Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Äskettäin genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa on tunnistettu uusi geneettinen variantti rs7758229 in

SLC22A3

peräsuolen syövän alttiuden on japanilainen väestö, mutta ei tiedetä, onko tämä vastikään tunnistettu muunnos liittyy paksusuolen ja peräsuolen syövän muissa populaatioissa, kuten Kiinan väestöstä.

Methods

Tutkimme assosiaatiot rs7758229 ja peräsuolen syöpäriski 1147 tapauksia ja 1203 tarkastuksia sovitettava iän ja sukupuolen. Logistinen regressio mallia käytettiin arvioimaan yhdistyksille.

Tulokset

Ei merkittävää assosioitunut rs7758229 ja peräsuolen syövän riskiä (OR = 0,95, 95% CI = 0,84-1,09,

P

= 0,463). Samanlaisia ​​tuloksia havaittiin kerrostuminen kasvaimen sijainti (OR = 0,94, 95% CI = 0,80-1,11,

P

= 0,481 paksusuolen syöpä, ja OR = 0,96, 95% CI = 0,82-1,13,

P

= 0,621 varten peräsuolen syöpä).

Johtopäätökset

havainnot eivät tue yhdistyksen välillä rs7758229 in 6q26-q27 ja paksusuolen syövän riskiä kiinalaisessa väestöstä.

Citation: Zhu L, Du M, Gu D, Ma L, Chu H, Tong N, et al. (2013) Genetic Variant rs7758229 in 6q26-q27 ei liity peräsuolen syöpäriski kiinalaisessa väestöstä. PLoS ONE 8 (3): e59256. doi: 10,1371 /journal.pone.0059256

Editor: Hengyi Rao, University of Pennsylvania, Yhdysvallat

vastaanotettu: 21 syyskuu 2012; Hyväksytty: 12 helmikuu 2013; Julkaistu: 12 maaliskuu 2013

Copyright: © 2013 Zhu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus osittain tuettu National Natural Science Foundation of China (81201570, 81102089 ja 81230068), National Natural Science Foundation of Jiangsun maakunnassa (BK2010080 ja BK2011773), Key Program for Basic Research Jiangsu Provincial Department of Education (11KJB330002), Qing Lan Project Jiangsu Provincial Department of Education, ja hankkeen rahoittama Priority Academic ohjelmasuunnitteluosastolle Jiangsun korkeakouluista (terveys- ja ehkäisevän lääketieteen). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä on johtava syy syövän liittyvät kuolemat useimmissa maissa, mikä johtuu yhdistelmä geneettiset ja ympäristön riskitekijöiden [1], [2], [3]. Twin tutkimukset ovat osoittaneet, että geneettinen alttius osuus ~35% taudin etiologiaa, joista suurin osa on edelleen epäselvä [4]. Viimeaikaiset laaja saatavuus suurikapasiteettisten genomiikan lähestymistavat ovat antaneet mahdollisuuden skannata genomien suuri joukko ihmisiä genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) nopeasti [5]. Useita GWAS on saatu tarkoituksena on tunnistaa perimä vaikuttavat paksusuolen syövän riskiä [6]. Aiemmin kolme validointi [7], [8], [9] tutkimukset Kiinan jättänyt jäljitellä useimmat GWAS-tunnistettu lokuksen, mikä viittaa siihen, että geneettinen heterogeenisyys välillä oli valkoihoisten ja aasialaisia.

Äskettäin Cui et al. suoritti GWAS on japanilainen väestö (4809 peräsuolen syöpätapausta ja 2973 tarkastukset) ja tunnistettiin uusi locus rs7758229 in

SLC22A3

varten distaalisen paksusuolen syöpä [10]. Lisäksi he löysivät kumulatiiviset vaikutukset rs7758229, muut geneettiset ja ympäristötekijät voivat lisätä peräsuolen syövän riskiä. Kuitenkin vähän tai ei ole tietoa siitä, onko vaikutus tämän lokuksen käytössä muilla aasialaisilla. Täällä suoritimme riippumaton tapauskontrollitutkimuksessa arvioidakseen yhdistyksen välillä rs7758229 tunnistaa Cui et al. ja peräsuolen syövän riskiä kiinalaisessa väestöstä.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkimuskanta

Potilaat paksusuolisyövän rekrytoitiin syyskuusta 2010 First Affiliated sairaala ja Nanjing First Hospital Nanjing Medical University, joka on kuvattu yksityiskohtaisesti aiemmin [11]. Kaikki tapaukset olivat histologisesti varmennettu peräsuolen adenokarsinooma. Patologinen vaihe paksusuolisyövän luokiteltiin Dukes A, B, C ja D. Tuumorin laatu jaettiin matala-, keski- ja korkea. Ohjaus aiheet valittiin satunnaisesti poolin yli 25000 syöpää vapaiden yksilöiden perusteella lääkärintarkastuksissa ja taajuus-Hyväksytty tapauksiin iän ja sukupuolen. Poissulkukriteerit mukana ole ollut syöpä. Sen jälkeen kun allekirjoitettu tietoon perustuva suostumus, kuhunkin aiheeseen lahjoitti 5 ml verta genomisen DNA: n eristämiseksi. Tutkimus hyväksyi institutionaalisten tarkastuslautakunta Nanjingin Medical University.

