Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Genome-laajuinen yhdistys tutkimukset ovat osoittaneet tyypin 2 diabetekseen liittyvä variantit

HNF1B

geeni näytteille vastavuoroisia assosiaatioita eturauhassyövän riskiä. Meidän tavoitteena oli tunnistaa, ovatko nämä vaihtoehdot saattavat olla vaikutusta syöpäriskiin yleensä verrattuna erityinen vaikutus eturauhassyöpään vain.

Menetelmät /Principal Havainnot

yhteistyönä analyysin, keräsimme tietoja GWAS syövän fenotyyppien varten usein raportoitu variantteja

HNF1B

, rs4430796 ja rs7501939, jotka ovat kytkentäepätasapainossa (r

2 = 0,76, HapMap CEU). Kaiken kaikkiaan analyysi sisältyi 16 aineistoja rs4430796 kanssa 19640 syöpätapausta ja 21929 valvontaa; ja 21 aineistoja rs7501939 kanssa 26923 tapauksia ja 49085 valvontaa. Maligniteetit muu kuin eturauhassyöpä mukana peräsuolen syöpä, rintasyöpä, keuhkosyöpä ja haiman syövät, ja melanooma. Meta-analyysi osoitti suuren välillä-aineisto heterogeenisuus, joka johtui erilaisia ​​vaikutuksia eturauhassyövän ja muiden syöpien. Per-T2D riskin-alleelin kertoimet suhde (95%: n luottamusväli) ja rs4430796 oli 0,79 (0,76, 0,83)] per G-alleelin eturauhassyövän (p 10

-15 molemmille); ja 1,03 (0,99, 1,07) kaikille muiden syöpien. Vastaavasti rs7501939 per-T2D riskin-alleelin kertoimet suhde (95% luottamusvälit) oli 0,80 (0,77, 0,83) kohti T alleelin eturauhassyövän (p 10

-15 molemmille); ja 1,00 (0,97, 1,04) kaikille muiden syöpien. Ei maligniteetti muu kuin eturauhassyöpä oli nimellisesti tilastollisesti merkitsevä assosiaatio.

Johtopäätökset /merkitys

tutki

HNF1B

variantteja on erittäin spesifinen vaikutus eturauhassyövän riskiä ilman näkyvää yhdessä minkään muun tutkittu syöpätyyppeihin.

Citation: Elliott KS, Zeggini E, McCarthy MI, Gudmundsson J, Sulem P, Stacey SN, et al. (2010) arviointi ry

HNF1B

vaihtoehdot monipuolista Syövät: Collaborative analysointijärjestelmä 19 genominlaajuisten Association Studies. PLoS ONE 5 (5): e10858. doi: 10,1371 /journal.pone.0010858

Editor: Florian Kronenberg, Innsbruck Medical University, Itävalta

vastaanotettu: 08 huhtikuu 2010; Hyväksytty: 28 huhtikuu 2010; Julkaistu: toukokuu 28, 2010

Copyright: © 2010 Elliott et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: JPAI on rahoitettaviin varten Tufts Clinical and Translational Science Institute ja Center for Genetic Epidemiology and Modeling tukee apurahan UL1 RR025752 National Institutes of Health. KSE tukee Wellcome Trust (WT075491 /Z /04). EZ tukee Wellcome Trust (WT088885 /Z /09 /Z). NH ja SM rahoitettiin Australian National Health ja Medical Research Council (NHMRC) ja National Institutes of Health (avustus R01-CA88363). HG tukee Swedish Cancer Society (Cancerfonden), Swedish Research Council, ja Linneus avustus ”predication ja rintasyövän ehkäisyyn ja eturauhassyövän”. RE ja KM tukevat Cancer Research UK Grant C5047 /A8385; C5047 /A7357, The Institute of Cancer Research ja The Everyman kampanja ja eturauhassyövän Research Foundation. Tekijät myöntävät tukea NIHR on Biomedical Research Centre Institute of Cancer Research ja The Royal Marsden NHS Foundation Trust. DEN, JLD ja FCH haluaa kiittää tukea National Cancer Research Institute (NCRI) muodostuu Department of Health, Medical Research Council ja Cancer Research UK. Eturauhasen testaus Cancer and Treatment (Protect) tutkimuksen rahoittaa Britannian National Institute for Health Research Health Technology Assessment Programme (hankkeet 96/20/06, 96/20/99). NCRI rahoitti nopealla (Prostate mekanismit Progression ja hoito) ja tämä tuki kiittävät. The Cambridge eturauhanen biorepository myös saanut rahoitusta NIHR Comprehensive Biomedical Research Centre Grant. Tämä tuki kiittävät. Näkemykset ja esitetyistä arvioista ovat kirjoittajien eivätkä välttämättä edusta rahoittajatahot. deCODE myöntää avustusta tuki 6. puiteohjelmasta EU: Sopimuksen 018827 (Polygene). Australialainen Melanooma Family Study (AMF: t) tukivat avustusta NHMRC, Cancer Toimikunnat Queenslandin NSW ja Victoria, ja National Institutes of Health apurahan RO1-CA83115 on GenoMEL konsortio. Framingham Heart Study (FHS) Framingham Heart Study of National Heart Lung and Blood Institute of National Institutes of Health ja Boston University School of Medicine tuettiin National Heart, Lung and Blood Institute Framingham Heart Study Sopimus nro N01- HC-25195 ja sen sopimuksen Affymetrix, Inc Genotyyppausanalyysiin palvelujen (sopimus nro N02-HL-6-4278). Analyysit heijastavat henkinen panos ja resurssien kehittämiseen Framingham Heart Study tutkijat osallistuvat SNP Health Association resurssi (osake) projekti. Osa tästä Tutkimus toteutettiin käyttäen Linux Cluster for Genetic Analysis (linga-II) rahoittamaa Robert Dawson Evans Endowment Department of Medicine Bostonin yliopiston lääketieteellisessä ja Boston Medical Center.

