Krooninen sairaus

tiivistelmä

mutaatiot adenomatoottisen polypoosin coli (

APC

) geeni ovat yhteisiä ja voimakkaasti kehittämiseen liittyvät paksusuolisyövän adenoomien ja karsinoomien. Vaikka laajalti tutkittu modernin populaatioissa, raportteja sisäelinten kasvaimia antiikkinen väestö ovat niukat. Parhaan tietomme mukaan geneettinen luonnehdinta liittyvien mutaatioiden ja peräsuolen syövän antiikin näytteitä ei ole vielä kuvattu. Tässä tutkimuksessa olemme sekvensoitu kuormittajat mutaatioita APC-geenin eristettiin 18

luvulla luonnollisesti säilötty ihmisen Unkari muumioita. Vaikka villityypin APC sekvenssit havaittiin kahdessa muumioita, huomasimme E1317Q missensemutaatio, tiedetään olevan peräsuolen syövän altistava mutaatio, joka paksusuolen kudosta 18

vuosisadalta muumio. Tuloksemme viittaavat siihen, että tämä geneettinen alttius syöpään oli jo ennen teollistumisen aikakauden. Tämä tutkimus vaatii samanlaisten tutkimusten antiikin näytteitä eri aikoina ja maantieteellisiä alueita tehdä ja jaetaan varten saamiseksi suuremmassa mittakaavassa analyysi, joka valottaa aiemmin syövän epidemiologiaa ja syövästä kehityksestä.

Citation: Feldman M, Hershkovitz I, Sklan EH, Kahila Bar-Gal G, Pap I, Szikossy I, et ai. (2016) havaitseminen kasvainsuppressorigeenin Variant altistava peräsuolen syövän 18th Century unkarilainen äiti. PLoS ONE 11 (2): e0147217. doi: 10,1371 /journal.pone.0147217

Editor: David Caramelli, University of Florence, ITALIA

vastaanotettu: 30 syyskuu 2015; Hyväksytty: 30 joulukuu 2015; Julkaistu: 10 helmikuu 2016

Copyright: © 2016 Feldman et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperin.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat: Dan David Foundation; Tassia ja tohtori Joseph Meychan puheenjohtaja historia ja filosofia Medicine. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä on merkittävä syy sairastuvuutta ja kuolleisuutta länsimaissa [1,2]. Parannuksia varhainen toteaminen ja hoito ovat johtaneet laskua kuolleisuutta, kun taas ilmaantuvuus ovat nousseet [3]. Tyypillisesti esiasteita ja peräsuolen syöpä ovat adenomatoottisen polyypit, jotka ovat hyvänlaatuisia neoplastisia solumöykkyjen [4]. Useimmat satunnaista adenomatoottisten polyyppeja sekä useimmat kolorektaalisyövissä sisältävät tyypillisiä geneettiset muutokset [5].

adenomatoottisen polypoosin coli (APC) B on tärkeä tuumorisuppressorigeenin, joka sijaitsee ihmisen kromosomissa 5q21. Mutaatiot APC liittyvät vahvasti kehittämiseen peräsuolen adenoomien ja karsinoomien [6]. Noin 50% väestöstä kehittyy peräsuolen polyypit alulle tällaisen mutaatioita aikana normaalin elinkaaren [7]. Somaattiset mutaatiot APC-geenin havaittiin ei ainoastaan ​​potilailla, joilla on paksusuolen ja peräsuolen karsinooma, mutta myös potilailla, joilla on haimasyöpä [8], mahasyöpä [9], suun okasolusyöpä [10], hepatoblastooma, rintasyöpä, aivokasvain ja desmoidisairaus kasvain [11]. Noin 80% somaattisista mutaatioista APC-geenin kohdistuvat erityisiin ”hot spot” ja ovat ryhmittyneet sisällä alue kodonin 764 ja kodonin 1596 nimeltään Mutaatio Cluster alue (MCR). Yli 95% on ketjun päättävä mutaatioita, jotka johtaisivat ilmentymisen katkaistun proteiinin. Inaktivointi molempien alleelien APC tarvitaan kehitystä useimpien kasvainten paksusuolen ja peräsuolen [12].

