PLoS ONE: Geneettinen Erot Regulator G-Protein signalointi Genes liittyy Survival in Late-Stage ei-pienisoluinen keuhkosyöpä
tiivistelmä
säätelijä G-proteiinin signalointi (RGS) reitin tärkeä rooli signaalitransduktioreittiin, solu toimintaa, ja syövän syntymistä. Oletimme, että geneettinen vaihtelut RGS geeniperheen voi liittyä vasteen myöhäisvaiheen ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) potilailla kemoterapiaa tai sädehoitoa. Valitsimme 95 koodaus yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) 17 RGS geenien ja genotyyppi ne 598 myöhäisvaiheen pienisoluista keuhkosyöpää. Kolmetoista SNP liittyi merkittävästi kokonaiselossaolo. Niistä rs2749786 on
RGS12
oli merkittävin. Kerrostunut analyysi kemoterapiaa tai chemoradiation määritettiin lisää SNP jotka liittyivät yleisen eloonjäämisen alaryhmiin. Rs2816312 on
RGS1
ja rs6689169 on
RGS7
olivat merkittävimmät kemoterapiaa ryhmässä ja sädehoitoa saaneiden ryhmässä. Merkittävä kumulatiivinen vaikutus havaittiin, kun nämä SNP yhdistettiin. Survival puu analyysit havainnut mahdollisia vuorovaikutuksia rs944343, rs2816312, ja rs1122794 vuonna vaikuttavat elinaika potilailla kemoterapiaa, kun taas genotyyppi rs6429264 vaikutti selviytymisen chemoradiation saaneilla potilailla. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus paljastaa, että on tärkeää RGS geeniperheen selviytymisen myöhäisvaiheen pienisoluista keuhkosyöpää.
Citation: Dai J, Gu J, Lu C, Lin J, Stewart D, Chang D, et al. (2011) Genetic vaihtelut Regulator G-Protein signalointi Genes liittyy Survival in Late-Stage ei-pienisoluinen keuhkosyöpä. PLoS ONE 6 (6): e21120. doi: 10,1371 /journal.pone.0021120
Editor: Lin Zhang, University of Pennsylvania, Yhdysvallat
vastaanotettu: 4. toukokuuta 2011; Hyväksytty: 19. toukokuuta 2011; Julkaistu: 17 kesäkuu 2011
Copyright: © 2011 Dai et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.
Rahoitus: Tämä työ tukivat National Institutes of Health myöntää R01 CA111646, P50 CA070907, ja R01 CA055769. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen. Ei ylimääräistä ulkoista rahoitusta saatiin tähän tutkimukseen.
Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.
Johdanto
Ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC ) on johtava syy syövän kuolleisuus kaikkialla maailmassa [1]. Yli 45% NSCLC potilaista on leikkaushoitoon myöhäisvaiheen (vaihe IIIA /B tai vaihe IV) tauti Yhdysvalloissa [2]. Yhdistetty liikennemuodon hoito on nykyinen standardi hoitoa potilaille, joilla on vaiheen III NSCLC hyvän suorituskyvyn tilan (suorituskykyä pisteet 0 tai 1). Lukuisat kliiniset kokeet ovat osoittaneet, että samanaikainen chemoradiation tarjoaa merkittävän mahdollisuudet säilyä peräkkäinen chemoradiation [3]. Vaikka samanaikainen kemosädehoito parantaa merkittävästi eloonjäämistä potilailla, joilla on paikallisesti edennyt sairaus, suurin osa potilaista kuolee 5 vuoden kuluessa, koska Paikallista tai kaukaisia taudin etenemistä [4]. Porras IV potilaat ovat yleensä tarjotaan lievittävä kemoterapiaa ja oireenmukaista hoitoa [5]. Tarjolla on laaja vaihtelua potilaiden vastauksena chemoradiation ja kliinis muuttujia yksinään eivät anna tyydyttävää ohjeita päätös hoidon strategian. Sovellus farmakogenomiikan voi parantaa ennustamista vasteen ja auttaa lääkärit määrittämään syöpähoitojen yksittäisten NSCLC potilaiden mukaan hänen ainutlaatuista geneettistä taustaa. Siksi tässä tutkimuksessa pyrittiin tunnistamaan geneettisen ennustavat kliinisiä tuloksia myöhäisen vaiheen NSCLC potilaat.
