Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

erilainen jakaantuminen genotyyppien yksilöiden välillä saman etnisen ovat tärkeä sekoitin tekijä yleisesti aliarvostettu tyypilliseen yhdistys tutkimuksissa radiogenomics.

tavoite

arvioimiseksi genotyypin jakautuminen SNP laaja joukko espanjalaisen eturauhassyöpäpotilaille varten määrittää homogeenisuus väestön ja paljastaa mahdollinen harha.

suunnittelu, asettaminen, ja osallistujat

yhteensä 601 eturauhassyöpäpotilaalla Andalusian, Baskimaa, Kanarian ja Katalonia genotyypattiin 10 SNP sijaitsevat 6 eri geenejä, jotka liittyvät DNA-korjaus: XRCC1 (rs25487, rs25489, rs1799782), ERCC2 (rs13181), ERCC1 (rs11615), LIG4 (rs1805388, rs1805386), ATM (rs17503908, rs1800057) ja P53 (rs1042522). SNP genotyypitys tehtiin joka Biotrove OpenArray® NT Cycler.

tulokset Mittaukset ja Tilastollinen analyysi

Vertailut genotyyppisen ja Alleelifrekvenssien keskuudessa väestön sekä haplotyyppi analyysit määritettiin käyttämällä web- pohjainen ympäristö SNPator. Pääkomponenttianalyysin tehtiin käyttäen SnpMatrix ja XSnpMatrix luokat ja menetelmät toteutetaan R paketti. Ei-valvottu hierarkkinen klusterin SNP tehtiin käyttämällä MultiExperiment Viewer.

Tulokset ja rajoitukset

Havaitsimme, että genotyypin jakelu 4 ulos 10 SNP oli tilastollisesti erilainen eri tutkituissa populaatioissa, osoittaa suurimmat erot välillä Andalusia ja Katalonia. Nämä havainnot vahvistettiin klusterin analyysi, pääkomponenttianalyysi ja ero jakautuminen haplotypes kesken väestön. Koska kasvainten ominaisuuksiin ei ole otettu huomioon, on mahdollista, että jotkut polymorfismit voivat vaikuttaa kasvainten ominaisuuksiin samalla tavalla, että se voi aiheuttaa riskitekijä muita tautitiedoista.

Johtopäätös

Erot jakelun genotyypeissä eri populaatioissa saman etnisen voisi olla tärkeä sekoittava tekijä vastaa puutteesta validointi SNP liittyy säteilyn aiheuttamaa toksisuutta, etenkin kun laaja meta-analyysi aiheita eri maista tehdään.

Citation: Henríquez-Hernández LA, Valenciano A, Foro-Arnalot P, Álvarez-Cubero MJ, Cozar JM, Suárez-Novo JF, et al. (2013) polymorfismit DNA-korjaus Geenit kohortin eturauhassyöpäpotilaalla eri alueilta Espanjassa: heterogeenisyys välillä populaatiot kuin sekoittuneita Factor Association Studies. PLoS ONE 8 (7): e69735. doi: 10,1371 /journal.pone.0069735

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 02 toukokuu 2013; Hyväksytty: 12 Kesäkuu 2013; Julkaistu: 23 heinäkuu 2013