Syöpä on aikaisin dokumentaatiota. Egyptian lääketieteen papyrusten vuodelta niinkin kauan sitten kuin 1500 BCE on todettu kuvaamaan kasvaimia. Herodotus ja Hippokrates molemmat mainita syöpä [13-15]. Useimmat paleopathological raportit kasvaimia aiemmin populaatioiden perustuvat luustokudokseen joka on runsaampaa arkeologisia kohteita. Kuitenkin jotkut kasvaimia pehmytkudoksen on raportoitu [16-26]. Vaikka on olemassa monia teorioita esiintyvyys syöpä meidän päivinä, joiden piirissä syövän kanssa elämäntapa, ruokavalio, liikunta ja lisääntymiseen malleja, lisää tietoa eri ajankohtina historiassa tarvitaan paremmin ymmärtää rooli näiden tekijöiden historiallisiin populaatioissa .

Natural muumioituneen mahdollistaa säilyttämisen pehmytkudoksen. Näytteitä muumioitu kudoksista voi antaa arvokasta tietoa antropologinen, historiallisista ja lääketieteen näkökulmista. He voivat opettaa meille tärkeitä asioita koskien kehitystä sairauksia, jotka saattavat olla arvokkaita ennustaa tulevaa evoluution muutoksia. Vuosina 1994 ja 1995 yli 265 muumioita kaivettiin sinetöity kryptissa Dominikaanisessa kirkon Vác, Unkari. Kryptissa käytettiin jatkuvasti burials useita keskiluokan perheiden ja papisto, 1731-1838. Lämpötila kryptissa vaihteli kahdeksan-yksitoista astetta, kryptissa olivat heikosti mutta jatkuvasti tuuletettu ja jäännökset olivat suojattuja kosteudelta mänty lastut, joka täytti monet ruumisarkkuja. Nämä olivat ihanteelliset olosuhteet luonnon säilyttämisen aiheuttavat noin 70%: n elinten olla kokonaan tai osittain muumioitunut. Säilyttäminen taso muumioitunut kudosnäytteiden ja runsas samanaikaisia ​​arkistointia tietoa yksilöiden Unkarin muumio kokoelma motivoitunut morfologinen ja geneettinen tutkimus ihmisen jäännökset [27]. Aiemmat tutkimukset osoittivat geneettisen todisteita

Mycobacterium tuberculosis

(

M

.

tuberkuloosi

) läsnäolo näissä muumioita [28-34], mikä osoittaa, että tämä kohortin voidaan käyttää geneettisiin opinnot. Lisäksi tämä kohortin käsittää yksilöitä, jotka muodostavat laajan ikäjakauma. Siten se soveltuu tutkimuksen syöpään liittyvät mutaatiot, koska riski tällaisten mutaatioiden kasvaa iän [3]. Tässä käytimme Vácin muumioita arvioida olemassa geneettinen alttius ja peräsuolen syövän ennen teollistumista aikakauden sekvensoimalla ”hot spot” APC-geenissä. Kolme tällaista sekvenssit monistettiin ja sekvensoitiin 3 eri muumioita. APC variantti E1317Q, tiedetään altistaa peräsuolen syövän havaittiin paksusuolen näyte yksi äiti. Vaikka vain muutama APC sekvenssit saatiin läsnäolo E1317Q variantin DNA: ssa 18

luvulla yksittäisiä ehdottaa, että geneettinen alttius syöpään oli jo ennen teollistumisen aikakauden. Tämä tutkimus edellyttää kuitenkin suuremmassa mittakaavassa analyysi epidemiologisten vertailua varten.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteet ja varotoimia saastumista vastaan ​​

