Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

aiemmin tunnistettu paneeli liittyvien geenien lopputulokseen munasarjasyöpä. Tarkoituksena Nykyisen tutkimuksen tarkoituksena oli arvioida, varianttien näiden geenien korreloi munasarjasyövän riskiä.

menetelmät ja havainnot

Naiset ja ilman invasiivisen munasarjasyövän (749 tapausta, 1041 valvonta) oli genotyyppi 136 yhden nukleotidin polymorfismien (SNP: t) sisällä 13 kandidaattigeenejä. Riski arvioitiin kullekin SNP ja yleistä vaihtelua kussakin geenissä. Tällä geeni-tason vaihtelu sisällä

MSL1

(mieserityisyyttä tappavia-1 homologia) liittyi riski vakavien syöpä (p = 0,03); haplotypes sisällä

PRPF31

(PRP31 pre-mRNA käsittely kerroin 31 homologi) liittyi riski invasiivisen sairauden (p = 0,03).

MSL1

rs7211770 liittyi alentuneeseen vakavien sairauksien (OR 0,81, 95% CI 0,66-0,98; p = 0,03). SNP

MFSD7

,

BTN3A3

,

ZNF200

,

PTPRS

, ja

CCND1A

oli käänteisesti yhteydessä riski (p 0,05), ja siellä oli kohonnut osoitteessa

HEXIM1

rs1053578 (p = 0,04, OR 1,40, 95% CI 1,02-1,91).

Johtopäätökset

-tuumoritutkimukset voi paljastaa Uusien geenien arvoinen seurantaa varten syöpäalttiutta. Tässä olemme huomanneet, että perinnöllinen markkereita koodaava geeni MSL1, osa monimutkaista, joka muuttaa histoni H4, voi vähentää riskiä invasiivisen vakavien munasarjasyöpä.

Citation: Peedicayil A, Vierkant RA, Hartmann LC, Fridley BL, Fredericksen ZS, White KL, et ai. (2010) munasarjasyövän riski ja Peritty vaihtoehdot in Relapse-Associated Genes. PLoS ONE 5 (1): e8884. doi: 10,1371 /journal.pone.0008884

Editor: Alfons Navarro, University of Barcelona, ​​Espanja

vastaanotettu: 05 lokakuu 2009; Hyväksytty: 16 joulukuu 2009; Julkaistu: 27 tammikuu 2010

Copyright: © 2010 Peedicayil et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Cancer Institute [R01 CA122443, R01 CA88868] mukaan Munasarjojen Cancer Research Fund, ja Fred C. ja Katherine B. Andersen Foundation. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

maailmanlaajuisesti on noin 125000 kuolemantapausta vuosittain, koska munasarjasyöpään [1]; ymmärtämystä liittyvät tekijät sen tulosta ja etiologia pitäisi keventää tämän taudin. Olemme aiemmin raportoitu tulokset kasvaimen mRNA ilmaisun tutkimukset joiden mukaan muuttunut ilmentyminen tietyn joukon geenejä odotetun vasteen kemoterapialle naisten myöhäisvaiheen korkealaatuisesta epiteelin munasarjasyöpä [2]. Nämä geenit sisältyvät

SF3A3

,

MFSD7

(aiemmin tunnettu nimellä

FLJ22269

),

ID4

,

BTN3A3

,

OSGIN2

(aiemmin tunnettu nimellä

C8orf1

),

FARP1

,

PRKCH

,

C15orf15

,

ZNF200

,

MSL1

(aiemmin tunnettu nimellä

LOC339287

),

HEXIM1

(aiemmin tunnettu nimellä

HIS1

),

PTPRS

,

CC2D1A

(aiemmin tunnettu nimellä

FLJ20241

), ja

PRPF31

. Ilmentymistasoja erosivat keskuudessa kasvaimia naisten erilaiset tulokset; nimittäin, yhdistelmänä näiden geenien ilmentymistä ennustetun varhainen uusiutuminen ( 21 kuukautta) jälkeen optimaalisen leikkauksen ja platina-paklitakselikemoterapia tarkkuudella 86% ja positiivinen ennustearvo 95% [3], [2].

