Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Genetic variantit voivat vaikuttaa microRNA kohde-vuorovaikutuksen kautta moduloida niiden sitoutumisaffiniteetti, luoda tai tuhota miRNA-sitoutumiskohtia. SET8, jäsen SET domain sisältävä metyylitransferaasi, on ollut mukana erilaisissa joukko biologisia prosesseja.

Methods

Käyttäen Taqman määritystä, me genotyyppi polymorfismin rs16917496 T C sisällä miR-502 sitoutumiskohta on 3′-alueella

SET8

geenin 576 ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) potilailla. Toiminnot rs16917496 tutkittiin käyttäen lusiferaasiaktiivisuus määritystä ja validoitu immunovärjäyksellä.

Tulokset

Log-rank-testiä ja Cox regressio osoitti, että CC-genotyyppi liittyy pitempi selviytymisen ja pienempi riski kuolemaan NSCLC [58,0 vs. 41,0 kuukautta,

P

= 0,031; riskisuhde = 0,44, 95% luottamuksellisia väli: 0,26-0,74]. Edelleen vaiheittainen regressioanalyysi ehdotti rs16917496 oli itsenäisesti suotuisa tekijä ennustetta ja suojaava vaikutus näkyvämmin tupakoimattomia, potilaat ilman diabetesta ja potilailla, jotka saivat kemoterapiaa. Merkittävä yhteisvaikutuksia ei havaittu rs16917496 ja tupakointi asemaa suhteessa NSCLC eloonjäämisen (

P

0,001). Lusiferaasiaktiivisuus määritys osoitti alempaa ilmentymistaso C-alleelin verrattuna T-alleelin, ja miR-502 vaikuttanut modulaatioon

SET8

geeni

in vitro

. CC genotyyppi liittyi heikentynyt SET8 proteiinin ilmentymisen perustuu immunovärjäyksen 192 NSCLC kudosnäyte (

P

= 0,007). Alhaisempi SET8 liittyivät ei-merkitsevästi pidempi eloonjäämisen (55,0 vs. 43,1 kuukautta).

Johtopäätös

tiedot osoittivat, että rs16917496 T C sijaitsee miR-502 sitoutumiskohta myötävaikuttaa NSCLC selviytymisen muuttamalla SET8 ilmaisun moduloiva miRNA-kohde vuorovaikutus.

Citation: Xu J, Yin Z, Gao W, Liu L, Yin Y, Liu P, et al. (2013) geneettinen vaihtelu on MicroRNA-502 minding Site

SET8

Gene antaa kliininen tulos ei-pienisoluinen keuhkosyöpä kiinalaisessa väestöstä. PLoS ONE 8 (10): e77024. doi: 10,1371 /journal.pone.0077024

Editor: Rui Medeiros, IPO, Inst Port Oncology, Portugali

vastaanotettu: 2. heinäkuuta 2013. Hyväksytty: 27 elokuu 2013; Julkaistu: 11 lokakuu 2013

Copyright: © 2013 Xu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Natural Science Foundation of China (81172140, 81272532), Priority Academic ohjelmasuunnitteluosastolle Jiangsun korkeakouluista (JX10231801) ja Jiangsun maakunnassa kliinisen tieteen ja teknologian hankkeita (Clinical Research Center, BL2012008). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Keuhkosyöpä on edelleen suurin syy syöpään liittyvät kuolemat maailmanlaajuisesti johtuen sen yleisyydestä, pahanlaatuinen käyttäytymistä ja puute suurten edistysaskeleista hoitostrategia. Ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) kattaa noin 80% kaikista tapauksista keuhkosyöpää, joissa on alle 15%: lla potilaista elossa 5 vuoden kuluttua [1], [2]. Löytö ja erityistoimenpiteiden ennustetekijöiden biomarkkereiden lisäksi standardin kasvain, imusolmuke, ja etäpesäkkeiden (TNM) pysähdyspaikan järjestelmä voi parantaa sairaanhoidon potilaiden NSCLC [3]. Huolimatta paljon vaivaa [4], [5], [6], on edelleen puute erityinen biomarkkereita keuhkosyövän ennuste ennustaminen. Ihanteellinen biomarkkereiden olisi helppo havaita, vakaa ja toistettavissa. Geneettisiä variaatioita syöpäpotilailla voi olla prognostisia markkereita kliiniseen tulokseen.

