Krooninen sairaus

tiivistelmä

tartunnat eturauhasen bakteerien, ihmisen papilloomavirustyypin Polyoomavirusten, ksenotrooppiset hiiren leukemiavirus (MLV) liittyviä gammaretroviruses, ihmisen sytomegalovirus ja muiden jäsenten herpesviruksen perhe on laajalti tutkittu. Kuitenkin monet tutkimukset ovat tuottaneet ristiriitaisia ​​ja kiistanalaisia ​​tuloksia. Tässä tutkimuksessa olemme systemaattisesti tutkineet transcriptomes ihmisen eturauhasessa varten ainutlaatuinen genomista allekirjoitukset näistä taudinaiheuttajista käyttäen RNA-seq tietoja sekä Länsi-ja kiinalaisten potilaiden. Ihmisen ja nonhuman RNA-seq lukee kartoitettiin päälle ihmisen ja taudinaiheuttajan viite genomien vastaavasti käyttäen kohdistustyökalut Bowtie ja BLAT. Taudinaiheuttaja infektiot ja integraatiot analysoitiin kiinnittyneenä standardien julkaistuista tutkimuksista. Yhdeksästä taudinaiheuttajia (Propionibacterium acnes, HPV, HCMV, XMRV, BKV, JCV, SV40, EBV, ja HBV) analysoitiin, Propionibacterium acnes geenien havaittiin kaikissa eturauhaskasvainnäytteissä ja kaikkien viereisten näytteiden, mutta ei eturauhasessa terveiden yksilöitä. SV40, HCMV, EBV ja alhaisen riskin HPV transkriptit havaittiin yhdessä kasvaimen näyte ja kaksi vierekkäistä näytettä Kiinan eturauhassyöpäpotilaalla, mutta ei missään näytteissä Länsi eturauhassyöpäpotilaalla; XMRV, BKV ja JCV sekvenssit ole yksilöity työmme; HBV, negatiivisena kontrollina, oli poissa olevat näytteet. Ei myöskään taudinaiheuttaja integraatio tunnistettiin tutkimuksessamme. Vaikka lisävalidointia vaaditaan, analyysimme antaa näyttöä Propionibacterium acnes infektioiden ihmisen eturauhasen kasvaimia. Totesi erot virusinfektioiden poikki kansallisuus voidaan vielä vahvistaa muiden suurten eturauhassyövän aineistoja. Vaikutukset bakteeri- ja virusinfektioiden ja heidän panoksestaan ​​eturauhassyövän synnyssä edellyttää jatkuvaa tutkimusta liittyvien patogeenien.

Citation: Chen Y, Wei J (2015) tunnistaminen Patogeenittomia allekirjoituksista in Eturauhassyöpä käyttäminen RNA-seq. PLoS ONE 10 (6): e0128955. doi: 10,1371 /journal.pone.0128955

Academic Editor: Andrew McDowell, University of Ulster, Yhdistynyt Kuningaskunta

vastaanotettu: 24 syyskuu 2014; Hyväksytty: 01 toukokuu 2015; Julkaistu: 8. kesäkuuta, 2015

Copyright: © 2015 Chen Wei. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoittajat: AstraZeneca tuettiin muodossa palkkojen tekijöille JW ja YC, mutta ei ollut mitään ylimääräistä roolia tutkimuksen suunnittelu, tietojen keruu ja analysointi, päätös julkaista, tai valmisteen käsikirjoituksen. Erityinen roolit nämä kirjoittajat nivelletty ”kirjoittaja maksut” -osiossa.

