Krooninen sairaus

tiivistelmä

geneettinen taipumus ohjata alttius polygeeninen ominaisuus (QTLs) edistää suuren osan yleisimmistä syövistä. Tutkimukset genetiikan syövän alttiuden, ei kuitenkaan käsitellä järjestelmällisesti suhdetta alttius syövät eri elimissä. Esitämme viisi sarjaa tietoa geneettisestä rakenteesta paksusuolen ja keuhkosyövän alttius hiirillä, ihmisillä ja rotilla. Ne yhdessä osoittavat, että suurin osa geenien paksusuolen ja keuhkosyövän alttius liittyvät pareittain ja ovat todennäköisesti samanlaisia ​​tai vastaavia. Neljä CCS /Dem rekombinantti kongeeniset kantoja, kukin eroaa kannasta BALB /Chea erilaisella pieni satunnainen osajoukon ± 12,5% geenien saatu kannasta STS /A vihjailevalla näyttää joko äärimmäistä alttiutta tai äärimmäisen resistenssin sekä paksusuolen ja keuhkojen kasvaimet, joka on epätodennäköistä, jos kaksi kasvaimia kontrolloitiin riippumattomien altistavia geenejä. Todellakin, herkkyys keuhkosyöpä (

Sluc

) lokusten taustalla äärimmäinen herkkyys tai vastus tällaisten CCS /Dem kantoja, kartoitettu 226 (CCS-10 × CCS-19) F2 hiiriä, kolokalisoituvat alttiuteen paksusuolensyöpä (

Scc

) loci. Analyysi ylimääräisiä

Sluc

loci jotka kartoitettiin vuonna OCB /Dem kantoja ja

Scc

loci CCS /Dem kannoista, vastaavasti, osoittaa niiden laajaa pareittain kolokalisaation (P = 0,0036) . Lopuksi suurin osa ihmisen julkaistun ja rotan paksusuolen syövän alttiusgeenit kartta kromosomaaliseen alueiden homologinen hiiren

Sluc

loci. 12/12 mouse

Scc

loci, 9/11 ihmisen ja 5/7 rotan paksusuolensyöpä alttiuslokukset ovat lähellä

Sluc

locus tai sen homologista päällä, jotka muodostavat 21 klustereita keuhko- ja paksusuolen syöpäalttiutta geenit yksi, kaksi tai kolme lajia. Tuloksemme osoittavat, että syöpä alttius QTLs voi olla paljon laajempi biologisia vaikutuksia kuin nykyisin arvostetaan. Se myös osoittaa voimaa hiiren genetiikan ennustaa ihmisen altistavia geenejä. Vertailu molekyylitason mekanismeja alttiusgeeniyhdistelmiä jotka ovat elinspesifiseen ja ne, joilla trans-elimen vaikutukset voivat tarjota uuden ulottuvuuden ymmärtämisessä yksittäisten syöpäalttiutta.

Citation: Quan L, Stassen APM, Ruivenkamp CAL, van Wezel T , Fijneman RJA, Hutson A, et al. (2011) Eniten Keuhkojen ja paksusuolen syövän alttiusgeenit pareittain Linked hiirissä, ihmisissä ja Rats. PLoS ONE 6 (2): e14727. doi: 10,1371 /journal.pone.0014727

Editor: Joaquín Dopazo, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Espanja

vastaanotettu: 19 maaliskuu 2010; Hyväksytty: 31 tammikuu 2011; Julkaistu: 24 helmikuu 2011

Copyright: © 2011 Quan et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Työ on rahoittanut National Institutes of Health-National Cancer Institute myöntää R01CA116158b, Ralph C. Wilson Sr ja Jr. Medical Foundation, ja institutionaalinen avustusta Roswell Park Cancer Institute Peter Demant. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Syöpä on yksi johtavista syistä sairastuvuutta ja kuolleisuutta maailmanlaajuisesti. Yksittäiset riski satunnaista syövän populaatioissa vaihtelee suuresti ja ohjaa lukuisia alhaisen penetraation alttiusgeenit [1]. Genominlaajuisten yhdistys (GWA) tutkimukset ovat osoittaneet yhteistä variantteja liittyy riski syöpiä paksusuolen [2] – [10], keuhko [11] – [16], rintojen [17] – [23] ja eturauhasen [24] – [30], mutta nämä vaihtoehdot selittävät vain murto-osa väestöstä riski [31], ja niiden elinten spesifisyys on tuntematon. Keuhko- ja paksusuolen syöpä ovat ensimmäinen ja toinen johtavista syistä syövän kuolemaan Yhdysvalloissa, osuus 28% ja 9% syöpäkuolemista vastaavasti [32]. Kirjoittajat raportoivat järjestelmällistä testeille, joihin kolme lajia, jotka paljastavat geneettisen kytkennän ja mahdollinen henkilöllisyyden useimpien alttiusgeeniyhdistelmiä kahden syöpiä.

