Krooninen sairaus

tiivistelmä

Useimmat kohdun limakalvon syövät voidaan luokitella histologisesti endomet-, vakavien tai kirkas solu. Non-endomet- kohdun limakalvon syöpiä (NEECs, vakavasta ja selkeä solu) ovat kliinisesti aggressiivista kolmen suuren histotypes ja on ominaista aneuploidian, ominaisuus kromosomin epävakautta. Geneettinen muutokset että taustalla kromosomi epävakaus endometriumsyöpään tunnetaan huonosti. Tässä tutkimuksessa käytimme Sanger sekvensoinnin etsiä nukleotidin variantit koodaavat eksonit ja pujontaliitosten 21 ehdokkaan kromosomi epävakautta geenejä, mukaan lukien 19 geenit sekaantunut sisarkromatidin koheesio, 24 ensisijaista, mikrosatelliittimarkkereita-vakaa NEECs. Somaattiset mutaatiot varmistettiin sekvensoimalla vastaaviin normaaleihin DNA: ita. Olemme myöhemmin uudelleen sekventoituja muuntunut geenejä 41 ylimääräistä NEECs sekä 42 endomet- EC (EECS). Olemme paljastui nonsynonymous somaattiset mutaatiot

ESCO1

,

CHTF18,

ja

MRE11A

vuonna vastaavasti 3,7% (4 107), 1,9% (2 107), ja 1,9% (2 107) kohdun limakalvon kasvaimet. Kaiken kaikkiaan, 7,7% (5 65) NEECs ja 2,4% (1 42) EECS oli somaattisesti mutatoitu yhden tai useamman kolmen geenin. Osajoukko mutaatioiden ennustetaan vaikuttavan proteiinin toimintaan. Yhteistyössä esiintyminen somaattisten mutaatioiden

ESCO1

ja

CHTF18

oli tilastollisesti merkitsevä (

P

= 0,0011, kaksisuuntainen Fisherin tarkka testi). Tämä on ensimmäinen raportti somaattisten mutaatioiden

ESCO1

ja

CHTF18

endometriumin kasvainten ja

MRE11A

mutaatioita mikrosatelliitti-vakaa kohdun limakalvon kasvaimet. Meidän havainnot takaa tulevien tutkimusten onko nämä mutaatiot ovat kuljettajan tapahtumia, jotka edistävät patogeneesiin kohdun limakalvon syöpään.

Citation: Hinta JC, Pollock LM, Rudd ML, Fogoros SK, Mohamed H, Hanigan CL, et al . (2013) sekvensointi Ehdokas kromosomi Epävakaus Geenit Kohdun limakalvon syövät paljastaa somaattiset mutaatiot

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

. PLoS ONE 8 (6): e63313. doi: 10,1371 /journal.pone.0063313

Editor: Todd W. Miller, Dartmouth, Yhdysvallat

vastaanotettu: 20 joulukuu 2012; Hyväksytty: 01 huhtikuu 2013; Julkaistu: 03 kesäkuu 2013

Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Rahoitus: Tämä työ oli rahoitettu osittain jonka Intramural tutkimusohjelma National Human Genome Research Institute NIH (DWB, JCM); NIH avustus CA016519 (PH); Kanadan Institutes of Health Research (CIHR) avustus MOP-38096 (PH); Manitoba Health Research Council (MHRC) avustus (KJM); CIHR /MHRC RPP New tutkija palkinto (KJM); U01 CA113916 ja R01 CA140323 (AKG); NIH RO1-1CA112021-01 (DCS); NCI SPORE rintasyövän Massachusetts General Hospital (DCS); ja Avon Foundation (DCS). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Kohdun syöpä on yleisimmin diagnosoitu gynekologiset syöpään Yhdysvalloissa ja on kahdeksas johtava kuolinsyy syöpään keskuudessa amerikkalaiset naiset [1]. Kohdun limakalvon syöpiä (EC) osuus valtaosa kohdun syöpiä. Endomet-, vakavien ja selkeä solu karsinoomat edustavat kolmea suurta histologinen alatyyppejä EY. Jokainen alatyyppi syntyy selvä esiasteleesioita, on selvä kliininen käyttäytyminen ja erillinen molekyyli etiologies [2], [3].