Kilpailevat edut: Yksi tai useampi kirjoittajat palveluksessa kaupallinen yritys (AstraZeneca R ja jatkuvat usein kuin piilevien tartuntojen isännässä aiheuttamatta sairauksia, mutta voi aiheuttaa kasvaimia monia eri lajista, tai isännän tehotonta immuunijärjestelmää. Polyoomavirusten että tarttua ihmiseen, mukaan lukien BK virukset (BKV), JC virukset (JCV), ja apinan virus 40 (SV40), tyypillisesti aiheuttaa infektioita, jotka ovat piilevä ja pysyviä [18].

ksenotrooppiset hiiren leukemia virus liittyvä virus (XMRV) havaittiin ensimmäisen potilailla PCA ja myöhemmin potilailla, joilla on krooninen väsymysoireyhtymä (CFS) [26, 27]. Jotkut edelleen tutkimukset ovat tuottaneet todisteita XMRV infektio PCa [28-31] vaikka sen yhdessä CFS ja PCa on pitkälti huonoon [32, 33]. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että kun läsnä on XMRV voi olla seurausta hiiren DNA-kontaminaation [34, 35]. Koska joitakin tuloksia, jotka osoittavat läsnäolo XMRV PCA ei pystytä kokonaan johtuvan näytteen saastuminen [36], tässä selvitimme mahdollisimman kytkös XMRV ja PCa.

paljastaminen genomisen vaikutukset tunnetaan taudinaiheuttajien PCa edelleen haaste. Vaikka useimmat PCa tutkimus on keskittynyt PCR perustuvia kohdennettuja virusten, etenemistä seuraavan sukupolven sekvensointi teknologia tekee koko genomin kuulustelut mahdollista. Tavoitteenamme on tutkia RNA-seq tietoja kiinalaisten ja Länsi PCa potilaita, jotta voidaan tunnistaa taudinaiheuttajia ja niiden integrointi vastaanottavaan genomit.

Materiaalit ja menetelmät

kolme RNA-seq aineistoja

Tiedosto 1: single-end miRNA-seuraavissa tiedot yhdistetyssä biopsialla PCa näyte ja yhdistetyssä kontrollinäyte Australian potilailla, joilla ei havaittavissa syövän.

Small RNA sekvensointia käytettiin profiiliin ja vertailla miRNA ei-siittiöitä solujen osa siemennestettä miehiltä kanssa biopsialla syöpä (yhdistetty näyte 6 miestä) ja miehillä seerumin PSA mutta negatiiviset koepala tulokset (yhdistetyssä näytteessä 6 miestä) [37]. RNA eristettiin käyttäen Trizol reagenssia (Life Technologies) ja puhdistetaan käyttäen RNeasy Mini sarjat (Qiagen). Yhden end miRNA-seuraavissa data on ladattu EBI ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRP041082).

Tiedosto 2: pariksi-end mRNA- seuraavat tiedot eturauhassyövän kudosten Caucasian potilaista.

Transcriptomes (polyA +) 20 eturauhasen kasvaimia ja 10 sovitettu viereisiin kudoksiin sekvensoitiin käyttämällä Illumina GAII alustan. RNA uutettiin näytteistä käyttämällä Ribopure Kit (Ambion). Yhteensä RNA-näytteet käsitellä transcriptome sekvensointia käyttäen Illumina mRNA-seq protokollaa. Patologinen tila Tuumorinäytteissä vahvistettiin ennen käsittelyä, ja kasvain näytteissä oli kasvainsolu prosentuaalinen 80% Gleason tulokset vaihtelevat 6-9 [38]. MRNA-seuraavissa data on ladattu EBI ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX022060-SRX022089).

Tiedosto 3: pariksi-end mRNA-seq data Kiinan PCa kudoksissa.

Eturauhassyöpä ja viereisten normaaleissa kudoksissa 14 potilasta saatu Shanghai Changhai Hospital käytettiin kohortin RNA-sekvensoinnilla (käyttäen Illumina HiSeq 2000 -sekvensointikonetta). Kasvain näytteillä oli Gleason tulokset vaihtelevat 4-8 [39]. MRNA-seuraavissa data on ladattu EBI ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERP000550). Viisi näytettä (4T, 5T, 6N, 11T, 12N) ei ollut saatavilla pariksi lopussa lukee, jota analysoitiin käyttäen yhden end strategiaa.

