Krooninen sairaus

tiivistelmä

kasvaimensisäisellä heterogeenisuus (ITH) johtaa aliarvioimiseen mutaatioprosessiin maiseman mielikuvien yhden neulabiopsian ja vaikuttaa näin ollen hoitoa tarkkuutta. Laajuus peräsuolen syöpä (CRC) geneettinen ITH ei ole hyvin ymmärretty Chinese potilailla. Niinpä teimme syvä sekvensointi käyttäen OncoGxOne

™ Plus paneeli, kohdistaminen 333 syöpää erityisiä geenejä usean alueen koepaloja ensisijainen ja maksan etäpesäkkeitä kolmelta kiinalaiselta CRC potilasta. Olemme todenneet, että laajuus ITH vaihteli kolmen tapauksen. Keskimäärin 65% kaikista mutaatioista havaitut yhteinen yksittäisissä kasvaimia.

KMT2C

poikkeavuuksien

NCOR1

mutaatio olivat ainoat läsnä tapahtumia. Myöhemmät fylogeneettinen analyysi osoitti, että kasvaimia kehittynyt haarautunut tavalla. Vertailu ensisijainen ja etäpesäkkeitä paljasti, että

PPP2R1A

(E370X),

SETD2

(I1608V),

Smad4

(G382T), ja

AR

silmukointi mutaatiot voivat olla ominaisia ​​maksan metastaattinen. Nämä mutaatiot saattavat edistää aloittamista ja etenemistä etäpesäkkeiden. Yhdessä meidän analyysi tunnistaa merkittävällä tasolla geneettisten ITH CRC, jota tulisi harkita henkilökohtainen hoitostrategioita.

Citation: Lu YW, Zhang HF, Liang R, Xie ZR, Luo HY, Zeng YJ, et al. (2016) peräsuolen syövän Geneettinen heterogeenisyys rajaamalla Multi-alueen sekvensointi. PLoS ONE 11 (3): e0152673. doi: 10,1371 /journal.pone.0152673

Editor: Hiromu Suzuki, Sapporo Medical University, Japani

vastaanotettu: 23 marraskuu 2015; Hyväksytty 17. maaliskuuta 2016 Julkaistu: 29 maaliskuu 2016

Copyright: © 2016 Lu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Sekvensointitiedot ovat saatavilla Sequence Nouda Archive (SRA) tietokantaan (hakunumero SRP065361).

Rahoitus: Tätä työtä tukivat Foundation of Medical Leading Talent Yunnanin maakunnassa (No. L-201205) KHW, Foundation of Yunnan Institute of Digestive Disease (nro 2014NS122) KHW, Ministry of Science and Technology Yunnanin maakunnassa Kunming Medical University (NO. 2015FB100) HFZ, National Natural Science Foundation of China (81460007) XYK. https://www.nsfc.gov.cn/. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) on yksi johtavista kuolinsyistä maailmassa osuus oli arviolta 1,2 miljoonaa uutta tapausta ja 600000 kuolemantapausta vuosittain [1]. CRC on kolmanneksi yleisin syöpä ja viides johtava syy syöpäkuolemista Kiinassa. Ilmaantuvuus CRC on kasvanut myös Kiinan väestön viime vuosina [2]. Vaikka merkittävää edistystä on tapahtunut koskien CRC hoitoa, kuten täsmähoitoihin, viiden vuoden suhteellinen eloonjääminen potilaalla on etäispesäkkeitä on vain 12,5% [3]. Siksi laaja ymmärrys molekyylibiologian CRC on erittäin toivottavaa. Nämä uudet oivalluksia olisi myöhemmin parantaa hoitoa CRC.

