhemmin markkereita testattiin DNA pääasiallisesta virtsarakon kasvaimia 104 potilasta. Yhdeksänkymmentäkaksi kasvaimet olivat pTa 11 oli pT1, ja 1 kasvaimen Missään vaiheessa ollut saatavilla tietoja. Kaksikymmentäneljä kasvaimet olivat grade 1, 79 asteen 2, kun taas luokan tietoja puuttui 1 tapauksessa. LOH tai alleelinen epätasapaino on määritelty, kun suhde huippujen oli suurempi kuin ylempi raja tai alempi kuin alempi raja kuten kunkin markkerin taulukossa 2. LOH yhden tai useamman markkereita havaittiin 59 kasvaimissa (57%), kun taas 45 kasvaimia ei ollut LOH minkään markkereita testattu. Useimmin menettänyt merkkiaineet olivat kaikki kromosomissa 9, D9S299, D9S252, ja D9S752 (LOH on 29-37% kaikista näytteistä) (taulukko 3). Jokainen LOH löydettiin 53/92 (58%) pTa, 6/11 (55%) pT1 ja 12/24 (50%) G1 ja 47/79 (60%) G2 kasvaimia. Alleeli suhdelukuja kasvaimen DNA oli paljon vaihtelevampi kuin normaalissa veressä tai virtsassa DNA johtuen LOH /AI (kuvio 2C).

määritys herkkyydestä merkkiaineiden havaitsemiseksi toistuminen vuonna urine- johdettu DNA

Myöhemmin määritimme herkkyys merkkiaineiden havaitsemiseksi toistuvien kasvainten samassa potilasta, joista olemme analysoineet primaarikasvaimen. Yhteensä 102 virtsanäytteitä olivat saatavilla, jotka on saatu ennen resektiota toistuva kasvain näillä potilailla. Mikrosatelliittimarkkereita määritykset suoritettiin kahtena kappaleena. LOH oletettiin, kun alleeli huippu suhde molemmissa testeissä oli ulkopuolella katkaista arvot esitetään taulukossa 2. Markers D9S752, D9S252, D9S304, D9S299 ja G10693 näkyvät LOH noin 20% näytteistä (taulukko 4). On 102 näytettä, 43 näytteet eivät näytä tappio tahansa testatuista markkereita. Jos oletamme, että väärät positiiviset testit eivät ole mahdollisia, koska kaikilla potilailla oli toistumisen, herkkyys 12 markkereita yhdessä on 58%. Herkkyys mukaan luokan primaarikasvaimen annetaan File S1. Spesifisyys Testin on määritelmänsä 100%, koska kaikki virtsoissa liittyivät toistuvia kasvain. Jos valitsimme virtsoissa niistä potilaista, joiden ensisijainen kasvain oli LOH vähintään 1 merkki, havaitsemisherkkyyden toistumisen virtsassa DNA nousi 63%. Yhdistettynä sytologia tietoja, tämä herkkyys kasvoi 80% (File S2).

Keskustelu

Tässä tutkimuksessa kuvaamaan lähestymistapaa valita mikrosatelliittimarkkerin määrittämiseksi kopiomäärä ja kasvaimen -associated LOH että on erinomainen tekninen suorituskyky. Lähestymistapa oli aiemmin käytössä Frigerio et al., Joka toteutetaan merkityllä erityiskynnyksiä arvioimalla normaalin DNA verestä ja kontrollikudoksen [1]. Kuitenkin lähestymistapamme eroaa siinä, että me esivalittu meidän merkkiaineita jatkuvasti alleelin tunnusluvut siten parantaa tarkkuutta ja se, että me valitut tri- ja tetranucleotide toistoja, jotka ovat vähän tai ei lainkaan änkyttää huippuja. Vuoteen etukäteen arvioida alemman ja ylemmän cut off arvot perustuvat analyysiin valvonnan DNA: iden, tarve verrata potilaan näytteitä vastaavien veren Näin vältetään. Tämä valintamenettely voidaan soveltaa mihin tahansa kasvaimen tyyppi. Tämä lähestymistapa helpottaa myös retrospektiivinen analyysi arkistointiin kasvaimen näytteiden alleeliset epätasapaino.