Kaikki aineistoja luotiin vuonna FASTQ muodossa. Näytekokoelmatodistuksen, sekvensointi ja kliinistä tietoa 3 RNA-seq aineistoja oli lueteltu S1 File. Keskimääräinen luku- pituus Data asettaa 1, 2, 3 on 49bp, 36bp, ja 90bp vastaavasti.

taudinaiheuttajat tutkittu työmme

Emme systeeminen kirjallisuuskatsauksen virusten ja bakteerien raportoitu eturauhassyöpä ja lopulta valittiin seitsemän virukset: HPV, HCMV, XMRV, BKV, JCV, SV40, EBV ja yksi bacterium- Propionibacterium acnes (

P

.

acnes

) tutkia niiden taudinaiheuttaja yhdistykset Eturauhassyövän. Käytimme myös HBV-virus, joka voi aiheuttaa hepatiitti B ja harvoin esiintyy potilailla PCA negatiivisena kontrolli virus arvioida sekvensointialustamme analyysitulokset.

viitesekvenssit käytetty kartoitukseen

Viittaus sekvenssit koostui ihmisen ja taudinaiheuttajan sekvenssit. Ihmisen genomin ja transcriptome sekvenssit ladattavissa NCBI verkkosivuilla (NCBI rakentaa 37). Propionibacterium acnes ja kaikkia viruksen genomin ja transcriptome sekvenssit otettiin myös NCBI rakentaa 37.

Taudinaiheuttaja ja analysointi taudinaiheuttajan integraatiopaikkoja

mRNA-seuraavissa data-analyysi putki Data asettaa 2 ja data set 3.

Käytimme NGS QC Toolkit (v2.3) [40] poistaa pahanhajuisen mRNA-seq lukee. Kahta kriteeriä käytettiin valita hyvä lukee: cutOffQualScore = 20 ja cutOffReadLen4HQ = 90, mikä tarkoittaa, että 90%: n emäksistä pätevän lukea oltava laatupisteet = 20. Kaikki myöhemmät analyysit perustuvat puhtaaseen mRNA-kohdat lukee.

Molemmat Bowtie [41] ja BLAST- kaltainen kohdistus työkalun BLAT [42] käytettiin meidän virusten torjunta putki. Bowtie on ultranopeat lukea aligner joka voi nopeasti kartta kymmeniä miljoonia yhden end tai pariksi-end lukee. Käytimme Bowtie2 (versio 2.1.0) ja sovellettu oletusparametrit suorittamaan kohdistus.

BLAT on kohdistustyökalu kuten BLAST, mutta jäsennelty eri tavalla. Se voi tehokkaasti kartta lyhyt lukee poikki eksoni-eksoniliitokset ja tunnistaa uusia pujontaliitosten. Täällä käytämme itsenäistä BLAT V.35. Käytettävät parametrit yhdenmukaistaa lukee viitaten sekvenssit ovat seuraavat: minScore = 20, minIdentity = 88, askelkoko = 5, ja yhdistetty hieno ja no-hieno tilassa.

Ennen kartoitus lukee, teimme linjaus ihmisen ja taudinaiheuttajan sekvenssit tunnistaa konsensus-sekvenssit, joita käytettiin suodattaa vääriä fuusioista. Kuten kuviossa 1A, raaka lukee ensin kartoitetaan ihmisen ja taudinaiheuttajan viitesekvenssien kanssa Bowtie2, ja sitten unmapped lukee (vain pituus (lue) 30) on poiminut suorittamaan paikallisen yhdenmukaistaminen BLAT. Jos kaksi pariksi lopussa lukee oli ainutlaatuisesti kartoitettiin yhdellä luku- kartoitettu ihmisen sekvenssit ja toinen lukea kartoitettu taudinaiheuttajan sekvenssit, pariksi-end lukee pidettiin ihmisen patogeenin fuusio ehdokas lukea. Jos luku yhdestä pariksi lopussa lukee oli ainutlaatuisesti kartoitettu ihmisen tai taudinaiheuttaja sekvenssit, ja toinen pää lukea oli ainutlaatuisesti kahdesta osasta: yksi osa kartoitettu ihmisen sekvenssit ja toinen osa taudinaiheuttaja sekvenssit, se leimattiin raaka ihmis- taudinaiheuttaja fuusio tapahtuma. Havaittuaan kaikki raaka fuusio tapahtumia, haimme meidän kriteerit suodattaa pois vääriä positiivisia lukee ja valitse fuusio ehdokkaat.

