Krooninen sairaus

tiivistelmä

Alhainen D-vitamiinin tasot ovat liittyy lisääntynyt esiintyvyys paksusuolen syöpä (CRC) ja lisääntynyttä kuolleisuutta taudista. Yhdysvalloissa Afrikkalainen amerikkalaiset (AAS) on korkein CRC ilmaantuvuus ja kuolleisuus ja vähäisintä vitamiinin yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) on D-vitamiinin reseptorin (

VDR

) geeni on aikaisemmin liittynyt CRC, mutta harvat tutkimukset ovat mukana AA: laiset. Tutkimme 795 AA CRC tapauksissa ja 985 AA valvontaa Chicagosta ja Pohjois-Carolinan sekä 1324 valkoihoinen tapauksissa ja 990 valkoihoinen valvontaa Chicagosta ja Espanja. Me genotyypitetty 54 tagSNPs in

VDR

(46586959-46521297 Mb) ja testattiin yhdistyksen säätämisen Länsi-Afrikkalainen syntyperä, ikä, sukupuoli, ja useita testejä. Tyypittömässä markkereita imputoitiin käyttäen MACH1.0. Analysoimme yhdistysten sukupuolen ja anatominen sijainti koko tutkimusryhmän sekä D-vitamiinin saanti North Carolina AA ryhmä. Vuonna yhteinen analyysi, mikään SNP testattavaa merkitsevästi yhteydessä CRC. Neljän aiemmin testattu restriktiofragmenttien pituuspolymorfiaa, vain yksi (kutsutaan

Apal

), koodattu jonka SNP rs79628898 ollut nimellisesti merkittävästi p-arvo AAs; mikään näistä polymorfismien liittyi CRC valkoihoisilla. Vuonna North Carolina AAS, joille meillä oli D-vitamiinin saantia koskevia tietoja, löysimme Merkitsevä yhteys introni- SNP rs11574041 ja D-vitamiinin saanti, joka on näyttöä

VDR

geeni-ympäristö vuorovaikutus AAs. Yhteenvetona käyttäen systemaattista tagSNP lähestymistapaa, emme ole löytäneet todisteita merkittävistä assosiaatioita

VDR

ja CRC AAs tai valkoihoisilla.

Citation: Kupfer SS, Anderson JR, Ludvik AE, Hooker S, Skol A, Kittles RA, et ai. (2011) Genetic Yhdistykset että D-vitamiini- reseptoriin ja peräsuolen syövän Afrikkalainen amerikkalaiset ja valkoihoisilla. PLoS ONE 6 (10): e26123. doi: 10,1371 /journal.pone.0026123

Editor: Hassan Ashktorab, Howard University, Yhdysvallat

vastaanotettu: 09 toukokuu 2011; Hyväksytty: 20 syyskuu 2011; Julkaistu: 27 lokakuu 2011

Copyright: © 2011 Kupfer et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat tutkimusmäärärahat National Institutes of Health (K08 CA142892 on SSK; R01 CA 66635 RSS ja U01 CA153060 Nae), American Institute for Cancer Research (09-A116 Nae), ja American Cancer Society Illinois Division ( PSB 09-02 Nae). Institutionaalinen tuki tarjosi Digestive Disease Research Core Centers UC ja UNC (P30 DK42086 ja P30 DK34987, vastaavasti), The Cancer Research Foundation, Chicagon yliopiston Kattava Cancer Research Center, kehitys avustusta American Cancer Society Institutional Research Grant ohjelma ja Clinical Translational tiedepalkinto, ja tukea Sisätautien yliopiston Chicago. Kirjoittajat ”Espanjan kumppanit tukivat Xunta de Galicia (PGIDIT 08CSA005208PR A. Carracedo), ISCIII-Subdirección General de Evaluación y Fomento de la Investigación /EAKR (08/0024, 08/1276, PS09 /02368 A. Carracedo) , Instituto de Salud Carlos III (Acción Transversal de syöpä), Ministerio de Ciencia e Innovación (SAF2010-19273), Asociación Española contra el Cancer (Fundación Científica y Junta de Barcelona), Fundació Olga Torres (SC-B. ja CR- P.), ja FP7 Chibcha Consortium (A. Carracedo ja SCB). S.C.-B. tukee sopimuksesta Fondo de Investigación Sanitaria (CP 03-0070). CIBERehd ja CIBERER rahoitetaan Instituto de Salud Carlos III. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

D-vitamiinilla on monia fysiologisia vaikutuksia, mukaan lukien vaikutukset sääntelyyn kalsiumtasapainoa, immuniteetti, insuliinin eritystä, ja verenpaine. D-vitamiini

3 (kolekalsiferoli) on muodostettu esiaste steroidi 7-dehydrokolesteroli (7-DHC), joka on keskittynyt solukalvon pohjapinta keratinosyyttien ihon [1]. Stimuloitaessa auringonvalolle (UVB, 280-320 nm), 7-DHC muunnetaan D-vitamiinin