Analysoimme hiiren paksusuolen ja keuhkosyövän altistavia geenejä käyttämällä yhdistelmä kongeeniset (RC) kannat, jotka lisäävät voima kartoitus vähentämällä geneettinen heterogeenisyys [33]. RC kannat tuotettiin kaksi seuraaville sukupolville takaisinristeytyksessä on ”luovuttaja” emokannan on ”tausta” emokannassa, jonka jälkeen kaksikymmentä sukupolvien veli-sisko pariutumisen satunnaisesti valittujen jalostukseen paria hiirillä. Tämä tuotti joukon noin 20 homotsygoottista RC kantoja. Kukin RC kanta siirretään eri, satunnainen joukko 12,5% of ”luovuttajan” -kannan geenejä ja 87,5% on ”tausta” -kannan geenejä (kuvio 1) [33], [34]. Tällä tavoin määrä eriytyvällä polygeeninen ominaisuus (QTLs) in risteyttämällä RC rasitusta ja sen tausta kanta pienenee huomattavasti ja voima havaita ne kasvoivat [34]. RC kannat myös parantaa QTL kartoitus sijoittamalla kartoitettu loci suhteellisen lyhyitä luovuttajalta kanta johdettuja alueita, jotka voidaan rajata tarkasti. Aiemmin kartoitimme 15

Alttius paksusuolensyöpä

(

Scc

) loci CCS /Dem (CCS) RC kantoja, johdettu ”taustan” -kanta BALB /Chea (BALB /c, kestävä) ja ”luovuttaja” -kanta STS /A (STS, altis) [35] – [39]. Itsenäisesti, kartoitimme 30

Alttius keuhkosyöpä

(

Sluc

) lokusten käyttämällä OCB /Dem (OCB) RC kantoja, johdettu ”taustan” -kanta O20 /A (O20, altis ) ja ”luovuttaja” -kanta B10.O20 /Dem (B10.O20, kestävä) [40] – [42].

Suurin luovuttaja-kanta alueilla CCS RC kantoja, joita käytetään kartta paksusuolen tai keuhkojen kasvain alttiusgeenit näkyvät perustuvat todellisiin genotyyppejä.

Jos huomattava osa syövän alttiusgeeniyhdistelmiä kahden elimet ovat samanlaisia ​​tai geneettisesti liittyvän, huomattava määrä paksusuolen ja keuhkosyövän alttiuslokukset olisivat yhteistyössä -localize samaan kromosomaaliseen paikoissa. Itse asiassa analyysi näistä loci vahvasti siihen, että suurin osa alttiusgeenit keuhkosyövän ja paksusuolen syövän eivät ole geneettisesti riippumattomia vaan ovat pareittain toisiinsa. Lisäksi tämä yhteistyö lokalisointi havaitaan myös välillä hiiren keuhkosyöpään alttiuslokukset ja paksusuolensyöpä alttiuslokukset ihmisen ja rotan. Osoitamme viisi itsenäistä tietomäärien kuten lajien välisiä homologioille jotka yhdessä vahvasti siihen, että suurin osa alttiusgeenit keuhkosyövän ja paksusuolen syövän eivät ole geneettisesti riippumattomia on uskottu, vaan liittyvät pareittain ja todennäköisesti liittyvät toiminnallisesti tai identtisiä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kaikki eläinkokeet hyväksyi ne IACUC valiokunnassa Roswell Park Cancer Institute (luvan numero IACUC M905).

Hiiret

Hiiret pidettiin ilmanvaihto suodattimen häkeissä tiukan valoa pimeän ohjelmalla ja sai happamaksi juomaveden ja standardi laboratorio ruokavalio (LM-485, Harlan Teklad, USA)

halun

. RC kannat ovat sisäsiittoinen ja muoto sarjaa noin 20 kantojen peräisin samasta vanhempien kantoja. Jokainen OCB rekombinantti kongeeniset (RC) kanta on 87,5% genomista peräisin O20 kannasta – ”tausta” kanta, joka on suhteellisen altis ja 12,5% enemmän kuin B10.O20 kannasta – ”luovuttaja” kanta, joka on suhteellisen resistentti keuhkokasvaimia . Jokainen CCS rekombinantti kongeeniset (RC) kanta on 87,5% genomista peräisin BALB /c-kannan – ”tausta” kanta, joka on suhteellisen resistentti ja 12,5% enemmän kuin STS kanta – ”luovuttaja” kanta, joka on suhteellisen altis koolontuumoreissa (kuvio 1) [33], [34].

