Krooninen sairaus

tiivistelmä

epiteelikasvaimet munasarjasyövän on yksi yhä tapaus syöpäsairauksia joka on tunnettu koska sen evasiveness varten varhaisen diagnoosin ja korkea kuolleisuus. Munasarjan epiteelin syövät ovat erittäin riippuvaisia ​​patologisia verisuonistoon ja endoteelikasvutekijä tiedetään olevan yksi tehokkaimmista angiogeenisten tekijöiden. Polymorfismia VEGF-geenin, tässä tutkimuksessa, arvioitiin yhdessä pahanlaatuisen ja muut kliinis-patologisia tekijöitä. 300 tapauksessa näytteet ja 320 iän ja mensus tila verrokkia oli inculcated tutkimukseen. rs699947, rs833061, rs1570360, rs2010963, rs1413711 ja rs3025039 olivat kuusi yhden emäksen monimuotoisuus jotka tutkivat. Genotyypitys suoritettiin polymeraasiketjureaktiolla ja restriktiofragmenttipituuspolymorfismin. rs 3025039 osoitti valtavan lupauksen merkkiaineena taudin aggressiivisuutta ja toistuminen sekä tekijä huono ennuste. rs699947 osoitti ainakin yhdessä sairauden ja kliinis-patologisten tekijöiden tutkittu. rs833061, rs 1570360 osoitti merkittävää yhteyttä joidenkin kliinis-patologisia tekijöitä, kuten kahdenvälistä vaivansa munasarjojen ja jälkeisen CA-125 tasoilla. rs2010963 liittyy läsnäolo askiteksen suurempia määriä. SNP Tarkasteltavana ei osoittanut valtava sidos tutkimuksessamme näytteitä. Haplotyypin analyysi (ilman rs699947 ja rs1413711) paljasti 5 edelläkävijöitä esiintyessä 85% väestöstä kanssa TGGC ja CGCC liittämällä merkittävästi suoja- ja riskitekijöitä vastaavasti. Nämä haplotypes osoitti annoksesta riippuvaista additiivista vaikutusta niiden näennäisestä toiminnallisuutta. Tämä tutkimus on ainutlaatuinen ja ensimmäinen laatuaan toteutetaan Intian väestöstä Kaakkois-Aasiassa.

Citation: Janardhan B, Vaderhobli S, Bhagat R, Chennagiri Srinivasamurthy P, Venketeshiah Reddihalli P, Gawari R, et ai. (2015) tutkitaan vaikutus verisuonten endoteelin kasvutekijän polymorfismit epiteelikasvaimet munasarjasyöpiä: Tutkimus Intian Population. PLoS ONE 10 (7): e0131190. doi: 10,1371 /journal.pone.0131190

Editor: Chih-Xin Tang, Kiina Medical University, Taiwan

vastaanotettu: 27 helmikuu 2015; Hyväksytty: 30 toukokuu 2015; Julkaistu: 09 heinäkuu 2015

Copyright: © 2015 Janardhan et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat Intian neuvoston Medical Research, viite nro: 5/13/28/2010-NCD-III. Rahoittaja ei ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

munasarjasyöpä, johtava kuolinsyy gynekologisista syöpäsairauksia on viidenneksi yleisin kuolinsyy naisten Kaukasian kilpailussa. Survival liittyy suoraan vaiheessa on 5 vuoden eloonjääminen 93% niille diagnosoitu paikallinen tauti, mutta vain 31% niille, joilla kaukaisten sairaus. Valitettavasti kaksi kolmasosaa potilailla esiintyy etäinen taudin diagnoosia tehtäessä. Intiassa on ollut alhainen esiintyvyys, vaan tasainen kasvu Ikävakioitu esiintyvyys munasarjasyövän 3% vuodessa eri tilassa rekistereissä ajanjakson ajan [1].