3. D-vitamiini

3 muuttuu maksassa 25 (OH) D

3 (kalsidioliksi) ja kudoksissa 1,25 (OH)

2D

3 (kalsitriolin), joka on aktiivisin muoto vitamiinia. Serum 25 (OH) D

3 tasoa, joka on laajimmin hyväksytty indikaattori D-vitamiinia tila, on summa ravinnon /täydentävän saannin ja endogeenisen synteesin. Se sanoi, jopa 95% D-vitamiinia johtuu synteesi ihon kanssa auringonvalon, koska on olemassa suhteellisen vähän ravinnon lähteitä, jotka sisältävät D-vitamiinia [2]. Tekijöitä, jotka vaikuttavat kielteisesti D-vitamiinin asema ovat puutteet altistumista auringolle, ettei D-vitamiinin saanti, tumma iho, ikääntyminen ja lihavuus mm.

Garland ja Garland [3] ensimmäinen ehdotti D-vitamiinin hypoteesi ns koska he löysivät korrelaation leveys- ja peräsuolen syöpä (CRC) esiintyvyys. Monet tutkimukset ovat sittemmin osoittaneet, että D-vitamiini tila voi vaikuttaa riskiä sairastua CRC. Meta-analyysit tapausverrokkitutkimukset ovat osoittaneet D-vitamiinin saanti ja seerumin 25 (OH) D

3 liittyy CRC [4], [5] ja adenomatoottisten koolonpolyyppien [6]. Useissa esiintyvyys kohortti ja ehkäisy tutkimuksissa 25 (OH) D

3 lisäravinteen havaittiin estävän paksusuolen syövän synnyn [7] – [10]. 25 (OH) D

3 estää soluproliferaatiota ja aiheuttaa apoptoosia CRC solulinjojen, ja sillä on samanlaisia ​​vaikutuksia paksusuolessa eläinmalleissa ja ihmisillä [11] – [13].

Ihon melaniinia imee UVB-aallonpituuksien, ja se vaimentaa vitamiinin D. Hollis ”1991 tutkimuksen [14], sen jälkeen kun hoidon UVB, valkoihoisiin tuotti eniten seerumin 25 (OH) D

3 taas Afrikkalainen amerikkalaiset (AAS ) tuotti alimmille tasoille. Kuten voidaan odottaa vertailuissa henkilöiden samankaltaisia ​​leveysasteilla, AA: laiset ovat alhaisimmat seerumin 25 (OH) D

3 kaikista Yhdysvaltain väestöstä [15]. Yhdenmukainen negatiivinen korrelaatio D-vitamiinin ja CRC AAS on korkein CRC ilmaantuvuus ja kuolleisuus kaikista USA: n väestöstä. Koska matala seerumin 25 (OH) D

3 liittyy CRC, D-vitamiini asema voisi olla tärkeä rooli CRC riskin AA väestöstä. D-vitamiini voi myös olla tärkeä rooli CRC kuolleisuuden AAs [16].

1,25 (OH)

2D

3 metaboliitti sitoutuu ja aktivoi D-vitamiini- reseptoriin (VDR) , joka säätelee transkriptiota lukuisia alavirran geenien. Geneettisiä variantteja

VDR

geeni on aikaisemmin liittynyt CRC ja koolonadenooma riski; kuitenkin,

VDR

yhdistys tulokset ovat olleet epäjohdonmukaisia ​​[17] – [43]. Useat tutkimukset ovat keskittyneet polymorfismit mukavuussyistä (restriktiofragmenttien pituuspolymorfiaa-RFLP-ja mikrosatelliittia), variantit mukaan lukien määritellään polymorfismien

TaqI

(rs731236),

BsmI

(rs1544410), ja

Apal

(rs7975232) rajoitus-tioentsyymikohdat ja polymorfinen adeniinin mononukleotidi run [21] – [26], [28], [30], [32] – [34], [37]. Jotkut tutkimukset keskittyivät mahdollisia toiminnallisia variantteja, esimerkiksi

vitamiinireseptorin

RFLP (rs10735810) ja polymorfismi (rs11568820) on caudal liittyvien homeodomain proteiini

CDX-2

sitova tekijä promoottori on

VDR

[22], [23], [25], [27], [28], [31], [32], [35] – [37], [39] – [41 ]. Aiempi työ on myös ehdottanut, että haplotyyppien, jotka sisältävät nämä variantit liittyvät CRC [38]. Vain kaksi julkaistuissa tutkimuksissa on otettu systemaattinen lähestymistapa testaukseen yhden emäksen monimuotoisuus (SNP), jotka tag suurin osa yhteistä geneettistä vaihtelua

VDR

. Käyttämällä tagSNP lähestymistapa, Poynter [42] ja Egan [43] ja heidän kollegansa ei löytänyt merkittäviä assosiaatioita

VDR

SNP ja CRC tai koolonadenooma vastaavasti yksilöiden eurooppalaista syntyperää. Koska D-vitamiini reitin voisi olla tärkeä rooli CRC Aas täällä olemme testanneet onko

VDR

tagSNPs liittyvät CRC sekä AAs ja valkoihoisilla.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kaikissa kolmessa tutkimuksessa hyväksyttiin niiden institutionaaliset tarkastuslautakunta, ja tarvittaessa aiheet edellyttäen kirjallinen lupa.

