Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

latinot ovat tunnetusti erittäin monipuolinen ja geneettisesti sekoitetaan etnisen ryhmän. Puute menetelmiä kontrolloimiseksi etnisyyden ja tuntemattoman sekoittumisen monimutkaisissa tutkimuksessa populaatioissa latinot on jättänyt aukon ymmärtämään tietyissä syövän eroja kysymyksiä. Ilmaantuvuusluvut suun ja nielun syöpä (OPC) Puerto Rico ovat korkeimpia läntisellä pallonpuoliskolla. Olemme tehty epidemiologista tutkimusta tutkimaan riskejä ja suojaavia tekijöitä, lisäksi mahdolliset perinnöllinen alttius komponentit, suun syöpä ja precancer Puerto Rico.

Menetelmät /Principal Havainnot

Rekrytoimme 310 Puerto Rico asukkaat, jotka oli diagnosoitu joko tapahtuman suun okasolusyöpä, suun precancer tai hyvänlaatuinen suullinen kunnossa. Osallistujat suorittanut henkilökohtaista haastattelussa ja vaikutti poskeen solujen DNA: n eristämiseksi. ABI Biosystem Taqman ™ alukesarjoista käytettiin genotyypin 12 syntyperää informatiivinen markkereita (tavoitteet). Ancestral ryhmä arviot luotiin käyttäen suurimman uskottavuuden estimointi ohjelmisto (LEADMIX), ja lisäksi pääkomponenttianalyysi tehtiin havaita väestön päin. Käytimme ehdoton logistista regressiota vaikutuksen arvioimiseksi Syntyperän riskin on diagnosoitu joko suullisen syöpä tai precancer kontrolloimalla muita mahdollisia sekoittavien tekijöiden. Suurimman uskottavuuden arviot osoittivat, että tutkimuksen osanottajat oli ryhmä keskimääräinen syntyperä osuus 69,9% Euroopan, 24,5% Afrikkalainen, ja 5,7% havaittavissa intiaani. Afrikkalainen ja alkuperäiskansojen amerikkalainen ryhmä arviot olivat merkittävästi suuremmat. Kumpikaan Itseidentifioituneempana kansallisuus eikä syntyperä markkereita osoitti merkittäviä assosiaatioita suusyövän /precancer riskiä tutkimuksessamme.

Johtopäätökset /merkitys

soveltaminen syntyperää informatiivinen markkereita (tavoitteet), suunniteltu erityisesti latinot, ei osoita piilopopulaatioksi alusrakenne on läsnä perustuvat näytteenotto- ja tarjoaa toteuttamiskelpoisen lähestymistavan arvioinnista ja valvonnasta syntyperä tulevissa tutkimuksissa, joissa Hispanic väestölle.

Citation: Erdei E, Sheng H, Maestas E, Mackey A, White KA, Li L, et ai. (2011) Self-Raportoitu Alkuperä ja geeniperimästä sijoittaminen suhteessa Suusyöpä ja Pre-Cancer Puerto Rico. PLoS ONE 6 (8): e23950. doi: 10,1371 /journal.pone.0023950

Editor: Zheng Su, Genentech Inc., Yhdysvallat

vastaanotettu: 30 huhtikuu 2011; Hyväksytty: 28 heinäkuu 2011; Julkaistu: 29 elokuu 2011

Copyright: © 2011 Erdei et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Hanke rahoittivat National Institutes of Health apurahan 5U54DE014257. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

mukaan 2000 Yhdysvallat Väestölaskentatiedot, 80,5 prosenttia Puerto Ricans pitivät itseään White, ja 19,5 prosenttia ilmoitti Non-White; 8,0 prosenttia väitti Afrikkalainen alkuperää (luultavasti Länsi-Afrikkalainen esi ryhmien, kuten Ibo ja jorubat), ja vain 0,4 prosenttia Census vastaajista pitivät itseään jälkeläiset Puertoricolaiset Tainos [1]. Tainos olivat intiaani heimon jonka jäsenet asutuilla saaren ennen historiallisen Hispanic vaikutus [2] – [3].

On dokumentoitu, että koko ajan Espanjan imperiumin, Puerto Ricans elivät eristetyllä sosiaalinen rakenne, joka oli rakennelma rajoitettu sekoittumisen kolmesta tärkeimmästä esi väestöryhmissä [2] – [3]. Olemassaolo näiden sosiaalisten rakenteiden äskettäin tutkinut nykyaikaisen genomista testitekniikkaa keskuudessa terve Puerto Ricans [4].

esiintymistiheys suun ja nielun syöpä (OPC) Puerto Rico ovat korkeimpia läntisellä pallonpuoliskolla [ ,,,0],5] – [9]. Edelleen, etninen ja alueelliset erot on raportoitu joka OPC ilmaantuvuus ja kuolleisuus on huomattavasti yleisempää latinalaisamerikkalainen miehet elävät New York State kuin yhdysvaltalaisten latinalaisamerikkalainen miehillä kokonaisuutena [10]. Mahdollinen yhteys esi geneettiset tekijät ja epidemiologisen todisteita OPC riski latinalaisamerikkalaisten keskuudessa ei ole tutkittu aikaisemmin.

