Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

MikroRNA (miRNA) ovat lyhyitä ei-koodaavat RNA: t, jotka säätelevät erilaistumista ja kehitys monissa organismeista ja niillä on tärkeä rooli syövän.

Menetelmät /Principal havainnot

Käyttämällä julkista tietokantaa kartoitettu retrovirus- sisäänpanokohdat eri hiiri malleja syövän osoitamme, että MLV-johdettu retroviruksen insertit rikastuvat lähellä hiiren miRNA loci. Klusteroitu insertit syöpään liittyvien alueiden (Common Integraatiokohdat, CIS) on suurempi yhdessä miRNA kuin ei-aihekokonaisuuksien insertit. Kymmenen CIS liittyvä miRNA loci sisältäviä 22 miRNA sijaitsevat 10 kb tunnettujen CIS lisäyksiä. Vain yksi CIS-liittyvä miRNA lokus limittäin RefSeq proteiinia koodaavan geenin ja kuusi lokuksen sijaitsevat yli 10 kb miltään RefSeq geenistä. CIS-liittyvä miRNA keskimäärin on enemmän konservoituneita selkärankaisten kuin miRNA liittyy IVYn insertit ja niiden ihmishomologit sijaitsevat myös alueilla levoton syövässä. Lisäksi osoitamme, että miRNA geenit rikastetaan noin promoottori ja /tai terminaattorin alueiden RefSeq geenien sekä hiiren ja ihmisen.

Johtopäätökset /merkitys

Tarjoamme listan kymmenen miRNA loci mahdollisesti mukana kehittämiseen verisyöpä tai aivokasvaimet. On riippumaton kokeellista tukea muilta tutkimukset osallistuminen miRNA vähintään kolme CIS liittyvän miRNA lokusten syövän kehittymisessä.

Citation: Makunin IV, fasaani M, Simons C, Mattick JS (2007) Ortologiset MicroRNA geenit sijaitsevat Cancer-liittyvään genomin alueet ihmisen ja hiiren. PLoS ONE 2 (11): E1133. doi: 10,1371 /journal.pone.0001133

Academic Editor: Christopher Arendt, Sanofi-Aventis, Yhdysvallat

vastaanotettu: 26 heinäkuu 2007; Hyväksytty: 15 lokakuu 2007; Julkaistu: 07 marraskuu 2007

Copyright © 2007 Makunin et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Australian Research Council. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

MikroRNA (miRNA) ovat lyhyitä RNA-molekyylejä, ~22 nukleotidin pituisia, joka kykenee suorittamaan sääntelytehtäviä. Erityisesti miRNA voi estää kääntäminen ei-täydellinen osatekijä 3 ’UTR ja /tai aiheuttaa hajoamista mRNA tapauksessa täydellisesti välillä miRNA ja kohde- mRNA- [1]. Näyttää siltä, ​​että miRNA ei ole katalyyttistä aktiivisuutta, vaan pikemminkin toimivat sekvenssi-spesifinen oppaita liittyvän proteiinin komplekseja, jotka ovat vastuussa käännös poistaminen tai mRNA: n hajoaminen [2]. Määrä tunnettujen miRNA kasvaa nopeasti, ja satoja todennettujen miRNA ovat selityksin ihmisen, hiiren ja muiden organismien (miRBase, https://microrna.sanger.ac.uk).

Valikoima havaintojen viittaavat yhteys miRNA ja syöpä, joka ei ole yllättävää, koska ne ovat keskeisessä asemassa monissa solun ja kehitysprosesseja (for tarkastele [3] – [5]). Suuri määrä ihmisen ja hiiren miRNA on myös osoitettu olevan sijaitsevat alueilla, jotka liittyvät syöpään [6], [7]. Ilmaisu Eri miRNA muuttuu syövän ja miRNA profilointia voidaan käyttää tarkkaan syöpä luokitusta [8]. Ektooppinen ilmentyminen

mir-17-19b

klusterin kiihdyttää kasvainten muodostumista hiirissä ja se on näin ollen luokiteltu mahdollinen onkogeeni [9].