MikroRNA (miRNA) ovat luokan pieni (~20-22 nt) ei-koodaavan RNA-molekyylejä, jotka säätelevät geenin ilmentymistä sitoutumalla 3 ’ -untranslated alue (3’UTR) kohdennettujen mRNA [7]. On arvioitu, että noin 30% ihmisen geeneistä ovat transkription tai posttranskriptionaalisella sääntelee miRNA. Tämän seurauksena miRNA ovat mukana erittäin tärkeää biologisissa prosesseissa, mukaan lukien kehitys, erilaistuminen, apoptoosi ja lisääntymistä [8], [9]. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että säädeltyyn miRNA ekspressiokuvioita erilaisissa syövissä, mikä osoittaa yhtä tärkeää roolia miRNA käynnistymiseen, etenemisen ja etäpesäkkeiden ihmisen syövän [10], [11]. MiRNA ilmentymisen profiilien ja erityisiä miRNA on osoitettu liittyvän selviytymisen erilaisia ​​syöpiä, mukaan lukien keuhkosyöpä [12], [13], [14]. Yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) pre-miRNA tai kypsä miRNA sekvenssit ja miRNA-sitoutumiskohdat voivat moduloida miRNA-kohde vuorovaikutusten kautta muuttamalla miRNA ilme, kypsymisestä, tuhoaminen tai luo miRNA-sitoutumiskohdat, jolloin vapauttamisen kohdegeenin ilmaisun [15], [16], [17]. Tällainen polymorfismien on liitetty syövän alttiuden, kemoterapia herkkyys ja ennusteeseen [16], [18], [19], [20]. Näistä miRNA-sitoutumiskohta SNP on yksi tavataan miR-502 sitoutumiskohta 3’UTR histoni metyylitransferaasi

SET8

geeni [21].

SET8

(tunnetaan myös PR-set7 /SETD8 /KMT5A; sijaitsee kromosomissa 12q24.31), jäsen SET domeenin sisältävä metyylitransferaasin perheen erityisesti kohdistuksen H4K20 varten monomethylation [22], [23], on osallinen erilaisia ​​joukko biologisten prosessien, kuten kopioinnin säätely [24], [25], heterochromatin muodostuminen [26], genomista vakaus [27], [28], solusyklin etenemisen ja kehittäminen [28], [29], [30 ], [31], [32]. Viime aikoina Shi et ai. [33] osoittaa toimintaa varten SET8 kuin p53 methylatransferase ja Yang et al. [34] paljasti uusi rooli SET8 kasvaimen invaasion ja metastaasin. Aiemmat tutkimukset viittaavat polymorfismin rs16917496 T C, joka sijaitsee sisällä miR-502 toutumiskohdasta

SET8

3’UTR (kuvio 1A), moduloi SET8 proteiinin ilmentymisen, ja lisää siten rintasyöpä ja munasarjasyöpä alttius, ja kliininen tulos maksasyövän [35], [36], [37].

(A) Jakso täydentävyys on-miR-502 ja

SET8

3’UTR on kuvassa. (B) suora sekvensointi ja Kaaviokuva reportteri konstrukteja, jotka sisältävät 1650 bp 3’UTR

SET8

kanssa rs16917496 T tai C-alleeli. (C) Lusiferaasiekspressiota konstruktien, jotka sisältävät rs16917496 T tai C-alleelin A549 ja 293T-soluissa. Kukin transfektio suoritettiin PRL-SV40 plasmideilla normalisoitu valvontaa.

SET8

3’UTR lusiferaasireportterista plasmidit kotransfektoitiin kemiallisesti syntetisoituja kypsän HSA-miR-502 tai ilman miR-502 estäjien A549 ja 293T solulinjoissa. 3’UTR, 3′-alue.

Tässä tutkimuksessa olemme genotyypitetty rs16917496 NSCLC potilaat osoittamaan, että tämä SNP on tärkeä geneettinen variantti selviytymisen ennustamiseen. Olemme myös vahvistanut, että kaikki SNP rs16917496 liittyi

SET8

ilmaisun kautta vaikuttavia miR-502 sitoutumisen

SET8

3’UTR.

Materiaalit ja menetelmät

etiikka lausunto

tutkimus hyväksyi Institutional Review board of Nanjingin Medical University. Kaikki osallistujat olivat vapaaehtoisia ja täydentäisi suostumus kirjallisesti ennen osallistuu tähän tutkimukseen.