G-proteiinien (guaniininukleotidia sitovat proteiinit) ovat tärkeitä solun signaalitransduktion molekyylejä, joita ilmentyy kaikissa ihmisen soluissa [ ,,,0],6], [7]. Ne aktivoidaan G-proteiinikytkettyjen reseptorien (GPCR: t) ja voivat siten transdusoivat solunulkoisia signaaleja sisälle soluun [8]. GPCR: t ovat perheen seitsemän transmembraanidomeeni reseptoreihin. Kun GPCR: panetella signaali solun sisällä, solunulkoisen domeenin GPCR sitoutuu ensin signaalin molekyylejä, ja sitten solunsisäisen domeenin GPCR aktivoi heterotrimeeristen G-proteiiniin. Heterotrimeerisen G-proteiini toimii ”molekyylikytkiminä” ja voivat aktivoida kaskadi signalointi tekijöiden ja loppupään kohde aktivointi [7]. Tämä G-proteiiniin biologinen prosessi edellyttää hienosäätöä kautta apumolekyylejä kuten säätelijänä G-proteiinin signalointi (RGS) [9]. RGS-proteiinit ovat suuri perhe yli 30 solunsisäisten proteiinien [10], mikä voi moduloivat negatiivisesti GPCR: signalointipolkujen [11], [12]. RGS ovat monikäyttöisiä, GTPaasia kiihtyvä proteiineja, jotka edistävät GTP hydrolyysin alfa alayksikön heterotrimeeristen G-proteiinien ja siten inaktivoi G-proteiini ja nopeasti sammuttamalla GPCR signalointipolkujen [11]. Kaikki RGS proteiinit sisältävät RGS verkkotunnuksen (kutsutaan myös nimellä ”RGS-box”), joka tarvitaan niiden toiminnan [13], ja nämä RGS verkkotunnuksia välittävän vuorovaikutusta muiden viestintäproteiinit, jolloin RGS proteiineja palvelemaan signalointi tukirunkoja [8 ]. Toimintahäiriöitä RGS proteiineja on raportoitu liittyvän patogeneesiin monien yleisten ihmisen sairauksien ja huumeriippuvuuden [14], [15], [16], [17]. Useita RGS-proteiinit havaittiin ekspressoituu differentiaalisesti eri kiinteiden ja hematologisten maligniteettien [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26] , [27], [28], [29], [30], [31], [32], [33], [34], [35], [36].
yhden nukleotidin polymorfismit (SNP) ja RGS on liitetty useisiin ihmisen sairauksiin, mikä viittaa siihen, että geneettinen vaihtelu RGS reitti voi olla merkittävä rooli näissä sairauksissa ”synnyssä [37], [38]. Viime aikoina RGS SNP on myös raportoitu tärkeitä rooleja keuhkosyöpä. Esimerkiksi SNP
RGS17
kromosomissa 6q23-25 liittyi familiaalinen keuhkosyövän herkkyys [39]. SNP
RGS2
ja
RGS6
voivat mukauttaa riskejä virtsarakon ja keuhkosyövässä [37], [40]. Olipa geneettiset variantit RGS reitin voi vaikuttaa kliiniseen tulokseen potilailla, joilla on NSCLC edelleen tuntematon. Tässä tutkimuksessa testasimme hypoteesin, että geneettinen muunnelmia RGS liittyy selviytymisen myöhäisvaiheen NSCLC kemoterapiaa saavilla potilailla tai chemoradiation.