etiologia munasarjasyöpä tiedetään olevan monimutkainen ja ainakin osittain sisältää perinnöllinen alttius tekijöitä. Mutaatiot

BRCA1

,

BRCA2

,

MLH1

, ja

MSH2

muodostavat noin 50% familiaalinen munasarjasyöpä [4], [5] , ja muissa tapauksissa, joiden suvussa johtuvat todennäköisesti yhdistelmiä useiden alleelien annetaan pienestä kohtalaiseen penetrant alttiuteen [6], [7], kuten variantit

BNC2

[8] ja mahdollisesti

TP53

[9],

CDKN2A

[10],

CDKN1B

[10], ja

AURKA

[11]. Täydentäjänä genomin laajuisia hakuja, käyttökelpoinen lähestymistapa löytää uusia alhaisen riskin alleelien on tutkimuksen erittäin informatiivinen perinnöllinen variantit kandidaattigeenit tunnistaa kasvain ilme tutkimuksista. Sen arvioimiseksi, onko vaihtelua geenejä, joilla on erilainen ilme tasoilla tulos vaikuttaa munasarjasyövän riski, teimme tapaus-verrokki analyysi perinyt varianttien geenien ennustemallien edellä mainitut [2] sekä

HTRA1

(koodaava seriiniproteaasi HtrA1), jotka olemme osoittaneet on alassäädetty useimmissa munasarjakasvaimia [12], [13] ja on keskeinen rooli apoptoosin [13]. Koska ensimmäinen tarkastelu ituradan vaihtelua tämän uuden joukon geenejä (taulukko 1), me pyritään laajemmin selvittää niiden rooli munasarjan epiteelin syöpää aiheuttavia prosesseja.

Tulokset

Väestörakenteen, lisääntymis-, elämäntapa, ja kasvain ominaisuudet 749 epiteelin invasiivisen munasarjasyöpä potilasta ja 1041 tarkastuksia on kuvattu taulukossa 2. Yleisesti odotettu jakaumat riskitekijöitä havaittiin; suurempi osa potilaista kuin valvonta ei ollut koskaan käytetty ehkäisypillerit (p 0,001), oli käytetty hormonihoito (p 0,001), olivat poikimattomia (p = 0,01), ja oli ensimmäisen tai toisen asteen suvussa munasarjasyöpä (p 0,05.

MSL1

geeni tason pääkomponentit (yhteenveto yhdistelmiä genotyyppien perustuu kahteen SNP) liittyi riski invasiivisen vakavien sairauksien (p = 0,03). Vuoden toinen SNP tässä geenissä, rs7211440 (r

2 = 0,53 kanssa rs17678694, kuva S1), kuljetukseen alaikäisen alleelin nähtiin lisääntynyt riski sekä invasiivisia ja invasiivisia vakavien sairauksien (OR 0,85, 95% CI 0,72-1,00, p = 0,05; OR 0,81, 95% CI 0,66-0,98, p = 0,03, vastaavasti, taulukko 4), mikä viittaa siihen, tämän SNP ensisijaisena kuljettaja

MSL1

’s-geenin tasolla serous -alueella .

PRPF31

haplotyyppien (peräkkäinen alleelien perustuu kahdeksaan SNP) liittyi riski invasiivisen sairauden (p = 0,03). Kuten haplotyyppianalyysissä näkyviin piilotettuja yhdistysten, me lähemmin tutkinut kaksikymmentäkuusi yhteinen haplotyyppien sisällä

PRPF31

(taulukko S2). Verrattuna yleisimpiä haplotyyppi 11111111 (suuret alleeleissa kaikki

PRPF31

SNP), haplotyyppi 10101111 (pienet alleeleissa introni koodaus yhden emäksen monimuotoisuus (tagSNPs) rs12985735 ja rs254272) Siirretään vähentää riskiä invasiivisen munasarjasyövän (OR 0,22, 95%: n luottamusväli 0,06-0,82, p = 0,02). Nämä kaksi SNP: tä vain hieman korreloivat (r