(A) Taudinaiheuttaja putki (B) Fuusio Lukee yhden osan (P1) kartoitetaan ihmisen sekvensseihin ja toinen osa (P2) kartoitettu taudinaiheuttajista sekvenssit. Lukee merkitty sinisellä kartoitetaan ihmisen sekvenssit, lukee merkitty vihreällä kartoitetaan taudinaiheuttaja sekvenssit, lukee merkitty mustalla ovat unmapped.

jokaisen loppuun lukea yhden osan (P1) kartoitetaan ihmisen sekvenssit ja toinen osa (P2) kartoitetaan taudinaiheuttaja sekvenssit (katso kuvio 1 B), seuraavat kriteerit käytettiin fuusion suodatus:

Edellytyksenä on, että P1 on ehdottomasti kartoitetaan ihmisen sekvenssit ja P2 on tiukasti kartoitetaan taudinaiheuttaja sekvenssit . Kumpikaan P1 eikä P2 voi olla päällekkäinen konsensussekvensseihin.

kartoitettu suhde P1 /(P1 + P2) tai P2 /(P1 + P1) = 0,8.

P1 tai P2 on yksilöllisesti kartoitettu.

P1 tai P2 pitäisi olla alhainen monimutkaisuus sekvenssit.

Saatuaan fuusio ehdokas lukee, me kartoitettu ne ihmisen patogeenin konsensussekvenssit poistaa vääriä positiivisia fuusioiden tapauksissa, joissa fuusio lukee todennäköisesti peräisin konsensussekvenssejä. Lopuksi myös manuaalisesti tarkastetaan luotettavuutensa selaamalla niiden linjaus käyttämällä web työkalun BLASTN (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) varmistaa, että P1and P2 alueita kartoitettiin päälle ihmisen ja taudinaiheuttajan sekvenssit .

miRNA-seuraavissa data-analyysi kaasuputken Tiedosto 1.

miRNA-kohdat on eräänlainen RNA-seq, joka käyttää seuraavan sukupolven sekvensointi teknologia sekvensoida MikroRNA. Ensin suodatetaan raaka lukee emäksen kanssa laatupisteet alle 20. Sitten poistimme 3 ’sekvensointi sovittimen avulla BioPerl skriptin (saatavilla https://www.bioperl.org/wiki/Removing_sequencing_adapters). Oli pieniä RNA: t, kuten huonontuneen mRNA fragmentteja, rRNA, tRNA, miRNA, siRNA: t on puhdistettava lukee.

Koska meidän tarkoitus on havaita, onko taudinaiheuttajia esiinny näytteissä käyttäen miRNA-seq data, olemme analysoineet puhtaana lukee käyttäen mRNA-seq putki single-end lukee.

Measuring taudinaiheuttaja edustus.

tutkimuksessamme määrällisesti taudinaiheuttaja esitys määritetään mittana yleisestä lasken kartoitettu lukee päälle taudinaiheuttajan genomin ja ilmaisi taudinaiheuttajan mRNA: ita ihmisen näytteissä.

