Krooninen sairaus

tiivistelmä

Genetic polymorfismien oksidatiivista stressiä reitin geenit voivat edistää syövän synnyn, tauti uusiutuu, hoitovaste, ja kliinisiä tuloksia. Käytimme polun lähestymistavan vaikutusten määrittämiseksi useiden yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t) tämän reitin kliiniseen tulokseen ei-lihas-invasiivisia virtsarakon syöpä (NMIBC) hoidetuilla potilailla Bacillus Calmette-Guerin (BCG). Me genotyyppi 276 SNP 38 geenien ja arvioitiin niiden yhteenliittymien kanssa kliinisiä tuloksia in 421 NMIBC potilailla. Kaksikymmentä-kahdeksan SNP liittyivät uusiutumisen BCG-hoidetussa ryhmässä (

P

0,05). Kuusi SNP, joukossa viisi

NEIL2

geeni yleisestä ja BCG ryhmä pysyi merkitsevästi liittyy uusiutumisen jälkeen monivertailu säädöt (

q

0,1). Kumulatiivinen epäsuotuisa genotyypin analyysi osoitti, että toistumisen riskiä kasvoivat, määrän epäsuotuisa genotyyppien. Analyysissä riskitekijöiden etenemiseen liittyvä sairaus, rs3890995 vuonna

UNG

edelleen merkittäviä oikaistu monivertailu (

q

0,1). Nämä tulokset tukevat hypoteesia, että geneettiset vaihtelut vastaanottavassa oksidatiivista stressiä geenien NMIBC potilaat saattavat vaikuttaa vastetta BCG.

Citation: Wei H, Kamat A, Chen M, Ke HL, Chang DW, Yin J, et ai. (2012) yhdistys polymorfismit oksidatiivinen stressi Geenit kanssa Kliiniset tulokset virtsarakon syövän Hoidettu Bacillus Calmette-Guerin. PLoS ONE 7 (6): e38533. doi: 10,1371 /journal.pone.0038533

Editor: Rajvir Dahiya, UCSF /VA Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 08 joulukuu 2011; Hyväksytty: 06 toukokuu 2012; Julkaistu: 12 kesäkuu 2012

Copyright: © 2012 Wei et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: tukemana avustukset National Institutes of Health /National Cancer Institute: U01 CA 127615, R01 CA 74880, P50 CA 91846, ja R01 CA 131335 (https://www.cancer.gov/researchandfunding). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Kun Yhdysvallat, virtsarakon syöpä on neljänneksi yleisin syöpä ja kahdeksas johtava kuolinsyy syöpään miehillä, arviolta 69250 uutta tapausta ja 14990 kuolemantapausta vuonna 2011 [1]. Suurin osa (75% -85%), virtsarakon syöpä on ei-lihaksen invasiivisia ensimmäisen diagnoosin, jotka sisältävät pinnallisen ei-invasiivisen (PTA), vähän invasiivisia (pT1), tai karsinooma in situ (CIS) [2]. Kaiken virtsarakon syövän uusiutuminen ei-lihas- invasiivisia virtsarakon syöpä (NMIBC) on raportoitu olevan 31-78% 5 vuotta, ja korkean riskin ryhmiin, 17-45% potilaista etenee lihasten invasiivisen sairauden 5 vuoden [3 ] – [4]. Höyläysleikkaus (TUR) on kultakantaan diagnoosiin ja alhaisen riskin Ta T1 siirtymäkauden cell carcinoma (TCC) käsittely [5]. Kuitenkin toistuminen 3 kuukautta potilaalle multifokaali kasvaimia vaihteli 7% ja 46%, mikä viittaa eri TUR laatuja [5].

kasvainsoluista on usein kohonnut taso DNA hapettumistuotteet ja hapetus-aikaansaatujen mutanttien [ ,,,0],6]. Oksidatiivinen stressi aiheuttaa proteiinin, lipidin, ja DNA-vaurioita, ja on kriittinen patofysiologisissa tapahtuma osallisena useissa ihmisen patologioiden, mukaan lukien syövän [7] – [8]. Kuitenkin kiihtyi korjaus hapettuneen DNA voi suojata syöpäsoluja haitallisilta oksidatiivisen DNA-vaurioita [9] ja liittyy etäpesäkkeitä ja huono potilaan eloonjääminen [10]. Monet oksidatiivisen stressin geenejä, kuten e