Copyright: © 2013 Henríquez-Hernández ym. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tuettiin avustusta Instituto de Salud Carlos III (Ministerio de Economía y Competitividad Espanjasta), ID: PI12 /01867. Almudena Valenciano on avustusta Instituto Canario de Investigación del syöpä (ICIC). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Genetic polymorfismit ovat muunnoksia genomin jotka näkyvät mutaatiot joidenkin yksilöiden, lähetetään jälkeläisten ja hankkia jollakin taajuudella (vähintään 1%) väestöstä jälkeen monien sukupolvien ajan. Polymorfismit perusta evoluution ja ne, jotka yhdistellään voi olla hiljaa tai tarjoavat hyötyä henkilöille, mutta voi myös olla mukana taudin kehitykseen [1]. Yleisimpiä polymorfismit ovat yhden emäksen monimuotoisuus (SNP). Etninen alkuperä populaation määrää jakelu genotyyppien populaatiossa, ja ei ole yhtä suureksi kuin toiset. Lisäksi eroja havaittu populaatioissa samaa etnistä alkuperää viittaavat siihen, että kilpailu ei ole riittävä tekijä homogeenisuuden varmistamiseksi näytteen. Siinä mielessä se on tiedossa että siinä on useita merkittäviä akselia kerrostuneisuus, näkyvimmin pohjoisessa-Kaakkois-trendi, vaan myös pitkin itä-länsi-akselilla, joukossa genotyyppi jakelua Euroopan väestöstä [2]. Kun kyseessä on Espanjan, vaikka väestö elävät Pyreneiden niemimaalla osoittavat huomattavaa geneettistä tasalaatuisuuden [3], on olemassa havaintoja viittaa siihen, että Luoteis Afrikkalainen vaikutteita nykyisten joukossa Espanjan väestön ja nämä erot saattavat lisätä riskiä vääriä positiivisia geneettisen epidemiologian tutkimuksissa [4 ].

Sädehoitoa (RT) on tehokas hoito tarjotaan potilaille, joilla paikallinen eturauhassyöpä varteenotettavana vaihtoehtona leikkaus [5]. Vaikka molemmat hoitomuodot osoittivat vertailukelpoisia tuloksia eli selviytymistä [6], tärkeimmät erot ne liittyvät haittavaikutukset. Kasvaimen ohjaus RT edellyttää enintään annoksen, joka voidaan toimittaa säilyttäen toleranssi riski normaalin kudoksen myrkyllisyys, joka haittavaikutus tekijä rajoittaa hoidon tehoa [7]. Rooli genetiikan vasteen normaaleissa kudoksissa RT on hyväksytty laajalti tiedeyhteisön, ja se auttaisi selittämään, miksi potilailla, joita hoidettiin RT kokea suuria eroja normaalin kudoksen myrkyllisyys, vaikka vastaavia annoksia ja aikatauluja annetaan [8 ]. Säteily aiheuttaa menetys rakenteen ja toiminnan useimmissa biologisen molekyylejä, mukaan lukien DNA: ta. Yksittäiset DNA korjaus kapasiteetti koostuu useista mekanismeista (nukleotidi ja pohja Leikkauskorjauksessa, homologisella rekombinaatiolla, ei-homologisella endjoining, yhteensopimattomuuden korjaus- ja telomeerien aineenvaihdunta) ja yksilön kyky korjata vioittuneita DNA voi muuttaa vastetta kasvainkudoksen ja normaalin kudoksen säteilylle [9]. Niinpä tutkimukset kandidaattigeenejä ovat keskittyneet geenit osallistuvat pääasiassa DNA-vaurioiden tunnistaminen ja korjaaminen (esimerkiksi ATM, XRCC1, XPD, ERCC1, LIG4, ja TP53 mm), ja myös vapaa radikaaleja (esim SOD2), tai tulehdusta vaste (esim TGFB1).

välinen yhteys SNP ja säteilyn myrkyllisyys on syvästi tutkittu [10] ja lukuisia yhteenliittymiä on muodostettu tunnistaa yhteisiä geneettisiä vaihtelut liittyvät kehittämiseen säteilyn myrkyllisyys [ ,,,0],11]. Vaikka lupaavia, kokonaistulokset petti validointi vaiheessa [12] ja tänään, kehittää SNP liittyvä allekirjoitus ennustamiseksi myrkyllisyys on vielä kaukana. Vaikka tämä puute yhdistyksen voi selittyä eri syistä (läsnäolo häiritsevien tekijöiden riittämätön otoskoko, ja yksimielisyyden puutteen käytetyn menetelmän suhteen genotyypityksen, tilastoja ja jopa arvostelussa säteilyn myrkyllisyys) [13] heterogeenisuus tutkituilla on tekijä, jonka vaikutus on ollut yleisesti aliarvioitu.

