Krooninen sairaus

tiivistelmä

Tarkoitus

miRNA voi säädellä biologisten prosessien, kuten erilaistumista, lisääntymistä ja apoptoosia. Dicer ja DROSHA kaksi jäsentä RNaasi III perhe, pelaa keskeinen rooli polulla miRNA biogeneesin. Tässä tutkimuksessa olemme arveltu, että geneettinen muunnelmia Dicer ja DROSHA geenit liittyivät virtsarakon syövän riskiä.

Experimental Suunnittelu

Teimme tapauskontrollitutkimuksessa 685 virtsarakon syöpätapauksista ja 730 säätimet tutkimaan assosiaatiota seitsemän toiminnallista SNP

Dicer

ja

DROSHA

geenien ja virtsarakon syövän riskiä. Sitten arvioitiin toimivuutta tärkeitä SNP: iden.

Tulokset

Huomasimme, että rs10719T C polymorfismin sijaitsee 3′-alue (UTR) ja

DROSHA

geeni oli liittynyt kanssa lisääntynyt riski virtsarakon syöpään. Kerrostunut analyysi ehdotti, että rs10719TC /CC genotyyppi voi lisätä riskiä virtsarakon syöpä miehillä (säätää tai = 1,34, 95% CI = 1,05-1,70,

P

= 0,018), ja yhä tupakoitsijoita (1,56, 1.14- 2,14, 0,006), verrattuna TT genotyyppi. Lisäksi

DROSHA

rs10719T C polymorfismin ennustettiin säädellä sitoutumisaktiivisuutta HSA-miR-27a /b. Lusiferaasireportteriplasmidin geenin määritys vahvisti, että rs10719 T G vaihdon häiritsi sitoutumiskohta HSA-miR-27b, tuloksena lisääntynyt tasot DROSHA proteiinia.

Päätelmät

Yhdessä nämä havainnot ehdottivat, että

DROSHA

rs10719T C polymorfismi voi liittyä virtsarakon syövän riskiä kiinalaisessa väestöstä, ja HSA-miR-27b voi vaikuttaa ilmentämiseen DROSHA proteiinin sitoutumisen kanssa 3’UTR.

Johdanto-osan : Yuan L, Chu H, Wang M, Gu X, Shi D, Ma L, et al. (2013) Genetic Vaihtelu

DROSHA

3’UTR säätelemä HSA-miR-27b liittyy virtsarakon syövän riski. PLoS ONE 8 (11): e81524. doi: 10,1371 /journal.pone.0081524

Editor: Brock C. Christensen, Geisel School of Medicine Dartmouth, Yhdysvallat

vastaanotettu: 03 kesäkuu 2013; Hyväksytty: 14 lokakuu 2013; Julkaistu: 28 marraskuu 2013

Copyright: © 2013 Yuan et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus osittain tuettu National Natural Science Foundation of China (81230068, 30901166, 81202268 ja 81102089), Natural Science Foundation of Jiangsun maakunnassa (BK2011773 ja BK2011775), Key Program for Basic Research Jiangsu Provincial Department of Education (11KJB330002, ja 12KJA330002) Jiangsu Provincial Six Talent Peaks Project (2012-SWYY-028), Specialized Research Fund tohtorikoulutuskeskukseen of Higher Education (20123234110001), Jiangsun maakunnan Valmistuneet Innovative Project (CXZZ12_0594), Qing-Lan Project Jiangsu Provincial Department of Education, ja Priority Academic ohjelmasuunnitteluosastolle Jiangsun korkeakouluista (terveys- ja ehkäisevän lääketieteen). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Virtsarakon syöpä vastaa noin 2% kaikista ihmisen maligniteettien oli arviolta 72570 uutta tapausta ja 15210 kuolemantapausta Yhdysvalloissa vuonna 2013 yksin [1]. Kiinassa yleinen rekisteröity virtsarakon syövän ilmaantuvuus oli 7,49 /100000 vuonna 2008, ja ilmaantuvuus virtsarakon syövän nousi aikana 1998-2008 (keskimääräinen kasvuvauhti vuodessa, 4,60%) [2]. Yli 90%: n virtsarakon syöpä on siirtymäkauden cell carcinoma. Ilmaantuvuus virtsarakon syöpä on yleensä korkea Yhdysvalloissa ja Euroopassa, mutta alhainen Aasiassa. Kuten muutkin yleisten syöpien, virtsarakon syöpä on monimutkainen sairaus aiheuttama geneettisiä tai ympäristöstä riskitekijöitä. Savukkeet tupakointi, työperäinen ja ympäristön altistuminen on vakiintunut tunnettuja riskitekijöitä virtsarakon syövän [3]. On raportoitu, että FGFR3 mutaatio liittyi matalan virtsarakon kasvaimen ja vaihe, ja mutaatioista TP53 ja FGFR3 osoittivat käänteinen suhde [4-6]. Viime aikoina useat genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS), jossa toistot ovat tunnistaneet, että yhteinen geneettinen vaihtelut liittyvät alttiuteen virtsarakon syöpään [7-11]. Tang et al. havaitsi, että harvinainen koodaus variantti

UGT1A

lokuksen (GWAS liittyvä) voivat vaikuttaa

UGT1A

mRNA ilmaisun ja pienentää riskiä virtsarakon syöpään [12], kuitenkin tarkkaa mekanismia virtsarakon syöpä ei selkeytettävä.

