Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

analyysi kasvaimen näytteiden mutaatioiden on yhä tärkeämpää ajo yksilöllinen hoito syöpään. Kuten paremmin kohdennettuja hoitoja on kehitetty, vaihtoehtoja kartoittaa mutaatioita useita geenejä yhdessä kasvaimen näyte on tulossa entistä houkuttelevampi ja odotetaan tulevan tukipilari molekyylitason diagnoosin ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) tulevaisuudessa.

Materiaalit ja menetelmät

238 ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) kasvain näytteet analysoitiin käyttämällä mukautettua paneelia 82 mutaation määritysten poikki 14 onkogeenien kuten

KRAS

ja

EGFR

käyttäen Sequenom iPlex Matrix Assisted Laser Desorption /Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF). Vertasimme generoitu

KRAS

mutaatioita niitä havaitaan Amplification Refractory Mutation System (ARMS), joka DXS TheraScreen K-RAS mutaatio Kit.

Tulokset

ARMS havaittu mutaatioiden 46/238 tuumorinäytteissä. Näytteissä on mutaatioita havaita molemmat lähestymistavat, 99,1% yleiseen sopimukseen havaittiin. MALDI-TOF menetelmä havaita vielä 6 näytteitä

KRAS

mutaatio positiivisia ja myös Tietoja samanaikaisesta mutaatioista, myös

PIK3CA

ja

TP53

.

johtopäätökset

Sequenom MALDI-TOF menetelmä tarjoaa herkän paneeli lähestymistapa, jossa käytetään tehokkaasti potilaan diagnostisia näytteitä. Tämä tekniikka voi antaa mahdollisuuden toimittaa kattavan seulonnan asiaan biomarkkereiden klinikalle aiemmin sairauksien hallintaan, ilman toista koepala ja mahdollistavat downstream analyysiä NSCLC jos saatavilla kudos voi olla tyhjä.

Citation : Sherwood JL, Müller S, Orr MCM, Ratcliffe MJ, Walker J (2014) paneeli Based MALDI-TOF Kasvainten Profilointi on herkkä menetelmä havaitseminen Mutaatiot Clinical Non pienisoluinen keuhkosyöpä Kasvain. PLoS ONE 9 (6): e100566. doi: 10,1371 /journal.pone.0100566

Editor: Anthony WI. Lo, Kiinan University of Hong Kong, Hongkong

vastaanotettu: 21 maaliskuu 2014; Hyväksytty: 23 toukokuu 2014; Julkaistu: 23 kesäkuu 2014

Copyright: © 2014 Sherwood et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Tiedot ovat saatavilla luvut käsikirjoituksen ja täydentävässä taulukossa.

Rahoitus: Tämä työ rahoittivat AstraZeneca. Rahoittaja antoi tukea muodossa ofmsalaries tekijöille JLS, MCMO, MJR, ja JW ja Sequenom GmbH kirjailija SM, mutta ei ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu tai analysointi päätös julkaista tai valmistelua käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: JLS, MCMO, MJR, ja JW ovat työntekijöitä ja osakkaina AstraZeneca, jonka yhtiö rahoitetaan tässä tutkimuksessa. SM on työntekijä Sequenom GmbH. Liittyviä patentteja selumetinib ovat seuraavat: patentid patenttitle, US200903005, 8, tosylaattisuola 6- (4-br0m0-2-chl0r0phenylamin0) -7-fluori-n- (2-hydroksietoksi) -3-metyyli-3H-benzimi bendatsoli – 5 – karboksiamidi, MEK estäjä käyttökelpoisia syövän hoidossa, US200924627, 4 farmaseuttisen koostumuksen 271 US201013051, 9 yhdistelmähoito käsittää AZD2171 ja azd6244 tai mek-estäjä. II, US200323286, 9 N3 alkyloidut bentsoimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjät, us7842816 n3 alkyloidut bentsoimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjät, US7777050 N3 alkyloidut bentsoimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjät, US7576114 N3 alkyloidut bentsoimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjät, US8193229, käsittelytapa käyttämällä n3 alkyloituja bentsoimidatsolijohdannaisia MEK-inhibiittoreita, US8193230, koostumuksia, jotka käsittävät n3 alkyloidut bentsimidatsolijohdannaisia ​​MEK-inhibiittoreita ja menetelmiä niiden käyttämiseksi, us7235537, N3 alkyloidut bentsimidatsolijohdannaisia ​​MEK-inhibiittoreita, US7973170, N3 alkyloidut bentsimidatsolijohdannaisia ​​MEK-inhibiittoreita, US8003805, N3 alkyloidut bentsimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjät , US7425637, N3 alkyloidut bentsoimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjät, US8178693, N3 alkyloidut bentsoimidatsolijohdannaisia ​​MEK estäjiä. Ei ole muita patentteja, tuotteiden kehittämiseen tai kaupan tuotteiden julistaa. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