Kotelot ja säätimet

Kotelot ja tarkastukset saatiin University of Chicago (UC), University of North Carolina (UNC) ja Espanjan CRC konsortio EPICOLON (SP). Kaikkiaan olemme mukana DNA 795 AA CRC tapauksissa (404 UC, 391 UNC) ja 985 AA valvonta (568 UC, 417 UNC) sekä 1324 valkoihoinen tapauksissa (399 UC, 925 SP) ja 990 valkoihoinen valvonta (367 UC, 623 SP). DNA-näytteet UC tapausten ja kontrollien valmistettiin arkistoituja kirurgisista näytteistä kuten aiemmin on kuvattu [44]. Muita UC tapausta saatiin myös takautuvasti syöpätautien klinikan välillä 2006-2007 ja UC syöpää vapaa ohjausobjektit gastroenterologian klinikan vuonna 2009 (yksityishenkilöt havaittiin normaali seulonnan kolonoskopia) tai UC Translaatiotutkimuksen Initiative (2005-2008).

Näytteet UNC saatiin läpi laajamittaisen väestöpohjainen tapauskontrollitutkimuksessa paksusuolen ja peräsuolen syöpä, suoritettiin 33 läänin alueella Keski- ja Itä Pohjois-Carolinassa. Tapauksia sattumanvaraisesti kaikista CRC ilmoitetuista tapauksista North Carolina Central Syöpärekisteri. Kontrollit valittiin North Carolina Division of Motor Vehicle luetellaan jos alle 65, tai luettelosta Medicare tuensaajia saatu terveydenhuollon rahoituksen Administration jos yli 65-vuotiaita, jotka perustuvat näytteenotto- todennäköisyydet lohkot määritellään 5- vuotisikäryhmittäin, sukupuolen ja rodun, käyttäen tekniikkaa satunnaistettujen rekrytointi [45]. D-vitamiinin saanti määritettiin päivittäin täydentää käytössä ja /tai ravinnon saantia määräämällä tavalla Block ruokailutiheyskyselyn kyselyyn [46]. Yksityiskohdat Tutkimuksen on julkaistu aiemmin [47].

Espanjan näytteet saatiin läpi EPICOLON hanke, prospektiivinen monikeskustutkimus, väestöpohjainen epidemiologian jossa selvitetään esiintyvyys ja ominaisuudet familiaalinen ja satunnaista CRC vuonna Espanjan väestöstä [48]. Tapauksia varmistanut 11 sairaaloista Espanjassa. Kaikki potilaat, joilla on

de novo

histologisesti diagnosoitu paksusuolen adenokarsinooma välillä marraskuu 2006 ja joulukuussa 2007 valittiin. Potilaat, joilla CRC kehitetty yhteydessä familiaalinen adenomatoottisen polypoosin tai tulehduksellinen suolistosairaus on jätetty. Väestörakenteen, kliininen ja kasvaimeen liittyvien ominaisuuksien probands sekä yksityiskohtainen suvussa saatiin käyttämällä ennalta laadittujen kyselylomake, ja rekisteröity yhteen tietokantaan. Kotelot ja kontrollit sovitettu sukupuolen ja iän (± 5 vuotta) ja kontrollit olivat negatiivisia Henkilökohtaisen ja perheen syöpä historiaa. DNA-näytteet uutetaan aikaisemmin kuvatulla [49].

Clinical ominaisuudet (taulukko 1) verrattiin tapausten ja kontrollien välillä rotu. Kaksipuolinen t-testejä käytettiin vertailla jatkuvia muuttujia kuten ikä ja syntyperä arvioihin. Pearson chi-neliö kokeet itsenäisyyden käytettiin vertaamaan kategorisen muuttujia. Koska ei ollut merkittävää heterogeenisyyttä ryhmien välillä suhteessa ikään ja sukupuoleen, me oikaistu näitä parametreja logistisen regression malleja (katso jäljempänä).

