Krooninen sairaus

tiivistelmä

Immunosignaturing lupaava yleisenä lähestymistapa diagnoosi. On osoitettu, havaitsemiseksi immunologisen infektion merkkejä alussa aikana taudin ja erottaa Alzheimerin taudin terveiden verrokkien. Täällä testata immunosignatures vastaavat kliinisen luokituksia tautia näytteiden ihmisiä aivokasvaimia. Verinäytteistä potilailla, joille craniotomies terapeuttiseen naiivi aivokasvaimia kanssa diagnoosit astrosytooman (23 näytettä),

glioblastoma multiformen

(22 näytettä), sekoitettu oligodendrogliooman /astrosytooma (16 näytettä), oligodendrogliooma (18 näytettä), ja 34 muuten terveillä verrokeilla testattiin immunosignature. Koska näytteet otettiin ennen adjuvanttihoito ne eivät todennäköisesti aiheuta häiriötä kuin syöpään liittyvät vaikuttaa. Immunosignaturing alusta erottaa paitsi aivosyövän kontrolleista, mutta myös patologisesti tärkeitä ominaisuuksia noin kasvaimen tyyppi, laatu, ja läsnäolo tai puuttuminen O

6-metyyli-guaniini-DNA metyylitransferaasi metylaatio promoottori (MGMT), joka on tärkeä biomarkkereiden joka ennustaa vastaus temotsolomidille in

glioblastoma multiformae

potilailla.

Citation: Hughes AK, Cichacz Z, Scheck A, Coons SW, Johnston SA, Stafford P (2012) Immunosignaturing voi havaita -tuotteemme Molecular Markers in aivosyöpä. PLoS ONE 7 (7): e40201. doi: 10,1371 /journal.pone.0040201

Editor: Ernesto T. Marques, University of Pittsburgh, Yhdysvallat

vastaanotettu: 15 helmikuu 2012; Hyväksytty: 6 kesäkuu 2012; Julkaistu: 16 heinäkuu 2012

Copyright: © 2012 Hughes et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Rahastot tulevat käynnistyksestä ja SAJ valtion Arizona. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

tunnistaminen biomarkkereita presymptomaattisten havaitsemista taudin ja luokittelu olemassa olevan sairauden valtiot voisivat tarjota nopea ja edullinen lisä standardin patologinen diagnoosi. Tutkijat edelleen etsiä veriteitse proteiini biomarkkereiden (t) syövän havaitseminen, mutta herkkyys pysyttelee sitkeästi alhainen [1], [2]. Immuunivalvonnan kuitenkin tapahtuu jatkuvasti ja on melko herkkä muutoksille antigeenin profiileihin [3], [4], [5], [6], [7]. On osoitettu, että syöpäsolut saavat aikaan havaittavan humoraalisen immuunivasteen [6], [7]. Vasta-aineet tekevät erinomaista biomarkkereita, koska ne ovat stabiileja seerumissa, on korkea spesifisyys ja affiniteetti niiden samankaltaisiin antigeeni, on runsaasti, ja mahdollistaa retrospektiivinen tutkimukset. Aktivoitu B-solujen voi tuottaa 5000-20,000 vasta minuutissa [8], [9], kun jäljittelevän välein -70 h [10], joiden elinikä jopa 4½ kuukautta [11], [12], mikä 10

11 monistaminen tietyn signaalin viikossa. Vasta-aine-pohjainen biomarkkereiden välttää laimennuksen ongelma nähdään proteomic biomarkkerit [13], [14] ja eivät ole vain hyvin runsaasti, mutta voidaan fyysisesti kaapataan nano- ja pmol taipumuksia. Edelleen, puhdistamaton vasta-aineet ovat stabiileja, joten arkistointi näytteitä voidaan käyttää testaukseen, joissa RNA: ta tai proteiineja saattanut hajota [15]. Suurimmat este käyttäen vasta-aineita biomarkkereina on ollut kyvyttömyys deconvolve tiheä sisältämät tiedot vasta kun ne ovat olemassa monimutkainen miljöössä [16]. On 10

9 erillinen erityispiirteet veressä keskimäärin aikuinen, enemmän kuin voidaan tarkastella yksilöllisesti. Sormenjälkiä syöpä vasta on toiminut aiemmin [17], [18], mutta tämä on ollut työläs tehtävä. Otimme immunosignaturing yksinkertaisena ja erittäin edullinen lähestymistapa diagnostiikassa. Tässä me käsittelemme onko immunosignatures korreloivat biologisia tai kliinisen luokituksia.