Tulokset
sisältyvät 598 NSCLC tutkimuspotilaat , joiden keski-ikä 59,7 vuotta (taulukko 1). Niistä 598 potilasta, 456 olivat kuolleet ja 142 olivat elossa. Löysimme mitään merkittävää eroa iän (
P
= 0,884), kansallisuus (
P
= 0,937), tupakoinnista (
P
= 0,860), ja pakkaus-vuotta tupakoinnin (
P
= 0,926) välillä potilasryhmissä (taulukko 1). Olemme kuitenkin havaittu merkittävää eroa kuolleisuuden tila sukupuolen (
P
= 0,002), kliinisessä vaiheessa (
P
= 0,004), ja suorituskykyluokka (
P
= 0,002) (taulukko 1).
Yhdistykset SNP: iden välillä ja yleisen eloonjäämisen myöhäisvaiheen pienisoluista keuhkosyöpää
yhteensä 13 SNP 6 geenit merkitsevästi yhteydessä kuoleman riski osoitteessa
P
0,05 (taulukko 2). Niistä variantti alleeleja neljän SNP: iden, rs7549021 ja rs1056515 on
RGS5
, rs944343 on
RGS3
, ja rs2749786 on
RGS12
, liittyi vähentynyt riski syöttämällä , jossa tarkistetaan HRS 0,42 (95% CI, +0,22-+0,83), 0,72 (95% CI, 0,54-0,97), 0,80 (95% CI, ,67-0,95), ja 0,58 (95% CI, 0,40-0,85), vastaavasti. Muita SNP siirrettävä lisääntyneitä riskejä kuoleman. Kaikki SNP
RGS1
geeni oli kytkentäepätasapainossa (r
2 0,8) vastaavien HRS määräävässä malli.
Bootstrap uudelleen näytteenotto analyysi oli sitten suoritetaan 13 SNP sisäisesti validoinnissa. Huomasimme, että vain 5 SNP, rs944343 (
RGS3
), rs6678136 (
RGS4
), rs7549021 (
RGS5
), rs3820487 (
RGS5
) ja rs2749786 (
RGS12
), oli bootstrap
P
arvojen 0,05 vähintään 70 kertaa ulos 100 kertaa (taulukko 2). Toinen SNP oli bootstrap
P
arvojen 0,05 alle 50 kertaa, mikä osoittaa, että nämä SNP olivat todennäköisesti vääriä positiivisia tuloksia.
Yhdistykset SNP: iden välillä ja kuoleman riskiä ositettu käsittelemällä
Suoritimme sitten kerrostunut analyysi hoitomuotoa, kemoterapiaa tai chemoradiation (taulukot 3 ja 4). Yhdeksän SNP liittyivät eloonjäämisaste potilailla, jotka saivat kemoterapiaa vain, joista 5 oli bootstrap
P
arvojen 0,05 vähintään 70 kertaa ulos 100 kertaa (taulukko 3). Näistä viisi SNP, kolme (rs2816312 [
RGS1
], rs10218752 [
RGS5
], ja rs1122794 [
RGS11
]) on liittyy lisääntynyt kuoleman riski, HRS 1,80 (95% CI, 1,32-2,45), 1,76 (95% CI, 1,06-2,90) ja 1,37 (95% CI, 1,07-1,77), tässä järjestyksessä. Toisaalta, rs944343 (
RGS3
) ja rs1051013 (
RGS3
) liittyivät alentuneeseen kuoleman riski, HRS 0,73 (95% CI, 0,57-0,94) ja 0,77 (95% CI, 0,60-0,98), vastaavasti. Kaplan-Meier analyysit, neljä viidestä merkittäviä SNP (rs2816312 [
RGS1
], rs944343 [
RGS3
], rs1051013 [
RGS3
], ja rs1122794 [
RGS11
]) liittyi merkittävästi muuttunut mediaani-elinaika (MST) (log-rank
P
arvo 0,05) (taulukko 3).