SNP Selection

VDR

tagSNPs valittiin genotyyppitestiä HapMap (NCBI rakentaa 36) ja NIEHS ”Gene SNP: iden tietokannassa Haploview [50]. TagSNPs määritettiin käyttäen Yoruban (YRI) tiedot kromosomista 12 emäsparia 46586959 (5′-pää) ja 46521297 (3′-pää), joka sisältää 1,9 kb: n 5′-pää vangita promoottorialueen. Seuraavia kriteereitä käytetään valitsemaan tagSNPs vähäisempiin alleelifrekvensseiltään 5% (vuonna Yoruban väestö) ja pareittain r

2 0,80. Havaitsimme 60 tagSNPs.

genotyypin

ituradan DNA normaalista kudoksesta valmistettiin sekä arkistoitu formaliinikiinnitetyt kirurgisista näytteistä ja verestä näytteitä kuvatulla [46], [51]. 60 tagSNPs tunnistettu käyttäen Sequenom MassARRAY alustan, voisimme kehittää genotyypityksen määrityksiä 54 SNP. Menetelmää käytetään tälle alustalle oli kuvattu aiemmin [51]. UC ja UNC AA DNA-näytteitä, me genotyyppi 100 syntyperä informatiivinen markkereita (AIMS), josta laskimme yksittäiset arviot globaalin Länsi-Afrikkalainen syntyperä [52].

Testasimme lähtevien lentojen Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) tapauksissa ja valvontaa erikseen. Me ulkopuolelle SNP kanssa HWE p-arvot 0,001. Käytimme tätä cut-off, koska se on yli merkitys kynnyksen säätämisen jälkeen useita testejä. Muita laadunvalvontatoimenpiteet sisältyvät SNP ja yksittäisten puuttuvien 10%. Vuonna AAS ei SNP epäonnistunut HWE kynnys ja yksi SNP epäonnistunut SNP puuttuvien kynnys. Tämän tuloksena 53 tagSNPs otettiin mukaan analyysiin AA tutkimusryhmän. Kaukasian Study Group, kaikki 54 tagSNPs otettiin mukaan analyysiin jälkeen laadunvalvontaa. Genotyypin hinnat olivat 98,7% kaikista näytteistä. Concordance hinnat 24 kahtena näytteet olivat 99,9%.

geeniperimästä arvio

Global yksittäisten syntyperä määritettiin kunkin yksittäisen UC ja UNC opiskeluryhmät 100 tavoitteena on Euroopan ja Länsi-Afrikkalainen syntyperä [ ,,,0],51]. Yksittäiset syntyperä arvioita saatiin genotyyppitietoja käyttämällä Markovin ketju Monte Carlo (MCMC) -menetelmää toteutetaan ohjelman rakenne 2.1 [53]. RAKENNE 2.1 olettaa aineella mallia käyttäen ennen väestötietojärjestelmään ja itsenäinen alleeli taajuuksilla. MCMC mallia ajettiin käyttäen K = 3 väestö (58 eurooppalaiset, 67 intiaanien ja 62 Länsiafrikkalaiset) ja burn-pituus on 30000 toistojen seurasi 70000 Toistoja.

Tilastollinen analyysi

testasimme

VDR

tagSNPs varten yhdessä CRC koko tapaus-verrokki-sarja (UC, UNC ja Espanja) käyttäen yhdistettyä analyysimetodologiaa kuvattu Zeggini et al. [54]. Tätä yhdistetty analyysi, analysoimme SNP kanssa MAF 5% sekä AA ja valkoihoinen väestö (n = 32). Analysoimme myös yhdistysten erikseen yhdistetyssä AA ryhmä (UC ja UNC) ja yhdistetyssä valkoihoinen ryhmä (UC ja Espanja). Yhdistykset analysoitiin edelleen yksittäisissä tutkimusryhmissä UC (erikseen rotu), UNC ja Espanja. Laskimme kertoimet suhdeluvut ja 95%: n luottamusväli logistisen regressiomallin olettaen log-lisäaine geneettistä mallia. Valitut SNP testasimme hallitseva ja väistyvä geneettisten mallien samoin. Vuonna AA opintoryhmät (UC ja UNC), me ohjataan yksittäisten sekoittumisen sisällyttämällä maailmanlaajuinen Länsi-Afrikkalainen syntyperä Arvioiden logistinen regressio malleja. Kaikissa yksilöitä, me ohjataan iän ja sukupuolen mukaan logistisen regressiomallin. Me määritelty merkitys kunkin SNP yhdistyksen empiirisesti käyttämällä 1000 permutaatiot. Nämä yhdistys suoritettiin käyttäen ohjelmaa Plink [55].

laskennalliset tyypittömässä SNP käyttäen MACH v1.0 [56], [57]. MACH käyttää MCMC-pohjainen algoritmi päätellä genotyyppien yksilöille. Havaitsimme noin 2 Mb alue kromosomissa 12 (45553633-47551615 bp), joka sisälsi