tutki määrän tulo DNA ja optimaalisen PCR-syklien lukumäärän. Määrä tulo DNA on tärkeää, koska liian pienet pitoisuudet voivat aiheuttaa edullinen monistuminen yksi kahdesta alleelista, joka johtaa väärään positiiviseen LOHs [33]. Mikrosatelliittimarkkerin ovat ihanteellisia määrittämiseksi menetys tai monistuminen genomisen alueiden FFPE johdettuja DNA koska molemmat alleelit merkki tulee samalla laatu vaikuttaa DNA (pituus) edellyttäen, että välinen pituusero alleelien ei ole liian suuri. Mikrosatelliittimarkkereita analyysi on halpa kustannuksiin suuruusluokkaa noin 1 euroa määritystä. Jos paneelin 10 markkereita, kustannukset, mukaan lukien DNA: n eristäminen, johtaisi alle 15 euroa. Haittapuolena on se, että mikrosatelliitit eivät sovellu multiplexing. Kokemuksemme tämä aina johtaa tehottomaan vahvistus eräiden merkkiaineiden ja tämä johtaa suurempien keskihajonnat kaksoiskokeista.

Häviöt kromosomeissa 8, 9, 10, 11 ja 17 ovat yleisiä virtsarakon syöpä ja voi havaita Mikrosatelliittimarkkerien analyysi. Tämä tutkimus määrittelee mahdollisia virtsarakon syövän havaitsemisen mikrosatelliittimerkkien analyysi joukko virtsanäytteitä kerätään ennen höyläysleikkaus oheisten kasvain (pre-TUR virtsaa). Perustaminen merkki erityisiä kynnysarvot perustuvat mittauksiin alleelin suhdelukuja virtsanäytteistä 106 terveitä yksilöitä on antanut meille mahdollisuuden määritellä spesifisyyden menetelmän myöhempää tutkimusta. Koska yksilöllisesti määritetty kynnysarvot taattu optimaalinen spesifisyys kullekin merkkiaineiden analysoitu, me tulkinnut LOH 1 single lokuksessa jo indikatiivisina läsnäolo syöpäsoluja. Soveltamalla tätä sääntöä, saimme valmiiksi TUR virtsanäytteistä yleinen herkkyys 58% havaitsemiseksi toistuvien kasvaimia ja 63%, kun potilaat stratifioitiin varten LOH niiden primaarikasvaimen. Tämä herkkyys on verrattavissa herkkyyden että olemme aiemmin löytyi ensimmäiset mikrosatelliittimarkkerin vaikka uusi paneeli merkkiaineiden on suunniteltu erityisesti kattamaan niille genomialuetta jotka näytetään LOH ei-lihas- invasiivisia virtsarakon kasvaimet (NMIBC). Diagnostista tarkkuutta mallia kaikkien 12 markkereita oli 73% määritettynä AUC (käyrän alapuoliselle). Tämä tarkkuus oli vielä 73%, kun vain kuusi merkkiaineita testattiin (D9S252, D9S752, D9S304, D8S1125, D8S1130, G10693). Tällä valinnalla pystyimme tunnistamaan 95% (56 59) kaikista näytteistä osoittaa LOH testattaessa kaikki 12 markkereita. Tärkein etu käyttää pienemmän valikoiman mikrosatelliittimarkkerin on, vieressä alentaa kustannuksia, vähentää määrän tulo DNA tarvitaan, joten tämä määritys myös mahdolliseksi niille näytteille, joissa vain hyvin rajallinen määrä kudosta on saatavilla.

muissa tutkimuksissa käytimme mutaation analyysi

FGFR3

geeni diagnosoimiseksi toistuva kasvaimia [34] [35].

FGFR3

mutaatioita esiintyy 60-70% NMIBC ja siten tarjota ihanteellinen työkalu valvontaa potilaille, koska mutaatio koe on 100% erityinen. Herkkyys kuitenkin riippuu läsnäolo riittävä kasvainsolujen virtsassa ja tämä on myös varoitus, että Mikrosatelliittimarkkerien määrityksessä. Herkkyys lisääntyy, kun useita virtsanäytteitä analysoidaan. Herkkyydellä 50% analysoimalla 2 näytettä lisäisi herkkyyttä 75% jne. Yhdistelmä mikrosatelliittimerkkien analyysin kanssa markkereita esitetään tässä ja

FGFR3

testi on tehty pitkittäinen tutkimus 800 virtsanäytteiden 147 potilasta (Zuiverloon ym., valmisteilla).

tukeminen Information

Tiedosto S1.

LOH valmiiksi TUR virtsan mukaan Grade primaarikasvaimen.

doi: 10,1371 /journal.pone.0043345.s001

(DOCX)

Tiedoston S2.

vertailu LOH ja sytologia ennalta TUR virtsanäytteitä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0043345.s002

(DOCX) B Taulukko S1.

Potilastiedot.

doi: 10,1371 /journal.pone.0043345.s003

(XLSX) B Taulukko S2.

Tiedot markkereita ei mukana tutkimuksessa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0043345.s004

(XLSX) B