Kun kaikki nämä oletukset mielessä, suunnittelimme tutkimuksen tavoitteena oli arvioida genotyypin jakautuminen 10 SNP 6 eri geenien DNA: n korjaukseen ja klassisesti liittyy säteilyn aiheuttamaa toksisuutta, laaja joukko espanjalaisen eturauhassyöpäpotilaalla, määrittää homogeenisuus väestön ja paljastaa mahdollisia aliarvostettu sekoittavien tekijöiden yhdistyksessä SNP: iden välillä ja säteilyn myrkyllisyys.

Materiaalit ja menetelmät

1. Potilaat

Kaikkiaan 601 potilasta, joilla ei-metastasoituneen paikallinen eturauhassyöpä (PCA) sisällytettiin tutkimukseen. Maantieteellinen jakauma potilaista oli seuraava (taulukko 1): 91 (15.14%) Andalusian, 51 (8,48%) alkaen Baskimaa, 238 (39,60%) päässä Canary ja 221 (36,77%) Kataloniasta. Kaikki potilaat olivat espanjalaisen alkuperää ja ne kaikki saatu kirjallinen tietoinen suostumus ennen näytteen keräämistä. Kaikki osallistujat, jos niiden kirjallinen suostumus osallistua tähän tutkimukseen. Tutkimuksen hyväksyi tutkimus- ja eettisen komitean kunkin toimielimen osallistujan tutkimuksessa: Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín (Las Palmas), Hospital de la Esperanza. Parc de Salut Mar (Barcelona), Hospital Universitario Virgen de las Nieves (Granada), Hospital Universitari de Bellvite (L’Hospitalet de Llobregat), Onkologikoa (Guipuzcoa), Institut Català d’Oncologia (L’Hospitalet de Llobregat), Hospital de la Santa Creu i Sant Pau (Barcelona) ja Hospital Universitario Virgen del Rocío (Sevilla).

2. DNA eristys ja kvantifiointi

Kaikki verinäytteet lähetettiin Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín DNA: n eristämisessä ja myöhemmät analyysit. DNA eristettiin 300 ui kokoverestä käytettäessä iPrep puhdistus järjestelmä (Applied Biosystems, Foster City, CA) käyttäen iPrep ™ PureLink ™ gDNA Veri Kit (Applied Biosystems). DNA määrällisesti ja näytteiden laatua määritettiin NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, DE).

3. Geenit ja SNP

Yhteensä 10 SNP 6 eri keskeisten geenien DNA: n korjaukseen tutkittiin: X-ray korjaus rajat täydentää proteiini 1 (XRCC1) [14], [15], Leikkauskorjauksessa rajat täydentää jyrsijä korjaus puutos, komplementaatioryhmä 2 (ERCC2) [16], Leikkauskorjauksessa rajat täydentävät jyrsijä korjaus puutos, komplementaatioryhmä 1 (ERCC1) [17], ligaasi IV (LIG4) [18], ataksia teleangiektasia mutatoitunut (ATM) [ ,,,0],19], ja kasvaimen proteiinin p53 (TP53) [20]. Koska RT säädösten, jotka tuottavat DNA-vaurioita ja geneettistä vaihtelua DNA: n korjaukseen ja vaurioita vastaus muokata alttiutta sädehoidon, nämä SNP on klassisesti liittyy säteilyn aiheuttamaa toksisuutta useilla kasvaintyypeissä. Kuvaus SNP sisältyy taulukossa 2.