oli kahdeksan SNP merkitsevästi yhteydessä selviämistila potilailla, jotka saivat chemoradiation, joista viisi oli bootstrap
P
arvojen 0,05 yli 70 kertaa ulos 100 kertaa (taulukko 4). Näistä viisi SNP, kolme (rs2344673 [
RGS5
], rs12127281 [
RGS5
], ja rs6429264 [
RGS7
]) on liittyy lisääntynyt kuoleman riski, HRS 1,86 (95% CI, 1,00-3,47), 1,83 (95% CI, 1,09-3,10) ja 1,89 (95% CI, 1,06-3,38), tässä järjestyksessä; kun taas rs12757054 (
RGS7
) ja rs6689169 (
RGS7
) liittyivät alentuneeseen kuoleman riski, HRS on 0,48 (95% CI, +0,26-+0,86) ja 0,47 (95% CI , 0,27-0,80), vastaavasti. Kaksi näistä 5 SNP on
RGS7
(rs6429264 ja rs6689169) liittyi muutettu MST varten pienisoluista keuhkosyöpää (log-rank
P
= 0,0055 ja 0,0441 vastaavasti) (taulukko 4).
kumulatiiviset vaikutukset epäsuotuisa genotyyppien eloonjäämiseen
arvioitava tarkemmin kumulatiiviset vaikutukset epäsuotuisasta genotyyppien joko hoitoryhmissä käyttäen SNP kanssa bootstrap
P
arvojen 0,05 at vähintään 70 kertaa ulos 100 kertaa kussakin ryhmässä (taulukko 5). Oli merkittävää geeni-annoksen vaikutukset saavilla potilailla sekä hoitojen (taulukko 5). Niillä potilailla, jotka saavat kemoterapiaa vain ja ottaen matalan riskin vertailuryhmän referenssinä (0 epäsuotuisan genotyyppejä), keskipitkän riski (1 tai 2 epäsuotuisa genotyyppien) ja riskiryhmään (3 tai 4 epäedullisia genotyyppien) oli 1,69-kertainen (95% CI, 1,19-2,41;
P
= 0,004) ja 2,52-kertainen (95% CI, 1,71-3,71;
P
0,001) kasvanut kuolemanriski, vastaavasti (
P
muutossuunnat 0,001). MST keskipitkän riskin ja korkean riskin ryhmiin olivat 11,22 kuukautta ja 8,19 kuukautta, vastaavasti, verrattuna 18,22 kuukautta matalan riskin vertailuryhmän (log-rank
P
arvo 0,0001). Samanlaisia annos-vaste suuntaus havaittiin saavilla potilailla chemoradiation (taulukko 5 ja kuvio 1).
Kiinteä viiva edustaa matalan riskin ryhmään, kuljettaa 0 epäsuotuisa genotyyppien kemoterapiaa (A) ja 0-1 epäsuotuisa genotyyppien kemosädehoito (B). Katkoviiva keskipitkän riskiryhmään, kuljettaa 1-2 epäsuotuisa genotyyppien kemoterapiaa (A) ja 2-3 epäsuotuisa genotyyppien kemosädehoito (B). Pisteviiva riskiryhmä, kuljettaa 3-4 epäsuotuisa genotyyppien kemoterapiaa (A) ja 4-5 epäsuotuisa genotyyppien kemosädehoito (B). N: lukumäärä Dead /Alive. MST: Keskimääräinen elinaika.