endomet- EC (EECS) ovat estrogeenista riippuvia kasvaimia liittyvä yleinen suotuisa ennuste osoituksena 5 vuotisen suhteellinen eloonjäämisluku ~90% [4]. Sen sijaan serous ja selkeä solu ECS (non-endomet- EC (NEECs)) ovat kliinisesti aggressiivista, estrogeenista riippumaton kasvaimista 5 vuoden suhteellinen eloonjäämislukuja vain 44% ja 65% vastaavasti [4]. NEECs osaltaan suhteettomasti kuolleisuus EY. In väestöpohjaisen tutkimus endomet-, vakavien ja selkeä solu hankittua sisällä Yhdysvalloissa Surveillance Epidemiology and Lopputulokset (SEER) ohjelma (1988-2001), NEECs osuus 47% kuolemista, vaikka ne olivat vain 13% diagnooseista [5].

EECS ja NEECs näytteille erilaisuudeen perimän epävakaisuuden. EECS yleensä diploidinen tai lähes diploidi mutta käyttäytyvät usein mikrosatelliittien epävakaus (MSI) [6], [7], [8], [9], [10], [11]. Sen sijaan NEECs ovat usein aneuploidi tai kromosomaalisesti epävakaa, mutta näyttää MSI vain harvoin [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17].

MSI heijastaa mutaattori- fenotyyppi johtuvat vialliset mismatch korjaus (tarkistetaan [18]). Yksittäisissä kohdun limakalvon syöpiä, suurin osa tapauksista on MSI selittyvät hypermetylaatiota MLH1 promoottorin menetys MSH2 ilmaisun, tai somaattiset mutaatiot

MSH6

(tarkistetaan [19]). Aneuploidia on hiljattain ehdotettu johtuvan vaiheittainen prosessi, joka on seurausta hankitun toleranssin ei-diploidinen genomi, kautta inaktivaatio p53-reitin, sekä poikkeava kromosomi erottelu [20]. Vaikka inaktivoivat mutaatiot

TP53

ja p53-proteiinin vakauttaminen ovat yleisiä NEECs, esiintyy jopa 90% vakavien kasvainten (tarkistetaan [19]), geneettisen perustan kromosomi missegregation vuonna NEECs edelleen huonosti.

hiivassa kromosomi missegregation voi syntyä mutaatioita geeneissä, jotka säätelevät sisar-kromatidin koheesiota [21], [22]. Mitoosi sisarkromatidin yhteenkuuluvuuden tarkoitetaan fyysistä kytkös monistaa sisko kromatidien jonka cohesin proteiinikompleksi kunnes Anaphase, varmistaa uskollinen erottelu sisko kromatidien tytärsoluihin. Vuonna

S. cerevisiae

, The cohesin kompleksi koostuu Smc1, SMC3, SCC1, ja Scc3 alayksiköt ja ladataan kromatiinin lopussa G1 prosessi, joka vaatii Scc2-Scc4 kompleksin [23], [24], [25 ]. Myöhemmät yhteenkuuluvuus perustaminen riippuu asetylointi SMC3 jonka EKO1 asetyylitransferaasi [26], [27], [28], samoin kuin toiminnan Chl1 ja vaihtoehtoinen replikaatiotekijää C (Rfc) kompleksi Ctf18-Ctf8-Dcc-Rfc [ ,,,0],21], [29]. Yhteenkuuluvuus perustaminen antagonisoi toimintaa Wpl1-Pds5 monimutkainen ja Elg1-Rfc kompleksi [30], [31].

, jotka säätelevät sisarkromatidin koheesio ovat erittäin konservoituneita läpi evoluution. Nisäkässoluissa Mitoosi cohesin kompleksi on muodostettu SMC1A (hSmc1), SMC3 (hSmc3), RAD21 (hScc1), ja SA1 /SA2 (hScc3). Cohesin lastaus riippuu NIPBL (hScc2) ja MAU2 (hScc4) (katsaus [32]). Yhteenkuuluvuus perustaminen vaatii asetylaatio on SMC3 jonka ESCO1 ja ESCO2 ase- tyylitransferaaseja [33] ja myös säätelee CHTF18-RFC kompleksi [34] sekä DDX11 (hChl1) [35], [36].

