Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

GATA sitovan proteiinin 2 (GATA2) on transkriptiotekijä, joka on olennainen rooli hematologisia syöpiä ja etenemistä erilaisia ​​kiinteitä kasvaimia. Meidän aikaisemmat tutkimukset ehdotettu, että suuri GATA2 ilmentyminen liittyy toistumisen peräsuolen syöpä (CRC). Kuitenkin vaikutus GATA2 yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) selviytymisen CRC on tuntematon.

Methods

genotyyppi GATA2 SNP rs2335052 käyttäen Sangerin sekvensointia PCR-monistamisen jälkeen, ja määritettiin GATA2 ilmentyminen immunohistokemia kohortin 180 CRC potilaista. Kaplan-Meier selviytymisen analyysin ja Coxin suhteellinen vaara regressiota käytettiin analysoimaan assosiaatiota GATA2 rs2335052 genotyypit ja kliininen tulos CRC.

Tulokset

Huomasimme, että ei ollut merkittävää korrelaatiota rs2335052 genotyypit ja ilmaus GATA2. Kuitenkin Kaplan-Meierin eloonjääminen analyysi ehdotti, että kantajia A-alleelin SNP rs2335052 liittyivät merkittävästi suurentunut riski uusiutumisen ja vähentää taudista vapaan eloonjäämisen (DFS), verrattuna kuljettaa variantti genotyypin GG: rs2335052 (

P

= 0,021). Lisäksi, yhden ja usean Coxin analyysit paljastivat, että GATA2 SNP rs2335052 oli itsenäinen riskitekijä DFS CRC potilailla.

Johtopäätös

tulokset osoittivat, että GATA2 SNP rs2335052 on itsenäinen ennustaja ennuste CRC potilailla. Tämä toi esiin mahdollisuuden, että SNP rs2335052 voi toimia mahdollisena indikaattorina ennustamiseen uusiutumisen CRC jälkeen parantavaa kolektomian.

Citation: Liu X, Jiang B, Wang A, Di J, Wang Z, Chen L, et al . (2015) GATA2 rs2335052 polymorfismin Ennustaa selviytymisen Potilaat, joilla on peräsuolen syövän. PLoS ONE 10 (8): e0136020. doi: 10,1371 /journal.pone.0136020

Editor: Gonzalo Carrasco-Avino, Icahn School of Medicine Mount Sinai, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 10 lokakuu 2014; Hyväksytty: 30 heinäkuu 2015; Julkaistu: 19 elokuu 2015

Copyright: © 2015 Liu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukee avustuksia National Natural Science Foundation of China (nro 81272766, No. 81450028, nro 81470129, ja nro 81402346 ), National korkean teknologian tutkimus- ja kehittämisohjelma Kiina (863 Program, No.2014AA020603), Clinical ominaisuudet ja soveltaminen tutkimus Capital (Beijing Municipal Science teknologia-komissio nro Z121107001012130), Peking kunnallishallinto Sairaalat Kliininen kehittäminen Special rahoitustukiohjelma (nro XM201309), Pekingin yliopisto (PKU) 985 Erityiset rahoitus Collaborative Research PKU sairaalat (To Xiangqian Su Fan Bai), kylvö Grant lääketieteen ja biotieteiden Pekingin yliopisto (2014-MB-04), Beijing Natural Science Foundation (nro 7132054), Beijing Nova Program (Beijing Municipal Science teknologia-komissio nro Z111102054511075, 2011060), ohjelma Erinomainen Talents in Beijing (nro 2013D003034000009), Erinomainen Overseas-Returnee Scholar Program (Ministry of Human Resources ja sosiaaliturva, että Jiabo Di), ja Science Foundation Pekingin yliopisto Cancer Hospital Institute (nro 2014-14).