Laskimme ilmaisi taudinaiheuttaja-mRNA-tasojen ilman transkriptoimattomat taudinaiheuttajan genomin elementtejä. Tämä eliminoi ja vähentää mahdollisuuksia nonsense lukee ja määrä transkriptoimattomat taudinaiheuttaja genomista elementtejä data altaan. Otteen taso ja geeni taso laskee laskettiin ja FPKM (fragmentteja kohti kiloemästä eksonin miljoonassa fragmentteja kartoitettu) normalisoitiin käyttäen Cufflinks [43]. Sitten FPKM suodatuksen rajataajuus on 1,0 [44] tai transkriptio count = 2 käytettiin tason määrittämiseksi ilmaisi selostukset. Mikä tahansa taudinaiheuttaja ilmentymistaso alapuoliset leimattiin olevan mitään selvää mRNA: n ilmentymisen.

Tulokset

Analysoimme kolme RNA-seq aineistoja Eturauhassyövän samples- kaksi Länsi väestön ja yksi Kiinan väestöpohjainen menetelmillä hahmoteltu Materiaalit ja menetelmät jaksossa tämän tutkimuksen paperi. Tietojen asetettu 1 miRNA seq data, 1% noin 100M raaka lukee kartoitettiin ihmisen genomiin (koska suurin osa lukee on kartoitettu ihmisen miRNA kirjasto). Tietojen-sarja 2, joka koostuu Länsi eturauhasen potilailla, efektiivinen linjaus määrä oli noin 17M keskimäärin. Noin 86% lukee kartoitettiin ihmisen genomiin. Tietojen-setti 3, joka koostuu Kiinan eturauhasen potilailla, efektiivinen linjaus määrä oli noin 56M keskimäärin. Noin 85% lukee kartoitettiin ihmisen genomiin.

Ei virus mutta

P

.

acnes

havaittu PCA näyte Tiedosto 1

Yhtään virusten havaittiin joko yhdistetyssä syöpä näyte tai normaalin näytteen Länsi väestöstä, mutta

P

.

acnes

todettiin syöpä näyte (ks S2 File ja taulukko 1). Ei ollut korkea lukea kuormien

P

.

acnes

genomin (noin 77 lukee kartoitettu kutakin 100 kb keskimäärin), koska rajallinen määrä pieniä RNA-sekvenssien kartoitettu viitesekvenssin. Ekspressoidun geenejä FPKM 1 lueteltiin taulukossa 1. Solunsisäinen proteaasi /yleinen stressiproteiiniepitooppeja 18 (YP_056816.1) vastaa ympäristön stressitekijöiden myös äärimmäisiä lämpötiloja, altistuminen myrkkyjä, ja mekaanisia vaurioita. Hypoteettinen proteiini PPA0381 (YP_055091.1) on todennäköisesti tärkeä rooli isännän kudoksen biologisen hajoamisen ja tulehdus [45]. Bakteerien ABC kuljettajat ovat välttämättömiä solujen elinkelpoisuuden, virulenssi, ja patogeenisuuden [46]. Fe (III) dicitrate ABC transporter (YP_056465.1) osallistuu Iron ABC oton järjestelmiä, jotka ovat tärkeitä efektoreita virulenssin.

Koska luku- pituus oli 60bp, emme voi käyttää yhden end strategia löytää ihmisen bakteereita fuusioita näistä näytteistä.

Ei virus mutta

P

.

acnes

havaittiin sekä PCa ja viereisten hyvänlaatuinen näytteiden tietokokonaisuus 2

Ei ollut selvää viruksen kartoitettu lukee havaita 20 PCa näytettä eikä 10 Hyväksytty viereisen näytettä western potilaista. Kuitenkin

P

.

acnes

allekirjoitus havaittiin sekä syövän näytteitä ja viereisten näytteiden (ks S2 File). 14 ulos 20 syöpänäytteissä ja 9 ulos 10 viereisen hyvänlaatuinen näytteissä oli ainakin 2 ilmaistaan ​​

P

.

finni

selostukset.