NOS, MnSOD,

ja

GPX

on polymorfisia ja on tutkittu yhdessä syöpäriski ja kliinisiin tuloksiin [11] – [14].

vähentää toistumisen ja etenemistä NMIBC, intravesikaalisen asennus Bacillus Calmette-Guerin (BCG) annetaan usein jälkeen TUR. BCG hallinto on raportoitu aiheuttavan paikallisia oksidatiivista stressiä, joka voi välittää antituumorivaikutuksen [15]. Oletimme, että polymorfismit oksidatiivisen stressin-reitin geenit voivat moduloida uusiutumisen riskiä ja etenemisen BCG hoidetuilla potilailla. Tämän hypoteesin testaamiseksi teimme tutkimuksen vaikutusten arvioimiseksi 276 yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) 38 avain geenit oksidatiivisen stressin kautta. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus tutkia yhdistyksen välillä kattavan paneeli polymorfismien oksidatiivisen stressin-reitin geenit ja uusiutumisen riskiä tai etenemisen NMIBC potilailla, erityisesti niillä jotka saavat BCG-hoidon.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kirjallinen suostumukset saatiin kaikille potilaille ennen ilmoittautuminen tässä tutkimuksessa. Tutkimuksen hyväksyi Institutional Review Boards MD Anderson Cancer Center ja Baylor College of Medicine.

Tutkimus Väestö

Tutkimus väestö ja ilmoittautuminen menettelyjä on kuvattu aiemmin [16]. Potilaat rekrytoitiin The University of Texas MD Anderson Cancer Center ja Baylor College of Medicine osana meneillään olevassa hankkeessa vuodesta 1999. Kaikki potilaat tunnistettiin tarkastamalla päivittäin sähköisen klinikan aikataulut klo urologian ja GU Medical Oncology klinikoilla. NMIBC potilasta äskettäin diagnosoitu, histologisesti vahvistettu, ja ei ollut aiemmin kemoterapiaa tai sädehoitoa aikaan rekrytointi. Ei ole asetettu rajoituksia iän, sukupuolen, etnisen alkuperän, histologia tai vaiheessa rekrytointiin. Koska yli 90% palvelukseen tapauksista oli siirtymäkauden cell carcinoma (TCC), me vain mukana TCC tapauksissa tässä tutkimuksessa. Lisäksi suurin osa potilaista tutkimuksessamme väestöstä (90,6%) oli valkoihoiset; Siksi me rajoitettu analyysi valkoihoiset rajoittaa hämmentävä vaikutus väestön kerrostumista. Kaikkiaan 421 NMIBC potilasta osallistui tähän tutkimukseen.

Epidemiologiset ja kliiniset Tiedonkeruun

M. D. Anderson henkilökunta haastattelijat annettiin 45 minuutin henkilökohtaista haastattelussa kaikille osallistujille keräämään tietoa demografisia ominaisuuksia, tupakointi historia, sairaushistoria, ammatti ja valotuksen ja suvussa syöpää. Lopussa haastattelun, kaikki osallistujat lahjoitti pieni verinäyte DNA: n eristämiseksi ennen kuin saa mitään hoitoa. Potilaita hoidettiin TUR seurattiin ajoittain kystoskopialaitteita tutkimukset, ja sen jälkeen jonkin verran hoidettiin BCG. Tämä käsittely koostui joko BCG 6 viikoittain tiputtamista (induktio BCG, iBCG) tai iBCG + huolto BCG (mBCG) 3 viikoittain sykliä annetaan 3, 6, 12, 18, 24, ja 30 kuukauden kuluttua iBCG [17]. Kliiniset tiedot saatiin potilastiedot koulutetun kaavio tarkastelu asiantuntijoita. Lopussa oleva tulos arvioinnin tässä tutkimuksessa olivat uusiutumisesta ja kehityksestä, joka laskettiin alkaen diagnoosi päivämäärä päätepisteen tapahtumia, kuolema tai viime seurannassa, kumpi tuli ensin. Kasvaimen uusiutumisen määriteltiin havaittuja virtsarakkokasvain kielteisen seurannan kystoskopia, että syövän etenemiseen määriteltiin siirtymistä ei-lihas-invasiivisia invasiivisia tai etäpesäkkeitä. Potilaat, jotka kuolivat tai menettivät seurata ennen päätepistettä tapahtumia sensuroitiin.