retrovirukset, kuten hiiren leukemiaviruksen (MLV ), voivat aiheuttaa kasvainten muodostumista nisäkkäillä. Provirus insertiot voivat aktivoida proto-onkogeenien tai johtaa inaktivoimiseksi tuumorisuppressorigeeneille läheisyydessä insertiokohtien. Retroviruksen integraation sivustoja voidaan määrittää eläimillä, joilla on syöpä, käyttämällä käänteisellä PCR: llä tai vastaavia tekniikoita, ja kuvata genomin sekvenssissä. Alueet kätkeminen useita sisäänpanokohdat lähellä toisiaan ovat selvin ehdokkaita syy syövän kehitystä ja usein nimetty yhteinen Integraatiokohdat (CISS). Yleensä ehdokkaita kasvaimeen synnyssä tai proto-onkogeenien valitaan proteiinia koodaavan geenien perustuu läheisyys CISS.

Lukuisat genominlaajuisten näytöt on toteutettu hiiren tunnistamiseen liittyvien geenien Karsinogeneesin erityisesti hematopoieettiset kasvaimet [10] – [18]. Saatua tietoa eri näytöt eri syövän mallit (mukaan lukien tutkimukset muuntogeenisen hiiret) on koottu retroviruksen Tagged Cancer Gene Database (RTCGD, https://rtcgd.ncifcrf.gov) [19], joka tarjoaa myös merkintöjä varten UCSC genomi-selain [20]. Vuonna RTCGD, CISS määritellään alueet, joissa on kahta insertit sijaitsevat 20 kb, 3 insertit 50 kb, ja neljä tai useampia teriä 100 kb samassa syövän mallia (katso FAQ-osassa RTCGD http: //rtcgd. ncifcrf.gov) (tarkemmin [17]).

jotkin CISS eivät map lähelle tunnettu tai selityksin proteiinia koodaavan sekvenssin. On osoitettu, että insertiot retrovirusten läheisyydessä

mir-17-92

miRNA polykistronisesta syy kasvaimen muodostumisen ja lisätä miRNA ilmaisu, joka osoittaa, että retroviruksen mutageneesi voi olla tehokas väline löytö onkogeenisten miRNA [21] , [22]. Kun otetaan huomioon syntymässä säätelevän roolin MikroRNA solujen erilaistumiseen ja syövän olemme analysoineet yhdistyksen välillä julkisesti saatavilla retroviruksen integraation sivustoja ja tunnetaan miRNA lokusten hiiren genomissa. Huomasimme, että miRNA lokuksen merkittävästi rikastettu läheisyydessä CISS mikä viittaa siihen, että jotkut näistä miRNA lokusten voidaan pitää ehdokkaana esikasvaintekijät tai kasvaimen synnyssä.

Tulokset

Hiiren miRNA loci assosioituvat retroviruksen yhteinen integraation sivustot

Analysoimme kolokalisaation välillä hiiri miRNA ja retroviruksen integraation sivustot määritetty hiiristä, jotka kehittyi syöpä. Tätä analyysiä varten käytimme 363 miRNA päässä miRNA rekisterin (https://microrna.sanger.ac.uk), jotka on kartoitettu 381 sijainteihin hyvin koottu osa hiiren genomin (neljä miRNA yhdistetty useampaan kuin yhteen sijainti). Paikoissa vastaavat genomiseen kannat miRNA prekursorisekvenssejä. Käytimme RTCGD tietokanta, joka sisältää 2373 retroviruksen integraation paikoilta Common Integraatiokohdat (CIS insertit) ja 3119 retroviruksen integraation sivustoja kartoitettu ulkopuolella CISS (IVY-insertit). Me jätetty analyysimme integrointi sivustoja Ruususen transposoneista koska IVYn insertiot Ruususen ovat ei-satunnaisesti jaettu kromosomit: kromosomit 1, 4, 6 ja 15 satamassa yli puolet kaikista Ruususen IVYn integraatio sivustoja.

Käyttämällä paikallinen peili UCSC genomin selainta huomasimme, että CIS inserttejä sijaitsevat 5 kb 17 hiiren miRNA ja 10 kb 22 miRNA. Esimerkkejä kolokalisaation välillä miRNA ja CIS insertit on esitetty kuvassa. 1 ja täydellinen luettelo CIS liittyvän miRNA on esitetty taulukossa 1. Edelleen lisäämällä etäisyyttä (aiemmin 10 kb) ei johtanut merkittävään kasvuun miRNA liittyvät numerot CIS insertit (Fig. 2), mikä osoittaa, että yhdistyksen välillä miRNA ja CIS insertit on maksimaalinen lyhyillä etäisyyksillä.