On yhä useammat todisteita siitä mutaatioprosessiin häiriintyminen sisarkromatiinin yhteenkuuluvuuden geenejä ihmisen syövässä. Somaattiset poistot ja mutaatioita useita geenejä, jotka säätelevät sisarkromatidin koheesio on viime aikoina paljastunut kolorektaalisyövässä, Ewingin sarkooma, glioblastooma, melanooma, akuutti myelooinen leukemia, ja myelooisesta sairaudet [37], [38], [39], [40], [41], [42], [43]. Olemme aiemmin kuvattu somaattinen menettämisestä toiminnon mutaatioiden

ATAD5

endometriumin syöpiä [44]. ATAD5 on ihmisen ortologin

S. cerevisiae

Elg1, joka muodostaa Rfc kaltainen monimutkainen, joka osallistuu sisarkromatidin koheesiota [45], [46].

Tässä tutkimuksessa olemme pyrkineet onko ylimääräisiä sisarkromatidin koheesio geenit ovat somaattisesti mutatoitunut kohdun limakalvon kasvaimet. Me uudelleen sekventoituja ihmisen ortologeja 19 geenit säätelyssä sisarkromatidin koheesion, sekä kaksi ylimääräistä ehdokas kromosomi epävakaus (CIN) geenit, 24 ensisijainen NEECs. Mutatoituja geenejä myöhemmin sekvensoitiin 83 ylimääräistä kohdun limakalvon kasvaimet. Tutkimuksemme paljastui nonsynonymous somaattisia mutaatioita

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

alaryhmässä ihmisen kohdun limakalvon kasvaimia.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics selvitys

NIH Office of ihmiskoe todennut, että tämä tutkimus ei ollut ”ihmiskoe” kohti yhteisen työjärjestyksen (45 CFR 46), ja sen vuoksi, ettei IRB tarkastelu tarvitaan sekvensointi että nimettömiksi näytteet tässä tutkimuksessa.

Kliiniset näytteet

anonyymit, ensisijainen kohdun limakalvon kasvain kudosten (45 seroosinen, 20 kirkas solu, ja 42 endomet-) ja sovitetun histologisesti normaaleissa kudoksissa saatiin Cooperative Human Tissue Network, tai siitä Biosample Varastokirjastosta Fox Chase Cancer Center, Philadelphia PA. Kuusi tapauksista Hyväksytty kasvain ja normaali-DNA: t hankitaan Oncomatrix. Kaikki kasvaimen kudokset kerättiin ennen käsittelyä. Hematoksyliinillä ja eosiinilla (H päällekkäiset amplimerit koottiin erikseen sallimaan riippumattoman cross-validointi puheluita päällekkäisiä alueilla. Sekvenssivariantit, mukaan lukien yhden nukleotidin eroja ja lyhyt ( 100 emäsparin) lisäykset ja poistot, tunnistettiin käyttäen PolyPhred v6.11 [51] ja in-house-algoritmi (DIPDetector) optimoitu parannetun herkkyyden löytää lisäysten ja poistot linjassa jäljittää tietoja. DIPDetector analysoi Sanger sekvensoinnilla jälkiä ja ennustaa lisäykset ja poistot ensin tutkimalla lukea linjauksia varten homotsygoottinen variantteja. Sitten se etsii allekirjoitukset heterotsygoottisten lisäysten ja poistojen sisällä lähtö basecaller Phred ajaa kanssa – poly vaihtoehto [49]. Muodostamisen jälkeen kaksi vektoria, jotka sisältävät emäksiä korkein huippu alueet kussakin asemassa luku- (tai määrittämällä korkein alueen huippu sekä vektorit, kun toiseksi suurin huipun pinta-ala on vähemmän kuin 10% koko suurimman piikin), DIPDetector yrittää vaihe nämä vektorit työntämällä mahdollisia muutoksia kaikkia mahdollisia kokoja kaikkiin mahdollisia asentoja lukea, ja tulokset nämä muutokset sen mukaan, kuinka hyvin johtuvilla siirtynyt vektorit sovi havaittuihin emäkset sisällä jäljittää. Ihmisen genomin kokoonpano hg18 (NCBI Build 36,1) käytettiin vertailukohtana järjestyksessä. Variant kannat olivat rajat referenssinä dbSNP (Build 129) merkinnät tunnistaa tunnettuja polymorfismien. Sen määrittämiseksi, onko uusia variantteja somaattisista mutaatioista tai ituradan polymorfismien, sopiva kasvaimen DNA: han ja vastaaviin normaaleihin DNA monistettiin uudelleen riippumattomasti PCR seurasi sekvenssianalyysi variantin asentoon. Ennustettu vaikutus somaattisten mutaatioiden proteiinin toiminta arvioitiin