kasvaimensisäisellä heterogeenisuus (ITH) johtaa aliarvioimiseen mutaatioprosessiin maiseman mielikuvien yhden neulabiopsian ja vaikuttaa näin ollen hoitoa tarkkuutta. Kehittämisen kanssa seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS), ITH on hiljattain selvitetty merkittäviä yksityiskohtaisesti useissa syöpätyypeissä [4-7], mukaan lukien CRC [8, 9]. Kim et ai. [8] toteutettiin usean alueen koepaloja ensisijainen ja maksan metastaattinen alueiden viidestä CRC kautta koko-exome sekvensointi ja havaittiin, että vain 19,8% -53,9% mutaatioista annetussa näytteessä oli universaali. Se on myös havainnut

APC

,

KRAS

, ja

TP53

mutaatiot kaikissa alueellisissa koepaloja. Sekvensointi riittävätkö niiden tutkimus on suhteellisen alhainen, mikä voi johtaa unohtaa matalien taajuuksien mutaatio. Kun taas Kogita tutkimuksessa [9] ne vain kohdennettu 50 syöpä geenit, ja siten tunnistettu laajuus CRC geneettisten ITH oli rajallinen. Lisäksi laajuus CRC geneettistä ITH ei ole osoitettu Kiinan potilailla.

Olemme suorittaneet syvä kattavuus sekvensointi käyttämällä SureSelect Target rikastus Kit ja OncoGxOne

™ Plus paneeli DNA usean alueen koepaloja ensisijainen ja maksan etäpesäkkeitä kolme kiinalaista CRC potilasta luonnehtia CRC ITH Kiinan potilailla. Selvitimme mutaatio maiseman ja tunnistaa huomattava määrä geneettistä ITH CRC.

Materiaalit ja menetelmät

Potilaat ja näytteet

Kolme potilasta Useille maille ensisijainen paksusuolen syöpä kirurgisesti resekoitu ensimmäisessä kansan sairaalan Yunnanin maakunnassa lokakuun 2013 ja huhtikuu 2014 otettiin tutkimukseen. Patologinen tuumorin luokitus suoritettiin noudattaen TNM luokittelu (taulukko 1). Tutkimus hyväksyi eettinen komitea ensimmäisen Kansan sairaalan Yunnanin maakunnassa (2014YXLH029). Kaikki potilaat tutkimukseen edellyttäen kirjallinen lupa käyttöön resektoidun kudoksen.

DNA eristys

Formaliinifiksoidusta, parafinoidut (FFPE) näytteet alistettiin histologista tarkastelua vain ne, jotka sisältävät riittävästi tuumorisolujen (vähintään 70% kasvainsoluja), määritettynä hematoksyliinillä ja eosiinilla, ja vastaaviin normaaleihin kudoksiin on valittu DNA-eristystä varten. Perimän DNA eristettiin käyttämällä QIAamp

® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Saksa) mukaan valmistajan menettelyn pienin muutoksin. Genomi-DNA-näytteet kvantifioitiin käyttäen NanoDrop 2000 spektrofotometrillä (Agilent, Santa Clara, CA, USA). Eristetty DNA säilytettiin -80 ° C: ssa analyysiin asti.

mikrosatelliittimerkkien testaus

mikrosatelliittien epävakaus (MSI) asema määritettiin kussakin tapauksessa käyttäen viittä mononukleotidi tai dinukleotidi mikrosatelliitteihin markkereita (BAT25, BAT26, D17S250, D2S123 ja D5S346) [10]. Alukkeet olivat 5′-leimattu HEX, FAM tai TET (Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, Kiina). Kaikki microsatellite loci monistettiin vastaaviin normaaleihin ja kasvaimen DNA: ta fluoresenssin multiplex polymeraasiketjureaktio (PCR). Sitten PCR-tuotteet sekvensoitiin ABI 3730XL automaattisen sekvensserin avulla fragmentti analyysin ohjelmisto (Gene Scan, Perkin Elmer, Waltham, MA, USA). Mikrosatelliittimarkkereita merkki vakaus analysoitiin käyttämällä GeneMapper ohjelmistoa. MSI asema luokiteltiin MSI-korkea, jos ≥30% markkereita oli epävakaa, MSI-alhaisiksi 30% markkereita oli epävakaa, eikä muutoksia tai muita huippuja microsatellite vakaa (MSS) paksusuolensyöpä.