NSCLC muodostaa noin 85% kaikista keuhkosyövässä [1]. Noin 20% valkoihoisista NSCLC nousten yli 26% niistä, joilla adenokarsinoomat (ADC) on aktivoivia mutaatioita

KRAS

[2]. Aasian väestö on

KRAS

mutaatio esiintyvyys 11% ADC. Mutaatiot

EGFR

ovat läsnä 48% Aasian NSCLC ADC versus 19% valkoihoisilla ADC.

EML4-ALK

mutaatiot ovat läsnä 6% valkoihoisia NSCLC ADC ja 5% Aasian ADC [2]. Molecular analyysi poikkeavuuksia

EGFR

ja

ALK

on vakiintunut ja käyttää tunnistamaan potilaita sopivia kohdistettuja hoitomuotoja kuten EGFR tyrosiinikinaasin estäjät (TKI) gefitinibi, erlotinibi ja afatinib, ja

ALK

estäjät, kuten crizotinib [3].

KRAS

on tärkeä syntymässä markkeri NSCLC. Kliininen arvo perustamisesta

KRAS

mutaatiostatus voi lisääntyä, jos kehitystä MEK estäjien NSCLC kanssa KRAS välittää positiivista riski hyöty tuloksia potilaille. MEK tiedetään olevan alavirran efektori

KRAS

signalointi ja on liitetty solujen lisääntymisen ja kasvaimen kasvua. Selumetinib (AZD6244, ARRY-142886) on tehokas ja selektiivinen, ei-ATP-kilpailuun MEK1 /2-inhibiittori [4]. Tuoreessa kliinisen vaiheen II (NCT00890825) verrattuna tehoa selumetinib yhdistettynä doketakseliin doketakselia yksinään valmiiksi saaneilla

KRAS

mutaatio-positiivinen paikallisesti levinnyt tai metastaattinen ei-pienisoluinen keuhkosyöpä. Keskimääräinen eloonjäämisaika oli 9,4 kuukautta (6,8-13,6) on selumetinib ryhmässä ja 5,2 kuukautta (95% CI 3,8-non-laskettavissa) lumelääkeryhmässä (riskisuhde (HR) kuolemalle was0 · 80, 80% CI 0 · 56 -1 · 14; yksipuolinen p = 0,21). Mediaani ilman taudin etenemistä oli 5 · 3 kuukautta (4 · 6-6 · 4) kun selumetinib ryhmässä ja 2,1 kuukautta (95% CI 1,4-3,7) plaseboryhmässä (HR progression 0,58, 80% CI +0,42-0,79 , yksipuolinen p = 0,014) [5]. Tehoa selumetinib villityypin

KRAS

NSCLC ei ole vielä vahvistettu. Muut MEK estäjien kehittämiseen kuuluu cobimetinib (GDC-0973, XL-518) ja trametinib. Jälkimmäinen oli äskettäin hyväksytty käytettäväksi FDA

BRAF

V600E mutatoitunut melanooma. Osoitetaan selkeä kliinistä hyötyä

KRAS

mutaatio-positiivisten NSCLC väestö johtaa lääkkeen hyväksyntä ajaisi tarvetta tunnistaa asiaan

KRAS

mutaatioita NSCLC potilaiden diagnoosin lisäksi

EGFR

ja

ALK

poikkeamia, ilmoittaa hoitopäätöksiä.