VDR

. Koska monet merkkiaineiden kirjoitetaan meidän tagSNP set olivat puuttuu vaiheittain haplotyyppien on HapMap Data vaiheen III /Rel # 3 (May10), me ladannut viimeisimmät SNP-genotyypin data (HapMap Data Rel # 28 faasi II ja III) varten sekä YRI ja CEU väestön ja vaiheinen kukin asetettu YRI ja CEU erikseen käyttäen MACH ja työllistää parametrit -rounds 50 ja -states 500. sitten laskennalliset genotyyppien Afrikkalainen Amerikan opiskeluryhmät vaiheittaisen haplotyyppien päässä YRI väestön ja genotyypit Kaukasian opiskeluryhmät vaiheittaisen haplotyyppien päässä CEU väestöstä. Kaikille kaksi imputations, käytimme seuraavia parametreja: -greedy, -rounds 100, -autoflip. Olemme mukana vain markkereita r

2 0,50 kuin laadunvalvonta ja HWE 10

-5. Laskennalliset genotyyppien testattiin yhdistyksen edellä kuvatulla tavalla.

Sub-ryhmä analyysi tehtiin sukupuolen ja anatomiset päällä (paksusuolen vs. peräsuoli) on AA ja valkoihoinen ryhmiä erikseen. Sillä UNC tutkimusryhmä, josta meillä oli täydentää ja ravinnosta saatavan datan testasimme SNP yhteisöille D-vitamiinin saanti. Me määritelty D-vitamiinin saanti kategorisena muuttuja perustuva kynnys päivittäinen saanti 100 IU. Testaamiseksi SNP-D-vitamiinin saanti vuorovaikutus, teimme Breslowin päivän testi väliin klusterin heterogeenisyys. Me korjattu useita hypoteesin testauksen avulla Bonferroni korjausta. Nämä yhdistys on myös suoritettu kokeita käyttäen Plink [55].

Tulokset

Analyysi tagged ja laskennalliset SNP

Jos oletetaan, että yhteinen geneettinen variantit

VDR

vaikutus riski CRC, teimme yhdistetty analyysi koko tutkimusryhmä, kuten AA: laiset (UC ja UNC) ja valkoihoisten (UC ja Espanja). Tämä analyysi ei paljastanut todisteita yhdistyksen välillä

VDR

tagSNPs ja CRC (taulukko 2).

Aas yhdistetty analyysi (UC ja UNC) on

VDR

tagSNPs ei toimittanut näyttöä yhteydestä

VDR

ja CRC. (Kuva 1 ja täydentävä taulukko S1). Kun tulokset vakioitiin iän, sukupuolen, ja Länsi-Afrikkalainen syntyperä, kolme SNP (rs7962898, rs12308082, ja rs11574065) oli p-values≤0.05, mutta nämä p-arvot eivät olleet merkittäviä säätämisen jälkeen useita testejä. SNP pienimmän p-arvo oli rs12308082 (OR = 0,74, 95% CI [0,57-0,96], p = 0,02). Analyysi yksittäisten AA opintoryhmät olivat yhdenmukaisia ​​yhdistetyn AA Study Group, niin paljon kuin jokainen SNP, joka oli nimellisesti merkittävä yhdistetyssä tutkimusryhmän nimellisesti merkitsevästi yhteydessä CRC yhdessä kahdella AA tutkimusryhmissä (Täydentävä taulukko S2) . Ei SNP oli nimellisesti merkittävä molemmissa tutkimusryhmissä. Totesimme, että molemmat rs12308082 ja SNP kanssa toiseksi pienin p-arvo, rs11574065, (p = 0,04) oli suhteellisen pieni alleelifrekvenssit kontrolleissa (0,09 ja 0,02, vastaavasti); nämä SNP olivat monomorphic valkoihoisista.

Plot -log

10 transformoituja p-arvot lasketaan

VDR

tagSNPs ja säädetty iän, sukupuolen ja etnisen sekoittumisen (varten Afrikkalainen Amerikan tutkimus ryhmään vain) versus nukleotidipaikasta kromosomissa 12. nuoli kuvaa

VDR

geeni, joka transkriboidaan suuntaan telomere kohti centromere. Viiva osoittaa p-kynnysarvo osuus testien lukumäärää (9 x 10

-4), joka on Bonferroni korjausta. Tulokset Afrikkalainen amerikkalaiset näkyvät punaisina ja valkoihoiset sinisellä.

valkoihoinen Study Group, yhdistetty analyysi (UC ja SP) on

VDR

tagSNPs taas ei toimittanut näyttöä assosiaatio

VDR

ja CRC. (Kuva 1 ja täydentävä taulukko S1). Kun tulokset vakioitiin iän ja sukupuolen, kaksi SNP tiettyjä kehityssuuntia kohti merkitys (rs107783218 ja rs2853564), mutta kuten AA analyysit, ei SNP liittyivät merkittävästi CRC säätämisen jälkeen useita testejä. UC valkoihoinen tutkimusryhmä oli yksi SNP, joka oli p-arvo 0,05 (rs10783218, p = 0,02) (Täydentävä taulukko S3), mutta mikään SNP oli p-arvot 0,05 Espanjan valkoihoinen tutkimusryhmän. Toteamme, että koska tagSNPs valittiin perustuen Yoruban genotyyppitietoja, useita SNP oli monomorphic tai harvinaisia ​​valkoihoisista.