Tutkimus Väestö

Kaikki koehenkilöt rekrytoitiin First Affiliated sairaala Nanjing Medical University (Jiangsu, Kiina ) tammi 2004 ja syyskuun 2012. Kaikki potilaat olivat äskettäin diagnosoitu, histopatologisesti vahvistetaan ja joilla ei aiemmin ole muiden syöpien tai edellisen kemo- tai sädehoitoa. Kaikki asiat eivät liittyneet etnisten Han kiinalaisia ​​väestöstä. Sen jälkeen kirjallinen suostumus saatiin, strukturoitu kyselylomake väestötietoja ja ympäristön altistumisen historiaa, kuten ikä, sukupuoli ja tupakointi kulutus, annettiin kautta face-to-face haastattelut koulutettu haastattelijat. Kukin potilas lahjoitti 5 ml laskimoverta varten genomisen DNA: n eristämiseksi. Kohteet, joissa pieni ( 1 savuke päivässä) ja kesto ( 1 vuosi) tupakoinnin määriteltiin tupakoimattomien; kaikki muut luokiteltiin tupakoitsijoita. Seuranta suoritettiin joka 3 kuukauden ajan ilmoittautuminen kuolemaan saakka tai viimeinen suunniteltu seurantaa (viimeinen seuranta helmikuussa 2013). Valitsimme potilaalla on täydellinen seurannat ja riittävän DNA-näyte. Tämän seurauksena 576 NSCLC potilasta osallistui ja genotyyppi tutkimuksessamme. Maximun seuranta-aika oli 102 kuukautta (viimeinen seuranta helmikuussa 2013) ja mediaalinen seuranta-ajan oli 18,0 kuukautta.

genotyypin

genomista DNA Kunkin aihe uutettiin rutiinimenetelmällä [38]. TaqMan alleelinen syrjinnän määritys valittiin genotyypin käyttäen ABI 7900-järjestelmä (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Primer ja koetin ovat: eteenpäin, TTTATGATGACAAATAATTTTCAAGTT, kääntää, AATGTGAGACACAATGTCTTGATTATA ja FAM-TTTATTTCCTTGTTTAAA-MGB, HEX-TTTATTTCCTTATTTAAAT-MGB. Genotyypin määritys sisältyi kaksi tyhjää (vesi) valvonta kussakin 384-kuoppainen formaatti ja yli 10% näytteistä valittiin satunnaisesti uusintaa, mikä tuotti 100% vastaavuutta.

rakentaminen Reporter Plasmidien

Koska merkittävää yhteyttä myöhemmin havaittiin rs16917496 T C polymorfismin ja NSCLC selviytymisen rakensimme kaksi toimittaja sisältävien plasmidien rs16917496 T tai rs16917496 C-alleelin, onko tämä polymorfismi ollut mitään vaikutusta sen geenien ilmentyminen (kuvio 1 B). T-alleelin Reportteri-konstrukti oli synteettinen käyttämällä tavanomaisia ​​DNA-tekniikoita (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Tuote ja pMIR-SELVITYS ™ (Appied Biosystems) vektorin Renilla ja tulikärpäsen lusiferaasi geenisekvenssien pilkottiin käyttämällä

Miu

I ja

Sac

I (NEB) ja sitten liitettiin T4 DNA-ligaasilla (NEB). C-alleeli rs16917496 tuottamista varten on kohdennettu mutageneesi (Takara, Berkeley, CA, USA), jossa eteenpäin mutageenistä aluketta 5′-AAAGAAgAAGGAACTAGGTCAAAAATCTGTCC-3 ’ja reverse-mutageeninen aluke 5′-TAGAGCAAAAAGAACTTTTACCTCGGCATC-3’ mukaisesti valmistajan protokollan . Kaikki rakenteet tässä tutkimuksessa käytetyt varmennettiin ohjaamalla sekvensoimalla (kuvio 1 B).