Kilpailevat edut : kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

useat epidemiologiset tutkimukset ovat osoittaneet korrelaatioita tyypin 2 diabetes (T2D) ja erilaiset syövät [1], [2] , [3]. Useimmat todisteet viittaavat siihen, käänteinen korrelaatio T2D ja eturauhassyövän [4], [5], [6] eivät kaikki tutkimukset ovat samaa mieltä tässä [7]. Useat tutkimukset viittaavat myös siihen positiivisia korrelaatioita muiden syöpien ja T2D [1], [2], [3]. On epäselvää, onko nämä korrelaatioita, jos totta, edustaa rento suhteet ja ne voivat myös heijastaa joitakin yhteisiä geneettisen taustan. Viime aikoina kynnyksellä genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS), suuri joukko geneettisiä variantteja on tunnistettu, jotka antavat alttius T2D tai erityisiä syöpätyyppien [8]. Mielenkiintoinen havainto on, että tiettyjä muunnelmia

HNF1B

geeni (ent

TCF2

) on osoitettu olevan yhteydessä sekä riski eturauhassyövän [9], [10], [ ,,,0],11] ja riski T2D [9], [12] kanssa vaikutukset ovat vastakkaiseen suuntaan näiden kahden fenotyyppien.

HNF1B

aiemmin tiedettiin mutatoitunut yksilöiden juoksuaika -onset diabetes nuoren tyypin 5 (MODY 5) [13], mutta biologinen selitys vaikutuksista tunnistettu yhteisen muunnelma T2D ja eturauhassyövän riskiä edelleen heikko. Tunnistetut geneettiset vaikutukset ovat pieniä suuruudeltaan jopa eturauhassyövän ja T2D, jotka edustavat kertoimet suhdeluvut [syrjäisimpien] kohti alleeli välillä 1,2 [9], [11] ja 0,9 [9], [12], vastaavasti. Siksi pienet vaikutukset muihin syöpätyyppeihin ei olisi helposti havaittavissa, ellei suuri tutkittu tai tietoja yhdistettiin useista tutkimuksista.

lopullista vastausta siitä,

HNF1B

variantit moduloida myös vaaraa muiden pahanlaatuisten kasvainten tai osoittavat spesifisyyttä eturauhassyövän, vaatii suuria otoskokoja. Tässä esittelemme tulokset suuri yhteistyönä meta-analyysi

HNF1B

, rs4430796 ja rs7501939, joka on parhaiten yhteen yhdistysten sekä eturauhassyövän ja T2D. Asiaankuuluvat tiedot kerättiin kahden muunnokset GWAS syövästä fenotyyppejä valkoihoinen väestö tutkiakseen onko niillä vaikutusta syöpäriskiin yleensä, on muutamia tiettyjen syöpien, tai vain eturauhassyöpään.