Lung kasvaimen induktiota, ja analyysi esillä olevassa tutkimuksessa

Lung kasvaimen induktiota hiirissä, on kuvattu aiemmin [40]. Lyhyesti, päivänä 17 tiineyden, raskaana (CCS-10 × CCS-19) F1 naaraiden annettiin vatsaonteloon (ip) injektion 30 mg /kg kehon painoa karsinogeeni N-etyyli-N-nitrosoureaan (ENU) liuennut fosfaattipuskuroituun sitruunahappo (pH 5,8) [40]. Jälkeläinen karsinogeeni ruiskutetaan F1 naaraita siten alttiina ENU istukan. Tämä jälkeläisiä lopetettiin iässä 16 viikkoa ja niiden koko keuhkot poistettiin, kiinnitettiin 10% neutraaliin puskuroituun formaliiniin ja upotettiin histowax. Testaukseen keuhkojen kasvain alttius CCS kantoja, me aiheuttama keuhkotuumoreista CCS-19, CCS-11 CCS-10 ja CCS-20 hiirtä. Olemme myös aiheuttama keuhkotuumoreita risteytyksissä CCS-19, CCS-11, CCS-10 tai CCS-20 naaras hiiriä (BALB /c x FVB) F

1 uroshiirillä (johtuen pieni määrä saatavilla CCS hiirten ). Niveltää testeissä, keuhko- kasvainten indusoitiin 226 F2 intercross hiirille aiheutti välillä CCS-10 ja CCS-19 hiirille.

Sulautettu keuhkot leikattiin puoliksi sarjoittain (5-um: n leikkeitä 100 um välein). Useimmissa tapauksissa saimme 30-35 osia per keuhko. Kaikki leikkeet värjättiin hematoksyliinillä-eosiinilla ja tutkittiin mikroskooppisesti 50X ja 400X suurennoksia. Erottaa yksiselitteisesti yksittäisten kasvainten asemaa kasvain keuhkolohko peräkkäisissä jaksoissa, sen muoto ja koko, sijoitteluun nähden keuhkoputkien ja verisuonten, ja ominaisuudet syöpäsolujen on käytetty. Kasvaimet analysoitu tässä tutkimuksessa edustaa jatkuvaa histologinen kirjon täysin hyvänlaatuinen adenoomia (vähemmistö) ja adenokarsinooman eri asteen etenemisen, jolle on ominaista laajuus epäjärjestyksestä alkuperäisen elimen arkkitehtuurin suuria eroja solujen morfologia, lausutaan ydin- pleomorfisimia, intra- ydinaseiden sytoplasmisen sulkeumia, laaja strooman alueet ja verisuonten rekrytointia. Kun annettiin kehittyä pidempään kuin tässä tutkimuksessa, useimmat kasvaimet muodostavat kehittyneen karsinoomien kanssa invaasio viereisiin keuhkorakkuloihin, ja tunkeutumisen keuhkoputkiin ja verisuonet (julkaisematon observatins). Kasvainten määrä, kasvaimen kokoa ja kuorman pisteytettiin kuten aiemmin on kuvattu [40]. Lyhyesti, kasvaimen koko ilmais- tiin summa mitattuna pinnat (laskettu käyttäen ritilä silmän) on semiserial osissa, joissa kasvain on läsnä, ja se vastasi kasvaimen tilavuus. Kasvaimia, jotka eivät ylitä halkaisija on 300 um tahansa jaksoa ei ole sisällytetty tietoja. Kasvaimen kuormitus laskettiin summana kokoa (volyymit) kaikista kasvaimista hiiren ja se vastasi yhteensä kasvaintaakkaa hiiren.

genotyypin

Yli 90% geneettistä materiaalia ”luovuttaja” kannan RC kanta on keskittynyt 9-13 erillisiä vierekkäisiä kromosomialueita kanssa väli pituus (5-25 cM), jotka sijaitsevat yleensä 7.-11 eri kromosomeihin [34]. Selvitimme kantoja ja pituuden suurin osa avunantajien johdettu kanta kromosomialueita CCS ja OCB RC kantojen 855 ja 716 mikrosatelliittimarkkerin koko genomin, vastaavasti. Tällaisen tiedon perusteella, luovuttajan kanta johdettu alueiden segregoitua 226 (CCS-10 × CcS19) F2 hiiret olivat PCR-genotyyppi [40] käyttäen 23 mikrosatelliittimarkkerin: D1Mit291, D1Mit155, D2Mit99, D2Mit156, D2Nds3, D4Mit53, D4Mit15, D5Mit68 , D6Mit177, D7Mit105, D8Mit17, D8Mit36, D9Mit254, D10Mit28, D10Mit2, D11Mit316, D14Mit11, D15Mit16, D17Mit72, D17Mit123, D18Mit17, D18Mit124, D19Mit6 (https://informatics.jax.org). Jokainen tunnettu eristämällä kromosomaalinen alue edustaa vähintään yksi merkki. Enemmän markkereita on testattu pitemmällä luovuttaja kromosomialueita ja maksimaalinen etäisyys kahden markkereita oli alle 10 cm.