käyttö esi informatiivinen merkkiaineiden avulla pyritään tunnistamaan geneettisen kuvioita liittyy väestön apurakenteiden voidaan tutkia, kuten markkerit liittyvät riski suun okasolusyöpä tai siihen liittyvä syöpää edeltävät leesiot. Tutkia riski- ja suojaavien tekijöiden joukossa yleisyys väestöä Puerto Rico Suoritimme tutkimuksemme tukevat Yhdysvaltain National Institutes of Health. Yksi tärkeimmistä tavoitteista tutkimushankkeen oli tunnistaa geneettinen alttius tekijät vaikuttavat etnografinen erot Puertoricolaiset väestöstä.

Tavoitteena Tämän analyysin oli tehdä yhteenveto assosiaatioita etnisyys ja riski sekä suun syöpää edeltävät vauriot ja okasolusyöpä osallistujien meidän epidemiologisen tutkimuksen Puerto Rico.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics selvitys

tutkimushankkeen hyväksyi Institutional Review Boards yliopiston Puerto Rico, Medical Sciences Campus; New York University ja University of New Mexico.

Tutkittavat

Kolmesataa ja kymmenen osallistujaa diagnosoitu joko hyvänlaatuinen suullinen ehto, suun liikasarveistuminen tai epiteelin liikakasvu (HK /EH), suun epiteelin dysplasia (OED) tai suun kautta okasolusyöpä [keski-ikä: 59,13 (SD ± 12,75) vuotta] otettiin 6 patologian laboratorioiden Puerto Rico (katso taulukko 1). Osallistujat säädetty kirjallinen suostumus on osa tutkimushanketta ja lahjoitti biologiset näytteet DNA: n eristämiseksi. He myös antoivat luvan tarkistamaan suullisen kudosbiopsia- materiaaleja ja vastaavia H muu sairaus diagnoosit eivät osoittaneet merkittävää aggregaatiota tai merkittävää poikkeamaa etnisyys.

Suurin todennäköisyys arvioiden laskettu LEADMIX ohjelmisto osoitti, että tutkimuksemme osallistujat oli ryhmä keskimäärin 69,89% Euroopan, 24.45% Afrikkalainen, ja 5,66% havaittavissa intiaani syntyperä panos.

Kun tarkasteltiin yksitellen vanhempien alleelifrekvenssien tavoitteena keskuudessa TET, alleelifrekvenssien olivat merkittävästi erilaisia ​​Puerto Ricon TET verrattuna vanhempien ryhmiin eurooppalaisten, afrikkalaisten ja alkuperäiskansojen amerikkalaiset ; Emme kuitenkaan ei havaittu mitään syntyperä markkereita, jotka selittävät merkittävän osan jonkin sairauden diagnooseista (taulukko 3).

Käyttämällä pääkomponenttianalyysi (PCA) havaitsemiseksi etnisten alaryhmien sisäpuolella otosryhmästä, emme tunnistamaan syntyperän merkki, joka osoitti tilastollisesti merkittävästi taustalla väestön alusrakenteeseen.

Ehdoton useita logistisia mallinnusta käytettiin vaikutuksen arvioimiseksi 12 syntyperä markkereita ja kunkin tärkeimmän vanhempien ryhmien (White eurooppalainen, musta, ja alkuperäiskansojen amerikkalaiset) on vaarassa diagnosoitu joko suullisen syöpä tai precancer (suhteessa, että hyvänlaatuisen suullinen ehto) samalla hallita muita mahdollisia sekoittavien tekijöiden, kuten ikä, sukupuoli, koulutus, tupakointi, ja alkoholin kulutusta. Kussakin tapauksessa arvioitu kertoimet suhteet olivat suhteellisen heikkoja ja yhtään tilastollisesti merkitsevästi (taulukko 4).

Keskustelu

väestö Puerto Rico on historiallisesti ja antropologisesti sekoitettiin ja erillisiä at samalla mikä tarjoaa mahdollisuuden tutkia, onko taustalla, huomaamatta väestö alusrakenne voi vaikuttaa riskiä suun syöpä tai ennalta syöpä saarella. Tämä analyysi toimii perustan edelleen geneettinen alttius tutkimusta variantit mukaan lukien immuunijärjestelmän geenit ja tärkeä kandidaattigeenit liittyvät metastaattista potentiaalia suusyöpää.