18th century ”Vác Muumio Collection” sijaitsee ja kuraattori laitoksella Anthropology Unkarin Natural History Museum, Budapest, Unkari. Kokoelma sisältää 265 luonnollisesti muumioitunut, osittain muumioitunut ja luuston yksilöitä (rekisteröity Inventory numerot: 2009.19.1-2009.19.264). Yhteensä 51 näytettä otettiin 20 Vác mummies (taulukko 1). Näytteet kerättiin antropologian laitos Unkarin Natural History Museum mukaisesti annettujen määräysten hoidossa arkeologisten ihmisjäännöksiä Unkari [35]. Ei vanha DNA työ monistamalla ihmisen geenien koskaan tehty tiloissa. Näytteenotto suoritettiin käyttämällä toimenpiteitä, joilla estetään nykyajan saastumisen yksilöitä. Näytteet otettiin käyttäen no-touch tekniikka kertakäyttöisiä leikkausveitsiä, mistä sisäelimistä. Nämä anatomiset alueet eivät aikaisemmin esillä ulkopuolelle ympäristölle ja siksi suojattiin kosketukselta kaivinkone tai muita, jotka ovat hoitaneet muumioita. Näytteet sijoitettiin steriiliin DNA vapaa putkiin ja säilytetään huoneenlämmössä.

DNA uutettiin nimetyssä antiikin DNA (ADNA) laboratorio. Saastumisen estämiseksi nykyajan DNA putket avattiin vasta nimetyssä UV eradiated huppu jossa DNA: n eristämiseksi suoritettiin. ADNA laboratorio oli fyysisesti eristetty laboratoriosta, jossa moderni DNA: ta käytettiin. Menettely toteutettiin steriileissä UV kammioissa jokaisessa on erilliset pipetit, kertakäyttöiset steriilit putket, suodatin vinkkejä, molekyylibiologian reagensseja ja ratkaisuja. Kertakäyttöiset suojavaatteet käytettiin ja muutetaan usein. Erilliset UV-säteilytetään huput käytettiin DNA: n valmistus, DNA uuttoa ja PCR valmistelu. Minimoimiseksi edelleen nykyaikainen DNA saastuminen kaikki reagenssit, putket ja välineet, kuten kertakäyttöiset skalpelliterillä säteilytettiin UV ennen käyttöä. Useita negatiivisten kontrollien louhinta ja vahvistusta sisällytettiin varmistaa aitouden ADNA havainnoista. ADNA noudatettavien standardin asettamat vaatimukset alalla [36].

DNA: n eristämiseksi

DNA uutettiin muumioitunut kudoksesta käyttämällä muunnelmaa guanidiinitiosyanaatin (GuSCN) kehittämän menetelmän Boom R et ai . [37] ja piipohjaisia ​​puhdistus kehittämä menetelmä Höss M Pääbo S [38]. Noin 500 mg kudosta leikattiin pieniksi paloiksi noin 5 mm, sijoitetaan steriiliin putkeen, joka sisältää UV säteilytettyä kahdesti tislattua vettä (ddH 2O: lla) ja inkuboitiin 56 ° C: ssa yön yli. DdH 2O: lla poistettiin ja 500 ui: aan uuttopuskuria, joka koostuu 4 M guanidiniumtiosyanaattia (GuSCN) (Sigma), 0,1 M Tris-HCI, pH 6,4 (Sigma), 0,02 M EDTA, pH 8 (Biological Industries) ja 1,3% Triton X- 100 (Sigma), sekä 10 ui 25 mg /ml proteinaasi K: ta lisättiin kudokseen. Kudos inkuboitiin edelleen 56 ° C: ssa 48 tuntia. Näytteitä keitettiin 94 ° C: ssa 10 minuuttia ja sitten sentrifugoitiin 13000 rpm: ssa 3 min. Supernatantti (kätkeminen uutettu DNA) siirrettiin uuteen steriiliin putkeen. Poimia DNA supernatantista 1 ml natriumjodidia (NaI) (6 M, Merck), 10 ui lineaarinen akryyliamidin (5 mg /ml, Ambion) ja 8 ui piidioksidilla (1 g /ml, Sigma) lisättiin. Näytteitä inkuboitiin 4 ° C: ssa 1 tunti, jotta sitoutumisen DNA kvartsipalloja. Piihappopallot pelletoitiin sentrifugoimalla ja pelletti pestiin kahdesti. Ensimmäinen pesu suoritettiin käyttämällä pesupuskuria, joka sisälsi 0,01 M Tris-HCI, pH 7,5, 0,05 M natriumkloridia (NaCl) (Frutarum), 0,1 M EDTA, pH 8, ja 250 ui absoluuttista etanolia (Biolabs) ja ddH 2O: lla, kunnes tilavuus on 500 ui . Toinen pesu oli absoluuttisella etanolilla. Saatu kvartsipalloja pelletti ilmakuivattiin ja ADNA eluoitiin 56 ° C: ssa Tris-EDTA-puskuriin (TE, 1 M Tris, pH 8, ja 0,5 M EDTA, pH 8). Uute ADNA säilytettiin -20 ° C: ssa.