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) on kolmanneksi eniten vallalla syöpä maailmassa ja toiseksi yleisin syy syövän liittyvän kuoleman länsimaissa [1,2]. Tiedot Maailman terveysjärjestön (WHO) osoittaa, että esiintyvyys CRC lisääntyy nopeasti monissa Aasian maissa kuten Kiinassa [3]. Huolimatta diagnoosien parantamista, leikkaus, kemoterapia, ja kohdennettuja terapia, 5 vuoden suhteellinen eloonjäämisaste potilaiden CRC vielä alhainen [4]. Tällä hetkellä TNM lavastus ylläpitämä American sekakomitean Cancer (AJCC) on yleisimmin käytetty ohjeena lavastus ja selviytymisen ennustus [5]. Kuitenkin kliinisiä tuloksia potilailla, joilla on CRC voivat vaihdella huomattavasti jopa saman kasvaimen vaiheesta, erityisesti potilaita, joilla on vaiheen II tauti [6, 7]. Siksi uusi molekyyli ennustetekijöitä merkkiaineita, jotka voisivat tarkasti kerrostuvat potilaita eri riskiryhmiin kuuluvaa selvästi perusteltuja.

GATA2 sitovan proteiinin 2 (GATA2) on sinkki sormen transkriptiotekijä, joka on keskeinen rooli säätelyssä geenien transkriptiota mukana leviämisen, kehitys ja erilaistuminen hematopoieettisten solujen [8-11]. On yhä enemmän todisteita siitä, että muuttunut GATA2 ilmaisun ja konstitutiivista heterotsygoottinen GATA2 mutaatio liittyy hematologisia syöpiä, sekä kehittymistä ja etenemistä erilaisia ​​kiinteitä kasvaimia [12-20]. Yksittäisissä ja familiaalinen myelooinen pahanlaatuisia korkea GATA2 ilmaisun ja hankittu tai peritty mutaatioita GATA2 geeni on raportoitu [12-15]. Kiinteisiin kasvaimiin, korkeita GATA2 ilmaisun liittyy huonoon ennusteeseen ja tauti uusiutuu eturauhasessa ja CRC [16-18]. Lisäksi, korkea GATA2 ilmentyminen ei-viljellyissä ihmisen rintakarsinoomissa edistää proliferaatiota rintasyövän soluissa inhiboimalla transkription PTEN [19]. Kuitenkin, Li et ai raportoi, että GATA2 ilmentyminen väheni maksasolukarsinoomassa kudoksissa, ja vähentää ilmentymistä GATA2 korreloi huonon ennusteen maksasolusyövän [20]. Nämä havainnot viittaavat siihen, että GATA2 voi toimia uutena ennustaja ennuste eri syöpätyyppien.

GATA2 geeni sijaitsee kromosomissa 3q21. Monet yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t) on tunnistettu ihmisen GATA2 geenin lukien rs2335052, rs3803, rs2713604, ja niin edelleen [20-24]. Nämä geneettiset variantit voivat edistää muuttunutta ilmentymistä ja toimintaa GATA2, ja näin ollen voi olla suuri vaikutus kliinisiä tuloksia CRC. Kuitenkin kliininen merkitys GATA2 SNP CRC ei ole tutkittu vielä.

Tässä tutkimuksessa selvitimme SNP rs2335052 ja ilmentymistä GATA2 kiinalaisessa CRC kohortti, ja tutki rooli GATA2 SNP rs2335052 ennustajana kliinisen tuloksen CRC potilaille. Tuloksemme osoittivat, että vaikka mitään merkittävää korrelaatiota ei havaittu välillä rs2335052 genotyyppien ja ilmentymistä GATA2, kantajia A-alleelin SNP rs2335052 osoitti merkittävää kohonnut uusiutumisen ja vähentää taudista vapaan eloonjäämisen (DFS). Siten GATA2 SNP rs2335052 voi toimia uutena indikaattorina ennusteen potilaita, joilla on CRC.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Tutkimus hyväksymä ja valvoma tutkimuksen eettinen komitea Pekingin yliopisto Cancer Hospital Institute. Peking, Kiina. Kirjallinen tietoon perustuva suostumus saatiin kaikilta potilailta ennen leikkausta yleisen tutkimuksen avulla niiden kliinisten tietojen ja näytteet.