valinta ja genotyypin polymorfismit oksidatiivinen stressi-Pathway Genes

koottu geeni listaa käyttämällä SNPs3D bioinformatiikan välineitä (http: //www.snps3d.org) [18]. Sitten tunnistettiin koodaus SNP päässä Hapmap tietokannasta (https://www.hapmap.com). Samanlaisia ​​edellisessä tutkimuksessa [19], kaikki SNP sopivat seuraavat kriteerit:

r

2

0,8, pienet alleelin taajuus (MMM) 0,05, ja sijaitsevat 10 kb ylävirtaan 5 ”-untranslated alue (UTR) ja 10 kb alavirtaan 3′-UTR geenin. Olemme myös potentiaalisesti toiminnallinen SNP kanssa MAFs 0,01 (esim koodaus SNP ja SNP UTR, promoottorit, tai silmukointikohdista) kantavassa genotyypitys suoritettiin käyttäen Illumina n IValitse muokatun SNP array (Illumina, San Diego, CA) ja keskimääräinen puhelun oli 99,7%.

Luciferase Reporter Assay selvittäminen vaikutus NEIL2: rs4639 Alleelit sääntelyyn NEIL2 ilmentymisen MikroRNA

reportterikonstruktio peräisin pGL3 (Ambion), joka sisältää 3′- UTR

NEIL2

synnytettiin seuraavasti: 1,35 kb: n fragmentti

NEIL2

3′-UTR monistettiin genomisesta DNA: sta seuraavilla alukkeilla: Forward1, 5′-GAAGATGGGTTACAGAGGCT; Reverse1, 5′-CAGACATCGTGGTGACAGAG. Sen jälkeen 0,35 kb sisäkkäistä PCR-fragmentti 3′-UTR sisältävä rs4639 synnytettiin alukkeilla: Forward2, 5′- AATTCTAGAGGGATACAGGCACCAAGAGGCGG; Reverse2, 5’GTAGGCCGGCCGCGAGTAACAGTGAGCTTTAT. Monistettu tuote digestoitiin Xbal: llä ja FseI ja subkloonattiin pGL3 kontrollivektorilla. Muunnos

NEIL2

alleeli konstrukti muodostettiin kohdennetulla mutageneesillä, jossa alukkeet: Forward3, 5’GATTTGTTGgACAATTCAGGAATCAAGG ja Reverse3, 5′-TCCTGAATTGTcCAACAAATCAACAGTCAC.

UM-UC-9 virtsarakon epiteelin syövän soluja ystävällisesti saatu Dr. Barton Grossman laboratoriossa ja oli todennettu kuuden kuukauden kuluessa ennen tutkimuksemme [20]. UM-UC-9-solut transfektoitiin 0,5 ug villityypin tai variantin

NEIL2

3′-UTR rakentaa yhdessä 5 pmol negatiivisen RNA kontrolli (salattu järjestyksessä), miR-421, tai asennuspalveli- 1200 microRNA (miRNA) matkivat (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) ja 10 ng pGL4 Renillan lusiferaasin toimittaja (Ambion, Carlsbad, CA) käyttäen Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA) 36 tuntia. Reportteri ilmentyminen analysoitiin käyttämällä Dual-Luciferase Reporter Assay System (Promega, Madison, WI) ja lusiferaasiaktiivisuudet mitattiin Fluostar Optima mikrolevylukijalla (BMG Labtech, Cary, NC). Kukin määritys toistettiin itsenäisesti kolme kertaa viisi rinnakkaista.

TILASTOANALYYSI

Tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen STATA 10,0 (Stata Corp., College Station, TX, USA). Χ

2 testi (kategorisen muuttujat) tai Opiskelijan

t

-testi (jatkuvien muuttujien) käytettiin vertaamaan ominaisuuksien välillä potilasryhmien kanssa tai ilman sairauden lopputulokseen. Kytkentäepätasapaino- (LD) yksittäisten SNP arvioitiin, jossa

r

2

0,8 määriteltiin olevan samassa haplotyyppi lohko.