Syöpäsolut voivat saada aikaan vasta-aineiden tuotantoa vastaan ​​omia antigeenejä vastaan ​​tai neo-antigeenejä [3], [18], [19], [20 ], [21], [22], [23], [24]. Meillä ei ole

a priori

tapa selvittää, mitä profiilia antigeenejä esittelevät syöpäsolun (vaikkakin analyysin EST kirjastoja voi ehdottaa ehdokkaita). Siten luodaan epitooppi tai proteiini microarray, joka kykenee havaitsemaan syövän antigeenejä olisi vaikeaa. Vaikka faaginäyttö on osoitettu havaitsemaan spesifisiä vasta syöpään [17], [18], [25], sillä useita teknisiä ja käytännön syistä panoroinnin ei voida hakea diagnostisena välineenä. Olemme luoneet kertakäyttöisiä microarray koostuu 10000 eri random-järjestyksessä peptidejä. Käytämme 20-meeristä peptidejä, jotka sisältävät kaikki mahdolliset aminohapot, paitsi kysteiini jota käytämme linkkeriä. Nämä 20mers voivat sisältää vähintään 7 tyypillinen kokoinen epitooppeja. Faagiesittely ja epitoopin microarray taipumus käyttää lyhyempiä peptidejä estää ylikuulumisen ja ylläpitää spesifisyys; meidän tapauksessamme, pidempi peptidien avulla voimme laajentaa monimutkaisuus meidän microarray joka on verrattain muutamia ominaisuuksia. Myös taulukot osoittavat erittäin korkea toistettavuus jotta pienetkin erot sitoutumisen välillä vasta-aineen ja peptidin voivat olla merkittäviä. Peptidit tulostetaan erittäin suuri, merkittävä näkökohta, kun käyttämällä satunnaisia ​​peptidejä havaitsemaan sitoutuvien vasta mikromolaarisina tai jopa millimoolia kantoja [26]. Tiheys Näiden random-sekvenssin peptidien pinnalla microarray luo aviditeetin kaltainen vaikuttaa siihen, missä off-rate hidastavat useita kertaluokkia, parantaa heikko, mutta toistettavissa vuorovaikutukset vasta-aine ja peptidi. Kuviot muuttuvat havaittavissa, ja ovat siten toistettavissa että alaluokkiin sairauksista on toteutettavissa. Vaikka matriisi on tehokas monia-moneen suhde vasta-aineen ja peptidin, kuviot tuotetaan eivät ole mitenkään monotoninen; itse asiassa ne ovat melko erottuvat taudin tautia. Siten ”immunosignature” määritellään yhteinen malli sitoutumisen, joka on jaettu potilaalla on tietty sairaus, mutta ei toisen sairaus tai terveiden verrokkien [27], [28], [29], [30].

kysytään vasta-aineita syöpäsoluja vastaan ​​voidaan sitoa tai toimia korvaavana, kliinisesti käyttökelpoinen taudin biomarkkereita. Voit vastata kysymykseen, keskityimme pahanlaatuisen aivokasvaimen. Vaikka ilmaantuvuus aivosyövän on suhteellisen alhainen verrattuna muihin syöpiin, kuten rinta- ja keuhkosyöpä,