RNA Häiriöt, ohimenevä transfektoinneilla ja Lusiferaasimäärityksiä

rs16917496 T C polymorfismi sijaitsee sitoutumiskohta asennuspalveli- 502 (kuvio 1A). Niinpä olemme soveltaneet matkivat ja estää tätä miRNA joka syntetisoi GenePharma (Shanghai, Kiina) osoittaakseen niiden vaikutusta pMIR-SET8 reportterigeenin in vitro. A549 ja 293T-solut ylläpidettiin RPMI 1640 -elatusaineessa, jossa oli 10% lämpöinaktivoitua naudan sikiön seerumia (Gibco, Carlsbad, CA, USA) ja 50 ug /ml streptomysiiniä (Gibco). Solut ympättiin 24-kuoppalevyille 1 x 10

5 solua kuoppaa kohti, ja niitä viljeltiin 37 ° C: ssa inkubaattorissa, jota oli täydennetty 5% CO

2: ssa 24 tuntia. Sitten solut lyhytaikaisesti kotransfektoitiin

SET8

3’UTR lusiferaasin plasmideja (eri alleelit) ja miR-502 mimcs tai ilman miR-502 estäjiä käyttäen Lipofectamine 2000 protokollan mukaisesti (Invitrogen). PRL-SV40-plasmidia (Promega, Madison, WI, USA) oli myös transfektoitiin normalisoi ohjaus. 24 h transfektion jälkeen solut kerättiin ja analysoitiin lusiferaasiaktiivisuutta Dual-Luciferase Reporter Assay System (Promega). Itsenäinen kolmena kappaleena kokeet tehtiin jokaiselle plasmidirakenteen.

immunohistokemia

ilmentyminen SET8 proteiinien keuhkosyöpä havaittiin immunohistokemiallinen (IHC). Objektilasit valmistettiin käyttämällä Ventana autoimmunostainer (Roche Applied Science, Mannheim, Saksa) ja anti-SET8 vasta-ainetta (Abcam, Cambridge, UK). Detection hyödynnetään Polymer-HRP, jossa 3,3-diaminobentsidiiniä. Dioja visualisoitiin 40 × Nikon Eclipse mikroskoopilla.

kohdat tarkistettiin ja tekee kaksi patologit jotka sokaissut -genotyypitystulosten. Kiistanalaisissa tapauksissa arvioitiin uudelleen yhdessä, kunnes päästiin. Vertailun värjäyksen tulosten näytteet pisteytettiin semi-kvantitatiivisesti käyttäen histologinen pistemäärä (H-pisteet). Intensiteetti kasvaimen solujen tuman immunoreaktiivisuus (1, ei yhtään tai heikko, 2, kohtalainen ja 3, voimakas) kerrottiin prosenttiosuus positiivisia kasvainsoluja (1-100), jolloin saadaan arvot 0 300. SET8 ilmentyminen oli luokiteltu kuten korkea (tai sen yläpuolella mediaani H-pisteet arvo) tai matala (alle mediaanin H-pisteet arvo).

tilastollinen analyysi

Hardy-Weinberg tasapaino arvioitiin jonka hyvyys fit χ

2 testiä. Kokonaiselinaika (OS) laskettiin välinen aika ensimmäisen hoidon ja kuolema tai viimeinen seurannan tasalla. Association välillä genotyypin ja eloonjäämisaste arvioitiin Kaplan-Meier menetelmä ja log-rank-testi. Keskimääräinen elinaika (MST) laskettiin, ja keskimääräinen aika on esitetty, jolloin keskimääräinen aika ei voitu laskea. Coxin suhteellisten riskien mallia tehtiin arvioimaan hazard ratio (t) ja niiden 95% luottamuksellisia välein (CI) OS.

P

arvo heterogeenisuus testin perustui χ

2-pohjainen Q test. Tilastollinen teho laskettiin käyttämällä PS Software (https://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize). Studentin t-testiä käytettiin vertaamaan eroja tasojen lusiferaasireportterigeenin ilmentymisen. Jakauma IHC ilmaisun laadut kunkin

SET8

genotyyppi verrattiin käyttäen χ

2 testiä. Kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen SPSS 18.0 ohjelmistolla (SPSS Inc.), ja

P

0,05 vuonna kahden puolen koe pidettiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

ominaisuudet tutkimuspopulaation

demografisia ominaisuuksia ja kliiniset tiedot potilaiden ja yhdistyksen OS on esitetty taulukossa 1. mediaani ikä diagnoosin oli 60 vuotta (vaihteluväli, 29-86), ja oli 380 urosta (66,0%) ja 267 tupakoitsijoita (46,4%). Näistä potilaista 381 (66,2%) oli adenokarsinoomat, 166 (28,8%) oli okasolukarsinoomia, ja toiset (29 potilasta, 5,0%) oli suuri solu, erilaistumaton ja mixed-cell karsinoomat. Aikana seuranta-ajan, 206 potilasta kuoli NSCLC. Tupakointi tila, kliinisessä vaiheessa ja leikkaus, mutta ei kemoterapiaa tai täsmähoitoihin tila, liittyivät merkittävästi elinaika (kaikki log-rank P 0,001). Mielenkiintoista, diabetes (MST 54,9 kuukautta) oli 42% merkittävästi vähentynyt kuoleman riskiä (HR = 0,58, 95% CI: 0,35-0,97), verrattuna ilman diabetesta (MST 42,0 kuukautta).