Suurin munasarjojen syöpiä (80-90%) on epiteelin munasarjojen kasvaimia (EOCs). Alkuperä ja patogeneesi EOC: n pysyvät gallingly vaikeasti, osittain koska se on harvinaista löytää hyvin määriteltyjä esiasteleesioita, ja osittain siksi EOCs on yleensä monimutkainen ja heterogeeninen histologia joka uhmaa yksinkertainen biologinen selitys. Puute käytännön seulontamenetelmien ja puuttuvien selkeiden oireiden alkuvaiheessa syövän etenemisen ovat EOCs vaikea hoitaa menestyksellisesti. Paklitakseli (Taxol) ja platinaa kemoterapian (sisplatiinia tai karboplatiinia) edustavat tavanomaista hoitoa jälkeen kirurgisen debulking. Valitettavasti vaikka nykyaikainen kemoterapiaa, useimmat potilaat joilla on pitkälle edennyt sairaus uusiutumisen ja kuolee tautiin.

Väistämätön ehto, joka kehittyy kasvain mikroympäristöihin on hypoksia. Tämä on tärkeä stimuloivaa tekijä angiogeneesin, joka on kuljettavan tekijä aggressiivinen syöpäsairauksia. On olemassa useita angiogeenisten tekijöiden ja vielä endoteelikasvutekijä (VEGF-A) on mainostettu yhden vahvin molekyylin prosessissa angiogeneesiä. VEGF-A on erittävät monet kasvainsolujen in vitro, ja on erittäin ylössäädelty useimmissa ihmisen syövissä. VEGF: n ilmentymistä-A korreloi kasvaimeen aluksen tiheys ja huonon ennusteen syöpäpotilailla ja eston tiedetään vähenevän kasvaimen suonitiheys ja kasvaimen kasvua [2, 3].

VEGF-geeni sijaitsee kromosomissa 6p12 ja sisältää 14 kb koodaavan alueen, koostuu kahdeksasta eksonien ja osoittaa vaihtoehtoisen silmukoinnin muodostavat perheen proteiineja. VEGF-geeni sisältää Hypoksia Responsive elementit (hRes) sen 5`and 3`UTRs. VEGF-A on säädelty hypoksisissa olosuhteissa sitomalla HIF-1 (hypoksian indusoima tekijä-1) on HRE [4]. Hypoksia myös välittää vakauttaminen VEGF-A mRNA sitomalla tunnistamattomia tekijöitä sen 3`UTR. VEGF-A on myös moduloitu eri kasvutekijöiden ja sytokiinien. Niinpä geeni edellyttää monitasoinen modulaatio ilmaisun hypoksiaolosuhteissa [5]. Geeni on erittäin polymorfinen ja melkoisesti tutkimukset ovat osoittaneet joitakin SNP moduloida geenien ilmentymistä ja indusoida suurempi VEGF-A plasmassa.

Useat tutkimukset ovat tutkineet rooli VEGF-A polymorfismien kuin geneettinen tekijä herkkyyttä ja lopputulos rinta-, eturauhas-, ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC), ja peräsuolen syöpä. Maailmanlaajuisesti useat tutkimukset yhdistys näiden polymorfismien riskien ja hoitotuloksia tehtiin mutta tuloksista keskuudessa eri rotuja ja syöpiä olivat hyvin vaihteleva. Esimerkiksi rs3025039 ”T” alleeli välittänyt suojan rintasyöpää vastaan ​​vaan päinvastoin lisääntynyt riski paksusuolen syövän. Samoin rs2010963 ”C” alleeli ennustettu suurempi riski NSCLC ja eturauhasen syöpä, mutta ennustettu pienempi riski paksusuolen syövän, [6]. Puute yksimielisyyttä rooli näiden SNP voi johtua niiden yhteyttä muihin epäselviä tekijöiden tai koska nämä SNP moduloida geenin ilmentyminen kokonaisuutena, jossa on useita isomuotoja, jotka sisältävät sekä pro ja antiangiogeenisestä isoformit tekemällä 2 -way modulaatio toteutettavissa nämä SNP. Ehkä haplotyypeillä on enemmän ennakoivaa kuin yksittäisten SNP. Lisääntynyt ymmärrys toiminnallisuutta näiden polymorfismien ja niiden merkitys tuumoribiologiassa on välttämätöntä erottaa syitä epäjohdonmukaisuuksia kirjallisuudessa, jotka voivat myös auttaa suunniteltaessa assosiaatiotutkimuksiin tulevaisuudessa.