Tulokset

Tietokanta osaltaan tietojen

Kaikki alunperin yhteyttä tutkijat syöpään liittyvien GWA tutkimukset suostui osallistumaan tähän yhteistyöhön analyysin lukuun ottamatta tutkijat 3 GWA tutkimuksia [14], [15 ], [16] (1 rintasyövästä, 1 peräsuolen syöpä ja 1 neuroblastooma), jonka 1 ei ollut tietoa pyydetyn variantteja, koska he olivat käyttäneet Affymetrix alusta [15]. Tutkijat jotka suostuivat osallistumaan yhteistyöhön analyysi vaikutti tietoja 13 tietokokonaisuuksien rs4430796 ja 19 tietokokonaisuuksien rs7501939 [11], [17], [18], [19], [20], [21], [22], [ ,,,0],23], [24], [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31], [32], [33]. 5 aineistoja, oli saatavilla vain jälkimmäisen polymorfismin joko siksi, että polymorfismi ei ollut saatavilla lavalla käytetty tai SNP epäonnistunut laadunvalvontakriteerit.

edistää joukkueiden ja aineistot on esitetty taulukossa 1, jossa tiedot tapausten määrä ja säädöt kaikille polymorfismin ja kunkin syöpä. Aineistoja Framingham kohortin sisälsi laskennalliset tiedot sekä polymorfismien koska Affymetrix alusta oli käytetty, rs4430796 dataa MD Anderson Cancer Center luettiin koska tämä SNP ei ollut suoraan genotyyppi, ja melanooma tietoja AMF: t ja Q-MEGA sisälsi lukemien yhdistämällä kokeissa muuten kaikki muut aineistot oli suoraan genotyypityksen yksittäisiä osallistujia. Yksityiskohtainen demografiset ja muut ominaisuudet Tutkimuksen populaatioiden löytyvät kunkin ensisijaisen julkaisuista näiden GWA tutkimuksista [14], [15], [16], [17], [18], [20], [21], [ ,,,0],22], [23], [24], [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31], [32], [34].

Kaiken yhteistyöhön analyysi sisältyi tietoja rs4430796 varten 19640 syöpätapausta ja 21929 valvontaa; eturauhasen syöpä oli 11145 tapauksissa ja 9650 tarkastuksia, kun taas kaikkien muiden syöpien oli 8495 tapauksia ja 12279 valvontaa. Kerätyt tiedot koskevat rs7501939 mukana 26923 tapauksia ja 49085 valvontaa; eturauhasen syöpä oli 12898 tapausta ja 40371 valvontaa, kun taas muiden syöpien oli 14025 tapausta ja 43893 valvontaa. Maligniteetit muut kuin eturauhassyöpä näissä aineistot sisälsivät peräsuolen syöpä, rintasyöpä, keuhkosyöpä ja haiman syövät, ja melanooma (taulukko 1). deCODE osaltaan tietoja 4 eri syöpien ja oli yhteinen väestö kontrolliryhmässä kaikki 4 niistä. Framingham Heart Study (FHS) vaikutti tietoja 4 eri syöpien ja oli yhteinen asukasluku kontrolliryhmään (aiheet ≥65 vuotta viime kontakti jotka eivät ole ydinperhe jäsen syöpätapauksista) kaikkien 4 tutkimuksia lukuun ottamatta eturauhasen ja rintasyöpä joka käyttää miesten ja naisten vain ohjaa vastaavasti. Yhteinen valvonta ryhmät deCODE ja FHS lasketaan vain kerran koko otoskoot yläpuolella.

Meta-analyysi kaikista aineistoja (taulukko 2, kuvio 1) osoitti kohti T2D riski alleeli yhdessä molempien rs4430796 ( G-alleelin OR 0,91 [95% CI: 0,88, 0,94] p = 3 x 10

-10) ja rs7501939 (T-alleelin OR 0,91 [95% CI: 0,88, 0,94] p = 5v10

-10) mukainen kiinteisiin vaikutuksiin laskelmia, kun taas satunnainen vaikutuksia laskelmat oli nimellinen merkitys (OR 0,94 [95% CI: 0,88, 1,00], p = 0,033 varten rs4430796 ja 0,93 [95% CI: 0,86, 1,01], p = 0,07 rs7501939) . Syynä tähän monimuotoisuus on, että oli erittäin suuri Tutkimusten välisten heterogeenisuus vaikutuksen kokoa (I

2 82% [95% CI: 73-89%] ja 80% [95% CI: 70-86% ] vastaavasti kahden polymorfismien, Q-testi p-arvo 0,001 molemmille polymorfismien), ja tämä tekee kiinteiden vaikutusten laskelmien vähemmän luotettavia. Tulokset olivat laadullisesti samanlainen kun lisäsimme varianssi deCODE, FHS, ja IARC arvioi tilille päällekkäiset kontrolliryhmään (ei kuvassa).