käyttäminen 10 pariksi syövän ja viereisten näytteiden tunnistimme 7 syöpää erityisiä geenejä

P

.

acnes

, jotka kaikki ilmaistiin vähintään 3 out 10 syöpänäytteissä (katso taulukko 2). Niistä, bakteerien topoisomeraasi I (YP_054960.1) tarvitaan estämään hypernegative ylikeloutumista DNA transkription aikana ja sillä on tärkeä rooli transkription stressigeeniryhmät aikana bakteerien stressivasteen [47]. Ja elongaatiotekijä G (YP_056556.1) edistää translokaatiota askel bakteerien proteiinisynteesiä.

Yritimme löytää ihmisen bakteereita fuusio

P

.

acnes

tunnistettuja näytteitä, mutta mitään tällaista pariksi lopussa lukee jossa luku- kartoitettu ihmisen sekvenssit ja toinen kartoitettu

P

.

acnes

sekvenssit tunnistettiin.

Virukset ja

P

.

acnes

tunnistettu syöpää ja viereisten näytteiden Tiedosto 3

Tässä tutkimuksessa oli 9 Hyväksytty syövän ja viereisten näytteiden 3 unpaired syöpänäytteissä ja 2 parittoman vierekkäiset näytteet saatavana Tilasto 3 (katso materiaalit ja menetelmät).

lukee

P

.

acnes

tunnistettiin kaikkien kiinalaisten syöpänäytteissä ja vieressä normaali näytteitä. Näyte 7N, 7T, 8N oli korkea RNA taso

P

.

acnes

(ks S2 File). Kaikki vaan 2 syöpänäytteissä on todisteita ilmaisseet

P

.

finni

selostukset. Emme kuitenkaan ole löytänyt syöpäspesifisessä

P

.

acnes

transkriptit joka ilmaistiin ainakin 3 syöpänäytteissä kuin meidän vakio kynnys.

Mielenkiintoista, jotkut virus lukee havaittiin 3 Kiinan eturauhasessa-syöpä näyte 7T ja viereisten näytteiden 7N, 8N – kaikki potilaat, joilla on vaiheen III PCa ja korkea PSA tulokset (7T 7N: PSA 30.33; 8N: PSA10.4) (katso S1 File).

kaikki 3 näytteet, joilla on todettu viruksen DNA kuormia, ilmaisi selostukset ja useampi kuin yksi virus havaittiin kussakin. Tartunnan saaneiden virus olivat samanlaisia ​​kaikkialla 3 näytettä (katso taulukko 3). Virukset enemmän lukee olivat SV40, HCMV, EBV ja matalan riskin HPV (kuten HPV49, 50, 88108) (katso taulukko 3 ja S3 File).

Samoin käytimme fuusio havaitseminen putki tunnistaa ihmisen taudinaiheuttaja fuusio tapahtumia. Me suodatetaan raaka fuusiot käyttämällä konsensus-sekvenssit väliin taudinaiheuttajan ja ihmisen sekvenssin. Ei virus tai bakteeri fuusiot tunnistettiin Tiedosto 3.

On tunnettua, että erilaiset

P

.

acnes

kantoja liittyvät eturauhasen kuin yleisesti iholla [48]. Luonnos genomin sekvenssit kahdesta kannoista

P

.

acnes

eristetyn eturauhasen yksilöt (

P

.

acnes

P6 ja

P

.

acnes

PA2) on raportoitu [ ,,,0],49]. Yritimme käyttää genomin sarjoissa 3 kannoista: KPA171202 (iholta), P6 ja PA2 (eturauhasen), mutta luku- määrä eivät olleet riittävän korkea havaita kannan spesifisten sekvenssien geenien kuten taloudenhoito geeni (RecA) tai oletetun hemolysiinia geeni (tly) selvittääkseen fylogeneettiseen suhdetta bakteerieliöiden [50, 51]. 16S rRNA on kultakanta fylogeneettiseen analyysiä. Kuitenkin, 16S rRNA voidaan poistaa aikana sekvensointi kirjaston mukainen valmiste protokollien RNA-seq tekniikkaa. Emme tunnistamaan lukee kartoitettu 16S rRNA.