Tilastollinen

a. Linkage ja suunta alleelisten vaikutuksia (CCS-10xCcS-19) F

2 Hiiret.

Aineisto Tämän kokeen toimitettiin PLoS One verkkosivuilla täydentävinä materiaalia (Dataset S1). Kromosomaalinen alueet vaikuttavat kasvaimen kuormitus, koko ja lukumäärä määritettiin varianssianalyysillä (ANOVA), jossa käytetään yksittäisten mikrosatelliittimarkkerin lueteltu ”genotyypitys” yläpuolella. Vaikutukset kunkin merkin, sukupuolen ja vuorovaikutus parien (merkki-merkki ja merkki sukupuolta) vastaavasta fenotyypit testattiin PROC GLM (yleistä lineaarista mallia) menettely SAS 9.1 tilastopaketilla Windows (SAS Institute, Inc. , Cary, NC). Taaksepäin poisteta menettelyä noudatettiin jättää tilastollisesti nonsignificant vaikutukset (

P

0,05). P-arvot merkittäviä vaikutuksia korjattiin sitten useita testejä käyttäen menetelmää Lander ja Kruglyak [43] rakentaa lopulliseen malliin. Kaikki tilastolliset testit olivat kaksipuolisia. Käyttäen vähiten neliön (LS) tarkoitetaan kunkin genotyypin välillä ANOVA määritimme määrää tärkeimmät vaikutukset ja vuorovaikutus, jossa CCS-19 kaltainen genotyypit liittyy alttiuteen tai vastustuskyky verrattuna CCS-10 kaltainen genotyyppi (erot 30%) .

b. Arviointi kasvain alttius mallia RC kannoista.

Colon kasvain numeroita ja keuhkojen kasvain kuormia tai numeroiden verrattiin väliin RC kantojen CCS-10, -11, -19, ja -20 jonka Wilcoxonin (sijoitus summat) kahden otoksen testeissä, joissa käytettiin PROC NPAR1WAY menettely SAS 9.1 tilastopaketilla Windows (SAS Institute, Inc., Cary, NC).

c. Analyysi aiemmin julkaistu Sluc ja Scc loci.

Käytimme julkaistut kartoitus tiedot

Scc

tai

Sluc

loci ilman esivalinta. Olemme tunnistaneet päällekkäisiä STS ja B10.O20 luovuttajalta rasitusta johdettu kromosomialueita, ja määrittää mitkä 14

Scc

(

SCC1

ja

Scc10

pidetään tässä yhtenä lokuksen koska ne ovat alle 1 cm: n välein) ja 30

Sluc

loci kartta tällaisia ​​päällekkäisiä STS-B10.O20 luovuttajalta kannan johdettu kromosomialueita. Käytimme Poisson-jakauman keskiarvon parametri (mScc ja mSluc), joka on yhtä suuri kokonaismäärä havaittu lokusten kunkin jaettuna koko kokonaispituus genomin testattu kyseistä tyyppiä. Todennäköisyys tarkkailla ainakin yhden lokuksen tietyntyyppisen k tietyn alueen koko s on 1-exp (-mk * s). Todennäköisyydet että molemmat

Scc

ja

Sluc

, mikään niistä tai vain

Scc

tai

Sluc

lokuksessa läsnä ovat {1- exp (-mScc * t)} * {(1-exp (-mSluc * t)}, exp (-mScc * t) * exp (-mSluc * s), {1-exp (-mScc * t)} * exp (-mSluc * t), ja exp (-mScc * s) * {1-exp (-mSluc * t)}, vastaavasti, olettaen lokusten kahden jaetaan itsenäisesti yli genomiin. Näitä arvoja verrattiin sitten varsinaisen datan chi-neliö.

d. kolokalisaation ihmisen paksusuolen ja hiiren keuhkojen kasvain alttiusgeenit.

Käytimme julkaistua tietoa ihmisen paksusuolen syövän alttiuslokukset havaittu genomin laaja yhdistys tai sidos tutkimuksia. Ortologiset alueita näiden lokusten hiiren verrattiin tunnettuihin

Sluc

ja

Scc

loci. Me arvioi binomijakauman testin mahdollisuutta todettu määrä ihmisen paksusuolen syöpä alttiuslokukset, jonka ortologiset alueet olivat polymorfinen testatussa hiirillä, sisällä keskimäärin 3,3 cm julkaistun

Sluc

loci.

tulokset

Korreloitu alttius paksusuolen ja keuhkokasvaimia CCS RC kannoissa

ensimmäisessä vaiheessa valitsimme kaksi RC kantoja erittäin herkkä ja kaksi RC kantoja eniten kestävät koolontuumoreissa ja testattu niiden alttiutta keuhkokasvaimia. RC kannat CCS-19 ja CCS-11 ovat erittäin herkkiä ja CCS-10 ja CCS-20 ovat hyvin vastustuskykyisiä koolontuumoreissa (p 0,0001, kuva 2B ylempi) [35], [37] aiheuttama toistuvia injektioita syöpää 1 , 2-dimetyyli-hydratsiinia (DMH) tai azoxymethane (AOM). Me aiheuttama keuhkotuumoreita CCS-19 ja CCS-20 tai CCS-11 ja CCS-10 kahdessa riippumattomassa kokeessa. Havaitsimme, että yhtäpitävä paksusuolen kasvain alttius tai vastus, CCS-19 on erittäin herkkä ENU aiheuttamaa keuhkokasvaimia verrattuna CCS-20 (p 0,0001, Wilcoxonin testi), ja CCS-11 on erittäin herkkä ENU aiheuttamaa keuhkokasvaimia verrattuna CCS-10 (p = 0,0012, Wilcoxonin testi) (kuvio 2B alempi). Äärimmäinen herkkyys tai resistenssi keuhkokasvaimia havaittu CCS kantoja, yhtäpitävät paksusuolen kasvain alttius, on tukenut tuloksia risteyttämällä CCS-19, CCS-11 CCS-10 ja CCS-20 kanssa (BALB /c x FVB ) F