polymorfismit mukana tässä tutkimuksessa on rs699947, rs1570360, rs833061, rs2010963, rs1413711 ja rs3025039 ja ovat yleisesti tunnettu VEGFA-2578 A /C, -1154G /A, -460 C /T, +405 G /C, +674 C /T ja +936 C /T, vastaavasti. VEGFA-2578 A /C on nimetty sen sijainti suhteessa translaation aloituspaikasta (-1540 bp suhteessa transkription aloituskohdasta), ja sijaitsee promoottorialueen. Samoin +405 G /C on myös tunnettu -634 G /C. Nimet Muiden polymorfismien perustuvat sijainti suhteessa transkription aloituskohtaan (-460, +405) tai lopussa (+936) päällä, ja siksi nämä SNP sijaitsevat promoottori, 5′-transloitumaton (UTR) ja 3 ’ -UTR alueilla, vastaavasti. +674 C /T on läsnä introni 1 geenin alue. SNP tässä asiakirjassa viitataan omien dbSNP id numeroita. Nämä SNP: t ovat lähellä HRE alueen ja signalointi peptidin sekvenssin geenissä. Tämä asettaa heidät parrasvaloihin mahdollisuuksia geenien ilmentymisen modulaation riippuen alleeli läsnä.

6 polymorfismia VEGF-geenin on mukana meidän tapauskontrollitutkimuksessa epiteelin munasarjasyöpä, jonka tavoitteena on tutkivat rooli perimä diagnostisina tai prognostisia työkaluja ja niiden vastaavuus tautitilanteesta ja kliinis tekijöistä. Esitämme ensimmäinen tällainen tutkimus työllistää väestön Intian niemimaalle Kaakkois-Aasiassa.

Tulokset

Association of polymorfismien tautiin

kuusi polymorfismit genotyypitetty 300 tapauksessa ja 320 kontrollit kaikki todettiin olevan Hardy-Wienberg tasapaino. Alleelinen jakelu ja yhdistys on esitetty kuvioissa 1 ja 2 suhteen OR ja 95%: n luottamusväli. rs 1570360, rs 833061, rs 2010963 ja rs 3025039 näytteillä erittäin vahva yhdistys (p-arvo 0,001) ja sairauden tila. rs 1413711 näytteillä merkittävää yhteyttä sairauden sekä (p-arvo 0,01). rs 699947 osoittanut mitään yhdessä sairaustilan tutkimuskohortissa. Genotyyppitietojen jakauma SNP on esitetty kuvassa 3 ja arvion mukaisesti sekä hallitseva ja väistyvä malleja yhdistyksen laskettiin. Niistä testattu mallia, hallitseva malli osoitti suurempi merkitys yhdessä tauti (tiedot esitetty S1 taulukko).

Association of polymorfismien kanssa pahanlaatuisen ja muiden kliinis-patologisten tekijöiden