vaikutus SET8 3’UTR rs16917496 T C polymorfismi on NSCLC Survival

genotyyppi taajuudet rs16917496 oli Hardy-Weinberg tasapaino (

P

= 0,272). Yhdenmukaisia ​​aiempien raporttien C-alleelin havaittiin olevan vähäinen taajuus alleelin [21], [35], [36], [37]. Log-rank-testi havaitsi merkittävää assosiaatiosta rs16917496 NSCLC selviytymistä eri geneettisten mallien (

P

= 0,006, 0,031 ja 0,003 varten codominant malli, hallitseva malli ja väistyvä malli, vastaavasti. Kuvio 2A). Potilaat kuljettavat rs16917496 CC genotyyppi oli parannettu käyttöjärjestelmä verrattuna niihin, joilla TT-genotyyppi (58,0 vs. 41,0 kuukautta, HR = 0,44, 95% CI: +0,26-+0,74). Univariate Coxin regressioanalyysi osoitti, että tämä SNP oli merkittävä prognostinen markkeri NSCLC (määräävä malli: HR = 0,74, 95% CI: 0,56-0,98; väistyvä malli: HR = 0,47, 95% CI: 0,28-0,79) (taulukko 1) . Yhdistyksen edelleen merkittäviä jälkeen ikä-, sukupuoli, tupakointi, diabetes, histologia, kliinisessä vaiheessa, leikkaus ja hoito tila (hallitseva malli: HR = 0,70, 95% CI: 0,53-0,92). Lisäksi tutkimus teho 91,7% (kaksipuolinen testi, α = 0,05) on saavutettu havaitsemaan HR 0,70 varten C-alleelin genotyyppien hallitseva mallissa.

(A)

SET

8 rs16917496 genotyypin ja NSCLC eloonjäämisen (log-rank

P

= 0,006) on codominant malli. (B) Kaplan-Meier tontit selviytymistä yhdistelmä

SET8

genotyypit ja tupakointi tilaansa NSCLC eloonjäämisen (log-rank

P

0,001). 0, potilailla, joilla on yhteinen genotyyppi (TT) ja koskaan tupakointi; 1, joilla variantti genotyyppiä (CT tai CC) ja koskaan tupakointi; 2, joilla on yhteinen genotyypin mutta ilman tupakointi; 3, joilla on muunnos genotyyppiä ja ilman tupakointia. (C) heikkoa ilmentymistä; (D) voimakkaaseen ilmentymiseen. Solut, joissa ruskea-värjätty ydin pidetään positiivisina. Alkuperäinen suurennus: × 200. NSCLC, ei-pienisoluinen keuhkosyöpä.

Jotta löydetään riippumaton ennustetekijät, me edelleen ei Monimuuttuja portaittain Coxin regressioanalyysi valittujen demografisia ominaisuuksia, kliiniset piirteet ja SET8 genotyypin NSCLC selviytymistä. Tulokset osoittivat, että

SET8

rs16917496 polymorfismi (

P

= 0,014) oli pysynyt lopullisessa ennustemallien yhdessä tupakointistatus, diabetes ja leikkaus (

P

= 0,006, 0,018 ja 0,001, vastaavasti) (taulukko 2).

ositus ja Vuorovaikutusanalyysi

välinen yhteys

SET8

rs16917496 polymorfismi ja NSCLC eloonjääminen edelleen arvioitiin ositettu analyysi tupakointistatus, diabetes, histologia, kliinisessä vaiheessa, leikkaus, kemoterapiaa ja täsmähoitoihin tila. Kuten taulukosta 3, suojaava vaikutus variantti genotyyppien

SET8

rs16917496 oli huomattavampi tupakoimattomia (oikaistu HR = 0,54, 95% CI: +0,35-+0,83), potilaat ilman diabetesta (oikaistu HR = 0,70 , 95% CI: +0,53-0,94), potilailla, jotka saivat kemoterapiaa (oikaistu HR = 0,69, 95% CI: ,51-0,92), mutta ei täsmähoitoihin (oikaistu HR = 0,52, 95% CI: +0,24-+1,02). Heterogeenisuus testi osoitti, että heterogeenisuus joka toinen kerrostumissa olivat merkittäviä tupakointi (