Paneeli A esittää tulokset rs4430796 ja paneeli B esittää tuloksia rs7501939. Jokainen tutkimus on osoittanut sen riskisuhde ja 95% luottamusvälit). Eturauhassyöpä Tutkimukset näyttävät päälle ja muiden syöpään tutkimuksissa seurataan aakkosjärjestyksessä. Sillä lyhenteitä nimet tutkimusten katso taulukko 1. Yhteenveto timantti alareunassa vastaa kiinteiden vaikutusten yhteenveto. Paino ilmaistaan ​​se suhteellinen osuus kaikista todisteita löytyy jokaisessa tutkimuksessa (paino on kääntäen verrannollinen varianssi).

heterogeenisuus johtui suurelta osin monimuotoisuuden vaikutus kokoihin eturauhasen syöpä ja muut syövät. Meta-analyysi rajoittuu eturauhassyövän aineistoja antoi johdonmukainen yhdistysten sekä rs4430796 (OR per kopio T2D riskin alleelin (A) 0,79 [95% CI: 0,76, 0,83], p 10

-15 kiinteillä vaikutuksia ja 0,79 [95% CI: 0,74, 0,84] p = 10

-13 satunnainen vaikutukset), ja rs7501939 (OR per kopio T2D riskin alleelin (T) 0,80 [95% CI: 0,77, 0,83] p 10

-15 kiinteillä vaikutuksia ja 0,79 [95% CI: 0,74, 0,85], p = 2 x 10

-11 satunnaisotannalla vaikutukset) (taulukko 2). Oli jonkin verran jäljellä Tutkimusten välisten heterogeenisuus jopa eturauhasen syöpä aineistot (I

2 42% [95% CI: 0-79%] ja 56% [95% CI: 0-82%], vastaavasti, kaksi polymorfismit, Q-testi p-arvo 0,037 ja 0,14, vastaavasti), vaikka heterogeenisuus koski ainoastaan ​​tarkka suuruus geneettisiä vaikutuksia ja nimellisesti tilastollisesti merkitsevä assosiaatio nähtiin kussakin aineistoja paitsi Framingham tutkimuksen, jossa määrä eturauhassyövän tapauksista oli rajoitetumpi.

Käänteisesti tulokset kaikkien muiden syöpien ehdotettu mitään merkittävää yhdistyksen ja tulokset olivat yhdenmukaiset tutkimuksissa. Yhteenvedossa OR oli 1,03 ja 1,00 kahden polymorfismien vastaavasti (p = 0,14 ja 0,81 kiinteän vaikutukset) ja 95% CI ulkopuolelle syrjäisimmille alueille poikkeamasta enemmän kuin 7% null (OR = 1,00) ja rs4430796 ja yli 4% null for rs7501939 (taulukko 2). Q-testi p-arvo oli 0,99 ja 0,45 kahden polymorfismien vastaavasti ja sattumanvaraiset vaikutukset arviot olivat siis samat kiinteiden vaikutusten arvioita.

Myös mitään vakuuttavaa näyttöä yhdistyksen välillä jompikumpi polymorfismien ja Minkä tahansa muiden syöpien (paitsi eturauhassyöpä), kun kukin syöpätyypin arvioitiin erikseen. Piste-estimaatit ovat vastakkaiseen suuntaan (riskisuhde 1,03-1,05) haiman ja keuhkosyöpä, mutta ei nimellisesti tilastollisesti merkittäviä (taulukko 2). Ero eturauhassyövän ja muiden syöpien ”vaikutus arvioiden ylitti mahdollisuus (p 0,05) molemmille polymorfismien.

Keskustelu

Nykyinen yhteistyönä analyysi asiakirjoja, sekä rs4430796 ja rs7501939 on vankka tuki yhdistettäväksi eturauhassyöpä, vaikka emme noudata mitään vakuuttavaa näyttöä yhdistyksen minkään muiden syöpien tutkittu joko polymorfismi. Kun tiedot kaikista muista syövistä, pois lukien eturauhassyöpä, yhdistettiin yhteenvedossa vaikutukset oli 95% CI, että ulkopuolelle jopa hienovarainen yhdistyksiä. Sen lisäksi eturauhassyöpä, kun muut aineistot kunkin syöpätyypin yhdistettiin, 95% CI johdonmukaisesti sulkea pois yhdistysten kanssa vähäinen vaikutus. Tämä viittaisi siihen, että vaikutukset välittyvät nämä polymorfismit ovat ominaisia ​​T2D ja eturauhassyövän ja ne eivät liity muita syöpätyyppeihin.