4. Genotyypin

SNP -genotyypitys tehty joka Biotrove OpenArray® NT Cycler (Applied Biosystems). DNA OpenArray (OA) laimennettiin pitoisuudessa 50 ng /ul, ja suhde A260 /A280 ja A260 /230 1,7-1,9. Yhteensä 300 ng genomista DNA: ta käytettiin. Lopullinen määrä 150 ng liitettiin array kanssa Autoloader ja genotyyppi mukaan valmistajan suositusten. Ei-mallin ohjaus (NTC), joka koostuu DNaasiton kahdesti tislattua vettä otettiin kussakin määrityksessä. Kun DNA ja master mix siirrettiin, ladattu OA levy täytettiin upotusnesteeseen ja sinetöity liimalla. Multiplex TaqMan määritys reaktiot suoritettiin Dual Flat Block (384-kuoppa) GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) seuraavilla PCR-sykliä: ensimmäinen vaihe 93 ° C: ssa 10 minuuttia, jota seurasi 50 sykliä 45 sekuntia 95 ° C: ssa, 13 sekuntia 94 ° C: ssa ja 2 minuuttia, 14 sekuntia 53 ° C: ssa; jota seuraa viimeinen vaihe 2 minuutin aikana 25 ° C: ssa ja pitämällä 4 ° C: ssa.

fluoresenssin tulokset luettiin käyttäen OpenArray® SNP-genotyypin analyysi ohjelmiston version 1.0.5. (Applied Biosystems). Genotyypin analyysi tehtiin TaqMan GENOTYPER ohjelmistoversion 1.0.1. (Saatavilla osoitteessa: TTP: //www.invitrogen.com/site/us/en/home/Global/forms/taqman-genotyper-software-download-reg.html) käyttäen autocalling kuin puhelu menetelmällä. Laatu arvo datapisteiden genotyyppi määritettiin ylittyessä 0,95. Genotyyppausanalyysiin tehtiin kunkin populaation erikseen (kuva 1).

Jokainen kuvaaja esittää hajallaan juoni yhden alleelin (FAM-koetinta) verrattuna muihin alleelin (VIC koetin). Ne näytteet, jotka ovat homotsygoottisia näkyvät sininen tai punainen; heterotsygoottinen näytteet sisältävät fluoresenssia sekä antureista ja näkyvät vihreällä. NTC näkyvät vaaleansininen neliöitä ja edustavat taustan fluoresenssi näytteistä ilman templaatti-DNA. Näytteitä ei määritetty näkyvät mustina pistettä ja näytteitä ole monistettu näy oranssina pistettä. Hajonta tontit saatiin TaqMan GENOTYPER ohjelmistoversion 1.0.1.

5. Tilastollinen analyysi

genotyypin ja Alleelifrekvenssien määritettiin käyttämällä web-pohjainen ympäristö SNPator (SNP Analyysi tuloksiin, alkaen Espanjan kansallisen genotyypin Center ja National Institute for Bioinformatics) [21]. Suhteellinen ylimääräinen Heterotsygoottisuuden määritettiin tarkistaa yhteensopivuus genotyypin taajuuksien Hardy-Weinberg tasapaino (HWE). Täten p-arvot standardin tarkka HWE sovituksen puuttumiseen testin laskettiin SNPator. Vertailut genotyyppisen ja Alleelifrekvenssien keskuudessa väestön sekä haplotyyppi analyysit tehtiin myös vuonna SNPator.

Pääkomponenttianalyysi (PCA) tehtiin käyttäen SnpMatrix ja XSnpMatrix luokat ja menetelmät [22], toteutettu R paketti ja saatavilla Bioconductor (versiosta 2.11, https://bioconductor.org). Se koostuu muutosta joukko alkuperäisen muuttujien toinen joukko muuttujia – pääkomponentit – saadaan lineaarinen yhdistelmä näistä. Uusi muuttujat säilyttävät kaikki tiedot, mutta suurin osa pääkomponentit on niin pieni vaihtelu, joka voidaan jättää huomiotta. Siten vähän komponentteja (yleensä 3 tai vähemmän) voi edustaa ja selittää järkevästi joukko esineitä näytteen menettämättä tietoja. PCA vähentää monimutkaisuutta tietoja ja sallii graafinen esitys muuttujien.