NCT00890825 tutkimuksessa varret perustuu DXS TheraScreen K-RAS mutaatio Kit käytettiin prospektiivisesti tunnistaa

KRAS

mutaatio-positiiviset potilaat voivat saada satunnaistamisesta ja hoitoon. ARMS metodologia valittiin, koska se tarjoaa erinomaisen herkkyyden ja spesifisyyden formaliiniin parafiiniin upotetut (FFPE) materiaalia verrattuna suora sekvensointi [6], [7]. Kliinisessä tutkimuksessa, jossa tämä qPCR perustuva menetelmä voidaan suorittaa nopeasti vasteaika on pieni potilas numerot kuin näytteet saatiin.

Toisessa Viime tutkimuksessa selumetinib vuonna ihomelanooman, NCT00936221 [8], näytteet analysoitiin käyttämällä yhdistelmää ARMS ja sekvensointi menetelmiä testata

BRAF

mutaatiota kodonissa V600.

Sequenom iPlex Pro MALDI-TOF-tekniikka mahdollistaa useiden mutaatioiden FFPE näytteitä voidaan analysoida yhden tutkimuksen avulla multiplex PCR-reaktioissa [9]. Tekniikka käyttää pieni (-80 emäsparia) PCR-tuotteen monistus, joka on optimaalinen vahvistus on hajanainen DNA-templaattien kuten uutettu FFPE tuumorinäytteessä. Sen jälkeen monistamisen, yhden emäsparin jatke vaihe suoritetaan paikalla mutatoidun pohjan kohteisiin, joiden massa muokattu ddNTP päättyminen sekoitetaan. Etuna tässä lähestymistavassa on kyky ratkaista neljää tukikohtia spektrien. Saatu fragmentti, jossa on modifioitu emäs mutaation, sitten analysoitiin käyttäen Sequenom MassARRAY massaspektrometriin, joka on suunniteltu ja optimoitu erityisesti nukleiinihappojen havaitsemiseen. Selkeä etu tässä järjestelmässä on kyky tunnistaa tahansa mutantti pohja annetussa kohdassa tarkoittava määrityksen kattaa kaikki kolme mahdollista emäsmuutosten ilman erillistä määritystä varten kunkin mahdollisen mutaation. Esimerkiksi Gly12Cys mutaatio

KRAS

johtuu G T transversiosta asemassa 34. Sequenom iPlex Pro havaitsee mitään mutaatiota tällä perusasento lukien Gly12Arg ja Gly12Ser mutaatioiden aiheuttama G C siirtyminen ja G tranversion vastaavasti. Tämä vähentää templaatti-DNA vaatimus ja näin ollen minimoi kudoksen kysyntää.

Kirjoittajat raportoivat, miten MALDI-TOF menetelmä verrata ARMS menetelmänä havaita

KRAS

ja

BRAF

mutaatiot kliinisistä näytteistä ja miten käyttää multiplex paneelin antoi meille mahdollisuuden arvioida yleisyydestä harvinaisempaa mutaatioiden meidän NSCLC kohortissa.

Materiaalit ja menetelmät

Kasvainten Sample Analysis

238 NSCLC potilas näytteet olivat peräisin NCT00890825 tutkimuksen [5].

177 melanoomaa näytteitä NCT00936221 tutkimus [8] lisäksi kerätään ja käsitellään kuten on kuvattu Robert et al [8].

kaikki menetelmät suoritettiin mukaisesti Helsingin julistuksen (1964, muutettu vuonna 1975, 1983, 1989, 1996 ja 2000) sekä Maailman lääkäriliiton ja kaikki potilaiden toimitetut näytteet analysoitavaksi tehtiin niin täydellä tietoinen suostumus potilaita.