Korkeamman kertaluvun geeni-geeni vuorovaikutukset
tulokset STREE ohjelman analyysi vuorovaikutusta 10 bootstrap-validoitu merkittäviä SNP (jäljempänä SNP joka oli bootstrap P-arvot 0,05 vähintään 70% ajasta taulukoissa 3 ja 4) on kerrostunut analyysi esiteltiin kuvassa 2 Survival puun analyysi johti neljän terminaalin solmuja kemoterapiaa ryhmässä ja kaksi terminaali solmut chemoradiation ryhmässä ( kuvio 2A). Kemoterapiassa ryhmässä, alkuperäisen split oli rs944343 (
RGS3
), ja myöhemmät halkeamia olivat rs2816312 (
RGS1
) ja rs1122794 (
RGS11
). Eri solmut oli eri prosenttiosuudet kuoleman tapahtuma. Arvioimaan riskejä kunkin päätelaitteen solmuja, solmu 1 kemoterapiassa haara otettiin vertailuryhmään, joka koostuu yksilöiden Heterotsygoottisten ja homotsygoottinen variantti genotyypin rs944343 (
RGS3
) ja homotsygoottinen villityypin genotyypin rs1122794 (
RGS11
). Verrattuna vertailuryhmään, potilasta terminaali solmut kemoterapiaa ryhmässä oli HRS vaihtelee 1,49-2,92. Potilaat solmussa 1 oli pisin MST +13,58kuukausi. Korkeimmat riskiryhmiin (solmu 3), joka koostui potilaista kuljettaa homotsygoottinen villityypin genotyypin rs944343 (
RGS3
) ja variantti sisältäviä genotyypit rs2816312 (
RGS1
) ollut HR 2,92 (95% CI, 1,92-4,44). MSTs osoitettiin olevan merkitsevästi erilainen Kaplan-Meier selviytyminen analyysi (log-rank
P
arvo 0,0001) (kuvio 2B ja taulukko 6). Vuonna chemoradiation ryhmässä, oli vain yksi ylimääräinen split. Verrattuna potilaalla on homotsygoottinen villityypin genotyypin rs6429264 (
RGS7
) (solmu 5), joka oli MST +19,28kuukausi potilaat kuljettaa variantti sisältäviä genotyypit rs6429264 (
RGS7
) osoitti 1,89-kertainen kuolemanriski (95% CI, 1,06-3,38), jossa MST on 12,37 kuukausi (kuvio 2C ja taulukko 6).
(A) Survival puu analyysit; 0: homotsygoottinen villityypin genotyypin; 1: heterotsygoottinen genotyyppi; 2: homotsygoottinen variantti genotyyppi. (B) ja (C) edustaa eloonjäämiskäyristä riskiryhmän kemoterapiaa ryhmässä ja kemosädehoito ryhmä; N: lukumäärä Dead /Alive. MST: Keskimääräinen elinaika.
Keskustelu
Tässä tutkimuksessa havaitsimme, että geneettinen vaihtelut RGS geenit liittyvät yleisen eloonjäämisen myöhäisvaiheen pienisoluista keuhkosyöpää. Tuloksista käy vahvisti tärkeää arvioida kumulatiiviset ja vuorovaikutuksia geneettisten vaihteluiden ennustettaessa kliinisiä tuloksia potilaiden NSCLC.
pienisoluista keuhkosyöpää useimmiten hoidettu platina kemoterapian, usein yhdessä sädehoitoa. Platina kemoterapian voivat liittyä useisiin solureiteillä, kuten DNA-vaurio /korjaus, solusyklikontrollin, ja apoptoosin reitit [41]. Kuitenkin ei ole tutkimuksen perusteella, että RGS on mukana platinapohjaisen kemoterapian liittyviä reittejä.
NSCLC-solut voivat hyökätä viereisten kudosten ja etäispesäkkeitä-vierekkäistä elimiin ja kudoksiin, prosesseja, jotka voivat johtua muuttuneisiin solujen signalointi reittejä [42], [43]. Onkogeeninen transformaatio on usein suoraa seurausta mutaatioista molekyylejä, jotka muodostavat näitä polkuja. Tässä tutkimuksessa 5 SNP liittyivät yleiseen kuoleman riski jossa oli bootstrap
P
arvojen 0,05 vähintään 90 kertaa ulos 100 kertaa. Kolme näistä 5 SNP, rs6678136 (
RGS4
), rs3820487 (
RGS5
) ja rs2749786 (
RGS12
) Siirretään merkittävästi erilaiset MST Kaplan-Meier käyrä (taulukko 4 ). Aiemmat tutkimukset raportoitu, että
RGS4
geenin ilmentyminen liittyi hyökkäys useiden syövän [36], [44]. Lisäksi RGS4 proteiini toimii estäjänä epiteeli- ja endoteelisolujen tubulogenesis säätelemällä mitogeeniaktivoidut proteiinikinaasien ja endoteelikasvutekijä signalointi, mikä rajoitti solujen lisääntymisen, migraation ja invaasion [45]. Xiao
et a.l
raportoitu, että useita SNP yhdistelmänä
RGS5
voi neuvotella riskin verenpaineesta Kiinan väestöstä [46].