Ei-valvottu hierarkkinen klusterointi [23] SNP kunkin populaation tehtiin käyttämällä MultiExperiment Viewer (saatavilla osoitteessa: www.tigr.org) . Klusterointi tehtiin käyttämällä Euklidinen etäisyys korrelaatio ja keskimääräinen sidos. Menestykseen suorittaa klustereita, villi homotsygoottinen koodattiin kuin -1, heterotsygoottinen kuin 0 ja mutatoitunut homotsygoottinen kuin 1.

Kaikki ylimääräinen tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen PASW Statistics 15 (IBM Corporation, Armonk, NY, USA).

tulokset

kaikki genotyyppi näytteet täyttivät laatuvaatimukset kuten edellä todettiin, ja kaikki näytteet genotyyppi kanssa samassa erässä materiaalia samanaikaisesti. Kaikkiaan 601 PCa potilaiden genotyypattiin 10 SNP. Niistä 6010 mahdollinen määritykset, 94,36% onnistuneesti genotyypitettiin. Puhelu keskuudessa väestö oli (mediaani (alue)): 79,5% (68,1-91,2%) Andalusian, 100% (80,4-100%) ja Baskimaa, 97,7% (94,5-99,2%) ja Kanarian, ja 97,9% (83,3-99,1%) Katalonian.

genotyyppisen ja Alleelifrekvenssien esitetään taulukossa 3. suhteellinen ylimäärä heterotsygoottisuuden, mikä osoittaa poikkeamaa HWE, havaittiin 4 SNP 2 eri populaatioiden: rs25487 ( XRCC1) koehenkilöillä Katalonian ja rs13181 (ERCC2), rs11615 (ERCC1) ja rs180057 (ATM) koehenkilöillä Andalusiasta (taulukko 3). Genotyyppijakauman oli erilainen välillä tutkimuksen väestön 4 10 SNP: rs25487, rs13181, rs11615, ja rs1805386 (LIG4) (χ

2 testiä, taulukko 3), osoittaa ero jakautuminen genotyyppien kesken väestön. Ei-valvottu hierarkkinen klusteri suoritettiin yrittänyt visualisoida erot genotyyppi jakaumat joukossa neljä väestön. Näin ollen, kuten kuviossa 2 on esitetty, polymorfismit jaettiin kahteen pääryhmään, joista jokaisella on eri määrä ja identiteetti SNP: iden, mikä viittaa siihen, heterogeenisuus populaatioissa. Lisäksi web-pohjainen työkalu SNPator käytettiin vertaamaan väestön erikseen yksi yhtä vastaan. Erot genotyyppisen jakaumat olivat pääasiassa läsnä välillä Andalusian ja toinen väestö (χ

2 testiä, taulukko 4). Tämän seurauksena väestöä Katalonia ja Andalusia osoittivat suurimmat erot, jossa 3 SNP (rs25487, rs13181 ja rs11615) differentiaalisesti jaetaan PCA potilaiden molemmissa ryhmissä.

Clustering tehtiin käyttämällä Euklidinen etäisyys korrelaatio ja keskimääräinen sidoksen, ja käsiteltiin ja näytetään MultiExperiment Viewer (https://www.tigr.org). Dendogram näyttää klusteroinnilla SNP. Geeni symboli lisättiin tunnistaa kunkin SNP. Linjat alla jokainen paneeli esittää kaksi pääryhmään syntyy.