Target rikastamiseen ja sekvensointi

näytejonon rikastamiseen ja kirjasto valmistelu suoritettiin käyttäen SureSelect Target Enrichment Kit (Agilent, Santa Clara, CA, USA) ja OncoGxOne

™ Plus syöpä paneeli (GENEWIZ, Inc ., South Plainfield, NJ, USA) valmistajan ohjeiden mukaisesti. OncoGxOne Plus, kohdennettu onkologian paneeli sisältää 333 syöpä-geenit (mukaan lukien kaikki tunnetut syövän kuljettajan geenejä ja 64 kohdennettuja ja kemoterapiaa liittyviä geenejä). Lyhyesti, 200 ng genomista DNA: ta kustakin näytteestä pilkkoa akustinen leikkaus on Covaris väline. Fraktiot 150-200 emäsparin ligatoitiin SureSelect adapteri Oligo ja PCR-monistettiin 10 sykliä. Kohde rikastamiseen, koko kirjasto hybridisoitiin käyttämällä SureSelect Oligo Capture Kit 16 tai 24 tunnin ajan 65 ° C: ssa. Biotinyloidut hybridit otettiin kiinni, ja rikastettu kirjastot ovat täyttyneet 16 PCR sykliä. Saatu puhdistettu kirjastot yhdistettiin ja sekvensoitiin käyttämällä Illumina

® MiSeq

™ NGS väline 2 x 150 pariksi lopussa sekvensointi lukee (Illumina, San Diego, CA, USA) valmistajan protokollien. Geenit on OncoGxOne

™ Plus syövän paneeli on lueteltu S1 taulukossa.

bioinformatiikan analyysi

Sekvensointitiedot olivat pääsee läpi MiSeq Reporter. Tietojen laatu tarkastettiin käyttämällä FastQC (https://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/) ja sitten kohdistettu ihmisen viite genomin (hg19) käyttämällä Burrows-Wheeler linjaus työkalu tuottaa bam tiedosto [11]. Variant calling suoritettiin käyttäen Genome Analysis Toolkit, oletuksena [12]. Raaka variantti puhelut suodatettiin pois käyttämällä alleelifrekvenssit 5% ja muuttunut lukee 7X. Sitten saatu variantteja selityksin, että Illumina Variant Studio versio 2.2.3 (Illumina, San Diego, CA, USA) ja ANNOVAR [13]. Tunnetut yhden nukleotidin polymorfismien jätettiin käyttämällä muunnelmia inthedbSNP 137 (hg19) [14] ja SNP esitetty 1000 Genomes tiedot. Mahdollinen siemennestettä mutaatiot sekvensoitiin vastaaviin normaaleihin kudoksiin.

Fylogeneettinen analyysi

päätellä esi suhteita ensisijainen kasvaimia ja etäpesäkkeitä Potilas 3 mutaation profiileja. Naapuri puut muodostettiin, kuten aikaisemmin on kuvattu julkaisussa Kim et al. [8], jossa on joitakin muutoksia. Käytimme phytools [15] laskea naapuri etäisyyksiä ja naapurin algoritmi toteutetaan PHYLIP [16] ohjelmistopaketti päätellä fylogeneettiseen puu.

Tulokset

Katsaus NGS tietojen

Kolme CRC potilasta (P1, P2 ja P3) on mukana tässä tutkimuksessa. Sitten 10 näytettä 3 potilasta sekvensoitiin, joiden mediaani kattavuus 250 lukee. Havaitsimme ~ 8000 somaattisten yhden nukleotidin vaihtelut (SNVs) (4444 ja 8348) ja ~ 850 (457 1154) somaattisten insertiot ja deleetiot (indeleitä) on 10 otetuissa 3 CRC tapauksissa (taulukko 2).