DNA: n monistuksen

monistaminen APC-geenin suoritettiin 25 ui reaktioseoksessa, mukaan lukien 7μL että ADNA uutetta: 10X-puskuria, 25 mM MgCl

2, 2,5 mM dNTP: n, 10 mM BSA (Biolabs), 12 pmol kutakin aluketta asettaa ja 1,25 yksikköä AmpliTaq Gold® 360 DNA-polymeraasia (Applied Biosystems). ADNA monistettiin käyttämällä termosyklerissä jonka alkuperäinen hot-start vaihe 95 ° C: ssa 10 minuuttia, jota seurasi 45 sykliä 15 sekuntia 95 ° C: ssa denaturoinnin, 45 sekunnin annealing-vaihe 60-48 ° C (touch-down) ja 45 -60 sekuntia venymä 72 ° C: ssa. Loppuekstensio vaihe 72 ° C: ssa 10 minuutin ajan suoritettiin jälkeen 45 sykliä.

ADNA uutteita monistettiin käyttäen kahta aluketta sarjaa APC-geenin, joka on suunnitellut tutkimuksen tekijät käyttävät Primer 3.0 ohjelmisto ja kahdella julkaistu pohjamaali sarjaa hypervariaabeli alue ihmisen mitokondrioiden säätelyalue (d-loop) [39]. APC Alukesarjat suunniteltiin monistamaan tunnettujen mutaatiostatuksesta kriisipesäkkeisiin MCR aluetta. Monistamiseen mitokondrioiden d-loop käytettiin ohjaimen näytön pois uutteita, jotka saattavat olla saastuneita moderni DNA tutkijoiden ja myös osoituksena siitä, että ADNA aitous. Alukesarjat joita käytettiin monistusta kuvattu taulukossa 2.

analyysi saatujen sekvenssien

Positiiviset tiomonistukset sekvensoitiin DNA Sequencing yksikkö Wise tiedekunnan Life Sciences, Tel Avivin yliopiston käyttäen ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer. Saadut sekvenssit aluksi todeta käyttäen National Center for Biotechnology Information BLAST-algoritmi [40]. Kromatogrammeihin tarkasteltiin yksitellen vahvistaa laatua sekvenssien käyttäen Sequencher 4.9 [41]. Sense ja antisense-sekvenssit muodostettiin kustakin alukesetin ylimääräisenä ohjaus poissulkemiseksi sekvensointivirheitä. Sense ja antisense-sekvenssit koottiin contig in Sequencher 4.9. Kukin yksittäinen contig silmämääräisesti ja todentaa; mahdolliset epäselvyydet olivat visuaalisesti ratkaistu. Sekvenssit huonolaatuista kromatogrammit jätettiin pois tutkimuksesta. Lopullinen contig kaikista sekvenssit synnytettiin käyttäen julkaistun viite. Osittainen mitokondrioiden profiilit määritettiin varten muumioita, kaikille työntekijöille työskentelevät ADNA laboratorio- ja kaikille näytteen keräilijöille. Kontrolloida likaa aikana tai sen jälkeen näytteenoton, osittainen mitokondrioiden profiilit ja osittaiset APC sekvenssit saatu muumio näytteitä verrattiin viitesekvenssin ja profiileihin laboratoriohenkilöstö (taulukot 3 ja 4). Sekvenssit on saatu äiti näytteitä verrattiin myös toisiinsa ohjaamaan ristikontaminaation. Toteamme, että vanha osittainen mitokondrioiden profiilit ja antiikin kromosomisekvenssit saattaa vaikuttaa jälkipuinti deaminoinnilla prosessien [42]. Niinpä jotkut havaittu siirtymät saattavat johtua DNA-vaurioita eikä emon kautta peritty tai kromosomi vaihdot vastaavasti. Postmortem DNA-vaurioita ei vaikuta analyysimme pyritään ohjaamaan kontaminaation testaamalla onko muumioita sama SNP kaavaa kuin tutkijat ja ei vaikuta mitään havaittu transvertions. Kuitenkin vaikutukset DNA-vaurioita tulee harkita, jos sekvenssit käytetään muihin tarkoituksiin.