Potilaat

Tämä retrospektiivinen tutkimukseen osallistui 180 potilasta, jotka olivat läpikäyneet kolektomian laitoksella vähän invasiiviset Ruoansulatuskanavan Surgery, ja histologisesti diagnosoitu CRC laitoksella patologian Pekingin yliopisto Cancer Hospital Institute huhtikuusta 2009 joulukuussa 2011. Kaikki kasvaimet luokiteltiin kaksi kokenutta patologit mukaan American sekakomitean Cancer (AJCC) luokitus suuntaviivat. Potilaita hoidettiin ennen leikkausta sädehoitoa tai adjuvanttihoitoa suljettiin pois. Kuusitoista potilasta, joilla patologisesti vahvistettu etäpesäke tai kuoli komplikaatioihin myös ulkopuolelle. Formaliinifiksoidusta parafiiniin (FFPE) kudosnäytteitä potilaista oli käytettävissä tutkimukseen. DFS laskettiin aika syöpädiagnoosin joko uusiutumisen tai kuoleman viimeisestä seurata.

GATA2 SNP rs2335052 analyysi

Perimän DNA uutettiin parafinoidut kasvain näytteet käyttäen FFPE DNA Kit (Omega, US) mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. GATA2 rs2335052 genotyypit määritettiin Sangerin sekvensoinnilla monistamisen jälkeen polymeraasiketjureaktiolla (PCR). Eksoni 3 GATA2 monistettiin käyttäen seuraavia alukkeita: välittämään 5′-CCACCCTGATCCTCTCTCTCTTT ja reverse 5′-TCACAGCTCCCCACCACAA. PCR suoritettiin 30 ul: tilavuus, joka käsittää 10-30ng genomista DNA: ta, 0,2 mM dNTP: tä, 1 x PCR-puskuria, 10 mM kukin alukkeita ja 0,75 yksikköä GoTaq DNA-polymeraasia (Promega Cor., WI, USA) seuraavissa Monistusolosuhteet: 2min 95 ° C: ssa, jota seurasi 35 sykliä 95 ° C 30 s, 60 ° C: ssa 30 s, 72 ° C: ssa 45 s. PCR-tuotteet tehtiin näkyviksi 2% agaroosigeelissä ja sen jälkeen niille suoraan sekvensointiin. Kaikki fragmentit sekvensoitiin käyttämällä ABI 3730XL Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems Inc., CA, USA). Lopuksi sekvensointi Tulokset analysoitiin chromas ohjelmistoa kunnon signaali /kohina 98%.

GATA2 immunohistokemia (IHC) B

IHC-analyysi GATA2 suoritettiin käyttäen ensisijaista kanin polyklonaalinen vasta-aine GATA2 (1: 100, Santa Cruz sc-9008), jota seurasi inkubointi sekundaarinen vasta-aine EnVision kit (Dako Cytomation). Visualisointi signaali kehitettiin diaminobentsidiinillä (Sigma). Osiot vastavärjättiin hematoksyliinillä. Värjäytymisintensiteettiä pisteytettiin seuraavasti [18, 25]: -, ei värjäystä tai 10% positiivisia soluja; +, 10-20% heikosti tai kohtalaisesti positiivisten solujen; ++, 10-20% intensiivisesti positiivisia soluja tai 20-50% heikosti positiivisia soluja; ja +++, 20-50% positiivisia soluja, joilla on kohtalainen voimakkaalle reaktiivisuus tai 50% positiivisia soluja. Tulokset ilmoitetaan kahden patologit olivat erittäin tasainen, ja kaikki erimielisyydet saatiin ratkaistua yksimielisesti jälkeen yhteisen tarkastelun. Pistemäärän GATA2 värjäystä kuvattiin joko ”low” tai ”high”, jossa ”high” sisältää ”++” ja ”+++” värjäystä.