in silico

käyttämällä mutaatio arvioija vapauta 2 (https://mutationassessor.org/), SEULOA (https://sift.jcvi.org/), ja Polyphen-2 (https://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/index.shtml).

laskeminen löytöseulonnoissa vallan

arvioitu voima havaita yhden geenin mutaatio sarja 24 kasvaimia on 1- (1-X)? 24, jossa X on todellinen osa kasvaimista on mutaatio, joka geeni.

tulokset ja keskustelu

mutaatio löytöseulonnoissa kartoitettiin 24 ensisijainen NEECs läsnäolo nukleotidin variantteja sisällä koodaus eksonit ja pujontaliitosten 21 ehdokkaan kromosomi epävakautta geenejä, jotka ilmentyvät, vaihtelevia määriä endometriumin syövän solulinjoissa (kuvio S1). Yhdeksäntoista näistä geeneistä ovat sekaantuneet säätelyyn sisar-kromatidin koheesio, joka perustuu niiden sekvenssihomologia koheesiota geenien

S. cerevisiae

(taulukko 1). 24 NEECs koostui 17 vakavien hankittua ja 7 selkeä cell hankittua; viisi vakavien kasvainten (T33, T45, T65, T69, T70) äskettäin altistettiin koko exome sekvensointi [52]. Olemme mukana vain MSI-vakaa kasvaimia löytö näyttö; MSI tiedot on raportoitu muualla [52].

Saimme laadukkaita järjestyksessä tietoja 87,6% (5,64 Mb) emäksiä (6.44 Mb) kohdennettu. Kun jätetään variantit, jotka olevaksi, yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t) sisällä dbSNP (Build 129) oli 109 ainutlaatuinen nukleotidin variantteja, jotka edustivat potentiaalisia somaattisia mutaatioita. Sen määrittämiseksi, ovatko nämä vaihtoehdot olivat somaattisten mutaatioiden tai ituradan variantteja, me monistettiin uudelleen ja sekvensoitiin variantti asentoja sopiva kasvaimen DNA ja vastaaviin normaaleihin DNA. Kolme variantteja

luun fide

somaattisista mutaatioista, läsnä kasvaimen DNA mutta poissa vastaaviin normaaleihin DNA. Somaattisesti muuntunut geenit olivat

ESCO1

(perustaminen koheesio 1 homologin 1 (

S. Cerevisiae

)),

CHTF18 (

kromosomi siirto Fidelity tekijä 18-homologi (

S. cerevisiae

)), ja

MRE11A

(meioottisiin rekombinaatio 11 homologi A (

S. cerevisiae

)); kukin geeni mutatoitunut 4% (1 24) NEECs löytö näytössä. Vaikka emme löytäneet todisteita somaattisten mutaatioiden loput 18 ehdokasta CIN geenejä, on tärkeää tunnustaa, että meidän löytöseulonnoissa on riittämätön voima havaita kaikki somaattisten mutaatioiden läsnä NEECs. Arvioimme, että seulonnassa 24 NEECs, valta havaita geenejä, jotka somaattisesti mutatoitunut 5%, 10% tai 15% kaikista NEECs on 71%, 92%, ja 98% vastaavasti.