Keskustelu

mikro-organismi-infektioita eturauhasessa

P

.

acnes

, HPV, HCMV, JCV ja BKV ja. äskettäin löydetty, XMRV on ehdotettu tärkeiksi riskitekijät kehittämiseen PCa [17, 19, 23, 29, 52, 53]. Tähän asti tutkimuksissa, joilla pyritään jäljittelemään yhdistysten näiden taudinaiheuttajan infektioita PCA ovat tuottaneet ristiriitaisia ​​tuloksia eri etnisten ryhmien. Nykyinen Tutkimuksessa analysoitiin assosiaatioita taudinaiheuttajan infektioiden kiinalaisten ja Länsi PCa potilaat käyttävät RNA-seq. Tietääksemme tämä on ensimmäinen analyysi rooli näiden virusten ja bakteerien kehittäminen eturauhasen kasvaimia sekä Länsi-ja kiinalaisten käyttävillä potilailla NGS tiedot.

Bakteeri

P

.

acnes

todettiin kaikissa kolmessa aineistoja, sekä syövän kudoksissa ja viereisten hyvänlaatuinen eturauhasen kudoksiin paitsi normaaleissa näytteissä terveiltä yksilöiltä. Johtuen tietojen rajoituksista, emme voi sulkea pois mahdollisuutta, että

P

.

acnes

huomasimme eturauhasen kudoksessa saattavat olla lähtöisin ihosta. Havaintomme oli yhdenmukainen aikaisempien raporttien kanssa, että

P

.

acnes

olivat yleisempiä sekä hyvän- että pahanlaatuisia eturauhaskudoksiin [9, 54]. On erittäin todennäköistä, että

P

.

acnes

oli läsnä eturauhassyövän mutta ei normaali näytteitä.

P

.

acnes

uskotaan aiheuttamiseksi ja ylläpitämiseksi tulehdusreaktio tuottamalla kemotaktisten tekijöiden, jotka houkuttelevat neutrofiilejä [55] ja kyky

P

.

acnes

selviytyä fagosytoosia in vitro on vahvistanut [56]. Lisäksi

P

.

acnes

tiedotteet proteaaseja ja muita entsyymejä, jotka edistävät kudoksen vamma [45]. Isäntä vastaus

P

.

acnes

on ominaista proinflammatoristen sytokiinien, kuten tuumorinekroositekijä-α (TNF-α), interleukiini-1-α (IL-1α) ja interleukiini-8: n (IL-8) [57].

P

.

acnes

on osoitettu aiheuttavan Näiden sytokiinien sekä makrofagien ja keratinosyyttien läpi TLR2 ja TLR4 signalointireitteihin [58, 59].

P

.

acnes

voi kasvanut riski PCA annetaan sen rooli tulehduksellisten prosessien.

Toinen mielenkiintoinen havainto tutkimuksessamme on, että me havaittu eroa vierekkäisten kudosten ympäröivän kasvaimet ja normaaleissa kudoksissa terveistä yksilöistä .

P

.

acnes

ei esiintynyt normaaleissa näytteissä terveiltä yksilöiltä, ​​mutta esiintyi kaikkien viereisten näytteitä PCa potilaiden työmme. Kudokset vieressä eturauhasen kasvaimia voidaan myös meneillään kasvaimeen liittyviä muutoksia, siis huolellinen luonnehdinta näiden eri kudoksiin on välttämätöntä ymmärtää molekyylitason muutokset vievät PCa [60].