Tulokset

APC on tärkeä tuumorisuppressorigeeniä. Mutaatiot APC liittyvät vahvasti kehittämiseen peräsuolen adenoomien ja karsinoomien [6]. Onko jollakin perinnöllisen peräsuolen syövän ennalta teollistumisen aikakauden yritimme monistamaan MCR alueen APC-geenin DNA saatu sisäelimet Vác muumioita. Osittainen sekvenssit APC-geenin MCR alueella onnistuneesti saatu kolmesta muumioita. Kaksi villityypin APC-sekvenssit saatiin kaksi mummies numerot 51 ja 63 (taulukko 3, kuviot 1 ja 2). Sekvenssit APC-geenin MCR (asento 4377-4484 ja asema 3956-4068) hankittu paksusuolen kudosnäytteessä muumio 88 (taulukko 3, kuviot 1 ja 2) osoitti, että tämä yksilö oli homotsygoottinen on missensemutaatio kodonissa 1317 ( GAA CAA) (kuviot 1 ja 3). Tämä on tunnettu APC geneettinen vaihtelu, joka korvaa glutamiini varaukseton hydrofiilinen aminohappo glutamaatin happamalla hydrofiilinen aminohappo (E1317Q). Tämä mutaatio on yhdistetty joilla on alttius rinnakkaisten peräsuolen adenoomien ja peräsuolen syöpä [43]. Loput APC MCR osittainen sekvenssi tämän äiti oli samanlainen kuin viite (NM_000038.5), joka koodaa villityypin proteiinia. Sekvenssit kaikki tutkijat, jotka käsitellään näyte tai laitteiden havaittiin olevan identtinen viitteenä.

Osittainen APC-sekvenssit monistettiin alukkeilla APC1309 verrattuna NCBI referenssisekvenssiin NM_000038.5. Laboratorion henkilökunnan jäsenet on merkitty nimikirjaimet. Ancient näytteet on merkitty muumio numeron. Sekvenointialuke on alleviivattu referenssisekvenssissä. Äiti numero 88 on vain kantavan E1317Q mutaation.

Osittainen APC-sekvenssit, jotka monistettiin alukkeilla APC1450 verrataan NCBI referenssisekvenssiin NM_000038.5. Sekvenointialuke on alleviivattu referenssisekvenssissä. Nämä osittaiset APC sekvenssit kahden mummies olivat identtisiä viittaus sekvenssiin, joka koodaa villityypin proteiinia.

Korostettu on homotsygoottinen G → C E1317Q missense- mutaatio.