seuraava pyrittiin tarkemmin määrittää taajuus ja taajuuksien somaattisten mutaatioiden

ESCO1, CHTF18,

ja

MRE11A

endometriumin syöpä. Tätä varten suoritimme esiintyvyyden näytön, jossa me uudelleen sekventoituja kooditustiedon eksonit ja silmukointikohdissa kolmesta geenejä ylimääräistä 28 seroosinen kasvaimia, 13 kirkas kasvaimet, ja 42 endomet- kasvaimia, valitsemattomat MSI tila.

yhdistetyssä löytö ja yleisyys näytöt, olemme paljaana nonsynonymous somaattiset mutaatiot

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

vuonna vastaavasti 3,7% (4 107) , 1,9% (2 107), ja 1,9% (2 107), kohdun limakalvon kasvaimet (taulukko 2 ja kuvio S2). Kaiken kaikkiaan, 7,7% (5 65) NEECs ja 2,4% (1 42) EECS oli somaattisten mutaatioiden yhdessä tai useammassa kolmen geenin. Verrattuna tunnettuihin konsensus syövän geenien vakiintuneiden rooleja kohdun limakalvon syöpä, ja merkittävästi mutatoitunut syöpä geenit,

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

olivat harvoin mutatoitunut (kuva S3 , Kuva S4, kuva S5) [44], [52], [53], [54], mikä viittaa siihen, että nämä kolme geenit ovat joko harvinaisia ​​patogeenisia kuljettajan geenejä endometriumsyöpään tai että ne ovat ei-patogeenisiä geenejä, jotka ovat hankkineet matkustaja mutaatioita . Immunoblottaus vahvisti ilmaus MRE11A ja CHTF18 paneelissa kohdun limakalvon syövän solulinjoista (kuvio S6); ESCO1 oli vaihtelevasti ilmaistiin joukossa nämä samat solulinjat.

ESCO1,

joka koodaa lysiiniä liasetyylitransferaasi joka on välttämätöntä perustaa sisarkromatiinin yhteenkuuluvuuden nisäkässoluissa, oli somaattisesti mutatoituneet 2,2% (1 45) vakavien hankittua, 10% (2 20) selkeiden solun hankittua, ja 2,4% (1 42) endomet- hankittua. Kaksi

ESCO1

mutaatioiden ennustetaan vaikuttavan proteiinin toimintaan. ESCO1

R786C missense-mutantti, sisällä asetyylitransferaasi verkkotunnuksen, ennustetaan vaikuttavan proteiinin toiminnan Sekä SIFT ja Polyphen algoritmeja (taulukko 2). Me spekuloida, että ESCO1

E338X nonsense-mutantti, jota paljastui vakavien-EY voi olla keskeytys- toiminto mutantti koska tuottama proteiini tämä alleeli olisi ennenaikaisesti katkaistu eivätkä sisällyttää asetyylitransferaasin verkkotunnus. Vaihtoehtoisesti nonsense välittämää rappeutuminen

ESCO1

E338X

transkriptio saattaa johtaa haploinsufficiency.

CHTF18

oli somaattisesti mutatoitunut 2,2% (1 45) serous hankittua ja 2,4% (1 42) endomet- hankittua. Ihmisen soluissa CHTF18-RFC kompleksi säätelee asetylointi SMC3 koheesion-alayksikköä by ESCO1 ja ESCO2 ase- tyylitransferaaseja [34], mikä edistää perustamista sisarkromatidin yhteenkuuluvuuden. CHTF18-RFC monimutkainen on myös liitetty stimulaation DNA-polymeraasin η aktiivisuutta ja rekrytointi DNA-polymeraasin ε sivustoille aukontäyttö- korjaussynteesiä [55], [56]. Molemmat CHTF18 mutanttien me paljastui kohdun limakalvon syöpä paikallistaa karboksi- terminuksessa proteiinin (kuvio 1), alueen sisällä (tähteet 576-876), joka välittää sitoutumisen RFC2-5 [57]. CHTF18

R854W mutantti ennustetaan mahdollisesti vaikuttaa proteiinin toimintaan, jonka mutaatio arvioija ja SIFT algoritmeja (taulukko 2). Mielenkiintoista on, että suurin osa

CHTF18

mutaatioiden havaittu muissa syövissä myös paikallistaa sen C-päähän koodatun proteiinin [58]. Nämä havainnot esiin mahdollisuuden, että somaattiset missensemutaatioita C-päässä CHTF18, löytyy täältä ja muiden syöpien, häiritä CHTF18-RFC vuorovaikutus.