Jokainen paneeli edustaa 20 kb genomista DNA: ta. Blue kolmiot osoittavat retroviruksen integraation sivustoja, punainen punkkeja edustavat miRNA, mustat laatikot ja viivat esittävät asemaa saumattu selostukset. (A) chr11: 87,562,001-87,582,000. (B) chrX: 48,977,001-48,997,000. (C) chr14: 113,914,001-113,934,000. Genome kokoonpano MM8.

Blue timantteja edustavat useita miRNA sijaitsevat osoitettuun etäisyyden tai vähemmän CIS insertit, ja punainen timantit vastaavat miRNA sijaitsevat osoitettuun etäisyyden tai vähemmän IVY-insertit. Trendiviivan varten miRNA liittyy IVYn insertit näkyy punaisena katkoviivalla.

Käytimme bootstrap simulointi arvioida tilastollisen merkityksen kolokalisaation välillä retroviruksen integraation sivustoja ja miRNA (katso materiaalit ja menetelmät). Koska jotkut miRNA on ryhmitelty genomissa ja siten jakautuu epätasaisesti, me ryhmitelty miRNA osaksi loci lisäämällä 5, 10, 20 tai 30 kb kullekin puolelle miRNA sijainti ja yhdistämällä päällekkäiset alueet. Tämä ryhmittely on tarpeen säilyttää ryvästettyä ja peräkkäin toistuvat miRNA yksittäisinä yksikköinä (loci) aikana bootstrap menettelyssä. Alueet saman kokoisia arvottiin sijoitettu hiiren genomiin ja tapauksia päällekkäisiä retroviruksen integraation sivustojen laskettiin. Määrä miRNA lokuksen, jotka sijaitsevat 10 kb tai vähemmän CIS teriä on noin 5,5 kertaa suurempi kuin mitä havaitaan sijoitetaan satunnaisesti loci, ja todennäköisyys saada tällainen numero sattumalta on arvioitu 1,7 × 10

-5. Rikastamisen heikkenee pituuden miRNA loci, ja todennäköisyys saada samanlaista päällekkäisyyttä miRNA loci ja CIS insertit sattumalta on suurempi pidemmillä matkoilla (taulukko 2). Bootstrap tiedot osoittavat, että vahvin yhdistyksen välillä miRNA loci ja CIS teriä on lyhyillä etäisyyksillä, jopa 10 kb. Tästä samaa mieltä, määrä CIS retroviruksen inserttien lähellä yksittäisille miRNA myös korkeasti rikastetun lyhyillä etäisyyksillä, ja rikastamista vähenemisestä etäisyyden.

Non-CIS insertit rikastunut läheisyydessä miRNA loci

Analysoimme kolokalisaation välillä miRNA ja retrovirus- insertit kartoitettiin ulkopuolella CISS. Nämä IVYn insertit ovat ei-aihekokonaisuuksien retroviruksen integraation sivustoja saatu syöpä näytöissä. Niiden rooli (jos on) kasvainten synnyssä on epäselvä ja niin nämä insertit ovat yleensä jätetty analyysin. Alhainen värikylläisyys joissakin syövän näytöissä että jotkut IVYn insertit saattavat sijaita alueilla osallisena kasvainten synnyssä, mutta toisaalta on mahdollista spekuloida, että jotkut ovat vain sivutuotteita syöpä näytön.

määrä miRNA sijaitsevat tietyllä etäisyydellä IVYn insertit kasvaa verrannollisesti etäisyyden miRNA ja IVYn insert (R

2 = 0,9396), kun taas määrä miRNA liittyy CIS insertit ei näy tällaisia vahva lineaarinen riippuvuus (Fig. 2) (R

2 = 0,7831). Yhdistys miRNA CIS insertit paremmin kuvata logaritminen trendiviivan R