Pääkomponenttianalyysi (PCA) tehtiin yritetään tunnistaa globaalin eroja väestön. Komponentit 1 ja 2 olivat vastuussa 15,3% ja 14,3%: n varianssi, vastaavasti. Kun molemmat osat piirrettiin, pääkomponentit ei näyttänyt syrjiä populaatioiden (kuvio 3A). Kuitenkin, kun komponentteja analysoitiin erikseen, joista ensimmäinen voisi erottaa populaatiot Andalusia ja Katalonia (kuvio 3B), joka vahvistaa havaitut tulokset taulukossa 4 ja selvästi esitetään erot jakautuminen genotyyppien välillä analysoitiin populaatioissa.

Symbols in juoni V: ° (musta), Andalusia; Δ (punainen), Baskimaa, + (vihreä), Kanariansaaret; × (sininen), Kataloniassa. Lyhenteet in juoni B: Ja Andalusia; Basq, Baskimaa; Can, Canary; Cat, Katalonia.

Lopuksi haplotyyppianalyysissä suoritettiin SNPator. Kuten taulukossa 5 esitetään, kolme yleisin haplotyypit olivat erilaiset joukossa populaatioissa. Siten SNP kromosomissa 11 (ne, jotka sijaitsevat ATM-geeni), haplotyyppi GG oli poissa Andalusian väestössä. Sillä SNP kromosomissa 13 (ne, jotka sijaitsevat LIG4 geeni), haplotyyppien GG ja AA osoitti erilaisen jakautumisen väestön. Kun kyseessä SNP kromosomissa 19 (ne, jotka sijaitsevat XRCC1, ERCC2 ja ERCC1 geenit), haplotyyppi CCGGG oli läsnä vain PCA potilaat Kanarian ja Katalonia, kun haplotyyppi CCGTG oli läsnä vain PCA potilaat Andalusia ja Baskimaa. Se, että yleisimmät haplotyyppien olivat yhtä kaikki populaatiot ehdottaa samankaltaisuus yksilöiden saman etnisen.

Keskustelu

Radiogenomics on tutkimus perimä, pääasiassa yhden emäksen monimuotoisuus (SNP), jotka liittyvät kehittämiseen sädehoidon myrkyllisyys, yrittää löytää määrityksen avulla voidaan ennustaa, jotka syöpäpotilaat ovat todennäköisimmin kehittää haittavaikutuksia jälkeen RT [9]. Ennustaminen normaalin kudoksen myrkyllisyys sallisi säätö- säteilyannosten potilaskohtaisesti, varsinkin kun suurempia säteilyannos arvot liittyvät parannettu biokemiallisia valvonnan tulokset ja vähentäminen etäispesäkkeitä PCA potilailla [24]. Rooli genetiikan säteilyn myrkyllisyys on osoittautunut [25]. Siinä mielessä, genetiikka näyttävät osaltaan selittää suuren yksilöiden välinen vaihtelu havaittu tapauksia, vaikka potilaat ovat samankaltaisia ​​ja hoidetaan samalla hoitoaikataulussa [26]. Vaikka se on julkaistu paljon kirjallisuusluettelo raportoinnin ennakoivan roolin jotkut SNP normaalia kudosta myrkyllisyys, validointitutkimusten ovat epäonnistuneet, kyseenalaistaa hyödyllisyys SNP välineenä ennustamiseen säteilyn aiheuttamaa toksisuutta [12].

Väestö assosiaatio genotyypin tietyssä lokuksessa ja binäärisen ominaisuuden (kuten läsnäolo /poissaolo säteilyn aiheuttamaa toksisuutta) voi syntyä kolmella tavalla [27]: i) lokuksen voidaan syy-taudin ( eri alleelien joilla on erilaiset riskit), ii) locus se voi itse olla rento (mutta voi olla riittävän lähellä syy lokukseen kuin olla kytkentäepätasapainossa rahtuakaan sitä), tai iii) yhdistys voi johtua sekoittavia väestön kerrostumista tai sekoittumisen. Sekoittavia voi toimia luoda väestön yhdistys ilman syy-yhteys tai peittää rento suhde. Näin ollen on tärkeää jättää väärä yhdistyksen asianmukaisin suunnittelu- ja /tai analysointi tutkimusten otettava huomioon, että jännittää jotka saadaan systemaattinen virhe (kuten valinta harhat tai harhat mitattaessa tulokset) jatkuu niin otoksen koko kasvaa. Sekoittava syntyisi, jos väestö sisältää useita etnisiä ryhmiä, jos alleelifrekvenssit lokukseen kiinnostava vaihteli ryhmien, ja jos tauti taajuus myös erosivat ryhmien syistä varsin liity uran kiinnostusta. Tiedetään, että etnisyys vaikuttaa sovellettavuus farmakogenetiikan [28].