Tilastollinen

Järjestö välillä GATA2 SNP rs2335052 ja kliinis ominaisuudet analysoitiin Chi-neliö testi. Survival määritettiin käyttäen Kaplan-Meier menetelmiä ja verrattiin log-rank-testi. Yhden ja usean selviytymisen analyysit suoritettiin käyttäen Coxin suhteellista vaaraa regressiomallin. Viisitoista potilasta hävisi seurata jätettiin vuonna Kaplan-Meierin käyrä, yhden ja usean analyysejä. Tilastolliset analyysit suoritettiin ohjelmistopaketti SPSS 13.0 (SPSS, Inc., Chicago, IL, US).

P

arvo on alle 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

Potilaan ominaisuuksista ja genotyypityksen

Yhteensä 180 näytettä potilaista, joilla CRC olivat analysoidaan. Mediaani seurata aikaa kohortissa oli 69,0 kuukautta. Harjoittajien rs2335052 GG, GA, ja AA genotyyppien oli 64 (35,6%), 81 (45,0%), ja 35 (19,4%), tässä järjestyksessä (kuvio 1). Tiedot kliinisiä piirteitä ja GATA2 rs2335052 genotyypit on esitetty taulukossa 1. GATA2 SNP rs2335052 oli merkitsevästi yhteydessä tautivapaan elinajan (DFS) CRC (

P

= 0,033). Ei kuitenkaan ole merkittäviä järjestöjä ei havaittu rs2335052 genotyyppien ja muut kliinispatologiset ominaisuudet (kaikki

P

-arvot 0,05).

Association of GATA2 rs2335052 genotyyppien DFS

Kaplan-Meier -käyrät DFS graafisesti esitetty mukaan lisäaine, hallitseva, ja väistyvä malli perintö (kuvio 2). Tulokset paljastivat, että SNP rs2335052 oli merkitsevästi yhteydessä DFS alla hallitseva malli perintöveron (

P

= 0,021), joka ehdotti, että kantajia A-alleelin SNP rs2335052 (GA, AA) oli merkittävästi suurempi uusiutumisen riskiä ja vähensi DFS (kuvio 2B). 5 vuoden DFS määrä potilaita, joilla kantajia rs2335052 GA ja AA genotyyppien oli 69,0%, mutta potilailla, joilla kantaja on rs2335052 GG-genotyyppi, korko oli 92,0%. Kuitenkin merkittävä ero DFS ei havaittu joukossa GATA2 rs2335052 genotyyppien alla lisäaineen tai resessiivinen mallin (

P

= 0,056,

P

= 0,834, vastaavasti, kuvio 2A ja 2C).

Kaplan-Meier -käyrät näkyvät lisäaineen (A), hallitseva (B), ja resessiivinen malli (C) perintö. Log-rank-testi käytettiin laskemiseen

P

arvoja.

Lisäksi toteutimme kerrostunut analyysin mukaan TNM (I /II ja III /IV), jotta määrittää ennustetekijöiden merkitys GATA2 rs2335052 genotyyppien eri kasvaimen vaiheissa. Kätkeminen rs2335052 GA tai AA vahvisti kielteinen vaikutus DFS vaiheen I /II potilaat (

P

= 0,005, Kuva 3A). Kuitenkin GATA2 rs2335052 genotyypit eivät korreloi ennusteeseen potilailla, joilla on vaiheen III /IV sairauksien (

P

= 0,749, kuvio 3B).

Kaplan-Meier-käyrät osoitti DFS varten alaryhmä potilailla, joilla on vaiheen I /II (A), ja vaiheen III /IV (B) CRC. Log-rank-testi käytettiin laskemiseen

P

arvoja.

ennusteen arvioinnissa on GATA2 rs2335052 genotyyppien DFS arvioitiin yhden ja usean Coxin regressioanalyysin avulla käyttäen hallitseva mallia perintö. Kuten taulukosta 2, sekä yhden ja usean analyysit, potilailla, joilla on A-alleelin SNP rs2335052 (GA, AA) oli lyhyempi DFS, mikä viittaa suurempi riski toistumisen (HR, 2.530; 95% CI, 1.111 -5,761;

P

= 0,027 ja HR, 2,825; 95% CI, 1,095-7,290;