1 hiiret (testattu johtuen pieni määrä saatavilla CCS hiiret) (Kuva S1, taulukko S1). Hiiret näistä ristit kuljettaa kussakin lokuksessa yhden alleelin asiaa RC rasitusta ja osoittivat samanlaisia ​​alttius kuviota homotsygoottinen CCS hiirillä. Nämä tiedot viittaavat siihen, että pienet osajoukot 12,5% STS geenien sai näistä RC kannat sisältävät joko pääasiallisesti herkkiä (CCS-11, CCS-19), tai pääasiallisesti resistenttejä (CCS-10, CCS-20) alleeleissa eniten paksusuoli (

Scc

) ja keuhkosyöpä (

Sluc

) geenejä, mikä viittaa niiden pareittain sidos tai identiteetin (kuvio 2A ylempi). Muuten, nämä RC kannat olisivat erittäin herkkiä tai erittäin vastustuskykyinen yhdelle kasvaimen tyyppi, mutta ei todennäköisesti muita (kuvio 2A alempi).

. Odotettu alttius paksusuolen ja keuhkokasvaimia eri hypoteeseja. Lihavien alttius tai vastustuskykyä paksusuolen ja keuhkokasvaimia odotetaan, kun suurin osa altistavia geenejä kahden syöpien liittyvät läheisesti toisiinsa tai identtisiä (ylempi paneeli); mutta ei silloin kun alttiusgeenit kahden syövät ovat toisistaan ​​riippumattomia (alempi paneeli). B. Havaittu alttius paksusuolen ja keuhkojen kasvaimien CCS RC-kannat äärimmäisen herkkyys fenotyyppiin. Jokainen piste edustaa hiiri. Mean kasvain määrä kutakin kantaa on merkitty. Ylempi paneeli: paksusuolen kasvain numerot CCS-19, CCS-11 CCS-10 ja CCS-20 hiirtä. Colon kasvain määrä on suoraan verrannollinen paksusuolen kasvain kuormitus, koska meidän kokeita paksusuolen kasvainten kokoa ei ollut merkittäviä eroja CCS kantojen [35]. Alempi paneeli: keuhkojen kasvain kuormia CCS-19, CCS-11 CCS-10 ja CCS-20 hiirtä. Sama äärimmäinen herkkyys tai resistenssi keuhkokasvaimia havaittu tässä on myös nähty hybridi hiirillä välillä CCS ja (BALB /c x FVB) F1-hiirten (kuvio S1, taulukko S1).

Scc-Sluc sidoksen (CCS-10 × CcS19) F2 hybridit

Valaistaan ​​yhtäpitävän äärimmäinen herkkyys CCS-19 ja vastus CCS-10 hiirillä sekä paksusuolen ja keuhkojen kasvaimet, kartoitimme

Sluc

loci in ENU saaneilla intercross (CCS-10 × CCS-19) F

2 hiirtä. Vertasimme sijainnit näistä

Sluc

lokusten sijainnit

Scc

loci aiemmin havaittu CCS kantoja.

kartoitus Sluc loci.

Olemme havainneet 1191 keuhkotuumoreista 226 (CCS-10 × CCS-19) F

2 hiirtä. 21 STS-johdettu alueiden erottelevat rajat (noin 23,5% genomin) määriteltiin CCS kantoja käyttäen 855 mikrosatelliittimarkkerin (tuloksia ei ole esitetty) ja skannata F2 hybridit 23 mikrosatelliittimarkkerin välein keskimäärin 10cm toisistaan. Mapping tiedot kaikista merkittävistä sidosten on kuviossa 3, kuten p-arvot korjattiin genominlaajuisten testaus [43] ja vähiten neliön avulla alttius fenotyypit kunkin lokuksen. Havaitsimme 15

Sluc

loci jotka vaikuttavat kasvaimen kokoa, kuormitus ja numero (kuvio 3A B, taulukko S2). Kahdeksan näistä lokuksista oli yksittäisiä vaikutuksia (kuvio 3A) ja seitsemän lokusten havaittiin vain inter-lokuksen vuorovaikutusta. Löysimme 17 pareittain inter-lokuksen vuorovaikutukset (kuvio 3B), jossa vaikutus yhden

Sluc

lokus riippuu genotyyppi toisen vuorovaikutuksessa

Sluc

lokus [40], [ ,,,0],42]. Viisi näistä 15

Sluc

loci ovat uusia loci:

Sluc31

–

Sluc35,

liittyy D2Mit99, D17Mit72, D5Mit68, D15Mit16 ja D19Mit6, vastaavasti (kuvio 3A B , Taulukko S2). Toinen 10

Sluc

loci ovat hyvin lähellä (0-1,5 cm viisi loci) tai suhteellisen lähellä (6-12 cM, viisi loci) ja kannat aiemmin julkaistu

Sluc

tai

Pas

loci (taulukko S2), joten emme voi sulkea pois, että ne ovat päällekkäisiä löydöistä sijasta uusia loci eikä niille annettiin uusi symbolia.