Patologian

potilaat tässä NSCLC kohortissa edellyttäen kasvaimen näyte vuodelta välillä toukokuussa 2007 ja toukokuussa 2010. näytteitä vahvistettu histologisesti tai sytologisesti kuten vaiheessa IIIB-IV ei seuraavat H 3). Niille mutaatiot havaittavissa molemmilla alustoilla positiivinen prosenttiosuus sopimus (PPA) väliin ARMS menetelmä ja MALDI-TOF menetelmä oli 97,8% (taulukko 4) ja kokonaisprosenttiosuutta sopimus (OPA) oli 99,1%. Spesifisyys Sequenom alustan näytteissä perustettu villityyppiin ARMS oli 98,3% (negatiivinen prosenttiosuus sopimus).

Kaksi ristiriitainen näytteet ovat yksi näyte, jossa MALDI-TOF havainnut G12D mutaation kanssa ARMS määrityksen tulos ylittää kuvatut kriteerit kit insertti positiivisen tuloksen. Toisessa näytteessä, MALDI-TOF syntyy mitään havaittavaa signaalia, kun taas ARMS havainnut G12C. Todennäköisin selitys tälle on se, että suuri osa villityyppisen DNA voi ylittänyt analyyttisen herkkyyden standardin iPlex Pro kemiaa. On osoitettu, tämän ryhmän (tietoja ei julkaista) että tämä paneeli pystyi havaitsemaan mutaatioita voimakkaasti alas 5% (raja meidän analyysi) käyttäen solulinjaa lisäaineita.

Siksi Sequenom MassARRAY alustan esiintyy vähintään yhtä hyvin (OPA = 99,1%) arvioidaan

KRAS

mutaatiostatusta kliinisesti käytettävissä NSCLC FFPE otoksia kuin ARMS alustan (taulukko 4), jossa on parannettu analyyttinen herkkyys (taulukko 3).

yleisyys Muut mutaatiot NCT00890825 NSCLC kohortti

MALDI-TOF data synnytettiin ylimääräisiä mutaatioista, myös kodonin 12, 13 ja 61

HRAS

ja

sääntelyviranomaisten

ja kodonin 600

BRAF

. 107 238 näytettä (45%) oli positiivisia ainakin yksi mutaatio (katso taulukko S1). 52/238 (22%) potilaista oli mutaatiot

KRAS

, sopusoinnussa odotetaan esiintyvyys NSCLC [2] (taulukko 5).

sääntelyviranomaiset

mutaatioita havaittiin 5 potilaalla (2,1%) sisältäen 3 Q61 mutaatiot, G12 ja G13 mutaatio. Oli 3

BRAF

V600E mutantti näytteitä ja 2

HRAS

mutantti näytteitä kodoneissa Q61 ja G12.

Useat tunnetuista

TP53

mutaatioita tutkittiin ja niiden havaittiin olevan läsnä 23/238 (10%) potilaista. On huomattava, että MALDI-TOF määritys vain kuulusteltiin 10/480 (2%) substituutioiden, jotka on raportoitu keuhkoissa suunnitelmallisella näyttöihin COSMIC tietokantaan [13], vaikka ne olivat 10 yleisimmät mutatoitunut emäkset raportoitu siinä ( taulukko 5).

EGFR

mutaatioita havaittiin 20/238 (8,8%) ja näytteitä. Tämä on hieman odotettua vähemmän aiemmista raporteista, jotka viittaavat siihen,

EGFR

mutaatiot ovat läsnä 10%: sta 15% valkoihoisista kanssa NSCLC [15]. Useat tekijät ovat saattaneet osaltaan alhainen esiintyvyys

EGFR

mutaatioita tutkimuksessamme. Ensinnäkin 9% meidän näytteistä oli okasolusyöpä, joka on paljon pienempi esiintyvyys

EGFR

mutaatioita kuin ADC. Toiseksi, emme voi sulkea pois paikallisen esivalinnassa potilaiden Tutkimuksessamme takia tuntemus

KRAS

positiivisuuden seuraavat paikallisten testaus,

EGFR

positiivisilla siirtymiseen kohti TKI-terapialle tai suuremmalla osalla koehenkilöiden tupakointianamneesista, joka olisi vähemmän todennäköisesti

EGFR

mutaatioita [2], [12].