2 = 0,23; kuva S1), eikä kumpikaan oli itsenäisesti liittyy riski (rs12985735 per alleeli OR 1,13, 95% luottamusväli 0,98-1,30, p = 0,10; rs254272 per alleeli OR 1,05 , 95% luottamusväli 0,89-1,25, p = 0,56), mikä viittaa siihen, että ungenotyped variantti läheisyyteen

PRPF31

haplotyyppi saattavat edistää yhdistyksen. Kuten kaksi muuta

PRPF31

haplotypes liittyivät munasarjasyövän riskin p 0,10 (00111101 OR 2,81, 95% luottamusväli 0,85-9,22, p = 0,09; 10101101 OR 2,86, 95% luottamusväli 0,94-8,71, p = 0,06), muiden variantit geenin voi myös edistää havaittu maailmanlaajuinen haplotyyppi -alueella.

Ulkopuolella kahden geenin tason liittyvän geenien (

MSL1

ja

PRPF31

) , pieni määrä SNP kuusi muuta geeniä osallisina yhden SNP tason (p 0,05, taulukko 4), mukaan lukien kolme SNP yhteydessä alentuneeseen riski sekä invasiivisia ja invasiivisia vakavien verisuonisairaus (

CC2DIA

,

MFSD7

, ja

ZNF200

). Vahvin SNP-tason yhdistys havaittiin ei-synonyymi rs2305777 (T801M) NF-KB-aktivoiva geeni

CC2D1A

(invasiivisia OR 0,84, 95%: 0,72-0,99, p = 0,03; serous invasiivisia OR 0,76 , 95% CI ,62-+0,99 p = 0,005). Perustuen sekvenssin säilyttämisen lajien välillä [14], tämän SNP ennustetaan olevan suhteellisen undamaging proteiinin toimintaa. Koska tämä SNP ei korreloi muiden genotyyppi SNP (r

2 0,12, kuva S1) ja ei merkitä muita yhteisiä HapMap SNP r

2 0,9, sekvensointi voidaan vaatia selventämään tämän SNP -alueella. Vastaavasti

MFSD7

rs6840253 liittyi vähentämiseen munasarjasyövän riski (invasiivinen OR 0,81, 95% CI 0,66-1,0, p = 0,05; serous invasiivisia OR 0,76, 95% CI ,58-+0,98, p = 0,03 ), kuten

ZNF200

rs186493 (invasiivisia OR 0,83, 95% 0,71-0,82, p = 0,02; invasiivisia vakavien OR 0,82, 95% CI ,68-,98, p = 0,03). Molemmat ovat promoottorialue SNP (5 kb 5 ’ylävirtaan) ja riippumaton muista HapMap SNP r

2 0,9. Koska jokainen korreloi r

2 0,6 muihin genotyyppi SNP ylimääräisiä genotyypitys vaatimattomasti korreloi SNP voitaisiin selventää näitä yhdistyksiä.

kolme SNP liittyivät vain vähäisempi riski invasiivisen vakavien verisuonisairaus (

PTPRS

ja

BTN3A3

), ja yksi SNP liittyy suurentunut invasiivisen vakavien verisuonisairaus (

HEXIM1

). Näin ollen, vaikka tulokset olivat yleensä samanlaiset molemmissa tapauksessa ryhmissä usein suurempi tilastollista merkitystä tulosten naisten kanssa vakavien sairauksien, vaikka alennetulla teholla vuoksi 40% pienempi otoskoko, viittaa siihen, että alatyyppi analyysi paljasti epäyhtenäisyys histologian.