Potilas 1

62-vuotias mies oli diagnosoitu MSS paksusuolen syöpä, jossa on 3,5 cm x 3 cm x 1,2 cm kasvain. Kaksi aluetta (P1-1 ja P1-2) primaarikasvaimen osoitti kohtuullisesti erilaistunut adenokarsinooma, ja patologiset vaiheessa kasvain oli T2N1M0. Potilas ei saanut ennen hoitoa.

nonsynonymous somaattiset pistemutaatioita ja indeleitä jotka johtavat proteiinin muutoksiin on yhteenveto S2 taulukossa. Heidän jakaumat eri alueilla eri puolilla kasvaimen kartoitettiin (kuvio 1A). Vertailun mutaation spektrien välillä ensisijainen alueiden totesimme, että 24% (11/45) mutaatioista olivat ominaisia ​​P1-1, kun taas 13% (6/45) mutaatioista olivat ominaisia ​​P1-2. Loput 63% mutaatiot yhteinen molemmille alueille. Vertaamalla tuloksemme kanssa 127 merkittävästi mutatoituja geenejä tunnistaa Kandoth et al. [17], huomasimme, että P1-1 ja P1-2 sisälsi

APC

(428_429del),

KIT

(A755T),

KMT2C

(R909K, C391X, G315S D348N, P309S, ja .Y816_I817delinsX),

NCOR1

(S63L),

sääntelyviranomaisten

(G12D), ja

PIK3CG

(K344Q) mutaatioita. P1-1 sisälsi seitsemän ylimääräistä mutaatiota, nimittäin

APC

(Q706X),

KMT2D

(3860_3861del),

KMT2C

(S338L, K306fs ja liittämiseen sivusto mutaatio)

BRCA2

(T3030fs), ja

erbB4

liittämiseen mutaatio. P1-2 sisälsi toinen

AR

(57_58del) mutaatio.

Genetic ITH vuonna Potilaan 1. alueellinen jakauma 45 somaattisten varianttien 3 primaarikasvaimen alueet (P1-1 ja P1-2 ); B Geneettinen ITH vuonna Potilaan 2. alueellinen jakauma 33 somaattisten varianttien 3 primaarikasvaimen alueilla (P2-1, P2-2 ja P2-3); C Geneettinen ITH vuonna Potilaan 3. alueellinen jakauma 58 somaattisten varianttien 3 ensisijainen ja 2 metastaattinen alueilla. Lämpö kartta osoittaa läsnäolo (harmaa) tai puuttumisen (tummansininen) mutaation kullakin alueella. Väripalkit yläpuolella lämpökartassa määrittää ne mutaatioista.

Patient 2

60-vuotias nainen oli diagnosoitu MSS paksusuolen syöpä, jossa on 3,8 cm x 3,5 cm x 1,2 cm kasvain. Kolme alueiden (P2-1, P2-2 ja P2-3) primaarikasvaimen näytteillä kohtalaisen eriytetty histologian ja oikealla maksan lohko etäpesäke. Useita imusolmukemetastaaseja (pN2) havaittiin, ja patologiset vaiheessa kasvain oli T2N4M0. Potilas ei saanut esikäsittelyä.

Potilas 2, kohdennettua resequencing DNA: ta kolmen alueen primaarikasvaimen tehtiin. Tämä prosessi paljasti 25 nonsynonymous pistemutaatioita ja 8 indeleitä (S2 taulukko). Jakaumia eri alueilla koko kasvaimen kartoitettiin (kuvio 1 B), kuten on kuvattu Gerlinger et al. [5]. Me erottaa 33 mutaatioita 23 läsnä mutaatioita (jotka esitetään kaikilla alueilla kussakin CRC), 6 yksityinen mutaatioita (ne, jotka on esitetty vain yksi alue), ja loput kutsutaan jaettua mutaatioita. Keskimäärin yksi koepala näytteillä 28 somaattisista mutaatioista, osuus 85% kaikista mutaatioista havaittu tässä kasvain. Mutaatio maisemia eri alueilla ovat hyvin samankaltaisia ​​keskenään.