P

= 0,032, sillä yhden ja usean analyysi, vastaavasti), verrattuna potilailla, joilla on SNP rs2335052 GG-genotyyppi. Tulokset viittaavat siihen, että GATA2 SNP rs2335052 oli itsenäinen ennustetekijä varten tauti uusiutuu. Suhteellinen riski uusiutumisen potilaiden rs2335052 GA ja AA genotyyppien oli 2,825 kertaa suurempi kuin potilaiden kanssa rs2335052 GG genotyypin mukaan monimuuttujamenetelmin. Epäsuotuisa selviytyminen tulokset olivat myös merkitsevästi yhteydessä miespotilaita, vaihe III /IV CRC ja heikko tai kohtalainen kasvain eriyttäminen, joka perustuu yhden muuttujan analyysiin (taulukko 2).

Association between GATA2 rs2335052 genotyyppien ja GATA2 ilmaisun

ilmentymistä GATA2 tutkittiin 164 180 CRC kudosten (kuvio 4). Korkea GATA2 ekspressiota havaittiin 93 ulos 164 (56,7%) CRC kudoksiin verrattuna 7 ulos 97 (7,2%) vuonna Hyväksytty viereisten noncancerous kudoksiin (

P

0,0001). Kaplan-Meierin käyrä DFS osoitti, että potilailla, joilla on kasvaimia, joilla korkea GATA2 ilme oli huonompi ennuste, mikä viittaa lyhyempi DFS ja aiemmin uusiutunut (

P

= 0,044, Kuva 5A). Kuitenkaan mitään merkittävää yhteyttä ei havaittu GATA2 ilmaisun ja SNP rs2335052 (

P

= 0,523, taulukko 1).

edustaja kuva osoitti vahvaa GATA2 värjäytymistä CRC kudoksessa, ja negatiivinen GATA2 värjäytymistä Hyväksytty noncancerous kudosta. Suurennus on 100 ×.

(A) Kaplan-Meier selviytymisen käyrä osoitti DFS potilaille, joilla GATA2-korkea kasvaimet verrattuna potilailla, joilla GATA2-alhainen kasvaimia. Kaplan-Meier selviytymisen käyrät osoittivat DFS potilaille ositettu GATA2 rs2335052 GG (B), ja GG + AA (C) genotyypit. Log-rank-testi käytettiin laskemiseen

P

arvoja.

Koska SNP rs2335052 GG-genotyyppi oli merkittävä suojaava vaikutus DFS hallitseva malli perintöveron (kuvio 2B), tarkempaa analysointia, potilaat jaettiin kahteen ryhmään niiden rs2335052 genotyyppien (GG alaryhmä, GA ja AA alaryhmä). Vuonna rs2335052 GG alaryhmä, korkeat GATA2 ilmaisun osoitti rajatapaus merkittävää yhteyttä lyhyempiä DFS verrattuna alhainen GATA2 ilme (

P

= 0,073, Kuva 5B). Kuitenkaan ollut merkittävää yhteyttä välisiä GATA2 ilmaisun ja DFS potilaiden alaryhmässä kuljettaa rs2335052 GA ja AA genotyyppien (

P

= 0,208, Kuva 5C).

Keskustelu

tässä tutkimuksessa tutkimme assosiaatiota GATA2 SNP rs2335052 ja ennusteen CRC potilaiden kiinalaisessa kohortissa. Tuloksemme osoitti, että vaikka ei ollut merkittävää korrelaatiota rs2335052 genotyyppien ja ilmentymistä GATA2, The rs2335052 GA ja AA genotyypit liittyi merkittävästi epäedullinen ennusteeseen ja lisääntynyt riski uusiutumisen potilailla, joilla on CRC, verrattuna kuljettavat GG-genotyyppi. Lisäksi yhden ja usean Coxin regressioanalyysi osoitti, että rs2335052 SNP GATA2 oli itsenäinen ennustaja köyhien DFS CRC potilailla.