Yksittäiset somaattiset mutaatiot on merkitty neliöt (nonsensemutaatiota) tai timantit (missensemutaatioita). Domain kannat ovat peräisin [65], [66], [61], [59], [67]. GAR: Glysiini-arginiini-Rich motiivi; RBD: RAD50 Sitovat Domain; RFC box: replikointi tekijä C ruutuun.

MRE11A

oli somaattisesti mutatoitunut 4,4% (2 45) vakavasta hankittua. Ei

MRE11A

mutaatioita havaittiin kesken selkeitä solun tai endomet- kasvaimia. MRE11A on molempia endonukleaasiaktiivisuus ja 3′-5 ’eksonukleaasi toimintaa ja, koska komponentti, MRE11A-RAD50-NBS1 (MRN) kompleksi, se on olennainen rooli soluvasteen kaksinkertainen säikeen katkoksia (tarkistetaan [59]). Nisäkässoluissa, MRN monimutkainen tarvitaan myös ATR-välitteisen fosforylaation SMC1 alayksikön cohesin [60], ja siRNA ehtyminen

MRE11A

ihmisen soluissa johtaa koheesion vikoja [37]. MRE11A

D131N somaattinen mutantti, jota paljastui vakavien EY, tapahtuu erittäin evoluutiossa konservoituneen tähteen kolmannella phosphoesterase motiivi sisällä nukleaasia verkkotunnuksen [61] ja ennustetaan vaikuttavan proteiinin toiminnan (kuvio 1, ja taulukko 2 ). MRE11A

D692Y mutantti, että DNA: ta sitova domeeni, on myös ennustettu olevan toiminnallisesti merkittäviä (taulukko 2). Vaikka Introniset somaattiset mutaatiot

MRE11A

on raportoitu microsatellite epävakaa kohdun limakalvon syöpiä [62], [63], [64], tietojemme mukaan tässä tutkimuksessa on ensimmäinen raportti somaattisten mutaatioiden

MRE11A

mikrosatelliitti vakaa kohdun limakalvon kasvaimet (taulukko 2). On huomioitava, että MRE11A

D131N variantti, joka oli somaattisen tutkimuksessamme, on havaittu harvinainen väestön variantti (TMP_ESP_11_94212851) on NHLBI Exome sekvensointiprojektista (URL: https://evs.gs.washington.edu /EVS /), jossa on pieniä alleelin taajuus 0,0233% vuoden EuropeanAmerican väestöstä.

molemminpuolisen poissulkemisen tai yhteistyössä esiintyminen somaattisten mutaatioiden kaksi tai useampia geenejä voi osoittaa toiminnallinen redundanssi tai toiminnallisia synergiaa, vastaavasti. Voit selvittää rakenteessa somaattisten mutaatioiden yhteenkuuluvuuden geenien kohdun limakalvon syöpä, yhdistimme tulokset nykyisen tutkimuksen edellisessä analyysin

ATAD5 (hELG1) B-geeni tässä samassa kohortin ECS [44]. Vaikka määrä mutatoitunut tapauksia on pieni, havaitsimme, että somaattiset mutaatiot

ESCO1

ja

ATAD5

pyrkineet yhteistyöhön esiintyä kohdun limakalvon syövän (

P

= 0,0102, kaksi -häntäistä Fisherin testiä), samoin kuin somaattisia mutaatioita

ESCO1

ja

CHTF18

(

P

= 0,0011) (kuvio 2, ja taulukko 3). Nämä havainnot esiin mahdollisuuden, että saattaa olla toiminnallisia synergiaa