Kahdeksan tärkeimmät vaikutukset (A) ja 17 vuorovaikutukset (B) ei havaittu. Mikrosatelliittimerkki markkereita Vivustoasennus on lueteltu alla jokainen lokuksessa. Merkkiaineiden vaaleanpunainen edustavat luovuttajan geenivirhe CCS-10 ja merkit vihreällä edustavat luovuttaja alueet CCS-19. Tiedot esitetään prosentteina poikkeamat avulla kasvain kuorman, määrä ja koko kunkin genotyypin tai genotyypin yhdistelmän mukaan (vuorovaikutukset) vastaavaa loci in nainen, mies tai molempia sukupuolia (kaikki), vastaavasti oikaistu jäljellä merkkiaineiden mallin (pienimmän neliösumman tarkoittaa päässä ANOVA output). Väline (± SEM) kasvaimen numeron koko rajat ovat: naaraita, 4,78 (± 0,37); urokset, 4,18 (± 0,29); kaikki hiiret, 4,48 (± 0,24). Väline (± SEM) kasvaimen koon hiirtä kohti (mm

3) ovat: naaraita, 2,05 (± 0,25); urokset, 2,26 (± 0,28); kaikki hiiret 2,15 (± 0,19). Väline (± SEM) kasvaimen kuorman hiirtä kohti (mm

3) ovat: naaraita, 10,57 (± 1,60); urokset, 10,04 (± 1,30); kaikki hiiret, 10,30 (± 1,03). † Loci A ja B ovat vuorovaikutuksessa; s /s, homotsygoottinen STS; k /k homotsygoottinen BALB /c; S /C heterotsygoottinen; C. Esimerkkejä on esitetty, että STS alleelien

Sluc

loci ovat alttiita, kun ne periytyvät CCS-19 vanhempien hiirien (

Sluc5

) ja kestävä, kun ne periytyvät CCS -10 vanhempien hiirien (

Pas9

). D. Esimerkki on osoittanut, että vuorovaikutukset, genotyyppitietojen yhdistelmiä, jotka ovat samankaltaisia ​​kuin CCS-19 vanhempien hiirien (CCS-19-like) ovat alttiita verrattuna genotyypin yhdistelmiä, jotka ovat samankaltaisia ​​kuin CCS-10 vanhempien hiirien (CCS-10 -pitää). Esimerkissä yksi vuorovaikutuksessa loci

Pas9

periytyy CCS-10 ja toinen lokus

Sluc4

periytyy CCS-19.

Effects alleelien näiden lokusten tukevat oletusta, että ne ovat vastuussa suuren herkkyyden ja kestävyys, vastaavasti, CCS-19 ja CCS-10, koska muutamaa poikkeusta lukuun ottamatta alleeli saatu CCS-19 antaa korkeamman alttius kuin maasta CcS- 10 (kuvio 3C). Samoin yhdistelmä alleelien vuorovaikutuksessa paria

Sluc

lokuksen, joka on läsnä CCS-19 on herkempi kuin läsnä CCS-10 (kuvio 3D).

Scc-Sluc co -localization.

Vertasimme kartta sijainti 15

Sluc

lokuksen havaittiin (CCS-10 × CCS-19) F

2 hybridejä sijainti

Scc

loci havaittu aiemmin risteyttämällä CCS kannat -3, -5, -11, -19, jossa BALB /c (taulukko S3) [36], [38], [39]. Seitsemän 15

Sluc

loci, jotka liittyvät D1Mit291, D2Mit99, D8Mit17, D10Mit28, D11Mit316, D17Mit72 ja D18Mit17, kartoitettu alueille, jotka on aikaisemmin testattu paksusuolen syövän alttiuden. Poikkeuksetta he kaikki yhteistyössä paikallistaa

Scc

loci ja muodostivat liittyy parien

Scc3 Twitter /

Sluc5

,

SCC1 Twitter /

Sluc31 , Scc8 Twitter /

Sluc20

,

Scc14 Twitter /

Sluc29

,

Scc15 Twitter /

Sluc4, Scc4 Twitter /

Sluc32

ja

Scc5 Twitter /

Sluc14

(kuvio 4, taulukko S2). Viisi näistä

Sluc

loci kartoitettu alle 1 cm päässä pariksi

Scc

lokuksen; yksi lokuksen 2 cm: n ja yhden 5 cm. Muut kahdeksan havaittuja

Sluc

lokuksen sijaitsevat alueilla, joita ei vielä ole testattu paksusuolen kasvain alttius RC kantoja ja saattaa pariutumaan ei tiedetä

Scc

loci. Nämä tiedot osoittavat, että

Scc

ja

Sluc

loci pohjana yhtäpitävän äärimmäinen herkkyys tai resistenssi paksusuolen ja keuhkojen kasvaimet ja ovat parien kannalta klusteroitu.