Glioblastoma multiformae

(GBM) on yksi tappavan ja aggressiivinen kasvaimien huiput esiintyvyys sekä nuorempien ja vanhempien populaatiot [31 ], [32]. Yleisin pahanlaatuisen aivokasvaimen ovat astrocytomas, joka koostuu luokan II, luokka III (anaplastinen) ja luokka IV (GBM). Pahanlaatuiset kasvaimet voivat myös syntyä oligodendrosyyteille ja pidetään huono laatu oligodendrogliooman (luokka II) ja anaplastinen oligodendrogliooman (luokka III). On myös sekoitettu oligoastrocytomas (huono laatu ja anaplastinen). Menigiomas syntyvät arachnoid soluista, jotka kattavat aivoja ja ovat tyypillisesti hyvänlaatuisia, mutta voi uusiutua. Pieni osa näistä saattaa kehittyä suurempi laadut, jotka ovat invasiivisia. Itse asiassa potilailla, joilla on mikä tahansa kasvain mainittuja tyyppejä voi esittää, joilla on korkea laatu kasvain aluksi, tai ne voivat edetä ajan. Vaikka diagnoosi joitakin näistä kasvaimista voi olla suhteellisen yksinkertaista, näin ei aina ole, [33], [34]. Neuropatologien ovat haasteena on tehdä johdonmukainen puhelut – ei-subjektiivisen biomarkkereiden paneeli, joka pystyy erottamaan näitä erityyppisiä ja laatuja aivokasvainten olisi erittäin hyödyllinen poistamisessa lab-to-lab varianssi. Tässä artikkelissa esitämme tietoja, jotka on esitetty suorituskykyä meidän immunosignaturing alustan lajikkeen tunnistamiseksi aivokasvain tyyppejä ja alatyyppejä.

Tulokset

Immunosignaturing voi erottaa GBM Toisista sairaudet

Aiemmin julkaistut tulokset laboratoriostamme [26], [28], [29], [30] ovat osoittaneet, allekirjoitukset Alzheimerin tauti, tarttuva tauti, monoklonaaliset ja polyklonaaliset vasta-aineet. Ensimmäinen, testasimme hypoteesia, että autoimmuunisairaus vastaus tapahtuu potilailla, jotka kärsivät aivosyövän. Voidakseen tehdä tämän, meidän alttiina seerumia 5 satunnaisesti valitun GBM potilaita meidän potilaan kohortin ja 3 satunnaisesti valitun terveitä, samanikäisiin ohjaimia Life Technologiesin ProtoArray®. Sen jälkeen kontrolloidaan vääriä löytö korko, mitään merkittävää reaktiivisuutta mihinkään proteiinin ProtoArray nähtiin joko terveillä verrokeilla tai syöpäpotilaita. Koska tämä, kysyimme, onko syöpä oli havaittavissa lainkaan peptidiblokeerauskokeista microarray, ja onko eri syöpätyyppejä tuotetaan erillisiä malleja sitoutumisen. Itse asiassa, syöpä ja infektiotauti molemmat tuottavat toistettavissa malli; Kuvassa 1 100 merkittävimmät peptidejä valittu 1-suuntainen ANOVA p 1,06 x 10

-13 yli 28 rintasyöpäpotilailla, 19 tervettä verrokkia, 10 GBM potilasta, ja 9 potilasta, joilla levitetään

Coccidiodes immitis

(Valley Fever). Luokat tauti oli samanaikaisesti havaittavissa 0% jätä yksi ristivalidointi virhe käyttäen sekä lineaarisia erotteluanalyysi ja tukivektorikone luokittelussa näillä potilailla. Olemme päätellä, että GBM aivosyövän näytteet on immunosignature kuvioita erotettavissa muista sairauksista.

heatmap Tässä esitetyt erottaa 4 eri sairauksien käyttäen 70 peptidejä tunnistettu merkittävin käyttäen 1-suuntainen ANOVA poikki 27 rintasyöpäpotilaiden 19 tervettä verrokkia, 10

Gliobastoma multiformae

potilasta, ja 9 Valley Fever potilaille. Luokittelu tarkkuus oli 100% käyttäen sekä lineaarisia erotteluanalyysi ja Tukivektorikoneet ja lähteä ulos ristivalidointi.