Kunkin potilaan, laskimme toistumisen vapaa elinaika kun diagnoosista uusiutuminen, eteneminen tai kuolinpäivästä tai Viimeisimmässä seurannassa. Potilaat, jotka olivat menettäneet seuranta tai kuollut ennen päätepisteenä tapahtuma sensuroitiin. Laskimme htv vaarassa kussakin genotyyppi luokassa summana uusiutumisen elinaika aikoina kaikkien aineiden että genotyyppi luokkaan. Vaikutukset genotyyppien SNP virtsarakon syövän hoitotulokset arvioitiin riskisuhteita ja 95%: n luottamusväli (95% CI) käyttäen Coxin monimuuttuja regressio alla hallitseva, resessiivinen, ja lisäaine malleja perintöoikeuden ikä-, sukupuoli, ja tupakoinnista, tarvittaessa. Voit hallita useita vertailun,

q

arvo (väärä löytö korko [FDR] -adjusted

P

arvo) käytettiin säätämään merkitsevyystaso yksittäisten SNP.

q

arvo laskettiin

q

arvo paketti toteutettu R ohjelmisto. Bootstrap resampling menetelmällä käyttäen 100 bootstrap näytteitä levitettiin sisäisesti validoinnissa.

P

muutossuunnat arvo laskettiin määrä epäsuotuisan genotyyppien kuin portaattomasti käyttäen ehdoton Coxin regressiota.

Kaikki analyysit ositettiin iän, sukupuolen, tupakoinnin tila, kasvain vaiheessa kasvaimen, ja hoito. Sillä kumulatiiviset vaikutukset useita geneettisiä variantteja, haitalliset genotyypit summataan ja luokiteltu useissa haitallisia genotyyppien henkilöillä. Arvioida kumulatiiviset vaikutukset geneettisiä variantteja, me tiivistää haitallisia genotyyppien (genotyypit liittyy merkittävästi lisääntynyt riski pääasiallinen vaikutus analyysin jälkeen säädön monimuuttujille) kunkin aihe. Kaplan-Meier tontteja ja log-rank testit levitettiin vertailla eroja uusiutumisen elinaika aikoina eri genotyyppiä. Ei-parametrinen Wilcoxonin Ranksum testiä käytettiin vertaamaan erojen lusiferaasin toimintaa reportteri määrityksessä. Kaikki tilastolliset testit olivat kaksipuolisia.

Tulokset

Ominaisuudet tutkimuspopulaation

Näistä 421 valkoihoisiin me seurasimme, 346 (82,2%) oli miehiä ja 75 ( 17,8%) oli naisia. Heistä 232 (55,1%) oli tauti uusiutuu, mediaani uusiutumista vapaa elinaika +14,05kuukausi. Kuten taulukosta S1, ei ole merkittäviä eroja uusiutumisriski tunnistettiin iän (

P

= 0,68), sukupuoli (

P

= 0,11), tupakointi tila (

P

= 0,69), syöpä vaiheessa (

P

= 0,13), tai syöpä arvosana (

P

= 0,19). Ei ollut merkittäviä eroja etenemisen iän (

P

= 0,05) tai tupakointi (

P

= 0,96). Miehet olivat korkeampia sairauden etenemisen kuin naisilla (

P

= 0,01) ja potilaat, joilla on korkeampi vaiheen tai asteen olivat myös herkemmin etenemiseen (

P

0,01). Koska BCG oli ensisijaisesti annettiin niille, joilla on suurempi riski toistumisen [21], vertasimme eri BCG hoitoja riskejä toistumisen ja etenemistä. Verrattuna iBCG, mBCG hoito oli merkitsevästi yhteydessä heikentyneeseen riskejä toistumisen ja etenemistä (

P

0,01).