2 = 0,945 (katso materiaalit ja menetelmät). Bootstrap simulaatio osoitti merkittävää rikastumista varten miRNA loci liittyvät ei-IVY insertit, varsinkin matkoilla alle 5 kb (taulukko 3). Määrä IVY-retroviruksen integraation sivustoja läheisyydessä miRNA on hieman korkeampi rikastamiseen kuin rikastamista varten miRNA loci. Tarkempi tutkiminen miRNA loci liittyy IVYn insertit paljasti useita lokusten kaksi itsenäistä IVYn insertit sijaitsee hyvin lähellä toisiaan. Esimerkiksi joukossa 13 miRNA loci (16 miRNA) ei-IVY insertit 10 kb, kymmenen loci on yksi insertti, ja kolme loci on kaksi lisää. Nämä tiiviisti sijaitsee insertit eristettiin eri syövän malleista, minkä vuoksi nämä insertit luokiteltiin ei-CIS. Analysoimme jakautumista etäisyyksien IVYn insertit genomissa. On huomattava kasvu määrän IVYn insertit sijaitsee 3 kb toisistaan, kun taas useita ei-CIS insertiot pidemmillä etäisyyksillä on enemmän tai vähemmän yhtenäinen mitattuna 1 ke jäteastioita. Yhteensä 332 ulos 3119 inserttien ulkopuolella CISS sijaitsevat 3 kb toisistaan.

Poistimme kaikki IVYn insertit sijaitsee 3 kb toisistaan ​​ja toistuva bootstrap analyysi. Kuitenkin jopa tämä aineisto osoittaa, noin kaksi kertaa runsaammin miRNA loci liittyy IVYn insertit erotettiin 3 kb tai enemmän (taulukko 4). Rikastamista on samanlainen kaikilla etäisyyksillä analysoitu mutta yhdistys pidemmillä etäisyyksillä on tilastollisesti merkitsevä.

Tämän perusteella bootstrap analyysi voimme päätellä, että miRNA loci osoittavat vahvin yhdessä CIS insertit lyhyillä etäisyyksillä (alle 10 kb ). Etäisyydeltä alle 10 kb rikastamista miRNA loci päällekkäin CIS teriä on kaksi kertaa suurempi kuin rikastuminen miRNA loci päällekkäiset IVYn insertit. Pidemmillä etäisyyksillä, kuten 30 kb miRNA loci osoittaisivat samanlaista yhdistys sekä CIS ja IVYn inserttejä.

MicroRNA lokuksen rikastetaan noin alkaa ja päättyy proteiini-koodaus geenit

on tunnettua, että integraatio-hiiren leukemiaviruksen virusten ja MLV-johdetut vektorit edullisesti esiintyy noin promoottorialueet [23]. Todellakin, ulos 3119 IVY-retroviruksen sivustoja RTCGD tietokannasta, 1190 (38%) sijaitsevat 5 kb selityksin transkription aloituspaikat RefSeq geenien (miehittää ~6.8% genomin). Tämä edustaa yli 5-kertainen rikastaminen, korkeampi kuin rikastuminen IVYn insertiot ympärillä miRNA loci (taulukot 3 ja 4). Out of 2373 CIS inserttien, 989 (42%) sijaitsevat 5 kb selityksin transkription aloituspaikat RefSeq geenien.

Analysoimme jakautumista miRNA lokusten hiiren genomissa suhteen RefSeq geenejä. Out of 381 miRNA paikoissa, 155 (41%) päällekkäisyys RefSeq Geenit jotka varaavat 32% hiiren genomin. Näistä 22 (6%) miRNA päällekkäin eksonit (2%: n genomin), ja 133 (35%) sijaitsevat intronit (30%: n genomin). Hieman yllättäen huomasimme, että miRNA rikastuvat lähelle alkuun tai loppuun geenien: 69 (18%) ja 72 (19%) miRNA sijaitsevat 5 kb RefSeq geenin transkription alkuun tai loppuun sivustoja, vastaavasti (~2.6 ja ~2.8 kertainen rikastus). Kaikkiaan 105 (51%) miRNA paikat sijaitsevat 5 kb joko alkuun tai loppuun, tai molemmat ( 3-kertainen rikastus). Lisäksi miRNA näyttää hieman korkeampi rikastumista alueilla, joilla geeni aloituspaikat erotetaan geenistä end sivustoja vähemmän kuin 10 kb (tuloksia ei ole esitetty).