Immunosignature oli toistettavissa eri näytejoukoille ja Over Time

Vuonna 2007 näytteet 13 GBM potilaista ja 45 tervettä valvontaa vapaaehtoisilla ajettiin proof-of pääasiallisen kokeilu. Vuonna 2010 14 eri GBM potilasta ja 13 eri terveen kontrollin ajettiin immunosignature peptidi mikrosirulla. Tällä välin 3 vuotta, monia muutoksia painatus ja liukupinta kemia toteutettiin, niin peptidi-to-peptidi toistettavuus parani keskimäärin Variaatiokerroin ryhmää kohti 50% 15%. Aiemmin käytimme in-house pinnoitettu aminosilaanil- liukumäet ja Nanoprint 60 Telechem SMP2 nastat yhteyttä tulostaa peptidien 1-up design. Tällä hetkellä Applied mikrosirut (Tempe, AZ) piezo tulostaa peptidit päälle Schott (Jena, Saksa) Nexterion A + aminosilaanil- päällystettyjä dioja käyttäen piezo laskeuma tulostaa 10000 peptidien 2-up suunnittelu [26]. Kuitenkin, vaikka nämä merkittäviä muutoksia ja käyttää uusia näytteitä, monet peptidien 2007 oli samanlaisia ​​luokitus suorituskykyä.

Olemme löytäneet 55 peptidien kanssa t-testi p-arvo 1 x 10

– 6 välillä 45 valvontaa ja 13 GBM potilaalla (kuvio 2, vasemmalla). Me toisti kokeen 14 GBM ja 13 verrokeilla 3 vuotta myöhemmin sama peptidisekvenssejä (kuva 2 oikealla) ja löysi uusia näytteitä oli 0% luokitteluvirheeseen käyttäen sekä LDA ja SVM. K-means klusterointi tehtiin peptidien k = 3 ja totesi, että peptidit, jotka muodostivat syaani klusteri (high-sitoutumisen GBM, alhainen tarkastukset) olivat samat sekä vuoden 2007 ja 2010 näytettä.

heatmap vasemmalla osoittaa 50 peptidien eriytetty glioblastoma potilasta terveistä henkilöistä on saatu 4 eri maantieteellisillä alueilla kaikkialla Yhdysvalloissa (Fred Hutchison Institute, University of Washington, University of California Irvine, Arizona State University). Näitä peptidejä käytettiin myös luokitella eri näytteiden koostuu sokkoutettu potilaan ja terveen seerumit on saatu Barrow Neurologiset Institute 3 vuotta myöhemmin. Värilliset palkit oikealla osoittavat klustereita, jotka määrittelevät ryhmät peptidien. Vaikka välillä on eroja saadut arvot 2007 ja 2010, suurin osa korkea-sitoutuvat peptidit ovat hyvin samankaltaisia.

Immunosignaturing kykenee erottelemaan aivosyövän sairauksista ja Molecular Alatyypit

Lopuksi , kysyimme patologia aivokasvain tuottanut erotettavissa immunosignature. Analysoimme veren potilaista on lueteltu taulukossa 1.

metylointi O-6-metyyliguaniini-DNA metyylitransferaasi-promoottorin on osoitettu olevan tärkeä stratifier varten GBM. Potilaat, joilla tämä molekyyli alatyypin ovat parantuneet eloonjäämisen, varsinkin kun hoito sisältää temotsolomidia [38], [39], [40]. Nykyinen ajattelu on se, että parantunut eloonjääminen ei johdu pelkästään tätä geeniä, vaan että metylaatio tämän geenin promoottori voi olla markkeri enemmän pleiotrooppinen metylaation fenotyypin.