Samanaikaisuuden mutaatiot NSCLC

10/52 (19%) potilaista, joilla on

KRAS

mutaatiot oli samanaikainen mutaatioita, yleisin, jotka olivat

TP53

,

PIK3CA

ja

CDNK2A

. Kuva 1a. esittää samanaikaisuuden mutaatioiden kunkin kasvaimen näytteestä, joka sisälsi ainakin yksi mutaatio, n = 107.

B).

KRAS

mutatoitunut näytteiden NCT00890825 samanaikaisen mutaatioita.

Kuva 1b. esittää 10 näytettä, jotka olivat

KRAS

positiivinen ja oli samanaikainen mutaatioita. Neljä näytettä oli

TP53

mutaatioita, jotka olivat joko

TP53

R282 tai R175 DNA sitova mutaatioista. Molemmat mutaatiot ovat top 6 yleisimmät

TP53

mutaatioita löydettiin syöpä ja ovat haitallisia TP53 toiminto [16].

Kaksi näytettä oli

KRAS

G12D-mutaatio kanssa yhdessä esiintyvät aktivoiva

PIK3CA

mutaatio. Samanaikaisuuden Näiden mutaatioiden on havaittu aiemmin [12]. Yksi näyte sisälsi R248C mutaatio

FGFR

solunulkoinen joka oli yhteneväinen

KRAS

G12C.

FGFR3

mutaatiot ovat läsnä noin 3% keuhkosyöpä [17] ja R248C mutaatio tiedetään ajaa kasvainten muodostumista ksenograftimalleissa jotka estävät usean estäjä ponatinib.

One näyte

KRAS

mutaatio osoitti samanaikaisesti mutaatio, jossa on

EGFR

T790M mutaatio.

KRAS

ja

EGFR

aktivoivat mutaatiot yleensä olevan toisensa poissulkevia [18] mutta ne on havaittu erittäin alhaisilla taajuuksilla [19], [20]. T790M mutaatio tiedetään resistenssin

EGFR

TKI: n. Epätavallisen, tämä näyte sisälsi myös kaksinkertainen

KRAS

mutaatio ja

PTEN

mutaatio. On huomattava, että DNA: n pitoisuus oli erittäin alhainen tässä näytteessä ja lisävahvistusta sekvensoimalla ollut mahdollista.

Suorituskyky MALDI-TOF MS paneeli Melanooma Näytteitä

Sama MALDI -TOF MS paneeli käytettiin myös joukkoon 177 melanooman näytteiden kliininen tutkimus NCT00936221 jossa arvioitiin tehoa selumetinib yhdistettynä dakarbatsiinia verrattuna dakarbatsiinia yksinään ensilinjan potilailla, joilla

BRAF

mutaatio positiivinen kehittynyt ihon tai tuntematon primäärisen melanooman [8]. 69/177 (39%) näytteistä oli

BRAF

V600E positiivinen käyttäen MALDI-TOF. Tämä verrattuna erittäin hyvin tuloksia NCT00936221, joka suoritettiin käyttäen yhdistelmä kahdesta eri ARMS testien ja Sanger-sekvensoinnilla, mikä havaitaan BRAF V600E mutaatioita 69/177 näytteissä. Suurin osa näytteistä tutkittiin käyttäen ARMS testejä. Kaksi näytettä oli

BRAF

mutaatio positiivinen MALDI-TOF ja negatiivinen Sangerin sekvensoinnilla. MALDI-TOF spektrografit osoitti, että nämä mutaatiot olivat läsnä alle nimellisen herkkyys Sangerin sekvensoinnin, joka voi olla niinkin korkea kuin 20% mutantti-DNA villityypin taustalla. Kaksi näytettä olivat negatiivisia MALDI-TOF vaan positiivisia jota ARMS pohjainen testi. ARMS-testi oli 2% herkkyys, joka on parempi kuin 5% herkkyys me vahvistettiin MALDI-TOF-paneeli (tuloksia ei ole esitetty). Kaiken 21/177 (12%) ja melanooman näytteiden epäonnistui analyysi käyttäen joko ARMS testi tai Sangerin sekvensoinnilla, kun taas MALDI-TOF menetelmä oli onnistunut kaikissa tapauksissa.

sääntelyviranomaiset

mutaatioita havaittiin myös 38/177 (22%) melanooma näytteistä käyttäen MALDI-TOF paneeli. Suorana vertaaminen tuottamat tiedot ARMS ja sekvensoimalla yhdessä MALDI-TOF kokonaisosuuden sopimus oli 97% (152/156).