HNF1B

geeni koodaa transkriptiotekijän ja se oli alun perin tunnistettu MODY-geenin [13]. Myöhemmät tutkimukset ovat viitanneet siihen, että mutaatiot tässä geenissä voidaan myös liittyvän munuaissairauden [35] ja kromofobista leikettä munuaissolukarsinooma [36]. Ei GWAS arvioidaan munuaissyövän otettiin mukaan analyysimme, eikä munuaissyövän GWAS on julkaistu tasalla. Ilmentymisen profiili geenin osoittaa kudosspesifisiä kuvio. On tärkeää alkioiden selviytymistä ja ilmaistaan ​​suolessa, munuaisissa, maksassa, keuhkoissa, haima-, eturauhas-, kateenkorva ja sukuelinten [37], [38]. Voitaisiin arveltu, että puute yhdessä joidenkin syöpien tutkittu tässä saattaa johtua alhaisesta tai poissa tämän geenin ilmentyminen näissä kudoksissa (esimerkiksi rintasyöpä). Meillä ei ole tietoja maksasyövän, tymoo- tai sukuelinten syöpä, mutta tietoja keuhko-, haima-, paksusuolen ja peräsuolen syöpä ei todettu yhdistys, jossa piste-estimaatit hyvin lähellä nolla.

kaksi vaihtoehtoa, että arvioimme eivät välttämättä ole toiminnallista syypäitä. GWA tutkimukset tyypillisesti johtaa markkereita fenotyypit, jotka voivat liittyä toiminnallisten geneettinen vaihtelu [39]. Kuitenkin tunnistaa toiminnallisia variantteja on vaikeaa. Vaikka ne voidaan tunnistaa, on epätodennäköistä, että olennaisesti suuria geneettisiä vaikutuksia muiden syöpien olisi olemassa, jos koodaus vaihtoehdot ovat niin johdonmukaisesti null vaikutuksia. Toinen ehto on, että me vain tutki väestön valkoihoisia laskeutuminen. Tämä vähentää heterogeenisyys, joka voisi johtua eri LD malleja populaatioissa eri syntyperää. Kuitenkin olisi syytä tutkia yhdistysten

HNF1B

varianteista T2D, eturauhassyöpä, ja muut syövät, myös ei-valkoihoinen väestö. Alustavat tiedot viittaavat siihen, että molemmat tarkastellut vaihtoehdot olivat yhdenmukaisia ​​assosiaatioita T2D valkoihoisilla, Aasian (Hong Kong), ja Länsi-Afrikkalainen syntyperä osallistujaa [9], kun taas yhdistys rs4430796 eturauhassyövän riski havaittiin olevan vielä vahvempi Japani kuin valkoihoisilla väestö [40]. Lisäksi olisi hyödyllistä leikellä assosiaatioita tietyn sairauden alaryhmiä. Jopa analysoidun Kaukasian-syntyperän populaatiot, havaitsimme hienoista Tutkimusten välisten heterogeenisyys vahvuus välisen assosiaation

HNF1B

variantteja ja eturauhassyöpää. Tämä voi johtua eri liittymien eri osa-fenotyyppejä. Esimerkiksi jotkut tiedot viittaavat siihen, että rs4430796 alleelin voi ensisijaisesti lisätä riskiä varhain alkanut ( 50 vuotta) eturauhassyöpä sijaan myöhemmin puhjenneen taudin [41].

Yhteenvetona kun taas kaksi tutki

HNF1B

variantit lopullisesti olla dalmatialaistäpläisiä molemmilla T2D ja eturauhassyövässä pleiotropia ilmeisesti ei ulotu muihin syöpätyyppeihin. Geneettinen vaikutukset voivat tarjota tapa leikellä liitännäissairauksia välillä tiettyjen syöpien ja aineenvaihdunnan fenotyyppejä. Lisäksi

HNF1B

, muut geenilokukset ovat alkaneet näkyä missä variantit tunnistetaan moduloivien alttius sekä T2D ja jotkut maligniteetin, esim. eturauhassyöpä, että

JAZF1

lokuksen geeni [11], [42] ja melanooma varten

CDKN2A

lokus [43], vaikka erilaisia, linkitys variantteja sekaantuneet alttius pahanlaatuisuuden ja T2D, vastaavasti. Selittämisessä vastaaviin dalmatialaistäpläisiä monipuoliseen fenotyypit vaatii erittäin suuria tutkimuksia, koska yleensä vähäisempiä vaikutuksia mukana. Collaborative pyrkimyksiä välillä useita joukkueita, kuten nykyisessä tutkimuksessa, voi tarjota sopivan lähestymistavan vastata tällaisiin kysymyksiin.