potilaan näytteet ajettiin kahtena kappaleena meidän kaksi- up micoarrays. Tekninen rinnakkaista ajettiin päälle joukko yhden dian ja pohjaan toisen varmistetaan, ettei ylös /alas bias. Immunosignaturing taulukot tarjotaan vähintään havaitsemisraja 1,25-kertainen klo 95

persentiilin poikki 2 tekninen rinnakkaista keskimäärin. Arrays osoitti Pearsonin korrelaatiokerrointa 0,97 vastapäätä tekniset rinnakkaista alkaen liukuu saman tulostaa erän, ja 0,91 poikki print erissä. Analyysi käyttää mediaani ei-tausta vähennettiin signaaleista otetaan suoraan GPR tiedosto (Genepix raportti). Taustan vähentäminen ei käytetä, koska tasainen ja erittäin alhainen tausta. Peptidi luokitus teho lasketaan vakio teho analyysi R [41] ( ”power.t.test” komento). Jotta testi-koulutusta varten, jaamme näytteet 50:50 satunnaisesti, 1000 kertaa ja lasketaan tarkkuuteen. Sillä ominaisuuksien hallintaan käytämme joko t-testiä tai ANOVA asianmukaiset useita testaus korjauksen. 100 peptidejä, joiden p-arvot vaihtelivat 10

-27-10

-18 käytettiin heatmap nähdään kuvassa 3.

Top: kuusi eri luokkiin aivokasvain potilaita testattiin niiden immunosignature . Tutkimme

Glioblastoma multiformae

(MGMT- on ruskea, MGMT + on violetti), astrosytooma luokan II (punainen), oligodendrogliooma (syaani) ja sekoitetaan oligo /Astro (sininen) vastaan ​​muuten terveillä verrokeilla (keltainen). Käytimme 1-suuntainen ANOVA valita 100 merkittävimmät peptidejä, p 10

-18. Korkea (punainen) ja matala (sininen) signaalit vastaavat potilaan vasta-aineita havaitaan fluoresoivasti leimattua anti-ihmis-toissijaisia. Data on ryhmitelty käyttäen hierarkkista ryhmittely sekä peptidit (Y-akseli) ja potilailla, (X-akseli). Alhaalla oikealla: pääkomponentit näyttö erottaminen näytteitä. X ja Y akselit esittävät kaksi ensimmäistä pääkomponentit muodostavat 64% koko varianssi poikki näytteitä. Potilaan tiedot löytyvät taulukosta 1.

Kuten nähdään kuviossa 3a, kunkin kliinisen luokittelun aivosyövän tuotti erotettavissa kuvio, mukaan lukien MGMT + ja MGMT- näytteitä. Pääasiallinen osat juoni (kuvio 3b) esittää suhteelliset erot yksittäisten näytteiden, ja lineaarinen erotteluanalyysi leave-one-out ristivalidointi (taulukko 1) edellytetään, että luokitus suorituskykyä ja virhe. Vain astrosytooman kontrolleja tuotettu mis-luokitus on testatussa. Suoritimme testi-koulutus käyttäen LDA ja lähteä ulos ristivalidointi tasaisesti jakamalla syövän ja kontrollinäytteiden testaustoimintoon-opetustiedostoiksi. Teimme 1000 kertaa ja saatu 0% virhe kaikkien pareittain vertailuissa paitsi astrosytooma vs. kontrolli, jossa saimme keskimääräinen virhetaso 4,7%. Me raportoitu virhe 7% taulukossa 1, joka vastaa yhden satunnaisesti valitun koe-koulutusta iterointia. Meillä oli 0% luokitteluvirheeseen välillä GBM MGMT + kontrolleja ja MGMT- kontrolleja; meillä oli myös 0% luokitteluvirheeseen välillä MGMT + ja MGMT- GBM potilaita. Olemme päätellä, että immunosignatures kliinisen luokitukset ovat erillisiä.

Keskustelu

ensimmäinen osoitti, että immunosignature GBM oli eroaa rintasyövän ja laakso kuume infektio. Osoitimme myös, että GBM allekirjoitus oli suhteellisen vakaa, jopa useiden toistojen mikrosirun alusta. Lopuksi tutkimme useita potilaita yleisimmillä aivosyövän sairauksista ja löysi silmiinpistävää immunosignature eroja. Yllättäen jopa GBM potilaalla on eroja O

6-metyyli-guaniini-DNA metyylitransferaasi metylaatiostatuksen (MGMT) osoitti mitattavissa ja yhteinen immuuni allekirjoitus, riittää luokittelemaan MGMT asema 0% rajat validointi virhe.