Useat aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet vaikutuksen GATA2 ekspressiotasoja kliiniseen tulokseen potilailla, joilla on lapsipotilailla akuutti myelooinen leukemia (AML), peräsuolen, eturauhasen, rintasyöpä, ja maksasyövän [14, 16-20]. Paitsi maksasyövän [20], korkeat GATA2 ilmaisun osoittavat kasvaimen uusiutumisen, etäpesäke, tai huono selviytyminen [14, 16-19]. Lisäksi proteiini taso GATA2, geneettinen monimuotoisuus GATA2 lokuksen vaikuttaa myös kasvaimien syntyyn. Hankitut ja peri mutaatioita GATA2 on raportoitu korreloivan Myelooisessa maligniteetteja kuten AML, ja krooninen myelooinen leukemia (KML) [13-15]. Uudelleenjärjestely GATA2 tehostajaa EVI1 se vähentää ja monoallelic ilmentymistä GATA2, sekä aktivaation EVI1 satunnaista familiaalisen AML /MDS ja MonoMac /Emberger symdromes [26]. Kuitenkin rooli GATA2 genotyyppien syövän ennuste on edelleen paljolti hyödyntämättä kiinteissä kasvaimissa. Koska SNP sijoittaa koodaus ja säätelysekvenssien GATA2, ne voivat edistää sääntelyn GATA2 ilmentymistä ja toimintaa, joten tutkimme GATA2 SNP genotyyppiä.

Mukaan NCBI SNP tietokanta on useita SNP sijaitsee klo GATA2 lokuksessa. Ensin sekvensoitiin koko eksoni GATA2 23 CRC kudoksissa, jotta voidaan tunnistaa SNP mahdollista kiinnostusta. Tuloksemme osoittivat, että SNP rs2335052 voitiin havaita kolmannessa eksonissa GATA2 geenin joukosta 23 CRC kudosten, vaikka muita geneettisiä variantteja olivat poissa, luultavasti johtuen vähäisestä otoksen koon (S1 taulukko). Sitten määritimme GATA2 SNP rs2335052 ja ilmentymistä GATA2 vuonna CRC kohortin koostuu 180 potilasta, ja tutkittiin vaikutuksen SNP rs2335052 potilaan selviytymistä. Tulokset osoittivat, että GATA2 rs2335052 GA ja AA genotyypit liittyvät merkittävästi alentunut DFS ja uusiutumisen CRC potilailla. Lisäksi analyysi replikointi kohortin 61 CRC potilaiden ehdotti myös, että GATA2 SNP rs2335052 oli itsenäinen ennustaja köyhien DFS CRC potilailla (S2 ja S3 taulukot, S1 Kuva).

Useat tutkimukset ovat osoittaneet, että on transkriptiotekijä, GATA2 toimii keskeisenä säädin monissa signalointireitteihin. Vuonna KRAS mutantti ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC), GATA2 on mukana sääntelyn proteasomin, IL-1-signalointia, ja Rho-signalointireitteihin. Tämän seurauksena GATA2 on välttämätön eloonjäämisen NSCLC solujen RAS-polku mutaatioita [27, 28]. Eturauhassyövän, GATA2 on keskeinen rooli välittämisessä androgeenireseptorin (AR) lauseke, sekä paikkasidonnainen AR rekrytointia helpottamaan AR kohdegeenin ilmentyminen [29]. Rintasyövässä GATA2 edistää solujen lisääntymistä ja stimuloi AKT fosforylaatio estämällä PTEN transkription [19]. Nämä nostaa mahdollisuutta säännellä GATA2-mukana väyliä syövän terapeuttisia strategioita [27, 28]. Samoin SNP jotka liittyvät GATA2 toiminta ja kliinisiin tuloksiin voivat olla helposti havaittavissa ennustajia in GATA2 Päihdehuoltolain tulevaisuudessa.