Methods

hyväksyttävät GWA tutkimusten ja tietojen

Käytimme NHGRI luettelo julkaistu GWA tutkimusten [44], kattava tietokanta GWA tutkimusten tunnistaa GWA tutkimuksia syövän fenotyyppejä julkaistu 20. toukokuuta 2008. myös suorittaa muita PubMed haun sen selvittämiseksi, onko muita GWA tutkimuksia syövän fenotyypit oli julkaistu vasta sitten. Keskityimme kiinteiden syöpien, lukuun ottamatta hematologisia syöpiä. Koska nämä GWAS ei sisältynyt tutkimuksia haimasyöpä (erityistä etua, kun otetaan huomioon yhdessä T2D), myös tunnistettu GWAS on haimasyöpä, joka ei ollut julkaistu siihen mennessä, jotta varmistetaan niiden sisällyttämistä.

kommunikoivat vastaavien ja tärkeimmille tutkijoille kaikkien näiden tutkimusten pyytämään niiden osallistuminen yhteistyöhön meta-analyysi. Tutkijat Näiden tutkimusten pyydettiin osallistumaan asiaankuuluvien tietojen genotyypin taajuudet syöpätapausta ja ei-syöpä valvontaa varten

HNF1B

variantteja, rs4430796 ja rs7501939. Riski alleelit eturauhasen syöpä ovat A ja C rs4430796 ja rs7501939 vastaavasti. Riski alleelit T2D ovat G ja T for rs4430796 ja rs7501939 vastaavasti. Kaksi SNP on vaatimattomasti korkea LD valkoihoisista, mutta alhainen LD afrikkalaisten (r

2 = 0,77 ja 0,22 CEU ja YRI, vastaavasti). Tutkijat pyydettiin toimittamaan kaikki GWA tietoja, jotka he olivat saaneet arviointiin syöpä fenotyypin, kuten ylimääräisiä julkaisematon aineistoja. Muita genotyypitys kahden tietyn muunnelmien kannusti, kun GWA alusta oli käytetty, joka ei suoraan genotyypin nämä polymorfismit (esim Affymetrix tai Perlegen sijasta Illumina). Kun tutkimus oli tietoa useamman kuin yhden syöpätyypin pyydettiin tietoja, jotka on annettava erikseen jokaisen syövän tyypistä. Tutkijat pyydettiin antamaan myös lisätietoja ja tarkennuksia suunnittelusta opintojen, ja varmistaa, että väestö kerrostuminen ja arvoituksellinen sukulaisuuden oli käsitelty asianmukaisesti ja asianmukaista laadunvalvontaa oli käytettävissä genotyypin. Kaikki GWAS tutkimukset, jotka vaikuttivat tiedot näistä SNP käyttää tiukat QC standardien (kuten kuvataan yksityiskohtaisesti niiden alkuperäisessä julkaisut) ja kaksi SNP täyttäneet näitä vaatimuksia. Hyväksyntää paikallisten institutionaalisten tarkastuslautakunta ja ohjauskomiteoissa saatiin, jotka ovat tarpeen kunkin tutkimuksen sen tutkijat. Panoksena tiedot tarkistettiin täydellisyys ja looginen kyselyt ja puuttuvat tai epäselvät tiedon kirkastettiin kautta yhteydenpito edistää tutkijoiden.

Meta-analyysi

Kunkin SNP, suoritimme meta-analyysit mukaan lukien tiedot kaikista hyväksyttävistä syöpään tutkimukset (riippumatta erityisten syövän fenotyyppi osoitettu) sekä alaryhmään meta-analyysit, joissa kukin alaryhmä rajoitettu tutkimuksilla esiin tiettyyn syöpään fenotyypin. Erillinen analyysi vertasi yhdistyksen eturauhassyövän vs. yhdistyksen kaikkien muiden syöpien yhdistettynä.