RGS5
raportoitiin olevan keskeinen modulaattori kasvaimen pericyte kypsymisen ja on keskeinen rooli kasvaimen uudissuonittumisen [9].
RGS5
hiirten osoittivat suurempia kasvaintaakkaa ja aikaisemman kuoleman, jotka voivat johtua pericyte kypsymisen ja verisuoni normalisoituminen [33]. RGS5 on myös todettu olevan yleisesti ilmaistu Kasvainantigeenin erilaatuisia syöpää [47]. RGS12 on suuri RGS proteiinia, joissa on useita funktionaalisia domeeneja kuten PDZ, PTB (fosfori-tyrosiini sitova) ja Rap sitovat alueet [48]. PDZ verkkotunnus RGS12 vuorovaikutuksessa GPCR, CXCR2, ja vaikutetaan siten GAP toiminnan RGS12 on CXCR2 välittämän G-proteiini-signaalit [49]. Näin ollen, se on biologisesti uskottavaa, että RGS4 RGS5, ja RGS12 liittyy keuhkosyövän selviytymisen. Toiminnot merkittäviä SNP seuraavilla geenit eivät ole selkeitä, koska ne ovat todennäköisesti koodaus SNP. Tulevaisuuden tutkimuksia tarvitaan löytää syy SNP.
kerrostunut analyysit, 5 SNP kemoterapiassa ryhmässä ja toinen 5. chemoradiation ryhmässä liittyi kuolemanriskin jossa oli bootstrap
P
arvot 0,05 vähintään 70 kertaa ulos 100 kertaa. Genotyypit neljän SNP: rs2816312 (
RGS1
), rs944343 (
RGS3
), rs1051013 (
RGS3
), ja rs1122794 (
RGS11
) havaittiin merkitsevästi yhteydessä MST kemoterapiaa ryhmässä. Merkittävin yksi oli rs944343 (Log-rank
P
= 0,0009), joka oli koodaus SNP sijaitsee 3 ’reunustavan alueen
RGS3
. Lisääntynyt RGS3 ilmaisua on käytetty diagnostisen markkerin pehmytkudossarkooman ja liittyi vastustuskyky kemoterapia rintasyövässä [50], [51]. Lisäksi, RGS3 on raportoitu moduloivan glioomasolulinjaa liikkuvuutta [36]. Toinen isäntä geenien SNP kemoterapiassa ryhmässä,
RGS1
, ja
RGS11
, on myös liittynyt etiologian ja ennusteen syöpä. Rangel
et al
. ilmoitti, että RGS1 voi olla ennustetyövälineenä merkki melanooman etenemisen ja sen ilmentyminen liittyi eloonjäämisen melanooman potilaille [20]. Martinez-Cardus,
et al
. raportoitu että RGS11 ilmentyminen merkitsevästi yhteydessä vastustuskykyä platina terapiassa kolorektaalisyövässä [52]. Nämä tutkimukset tukevat rooli RGS1, RGS3, ja RGS11 keuhkosyövässä ennustetta. Oli vain kaksi SNP chemoradiation ryhmässä, rs6429264 ja rs6689169, liittyivät merkittävästi MST (log-rank
P
= 0,0055 ja 0,0441 vastaavasti). jotka molemmat ovat koodaus SNP ja sijaitsee
RGS7
. Useat tutkimukset osoittivat, että tuumorinekroositekijä-α, merkittävä tulehdus, sytokiini, jolla on tärkeä rooli monissa ihmisen syövissä, voidaan nopeasti aktivoida ekspressiotaso RGS7 [53], [54]. Mekanismeja, joilla nämä genotyypit määrittää niiden fenotyypit ja vaikuttaa lopputulokseen NSCLC eivät ole selkeitä. Lisätutkimukset ovat perusteltuja tunnistaa syy-varianttien ja biologinen mekanismeista meidän havaittu yhdistysten.