Käyttäen tagSNPs me laskennallisia tyypittömässä markkereita poikki 2 Mb kromosomi 12 mukaan lukien

VDR

. Kaikkiaan meillä laskennalliset 2236 SNP AAs ja 2185 SNP valkoihoisilla levittämisen jälkeen laadunvalvontaa. Suodattamisen jälkeen monomorphic alleeleja, testasimme 664 laskennalliset SNP AAS ja 820 laskennalliset SNP valkoihoisilla. Emme löytäneet todisteita assosiaatioita tahansa laskennallisen SNP ja CRC kummassakaan tutkimusryhmän säätämisen jälkeen useita testejä (kuva 2).

Plot -log

10 transformoituja p-arvot lasketaan laskennalliset genotyypit ja oikaistu iän, sukupuolen ja etnisen sekoittumisen (varten Afrikkalainen amerikkalainen tutkimusryhmä vain) versus nukleotidipaikasta kromosomissa 12. käyrä osoittaa p-kynnysarvo osuus testien lukumäärää (8 x 10

-5), joka on Bonferroni korjaus. Tulokset Afrikkalainen amerikkalaiset näkyvät punaisina ja valkoihoiset sinisellä.

analyysi aiemmin testattu RFLP

Testasimme SNP jotka olivat aiemmin tutkittu RFLP tutkimuksissa kaksi suoraan, kutsutaan

vitamiinireseptorin

(rs10735810) ja

TaqI

(rs731236), ja kaksi epäsuorasti tagSNPs, kutsutaan

BsmI

(tagSNP rs7975128, r

2 = 1) ja

Apal

(tagSNP rs7962898, r

2 = 0,975). Yhdistetyssä analyysissä koko tutkimusryhmä, SNP rs7962898 koodaus

Apal

oli pienin yhdistetty p-arvo 0,08 (taulukko 2). Mikään muu aikaisemmin raportoitu RFLP SNP (

vitamiinireseptorin

,

TagI

ja

BsmI

) osoittivat todisteita yhdessä CRC tässä analyysissä. Me seuraavaksi analysoitu lisäaine, hallitseva ja resessiivinen malleja AA ja valkoihoinen opintoryhmistä erikseen (taulukko 3). In AAs (taulukko 3A),

vitamiinireseptorin

ja

TagI

SNP eivät merkittävästi yhteydessä CRC; kuitenkin, SNP koodaus

Apal

oli nimellisesti merkittävästi alle lisäaine malli (p = 0,05). Analyysissä AAS yksittäisten laitos (UC vs. UNC), SNP että koodattu

BsmI

nimellisesti liittyvän CRC UC tutkimusryhmän (p = 0,05) mutta ei UNC tutkimusryhmän (p = 0,62) (täydentävä taulukko S2). Mikään näistä SNP olivat nimellisesti merkittävästi valkoihoisilla missään geneettinen malli testataan (taulukko 3B).

alaryhmäanalyysien

On ollut Aiempien raporttien yhdistysten kun ositettu sukupuolen [ ,,,0],18]; näin ollen me analysoidaan edelleen yhdistyksemme tuloksia sukupuolen mukaan AA ja valkoihoisten opintoryhmät. Joukossa AA naisilla oli yksi SNP rs11168264 joka oli nimellisesti merkitsevä (p = 0,05). Tämä SNP on harvinaista valkoihoisilla. Ei SNP havaittiin olevan yhteydessä vuonna valkoihoinen nainen ryhmä (Täydennyskuvio S1 Täydentävä taulukko S4). Miehillä oli useita yhdistyksiä totesi. Joukossa AA urokset, rs11574065 (p = 0,02) ja rs11574050 (p = 0,009) osoitti todisteita -alueella. Joukossa valkoihoisia miehiä, rs2254210 (p = 0,005) ja rs2853564 (p = 0,03) osoitti todisteita yhdessä CRC. Kuitenkaan mikään näistä p-arvot olivat merkittävästi säätämisen jälkeen useita testejä.