SNP jotka olivat vihjailevia vain vakavien sairauksien sisältyi kaksi erittäin korreloivat

PTPRS

intronin 9 SNP (r

2 = 0,99; rs886936 OR 0,85, 95% luottamusväli 0,72-1,00, p = 0,05; rs11878779 OR 0,79, 95% CI 0,66-0,95, p = 0,01). Mielenkiintoista, nämä ja kolme muuta erittäin korreloivat intronin 9 SNP (kuva S1) olivat riippumattomia toisistaan ​​HapMap r

2 0,9, toimii esimerkkinä ei-siirrettävyys kytkentäepätasapainossa (LD) poikki populaatioissa. Ainoa SNP pienin alleelien liittyy lisääntynyt riski oli mahdollinen

HEXIM1

promoottorialue SNP rs1053578 (vakavien OR 1,40, 95% luottamusväli 1,02-1,91, p = 0,04), joka oli riippumaton muista genotyyppi SNP: r

2 0,04 ja muiden HapMap SNP r

2 0,9.

BTN3A3

n otaksuttu promoottorialue SNP rs12206812 nähtiin lisääntynyt riski vakavien invasiivisen sairauden (OR 0,63, 95% luottamusväli 0,44-0,90, p = 0,01); kuitenkin epäilemme genotyyppi tai geneettisen kartan virhe, koska epäonnistuminen WGA DNA ja riippumattomuus kaikkien muiden genotyyppi

BTN3A3

SNP (r

2 = 0; Kuva S1). Ei geeni-tason tai SNP-tason yhteenliittymien kanssa p 0,05 havaittiin

SF3A3

,

ID4

,

OSGIN2

,

HTRA1

, tai

C15orf15

.

keskustelu

tietämys genetiikkaa munasarjasyövän on nopea tilassa laajentamiseen. Koska kaikkein vaarallisin gynecologic syöpä, löytö perinnöllinen liittyvät tekijät etiologiaa ja tulos saattavat auttaa kehittämään tärkeitä kohdennettujen ennustaminen ja hoitostrategioita. Viimeaikainen työ on selventänyt rooleja pitkäaikainen ehdokas SNP progesteronireseptorille, retinoblastooma, p53, ja solusyklin geenit [10], ja käytössä genomin laajuinen yhdistys tutkimukset [8]. Analyysi erittäin informatiivinen variantit valikoiva sarjaa uusia geenejä täydentää näitä ehdokas SNP ja genomin laajuinen yhdistys tutkimukset, tarjoaa parannetun kattavuus korkean prioriteetin alueiden huomioon tunnetut tuumoribiologiassa [16]. Täällä, valitsimme uusia kandidaattigeenit perustuu aikaisemmin todettu niiden yhdessä palautumisaika on munasarjasyöpä, ja päätimme kattavaa sarjaa variantteja [2], [13]. Ensisijainen tulos on, että vaihtelu

MSL1

liittyi riski vakavasta invasiivisen munasarjasyövän; erityisesti pienet alleeleissa rs7211440 korreloivat alentuneeseen riskiin (OR 0,81, 95% CI +0,66-+0,98, p = 0,03). Aiemmin lisääntynyt ilmentyminen MSL1 korreloi aiempien palautumisaika on [2]; ylimääräisen ennustetekijöiden mallin ja replikointi etiologic yhdistyksen ovat perusteltuja.

MSL1

koodaa yksi viidestä proteiineja, jotka muodostavat erittäin konservoitunut MSL monimutkainen entsymaattisella kyvyt histoni liasetyylitransferaasi (HAT ) [17]. HAT muokata erilaisia ​​histoni verkkotunnuksia kautta asetylointi, joka yhdessä muiden koaktivaattoreiden, säätelee histoni ja chromatin aktivointi ja vaikutteita geenien ilmentymisen [18]. MSL spesifisti acetylates lysiinitähteeksi 16 histoni H4 (H4-Lys16), joka on keskeinen rooli säätelyssä chromatin taitto ja hiljentäminen geeniekspression [19], [20], [17]. Knock-out-mallit viittaavat siihen, että puuttuminen MSL kompleksin johtaa toimintahäiriöihin aikana S-vaiheen solusyklin, mikä johtaa virheisiin DNA-replikaatioon [17]. Lisäksi menetys monoacetylation H4-Lys16 ja poikkeava toiminta perustuu H4 ovat tunnusmerkkejä syöpäsoluja. Tuloksemme viittaavat siihen, että perinnöllinen vaihtelu