MikroRNA (miRNA) ovat luokan pieniä ei-koodaavan RNA-molekyylejä ~ 22 nukleotidin, jotka säätelevät geenin ilmentymistä at transkription jälkeisellä tasolla sitomalla 3’alue (UTR ) kohdegeenien mRNA [13]. miRNA syntyy kahden portaittain prosessointireitille välittävät kaksi suurta entsyymien (Dicer ja DROSHA): Kun ydin, pidempi esiasteet jalostetaan ensisijaisesti RNA: t (PRI-miRNA): ta RNaasi II ja sitten pri-miRNA käsittelyyn käytetään RNase entsyymi (DROSHA) osaksi esiasteita (pre-miRNA), jossa on varsi-silmukka rakenne [14,15]. Ennalta miRNA viedään tumasta sytoplasmaan jonka exportin-5-proteiinia. Sytoplasmaan, esi-miRNA jalostetaan kypsä miRNA toisen RNaasi-entsyymin (Dicer). Kypsä miRNA rooleja sisällyttämällä RNA aiheuttama hiljentäminen kompleksi (RISC) [16]. On ehdotettu, että miRNA ennustetaan säädellä 30% ihmisen geenien [17]. Viime aikoina useat tutkimukset osoittivat, että miRNA voisi toimia onkogeenien ja tuumorisuppressoreita kohdentamalla 3’UTR tärkeitä geenejä [18,19] ja geneettiset variantit 3’UTR miRNA kohdegeenien vaikuttaisi miRNA-välitteinen geenisäätelyn lopulta tuloksena lisääntynyt syöpäriski [19,20]. On syytä huomata, että Dicer ja DROSHA pelata ratkaiseva rooli syövän synnyssä. Kertyneet todisteita ovat osoittaneet, että epätasapaino

Dicer

ja

DROSHA

ilmaisu arvot liittyvät virtsarakon syöpäriskiä [21-23]. Äskettäin Han ja hänen kollegansa totesi myös, että

Dicer

ja

DROSHA

ilmentymistasot säädellään ylöspäin virtsarakon syöpä kudoksiin verrattuna vastaaviin normaaleihin virtsarakon kudoksissa, ja hiljentäminen Dicer tai DROSHA voi estää solun lisääntymistä ja indusoi solujen apoptoosia [24]. Täällä, ehdotamme, että se on perusteltua tutkia rooleja

Dicer

ja

DROSHA

vuonna alttius virtsarakon syöpään.

Tähän mennessä useat tutkimukset ovat tutkineet yhdistyksen välistä geneettistä vaihtelua on

Dicer

ja

DROSHA

geenejä ja sairastumisriskiä. Lin et ai. raportoitu, että

Dicer

ja

DROSHA

haplotypes liittyivät muuttuneita selviytymisen ja toistumisen munuaissyövän potilas valkoihoisilla [25]. Kuitenkin geneettistä vaihtelua on

Dicer

ja

DROSHA

eivät liittyneet kehittämiseen munuaissyövän [26]. Lisäksi Yang et ai. Lisäksi havaittiin samanlainen tulos virtsarakon syöpä valkoihoisilla [27]. Äskettäin Qin et ai. osoitti, että

Dicer

ja

DROSHA

polymorfismien saattaa muuttaa riskiä epänormaali siemenneste parametrien ja liittyä Kiinan miesten hedelmättömyys [28]. Yhdessä me arveltu, että geneettistä vaihtelua on

Dicer

ja

DROSHA

myös liittyä alttius virtsarakon syövän Kiinan väestön.

perusteella tämän olettamukselle, valitsimme seitsemän polymorfismia

Dicer

(rs12323635CT, rs13078TA, rs1057035TC, ja rs3742330AG) ja

DROSHA

(rs2291109AT, rs10719TC, ja rs642321CT) arvioida yhdistyksen välisen geneettisen variantteja

Dicer

ja

DROSHA

geenejä ja riski virtsarakon syöpään. Tässä tutkimuksessa havaitsimme, että

DROSHA

3’UTR polymorfismi rs10719TC voi lisätä riskiä virtsarakon syövän Kiinan väestön, joka sijaitsi lähellä miRNA sitoutumiskohtaan. Lisäksi teimme useita funktionaalisia määrityksiä

DROSHA

3’UTR polymorfismien paljastaa sen molekyylitason mekanismi.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkittavat

Tässä tutkimuksessa olemme mukana 685 histopatologisesti vahvisti transitionaalista rakkosolukarsinoomaa ja 730 syöpää vapaa valvontaa. Mukana Tutkimushenkilöt rekrytoitiin First Affiliated sairaala ja Huai-An Affiliated sairaala Nanjing Medical University, ja Jiangsu sairaalan perinteisen kiinalaisen lääketieteen (TCM) tammikuusta 2003 tammikuussa 2010. Yksityiskohtainen menetelmä rekrytointi koehenkilöistä tutkimukseen oli on kuvattu aiemmin [29]. Patologinen diagnoosi virtsarakkokasvain vaihe mukaan vuoden 2002 International Union syöpää kasvain-solmut-etäpesäkkeitä Classic fi ointi ja Maailman terveysjärjestö 1973 arvosteluun urothelial papilloomavirus käytettiin määrittelemään virtsarakon syöpä arvosana: hyvin eriytetty (luokka 1, G1), kohtalaisen eriytetty (luokka 2, G2) tai huonosti eriytetty (luokka 3, G3). Virtsarakon syöpä potilaita ei, jos mikä oli edellisen syöpä, metastasized syöpä muista alkuperää, edellinen sädehoitoa tai kemoterapiaa. Syöpä-vapaa aiheita rekrytoitiin jotka etsivät terveydenhuoltoa poliklinikoilla sairaalassa. Syöpä-vapaa verrokit sovitettu iän (± 5 vuotta) ja sukupuoli tapauksiin, jotka olivat geneettisesti liity tapauksiin ja ei ollut yksilöllinen syöpä mukaan lukien melanooma ihosyöpä. Syöpä-vapaa potilaasta, joilla oli viittaavia oireita virtsarakon syövän, kuten hematuria, jätettiin pois. Käytimme lyhyen kyselyn saadakseen demografinen ja riskitekijä tiedot sisältyvät aiheista. Tässä tutkimuksessa määrittelimme koskaan tupakoitsijoita (entiset ja nykyiset tupakoitsijat), joka perustuu tupakoinnin kunnossa. Koehenkilöt, jotka savustettu päivittäin 1 vuosi määriteltiin koskaan tupakoitsijoita. Koskaan tupakoija lopetti tupakoinnin varten 1 vuosi määriteltiin entiset tupakoitsijat ja muut kuin tupakoijilla. Tämä tapauskontrollitutkimuksessa hyväksyi Institutional Review Board of Nanjingin Medical University. Kaikki henkilöt allekirjoittivat tietoon perustuva suostumus, ja jokainen aihe lahjoitti 5 ml verinäyte genomista DNA: n eristämiseksi.

SNP valinnassa ja genotyypin

Tässä tutkimuksessa tutkimme geneettistä vaihtelua on

Dicer

ja

DROSHA

geenejä, jotka pelata tärkeitä rooleja miRNA biogeneesissä. Täällä keskityimme tutkimalla yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) ulottuu näiden kahden geenin (HapMap Data Release 27), mukaan lukien 2 kb ylävirtaan ja 2 kb alavirtaan käyttäen Haploview ohjelmistoa [30]. Seuraavia kriteereitä olisi sisällytettävä: (i) SNP: t tulisi sijaita 5 ’reunustavan alueen, 5’ UTR, 3’UTR, ja kooodausalueen aminohapon muutoksia, (ii) pienet alleelin taajuus (MMM) 5% han-kiinalaisten Pekingissä (CHB). Kriteerien mukaan, neljän SNP havaittiin

Dicer

(rs12323635, rs13078, rs1057035, ja rs3742330) ja kolme SNP

DROSHA

(rs2291109, rs10719, ja rs642321).

Genominen DNA uutettiin periferaalisen veren lymfosyyttejä aihe. Mukana seitsemän SNP genotyypattiin kaikkiaan 1415 koehenkilöillä takauskeskuksen TaqMan koetin Pitoisuus (7900HT Real Time PCR System, Applied Biosystems, Foster City, USA). Noin 10% näytteistä valittiin satunnaisesti toistuvaa genotyypityksen validointiin, ja tulokset olivat 100% yhtäpitävät. Genotyypin analyysi tehtiin kaksi henkilöä itsenäisesti sokkona ja kontrollia sisällytettiin kuhunkin levyyn tarkkuuden varmistamiseksi genotyyppausvaiheen. Kuitenkin useita näytteitä epäonnistunut genotyypitys johtui DNA laatua, ja olisimme sulkea ne lisäanalyysejä. Taulukko 1 mikäli ensisijainen tiedot valitun seitsemän SNP.

Gene (tulonumero.) Ja lokuksen

NCBI rs no.

Kanta

Paikka

Base muutos

MAF

P

varten HWE

c

genotyypin korko (%)

HapMap

b

Case

Controls

Dicer

(NM_030621) 14q31rs1232363595625711promoterC T0.3330.3760.3780.06798.2rs13078955567473’UTRT A0.0560.0570.0610.13199.1rs1057035955541423’UTRT C0.1110.1120.1100.741100.0rs3742330955533623’UTRA G0.2670.3310.3320.25799.6

DROSHA

(NM_013235) 5p14-p13rs229110931532301promoterA T0.2110.2190.2340.062100.0rs10719314014473’UTRT C0.2330.2820.2430.43799.7rs642321314010033’UTRC T0.4670.4740.5050.655100.0Table 1. Ensisijainen tietoa genotyyppi SNP.