Koska edellinen raportit ovat ehdottaneet assosiaatioita anatominen sivustoja paksusuolessa [37], seuraavan kerran harkita yhdistysten anatomiset sivuston paksusuolessa ( Täydennyskuvio S2 lisätaulukot S5 ja S6). Meidän alaryhmä analyysi osoitti yhdistysten pääasiassa AA peräsuolen syöpä ryhmä. Yhdistetyssä AA ryhmä, neljä SNP oli oikaistu p-arvot alle 0,05 (Täydentävä taulukko S5). Näistä kaksi SNP rs12314197 ja rs7962898 ovat tagSNPs varten

Apal

. Ottaen peräsuolen syöpä yhteisöille keskus (Täydentävä taulukko S6), huomasimme, että

Apal

tagSNPs liittyi peräsuolen syövän UNC tutkimusryhmän; kun taas kaksi muuta SNP rs3890733 ja rs7302235 liittyivät UC tutkimusryhmän. Kuitenkaan mikään näistä SNP olivat merkittäviä säätämisen jälkeen useita testejä. Kaukasian Study Group, yksi SNP rs2853564 oli näyttöä yhdessä paksusuolensyöpä (p = 0,01); vaikka ei merkittävää, tämä yhdistys osoitti pienin p-arvo sen jälkeen kun useita testejä huomioon (p = 0,28).

UNC Study Group, testasimme erot SNP yhteisöille D-vitamiinin saanti. Löysimme merkittävän yhdistys introni- SNP rs11574041 ja D-vitamiinin saanti (taulukko 4). Erityisesti oli merkittävä tai heterogeenisyys yksilöiden välillä D-vitamiinin saanti verrattuna niihin, joilla ei ole mielekästä saanti (OR 0,30 vs. 1,05 vastaavasti Breslowin päivän p = 0,004). Totesimme suojaava vaikutus alleelin yksilöiden korkea D-vitamiinin saanti (f

A = 0,15 vs. f

U = 0.05, p = 9 x 10

-4), joka oli merkittävä, kun sen osuus että määrä SNP testattu Bonferroni korjaus (p = 9,3 x 10

-4).

keskustelu

tutkimus

VDR

geneettisiä variantteja yhdessä CRC AA väestöstä on tärkeää, sillä yleistä korkeamman CRC ilmaantuvuutta ja kuolleisuutta sekä alemmat D-vitamiinin tässä potilasryhmässä verrattuna muihin Yhdysvaltain väestö. Meidän yhdistys tutkimuksessa käyttämällä tagSNPs ja laskennalliset SNP suuri joukko AAS ja valkoihoisten, emme löytäneet todisteita merkittävistä assosiaatioita CRC ja yhteisiä geneettisiä muunnelmia

VDR

. Tuloksemme olivat samanlaiset sekä yhdistetyn analyysin ja analysointiin etnisesti liittyvien ja yksittäisten tutkimusryhmissä. Lisäksi tuloksemme, löysimme mitään merkittävää yhdistysten meidän Alaryhmäanalyysissä sukupuolen tai anatominen päällä. Kaiken kaikkiaan tuloksemme ovat sopimuksen kahden viimeaikaiset raportit valkoihoisilla että myös raportoitu mitään näyttöä assosiaatioita

VDR

tagSNPs ja CRC [42] tai paksusuolen adenoomia [43].

Koska aiemmat tutkimukset oli joskus löytyy yhdistysten välillä CRC ja VDR RFLP [21] – [28], [30] – [37], [39] – [41], suoritimme geneettisiä analyysejä joillakin näistä variantteja; kuitenkin,

vitamiinireseptorin

(rs10735810),

TaqI

(rs731236), ja

BsmI

(rs1544410) ei merkittävästi yhteydessä CRC millään tutkimusryhmän. Tutkimuksessamme löysimme nimellisesti merkitsevä yhteys AA CRC rs7962898, SNP, joka merkitsee RFLP

Apal

. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet yhdistyksen kanssa

Apal

ja CRC ei-AA populaatiot, vaikka otoskoot olivat pieniä ja molemmat merkittävä ja ei-merkittäviä tuloksia on raportoitu [21], [26]. Koska ei ole näyttöä yhteydestä CRC ja rs7962898 valkoihoisilla tässä tutkimuksessa, tulkitsemme meidän nimellisesti merkittävää p-arvo rs7962898 in AAs varovasti. Yhdistys ei ole raportoitu aikaisemmin tässä potilasryhmässä, ja se havaittiin vain yksi kahden tutkimusryhmän että me analysoitu (UC mutta ei UNC).

Meidän UNC Study Group, toteamme merkittävä yhdistys välillä introni- SNP rs11574041 ja D-vitamiinin saanti. Tietääksemme tämä yhdistys ei ole aikaisemmin raportoitu. Vaikka tämä tulos viittaa geeni-ympäristö vuorovaikutus, sitä olisi tulkittava varoen johtuen pienestä näytteen koosta ja rajoitetusti tietoja täydentävien että ravinnosta saatavilla tämän analyysin. Aiemmissa tapausverrokkitutkimukset, D-vitamiinin saanti (sekä ruokavalion ja täydentävien) ei ole ollut riittävää välityspalvelinta D-vitamiinin seerumin ja siksi todennäköisesti ei kuvasta D-vitamiinia tila. Tuloksemme vaativat lisätutkimuksia suurempi näyte mieluiten tiedot D-vitamiinin pitoisuus seerumissa.