havaittiin useita merkittävästi muuntunut geenejä, kuten

ATRX

(P571A),

CHEK2

(P358S),

KDM6A

(A1038T),

NCOR1

(N208K, S63L),

KMT2C

(A746S, G892R, P309S, R909K, D348N, ja Y816_I817delinsX), ja

AR

(57_59del), jotka olivat läsnä mutaatioita.

TGFBR2

(E125fs) oli spesifinen P2-1,

SETD2

(I1608V) mutaatio oli spesifinen P2-2,

TP53

(T218P),

KMT2C

(K339N) oli spesifinen P2-3.

APC

(L693fs) ja TP53 (R89W) jakoivat P2-2 ja P2-3.

NCOR1

(K85N) jakoivat P2-2 ja P2-1.

KMT2C

(Q755X) jakavat P2-1 ja P2-3.

Potilas 3

71-vuotias nainen oli diagnosoitu MSS-korkea ja kohtalaisen eriytetty paksusuolen syöpä, jossa on 9 cm x 5 cm x 3 cm primaarikasvaimen ja 1,5 cm x 1 cm x 0,5 cm oikealle maksan lobe etäpesäke. Kolme aluetta (P3-1, P3-2 ja P3-3) ensisijaisen syövän ja kaksi metastasoitunut alueiden resekoitiin, ja patologiset vaiheessa kasvain oli T3N2M2. Potilas sai ole aiempaa hoitoa. Tämän potilaan, kohdennettu resequencing tehtiin DNA: n kolmen alueen (P3-1, P3-2 ja P3-3) primaarikasvaimen ja kaksi metastaattisen alueilla. Prosessi paljasti 47 nonsynonymous pistemutaatioita ja 11 indeleitä (S2 taulukko). Jakaumia eri alueilla koko kasvaimen kartoitettiin (kuvio 1C).

rakennettu fylogeneettisen puun (kuvio 2), joka osoitti haaroittunut, pikemminkin kuin lineaarinen, kasvaimen kehittyminen, edustaa evoluutiohistoriasta CRC. P3-2 mutaatio spektrit olivat lähempänä L1 ja L2, mikä osoittaa, että alkuperä etäispesäkkeitä voitaisiin jäljittää yksi tärkeimmistä sivustoja.

Branch pituudet puussa ovat verrannollisia määrän nonsynonymous mutaatioita vastaava oksat.

kaiken tavoite sekvensointi tunnistaa 45 somaattiset mutaatiot kohti koepala, osuus 78% kaikista mutaatioiden havaittu tässä kasvain. 60% kaikista mutaatioista havaita usean alueen sekvensointi on kolektomian näytteestä olivat läsnä mutaatioita läsnä kaikilla alueilla. Kun olemme analysoineet ensisijainen syöpä, keskimäärin 45 somaattisten mutaatioiden havaittu per koepala, joka vastasi 87% kaikista mutaatioista yksilöityjä kasvain. Sillä metastaasien, yksi koepala paljasti 92% kaikista mutaatioista havaittu tässä kasvain.

merkittävästi mutatoitunut geenit, olemme päättäneet, että

KRAS

(G13D),

PIK3CA

(E545),

TP53

silmukointioperaation sivuston mutaatio,

APC

(E854fs),

KMT2C

(E141G, K339N, P309S, ja Y816_I817delinsX),

SETBP1

(Q1558L), ja

NCOR1

(S63L) olivat läsnä mutaatioita, kun taas

CDKN2A

(D74A),

Smad4

(W168X),

NCOR1

(N208K),

KMT2C

(G315C ja K306fs) ja

INHBA

(V58I) olivat ominaisia ​​ensisijainen syöpään.