kaikkiaan yksitoista kliinis tekijät sisällytettiin tutkimukseen kuten ikä diagnoosin, kuukautiskierron tila, FIGO vaiheessa laatu, histopatologia, kahdenvälistä kurjuuden munasarjat, ennen leikkausta plasma CA-125 tasoilla, kasvaimen tyyppi , läsnäolo tai puuttuminen askitesta, läsnäolo tai puuttuminen jäljellä taudin ja uusiutumisen kuluessa yhden vuoden jälkeisen leikkauksen. (S2 Taulukko värvää kliinis tekijät sisällytetään tutkimus). Post-op CA125 tasot arvioitiin myös yhdessä polymorfismien korreloivan ennusteeseen rinnalla toistuminen, vaikka tiedot kaikkien näytteiden ei voitu hakea. Kuitenkin yhdistys koe tehtiin käytettävissä datan alijoukon. On yhdistys analyysi koko tapauksen kohortin välillä polymorfismien ja kliinis-patologisia tekijöitä, SNP rs 699947 ja rs 1413711 osoittanut mitään yhdessä pahanlaatuisen tai taudin tilasta. Kaikki muut SNP osoittivat merkittävää yhteyttä maligniteetti joiden p-arvo 0,001. Taulukossa 1 esitetään yhteenveto tuloksista, jotka on saatu yhdistys polymorfismin kanssa kunkin kliinis tekijöistä.

Kytkentä tiedot ja haplotyyppi yhdistysten

Emme voineet havaita mitään merkittävää välisen yhteyden jollekin polymorfismit (kuvio 4). Vaikka rs1413711 ja rs3025039 osoittavat kohtuullisen laajuudesta sidonnaisuudet D ”arvo 0,605, mutta se on kaukana standardi katkaista oletettiin D ’0,8 tai yli. Arvioidessaan haplotypes lukien kaikki SNP ei saatu selkeää fore-juoksija samoin. Kun haplotyyppianalyysissä ajettiin ilman rs699947 ja rs1413711, joukko 5 haplotyyppien joukosta 16 saaduilla PHASE oli taajuudella 5%. Haplotyypit tutkittavana olivat SNP rs833061, rs1570360, rs2010963 ja rs3025039. TGGC (37%), CGGC (19%), CGCC (9%), TGCC (12%) ja MerkintäC (8%) osuus oli 85% tutkimuksen väestöstä. Taulukko 2 arvelee näiden haplotypes, niiden taajuus tapaus-verrokki ikäluokat ja testattu yhdistys p-arvo on haplotypes sairauden kanssa. Näistä TGGC havaittiin 50% koko väestöstä verrokeilla, mutta vain 24% tapauksista ja liittyy merkittävästi koteloinnin tekijä. CGCC havaittiin olevan 11% tapauksista, mutta vain 6% kontrolleissa ja liittyy merkittävästi taudin tilasta.

vaikutus haplotypes sairauksien aggression ja maligniteetin

haplotyypit edellä mainitut tutkivat mistään yhdessä tauti aggression ja maligniteetti. Haplotyypin TGGC liittyy hyvin merkittävästi suojaavana tekijänä (p-arvo 0,001) sen homotsygoottisia kunnossa. Heterotsygoottinen TGGC ehto ei osoittanut mitään vaikutusta tai yhdistys. CGCC liittyy merkittävästi pahanlaatuisuuteen (p-arvo 0,0198). Havaittiin myös, että korkea pahanlaatuinen potentiaali havaittiin kantajia CGCC haplotyyppien sen homotsygoottisia kunnossa mutta Heterotsygoottisuuden ei ollut merkittävää vaikutusta. Tämä antaa aiheen käsitystä, että haplotyyppien TGGC ja CGCC voi olla kopioluvun tai annoksesta riippuvainen vaikutus. Havaitsimme, että potilaat isäntänä CGCC osoitti suurempi ilmaantuvuus läsnäolosta 500ml askites (tilastollista merkitsevyyttä ei saavutettu) ja korkeamman ennen leikkausta plasma CA-125 tasoa (p-arvo 0,017). Isännät haplotypes CGCC ja CGGC myös näytteillä on suurempi taipumus aggressiivinen sairaus ja maligniteetti. Taulukko 3 antaa yleiskuvan haplotyyppifrekvenssit niiden homotsygoottisia ja heterotsygoottinen olosuhteet sekä niiden ja taudin esiintyminen on ylioppilaaksi kanssa Yates korjausta. Ei ollut havaittua yhdistyksen välillä tahansa haplotyyppien kanssa toistumisen sairauden kuluessa yhden vuoden eikä sitä liittyvät jäljellä tautitilannetta nykyisessä tutkimuksessa.