Ensimmäinen huoli käyttökelpoisuutta immunosignaturing oli, että tulehdusvasteen tahansa tautia vaimensivat spesifisyyden sairaus. Kuten esitetään meidän vertailun GBM, rintasyövän ja Valley -kuume, tautikohtaisten allekirjoitukset ovat ilmeisiä. Tekninen ongelma on vakaus microarray alustan. Kuten kuvassa 2, GMB-erottuva peptidien näkyivät jopa paneelit painettu 3 vuotta erilleen ikääntymiseen (ja oletettavasti halventava) liuotetun peptidin varastot. Olemme kuitenkin parantaneet alustan välivuosina kun kantaja pyrkii kosketuksettoman painotekniikat (Applied mikrosirut, Tempe, AZ), suurempi tulostaa eriä (136 liukuu erää kohti), ja automatisointi näytteen käsittely (HS 4800 Pro hybridisaatio Station, Tecan, Männedorf, Sveitsi).

Osoitamme ensimmäistä kertaa, että patologinen tila, jossa määritellään kasvaimen solujen alkuperästä tai kehitystä, voidaan heijastuu immunosignature (kuva 3a, 3b ja taulukko 1). Yllätykseksemme yksittäinen molekyyli merkki, MGMT promoottori metylaatiostatus, on niin syvällinen vaikutus immuunijärjestelmään että immunosignature on selvä. Tietenkin, MGMT promoottori metylaatio saattaa olla melko pleotropic ja voisi merkitä ylimääräisiä muutoksia solussa aiheuttaa useita tavoitteita esitellään immuunijärjestelmälle. Emme sulkea pois sitä mahdollisuutta, että erot näemme immuuni allekirjoituksia johtuvat niitä useiden proteiinien aktivoitua yhden promoottorin. Kun otetaan huomioon, että MGMT tila on merkitystä lopputuloksen ja temazolamide vaste, immunosignatures voisi johtaa käyttökelpoinen ei-invasiivisen diagnostinen aivosyövän.

Yhteenvetona, olemme osoittaneet, että immunosignaturing aivosyövän heijastaa patologisia eroja. Vaikka aivot on immunologisesti etuoikeutettu, syövät voivat ilmeisesti rikkoa veri-aivoesteen ja herättävät laajaa humoraalinen vaste. On tärkeää huomata, että peptidit käyttää näitä mikrosiruja ovat täysin satunnaisia. Niitä voidaan käyttää analyysiin minkään taudin tahansa lajin; ne ovat

ei

erityisiä aivosyövän ja ne

ei

ennalta mitenkään. Olipa immunosignaturing olisi diagnostista tai prognostista käyttöjä aivosyövän ei vastata tässä tutkimuksessa, mutta tekniikka on houkutteleva sen yksinkertaisuus ja edullinen ja on korkea herkkyys muutoksille kiertävien vasta-aineita. Aivosyöpä on asettanut valtavia esteitä, jotka estävät havaitseminen, seuranta ja hoito. Mielestämme tämä tekniikka tarjoaa uuden menetelmän voittaa monia esteitä.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteitä

Verta kerättiin potilailta, joille suoritetaan craniotomy varten resektio ensisijainen, terapia-naiivi aivokasvaimia alle IRB # 10BN171 Barrow Neurologiset Institute, Phoenix, AZ. Näytteet pakastettiin -20 ° C: ssa 1-7 vuotta ennen käyttöä. Veri sentrifugoitiin 100.000 x g 30 minuuttia pelletoimiseksi solujätteen ja hemolysoitiin plasma siirrettiin uuteen putkeen ja jäädytettiin -20 ° C: ssa. Terveillä vapaaehtoisilla suunnilleen samanikäisiä ja miesten ja naisten koostumus kuin syöpä kohortin luovutetun veren joka jäädytettiin samalla tavalla. Olemme myös saaneet näytteitä potilailta rintasyöpä ja Valley Fever. Taulukossa 1 on esitetty määrä ja tyyppi näytteitä käytetään tässä analyysissä. MGMT promoottori metyloituvuutta GBM tuumorikudoksen suoritettiin polymeraasiketjureaktiolla (PCR) analyysi bisulfiitti-muunnetun DNA: n, kuten on kuvattu [42].