Analyysit sairauden uusiutumisriski stratifioituna Treatment

Kaksikymmentäviisi SNP liittyi merkittävästi uusiutumisen riski yleistä potilailla, ja säätämisen jälkeen monimuuttujille, 6 pysynyt merkittävänä, jossa on

q

-arvo ≤0.1 (taulukko S2). Vuonna TUR potilailla, 34 SNP liittyivät merkittävästi toistumisen riski (

P

0,05), mutta säätämisen jälkeen monimuuttujille yhtään edelleen merkittäviä (taulukko S3). BCG-hoitoa saaneilla potilailla, 28 SNP liittyivät merkittävästi toistuminen, ja säätämisen jälkeen monimuuttujille, 6 pysynyt merkittävänä, jossa on

q

-arvo ≤0.1 (taulukko 1, taulukko S4).

sisäisesti vahvistaa nämä tulokset, suoritimme satunnaisesti bootstrap näytteitä merkittävistä SNP 100 toistojen ja listattu monta kertaa, että

P

arvo oli 0,05. BCG-hoitoa saaneilla potilailla, neljä viidestä alkuun SNP

NEIL2

oli erittäin johdonmukaisia ​​tuloksia, jossa oli bootstrap

P

arvojen 0,05 yli 90% näytteiden (taulukko 1).

kumulatiivinen vaikutus useita SNP toistumista vuonna NMIBC potilaat

tiivisti määrän epäsuotuisa genotyyppien kunkin ja luokiteltu potilailta tertile jakelun niiden toistumisen riskiä, ​​mikä osoitti annos -riippuvaisella trendi kolmeen ryhmään (

P

suuntaus 0,0001). Kaikkiaan potilailla verrattuna matalan riskin ryhmään, mediaani-riskin ja korkean riskin ryhmiin oli 1,2-kertainen (HR, 1,21, 95% CI, 0,85-1,71) ja 2,2-kertainen (HR, 2,21, 95 % CI, 1,60-3,05) suurempi riski toistumisen, vastaavasti (

P

0,01, taulukko 2). Joukossa BCG (iBCG yksin tai iBCG plus mBCG) saaneilla potilailla, verrattuna alhaisen riskin ryhmä, mediaani-riskin ja korkean riskin ryhmiin oli 1,46-kertainen (HR, 1,46, 95% CI, 0,9-2,38) ja 3,5-kertainen (HR, 3,52, 95% CI, 2,23-5,55) suurempi toistuminen riski, vastaavasti (

P

0,01, taulukko 2). Kaplan-Meier kokonaismäärästä ja BCG-hoitoryhmien osoitettu eroja mediaani uusiutumista vapaan elinajan kertaa (MST) (log rank -testi,

P

= 0,0001; kuvio 1 A ja B).

(A) Kaplan-Meier toistumisen elinaika kaikissa NMIBC potilailla ryhmitelty kolmen riskiryhmien kuten luokiteltu useissa epäsuotuisa genotyyppien oksidatiivisen stressin kautta. Toistuminen-vapaa Keskimääräinen elinaika [MST] = 42,3, 12,5, ja 5,6 kuukautta alhaisen, keskisuuren ja korkean riskin potilaista (

P

log-rank = 0,0001). (B) Kaplan-Meier toistumisen elinaika BCG-hoitoa saaneilla potilailla ryhmitelty kolmen riskiryhmien kuten luokiteltu useissa epäsuotuisa genotyyppien oksidatiivisen stressin kautta. MST = 66,1, 25,4, ja 16,6 kuukautta) alhaisen, keskisuuren ja korkean riskin potilaista (

P

log-rank = 0,0001). (C) Kaiken Kaplan-Meier vaikutuksesta

UNG

: rs3890995 genotyypit on ilman taudin etenemistä in NMIBC potilailla (kolmessa riskin alaryhmien, ilman taudin etenemistä oli suurempi kuin seuranta-ajan 132,6 kuukautta). Verrattuna potilaisiin kuljettavat homotsygoottinen variantti genotyyppi, joilla on ainakin yksi villityyppisen alleelin osoitti enää ilman taudin etenemistä ajan (

P

log-rank = 0,04). ww-homotsygoottinen villityyppi; wv- heterotsygoottinen; vv-homotsygoottinen variantti.