Keskustelu

tarvitset verisuoniston tukijärjestelmä on olennaista kasvun, on se kasvainsoluja tai normaaleja soluja. Kasvaimen angiogeneesi on ensisijainen tapahtuma, joka täyttää tämän tarpeen, jota ilman kasvainsolut ei voi kasvaa yli 2 mm ja pysyä lepotilassa [7]. Monivaiheinen tasapaino pro ja anti- angiogeenisten tekijöiden on välttämätöntä terve angiogeneesiä. EOCs, joka angiogeneesistä riippuvaista, edellyttävät angiogeeninen kytkin, joka kallistaa tasapainoa suosimalla angiogeneesi [8]. Kehittyneissä munasarjasyöpä, VEGF-A aiheuttama patologiseen angiogeneesiin johtaa maligni askites tuotantoa ja lopulta sairauden etenemistä ja hoidon epäonnistumisen. Lukuisia SNP VEGF-geenin on havaittu, että on liittynyt muuntelemiseksi VEGF-A-proteiinin ilmentyminen ja herkkyys eri karsinoomat [9-13]. Tutkimukset kyselemällä vaikutus polymorfismien ja testaamalla niiden voimassaoloaikaa ennustetekijöitä markkereita tai riskitekijöitä ovat kaukana ja muutama, ja useimmat niistä valkoihoisilla kilpailuista. Tutkimuksissa käytettiin Aasian alaryhmä ovat harvassa.

Joukossa muutamia tutkimuksia munasarjasyöpiä, rs3025039 havaittiin liittyvän riskitekijänä yhdessä tutkimuksessa [14] ja siihen liittyi parempaan ennusteeseen toisessa tutkimuksessa [15] . Tutkimuksemme sekaantunut SNP huonon ennusteen ja riskitekijä kuin aikaisemmassa tutkimuksessa. rs2010963 liittyy voimakkaasti parempi ennuste mutta heikko yhdistys tapauksessa rs803361 [16]. Tutkimus osoitti myös, että tsygoottisuus pidetään itsenäistä ennustetekijöiden merkitystä. Tutkimus myös rs2010963, rs1570360 ja rs699947 eivät osoittaneet merkitsevää yhteyttä polymorfismien tahansa kliinis-patologisia parametrit mutta liittyy merkittävää muutosta VEGF-A: ilmaisu, mutta ei yhdessä ilman taudin etenemistä tai ennustetta ja ehdotti merkittävä kytkentäepätasapaino- näiden joukossa polymorfismit [17 ]. Haplotyyppianalyysi Tutkimuksessa ei ilmennyt merkittävää yhteyttä kliinis-patologinen parametrit, vaikka yksi niiden haplotyyppien AGCGC (rs699947, rs1570360, rs833061, rs2010963 ja rs3025039) osoittivat merkittävää yhteyttä ilman taudin etenemistä.

SNP meidän tutkimus kuitenkin osoitti vahvaa yhdessä tautitilanne, eivät osoittaneet mitään merkittävää kytkös itseään raportoitu useissa muissa tutkimuksissa [18-22]. Useat SNP mukana osoittivat merkittävää yhteyttä tiettyjen kliinis-patologinen parametreja. rs3025039 osoitti merkittäviä yhdistysten pahanlaatuinen räjähdykseen, FIGO vaiheissa, kahdenvälistä koettelemus, post-op CA125 plasmassa, vatsaonteloon sekä toistuminen osoittaa sen olevan lupaava merkkiaine huono ennuste. rs1413711 ja rs2010963 liittyy merkittävästi läsnä askitesta mutta merkitystä ei nähty kohonneeseen askites. rs833061 liittyy kahdenvälisiin ahdistuksesta munasarjojen ja vielä voimakkaammin sisällä pahanlaatuinen osajoukon tapauksessa näytteet. rs699947 ei osoittanut yhdistyksen tautitilanteen tai muu kliinis-patologisia parametrit.