Seitsemän

Sluc

lokusten kromosomaaliseen alueilla, jotka on testattu paksusuolen syövän alttiuden aiemmin on esitetty. Kaikki seitsemän

Sluc

loci kolokalisoituvat kanssa

Scc

loci. Merkkiaineet Vivustoasennus on korostettu oranssin ja vastaava

Sluc

lokuksen luetellaan. Muita markkereita testattu samalla luovuttaja kromosomialueita, jotka eivät näytä sidos voi auttaa rajoittamaan ehdokas alueet ja ne on merkitty harmaalla värillä. Aikaisemmin havaittu

Scc

lokuksen on korostettu sinisellä. Yksityiskohtaiset tiedot kunkin lokuksen on lueteltu Suppl. Taulukko 2 ja Suppl. Taulukko 3.

Scc-Sluc sidos itsenäisessä kannoissa

Me tehdään analyysi kartan paikoista

Scc

loci ja

Sluc

loci että aiemmin kartoitettu kaksi täysin toisistaan ​​riippumatonta, joissa käytetään ristejä neljän CCS kantojen kartoittaa

Scc

geenejä [36], [38], [39] ja viisi OCB kantoja kartoittaa

Sluc

geenit [40] – [42], vastaavasti (taulukko S3). Luovuttajan kanta kromosomialueiden CCS testatut kannat paksusuolen kasvaimen herkkyys käsitti yhteensä noin 40-50%: n genomin, joka on samanlainen kuin kokonaisosuus genomin OCB testatut kannat keuhkojen kasvain alttius. The ’päällekkäisyys ”alueet seulottiin sekä keuhko- ja paksusuolen kasvain alttius voidaan käyttää arvioimaan mahdollisia kolokalisaation

Scc

ja

Sluc

geenejä, kun taas ei-päällekkäisiä alueille olivat tutkittu vain yhden kasvaimen tyyppi ja näin ollen eivät ole informatiivisia (kuvio 5A). Havaitsimme 23 ’päällekkäisyydet’ kromosomialueita, joiden yhteenlaskettu pituus on 430 cm: n ( ”päällekkäisyys” taulukossa 1), joka sisältää 9

Scc

loci ja 14

Sluc

loci (taulukko 1). Huomasimme, että ”yhtäpitäviä” päällekkäisiä ”alueet”, jotka sisältävät joko molemmat

Scc

ja

Sluc

lokuksen (n = 9) tai ei mitään niistä (n = 11) enemmän kuin huomattavasti ” ristiriitainen ”päällekkäisyys” alueet ”, jotka sisältävät joko vain

Scc

(n = 0) tai vain

Sluc

lokuksen (n = 3) (taulukko 1). Nämä havaitut taajuudet ovat merkittävästi erilaisia ​​kuin Esiintymistiheyksien olettaen riippumaton jakelu

Scc

–

Sluc

loci laskettuna Poisson-jakauma perustuu pituuden päällekkäisyys alueiden (P = 0,0036, muokattu 2 × 2 testi-materiaalit ja menetelmät). Nämä tiedot osoittavat, että geneettisen sukulaisuuden välisiä lukuisia paksusuolen ja keuhkosyövän alttius geenejä, jotka me havaittu CCS RC kannat todennäköisesti yhteinen muiden hiirikantojen samoin. Itse asiassa p-arvo 0,0036 todennäköisesti aliarvioi todellisen merkityksen kolokalisaation, koska yhdeksän päällekkäisiä alueita, jotka sisältävät sekä

Scc

lokuksen ja

Sluc

lokuksen, etäisyydet markkerit nämä lokukset ovat noin 75% lyhyempi kuin pituus päällekkäisyys alueiden (johtaa taulukosta 1, kuvio 5B).

. Kaaviokuva päällekkäisten luovuttajan kromosomialueita välillä CCS ja OCB RC kannat (alueet testattu sekä paksusuolen ja keuhkosyövän alttiuslokukset). Tällaiset alueet ovat informatiivisia ja käytimme niitä testata

Sluc

ja

Scc

lokuksen ovat useammin sijaitsevat samassa luovuttajan kromosomialueeseen. Osa kromosomi on esitetty esimerkkinä. B. Usein kolokalisaation välillä

Sluc

ja

Scc

loci tunnistettu itsenäisesti OCB ja CCS RC kannoista, vastaavasti (katso myös taulukko 1 tarkemmat sijainnit). * Karttapaikkoja näistä

Sluc

loci eroavat hieman sijainnit saman loci on esitetty kuviossa 4, koska ne kartoitetaan eri RC-kantojen eri mikrosatelliittimarkkerin.