Lisäksi, kuten transkriptiotekijän, pieni geneettisten muutosten GATA2 voi edistää asetuksen loppupään geenejä. Variantti rs2335052 sijaitsee koodaavan alueen GATA2, johtaa vaihdosta alaniini treoniiniksi kodonissa 164 (A164T) kolmannen eksonin. Muutos tämän aminohapon ei sijaitse sinkkisormi-alueilla, mikä on tärkeä merkitys GATA2 DNA: han sitoutumisen. Ymmärtää taustalla olevien mekanismien mukana prognostinen arvo GATA2 SNP rs2335052 on DFS, me ennustettu funktio GATA2 aminohaposta korvata (GATA2-A164T), jonka polymorfismi Fenotyypitys v2 (PolyPhen-2), SIFT, ja Pmut ohjelmistot, jotka ovat käytettävissä verkkosivujen kautta, ja määrittää transaktivaatiota kykyä GATA2-A164T by lusiferaasireportterilla määrityksiä. Vaikka ohjelmisto-ennustettu tulokset osoittivat, että A164T ei ennusta mahdollisia patologisia vaikutuksia funktio GATA2 (S2 kuvassa), tulokset lusiferaasireportterigeenin määrityksissä viittasi siihen, että GATA2-A164T vähensi transaktivaatiota kykyä verrattuna villityypin GATA2 (GATA2wt) on tunnettu GATA2 reagoiva LYL1 promoottori [30]. Lisäksi vähentynyt GATA2-A164T ilmentymistä havaittiin CRC solulinjoissa (S1 File, S4 taulukko, S3 kuvassa). Nämä tiedot nosti esiin mahdollisuuden, että GATA2-A164T vaikuttaa ilmentymistä tai toimintaa alavirran geenien, jotka liittyvät selviytymisen CRC potilailla. Vaikka tässä tutkimuksessa ei havaittu merkittäviä assosioitunut GATA2 rs2335052 genotyypin ja geenin ilmentyminen potilaan kohortin vähentynyt ilmentyminen ja vähentää transaktivaatio kyky GATA2 A164T, verrattuna villityypin GATA2, osoittavat, että pienempi GATA2 ilmentyminen voi osaltaan laski tauti vapaata eloonjääminen (DFS). Inconsistantly, tässä tutkimuksessa ja edellisessä tutkimuksessa, vähentynyt GATA2 ilmentyminen liittyi parempi eloonjääminen potilailla, joilla on CRC.

Samoin monet tutkimuksesta osoitti, että vaikka muunnelma genotyyppi voi säädellä ekspressiotason että geeni, yhdistyksen välillä polymorfismien ja selviytymistä saattavat olla ristiriidassa yhdistyksen välinen geenien ilmentymisen ja selviytymisen [31-34]. Esimerkiksi potilailla, joilla on villin tyypin AA genotyypin ABCC1 rs35628 oli pidempi DFS kuin potilaat kantavat G-alleelin. Kasvaimet alkaen harjoittajien AA genotyyppi ilmaistu huomattavasti korkeampi ABCC1 kuin kanssa G-alleelin. Nämä tiedot esiin mahdollisuuden, että korkea ilmentyminen ABCC1 saattaa edistää pitkäaikainen säilyminen. Sitä vastoin korkeita ilmentymisen tasoja ABCC1 osoittaa huonon ennusteen rintasyöpä [31, 32]. Lisäksi potilailla, joilla on VV genotyypin NPAS2 rs1053090 koitui merkittävästi lisääntynyt riski kuolla, verrattuna WW ja WV genotyyppi. Potilaat kuljettavat VV genotyyppi osoitti myös huomattavasti korkeampi ekspressiotaso NPAS2. Kuitenkin korkea NPAS2 ilmentymisen korreloi merkitsevästi parempi DFS [33, 34]. Näin ollen muut molekyyli- seuraukset geneettistä vaihtelua SNP rs2335052 voi esiintyä.