epäselvyyttä polymorfismi dataa populaatioiden voidaan osittain explicated kannalta kantoja näiden hyvin raportoitu polymorfismien sekä isoformeja VEGF-A, joka tiedetään olevan anti-angiogeeninen. Niin paljon kuin angiogeeninen kytkin tapahtuu hyväksi angiogeneesin sattuessa tumorigeneesin, on myös itsesääntelymekanismia suhteessa VEGF-A-geenin, joka ylläpitää hyvä tasapaino pro- ja antiangiogeenisia isoformeja VEGF -A-geenin.

eksoni 8 VEGF-geenin on ainutlaatuinen kyky tuottaa sekä pro ja anti angiogeenisten isoformeja VEGF-A. Vaikka eksoni 8a antaa pro-angiogenecity, eksoni 8b annetaan anti-angiogenecity. Vaihtoehtoinen silmukointi, joka tuottaa mRNA 8b kodonien tuottaa koko joukon isoformeja VEGF-A, jotka ovat täysin ristiriidassa vaikutukset mRNA 8a osajoukkoja. Perrin et al ovat raportoineet, että ilmentyminen VEGF-A:

xxxb isoformit osaltaan estää kilpailevasti sitoutumalla reseptoreihin, mutta ei stimuloi tyrosiinifosforylaatiota välttämättömiä loppupään angiogeeninen aktiivisuus johtuu VEGF-A

xxxa isoformeja. VEGF-A

xxxb isoformit ovat siten endogeenisten anti-angiogeeninen aineita muodostuu vaihtoehtoisen silmukoinnin ja sanotaan vaikuttaa muut kasvutekijä olosuhteissa ja silmukoinnin tekijä saatavuutta. VEGF-A

165b isomuodot on raportoitu alassäädetty erilaisissa syövissä kuten munuaissolukarsinooma, eturauhassyöpä ja paksusuolen syöpä [23-25].

Tämä nimenomainen piirre VEGF-A liittämiseen ja vaihtoehtoinen isoformi tuotanto on ehdottomasti kannattaa yksityiskohtaisen tutkimuksen jälkeen tutkivan tutkimuksia SNP maailmanlaajuisesti ei ole tuottanut yksimielisyyttä data, joka on implicative. Osa syy tähän on vaihteleva ehto in vivo syöpäpotilailla. EOCs ovat vieläkin monimutkaisempi, koska tuore raportti osoitti niiden olevan enemmän sekoittaa alkuperää eikä vain pintaepiteelissä [26]. Tämä heterogeeninen Invivo milieu tekee modulaatio VEGF-geenin ilmentymistä erittäin monimutkainen.

SNP: rs 699947, rs 833061 ja rs 1550360 on promoottorialue ovat yhteisiä sekä VEGF-A