Keskustelu

Tässä tutkimuksessa selvitettiin hyödyllisyys Sequenom MassARRAY MALDI-TOF alustan mutaation havaitsemiseen NSCLC ja melanooman verrattuna aseteknologian joka on osoittanut parempia herkkyys kuin suora sekvensointi FFPE näytteissä. MALDI-TOF menetelmä oli korkeampi analyysi onnistumisprosentti näytteissä alhainen DNA tuotto, todennäköisesti johtuu pienemmän amplikonin koko (-80 bp), selvästi alle keskiarvon fragmenttikoko DNA saatavissa FFPE näytteistä (-200 ep). Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet analyyttisen herkkyyden Sequenom n massaspektrometrian teknologian 1-10% [21]. Tämä data osoittaa, että Sequenom n MALDI-TOF tekniikka on riittävän herkkä ja spesifinen voidaan käyttää suoraan terapiassa

KRAS

mutaatio positiivisia potilaita, NSCLC.

merkitys testaus mutaatioita 3 kodonia (G12, G13 ja Q61) in

KRAS

yleisesti mutatoitunut NSCLC osoitettiin havaitseminen 13% enemmän

KRAS

positiivisten potilaiden tässä kliinisessä kohortissa. Faasi III tutkimuksessa, SELECT-1, (NCT01933932) on parhaillaan käynnissä arvioida tehoa ja turvallisuutta selumetinib yhdistettynä dosetakselia

KRAS

mutaatio positiivinen NSCLC saavilla potilailla toinen hoitona. Tässä tutkimuksessa potilaat ovat valitaan käyttäen Cobas

KRAS

Mutation Test (CE /IVD), joka on suunniteltu tunnistamaan 19 mutaatioita kodoneissa 12, 13 ja 61 [22].

Other mutaatiot

HRAS

,

sääntelyviranomaisten

ja

BRAF

myös havaittu. Koska nämä mutaatiot ovat yhteydessä MEK aktivointia, potilaat kuljettavat nämä mutaatiot voi olla ehdokkaita käsittelemällä MEK estäjän vaikka merkitys näiden mutaatioiden NSCLC ei tunneta [23] – [25]. Esimerkiksi keuhkosyövän solulinjoja, jotka sisältävät

sääntelyviranomaisten

mutaatioita on osoitettu olevan herkkiä MEK estäjä selumetinib [26].

generoitu

BRAF

V600E mutaatioita melanooma näytteet osoittivat myös yhteneväinen 152/156 (97%) näytteiden ARMS tai Sangerin sekvensoinnilla osoittavat tarkkuuden MALDI-TOF MS menetelmä

BRAF

V600E mutaatioita. Ihomelanooma näytteet sisältävät usein suuria pitoisuuksia melaniinin joka estää PCR. Onnistunut näytteiden analysointi, jotka eivät käyttäen ARMS osoittanut kykyä MALDI-TOF MS -menetelmää menestyksekkäästi tuottaa tietoa melanooman näytteissä.

Tulevaisuuden haasteena klinikalla on todennäköisyys pienentää kudoksen saatavuuden lisääntyneen kysynnän vuoksi testaukseen. Juokseva refleksi testaus geneettisiä poikkeamia voi aiheuttaa tarvetta invasiivisen biopsian menettelyjä, joita voitaisiin välttää joissakin tapauksissa testaamalla kaikille informatiivinen merkkiaineita samanaikaisesti, kun potilas ensimmäinen esittelee kanssa NSCLC.

arvo Sequenom platform oli, että se käyttää vähemmän näyte kuin muut menetelmät; 2 kertaa vähemmän DNA: ta käytettiin genotyypin 27 kertaa niin paljon loci (82 vs. 3) yli 14-geenit, kuin käytettiin ARMS testi, joka näytti vain yhden geenin. Ymmärrettävästi 2 x 5 um: n leikkeitä eluoidaan 50 ui olisi riittävästi materiaalia molekyyli- luonnehdinta näytteistä tässä kohortissa. Aineisto tutkimuksessamme kertyi 1 työpäivä osoittaa sen tractability klinikalla huomioiden kääntyä vaatimuksia.