ASNP asema NCBI dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP).bMAF päässä HapMap tietokannoista (https://www.hapmap.org) .cHWE

P

arvo kontrolliryhmässä. CSV Lataa CSV

Bioinformatics analyysi

DROSHA

3’UTR

perusteella bioinformatiikan analyysi, me ennusti, että HSA-miR-27a /b voivat sitoa kanssa 3’UTR alueella

DROSHA

käyttämällä neljä yhteistä sivustot (Target Scan: https://www.targetscan.org/Miranda: https://www.microrna.org/, Microcosm: https://www.ebi.ac .uk /Enright-srv /mikrokosmos /cgi-bin /tavoitteet /v5 /genome.pl, ja PITA: https://genie.weizmann.ac.il/) (kuvio 1A). Me katsoi, että yhdistämällä nämä lähestymistavat vähentää huomattavasti väärän positiivisen.

(A) DROSHA 3’UTR ennustettiin sitoutumiskohta HSA-miR-27a /b. Sekvenssi HSA-miR-27a ja HSA-miR-27b oli vain yksi pohja erotus (alleviivattu). Skannaus noin ± 100bp alueilla sitoutumiskohdan, me vain todettu, että rs10719T C sijaitsi tällä alueella. Ennustaa vaikutus alleelivariaatiota klo rs10719 HSA-miR-27a /b tunnustamista ja rakennelma pGL3-DROSHA 3’UTR-T /C, joka sisältää Renilla lusiferaasigeeniin ja täyspitkä 3’UTR DROSHA geenin eri alleelit rs10719 ( nuoli: T C korvaaminen). (B, C) lusiferaasireporttiterilla määrityksissä mittaamaan rs10719T tai C-alleeli ero läsnäolo tai puuttuminen HSA-miR-27a /b. (B), T24-solut ympätään 24-kuoppalevyille oli ohimenevästi transfektoitiin yhdessä rakentaa ja HSA-miR-27a /b jäljittelee tai stabiili negatiivinen kontrolli (NC). In (C), J82-solut ympätään 24-kuoppalevyille oli ohimenevästi transfektoitiin yhdessä rakentaa ja HSA-miR-27a /b estäjien tai n estäjä NC. Tulokset on esitetty suhteellisina lusiferaasiaktiivisuus versus NC. Tiedot olivat kolmesta itsenäisestä transfektiokokeissa.

**,

P

0.05.

Reaaliaikainen kvantitatiivinen käänteistranskriptio-PCR (RT-PCR) määritys

Jotta voitaisiin arvioida endogeeninen ilmentymistaso HSA-miR-27a /b, neljä virtsarakko syöpäsolulinjoissa (EJ, T24, J82, ja 5637) ympättiin 20 cm

2 levyä tehtiin uuttamalla kokonais-RNA eristettiin soluista käyttämällä Trizol-reagenssia (Invitrogen, CA, USA). Taulukko S1 File S1 osoitti alukkeiden tiedot HSA-miR-27a /b ja U6. Käänteistranskriptaasin reaktiot (10 ui) sisälsi 2 ui kokonais-RNA (500 ng /ul), 1 ui 10 x AMV RT-puskuria, 10 pmol kutakin dNTP (Toyobo, Tsuruga, Japani), 0,75 ui antisense liu’utetaan nalliseoksesta, 0,25 U /ul RNaasi Inhibitor (Toyobo, Tsuruga, Japani), 1U /ul AMV käänteistranskriptaasi. Seosta inkuboitiin 16 ° C: ssa 15 minuutin ajan, 42 ° C: ssa 60 min, ja 85 ° C: ssa 5 min. Seuraavaksi Applied Biosystems 7900HT Real Time PCR System käytettiin tehdä reaaliaikaisia ​​kvantifiointiin PCR (ABI, CA, USA), joka perustuu SYBR-Green menetelmän (Toyobo, Tsuruga, Japani). Kaikki reaktiot suoritettiin kolminkertaisina. Kertamuutoksia normalisoitiin ilmentymistasojen U6.

havaitsemiseksi korrelaatio

DROSHA

mRNA-tasoja ja rs10719 T C-polymorfismin

in vivo

, yhteensä 61 virtsarakkokasvain kudosten eri genotyyppien (32 TT, 24 TC, ja 5 CC genotyyppien) tehtiin uuttamalla kokonais-RNA käyttämällä Trizol-reagenssia (Invitrogen, CA, USA). Virtsarakon kasvaimen kudokset säilytettiin nestetypessä sen jälkeen, kun on poistettu kehosta. Kokonais-RNA arvioitiin sekä käänteistranskriptaasireaktio ja reaaliaikaista kvantitatiivista PCR: ää, joka perustuu SYBR-Green-menetelmää (Toyobo, Tsuruga, Japani). CDNA käytettiin monistamiseen

DROSHA

-geenin ja endogeenisen kontrolligeenin

GAPDH

. Alukkeet tiedot

DROSHA

ja

GAPDH

geenit sisällytettiin taulukossa 1. kertamuutoksia normalisoitiin ilmentymisen tasot

GAPDH

ja kukin määritys suoritettiin kolmena kappaleena .