xxxa ja VEGF -A

xxxb isoformit ja siten yhdistyksen näistä SNP sairauden kanssa voi tarkoittaa joko tavalla. Yksi, se voisi yhtä mieltä, että angiogeneesiä isoformit ovat yhä ilmaistu tai se voi myös tarkoittaa, että antiangiogeeninen isoformit sorretaan. SNP rs 2010963 on alueella 5 ’UTR alue. VEGF-geeni on ainutlaatuinen siinä, että sillä on 1038bp 5’UTR-alue, joka on 2 IRES (sisäinen ribosomin sivustoja) elementit (IRES-A ja IRES-B), joka on differentiaalisesti otettu käyttöön riippuen solunsisäinen edellytykset of normoksia ja hypoksia [27]. Siksi vaikutus rs 2010963 voisi osoittautua epäselvä ottaen uuden, että pitkä muoto VEGF-A mRNA (johon on lisätty 180 aminohapposekvenssi) on tuotettu, joka moduloi edelleen VEGF: n ilmentymistä-A mRNA: t. rs 1413711 on, mukana tässä tutkimuksessa, ei ole hyvin tutkittu kuin muut polymorfismien mutta on silti syytä katsella, ollessa introni 1 -alueella. Tutkimuksessamme se ei aiheuttanut mitään merkittävää yhdessä kliinis tekijöiden mutta liittävät huomattavaa merkitystä (p = 0,01) kanssa tautitilanne. SNP rs 3025039 on hyvin dokumentoitu, että 3 ’UTR alue VEGF-A-geenin. On tunnettua vaikuttaa eritetyn VEGF-A-proteiinin ja sen on todettu olevan merkittävää yhteyttä useimmissa tapauksessa-kohorttitutkimusten. Tämä SNP, tutkimuksessamme liian näytteillä erittäin vahva yhdessä tautitilanne ja huonompi ennuste.

Tämä tutkiva tutkimus on ensimmäinen, joka yrittää tässä potilasryhmässä ja yhteenvetona esittää rs3025039 liittyvän niin lupaava merkkiaine ennuste kun taas muut polymorfismit tutkimuksessa liittyi muutama kliinis-patologisia parametrit ja olivat tuloksettomia heidän ennustetekijöiden valmiuksia. Polymorfiat ei käynyt ilmi vahva yhdessä maligniteetti ja näin voidaan osallinen riskitekijöinä. Tämä summittaisesti on vain paperia, joka käsitellään vaikutus VEGF-A polymorfismien epiteelin munasarjasyövän Kaakkois-Aasian väestöstä, erityisesti pan-Intian.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteiden kerääminen

yhteensä 300 potilasta diagnosoitu primääri munasarjojen epiteelin kasvaimia Kidwai Memorial Institute of Oncology, Bangalore, Intia, sisällytettiin tutkimukseen.

Ensimmäinen institutionaalinen diagnoosi epiteelin munasarjasyövän varmistettiin tarkastelu patologisten dioja ylin patologia. Niistä 300 tapauksessa, 202 (67,3%) oli pahanlaatuinen tapauksissa 31 (10,3%) oli rajatapaus tai Low pahanlaatuistumisriskin (LMP) kasvaimia ja 67 (22,4%) oli hyvänlaatuisia kasvaimia. Näistä tiettyjen ennalta mensus näytteitä oli 88 (29,3%) ja post-mensus näytteitä 212 (70,7%). 320 terveiden verrokkien, Hyväksytty iän ja vaihdevuosien tila, rekrytoitiin tutkimukseen. Keski-ikä asia kohortin oli 51 ± 12 vuotta ja 48 ± 17 vuotta valvontaa. 30,9% (99/320) valvonnan olivat ennen menopaussia ja 69,1% (221/320) oli postmenopausaalisilla. 65,8% tapauksista oli korkea vaiheessa ja korkea laatu, ja 63,8% tapauksista oli serous munasarjan epiteelin syövät. 64,9% tapauksista kahdenvälisesti vaivansa ja 86,6% tapauksista ilmeni runsaasti CA125 tasolla. Askites havaittiin 80% tapauksista. S2 Taulukossa on antaa in-yksityiskohtaisesti ottaen väestörakenteesta tapaukset otetaan tutkimukseen. 5 ml verta kerättiin kaikissa aineissa, ennen käsittelyä, hepariinin vacutainers ja käsitellä heti siellä jälkeen. Solupelletti varastoitiin -20 ° C DNA-eristystä varten ja genotyypin määritystä.

Kaikki kasvaimia porrastettu WHO: n kriteerien ja lavastettuja mukaan Federation of naistentautien ja synnytysten (FIGO) luokitus. Tietoa syövän diagnosointiin, tauti vaihe (FIGO), histologisia laatu ja alatyyppi, pre operatiivinen CA-125 tasoilla, jäljellä tauti ja uusiutuminen oli otetun potilastietoja.