MikroRNA liittyy IVYn insertit taipumus olla lähellä edistäjiä RefSeq geenit taas CIS-liittyvä miRNA yleensä kaukana promoottorit. Esimerkiksi 13 miRNA loci (16 miRNA) ovat IVYn insertit kartoitettiin 10 kb. Näistä 9 loci (69%) sijaitsevat 10 kb RefSeq geenistä alkaa, kun taas 10 CIS-liittyvä miRNA loci vain 4 ovat alle 10 kb RefSeq geenistä alkaa. Kuusi CIS liittyvä miRNA loci vähintään 17 miRNA sijaitsevat yli 10 kb päässä promoottorit RefSeq geenejä, mikä osoittaa, että havaitut yhdistyksen välillä miRNA ja CISS ei selitä kolokalisaation miRNA lähellä geenejä. Samanlainen suuntaus on havaittu miRNA 5k loci (miRNA 5 kb toisistaan): 10 miRNA 5k lokusten IVYn RIS 5 kb (taulukko 3), 7 päällekkäisyys RefSeq geeni alkaa. Out of 7 miRNA 5k lokusten CIS RIS sisällä 5k (taulukko 2), 3 päällekkäisyys RefSeq geeni alkaa.

Mielenkiintoista, ihmisen miRNA myös rikastunut noin transkription alkuun tai loppuun sivustoja RefSeq geenejä. On 543 selityksineen miRNA ihmisen perimässä kartoitettu 474 ainutlaatuinen miRNA esiaste paikoissa. Näistä 474 miRNA paikoista 108 (23%) sijaitsevat 5 kb RefSeq geenin transkription aloitus- tai /ja pää sivustoja (2,2-kertainen rikastus). Me yhdistimme nämä 474 sijainnit 311 miRNA 5k loci lisäämällä 5 kb kummallakin puolella esiaste ja sitten luotu pohja-pareittain liitto (OR) paikoista. Out of 311 miRNA 5k loci 92 (30%) limittyvät joko transkription alkuun tai loppuun sivustoja RefSeq geenejä tai molempia. Nämä 92 loci sisältävät 110 (23%) miRNA esiasteita. Näyttää siltä, ​​että miRNA loci läheisyydessä transkription alkuun tai loppuun sivustot sisältävät vähemmän miRNA esiasteita kuin miRNA loci sijaitsee kauempana geeneistä (1,2 ja 1,7 miRNA esiasteiden per loci, vastaavasti).

CIS-liittyvä miRNA säilytetään ja niiden ihmisten ortologeihin sijaitsevat syöpään liittyvien alueiden

CIS-liittyvä miRNA on joitakin yhteisiä piirteitä. Suurin osa (21 out of 22) CIS-liittyvä miRNA sijaitsevat ulkopuolella RefSeq proteiinia koodaavan geenien. Poikkeuksena,

mir-135a-1

, sijaitsee 3 ’UTR geenin 6230410P16Rik. Sen sijaan 5 out of 16 miRNA ottaa IVYn insertit 10 kb sijaitsevat RefSeq geenejä. Keskimäärin, CIS-liittyvä miRNA loci sisältävät enemmän miRNA kuin IVYn liittyvän miRNA loci (2,2 ja 1,2 miRNA per locus, vastaavasti).

CIS-liittyvä miRNA ovat yleensä konservoituneita kuin miRNA liittyy ei- CIS insertit sekä rinnastuksia useita selkärankaisten lajien ja ihmisen ja hiiren pairwise vertailuja. Ensinnäkin, käytimme ennalta laskettuun phastCons [24] säilyttämistä tulokset perustuvat 17 selkärankaisilla koko miRNA prekursorisekvenssejä. Keskimääräinen säilyttäminen sijoituksen 22 CIS-liittyvä miRNA on 0,941 vs. 0,739 16 IVYn liittyvä miRNA (katso materiaalit ja menetelmät lisätietoja). Toinen, vertasimme sekvenssin identiteetti hiiren miRNA esiasteita ja niiden ortologisia ihmisen sekvensseillä. CIS-liittyvä hiiri miRNA esiasteita on 96% identiteetti ihmisen sekvenssit taas ei-CIS-associated miRNA näyttö 91% identiteetti, hieman pienempi kuin keskimäärin identiteetti taso kaikille hiiren miRNA esiasteita (92%). Lisäksi CIS liittyvä miRNA esiasteita on huomattavasti vähemmän indeleitä hiiren ja ihmisen välillä sekvenssit.