Mitokondrioiden ADNA säilyi 50% muumioita testattujen (taulukko 1). Osittainen mitokondrioiden profiilit (kannat 16004-16442) määritettiin 3 mummies jolle APC MCR sekvenssit saatiin (taulukko 4). Äiti 51 ja 63 osoittivat ainutlaatuinen profiili poikkeaa Cambridge referenssisekvenssi (NC_012920.1), eroavat toisistaan, ja eri profiilit on saatu kaikki käsittelijät. PCR-monistus havaitsee mitokondrio-DNA, jossa on suurempi herkkyys verrattuna havaitsemiseen kromosomi-DNA. Tämä ero herkkyydessä selittää pääasiassa korkeamman kopioluvun solua kohden mitokondrio-DNA [44,45]. Niinpä jos näyte on saastunut moderni DNA on todennäköistä moderni mitokondrio-DNA olisi paljastunut. Ainutlaatuinen profiilit muumioita osoittavat, että sekvenssit, jotka on saatu kahdesta muumioita ovat aitoja ja ettei ristikontaminaatiota välillä muumio näytteiden.

osittainen mitokondrioiden sekvenssi muumio 88 oli identtinen Cambridge referenssijaksoa . Niistä tutkijat, vain osittainen mitokondrioiden sekvenssit Dr. Rosin-Arbesfeld (R.R.A) ja Prof. Hershkovitz (I.H), jotka osallistuivat kokoelma näytteet, olivat identtisiä Cambridge referenssijaksoa odotetusti johtuen niiden eurooppalaista alkuperää. Kuitenkin havainto E1317Q mutaatio ei voinut johtua saastumisen muumio 88 DNA Dr. Rosin-Arbesfeld tai Prof. Hershkovitz koska eikä niitä tai muuta tutkijoiden, ovat APC E1317Q mutaatio (kuvio 1).

keskustelu

Olemme löytäneet APC nonsense-mutaatio E1317Q näytteessä paksusuolen kudos toipunut 18

vuosisadalta muumio. Villityypin APC sekvenssit, samassa asemassa, saatiin kaksi muuta muumioita samasta kokoelma.

Kyky noutaa geenipankit antiikin kudoksesta oli valtava askel eteenpäin ymmärtämään evoluutiohistoriasta sairauksia. Vaikka useimmat tauti ADNA tutkimukset keskittyivät antiikin taudinaiheuttajan DNA [46-48], geneettinen tutkimus syövän historiallisen populaatioissa on hieman laiminlyöty. On raportteja kasvaimia tai hyvänlaatuinen kasvaimien muinaisessa yksilöt; jotkut jopa palata dinosaurusten aikakausi [49]. Mutta nämä perustuvat pääasiassa spesifisten luuleesioita tai histologisia tutkimuksia eikä geneettistä informaatiota. Unkarissa tapauksissa osteosarkooman; myelooma; ja metastasoitunut raportoitu historiallinen yksilöiden [50-53]. Parhaan tietomme mukaan syöpä tai mutaatioita, jotka liittyvät syöpään ei ole vielä raportoitu muinaisten DNA tutkimuksissa.

niukkuus raportteja kasvaimia antiikin pehmytkudoksen pysyy verrattuna suuri määrä ruumiinavauksista suoritettava muumioita ovat johtaneet jotkut tutkijat oletuksen, että syöpäsairauksia olivat harvinaisia ​​aiemmin populaatioiden verrattuna nykyaikana takia lyhyt elinikä yksilöiden että esti syövän kehittymiseen [15,24]. Toisaalta paleopathological raporttien perusteella tutkimus luuston edelleen ehdottaa kasvain hinnat oli samanlainen menneisyyden ja moderni väestön tarkasteli [20,23]. Historialliset kertomukset osoittavat, että odotettavissa oleva elinikä oli tilastollisesti laskea lapsi- ja äitiyskuolleisuuden ja silti monet ihmiset eivät elää riittävän korkean iän kehittää muita puoliväliin vanhuuden sairauksien, kuten rappeuttavia sairauksia [15]. Toinen hypoteesi yrittää selittää harvinaisuus kasvainten antiikin pehmytkudoksen on, että kasvaimia ei ehkä hyvin säilynyt muumioitunut kudoksessa jälkipuinti. Kuitenkin kokeelliset tutkimukset osoittavat, että muumioituneen säilyttää piirteet maligniteetin [54]. Siksi antiikin yhteiskunnassa puuttuu kirurgisia toimenpiteitä, todisteita syövän, jos olemassa kudoksessa, olisi pidettävä kaikissa säilynyt muumioitunut yksilöitä. Tosiasia arkeologinen pehmytkudoksen yksilöt ovat niukat verrattuna luuston edelleen [55] ovat haaste analysointiin antiikin syöpään liittyvät geneettiset tiedot johtuen pienestä näytteen koosta. Tämä korostaa kertymistä tutkimuksia koskevat tiedot, kuten tämä, lopulta luoda riittävä tietokannan seuraavissa tutkimuksissa. Viime vuosina käyttöön seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on yleistynyt muinaisten DNA tutkimus [56]. Haulikko sekvensointi toteutettiin onnistuneesti Kay et al. 2015 tuottaa