genotyypin

Perimän DNA eristettiin ääreisveren lymfosyyteistä. Tässä tutkimuksessa rs7758229 oli genotyyppi käyttäen TaqMan määritystä (Applied Biosystems). Sekvenssit pohjamaali ja koetin kunkin SNP on saatavilla pyynnöstä. Genomi-DNA: ta 50 ng ja 0,5 x mix (TaKaRa Bio, USA) käytettiin kunkin reaktion ja monistus suoritettiin seuraavissa olosuhteissa: 50 ° C 2 min, 95 ° C: ssa 10 min, mitä seurasi 45 sykliä 95 ° C: ssa 15 s, ja 60 ° C 1 min. Arvioimme genotyyppi tietojen laatua kirjoittamalla 10% sokaissut samanlaiset näytteet; viskositeettiluku oli 100,0%.

Tilastolliset analyysit

Hardy-Weinberg tasapaino valvonnan ”genotyyppi jakaumia testattiin jonka hyvyys fit chi-neliö testi. Ehdoton yhden ja usean logistinen regressio analyysit tehtiin jotta saatiin epäpuhdas ja odotusarvo suhteet (syrjäisimmillä alueilla) ja paksusuolisyövän riskin ja niiden 95% luottamusväli (CI).

P

arvo 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä, ja kaikki tilastolliset testit olivat kaksipuolisia. Tilastolliset analyysit tehtiin käyttäen SAS-ohjelmiston, vapauta 9,1 (SAS Institute, Cary, NC).

Tulokset

Yhteensä 1147 peräsuolen syöpätapausta ja 1203 verrokeilla oli mukana tässä tutkimuksessa (taulukko 1). Keski-ikä oli 60,1 vuotta vanha tapauksissa ja 59,9 vuotta vanha valvontaa. Tapaukset olivat todennäköisemmin perheenjäseniä syöpään kuin valvonta (21,2% vs. 10,6%,

P

0,001). Havaitut rs7758229 genotyyppi taajuuksien joukossa verrokeilla olivat yhteisymmärryksessä Hardy-Weinberg tasapaino (

P

= 0,778). Kuten on esitetty taulukossa 2, taajuudet GG, GT ja TT-genotyyppien olivat 58,3%, 35,6%, ja 6,1%, vastaavasti, niihin tapauksiin, ja 56,4%, 37,6%, ja 6,0%, vastaavasti, kesken valvontaa. Lisäksi rs7758229 T alleelin frekvenssi oli 0,248 niihin tapauksiin ja 0,238 keskuudessa valvontaa ja ero ei ollut tilastollisesti merkitsevä (OR = 0,95, 95% CI = 0,84-1,09,

P

= 0,463). Suoritimme ositus analyysin mukaan kasvaimen sijainti (paksusuolen ja peräsuolen) tutkia yhdistyksen välillä rs7758229 ja peräsuolen syövän riskiä. Samoin rs7758229 T-alleelin ei liittynyt riskiä paksusuolen syöpä tai peräsuolen syöpä, verrattuna G-alleelin (OR = 0,94, 95% CI = 0,80-1,11,

P

= 0,481 paksusuolen syöpä, ja OR = 0,96, 95% CI = +0,82-+1,13,

P

= 0,621 varten peräsuolen syöpä).

keskustelu

Tässä tutkimuksessa, löysimme ei tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä rs7758229 in

SLC22A3

ja peräsuolen syövän riskiä, ​​eikä niillä ole vaaraa kasvaimen sijainnista.

kyvyttömyys jäljitellä havaintojen Cui et al. [10] voi olla useita syitä. Ensinnäkin heikko ja riittämätön teho voi selittää myös ristiriitaisia ​​tuloksia. Tämä tutkimus kuitenkin oli kohtuullinen teho ( 75%) havaitsemiseksi OR = 1,28 per kopio T-alleelin, joka oli raportoitu aiemmin Cui et al. [10]. Toiseksi, rekrytoimme peräsuolen syöpätapausta sairaaloista ja valittujen kontrollien väestö, joka ei ehkä hyvinkin edustavat koko väestöä ja saattaa johtaa mahdollisten valinta harhaa. Kolmanneksi, se on biologisesti mahdollista, että sama herkkyys variantti peräsuolen syövän voi kohdistua eri populaatioissa. Siksi poikkeava havainnot voi liittyä geneettisten ja /tai ympäristön määritteet, jotka vaihtelevat taajuuden välillä Kiinan väestön ja Japanin väestö. Lopuksi, Cui et ai, kertoi, että rs7758229 oli merkittävämpi yhdessä riskiä distaalisen paksusuolen syöpä (

P

= 7,92 x 10

-9) kuin peräsuolen syöpä (

P

= 1.31 x 10

-5) [10], mikä viittaa siihen, että niiden karsinoomat on eri patologisia mekanismeja syövän liittyy erilaisia ​​geneettisiä ja epigeneettiset virheet [12].

Yhteenvetona Tutkimuksemme vahvisti, että rs7758229 vuonna 6q26 -q27 eivät saa edistää paksusuolen syövän riskiä kiinalaisessa väestöstä. Siksi edelleen muita loci ja laajamittainen GWAS kolorektaalisyövän Kiinan väestöstä odottavat.