useat laboratoriot suorittaa tuottavaa etsii paksusuolen [44] – [46] ja keuhko [47] – [52] syöpään altistavia geenejä. Emme kuitenkaan voi sisällyttää näitä julkaista syöpäalttiutta-loki esillä analysoi koska ehdokas alueilla useimmat niistä ei voida määritellä niin tarkasti kuin luovuttaja-kannan alueilla RC kannoissa, niin laajuuden päällekkäisyyksiä ei voida arvioida tilastollisesti. Myös havaitseminen kolokalisaation riippuu voima kartoitus testi, joka on vähemmän koko genomin ristejä kuin RC ylittää [34]. Kuitenkin nämä tiedot osoittivat, että paksusuolen syövän alttiuden lokuksen

Ccs1

havaittu ICR x C57BL /6 takaisinristeytysanalyysillä [44], kartoittaa vain 1 cm keuhkosyöpä vastuksen lokuksen

Par3

havaittu SMXA × backcrosses [50] hiiren kromosomissa 12.

hiiri Sluc loci kolokalisoituvat hiiren ortologeja ihmisen ja rotan paksusuolensyöpä alttiuslokukset

Co-lokalisointi paksusuolen ja keuhkosyövän alttius geenien hiiri viittaa siihen, että monet niistä saattavat liittyä tai identtisiä. Siksi tutkittiin mahdollisia yhtäläisyyksiä tämän havainnon ihmisillä ja rotilla (kuvio 6A).

. Kaaviokuva osasta genomin käytetään kolokalisaation analyysit.

Sluc

loci analysoitiin tässä mukana myös 2

Sluc

loci tunnistettu (CcS10 XCcS19) F2 hiiret ja 1

CCS

lokus [44] ja 1

Par

lokus [50] tunnistetaan muu ryhmä. B. lajien välinen korrelaatio paksusuolen ja keuhkosyövän alttiuslokukset. Tämä luku on yhteenveto kaikista 21 klustereita paksusuolen ja keuhkosyövän alttiuslokukset kartoitettu hiiren RC kantoja (oranssi keuhko-, sininen paksusuolen), ihmisen paksusuolen (vihreä) ja rotan paksusuolessa (violetti). Klustereita, joissa keuhkojen ja paksusuolen syövän loci kartoitettu sisällä 2.5cm toisistaan ​​on korostettu neliöt. Useimmat paksusuolen ja keuhkosyövän alttiuslokukset co-paikantuvat, lukuun ottamatta ihmisen 15q13 ja 20p12.3 (paksusuolen), ja rotan

rCcr6

ja

rCcr8

(kaksoispiste). Ortologiset alueet ihmisen 18q21, 11q23 (paksusuoli) ja 5p15, 6p21 ja 15q25 (keuhko), ja rotta

rCcr1

,

rCcr4

ja

rCcr9

(paksusuolen) eivät ole informatiivinen koska niitä ei testattu keuhko- tai paksusuolensyöpä alttius hiiren RC kantoja. †

Pas1c

on havaittu myös meidän (CCS-10 × CCS-19) F2 ristiin D6Mit177. Ihmisen paksusuolen syöpä lokuksen 3q21-q24 on kartoitetaan 18MB alueelle ja ortologiset kahteen hiirikromosomisisällöistä alueet: Chr.6 (

Pas1c

) ja Chr.9 (

Sluc11

), tässä järjestyksessä. †† Kaksi ihmisen paksusuolen syöpä alttiuslokukset kolokalisoituvat kanssa

Sluc

lokuksessa.

Ihmisen paksusuolen syövän alttiuslokukset.

Genome-laajuinen yhdistys ja sidos tutkimukset ihmisissä havaittujen 13 alttiuslokukset peräsuolen syövän ja neljä keuhkosyöpään [2] – [10]. Ortologiset alueet 11 ulos 13 ihmisen paksusuolen syöpä alttiuslokukset on polymorfisia on OCB tai CCS kantoja, jotka testattiin keuhkojen kasvain alttius. Yllättäen yhdeksän näistä 11 alueet ovat lähellä aiemmin havaittujen

Sluc

loci (kuvio 6B). Kuusi ovat hyvin lähellä (0-2,5 cm): 8q24 /

Sluc25

, 9q22.2-31.2 /

Sluc23

, 10p14 /

Sluc16

, 3q21-24 /

Pas1c

-D6mit177 (tai

Sluc11

), 14q22.2 /

Sluc13

ja 6q23-25 ​​(sekä paksusuolen ja keuhkojen) /

Scc14 /Sluc29

[2], [3], [5], [6], [8], [10], [11], [39], [42], [51]; Kolme ovat suhteellisen lähellä (5-7cM): 8q23.3 /

Sluc25

, 16q22.1 /

Sluc9

ja 19q13.1 /

Sluc30

[8], [ ,,,0],10], [42]. Ei

Sluc

lokuksen havaittiin lähellä ortologeja 15q13 tai 20p12.3 [7], [8]. Se seikka, että yhdeksän 11 ​​ihmisen paksusuolen syövän alttiuden loci, jonka ortologeja on testattu hiiren RC kantoja, kartta keskimäärin 3,3 cm: n etäisyydellä

Sluc

lokuksen, viittaa siihen, että keuhkosyövän ja paksusuolen syövän alttiuden loci ovat myös merkittävästi ryhmittyneet ihmisillä (

P

= 0,0015, binomijakauma testi).