M

.

tuberkuloosi

genomin sekvenssejä luuston ja pehmytkudoksen VAC muumioita, jotka osoittavat, että bakteerin koko genomin tietoja saa muumioitunut kudoksesta yleensä ja VAC muumio kokoelman erityisesti [33]. Kuitenkin perusteella ilmoittamat tiedot Kay et al. [33], keskimääräinen kertainen kattavuus ihmisen genomien on hyvin pieni (enintään 0,09 kertainen keskimääräinen kattavuus), mikä osoittaa kohdennettuja DNA rikastamiseen vaadittaisiin analysoida tiettyjen kromosomaalisten alueiden, kuten APC MCR alueella. Lisäksi ihmisen koko genomin tietoja ei toistaiseksi ole saatu muumioitunut kudoksesta. Niinpä päätimme käyttää perinteistä PCR vahvistusta ja suoralla sekvensoinnilla luonnehtia APC geenimutaatioita päässä Vác muumioita. Koska klassinen lähestymistapa on rajoitetumpaa kykyä puuttua saastuminen, tiukkoja toimenpiteitä käytetään estämään DNA-kontaminaation aikana näytteen käsittelyn, kuten on kuvattu menetelmissä osittain; mukaan lukien vertailu APC sekvenssit muumioita kanssa kaikista näytteen käsittelijät. Meidän havainnot vahvistavat, että eristäminen tiettyyn syöpään liittyvät kromosomaalisia alueita muumioitunut kudos on toteutettavissa ja saattaa motivoida tulevan kehityksen rikastamiseen paneelit suuntasi toimintansa DNA-alueet liittyvät maligniteetti. Tällaiset lähestymistavat saattaa lisätä DNA saannot näille alueille kiinnostava ja voitaisiin yhdistää NGS tekniikoita tarjota lisää keinoja todennus ja laajemman näkymät syövän kehittyminen.

peräsuolen syövän syntyy kumulatiivinen vaikutus eri mutaatioiden monissa geenien avulla solu paeta sääntelyn valvontaa johtaa hallitsematon leviäminen. Nämä mutaatiot voivat olla perinnöllinen tai somaattista ja jälkimmäinen voidaan suurelta osin vaikuttaa ympäristötekijöiden (esim tupakointi, ilmansaasteet ja ravinto) [57].

Tutkimuksissa suhde APC E1317Q mutaatio ja peräsuolen syöpä ovat osoittaneet erilaisia ​​tuloksia. Vaikka jotkut tutkimukset viittaavat siihen, että mutaatio myötävaikuttaa on alttius peräsuolen adenoomien ja karsinoomien alhainen ja vaihteleva penetrance [58,59], toiset väittävät, että variantti liittyy vain maltillista paksusuolisyövän riskin [60-62]. Valinta Kontrolliryhmän joissakin tutkimuksissa, jotka ei löytänyt huomattavasti suurempi riski paksusuolen syövän takia E1317Q on kritisoitu ja ehdotettiin olevan syynä ristiriita koskien E1317Q vaikutus peräsuolen syöpä [43]. Siten mahdollinen rooli E1317Q peräsuolen kasvaimen synnyssä voi olla ja olisi tutkittava edelleen. On ehdotettu E1317Q on hiuksenhieno vaikutuksia β-kateniinin sitomista tai hajoamista mutta tarkka molekyylimekanismin aiheuttaen alttius ja peräsuolen syöpä on tuntematon [59].