ESCO1

ja

ATAD5

mutantteja, ja välillä

ESCO1

ja

CHTF18

mutantteja, endometriumin syöpä. Tässä suhteessa on huomattava, että somaattiset mutaatiot

ESCO1

ja

ATAD5

yleensä yhteistyötä myös esiintyä Kolorektaalituumorien (

P

= 0,000001) (Kuva S7) , joka perustuu analyysiin julkisesti saatavilla mutaation tuottamia tietoja Cancer Genome Atlas [https://cbio.mskcc.org/cancergenomics/]. Vaihtoehtoinen, mutta eivät sulje pois toisiaan, mahdollisuus on, että yhdessä esiintyvät mutaatiot yhteenkuuluvuuden geenien endometriumsyöpään voi heijastaa taustalla hypermutatoitavaksi fenotyyppi. Olemme aiemmin arvioitujen kohortin 107 kasvaimia tässä tutkimuksessa mikrosatelliittien epävakautta ja

MSH6

mutaatioita [44], [52], jotka molemmat voivat aiheuttaa hypermutatoitavuuden takia viallisten mismatch korjaus (MMR). Vaikka kolme kasvainten koheesio geenimutaatioita tässä tutkimuksessa olivat joko MSI-epävakaa tai

MSH6

-mutated (kuva 2), havaitsimme ei tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä mutaatioita sisarkromatidin yhteenkuuluvuuden geenien ja viat täsmää korjaus (Taulukko S4 ja taulukko S5).

Yksittäiset kasvaimista (T) on osoitettu pystysuorilla harmaat palkit. Kasvaimet muodostuvat NEECs (T3, T51, T62, T68, T77, T79, T113) ja ETY (T88). Geenit (vasemmalla) ja nonsynonymous somaattisista mutaatioista (oranssi laatikot) on osoitettu.

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

analysoitiin tässä tutkimuksessa; *

ATAD5

mutaatioita,

MSH6

mutaatioita, ja mikrosatelliittien epävakaus (MSI) on aiemmin kuvattu muualla [44], [52].

Yhteenvetona, olemme tunnistaneet harvinaisia, nonsynonymous, somaattiset mutaatiot

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

alaryhmässä ensisijainen kohdun limakalvon kasvaimet. Tulevaisuuden tutkimuksia tarvitaan, onko nämä mutaatiot ovat kuljettajan tapahtumia, jotka edistävät patogeneesiin kohdun limakalvon syöpään.

tukeminen Information

Kuva S1.

RT-PCR-analyysi 21 ehdokkaan ihmisen kromosomi epävakautta geenien 7 ihmisen kohdun limakalvon syövän solulinjoissa. Geelielektroforeesilla RT-PCR-tuotteiden vahvistaa ilmentymistä 21 ehdokkaan kromosomin epävakautta geenien vakavien ja endomet- kohdun limakalvon syöpä solulinjoja. Positiiviset ja negatiiviset (vesi) PCR ohjaimet näkyvät.

ACTB

ja

GAPDH

toimi positiivisena kontrollina geenejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s001

(TIF) B Kuva S2.

Sequence kromatogrammit osoittaa somaattiset mutaatiot

ESCO1

,

CHTF18

, ja

MRE11A

endometriumin kasvain-DNA: t, verrattuna vastaaviin normaaleihin DNA: t.

doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s002

(TIF) B Kuva S3.

Oncoprints näytetään jakelu somaattisten mutaatioiden serous kohdun limakalvon kasvaimet raportoitu tässä tutkimuksessa (*) ja muualla [44], [52], [53], [54]. Jokainen sininen pylväs edustaa yksittäistä kasvain (T). Nonsynonymous somaattiset mutaatiot ja MSI + on merkitty punaisella palkit. Sillä

MSH6

, ituradan variantteja tuntemattomia toiminnallisia merkitys näytetään oranssi baareissa. Havaittu taajuus (%) mutatoitujen tapauksissa kunkin geenin, näkyy oikealla.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s003

(TIF) B Kuva S4.