Yhtään 12 genotyyppi syntyperä markkereita osoitti väestö alusrakenne osallistujien kesken; kuitenkin, taajuudet olivat osoitus sekoitettuna kannan tilaan, toteamus vahvistettiin lisäksi meidän Ryhmäkohtaisten suurimman uskottavuuden arvioihin. Tutkimuksemme kirjoilla tapauksissa (ts henkilöt diagnosoitu suullinen precancer tai syöpä) ja valvonta (henkilöt diagnosoidaan hyvänlaatuinen suullinen ehto) osallistumalla patologian laboratorioissa saarella Puerto Rico. Vaikka emme koske väestöpohjaisen rekrytointiprosessin, meidän havaita suurimman uskottavuuden arviot olivat vielä hyvin lähellä tunnettua Euroopan osuus väestöstä (80,5% vuonna 2000 vuotta Census vs. 69,9%) ja sopusoinnussa sen kanssa, että ihmiset Pyreneiden niemimaalla alkoi asuttaa Puerto Rico alusta 1500-luvun alussa [2]. Uusi 2010 US Census tiedot osoittavat jopa lähempänä arvioita kuin vähentynyt prosentteina Puerto Ricans väittivät, että he olivat valkoisia (75,8%) ja lisääntynyt prosenttiosuus itse raportoitu musta tai Afrikkalainen Amerikan (12,4% vuonna 2010 8% vuonna 2000) [ ,,,0],15].

Ryhmäkohtaisten taajuus Afrikkalainen merkkiaineiden oli merkittävästi korkeampi perustuvat suurimman uskottavuuden estimointi kuin odotettiin perustuvat julkaistuihin 2000 US Census tiedot (24,5% vs. 8%; p 0,0001). Mielenkiintoista, intiaani syntyperä osuus oli paljon suurempi tutkimuksessamme väestöstä kuin minään muuna vastaavana populaation demografiset tiedot osoittaisivat (5,7% vs. 0,4%; p 0,0001). Nämä tulokset osoittavat kohti uusia tapahtumapaikkoja tutkimuksessa kroonisten sairauksien kehityksen joukossa Puerto Ricans sisällyttää antropologisia ja sosiaaliset tekijät.

rajoitukset Tutkimuksen

Tämä tutkimus toteutettiin keskellä muuttuvassa terveydenhuollon asetusten Yhdysvalloissa ja Puerto Rico (ts käyttöönotto HIPAA). Politiikan muutokset ja niihin liittyvät epävarmuustekijät terveydenhuoltoalan ammattilaisten kesken, patologian laboratorioissa, ja yleisö haasteellinen toteuttaa tiedonkeruun ja henkilökohtaiset osanottajien haastattelut ja johti ennakoitua pienemmäksi otoskoko. Lisäksi täytäntöönpanon aikana tutkimuksen, tunnistimme alijäämä havaitsemisessa suun syöpää edeltävät leesiot saarella [16] – [17], joka johti odotettua pienempi ilmoittautuminen henkilöiden määrä diagnosoitu suullinen syövän esiaste (HK /EH ja OED).

Osallistuminen harhaa pienessä tutkimuksessa näytteet on tärkeä huolenaihe molekyyliepidemiologian. Tämän kysymyksen, teimme kaikkemme kontrolloida huomaamatta, mahdollisten alaryhmää, joka olisi aiheuttanut ongelmia, kun diagnostisia ryhmiä analysoitiin. Huomasimme, että tutkimuksen otos edusti koko sekoitetusta väestöstä hyvin. Siitä huolimatta tarvitaan lisää tutkimusta, mieluiten luomalla suurempi, yhdistetyssä latinalaisamerikkalainen kohorttitutkimuksessa, joka olisi suunniteltava vastaamaan, yksityiskohtaisesti, esi maksuja geneettinen alttius suun syöpä, syövän ja muut krooniset sairaudet.

Yhteenvetona olemme huomanneet, että kumpikaan Itseidentifioituneempana kansallisuus eikä syntyperä markkereita osoitti merkittäviä assosiaatioita suusyövän /precancer riskiä tutkimuksessamme.

Lisäksi soveltaminen syntyperä informatiivinen markkereita (tavoitteet), jotka on erityisesti suunniteltu latinot, tarjoaa toteuttamiskelpoisen lähestymistavan arvioinnista ja valvonnasta syntyperä tulevissa tutkimuksissa, joissa Hispanic väestölle.

Kiitokset

Olemme erittäin kiitollisia TET erityisesti niille, jotka menettivät taistelussa suusyöpä mutta olivat valmiita antamaan geneettistä materiaalia omistettu suullisia syöpätutkimukseen.

Olemme kiitollisia kollegansa NYU-UPR RAAHP Oral Cancer Center School of Dentistry, San Juan, Puerto Rico; varsinkin Carmen J. Buxo, MPH, DrPH, Lumarie Cuadrado, B. A., M.S. ja Jennifer Guadalupe Berrios, BS rekrytointi meidän tutkimukseen osallistuneista. Kiitämme kaikkia osallistuvia patologian laboratoriossa henkilöstö noin Puerto Rico diagnostisia tietoja, ja Drs. Ellen Eisenberg ja Stanley Kerpel joka tutki kaikki mikroskooppisen dioja kerätty tutkimuksen aikana.

Tätä työtä ei olisi ollut mahdollista ilman armollinen ja omistettu tukea University of New Mexico Center for Advanced Research Computing, ja yliopisto New Mexico Cancer Center resurssin bioinformatiikan ja laskennallisen biologian. Erityinen kiitos kuuluu Daniel Felker, BS hänen omistautumisestaan ​​ja osaamista meidän supertietokoneiden analyysejä.