Protoarray Platform: Presence of Autovasta-aineet

valittu 5

glioblastoma multiformae

potilasta ja 3 terve ikään verrokeilla meidän kohortin seeruminäytteistä. Seurasimme Life Technologiesin protokolla havaitsemiseksi autovasta täsmälleen kirjoitettu. Käytimme Novagen Biologicals (San Diego, CA) biotinyloitu anti-ihmis toissijainen suositeltuun pitoisuuden ja Life Technologiesin AlexaFluor 647-streptavidiini kuin havaita kolmannen asteen. Objektilasit skannattiin Agilent C-skanneri, 100% hitsaustehot, 80% PMT at 10um resoluutio. Objektilasit linjassa appropriate.gal tiedoston, ja muunnetaan arvoja Molecular Devices ”(Santa Clara, CA) GenePix Pro 6.0. Kaikki säätimet mukana toimitetaan paneelit toimi odotetulla; Aineisto analysoitiin Agilent (Palo Alto, CA) GeneSpring 7.3.1 käyttäen FWER = 5%. Ei proteiinit paneelit täytti vääriä löytö kriteerit merkitys terveiden vs. syöpäpotilailla.

Immunosignature alustan

immunosignaturing tekniikka on kuvattu muualla [26], [27], [28 ], [29], [30], [35], [36], [37], [43]. Lyhyesti, 1:500 laimennus plasman lisättiin inkubointipuskuria, joka koostuu 5% BSA, 0,1% Tween 20: 1 x PBS, pH 7,2. Tätä seosta inkuboidaan immunosignaturing mikrosiruja (saatu www.peptidemicroarraycore.com) 37 ° C: ssa 1 tunnin ajan sekoittaen on Tecan 4800 Pro hybridisaatio Station (Tecan, Salzburg, Itävalta), kuivattiin molekyylisuodattimilla typen ja skannaaminen Agilent C-skanneri 70% laserin teho, 20% PMT at 10um resoluutio, yhden värin tilassa. 16-bittinen mikrosirujen kuvat muunnettiin arvoja GenePix Pro 6.0 (Molecular Devices, Santa Clara, CA) tuottaa GPR tiedosto. Aineisto analysoitiin GeneSpring 7.3.1 (Agilent, Santa Clara, CA). Pearsonin korrelaatiokerrointa poikki näiden näytteiden keskiarvona 0,92. Näytteet, joissa korrelaatiokertoimet poikki tekninen rinnakkaista 0,85 olivat uusinnassa.

Informatic Analysis

esikäsittely microarray aineisto muodostui mediaani normalisointi per slide ja log

10 muutosta. T-kokeet Welsh korjattu ja säädetty useille koe bias käyttämällä FWER (perhe-Wise Error Rate) 5%; ANOVA samoin. Peptidit analysoitiin testaamalla hypoteesia, että oli eroja intensiteetti koko aivojen syöpä tai muu sairaus kohortteja ja verrokeilla seurauksena taudin tilasta. Peptidejä, jotka täyttivät nämä kriteerit olivat ”ominaisuudet” käytettiin luokitteluun. Luokittelu käytetään lineaarista erotteluanalyysi (LDA) leave-one-out ristivalidointi. Tukivektorikoneet (SVM), jossa polynomi piste tuote suuruusluokkaa 1 ja 0 diagonaalinen skaalaustekijä käytettiin alkuperäisen ominaisuuksia, jotta luokittelu suorituskyky ei johtunut lajittelijan. SVM tuotettu luokittelu virheet 3% LDA. Vastaanottimen Operator Characteristic (ROC) käyrä luotiin ja ala ROC-käyrän (AUROC) laskettiin (taulukko 1).

Kiitokset

Kiitämme Adrienne Scheck ja Barrow Neurologiset Institute of St. Josephin sairaalassa varten seeruminäytteistä.