Tässä tutkimuksessa, on olemassa useita mahdollisia selityksiä puutteellisiksi merkitseviä. SNP

VDR

geenin omasta saa lisätä CRC riskiä; kuitenkin, jos SNP pelaavat rooli, ne voivat olla vuorovaikutuksessa muiden SNP tai ympäristötekijöihin lisätä riskiä. Joitakin eroja assosiaatioita Afrikkalainen Amerikan väestöä eri maantieteellisillä alueilla (UC vs. UNC) havaittiin, ja nämä erot mahdollisesti voitaisiin selittää ympäristön eroja näiden kahden ryhmän välillä. Koska valvonta seerumin 25 (OH) D

3 tasoa on sekä geneettisiä ja ympäristötekijöiden oletamme, että on olemassa tärkeitä geenin ympäristön vuorovaikutukset, jotka yhdessä lisäävät riskiä CRC. Tässä tutkimuksessa, meillä ei ollut pääsyä ympäristötoimia D-vitamiinin saanti UC ja Espanjan opintoryhmiä, eivätkä meillä seerumin 25 (OH) D

3 tasot tahansa tutkimusryhmissä.

Vaihtoehtoisesti harvinainen variantit

VDR

voi lisätä CRC riskiä. Tällaisessa geneettinen malli, useita harvinaisia ​​muunnoksia vahvempi vaikutuksia (esim syrjäisimpien alueiden 1,5) voisivat lisätä yksittäisten riskiä CRC siten, että aikaisemmin ja useammin colonoscopic seulonta olisi suositeltavaa. Harvinaiset vaihtoehdot eivät ole hyvin arvioitu käyttäen tagSNP lähestymistapaa, ja yleensä suurempia yhdistys tutkimukset tai perhe-pohjainen tutkimuksia edellytetään tunnistaa yhdistyksille harvinaisia ​​muunnoksia. Toteamme, että molemmat variantit

VDR

pienimmän p-arvot tässä tutkimuksessa olivat suhteellisen harvinaisia.

vahvuuksia olevassa tutkimuksessa on suuri otoskoko lukien AAs sekä kattavaa tagSNP menetelmään, jolla katetaan lähes kaikki yhteiset vaihtelu

VDR

geeni. Lisäksi käytimme syyksi saada genotyyppien varten tyypittömässä SNP, mikä lisää kattavuutta

VDR

geenin ja ympäröivien alueiden kromosomissa 12. heikkoudet Tämän tutkimuksen ovat puutteet toimenpiteiden seerumin D-vitamiinin kaikissa aineissa; tällaiset tiedot olisivat mahdollisesti paljastaa vuorovaikutuksia genotyypin ja ympäristön. Lisäksi meillä ei sisältynyt SNP että tag Cdx2 polymorfismi alkuperäisessä tagSNP analyysi, mikä on tuottanut positiivisia tuloksia CRC aiemmassa tutkimuksessa [17]. Kuitenkin meidän syyksi analyysiin sisältyi alueen kätkeminen Cdx2 polymorfismi ja eivät osoittaneet merkitseviä. Jatkotutkimuksissa tulisi sisältää sellaisia ​​ympäristötietoja kuten D-vitamiinin saanti ja seerumin onko geenien ja ympäristön vuorovaikutus vaikuttaa CRC. Lisäksi on raportoitu uusia ehdokkaan alueisiin, jotka liittyvät D-vitamiinin genomin laajuinen yhdistys ja siru-sekvensointi tutkimuksissa, pitäisi testata geneettistä yhdistys CRC [58], [59].

Yhteenvetona, löysimme mitään pakottavaa näyttöä yhdistysten välillä CRC ja geneettisten polymorfismien

VDR

. Vaikka havaitsimme nimellisesti merkittävästi CRC yhdessä SNP, joka korreloi voimakkaasti

Apal

AAS tämä yhdistys havaittiin vain yksi kahdesta AA tutkimusryhmissä; Lisäksi yhdistykset ei havaittu välillä CRC ja muut

VDR

tagSNPs in AAs. Valkoihoisista, yhdistysten ei havaittu välillä CRC ja joko aiemmin raportoitujen

VDR

RFLP tai

VDR

tagSNPs. Eräs mahdollinen yhteys D-vitamiinin saanti ja rs11574041 AA CRC vaatii lisätutkimuksia.

tukeminen Information

Kuva S1.

ry

VDR

tagSNPs vuonna Afrikkalainen amerikkalaiset ja valkoihoisten sukupuolen: (A) naisilla ja (B) miehillä. Tontti -log

10 transformoituja p-arvot lasketaan

VDR

tagSNPs ja ikä- ja etnisen sekoittumisen (varten Afrikkalainen amerikkalainen tutkimusryhmä vain) versus nukleotidipaikasta kromosomissa 12. Nuoli kuvaa <