PPP2R1A

(E370X),

SETD2

(I1608V),

Smad4

(G382T), ja

AR

liitos mutaatiot olivat ominaisia ​​maksan metastaattinen . Nämä mutaatiot olivat poissa ensisijainen syöpä alueilla.

KRAS

,

TP53

, ja

PIK3CA

mutaatioita, joita on usein käytetty molekyyli biomarkkereita CRC, esitti myös kaikilla alueilla.

etäpesäkekasvainten mutaatioiden

vertaamalla mutaatio maiseman välillä ensisijainen ja metastaattinen alueilla, olemme havainneet, että useat mutaatiot olivat ominaisia ​​metastaattisen alueille. Smad4 on keskeinen muutin transformoivan kasvutekijä-β-superperheen signalointia, joka säätelee solujen lisääntymistä, erilaistumista, ja apoptoosin [18]. Menetys Smad4 korreloi CRC etäpesäkkeitä [19-21]. Samaan aikaan, AR kuuluu perheeseen tumareseptorien, jotka toimivat transkriptiotekijöinä. AR on osoitettu säätelevän solujen vaeltamiseen tukahduttamalla tumatekijä kappa B /matriisi metallopeptidaasi 9 koulutusjakson ja edelleen estämällä maksasyövän etäpesäke [22, 23]. AR silmukointivarianttien tiedetään edistävän kasvaimen etäpesäkkeiden [24].

PPP2R1A

geeni koodaa rakenteellista alayksikön PP2A entsyymi, joka on erittäin konservoitunut seriini /treoniini-fosfataasi, joka palvelee laaja kirjo biologisia rooleja, mukaan lukien negatiivinen asetus signaalitransduktion, solusyklin etenemistä [25] ja geenien ilmentyminen. PPP2R1A helpottaa kasvainsolun-imusuonten endoteelisolujen vuorovaikutusta aikana melanooman solujen etäpesäke [26].

Keskustelu

usean alueen mutaatio maiseman analyysi kolmesta CRC kasvaimet toimitti merkittäviä todisteita ITH, jossa laajuus ITH vaihtelee joukossa kolme tapausta. Potilaalla 1, sekvensoimme kaksi Fyysisesti erillään sivustoja ensisijaisen syöpään. Heidän mutaatiotutkimukset spektri osoitti 63% limityksellä. Vuonna Potilas 2, yksi koepala näytteillä 28 somaattisista mutaatioista keskimäärin osuus 85% kaikista mutaatioista havaittu tässä kasvain. Sitä vastoin potilaan 3, 78% kaikista mutaatioita havaittiin tämän kasvain. Kaikista somaattiset mutaatiot paljasti usean alueen sekvensointi, 30%: sta 40% oli heterogeenisiä ja niitä ei voida havaita joka sekvensoitiin alueella. Kim et ai. [8] todennut, että 46% -80%: n mutaatioista olivat havaittavissa kaikissa alueellisten koepaloja niiden kohortissa. Taso geneettinen ITH heidän näytteissä oli korkeampi kuin meidän. Sekvensointi tulokset ensisijainen syöpien Potilaiden 1 ja 2 olivat keskenään samankaltaisia ​​kuin näytteet edellä mainittu tutkimus. Nämä havainnot merkitsevät sitä, että yksittäinen kasvainbiopsioissa voi tarkasti edustaa kasvaimen genominen mutaatiostatuksesta maisemaan, mikä vaikuttaa merkittävästi täsmähoitoihin.

rakennettu fylogeneettistä puu käyttämällä tietoja Patient 3. puu osoitti, että CRC kehittynyt haarautunut pikemminkin kuin lineaarinen, tavalla. Haarautuneen evoluutiomalli on validoitu monenlaisia ​​syöpiä [27], mukaan lukien CRC [8]. Perinteisesti CRC katsotaan kehittyä lineaarisesti [28]. Viimeaikaiset tutkimukset osoittivat, että molemmat evoluutio malleissa esiintyy CRC [29].