Oncoprints näytetään jakelu somaattisten mutaatioiden selkeitä solun kohdun limakalvon kasvaimet raportoitu tässä tutkimuksessa (*) ja muualla [44], [52], [53], [54]. Jokainen sininen pylväs edustaa yksittäistä kasvain (T). Nonsynonymous somaattiset mutaatiot ja MSI + on merkitty punaisella palkit. Sillä

MSH6

, ituradan variantti tuntematon toiminnallinen merkitys näkyy oranssiin bar. Havaittu taajuus (%) mutatoitujen tapauksissa kunkin geenin, näkyy oikealla.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s004

(TIF) B Kuva S5.

Oncoprints näytetään jakelu somaattisten mutaatioiden endomet- kohdun limakalvon kasvaimet raportoitu tässä tutkimuksessa (*) ja muualla [44], [52], [53], [54]. Jokainen sininen pylväs edustaa yksittäistä kasvain (T). Nonsynonymous somaattiset mutaatiot ja MSI + on merkitty punaisella palkit. Sillä

MSH6

, ituradan variantteja tuntemattomia toiminnallisia merkitys näytetään oranssi baareissa. Havaittu taajuus (%) mutatoitujen tapauksissa kunkin geenin, näkyy oikealla.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s005

(TIF) B Kuva S6.

Immunoblotit osoittavat ilmentymisen tasoja MRE11A, CHTF18 ja ESCO1 proteiinien joukossa paneelin 7 ihmisen kohdun limakalvon syövän solulinjat. Tubuliinia käytettiin kontrollina proteiinimäärän.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s006

(TIF)

Kuva S7.

Oncoprint näytetään malleja somaattisten mutaatioiden

ESCO1

,

CHTF18

,

MRE11A

, ja

ATAD5

kolorektaalisyövässä, on raportoinut Cancer Genome Atlas (TCGA). (Ylempi paneeli) Yksittäiset peräsuolen kasvaimet osoitettu pystysuorilla harmaat palkit. Geenit (vasemmalla) ja nonsynonymous somaattisista mutaatioista (oranssi baaria) on osoitettu. (Alempi paneeli) Vuonna peräsuolen syöpiä, mutaatiot

ATAD5

ja

ESCO1

osoitti vahva halu yhteistyöhön esiintyminen; mutaatiot

MRE11A

ja

ESCO1

ja

ATAD5

ja

MRE11A

osoitti taipumusta co-esiintyminen. Tiedot olivat peräisin 224 sekvensoitiin näytteistä; TCGA tiedot saatiin käytettäväksi ja molemminpuolisen poissulkemisen avulla laskettuna cBio Cancer Genomics Portal (https://www.cbioportal.org/public-portal/).

doi:10.1371/journal.pone.0063313.s007

(TIF)

Table S1.

RT-PCR-alukkeita käytetään arvioimaan ilmentymisen 21 ehdokasta ihmisen kromosomi-epävakautta geenejä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s008

(XLSX)

Taulukko S2.

PCR-alukkeita käytettiin monistamaan 21 ehdokasta ihmisen kromosomi-epävakaus geenien löytö näytön.

doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s009

(DOC)

Taulukko S3.

PCR-alukkeita käytettiin monistamaan ja sekvenssin

CHTF18, ESCO1,

ja

MRE11A

sisällä validointi näytön.

doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s010

(DOC) B Taulukko S4.

tila Mikrosatelliittimarkkerien epävakautta,

MSH6

,

ESCO1

,

CHTF18

,

MRE11A

, ja

ATAD5

varten 107 endometriumin kasvaimia tässä tutkimuksessa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s011

(XLSX) B Taulukko S5.

Frequency somaattisten mutaatioiden

ESCO1

,

CHTF18

,

MRE11A

, ja

ATAD5

yhteenkuuluvuuden geenien 105 kohdun limakalvon kasvaimet, mukaan mikrosatelliitti epävakaus ja

MSH6

tila.

doi: 10,1371 /journal.pone.0063313.s012

(XLSX) B

Kiitokset

Kiitämme kollegojaan luetaan tarkasti käsikirjoituksen ja syvällistä keskustelua.