DROSHA

3’UTR sisältävä rs10719TC reportterigeenirakenteilla ja lusiferaasireporttiterilla määritykset

rakentamiseksi lusiferaasireportteri plasmidien

DROSHA

3’UTR,

DROSHA

3’UTR-fragmentit (937bp), joka kantaa suuria rs10719T alleelin monistettiin PCR: llä. Alukkeet olivat 5′-ACCTTGGTACCCCAGATGAGACTGAAGACATC-3 ’(eteenpäin) ja 5′-ACCTTCTCGAGGCACTCACTATATATTTGCTG-3′ (reverse). PCR-tuotteet uutettiin ja erotettiin agaroosigeelissä, joka oli kloonattu TA-kloonausvektoriin (Invitrogen, CA, USA). Lisäksi fragmentti sisältää vähäisiä rs10719C alleeli tehtiin käyttämällä seuraavia alukkeita: 5’-TAGTTTTCCTGCAGACAATGAACGAAGTGTGC-3 ’(eteenpäin) ja 5′-TTTATTTCAATGAGCACACTTCGTTCATTGTC-3’ (taaksepäin). Lopuksi, monistettu fragmentti, jossa T tai C-alleeli on lisätty alavirtaan lusiferaasigeenin on pGL3-promoottorin plasmidista ja plasmidin, joka sisältää T tai C-alleeli tehtiin, joka vahvistettiin sekvensoimalla.

lusiferaasireportterilla määritys, T24 ja J82-solut sijoitettiin 24-kuoppalevyille (1 x 10

5 solua kuoppaa kohti), ja sitten kotransfektoitiin pGL3-

DROSHA

3’UTR-T tai pGL3-

DROSHA

3’UTR-C ja PRL-SV40: llä (50: 1). Jäljittelee ja inhibiittorit HSA-miR-27a /b ja negatiiviset kontrollit (GenePharma, Shanghai, Kiina) kotransfektoitiin reportteri plasmidien lopulliseen konsentraatioon 20nmol /ul. Neljäkymmentäkahdeksan tuntia transfektion jälkeen in T24 ja J82-solujen lusiferaasiaktiivisuus lysaateissa mitattiin Dual-Luciferase Reporter Assay System (Promega, WI, USA) ja normalisoidaan aktiivisuutta PRL-SV40. Analyysit seurasi valmistukseen ehdotuksia. Itsenäinen kolmena kappaleena kokeet suoritettiin kullekin plasmidirakenteen.

Tilastollinen

Hardy-Weinberg tasapaino genotyypin jakautumista valvontaa sovellettiin käyttämällä hyvyys fit χ

2 testiä. Taajuus jakaumat valittujen demografiset muuttujat välillä tapausten ja kontrollien testattiin χ

2 testiä. Genotyyppispesifinen kertoimet tunnusluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja niiden 95% luottamusväli (CI) laskettiin ehdoton yhden ja usean logistinen regressio analyysejä. Monimuuttujakalibrointi säätö olivat ikä, sukupuoli ja tupakointi (koskaan ja ikinä tupakointi). Lisäksi Kruskal-Wallisin yksisuuntainen ANOVA testejä käytettiin tulosten analysointiin

DROSHA

mRNA ilmaisun

in vivo

. Tässä tutkimuksessa, suhteellinen lusiferaasireportterigeenin ilmentymistä T tai C-alleeli laskettiin erikseen. Opiskelijan

t

testiä käytetään arvioimaan eroja ekspressiotasot lusiferaasireportterigeenillä keskuudessa alaryhmiä. Kaikki testit olivat kaksipuolisia käyttäen SAS-ohjelmiston (versio 9.1; SAS Institute, Inc., Cary, NC, USA) ja

P

0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

Association tutkimuksen välillä polymorfismit

Dicer

ja

DROSHA

ja virtsarakon syövän riskiä

ominaisuudet 685 transitionaalista rakkosolukarsinoomaa potilasta ja 730 valvontaa on koottu taulukkoon 2. Tässä emme tarkkailla tilastollista eroa jakelussa iästä (

P

= 0,144) ja sukupuoli (

P

= 0,825) välillä potilaiden ja verrokkien. Oli kuitenkin enemmän koskaan tupakoitsijoita (55,6%) potilaiden keskuudessa enemmän kuin yksi säätimet (38,4%), ja tämä ero oli tilastollisesti merkitsevä (

P

0,001). Nämä muuttujat oikaistiin annettavasta monimuuttuja regressioanalyysimme. Niistä 685 tapauksessa oli 315 kasvaimen 1 (46,0%), 261 kasvaimen 2 (38,1%) ja 109 kasvaimen 3 (15,9%) potilaista. Lisäksi 435 (63,5%) oli pinnallinen kasvaimet ja loput 250 (36,5%) oli invasiivisia kasvaimia.