Canary väestö sekä muualla populaatiot mukana tässä tutkimuksessa, pidetään valkoihoinen. Kuitenkin luonnollinen historia, esimerkiksi Kanarian ja Baskimaa, ovat erilaisia. Näin ollen vaikka Kanarian väestö on vaikutteita Luoteis-Afrikan muuttoliikettä ja Euroopan kolonisaatio [29], baskit on eri alkuperä [30]. Kuitenkin äskettäin julkaistun paperi, 30 yksilöitä 10 eri populaatioiden Espanjasta (Kanarian väestö ei ollut mukana kyseisessä tutkimuksessa) genotyypattiin 120 SNP, pääteltiin, että tutkituissa populaatioissa olivat perimältään samanlainen [3]. Mikään SNP katsoi tässä tutkimuksessa oli mukana tässä edellisessä artikkelissa. Huomasimme, että genotyypin jakauma 4 SNP oli erilainen eri väestöä Andalusia, Baskimaa, Kanarian ja Katalonia. Vertasimme havainnot on suurin kohortti PCa potilaista analysoitiin Espanjassa [31]. Kaikkiaan 698 Galician PCa potilasta seulottiin 14 SNP sijaitsee ATM, ERCC2, LIG4, MLH1 ja XRCC3 geenejä. Kolme näistä SNP: tä mukana meidän monikeskustutkimus: rs1805388 (LIG4), rs1805386 (LIG4) ja rs1800057 (ATM). Genotyyppisen jakaumat rs1805388 ja rs1805386 olivat merkittävästi erilaiset joukossa Galician ja populaatioiden tässä tutkimuksessa (χ

2 testi, p = 0,001 ja p = 0,007, tässä järjestyksessä), korostaen välistä vaihtelua populaatiot saman etnisen (valkoihoiset) samasta maasta riippuen kunkin SNP. Saamiemme tulosten, Andalusian oli väestöstä differentiaalisesti jaettu, joka osoittaa suurimman eron katalaanin- (havaitut tulokset χ

2 analyysit ja PCA). Erot väestön oli ilmeistä myös haplotyyppianalyysissä ja jaettavaksi. Nämä tulokset viittaavat siihen, että kukin SNP on harkittava erikseen, yrittäen löytää mahdollisia sekoittavia muuttujia, jotka olisivat ratkaiseva tulosten tulkintaa. In tapausverrokkitutkimukset, joka on tavallinen tyyppi muotoilun tutkimuksissa tutustumiseen yhdistysten välillä SNP ja säteilyn myrkyllisyys, perustavanlaatuinen oletus on, että nämä kaksi sarjaa aiheista (kontrollit ja tapaukset) voidaan käyttää antamaan puolueetonta arvioita vastaavia jakaumia keskuudessa poikkeavien ja normaalien jäsenten joidenkin taustalla väestöstä [27]. Tämä perustavaa laatua oleva olettamus ei täyty käytännössä johtaa vääristyneisiin tuloksiin, kuuluvat kahteen laajaan luokkaan: valinta bias väärästä näytteitä tapauksista ja valvonta sekä tiedot aiheuttama harha ero mittausvirheitä tapauksissa ja valvontaa. Kun sekoittavat muuttuja havaitaan tutkimuksessa klassinen menetelmä epidemiologian on stratifikaatiolaskelmista analyysin mukaan mahdollisesti sekoittavat vaihteleva ja testaus assosiaatiota tekijöiden välillä kohteisiin (eli genotyyppi) ja tauteihin kerrostumista (ts laadut säteilyn aiheuttamaa toksisuutta ). Huoli läsnäolo bias väestön kerrostuneisuus geneettiseen tapausverrokkitutkimukset tulisi lieventää asianmukainen suunnittelu ja analyysi tapausverrokkitutkimukset, arvio sen todennäköisyydestä suurten puolueellisuudesta tietyllä tutkimuksessa [32] ja tarvittaessa menetelmät korjaus [33].