Ei viruksia havaittu Länsi eturauhasessa Data set 1 ja 2. Mutta virukset kuten HCMV, EBV, SV40 ja alhaisen riskin HPV tunnistettiin eräät kiinalaiset eturauhaskudoksiin (sekä syöpä ja viereisten näytteiden) Data set 3. läsnäolo HPV ja EBV geenisekvenssien oli läsnä vastaava osa normaalia, hyvänlaatuinen, ja PCa yksilöt Australian miehillä. Kuitenkin käyttämällä erilaisia ​​analyyttisiä tekniikoita, kuten in situ polymeraasiketjureaktio (IS-PCR) ja tavallinen neste PCR ennen kuin lopulta sekvensoimalla tuote [21], ei DNA-virus transkriptit havaittiin PCA näytteitä RNA-seq tietoja TCGA portaali (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/) [61, 62]. Eri tulokset eri tutkimuksista todennäköisimmin johtuvat näyte eroja: etninen ero, patologinen ero jne Kiinan näyte 7N, 7T, 8N sairastui molemmat

P

.

acnes

ja muita viruksia. Läsnä useita virussekvenssien samalla eturauhassyövän näyte on erityisen huomionarvoista, koska nämä havainnot vahvistavat arvioinnin Zambrano et ai. [63], että eturauhasen on elinympäristö useita virus- ja muiden infektioiden, joista osa voi olla onkogeeninen. Koska vain 2 ulos 14 potilaalla (potilas No.7 ja potilaan nro 8) Data set 3 oli virusinfektiot, ei kiinteitä voida tehdä johtopäätöksiä siitä, onko niitä viruksia edistää Eturauhassyövän.

XMRV ja muut virukset ei havaittu missään kolmesta aineistot. Tuloksemme ovat yhdenmukaisia ​​useimpien julkaistujen tutkimusten XMRV, jotka osoittavat, että XMRV ei esiinny ihmisillä [33, 64-66]. Puuttuminen suuri riski HPV16 ja HPV18 mistä tahansa aineistoja analysoitiin osoittavat, että suuren riskin HPV ei liity PCA tutkittujen potilaiden.

On raportoitu, että virus- ja bakteeri integraatio tapahtuu ihmisen somaattisten genomiin ja voi olla rooli syövän synnyssä. Se, että meillä ei ole havainnut mitään ihmisen bakteereita tai ihmisen-viruksen fuusio missään tietokokonaisuus saattaa ehdottaa, että

P

.

acnes

ja 4 virukset (HCMV, EBV, SV40, vähäriskisiin HPV) ei saa aiheuttaa vakavia riskejä kehittämiseen eturauhassyövän.

Tutkimuksemme laadittiin useita mielenkiintoisia havaintoja, jotka liittyvät että taudinaiheuttaja allekirjoitukset Eturauhassyövän potilaista. Suurimmat rajoitukset tässä tutkimuksessa ovat pieniä RNA-seq datasarjan koko ja puute käytettävissä kudosnäytteiden vahvistettavaksi. Vaikka Tämän tutkimuksen, erityisesti virusten Kiinan PCa potilailla, vielä validoitava suuri eturauhasen tietomääriä, analyysimme valottaa syntymässä soveltamisesta RNA-seq teknologiaa havaitsemaan taudinaiheuttajan allekirjoituksia ihmisen syövissä ja valaisemaan novel mekanismeja taudinaiheuttajista ajettu syövän synnyssä.

tukeminen Information

S1 File. Eturauhasen näyte tietoja kolmesta tietokokonaisuuksien.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0128955.s001

(XLSX)

S2 tiedosto. Kartoitettu lukea kattavuus

P

.

acnes

sekvenssit kolmessa aineistoja.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0128955.s002

(XLSX)

S3 tiedosto. Viral geenit ilmaistaan ​​näytteissä 7N, 7T, 8N Data asetettu 3.

doi: 10,1371 /journal.pone.0128955.s003

(XLSX) B

Kiitokset

kiitollisina tunnustaa Ziliang Qian ja Sophie Dong neuvonnasta meille virusfuusion analyysimenetelmiä.