Tuloksemme viittaavat siihen, että yksittäiset 88 saattanut olla taipumus kehittää peräsuolen adenoomien ja karsinoomien, mutta emme voi kertoa, ovatko nämä edellytykset tosiasiassa ilmenee tämä yksilö. Morfologiset säilyttäminen muumioitunut paksusuolikudos ei riittänyt ulkoasultaan erottaa adenoomia tai karsinoomia normaalista kudoksesta. Se, että äiti 88 oli homotsygoottisia APC E1317Q sekvenssin jonkin verran lisää todennäköisyyttä ilmentymä, koska se on mahdollista spekuloida, että homozygousity johtui menetys heterozygousity tapahtuma, joka on yleinen neoplasia ja on yleisesti todettu peräsuolen syöpäpotilailla, jotka osoittavat APC lakkaa toimimasta [63]. Koska E1317Q APC muunnos on harvinainen yleisessä modernin väestöstä (0,3%, NCBI SNP tietokanta rs1801166) [40], mahdollisuudet, peritäänkö yhden mutatoidun alleelin kummaltakin vanhemmalta ovat hyvin alhaiset, mikä lisää mahdollisuutta, että somaattisen mutaation oli todellakin tapahtunut. Kuitenkin, meillä ei ole tietoa muumio 88 suvussa tai alleelin frekvenssi 18

vuosisadalta Unkari, siksi emme voi sulkea pois perinnöstä homozygousity varten E1317Q tässä tapauksessa. Mutaation puuttuessa kudoksissa otettu muiden jäljellä elimiä, olisi vahvistanut mutaatio on somaattinen eikä perinnöllinen sukusolujen mutaatioiden. Valitettavasti perimän DNA säilyttämisen tason ja muissa kudoksissa näytteet muumio 88 (maksa) ei riittänyt onnistunut monistamiseen genomisesta APC sekvenssit. Yleensä somaattiset mutaatiot tässä osassa MCR APC-geenin ovat yleisempiä nykyaikaisessa populaatioissa kuin ituratamutaatiot [64].

Lihavuus, liikunnan puute, ruokavalio korkea punaisen tai lihajalosteiden, alkoholi kulutus ja pitkäaikainen tupakointi ovat erityisiä riskitekijöitä ja peräsuolen syöpään [3]. Nämä riskitekijät olivat harvinaisempia olemattomiin valmiiksi teollistuneissa 18

luvulla Unkari [65,66]. Taajuudet syövän historiallisen väestön kuten 18

luvulla unkarilaisväestö saattaa liittyä kanssa ilman nykyaikaisen elämän ympäristötekijät, kuten tupakoinnin tai pilaantumiselta [57,67]. Vaikka APC MCR on genominen alue usein mutatoitunut nykyajan väestöstä [68], ainoa mutaatio havaitaan APC MCR sekvenssit saatu 3 muumioita oli E1317Q vuonna muumio 88. Tämä data yhdistetään tuleviin tietoihin vastaavia tutkimuksia ulottuu eri aikoina ja sijainnit voivat valaista yhteys esiintymisen paksusuolisyövän altistavia mutaatioita ja historiallisia elämäntapa. Ihmisen yhteiskunta on kokenut valtavia elintapojen ja ympäristön muutokset viime vuosisatojen. Kyky verrata kirjo historiallisia mutaatioita nykyaikaisen spektrin näyttää tärkeältä ymmärtämiseksi synnyssä ja molekyylitason patogeneesi neoplasia. Tietomme, että niissä on syövän altistavan mutaation ja mahdollisesti syövän henkilön 18

luvulla yhdistää tietoja, jotka voidaan kerätä tulevaisuudessa ADNA tutkimukset saattavat olla kattavampi kuva syövän epidemiologia.

Kiitokset

Haluamme kiittää Nir Skalka ja Hila toukokuuta auttamassa laboratoriotyöskentelyyn.