P

= 0,016). Siksi geeni-tupakointi vuorovaikutus analyysi suoritettiin (taulukko 4), ja siellä oli tilastollisesti merkitsevä kerrannaisvaikutukset vuorovaikutusta genotyypin rs16917496 ja tupakoinnin tilan NSCLC selviytyminen (

P

varten multiplicative vuorovaikutuksen 0,001 ). Verrattuna tupakoitsijoita kanssa rs16917496 TT genotyyppi, tupakoimattomia sertin + CT genotyypit oli huomattavasti vähentynyt kuolemanriski (oikaistu HR = 0,50, 95% CI: 0,25-,64). Kaplan-Meier tontit selviytymistä yhdistelmä

SET8

genotyypit ja tupakointi tilaansa NSCLC-erityisiä eloonjääminen on esitetty kuvassa 2B.

vaikutus SET8 3’UTR rs16917496T C-polymorfismin vaikutus SET8 Expression

rs16917496 T C polymorfismin sijaitsee sitoutumiskohdan miR-502 (kuvio 1A). Kuten ennustaa käyttämällä RNAhybrid [39], miR-502 on suurempi pienin vapaa energia (MFE) C-alleeli (| MFE | = 16,2 kcal /mol) rs16917496 in

SET8

kuin T alleelin (| MFE | = 14,5 kcal /mol). Niinpä me arveltu variantti C-alleeli saattaa johtaa alennettua ilmaus

SET8

seurausta tuotannon miRNA tukahduttamisesta. Tämän hypoteesin testaamiseksi, kaksi lusiferaasireportterigeenillä konstruktit sisälsivät rs16917496 T tai C-alleelin luotiin sen määrittämiseksi, onko tämä SNP voi vaikuttaa geenin ilmentymistä (kuvio 1C). Transkription aktiivisuus reportterigeenin kanssa rs16917496 C alleeli oli merkittävästi pienempi verrattuna T-alleeli, kun kotransfektoidaan kemiallisesti syntetisoituja kypsä miR-502 tulee A549 (

P

0,0001) ja 293T solujen (

P

= 0,002). MIR-502 estäjät voivat merkittävästi kääntää toimintaa reportterigeenin kanssa rs16917496 C-alleelin (

P

0,0001 sekä A549 ja 293T); kuitenkaan ole selvää muutosta havaittiin reportterigeenin T alleelin käsitelty miR-502 estäjät (

P

0,05 molemmille). Yhdessä vahvan vaikutuksen miR-502 moduloiva

SET8

sekä A549- ja 293T-solulinjojen osoitti, että miR-502 on erityisesti sitoutuu 3’UTR

SET8

geeni rs16917496 C-alleeli tukahduttaa ilmaus

SET8

geeni

in vitro

.

Association of SET8 Protein Expression kanssa rs16917496 T C polymorfismi ja NSCLC Survival

Niistä 576 NSCLC verinäytteet, 192 oli riittävät matching formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotetut keuhkosyöpä yksilöitä. Sitten tutkitaan ilmaus aseman SET8 NSCLC ja yhdessä rs16917496 polymorfismi käyttäen immunohistokemia (kuvio 2C ja 2D). SET8 oli hyvin ilmaistu 50,5% keuhkosyöpä kudoksia. Potilaat, joilla on

SET8

CC-genotyyppi oli merkittävästi alhaisempi SET8 ilmaisun kuin ei niitä, joilla on CT tai TT-genotyyppi (

P

= 0,007, taulukko S1), joka vahvisti tulokset lusiferaasireportterigeenin määrityksiä. Nämä tulokset tukivat genotyyppi-fenotyyppi nähden että rs16917496 CC variantti genotyyppi antaa alempaan ilmaus SET8 geenin verrattuna CT tai TT genotyyppejä. Eloonjäämisaste NSCLC potilailla, joilla on matala ja korkea SET8 ekspressiotasot tutkittiin edelleen käyttäen log-rank-testi. Yksilöt, joilla on alhainen SET8 näkyy pidempään OS kuin ne, joilla on korkea SET8 (55,0 vs. 43,1 kuukautta), vaikka ero ei ollut tilastollisesti merkitsevä (

P

= 0,138).