MSL1

saattavat vaikuttaa riskiä invasiivisen vakavien munasarjasyöpä ja ovat yhdenmukaisia ​​havaintoja, epäsäännöllinen H4 muutokset voivat aiheuttaa virheitä chromatin taitto ja geenien ilmentymistä ja ovat yleisiä syöpään fenotyypit [21]. Vihjailevia SNP geenejä p53 ja CDKN2A [10], [9], joka myös säätelevät histonimodifikaation, näyttöä roolin perittyjä riskitekijöitä, jotka liittyvät histonien kertyy.

vahvuudet tätä työtä muun muassa käyttämällä kahden tapauskontrollitutkimuksessa populaatiot (alkaen Mayo Clinic ja Duke University), kehittyneet SNP valinta tekniikoita (esim korkeaa tarvitaan korrelaatiota alleeleja, sisällyttäminen otaksuttu-funktionaalisen SNP, ja valinta useiden tagSNPs suurissa LD kontissa), ja erinomainen genotyypitys laatu. Arviomme on riski vakavien invasiivisia sairauksia ehdotti määrin geneettinen heterogeenisyys histologisen alatyypin; kuitenkin, suosittelemme varovaisuutta tuloksia tulkittaessa (erityisesti yhden SNP tuloksia ilman geeni-tason merkitys) johtuen suhteellisen suuri määrä testejä suoritetaan. Toteamme myös, että tuloksia ei tilastollisesti merkitsevä säätämisen jälkeen useita testejä käyttäen konservatiivinen Bonferroni korjausta. Siten replikointi tuloksemme on perusteltua vahvistaa näiden järjestöjen. Väyliä tulevalle tutkimukselle, joka ulottuu tällä ilmaisulla-pohjainen kandidaattigeenifragmenttikloonien työhön kuuluu arviointi muista histoni säätelygeenit ja yksityiskohtainen arviointi toimintamekanismien. Enemmän lähiaikoina, tutkiminen lupaava SNP sisällä

MSL1

joukossa suuremman joukon vakavien invasiivisia potilaiden ja verrokkien ja lisäsakkoa mittakaavan kartoitus [16] avustaa merkitystä selvennetään näiden geenien munasarjasyöpään herkkyys. Tämän pitäisi puolestaan ​​ilmoittaa käännös tällaisista havainnoista kliinisen hoidon naisten lisääntynyt riski munasarjasyöpä.

Materiaalit ja menetelmät

TET

Oppiaineet osallistui käynnissä kaksi tapausverrokkitutkimukset epiteelin munasarjasyövän aloitettiin tammikuussa 2000 Mayo Clinic (Rochester, MN), ja toukokuussa 1999 Duken yliopistossa (Durham, NC). Tiedot tutkimuksen suunnittelu on kuvattu tarkemmin muualla [22] – [24]. Lyhyesti, yhteensä 749 naista, joilla on histologisesti varmennettu invasiivisen epiteelin munasarjasyöpä ja 1041 tarkastukset ilman munasarjasyöpä ja ilman munasarjojen poisto rekrytoitiin kaksi tutkimuksen sivustoja (taulukko 2; paikkakohtaisia ​​ominaisuudet on esitetty taulukossa S3). Mayo Clinic, munasarjasyöpä tapausta (potilasta) oli yli 20-vuotiaita, joilla on histologisesti vahvistettu tapaus epiteelin munasarjasyövän ja kirjoilla tutkimuksessa vuoden kuluessa diagnoosin. Kaikki tapaukset nähdään gynecologic tai lääketieteellisen onkologian yksiköitä, jotka asuivat kuuden valtion aluetta, joka määrittelee pääpalvelualueelta väestöstä Mayo Clinic (Minnesota, Iowa, Wisconsin, Illinois, North Dakota ja Etelä-Dakota) kutsuttiin osallistumaan. Kontrollit rekrytoitiin naisilla nähdään yleiseen lääkärintarkastukset ja taajuus-sovitetaan potilaiden iän ja asuinalueen (eli tila, maakunta). Duke University, oli naisia, joilla on histologisesti vahvistettu ensisijainen epiteelin munasarjasyöpä, välillä 20 ja 74-vuotiaita, ja yksilöity 48-läänin alueella käyttäen North Carolina Central Syöpärekisteri. Kontrollit tunnistettiin käyttäen lista avustama satunnainen numeroinen numerot ja taajuus sovitetaan potilaiden rotuun, ikään, ja maakunta oleskelun. Ei poikkeuksia etnisin perustein tehtiin. Hakijat toimitti kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen, ja pöytäkirjat hyväksyttiin Mayo Clinic ja Duke University Institutional Review Board.