Muuttujat

asiat (n = 685)

Kontrollit (n = 730) B

P

N

%

N

%

Ikä ≤ 6532948.037951.90.144 6535652.035148.1Sex Male55480.958780.40.825 Female13119.114319.6Smoking tila Never30444.445061.6 0,001 Ever38155.628038.4 Former17225.1729.9 Current20930.520828.5Tumor grade G131546.0 G226138.1 G310915.9Tumor vaiheessa pinnallinen (pT

a-pT

1) 43563,5 Invasive (pT

2-pT

4 ) 25036.5Table 2. frekvenssijakaumat valittujen muuttujien välillä virtsarakon syövän tapauksissa ja syöpää vapaa valvontaa.

aTwo-puolinen χ

2-testi frekvenssijakautuman valittujen muuttujien välillä virtsarakon syöpätapausta ja syöpää vapaa ohjaimet CSV Lataa CSV

seitsemän SNP genotyyppi taajuuksien joukossa valvonta olivat yhteisymmärryksessä Hardy-Weinberg tasapainon saavuttamisessa (

P

0,05, taulukko 1). Kuten taulukosta 3, havaitsimme, että potilailla, joilla

DROSHA

3’UTR rs10719C alleelin (TC ja CC genotyyppien) oli 1,24-kertainen riski virtsarakon syöpään (säätää tai = 1,25, 95% CI = 1,01-1,55,

P

= 0,041) verrattuna rs10719TT genotyyppi. Samalla olemme havaittu, että jakelu rs10719TC genotyyppien välillä tapausten ja kontrollien osoittivat merkittävää eroa (

P

= 0,017). Emme kuitenkaan ei havainnut merkittäviä eroja genotyyppi jakelu

Dicer

rs12323635CT, rs13078TA, rs1057035TC, rs3742330AG ja

DROSHA

rs2291109AT, rs642321CT polymorfismit välillä tapausten ja kontrollien (kaikki

P

0,05, taulukko 3). Arvioimme lisäksi vaikutusta mukana seitsemän polymorfismien virtsarakon syövän riskiä kerrostamiselintä sukupuolen ja tupakoinnista. Kuten taulukosta S2 File S1, huomasimme, että rs10719TC polymorfismi voi lisätä riskiä virtsarakon syöpä miehillä (säätää tai = 1,34, 95% CI = 1,05-1,70,

P

= 0,018), ja yhä tupakoitsijat (säätää tai = 1,56, 95% CI = 1,14-2,14,

P

= 0,006).

genotyypit

asiat

Controls

Crude OR (95% CI ) B säädetty tai (95% CI)

a

P

a

P

b

N

%

N

%

DICER

rs12323635CT680710CC26639.128640.31.00 (Viite) 1,00 (viite) 0.887CT32147.231143.81.11 (0,88-1,40) 1,09 (0,86-1,37) 0.485TT9313.711315.90.89 (0,64-1,22) 0,88 (0,63-1,22) 0.441CT /TT41460.942459.71.05 ( 0,85-1,20) 1,03 (0,83-1,28) 0.793rs13078TA679723TT60388.864088.31.00 (viite) 1,00 (viite) 0.640AT7511.17810.81.02 (0.73-1.43) 0,99 (0.70-1.39) 0.937AA10.250.70.21 (+0,03-+1,82 ) 0,30 (0,03-2,57) 0.271AT /AA7611.28311.50.97 (0.70-1.35) 0,95 (0.68-1.33) 0.768rs1057035TC685730TT54880.057779.01.00 (viite) 1,00 (viite) 0.857TC12017.514519.90.87 (0,67-1,14) 0,88 (0,67-1,16) 0.371CC172.581.102.34 (0,96-5,23) 2,36 (1,00-5,59) 0.051TC /CC13720.015321.00.94 (0.73-1.22) 0,96 (0.74-1.25) 0.753rs3742330AG683727AA30244.233145.51.00 (viite ) 1,00 (viite) 0.942AG31045.430942.51.10 (0.88-1.37) 1,09 (0.87-1.37) 0.437GG7110.48712.00.90 (0,63-1,27) 0,88 (0,61-1,25) 0.464AG /GG38155.839654.51.06 (0.86- 1,30) 1,05 (0,84-1,30) 0,686

DROSHA

rs2291109AT685730AA42161.541957.41.00 (viite) 1,00 (viite) 0.332AT22833.328038.40.81 (0,65-1,01) 0,79 (0,63-0,99) 0.044TT365.3314.31. 16 (0,70-1,90) 1,20 (0,72-2,00) 0.482AT /TT26438.531142.60.85 (0.68-1.05) 0,83 (0.67-1.03) 0.098rs10719TC684727TT35251.541356.81.00 (viite) 1,00 (viite) 0.017TC27840.627537.81.19 (0,95-1,48) 1,20 (0,96-1,50) 0.116CC547.9395.41.63 (1,05-2,51) 1,61 (1,03-2,50) 0.036TC /CC33248.531443.21.24 (1,01-1,53) 1,25 (1,01-1,55) 0.041rs642321CT685730CC19728. 817624.11.00 (viite) 1,00 (viite) 0.107CT32647.637150.80.79 (0.61-1.01) 0,79 (0.61-1.02) 0.075TT16223.718325.10.79 (0,59-1,06) 0,78 (0,58-1,06) 0.112CT /TT48871.255475.90 0,79 (0,62-1,00) 0,79 (0,62-1,01) 0.056Table 3. genotyyppi taajuudet