Tämä tutkimus on joitakin rajoituksia, jotka olisi huomattava. Ensinnäkin, kaikki aiheet olivat PCa potilaiden ja genotyyppi taajuus voi olla erilainen, jos sitä verrataan asukkaan terveillä henkilöillä. Kuitenkin tutkimuksissa on suunniteltu arvioimaan järjestöjen välillä SNP ja säteilyn myrkyllisyys, tarkastukset ovat potilaita, joilla nolla-huono laatu myrkyllisyyden ja tapauksista potilaalla on korkealaatuista myrkyllisyyden, mutta kaikki aiheet ovat syöpäpotilailla. Siten tämä rajoitus voitaisiin katsoa eduksi, koska se jäljittelee vakiorakenteeksi tällaisten tutkimusten. Toiseksi useita aiheita myös eri väestöstä vaihtelee suuresti. Kuitenkin se, että suurimmat erot ei todettu väestössä, jolla on pienin määrä potilaita (Baskimaa 51 PCA) viittaa siihen, että tämä rajoitus ei voi olla ratkaiseva tuloksia tulkittaessa. Lisäksi jos heterogeenisuus väestö pidetään systemaattista harhaa, se ei riipu otoskoko. Kolmanneksi sokea analyysin ole kliinistä tietoa potilaista oli käytettävissä, että on olemassa ole tietoja TNM lavastus, kasvaimen, biokemiallisia vajaatoiminta tai Gleason pisteet. Siinä mielessä, että on mahdollista, että jotkut polymorfismi voi vaikuttaa kasvaimen ominaisuudet samalla tavalla, että se voi aiheuttaa riskitekijä muu sairaus ominaisuuksia [34], [35]. Vuonna Toisaalta joitakin etuja olisi korostettava: i) se sisältää useita aiheita riittää saada luotettavaa tietoa jakelusta näiden 10 SNP PCA väestö tutkittu (erityisesti Kanarian ja Katalonia); ii) kaikki aiheet oli miehiä, niin vältetään Puolueellisuuden tuottaman sukupuolen; ja iii) kaikki määritykset (6010 yhteensä) suoritettiin samalla menetelmällä (OpenArray, Applied Biosystems), samalla erän pelimerkkejä ja samalla tutkija, mikä minimoi harhat teknisistä alkuperää.

Johtopäätökset

erot jakautuminen genotyypeissä eri populaatioissa saman etnisen voisi olla tärkeä sekoittava tekijä vastaa puutteesta validointi näiden SNP liittyvät säteilyn aiheuttamista myrkyllisyys, varsinkin kun laaja meta-analyysi aiheita eri maissa toteutetaan [36]. Tuloksemme viittaavat siihen, että tasa-arvo ihmisten välillä (etenkin niitä, jotka katsotaan valvonta) on tarkistettava ennen kuin jatkat mitään myöhempää analyysia varten.

Kiitokset

Kiitämme teknistä tukea immunologian osaston (Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín) henkilöstö: Nereida González-Quevedon ja Yanira Florido-Ortega. Erityiset kiitokset Eduardo Salazar Villaverde apua kuvioissa valmistelussa.