Kaikki analyysit seurasi per alleelin (log-lisäaine) malli perintö voimaan koot ilmaistaan ​​kertoimet suhde ( OR) mittakaavassa käyttämällä sekä kiinteän ja sattumanvaraiset vaikutukset malleja [45]. Heterogeenisyys testaus käyttänyt Q tilastollinen (pidettiin tilastollisesti merkitsevä p 0,10), ja I

2 metrinen [46] ja sen 95% CI [47]. Analyysit ilman tietoa tutkimuksista poolatuilla genotyypityksen saatiin samanlaisia ​​tuloksia (ei esitetty).

Perustuu kertynyt koko otoksen koosta ja koska pienet alleeli taajuuksilla nämä kaksi polymorfismien HapMap CEU (47% for rs4430796 alleelin ja 47% for rs7501939 T-alleelin), meta-analyysissä oli 95% tai suurempi voima havaita yhdistyksen OR = 1,10 at alpha = 0.05 kanssa molempien polymorfismien yleisen syöpäriskin, eturauhassyövän riskiä, ​​tai muita syöpäriskiä. Raportoitu p-arvot ovat kaksisuuntaisia. Analyysit tehtiin STATA 10,0 (College Station, Texas).

Kiitokset

Australian Melanooma Family Study tutkijat: Graham J Mann

1, John L Hopper

2, Joanne F Aitken

3, Richard F Kefford

1, Graham G Giles

4, Bruce K Armstrong

5.

1Westmead Institute of Cancer Research, University of Sydney Westmead Millennium Institute ja Melanooma Institute Australia, Westmead, New South Wales, Australia.

2Centre for Molecular, ympäristö-, Genetic ja Analytic epidemiologia, School of Population Health, University of Melbourne, Melbourne, Victoria, Australia.

3Viertel Centre for Research Cancer ohjaus, The Cancer neuvosto Queensland, Brisbane, Queensland, Australia.

4Cancer Epidemiology Centre, The Cancer neuvosto Victoria, Carlton, Victoria, Australia.

5School of Public Health, University of Sydney, New South Wales, Australia.

PanScan Consortium: Gloria M. Petersen *

1, Laufey Amundadottir *

2,3, Charles S. Fuchs *

4,5, Peter Kraft *

6,7, Rachael Z. Stolzenberg-Solomon *

3, Kevin B. Jacobs

3,8,9, Alan A. Arslan

10,11,12, H. Bas Bueno de Mesquita

13, Steven Gallinger

14, Myron Gross

15, Kathy Helzlsouer

16, Elizabeth A. Holly

17, Eric J. Jacobs

18, Alison P. Klein

19,20, Andrea LaCroix

21, Donghui Li

22, Margaret T. Mandelson

21,23, Sara H. Olson

24, Harvey A. Risch

25, Wei Zheng

26, Demetrius Albanes

3, William R. Bamlet

1, Christine D. Berg

27, Marie-Christine Boutron- Ruault

28, Julie E. Buring

29,30, Paige M. Bracci

17, Federico Canzian

31, Sandra clipp

32, Michelle Cotterchio

33, Mariza de Andrade

1, Eric J. Duell

34, J. Michael Gaziano

35,36, Edward L. Giovannuccin

5,6,37, Michael Goggins

38, Göran Hallmans

39, Susan E. Hankinson

5,6, Manal Hassan

22, Barbara Howard

40, David J. Hunter

5,6, Amy Hutchinson

3,8, Mazda Jenab

34, Rudolf Kaaks

31, Charles Kooperberg

21, Vittorio Krogh

41, Robert C. Kurtz

42, Shannon M. Lynch

3, Robert R. McWilliams

1, Julie B. Mendelsohn

3, Dominique S. Michaud

6,43, Hemang Parikhin

2,3, Alpa V. Patel

18, Petra HM Peeters

43,44, Aleksandar Rajković

45, Elio Riboli

43, Laudina Rodriguez

46, Daniela Seminara

47, Xiao-Ou Shu

26, Gilles Thomas

3,48, Anne Tjønneland

49, Geoffrey S. Tobias

3, Dimitrios Trichopoulos

6,50, Stephen K. Van Den Eeden

51, Jarmo Virtamo

52, Jean Wactawski- Wende

53, Zhaoming Wang

3,8, Brian M. Wolpin

4,5, Herbert Yu

25, Kai Yu

3, Anne Zeleniuch-Jacquotte

11,12 Joseph F. Fraumeni, Jr.

3, Robert N. Hoover *

3, Patricia Hartge *

3, Stephen J. Chanock *

2,3.

1Department of Health Sciences Research, College of Medicine, Mayo Clinic, Rochester, MN, Yhdysvallat.