Data ja Biospecimen Collection

Tietoa mahdolliset riskitekijät kerättiin henkilökohtaista haastatteluja molemmat sivustot käyttämällä samanlaisia ​​kyselylomakkeen. DNA uutettiin 10 15 ml tuoretta laskimoverta käyttäen Gentra AutoPure LS Purgene suolaamalla menetelmät (Gentra, Minneapolis, MN). DNA Duke University osallistujia siirrettiin Mayo Clinic koko genomin vahvistus (WGA) kanssa REPLI-G-protokollan (Qiagen Inc, Valencia CA), jotka olemme osoittaneet tuottanut erittäin toistettavia tuloksia [25]. DNA pitoisuudet säädettiin 50 ng /ul ennen genotyypityksen ja todentaa PicoGreen dsDNA kvantitointi Kit (Molecular Probes, Inc., Eugene OR). Näytteet viivakoodilla varmistaa tarkan ja luotettavan käsittelyn.

SNP Selection

tunnistettujen tagSNPs viiden kb kunkin ehdokkaan geenin algoritmilla ldSelect [26] bin korreloi pareittain SNP r

2≥0.90 vähäisin alleelin taajuus (MAF) ≥0.05 on HapMap CEU väestöstä (Utah asukkaille syntyperä Pohjois- ja Länsi-Euroopassa) [27]. HapMap tietoja käytettiin, koska marraskuussa 2007, ne olivat informatiivisia näitä geenejä kuin tietoja Perlegen Sciences [28], Seattle SNP (https://pga.mbt.washington.edu), ja NIEHS SNP (http: //www.egp.gs.washingon.edu). Yksi tagSNP per bin valittiin jos alle kymmenen SNP oli LD bin, ja kaksi tagSNPs per bin valittiin LD siiloissa kymmenen tai enemmän SNP. Joukossa tagSNPs, SNP valittiin maksimoimaan Illumina SNP pisteet (mitta ennustetun genotyypityksen onnistuminen) ja sitten MAF.

FARP1

(307 kb) ja

PRKCH

(229 kb) tarvitaan yli 100 tagSNPs kukin ja jätettiin pois tutkimuksesta kustannustehokkuutta. Jäljellä geenejä (taulukko 1), 117 tagSNPs ja 19 otaksuttu toiminnallinen SNP (10 kb ylävirtaan, 5 ’UTR, 3’ UTR, tai ei-synonyymejä päässä Ensembl versiosta 34 eurooppalaisten-Amerikan MAF≥0.05 ja Illumina SNP pisteet ≥0.6) valittiin. Siten yhteensä 136 SNP näissä 13 kandidaattigeenejä genotyypattiin.