Dicer

ja

DROSHA

SNP joukossa virtsarakon syövän tapausten ja kontrollien ja niiden yhteydessä virtsarakon syövän riskiä .

aAdjusted ikä, sukupuoli, ja tupakointi (koskaan ja koskaan) in logistinen regressio model.bTwo yksipuolinen chi-neliö testi jakeluun alleelin taajuus (pienet alleeli vs. pääalleelille). CSV Lataa CSV

DROSHA

3’UTR rs10719TC vaikuttaa

DROSHA

ilmaisun säätelemällä HSA-miR-27b sitova

Jotta tutkia mahdollisia mekanismia

DROSHA

3’UTR virtsarakon syövän riski, suoritimme toiminnalliset määritykset. Perustuen bioinformatiikka analyysin,

DROSHA

3’UTR ennustettiin sitoutumiskohta HSA-miR-27a /b (kuvio 1A). Täällä, osoitimme, että rs10719TC sijaitsi 46bp alavirtaan HSA-miR-27a /b: tä sitovaa sivusto

DROSHA

3’UTR.

Kuten kuviossa S1 File S1, todellinen -Aika kvantitatiivinen RT-PCR-määritys viittasi siihen, että endogeeniset ekspressiotasot HSA-miR-27a /b in J82 solulinjassa olivat huomattavasti korkeammat kuin muihin soluihin (T24, EJ, ja 5637) (

P

0,001 ). Täällä me valitsimme J82 ja T24 solulinjojen edelleen lusiferaasianalyysissä. Sitten käytimme plasmidiperhe ohimenevä kotransfektioon kanssa T24-solujen [vakaa negatiivisen kontrollin (NC) miRNA: vakaa NC tai HSA-miR-27a /b jäljittelee] ja J82-solut (estäjä NC tai HSA-miR-27a /b estäjä). Kuten kuviossa 1B on esitetty (T24-solu), HSA-miR-27a /b tukahdutetaan lusiferaasin ilmentymistä, kun läsnä on rs10719T alleelin, vertaamalla NC (

P

0,05), mutta ei rs10719C alleelin (

P

0,05). Lisäksi olemme myös havainneet, että inhibitio HSA-miR-27a /b ilmentyminen voi lisätä lusiferaasin ilmentymistä tehokkaasti varten rs10719T sisältävän plasmidin sijasta rs10719C sisältävän plasmidin J82-solut (

P

0,05; Kuvio 1C). Olemme kuitenkin myös havaittu, että merkittävä lasku lusiferaasiekspressio, kun lisäsimme HSA-miR-27a estäjän alleeli C J82 soluissa. Samanlainen tulos ei voida havaita lisäämällä HSA-miR-27b estäjän alleeli C J82 soluissa. Ehkä, HSA-miR-27a ei suoraan vaikuta DROSHA lusiferaasiekspressio. Tuloksemme ehdotti, että rs10719 T C korvaaminen toimii menettämisestä toiminnon mutaation ja vaikuttaisi DROSHA lusiferaasin ilmentymisen HSA-miR-27b tavoite.

Tässä tutkimuksessa olemme myös suorittaa RT-PCR tutkia onko HSA-miR-27b vaikuttaa DROSHA ilmaisun hajottamalla mRNA tai tukahduttaa mRNA translaation jälkeinen käännös (Kuva S1 File S1). Yhteensä 61 virtsarakkokasvain kudosten eri genotyypit

DROSHA

rs10719TC polymorfismin arviointiin käytettiin ilmentämiseen

DROSHA

mRNA. Ei merkittävää eroa tasojen

DROSHA

mRNA joukossa yksilöiden TT, TC ja CC genotyyppien havaittiin (

P

0,05). Yhdessä HSA-miR-27b voi vaikuttaa DROSHA ilmentymistä säätelemällä proteiini käännös.

Keskustelu

Tässä tutkimuksessa olemme tutkineet yhdistyksen välillä seitsemän polymorfismia

Dicer

ja

DROSHA

geenien ja virtsarakon syövän riskiä kiinalaisessa väestöstä, ja todettiin, että rs10719TC polymorfismi vieressä HSA-miR-27b sitova sivusto

DROSHA

3’UTR liittyi merkittävästi lisänneet riski virtsarakon syöpään. Toiminnalliset analyysit osoittivat, että

DROSHA

rs10719 T-C korvaaminen voidaan vähentää sitoutumisaktiivisuus HSA-miR-27b kanssa

DROSHA

3’UTR.