2Laboratory of translationaalisen Genomics, Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Department of Health and Human Services, Bethesda, MD, USA.

3Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Department Health and Human Services, Bethesda, MD, USA.

4Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA.

5Channing Laboratory, Department of Medicine, Brigham and Women n sairaala, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.

6Department of Epidemiology, Harvard School of Public Health, Boston, MA, USA.

7Department of Biostatistiikka, Harvard School of Public Health, Boston, MA, USA.

8Core genotyypin Facility, SAIC-Frederick Inc., NCI-Frederick, Frederick, MD, USA.

9Bioinformed Consulting Services, Gaithersburg, MD, Yhdysvallat.

10Department Naistenklinikka, New York University School of Medicine, New York, NY, USA.

11Department of Environmental Medicine, New York University School of Medicine, New York, NY, USA.

12New York University Cancer Institute, New York, NY, USA.

13National kansanterveys-, ympäristö (RIVM), Bilthoven, Alankomaat ja Department of Gastroenterology ja Hepatology, University Medical Centre Utrecht, Utrecht, The Netherlands.

14Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, Toronto, Ontario, Canada.

15Department laboratoriolääketieteen /Pathology, School of Medicine, University of Minnesota, Minneapolis, MN, Yhdysvallat.

16Prevention ja Research Center, Mercy Medical Center, Baltimore, MD, Yhdysvallat.

17Department of Epidemiology Biostatistiikka, University of California San Francisco, San Francisco, CA, USA.

18Department of Epidemiology, American Cancer Society, Atlanta, GA, USA.

19Department of Oncology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, Yhdysvallat.

20Department of Epidemiology, Bloomberg School of Public Health, Sol Goldman Haiman Research Center, The Johns Hopkins Medical toimielimet, Baltimore, MD, Yhdysvallat.

21Division of Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA.

22Department ruuansulatuskanavan Medical Oncology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, Texas, USA.

23Group Health Center for Health Studies, Seattle, WA, USA.

24Department of Epidemiology ja biostatistiikan, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, NY, USA.

25Yale University School of Public Health, New Haven, CT, USA.

26Department of Medicine ja Vanderbilt-Ingram Cancer Center, Vanderbilt University, Nashville, TN, USA.

27Division of Cancer Prevention, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA.

28Inserm, Paris-Sud yliopisto, Institut Gustave-Roussy, Villejuif, Ranska.

29Divisions Ennaltaehkäisevä lääketiede ja vanheneminen, Sisätautien, Brigham and Women n sairaala ja Harvard Medical School, Boston, MA, USA.

30Department avohoidossa Care and Prevention, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.

31German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Saksa.

32Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, George W. Comstock Center for Public Health Research and Prevention, Hagerstown, MD, USA.

33Cancer Care Ontario ja Dalla Lana School of Public Health, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada.

34Catalan syöpäinstituutti (ICO), Barcelona, ​​Espanja.

35Physicians Health Study, Osastot ikääntymisen, Cardiovascular Disease, ja Ennaltaehkäisevä lääketiede, Sisätautien, Brigham and Women n sairaala ja Harvard Medical School, Boston, MA, USA.

36Massachusetts Veterans Epidemiology Research and Information Center, Veterans Affairs Boston Healthcare System, Boston, MA, USA.

37Department of Nutrition, Harvard School of Public Health, Boston, MA, USA.

38Departments of Oncology, patologian ja lääketiede, The Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, Yhdysvallat.

39Department Kansanterveystieteen ja kliinisen lääketieteen, Nutritional Research, Uumajan yliopisto, Uumaja, Ruotsi.

40MedStar Research Institute, Georgetown University, Hyattsville, MD

41Nutritional Epidemiology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumoridi Milano, Milano, Italia.

42Department of Medicine, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, NY, USA.

43Divisionof Epidemiology, kansanterveyden ja Primary Care, Imperial College London, London, UK.

44Julius Center for Health Sciences ja Primary Care, University Medical Center Utrecht, Utrecht, The Netherlands.

45Departments Naistenklinikka ja Reproductive Sciences, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, Yhdysvallat

46Public terveys ja osallistuminen linja, terveys- ja terveyspalvelut neuvosto, Asturias, Espanja.

47Division of Cancer Control and Population Sciences, National Cancer Institute, Bethesda, MD, USA.

48Synergie-Lyon-Cancer, INSERM U590, Centre Leon Berard, 69373 Lyon, Cedex

08, Ranska

49Institute of Cancer Epidemiology, Tanska Cancer Society, Kööpenhamina, Tanska.