Olemme havainneet mutaatioiden samanaikainen

KRAS

in 10/52 (19%) tapauksista. Kaksi näytettä osoitti samanaikainen

PIK3CA

mutaatioiden kanssa

KRAS

.

PIK3CA

mutaatioita yhdessä

KRAS

on osoitettu resistenssin MEK-inhibiittoreita

in-vivo

[27]. Kyky havaita samanaikaisesti mutaatiot voisivat tarjota lisää kliinistä hyötyä ja mahdollisesti tarjoavat käsityksen sopiva yhdistelmä lähestymistapoja terapiaan. Potilas numerot NCT00890825 samanaikaisen mutaatiot olivat liian pieniä tarkkailla mitään linkkiä vastausta.

Meidän tuloksemme osoittavat potentiaalia hyödyllisyyttä Sequenom MALDI-TOF paneeli kliinisissä NSCLC näytteissä.

Potentiaalinen rajoittava tekijä käyttää paneelin testien kuten Sequenom taudinmäärityksen asetus on vaatimus sääntelyviranomaiset laajaa validointi jokaisen havaittavissa muunnos, joka ei ole aina suoraviivaista saatavuuden takia näytteiden vahvistettavaksi.

olisi huomattava, että käyttää tätä teknologiaa havaitsemaan mutaatioita tuumorisuppressorigeeneille kuten

TP53

ja

CDNK2A

olisi epäkäytännöllinen ja tehoton kudoksen määrän vuoksi emäksistä, joita olisi kuulustellaan.

Next Generation Sequencing (NGS) teknologia voi myös kattaa useita geenejä. NGS on erityisen edullinen, kun seulonta geenejä, jotka ovat erilaisia ​​mutaatio muotoja, kuten

TP53

, ja voi havaita uusia mutaatioita, jotain vähemmän helposti saavutettiin MALDI-TOF alustalla. NGS paneelit vaativat yleensä suuremman DNA tulo kuin tämä järjestelmä mahdollistaa sukupolven käyttökelpoista sekvensointi kirjastot ja herkkyydet voidaan rajoittaa noin 5% riippuen lukea syvyys vaatimuksista ja sekvenssikontekstissa. NGS myös asettaa omat haasteet vasteaika ja kustannuksia analyysin curation ja tiedonhallinnan.

diagnostista missä harvat mutaatiot ovat tunnettuja merkitystä kohdistettuja hoitomuotoja, kuten NSCLC, Sequenom MALDI-TOF on selvä etu suoraan sekvensointimenetelmiin koska sen todistettu käyttökelpoisuus FFPE johdettu DNA, nopea vasteaika, vaatimaton tietojen tallennuksen vaatimukset ja vähäinen käyttäjän analyysi vaatimus.

Yhteenvetona Sequenom MALDI-TOF lähestymistapa mutaatio profilointi on tehokas ja informatiivinen käyttö potilaan näytteistä. Se osoittaa samanlainen herkkyys ja hyvä yhdenmukaiset vakiintunut äärimmäisen herkkä

KRAS

ARMS testiä kun käytetään NSCLC näytteitä, joiden kyky tunnistaa laajempaa mutaatioita käyttäen vähemmän kudosta. Samanaikainen mutaatio profiilit NSCLC FFPE näytteissä voi ilmoittaa hoitostrategia että lääkärit käyttää potilaskohtaisesti.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Kaikki mutaatiot havaita räätälöityjä MALDI-TOF paneeli, jonka näyte.

doi: 10,1371 /journal.pone.0100566.s001

(XLSX) B