Kun otetaan huomioon korkea säilyttäminen CIS liittyvien miRNA etsimme osallistumista ihmishomologit syövän kehittymisessä. Ihmishomologit kahdeksan CIS liittyvien miRNA lokuksen sijaitsevat hauras alueilla ja alueilla osallistuvien syöpää [7] (taulukko 1). On osoitettu, että miRNA yleensä alassäädetty syövässä [8]. Siksi verrattuna saatavilla olevat tiedot kudosspesifisen ilmentymisen ihmisen miRNA [25] ja syövän tyypistä liittyvän CISS (veri tai aivosyöpä) sijaitsee lähellä hiiren homologisten miRNA. Kahdeksan CIS-liittyvä miRNA lokuksen ovat yhteistyössä paikallistaa insertiot määrittää erityyppisiä verisyöpä (taulukko 1). Ihmisen ekspressiotietojen 24 eri ihmisen elinten ja solutyyppejä ollut saatavilla ortologeihin jäsenten 7 näiden lokusten [25]. On korkea välisen vastaavuuden miRNA ekspressiokuviota ja syöpätyypin aiheuttama retroviruksen insertio lähellä näitä miRNA. Viisi loci on ihmisen miRNA ortologeihin jonka ilmentyminen on suurinta kudoksissa liittyy veren kehitystä kuten luuytimestä tai kateenkorva. Toinen miRNA,

miR-22

, rikastetaan kateenkorva, vaikka se on yleisin luuston lihaksiin [25].

Keskustelu

Täällä osoittaa, että hiiren miRNA liittyy kanssa CISS. Rikastamista miRNA loci läheisyydessä CIS teriä on korkeampi kuin rikastuminen miRNA noin ei-aihekokonaisuuksien retroviruksen insertiot ulkopuolella CISS. Kaikki paitsi yksi CIS-liittyvä miRNA sijaitsevat ulkopuolella RefSeq geenejä ja jotkut niistä voidaan luokitella esikasvaintekijät tai kasvaimen synnyssä. Itse asiassa hyvin tunnettu onkogeenisiä miRNA cluster

mir-17-92

[9], [26] liittyy CIS insertit (taulukko 1). Ektooppinen ilmentyminen mir-17-92 klusterin kiihdyttää kasvaimen kehitystä hiiren lymfooma malli [9]. Toinen esimerkki on

mir-106a

miRNA kistroniin joka osoittaa lukuisia retrovirus- integraatiot lymfosyytin kasvain näyttö: kasvaimia sisältäviä inserttejä lähellä

mir-106a

miRNA klusterin näytteille jopa 20-kertaiseksi suurempi ekspressio näistä miRNA [27]. On myös jonkin verran näyttöä siitä, että on

mir-142

syövän kehittymisessä [28].

Muodollisesti emme voi sulkea pois sitä mahdollisuutta, että lisäykset vaikuttavat (etäinen) säätelyelementtejä sijaitsevat

cis

proteiini-koodaus geenien, erityisesti silloin, kun Ciss tapahtuu suhteellisen lähellä geenejä, esimerkiksi, on

HOX

klustereita (Fig. 1 c). Kuitenkin yhtä jos ei todennäköisempi selitys on se, että retrovirus-insertiot aiheuttavat muutoksia ilmaisun miRNA geenien, erityisesti niissä tapauksissa, joissa lisäykset tapahtuvat lähellä miRNA sijaan vaikuttaa kauempana proteiinia koodaavan geenien. Esimerkiksi kaikki viisi IVY insertioita alueella XqA5 ovat alle 5 kb kolmesta miRNA luettelossa, mutta yli 120 kb päässä määritetty RIS-geenin

GPC3

, ja neljä seitsemästä CIS insertioita alueella 11qC ovat lähempänä että

mir-142

kuin lähimpään osoitettu geeni

Supt4h2

. On myös mahdollista, että (jotkut) miRNA geeneillä on kromatiinin rakenteen avoin retrovirusproteiineihin integraation samanlainen promoottorialueet proteiinia koodaavan geenien. CIS-liittyvä miRNA edustavat ehdokkaat edelleen kokeelliset tutkimukset yhteydessä syövän -alueella.

