PLoS ONE: ennustaminen Human Genetic vuorovaikutukset Cancer Genome Evolution
tiivistelmä
Synthetic Lethal (SL) geneettinen vuorovaikutukset ovat avainasemassa erilaisten biologisen tutkimuksen, jotka vaihtelevat ymmärtäminen genotyyppi-fenotyyppi suhteet tunnistaa huumeiden tavoitearvot syöpää. Huolimatta viimeaikaisista edistysaskeleet empiirinen mittaus SL vuorovaikutusta ihmisen soluissa, ihmisen geneettinen vuorovaikutus kartta on kaukana täydellisestä. Tässä esitämme uusi lähestymistapa ennustaa tämän kartan hyödyntämällä malleja syövän genomin evoluutio. Ensinnäkin, osoitamme, että empiirisesti määritetty SL vuorovaikutuksia heijastuvat eri geenissä, puuttumisella, ja päällekkäisiä kuvioita satoja syövän genomien. Ilmeisin kuvio, joka huomasimme, että kun yksi jäsen SL vuorovaikutuksen geenipari katoaa, toinen geeni ei yleensä menetetään, eli puuttuminen co-tappion. Tämä havainto on sopusoinnussa odotuksia, koska menetys SL vuorovaikutuksessa pari on tappava syöpäsolun. SL yhteisvaikutuksia heijastuvat myös geeniekspressioprofiilien, kuten alla edustus tapauksissa, joissa geenien SL pari ovat molemmat alle ilmaisseet, ja yli edustus tapauksissa, joissa yksi geeni SL parin alle ilmaistaan, kun taas toinen on ohi ilmaistaan. Olemme integroineet eri aiemmin tuntemattoman syövän genomin kuvioita ja geeniekspressiomalleja osaksi laskennallinen malli tunnistaa SL paria. Tämä yksinkertainen, genominlaajuisten malli saadaan suuri ennusteen teho (AUC = 0,75) tunnettujen geneettisten vuorovaikutusten. Se antaa meille mahdollisuuden esitellä ensimmäistä kertaa kattavan genominlaajuisten luettelo SL vuorovaikutuksia korkean arvioitu ennusteen tarkkuutta, jotka kattavat enintään 591000 geeniä paria. Tämä ainutlaatuinen luetteloa voidaan mahdollisesti käyttää eri sovellusalueilla vaihtelevat bioteknologian lääketieteellisen genetiikan.
Citation: Lu X, Megchelenbrink W, Notebaart RA, HUYNEN MA (2015) ennakointi Human Genetic vuorovaikutukset Cancer Genome Evolution. PLoS ONE 10 (5): e0125795. doi: 10,1371 /journal.pone.0125795
Academic Toimittaja: Joel S. Bader, Johns Hopkins University, Yhdysvallat