Keskustelu

MikroRNA ovat uusi ei-koodaavat RNA: t, ja on osoitettu olevan tärkeä rooli säätelyssä proteiinia koodaavan geenejä. Kehittyvät tutkimusten mukaan polymorfismit sisällä miRNA-sitoutumiskohdat voivat vaikuttaa miRNA asetuksen kohdistaa geenien ilmentymistä ja näin ollen muuttaa syöpäriskiä ja lopputulos. Esimerkiksi vaihtoehto A alleelin

RAP1A

rs6573 parantaa sitomiskykyä miR-196a, joka johtaa lisääntyneeseen miRNA-välitteinen

RAP1A

repression, ja tämän SNP toimi mahdollisena henkilökohtainen diagnostinen merkkiaine ruokatorven okasolusyöpä [40]. SNP (rs13312986) in miRNA-629 sitoutumiskohta muuttanut

NBS1

ilmaisun ja vaikutti keuhkosyövän riskiä [41]. Alleelivariaatiota of rs3134615 saattaisi tuhota kapasiteetti miR-1827 säädellä

MYCL1

ilmaisun ja tämä variantti on esiintynyt vähäistä keuhkosyöpä riski [42]. Rs7180135 sijaitsee sisällä miR-197 sitoutumiskohta 3’UTR on

RAD51

, ja pienet alleeli raportoitu liittyvän parannettu syöpää erityisiä selviytymisen virtsarakon syöpäpotilailla [43]. Tässä tutkimuksessa tutkimme SNP MIR-502 sitomiskohta

SET8

3’UTR sen ennusteita liittyvät NSCLC tuloksia. Osoitimme, että rs16917496 T C liittyi NSCLC selviytymisen kiinalaisessa väestöstä. Variantti alleeli C voi pienentää ilmentymisen

SET8

tehostamalla sitomiskapasiteetti miR-502 kohdistaa sivuston 3’UTR

SET8

. CC genotyyppi liittyi heikentynyt SET8 proteiinin ilmentymisen, mikä oli yhdenmukainen aiempien tutkimusten rintasyöpä oli maksasyövän [35], [37]. Lisäksi alhaisempi SET8 liittyivät pidempi eloonjäämisen NSCLC.

SET8 on havaittu olevan yli-ilmentynyt eri kasvainten, mukaan lukien keuhkosyöpä [44]. Funktio SET8 on todennäköisesti hyvin laaja ja se on liitetty patologisten prosessien, kuten kasvaimien syntyyn. On raportoitu, että SET8 tarvitaan normaaliin S-vaiheen etenemisen [26], [29], on mukana transkription säätelyyn [24], [25], genomin replikaatio ja vakaus [26], [27], [28] ja moduloi proapaptotic ja solusyklin pidätyksen toiminnot [30], [31], [33]. SET8 on hyvin määritelty toiminto TP53-reitin monomethylating p53 lysiinin 382 ja tukahduttamalla p53-välitteisen transkription aktivoitumisen kohdegeenien [33]. Merkittävin tehtävä SET8 on modulaatio kromatiinin dynamiikan kuin histoni modifioivaa entsyymiä [45]. Se on vakiintunut, että epigeneettiset korjauksilla histoni koodin edistää aloittamisen useiden maligniteettien, kuten lymfoomat, okasolusyöpä ja peräsuolen adenokarsinooma [46], [47]. Nämä epigeneettiset muutokset näkyvät varhaisessa vaiheessa syövän synnyn ja kertyy etenemisen [47]. Äskettäin Takawa et ai. [44] paljasti funktio SET8 lysiiniä metylaation ei-histoni proteiinin PCNA, mitkä toiminnot liittyvät elintärkeitä solujen prosesseihin. SET8 on havaittu edistävän karsinogeneesi purkamalla PCNA ilme. Samaan aikaan uusi rooli SET8 kasvaimen invaasion ja metastaasin perustettiin Yang et al. [34]. He osoittivat, että SET8 edistää epiteelin-mesenkymaalitransitioon (EMT) ja parantaa invasiivisen kapasiteetti rintasyövän solujen kautta toiminnallinen riippuvuussuhteessa transkriptiotekijän TWIST ja kautta dual chromatin remodeling aktiivisuutta. Yhdessä SET8 tärkeä rooli kehityksen ja etenemisen syövän.