CRC Potilaat saman TNM vaiheessa voi näyttää huomattavasti eri kliinisiä tuloksia, erityisesti vaiheen II tauti [6, 7]. Käyttö adjuvanttihoito II vaiheessa CRC potilaat edelleen kiistanalainen [35-38]. Jotta siis onko SNP rs2335052 in GATA2 voitaisiin käyttää tunnistamaan potilaita, joilla on suuri riski toistumista, jotta he voivat saada edelleen kemoterapiaa, rooli SNP rs2335052 on DFS ja toistumisen arvioitiin. Nykyisessä kohortti, joukossa potilailla, joilla on vaiheen I /II tauteja, rs2335052 GA ja AA genotyyppien kertovat huonosta kliinisistä tuloksista ja toistuminen verrattuna GG genotyypin. Tuloksemme edellyttäen GATA2 SNP rs2335052 kuin ennustetekijä riippumaton kasvain vaiheissa, ja nostaa mahdollisuus tunnistaa potilaat, joilla on korkeampi riski uusiutumisen ja sitä tulisi käsitellä adjuvanttihoitoa.

kuitenkin olemassa mahdollisia rajoituksia tämän tutkimuksen . Kohortti tutkimuksessamme on kohtalaisen otoskoko. Siksi lisätutkimukset suurempia riippumaton väestön tarvitaan edelleen vahvistaa assosiointi GATA2 SNP rs2335052 kanssa kliininen tulos CRC potilaista.

Johtopäätökset

Yhteenvetona Tutkimuksemme osoitti, että SNP rs2335052 in GATA2 liittyy DFS ja toistumisen CRC potilaista. Tulokset meidän tutkimuksessa todettiin, että SNP rs2335052 on riippumaton indikaattori ennustamaan ennustetta CRC Kiinan väestöstä. Lisätutkimuksia tarvitaan vahvistaa nämä havainnot ja selkeyttää oleva mekanismi.

tukeminen Information

S1 Kuva. Kaplan-Meier analyysi DFS mukaan GATA2 SNP rs2335052 toisessa kohortissa lukien 61 CRC potilasta.

Kaplan-Meier -käyrät näkyvät lisäaineen (A), hallitseva (B), ja resessiivinen malli (C) perintö. Log-rank-testi käytettiin laskemiseen

P

arvoja.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s001

(TIF)

S2 Kuva. Tulokset ohjelmiston analyysi alaniini treoniiniksi substituutio (A164T) ja GATA2 SNP rs2335052.

A164T ei ennustanut mahdollisia patologisia vaikutuksia toiminnon tai rakenteen GATA2, käyttämällä PolyPhen-2 (A), SIFT (B), ja Pmut (C), jotka ovat saatavilla verkkosivuilla.

doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s002

(TIF)

S3 Fig. GATA2-A164T vähensi transaktivaation kyky on LYL1 promoottori.

(A) Western blot -analyysi eksogeenisen FLAG-GATA2 ilmentymisen RKO-soluissa, jotka on transfektoitu plasmidi, joka koodaa GATA2wt tai GATA2-A164T. (B) lusiferaasireporttiterilla määrityksessä osoitti, että GATA2-A164T vähensi transaktivaation kykyä tunnettujen GATA2 reagoivan LYL1 promoottorin, verrattuna GATA2wt. Tiedot edustavat keskiarvoa ± SD kolmen erillisen kokeen kolmena kappaleena kunkin näytteen. Kaikissa vertailuissa, Studentin t-testiä käytettiin.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s003

(TIF) B S1 tiedosto. Materiaalit ja menetelmät.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s004

(DOC) B S1 Taulukko. Kaikki polymorfismit analysoidaan 23 CRC kudoksiin.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s005

(DOCX)

S2 Taulukko. Kliinis-suhteen määritettiin genotyypit mukana GATA2 SNP rs2335052 toisessa kohortissa lukien 61 CRC potilasta.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s006

(DOCX)

S3 Taulukko. Yhden ja usean analyysit GATA2 rs2335052 genotyyppien 61 CRC potilaiden suhteen DFS.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s007

(DOCX)

S4 Taulukko. Alukesekvenssit plasmidikonstruktion.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0136020.s008

(DOCX) B

Kiitokset

Kiitämme tohtori Bin Dong ja Dr. Zhongwu Li histopatologista diagnoosia.