DROSHA on jäsen RNaasi III superperheen ja on tärkeä nukleaasia, joka suoritetaan ensimmäisenä vaiheena miRNA käsittely leikkaamalla pri-miRNA ennalta miRNA [31]. RNA-interferenssi DROSHA johti kertymistä pri-miRNA ja vähentäminen ennalta miRNA ja kypsän RNA [31]. Tähän asti useat ryhmät ovat tutkineet rooli

DROSHA

syövässä [32,33]. On raportoitu, että

DROSHA

rs644236 TT genotyypin ja rs7737174 AA genotyyppi liittyi rintasyövän riskiä postmenopausaalisilla naisilla [32].

DROSHA

3’UTR rs10719 on vahva kytkentäepätasapainossa rs644236 perustuu tuhat Genomes data (r

2 = 0,88) [33]. Esillä yhdistys tutkimuksessa, huomasimme, että

DROSHA

3’UTR rs10719TC polymorfismi liittyy riski virtsarakon syöpään. Kerrostunut analyysi osoitti, että rs10719TC /CC genotyypit voidaan merkittävästi lisätä riskiä virtsarakon syövän, erityisesti miehillä ja tupakoitsijoita. Yksi mahdollinen selitys on, että tupakointi on perustettu tärkein riskitekijä kehittämisessä virtsarakon syövän, joka sisältää satoja kemikaaleja, kuten polysyklisiä aromaattisia hiilivetyjä [34,35]. Niinpä yhä tupakoitsijat voi olla altis olla syöpä. Toinen syy saattaa olla se, että verrattuna naisten, miesten ihmiset ovat todennäköisemmin altistaa kertynyt ympäristön riskitekijöitä etiologiassa virtsarakon syövän, kuten tupakointi, työperäinen altistus (eli väriaine valmistus, nahka työ). Lisäksi meillä on suhteellisen pieni otoskoko naisten ihmisiä. Siksi emme voi havaita merkittävää yhteyttä naisten ihmisiä. Weng et ai. Lisäksi ehdotetaan, että rs10719TC polymorfismi liittyy pahanlaatuinen ääreishermoston tuppi kasvain riski, joka tukeneet päätelmiä [33]. Yli ilmentymistä DROSHA osoitettiin aiheuttavan solujen lisääntymisen ja ennustettu huonon ennusteen ruokatorven syöpä [36], munasarjasyöpä [37], rintasyövän [38], ja kohdunkaulan syöpä [39]. Edellinen tutkimus oli paljasti myös, että yli ilmentyminen DROSHA voi edistää soluproliferaatiota ja estävät solujen apoptoosin virtsarakon syövän [24]. Siksi me arveltu, että

DROSHA

3’UTR rs10719C alleeli voi lisätä riskiä virtsarakon syövän, pääasiassa ekspressiota sääteleviä DROSHA.

On ehdotettu, että joidenkin 3’UTR polymorfismit voivat olla miRNA sitoutumiskohdassa tai sen läheisyydessä sitoutumiskohdan ja saattavat häiritä miRNA toiminta johtaa erilaiseen geeniekspression vaikuttaa syövän kehittymiseen [19,20]. Meidän lusiferaasireportteriplasmidin geenin määritykset osoittivat, että

DROSHA

rs10719 T C vaihdosta häiritsi sitoutumiskohta HSA-miR-27b, tuloksena lisääntynyt tasot

DROSHA

3’UTR lusiferaasin ilmentymistä. Siten C-alleelin liittyy lisääntynyt riski virtsarakon syöpään, mahdollisesti lisäämällä DROSHA ilme, joka oli yhdenmukainen aiempien havainto [24]. Lisäksi mitään merkittävää eroa

DROSHA

mRNA: n ilmentymisen tasoa eri rs10719TC genotyyppejä havaittiin virtsarakkokasvain kudoksissa käyttäen RT-PCR. Nämä tulokset viittaavat siihen, että SNP ei vaikuta mRNA ilmaisua, kuitenkin ottaen huomioon, että miRNA sitoutuminen mRNA: ita ei aina johda transkriptio pilkkominen, ja joskus se johtaa käännös tukahduttaminen, on mahdollista, että SNP johtaa muutokseen DROSHA proteiinia. Emme kuitenkaan ei testata tätä tutkimuksessamme, ja siksi on edelleen mahdollista, mutta ei ole todistettu. Nämä tiedot osoittivat, että HSA-miR-27b voi vaikuttaa DROSHA ilmentymistä säätelemällä proteiini käännös. Oli hyvä huomata, että funktionaalinen havainnot olivat vastaavat tulokset tapauskontrollitutkimuksessa.

Tässä tutkimuksessa, HSA-miR-27b oli aluksi ilmoitettiin säätelemään

DROSHA

virtsarakon syöpään. HSA-miR-27b oli tutkittu laajalti, mikä oli havaittu olevan korrelaatio monien syöpien, kuten paksusuolen ja peräsuolen syöpä [40], neuroblastooma [41]. Lee et ai.