Näyttää siltä, ​​että miRNA rikastuvat ympäri transkription alusta ja /tai lopusta sivustoja proteiinia koodaavan geenien sekä ihmisen ja hiiren . Ottaen huomioon vahva bias MLV integraatiot noin promoottorialueille [23] on mahdollista spekuloida, että havaitut rikastaminen IVYn retroviruksen insertiot lähellä miRNA voi olla ainakin osittain johtuen etuoikeutettu sijainti miRNA noin promoottorialueiden. Mielenkiintoista, miRNA lähellä transkription alkuun tai loppuun sivustoja yleensä ei-aihekokonaisuuksien osoittaa erityyppinen organisoinnin miRNA geeneistä.

Materiaalit ja menetelmät

Käytimme miRBase vapauttamaan 9,0 (lokakuu 2006), joka sisältää 373 hiiri miRNA, 363 joista kartoitettiin 381 sijainteihin Mouse helmikuu 2006 (MM8) genomin kokoonpano (Build 36 ”oleellisesti täydellinen” kokoamiseen NCBI).

Heinäkuun 2006 versio retrovi- Tagged Cancer Gene Database (RTCGD, https://rtcgd.ncifcrf.gov) [19] sisältää 2373 retroviruksen integraation sivustot luokiteltu kuuluvan Common Integraatiokohdat (CISS), ja 3119 retroviruksen integraation sivustot luokiteltu ulkopuolella CISS.

Kaikki analyysi tehtiin paikallinen peili UCSC Genome Browser [20].

Bootstrap analyysi tehtiin samalla tavalla kuin [29]. Lyhyesti, miRNA yhdistettiin miRNA loci lisäämällä 5, 10, 20 tai 30 kb kummallakin puolella myöhemmin emäsparin-viisasta liitto (OR) on UCSC Genome Browser. Tuloksena loci sattumanvaraisesti sijoitettu hiiren genomin kanssa kartoitettu CIS insertit tai insertit ulkopuolella CISS sekä tapaukset päällekkäisyyden laskettiin. Genome kokoonpano aukot poistettiin analyysistä. Päällekkäisyyksiä sijoitetaan satunnaisesti loci kiellettiin. Jokaista bootstrap testissä teimme 10

7 toistojen.

säilyttäminen Hiiren miRNA arvioitiin käyttäen phastCons säilyttäminen tulokset [24] kokonaisille miRNA esiasteita. PhastCons säilyttäminen tulokset perustuivat hiiren-keskeinen rinnastuksia 17 lajia ja saatiin UCSC genomista selaimen [20]. Keskimääräinen phastCons pääsi emäksiä kussakin tunnetaan miRNA laskettiin UCSC hgWiggle hyödyllisyys ja -doStats lippu. Hiiri-ihminen emäsparin identiteetin pisteet laskettiin pareittain genomin rinnastukset saatu UCSC genomista selaimen ja UCSC apuohjelmia axtAndBed ja axtCalcMatrix.

rikastuminen miRNA noin transkription alkuun tai loppuun sivustoja laskettiin seuraavasti: kaikki RefSeq geenin transkription alkuun ja loppuun sivustoja poimittiin genomista selaimen. Merkinnät luotiin lisäämällä 5 tai 10 kb jokaiseen transkription alkuun tai loppuun sivustolla. Rikastamista laskettiin suhde osa miRNA päällekkäisten näistä merkeistä ja osa genomin käytössä vastaavia merkintöjä.

Lineaarinen ja logaritminen trendiviivoja ja R2-arvot laskettiin käyttäen Microsoft Excel 2003 lineaarinen Trendline for miRNA liittyy IVYn insertit kuvattiin y = 1.2286x + 6,3333 R

2 = 0,9396. Lineaarinen Trendline for miRNA liittyy CIS insertit oli kuvattu y = 0.3371x + 17,6 ja R

2 = 0,7831. Logaritminen Trendline for miRNA liittyy CIS insertit oli kuvattu y = 5.2282Ln (x) 9,3527 R

2 = 0,945.

Kiitokset

Haluamme kiittää Retrovirusperäinen Tagged Cancer Gene Database (RTCGD) niiden apua tarjoaa pääsyn kartoitettu retrovi- asetuspaikkaa. Haluamme kiittää anonyymi tarkastuskohteille rakentavia kommentteja ja ehdotuksia.