Tutkimus hyväksynnän antoivat Institutional Review Board ja lääketieteellinen eettinen komitea ja kirjallinen suostumus saatiin kaikilta osapuolilta.

DNA eristys

Perimän DNA uutettiin ääreisverinäytteestä käyttäen QIAamp® DNA: n eristämiseksi sarjat (QIAGEN) kohti valmistajan protokollaa. DNA: n konsentraatio mitattiin nanodrop Thermo tieteellinen.

genotyypin

polymeraasiketjureaktio-restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (PCR-RFLP) käytettiin määrittämään 6 VEGF-A polymorfismien käyttäen aiemmin julkaistu protokollia vähäisin muutoksin.

PCR suoritettiin 30 ul:-reaktio- seokseen 50-100ng templaatti-DNA, 1U Taq-polymeraasi-entsyymiä (Bangalore genei) ja 1X puskuria toimitetaan yhdessä entsyymin. 0,3 gm vastaavien alukkeiden (Sigma), 0,5 mM dNTP-seosta ja 1,5- 2 mM MgCI

2 muodostivat PCR-seosta. PCR suoritettiin Eppendorf PCR lämpösyklilaitteeseen, jossa alkudenaturaatio 95 ° C: ssa 5 min, jota seuraa 35-40 sykliä denaturointi 95 ° C: ssa 40 sekuntia, pariutuminen 40 sekuntia, pidennys 72 ° C: ssa 20 -40 sekuntia ja lopullinen laajennus viiden minuutin ajan 72 ° C: ssa. PCR-alukkeet ja kunkin hehkutus lämpötiloissa, joita käytetään kullekin SNP lueteltu taulukossa 4.

Saadut DNA-amplikonien digestoitiin yön yli restriktioentsyymillä. Rajoitus entsyymit hankittiin New England Biolabs ja rajoitus lämpötilaolosuhteet seurasi valmistajan protokollaa. Käytetyt entsyymit olivat BglII (rs699947), BstUI (rs833061), MnlI (rs1570360), BsmFI (rs 2010963), BaeGI (rs 1413711) ja Nlalll (rs3025039). BstUI käytettiin 2U pitoisuus, kun taas loput entsyymejä käytettiin 1U pitoisuus reaktioseoksessa tilavuus 25 ui. Digestoitu amplikonit erotettiin etidiumbromidigeeli vaihtelee 1,5-3% agaroosia riippuen amplikonin koko. Bändi koot todenneessa kanssa käyttämällä 50 bp ja 100 bp tikkaat.

Työntövarret haplotyypin ja tilastollinen analyysi

nostolaite ja haplotyyppianalyysissä suoritettiin käyttäen haploview 4.2 ja vaihe 2.1.1 versio. Χ

2 testiä käytettiin onko genotyyppi jakaumat olivat sisällä Hardy-Wienberg tasapaino. Chi square ja logistinen regressio analyyseja sovellettiin tutkia yhdistyksen välillä kuljettamisesta merkkejä ja tautitilanne ja muut kliinispatologiset tekijöistä. Kaikki tilastollinen analyysi tehtiin käyttäen SPSS versio 21.

tukeminen Information

S1 Taulukko. Analyysi polymorfismien alla hallitseva ja väistyvä malleja.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0131190.s001

(DOC)

S2 Taulukko. Väestökehitys ja kliinis näkökohtia tapauksista (yhteensä 300).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0131190.s002

(DOC) B

Kiitokset

Olemme kiitollisia potilaita kanssa, joiden yhteistyö tutkimuksessa oli mahdollista. Kiitämme Dr V. Shanmugam, Ms Lakshmi Subramaniam ja Ms Anisha Raju heidän arvokasta ja apua tietojen analysoinnin.