Ilmaisu tila ja toiminta roolia miR-502 keuhkosyöpää ei juuri tunneta. Kuitenkin miR-502 havaittiin vaimentua paksusuolen syövän yksilöiden verrattuna pariksi normaalin kontrollinäytteistä. Ektooppinen ilmentyminen miR-502 inhiboi autophagy, solujen kasvuun ja solusyklin etenemisen paksusuolen syövän soluja in vitro. MiR-502 esti myös paksusuolen syövän kasvua hiiren tuumoriksenografteja malli [48]. MIR-502 sitoutumiskohta SNP rs16917496 3’UTR on

SET8

, ensin tunnistaa Yu et al. [21], on raportoitu edistää alttiutta rintasyövän ja munasarjasyövän [35], [36], ja kliininen tulos pienisoluisen keuhkosyövän ja maksasyövän [37], [49]. Mukaan

in silico

analyysin avulla RNAhybrid tietokanta, miR-502 ennustetaan voimakkaasti sitoutua kohdepaikkaan on

SET8

kätkeminen C-alleelin rs16917496. Lusiferaasi määritys osoitti, että transkriptio aktiivisuus reportterigeenin kanssa rs16917496 C-alleeli pieneni merkitsevästi kuin T alleelin. Vaimentua taso SET8 saattaisi johtaa estäjä kasvaimien syntyyn ja etenemiseen. Tämä oli sopusoinnussa yhdistyksen tuloksia, että C-alleelin rs16917496 liittyi parempaan ennusteeseen NSCLC. Syvällisempää toiminnallisia tutkimuksia edellytetään paljastaa tarkkaa mekanismia variantin.

On hyvin tutkittu, että tupakointi on vahva riskitekijä keuhkosyövän. Olemme myös huomanneet sen olevan epäsuotuisa ennustetekijä varten pienisoluista keuhkosyöpää. Syöpää savukkeiden voi aiheuttaa DNA-vaurioita, mikä voi johtaa yli-ilmentymisen p53 ensisijainen keuhkosyövän [50] ja downregulation SET8 ilmaisun [33]. SET8 moduloi p53 ilmentymistä metyloimalla p53 lysiinin 382. ehtyminen SET8 augments proapoptoottiset ja Checkpoint aktivaatiofunktioita p53 [33]. Samaan aikaan rs16917496 C-alleeli voi vähentää ilmentymistä

SET8

tehostamalla sitomiskapasiteetti miR-502 kohdistaa 3’UTR

SET8

. Esillä olevassa tutkimuksessa merkittävä yhteisvaikutuksia ei havaittu rs16917496 ja tupakoinnista. Savuttomia potilailla, joilla on vähintään yksi C-alleelin rs16917496 on huomattavasti pidempi OS kuin tupakoitsijoita tai joilla on TT genotyyppiä. On uskottavaa, että geneettinen vaihtelut

SET8

geeni voi muuttaa kehittymistä keuhkosyövän välittämän tupakoinnin tila.

Lisäksi, jäi vielä joitakin rajoituksia tässä tutkimuksessa. Ensinnäkin vain yksi potentiaalinen funktionaalinen SNP on

SET8

geeniä tutkittiin, joka ei kata kaikkia variantteja

SET8

ja rajoitettu edelleen haplotyyppianalyysissä. Toiseksi, meidän tutkimus perustuu suhteelliseen pieni otoskoko. Vaikka havaitsimme merkittävää yhdistyksen välillä rs16917496 polymorfismin ja NSCLC selviytymisen ja yhteisvaikutus välinen SNP ja tupakoinnista. Biologiset analyysit ovat osoittaneet, että rs16917496 on biologinen toiminnallinen. Siksi tukenut että katsoessaan, että rs16917496 CC variantti genotyyppi liittyy pienempi riski kuoleman NSCLC on todennäköisesti saavuteta sattumalta.

Yhteenvetona vahvisti, että

SET8

3 ’ UTR rs16917496 T C polymorfismi voisi ennustaa NSCLC potilaiden selviytymisen kiinalaisessa väestöstä. Funktionaalinen määritys viittasi siihen, että geneettinen vaihtelu rs16917496 MIR-502 sitoutumiskohta voi muuttaa NSCLC tuloksen kautta ekspressiota sääteleviä

SET8

. Havainnot korostaa entisestään, että polymorfismit miRNA-sitoutumiskohdat voi olla tärkeä rooli keuhkosyövän ja saattaa vaikuttaa potilaan kliiniseen tulokseen.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Korrelaatio rs16917496 genotyypin ja SET8 ekspressiotaso.

doi: 10,1371 /journal.pone.0077024.s001

(DOC) B