genotyypin

Koska osa laajempaa tutkimusta, genotyypitys 2176 DNA-näytteitä (897 genomista, 1279 WGA, ja 129 kaksoiskappaleet ) alkaen 2,047 ainutlaatuinen TET suoritettiin Mayo Clinic yhdessä 65 laboratoriovalvontaa. Käytimme Illumina GoldenGate BeadArray määritys ja BeadStudio ohjelmisto automatisoitu klusterointi ja kutsuvan mukaan vakioprotokolla [29]. Of 2047 osallistujaa genotyyppi, 44 näytettä (2,1%) epäonnistui (soittaa nopeus 90%), ja 213 osallistujaa (10,4%) todettiin olevan tukikelpoisia tai olla rajatapaus sairaus ja on jätetty; Näin 1790 osallistujaa (mukaan lukien 749 potilasta, joilla oli invasiivinen sairaus ja 1041 tarkastukset) analysoitiin täällä. Kaikkiaan 1152 SNP erilaisiin hankkeisiin yritettiin; 25 epäonnistui SNP mukana 15 (1,3%) ja puhelutaajuuden 90%, yhdeksän (0,8%) on huono klusterointi, ja yksi ( 0,1%) ratkaisemattomien toisinto tai mendelististä virheitä genomista DNA. Arvioimme lähdöt Hardy Weinberg tasapaino (HWE) itsensä raportoitu valkoinen, ei-latinalaisamerikkalainen säätimet Pearson hyvyys fit testin tai, jos kyseessä SNP kanssa MAF 5%, Fisherin eksakti testi, ja me ulkopuolelle SNP kanssa MAF 0,01 (N = 64, 5,6%) tai HWE p-arvo 0,0001 (N = 11, 1,0%), jolloin 1052 SNP analyysiä varten. WGA DNA, vielä 20 SNP: t (1,7%), jätettiin pois, koska yhden tai useamman edellä mainitut kriteerit. Niistä 13 kandidaattigeeneihin tutkittu, 134 136 SNP onnistuneesti genotyypitetty genomisessa näytteissä, ja kaikki vaan kuusi näistä myös genotyypitetty menestyksekkäästi WGA näytteistä (taulukko S4).

tilastolliset menetelmät

jakaumat demografiset ja kliiniset muuttujat verrattiin potilaiden välillä ja käyttäviin chi-neliö kokeet tai t-testejä, ja arviot pareittain LD välillä SNP saatiin käyttämällä Haploview ohjelmistoa, versio 4.1 [30]. Geneettinen yhdistys analyysit (kuvattu alla) oikaistiin tutkimuspaikassa, ikä, painoindeksi, hormonihoito, ehkäisytablettien käyttö, elävänä syntyneiden poikasten määrä, ikä ensimmäinen live syntymän, ja väestörakenne pääkomponentit jonka osuus mahdollisuudesta väestöstä kerrostuneisuus käyttäen samanlaista lähestymistapaa kuin kuvattiin aiemmin [31]. Väestörakenne pääkomponentit luotiin käyttäen 2517 SNP tästä ja ennen genotyypityksen paneelit [23]; Sirontakuvaajan matriisien itse ilmoitettu rotu osoitti, että neljä ensimmäistä väestörakenne pääkomponentit kohtuudella arviolta rotuun eroja yksilöiden ja näin ollen sisällytetty kovariantteja kaikissa malleissa (kuva S2).

Associations munasarjasyövän riski arvioitiin logistisen regression SNP, geeni-tason pääkomponentteina, ja geeni-tason haplotypes. Sillä SNP, kertoimet suhdeluvut (OR) ja 95% luottamusvälit (CI) arvioitiin erikseen heterotsygoottinen ja homotsygoottinen pieniä alleelin genotyyppejä käyttäen homotsygoottinen pääalleelille genotyyppi kuin tarkoite ryhmään. Olemme mukana kahdeksan SNP kanssa HWE 0,05 (taulukko S4), koska hyväksyttävää genotyypin klusterin tontteja, suuri määrä testejä (Bonferronin korjattu p-value≤3.7 × 10