Effects of SNP on taudin etenemisen

NMIBC potilailla, 23 SNP liittyivät merkittävästi etenemisen (

P

kuvio 1 C). Koska rajallinen määrä etenemisen tapauksissa emme suorita samanlaista arviointia BCG-hoitoa saaneilla potilailla.

Effects HSA-mir-421 ja HSA-mir-1200 NEIL2 Expression

Koska yksi merkittävimmistä SNP

NEIL2

: rs4639, sijaitsee geenin 3′-UTR, me skannattu

NEIL2

3 ’UTR alue mahdollisia miRNA sitoutumiskohtia Targetscan ( www.targetscan.org). Tulokset osoittivat, että rs4639 alleeli sijaitsee lähellä mahdollisesti heikossa sitoutumiskohdan miRNA HSA-miR-421 ja HSA-miR-1200 (kuvio 2). Me kloonattu 3’UTR

NEIL2

ja analysoidaan vaikutuksia tämän SNP on miRNA-välitteisen ilmentymisen sääntely. Kaksi miRNA oli samanlainen estäviä vaikutuksia sekä villityypin ja muunnoksen rs4639 ilmentymistä (kuvio 2), mikä viittaa siihen,

NEIL2

: rs4639 ei välttämättä vaikuta kohdistamista näiden miRNA.

tulos kahden lusiferaasireportterigeenin määritys osoittaa vaikutukset rs4639 variantti, HSA-mir-421 (-421), ja HSA-mir-1200 (-1200) on toimittaja ilme. Kaikki arvot normalisoitiin

Renilla

lusiferaasiaktiivisuudet ja ilmaistaan ​​prosentteina lusiferaasin aktiivisuuden transfektoitu villin tyypin reportterikonstruktista ja negatiivinen kontrolli-RNA (Ctrl). Arvot ovat keskiarvoja viiden rinnakkaisena virhepalkit keskihajonta. **,

P

0,01 Wilcoxonin Ranksum testi. Määritys toistettiin kolme kertaa samanlaisin tuloksin.

Keskustelu

arvioitiin yhdistyksen paneelin 276 SNP 38 oksidatiivista stressiä geenien kanssa toistumisen NMIBC hoidetuilla potilailla tai ilman BCG. Havaitsimme 25 SNP jotka liittyivät merkittävästi syövän uusiutumiseen kaikissa (Turkissa ja BCG-käsitelty) potilaista, 34 merkittäviä SNP TUR vain potilaille, ja 28 merkittäviä SNP BCG-hoitoa saaneilla potilailla. Lisäksi löysimme merkittäviä geeni-annoksen vaikutukset kumulatiivinen analyysi, ja tunnistaa yksi SNP liittyy NMIBC etenemiseen.

Merkittävin SNP liittyy uusiutumisen BCG-hoidetussa ryhmässä oli

NEIL2:

rs804256, joka sijaitsee intronialue. Verrattuna villityypin genotyyppejä, uusiutumisen riskiä homotsygoottinen variantti CC-genotyyppi kasvoi yli nelinkertaiseksi. Tämä SNP ei ollut merkittävää TUR vain alaryhmä, mikä viittaa mahdollisen vuorovaikutuksen rs804256 BCG hoito. Viisi kuudesta merkittävimmistä SNP sijaitsevat

NEIL2

, mikä korostaa tämän geenin uusiutumisen riskiä.

NEIL2

kuuluu luokkaan DNA-glykosylaaseja homologinen bakteerin FPG /Nei perhe, joka on olennaista poistaa sytosiini-johdettu vaurioita, erityisesti 5-hydroxyuracil ja 5-hydroxycytosine [22]. On raportoitu, että kaksi 5′-UTR polymorfismien pienentää

NEIL2

ilme ja lisätä mutageeni aiheuttama geneettinen DNA-vaurioita [23]. Downregulation

NEIL2

ilmentyminen voi johtaa lisääntyneeseen oksidatiivisen stressin ja perimän epävakaisuuden nopeasti lisääntyviin kudoksiin [24].