Haaroitettu kasvain kehitys korostaa tarvetta kohdistaa mutaatiot sijaitsevat pääasiassa takakonttiin fylogeneettiseen puu. Olemme todenneet, että

KMT2C

ja

NCOR1

(S63L) mutatoitiin kaikilla alueilla verrattuna merkittävästi mutatoituja geenejä raportoineet Kandoth et al. [17]. KMT2C kuuluu ihmisen trithorax /mixed-linjaa leukemian perhe [30] ja on mukana histonimodifikaation.

KMT2C

on usein muutettu monia syöpätyyppejä, mukaan lukien maksasyöpä [31], ihon okasolusyöpä [32], ja ruokatorven okasolusyöpä [33]. Tutkimuksessamme olemme päättäneet, että jokainen potilas on ainakin seitsemän mutaatioiden

KMT2C

, kliinistä merkitystä, joka jää validoitu. Havaitsimme myös

NCOR1

missensemutaatio. NCOR1 on 270 k tumareseptorin corepressor [34], joka osallistuu ligandista riippuvan transkription repression estrogeenin reseptori-α [35].

KMT2C

ja

NCOR1

voi edustaa kaksi potentiaalista kohdistettavaksi geenien asettaminen heterogeenisyys.

KRAS

,

TP53

, ja

PIK3CA

ovat merkittävästi mutatoitunut geenien CRC [36]. Kuitenkin vain Potilas 3 oli nämä mutaatiot meidän kohortissa. Nämä mutaatiot tunnistettiin kaikilla alueilla on saatu potilaasta ja osoittivat korkeaa vastaavuutta välillä Hyväksytty primaarinen ja metastaattinen CRC. Tämä tulos on yhteneväinen Brannon et al. [37]. Ensisijainen syöpä mutaatio spektri tarkasti edustavat niitä on etäpesäkeleesioita kannalta tällä hetkellä saatavilla ennustetun CRC biomarkkereita.

PPP2R1A

(E370X),

SETD2

(I1608V),

Smad4

(G382T), ja

AR

liitos mutaatiot määritettiin olevan mahdollisia etäpesäkekasvainten-spesifisiä mutaatioita. Oletamme, että nämä mutaatiot voivat ajaa CRC etäpesäke. Koska rajallinen otoskoko, taajuus näiden mutaatioiden CRC etäpesäkkeitä on arvioitava laajemmassa kohortissa. Muita funktionaalisia tutkimuksissa on tarpeen puuttua niiden roolit CRC etäpesäkkeitä.

Perimän analyysi yksinkertaisesta neulabiopsiat voi aliarvioida mutaatiostatuksesta maisemaa heterogeeninen kasvaimia. ITH saattaa osittain selittää huono validointi CRC biomarkkereiden otannasta aiheutuvaa harhaa. Reconstructing kasvain klonaalinen rakennetta ja tunnistaa arjen muutoksia sijoitettu rungon fylogeneettiseen puu voi edistää löytö tehokkaampi biomarkkereiden ja hoitomenetelmät.

Yhteenvetona olemme tunnistaneet merkittävän laajuuden ITH CRC. Yhteydessä tämän ilmiön, olemme päättäneet, että CRC kehittyneet haarautunut tavalla ja useat molekyylitason tapahtumat voivat myötävaikuttaa CRC etenemiseen. Tutkimme vain kolme tapausta, koska taloudellisia rajoitteita. Lisätutkimukset suuret otoskoot olisi suoritettava vahvistamaan näitä havaintoja.

tukeminen Information

S1 Taulukko. OncoGxOneTMPlus Cancer geeni lista.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0152673.s001

(PDF)

S2 Taulukko. Geneettiset muutokset potilasta kohti.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0152673.s002

(XLSX) B