-4), eikä oletus HWE single-SNP analyysi. Muodollinen genotyypin testit yhdistymis- tehtiin olettaen järjestysasteikko (log-lisäaine) vaikutus käyttämällä yksinkertaisia ​​testejä trendi. Kussakin geeniä, käytimme Pääkomponenttianalyysin luoda ortogonaaliset lineaarikombinaatioina SNP vähäinen alleelin count muuttujista (myös genotyypit laskennalliset käyttäen MACH ohjelmapaketti [32]) antaa vaihtoehtoisen ja vastaava esitys keräämistä SNP kokonaisuutena . Tuloksena Pienin osajoukon geenin tason pääkomponentit joka oli vähintään 90% SNP vaihtelua sisällytettiin regressiomallien, ja geenispesifiseen yhdistysten arvioitiin käyttäen usean vapausasteen uskottavuusosamäärä. Gene-keskeinen haplotyyppi-pohjainen yhdistys analyysit suoritettiin käyttäen posterior todennäköisyyksiä kaikkia mahdollisia haplotyyppien yksittäiselle (poislukien SNP kanssa HWE p-arvo 0,05), edellytetään, että havaitut genotyyppejä. EM-algoritmi käytettiin arvioitaessa haplotypes [33] ja luoda haplotyyppi suunnittelun muuttujien väliltä 0 2. Koska epätarkkuus mukana pieni haplotyyppien, me jätetty haplotyyppien joiden arvioitu taajuus alle kymmenen. Arviointeja riski kesken yhteisten haplotypes testattiin samanaikaisesti vaikutuksia kaikkien haplotyyppien yhdistää logistinen regressio; yksittäinen haplotyyppi yhdistysten käytetty yleisin haplotyyppi referenssinä. Kaikki tilastolliset testit olivat kaksipuolisia, ja ellei toisin mainita, suoritettiin käyttäen SAS-ohjelmiston (SAS Institute, Inc., Cary, NC).

tukeminen Information

Kuva S1.

Kytkentäepätasapaino tontteja. Geenejä geeni-tason tai SNP-tason p 0,05 näkyvät; Haploview 4.1 (Barrett et al., 2005), joka itse ilmoitettuihin valko-ei-latinalaisamerikkalainen valvontaa; r2 = 0 = valkoinen ja r2 = 1 = musta; luvut edustavat r2 * 100.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s001

(1,04 MB DOC) B Kuva S2.

matriisi scatterplots neljälle väestörakenne pääkomponentit mukaan itse ilmoitettu kilpailussa. Väestörakenne pääkomponenttianalyysi perustuu 1981 osallistujaa ja 2517 SNP lukien laskennallisen genotyypit; Kunkin scatterplot, pystysuora akseli vastaa komponenttia lueteltuihin diagonaalinen elementti vasemmalla juoni, ja vaaka-akseli vastaa komponenttia lueteltuihin lävistäjä alla juoni; Tulokset viittaavat siihen, että ensimmäinen komponentti eriytetty valkoisella ei-latinalaisamerikkalainen ja musta ei latinalaisamerikkalainen muista näytteistä, kun taas neljäs komponentti auttanut eriyttää Aasian muista näytteistä; Näiden neljän väestörakenne pääkomponentit käytettiin covariates yhdessä testaus.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s002

(0,30 MB DOC) B Taulukko S1.

SNP ja munasarjasyövän riski, OR (95% CI) B doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s003

(0,43 MB DOC) B Taulukko S2.

Haplotyyppifrekvenssianalyysi tulokset PRPF31 (globaali p-arvo = 0,03) B doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s004

(0,12 MB DOC) B Taulukko S3.

Ominaisuudet tutkimuksen osallistujien tutkimuspaikan

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s005

(0,14 MB DOC) B Taulukko S4.

SNP ja genotyyppi tiedot

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s006

(0,56 MB DOC) B

Kiitokset

Kiitämme Ms Karin Goodman ja Ms . Ashley Pitzer varten aihe rekrytointi, Ms Michele Schmidt ja Mr. Sebastian Armasu apunaan tilastollisten analyysien ja Ms. Katelyn Goodman apua kanssa käsikirjoituksen valmistelu.