NEIL2

voi myös tärkeä rooli korjaus DNA aiheuttaman vaurion karsinogeeninen metallit [25]. Yksi merkittävimmistä SNP liittyy toistuminen, rs4639, sijaitsee 3′-UTR

NEIL2

. Lusiferaasireporttiterilla määrityksen tulokset osoittivat, että HSA-mir-421 ja HSA-mir-1200 miRNA oli samanlainen estäviä vaikutuksia sekä villityypin ja muunnoksen rs4639 ilme. Koska joko miRNA osoittivat samanlaisia ​​estäviä vaikutuksia sekä villityypin ja muunnoksen genotyyppien, on mahdollista, että rs4639 voi olla aiheuttava muunnos, mutta toimii koodaus SNP muita polymorfismien, jotka saattavat edistää virtsarakon syövän uusiutumista muuttamalla

NEIL2

ilmentymistä tai toimintaa. Vaihtoehtoisesti variantti alleeli tämän SNP voi vaikuttaa kohdistamista muihin miRNA. Tulevaisuuden hieno kartoitus ympäröivillä alueilla merkittävimpiä tagSNPs tarvitaan tunnistaa syy geneettisen muunnelmat ja niiden molekyylitason mekanismeja.

Havaitsimme myös merkittävän geeni-annos vaikutus kuuden koodaus SNP, joka osoitti merkittävää tärkeää vaikutusta. Potilaat, joilla on eniten epäedullinen genotyyppien oli suurin riski NMIBC toistuminen, mikä viittaa siihen, että lisäriski genotyypit tämän avaimen reitin olivat haitallisia. Tämä korostaa arvioitaessa useita SNP yhteiseltä koulutusjakson kliinisten tulosten arvioinnissa.

Yksi polymorfia,

UNG

: rs3890995, oli merkitsevästi yhteydessä NMIBC etenemiseen. Rs3890995 sijaitsee 1,87 kb ylävirtaan

UNG

5’UTR. Yksi tärkeä tehtävä UNG on tunnistaa ja poistaa urasiili DNA pilkkomalla N-glycosylic sidoksen ja aloittamaan pohja-Leikkauskorjauksessa reitin. DNA urasiili peräisin sytosiinin deaminointi tai väärinliittymistä dump jäämiä [26]. On mahdollista, että variantin alleelin SNP rs3890995 voivat vaikuttaa geenin transkriptioon ja muuttaa siten proteiinin tasolla. Vaihtoehtoisesti se voidaan liittää muihin syy varianttien

UNG

.

Yhteenvetona osoitimme, että geneettisten polymorfismien oksidatiivisen stressin reitin geenit voivat moduloida riskiä NMIBC uusiutumisen ja etenemisen BCG saaneilla potilailla. Lisäksi olemme suorittaneet varsin kattava kysely oksidatiivisen stressin koulutusjakson polymorfismien yksityiskohtaiset kliiniset tiedot ja analyysit, joita tarjotaan merkittävää näyttöä siitä osallistumisen tämän väylän kliinisiä tuloksia virtsarakon syövän potilaiden, erityisesti BCG hoito. On joitakin rajoituksia tässä tutkimuksessa. Esimerkiksi vain valkoihoiset olivat mukana. Olisi mielenkiintoista tentti nämä SNP vähemmistöihin. Lisäksi otoskoko ei ole erityisen suuri, vaikka voima laskelma osoitti, että analyysimme oli riittävä teho ( 80%) havaitsemaan tärkeimmät vaikutukset analysoidaan. Vaikka suuri osa tiedoista sisäisesti validoitu, tuleva replikointi tutkimukset itsenäisissä populaatioiden tarvitaan vahvistamaan joitakin tuloksia ja kääntää havainnot kliinisiin kokeisiin.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Demografiset ja kliinisten muuttujien 421 NMIBC potilaille.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038533.s001

(DOC) B Taulukko S2.

Oksidatiivinen stressi geenin SNP ja uusiutumisen riski yleistä NMIBC potilailla.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038533.s002

(DOC) B Taulukko S3.

Oksidatiivinen stressi geenin SNP ja uusiutumisen riski NMIBC saaneilla potilailla TUR vain.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038533.s003

(DOC) B Taulukko S4.

Oksidatiivinen stressi geenin SNP ja uusiutumisen riski NMIBC saaneilla potilailla BCG hoitoa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038533.s004

(DOC) B