Havaitsimme myös kumulatiiviset vaikutukset RGS SNP selviytymisen myöhäisvaiheen pienisoluista keuhkosyöpää. Lisäksi käytimme selviytyminen puu analyysi tunnistaa vuorovaikutus näiden SNP. Nämä geeni-geeni vuorovaikutukset johti neljään terminaali solmut eri riskit kuoleman kemoterapia-ainoa ryhmä ja kaksi terminaali solmut eri riskit kuoleman chemoradiation ryhmä. Kumulatiivinen vaikutusten analysointi ja selviytyminen puu analyysi voi antaa meille mahdollisuuden tunnistaa tehokkaampia ennustetekijöitä tai ennakoivaa markkereita ja allekirjoitukset perustuvat yhdistelmä kunkin potilaan geneettisiä variaatioita. On syytä huomata, että nämä tyypit analyysien olivat alustavia, ja tulokset on validoitu riippumattomien tutkimusten.
On olemassa muutamia vahvuuksia tutkimuksemme. Ensinnäkin nykyinen polku lähestymistapa on looginen jatke kandidaattigeenin lähestymistapa ja vältetään vaatimuksen paljon suuremman otoksen koko genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa. Toiseksi, olemme keränneet suhteellinen suuri väestö NSCLC potilaiden saman laitoksen. Yhtenäinen normaalitoiminnalle menettelyt syövän tunnistaminen, patologinen lavastus, ja jopa strategia määritys syövän hoitoon teki meidän havainnot kattavampi ja sovellettavissa tuleviin kliinisiin tutkimuksiin. Kolmanneksi, olemme suorittaneet sisäiset tilastollinen validointi bootstrap resampling menettely minimoimiseksi vääriä löytöjä. Neljänneksi, olemme suorittaneet valmisteleva geeni-geeni vuorovaikutuksen analyysi luoda uuden yhdistelmän SNP ennustaa NSCLC potilaiden niiden hoitoa, joka voisi auttaa lääkäreitä määrittämisessä optimaalista yksilöllisten ja hoidon laatua hengissä.
parhaan tietomme mukaan tämä on ensimmäinen tutkimus tutkii yhdistyksen geneettisen vaihtelun RGS perheen selviytymisen NSCLC. Tuloksemme ovat antaneet paitsi SNP-analyysi, mutta myös laajemman pathway -pohjainen lähestymistapa kliininen tulos ennuste pienisoluista keuhkosyöpää, joille tehtiin kemoterapiaa tai chemoradiation. Tulevaisuuden riippumaton validointi suuremmissa väestön ja yksityiskohtaiset toiminnalliset analyysit ovat välttämättömiä, ennen nämä havainnot voidaan kääntää klinikat.
Methods
Ethics lausunto
Kaikki potilaat allekirjoittaneet kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen ja tämä tutkimus on tarkistettu ja hyväksynyt Institutional Review Board (IRB) MD Anderson.
Tutkimuskanta ja kokoelma epidemiologiset ja kliiniset tiedot
kaikkiaan 598 potilasta, joilla loppuvaiheen NSCLC, mukaan lukien vaiheet III A (kuiva), III B (Wet), ja IV, palvelukseen vuosien 1995 ja 2007 epidemiologinen keuhkosyöpään tutkimus hoidettavia Teksasin yliopiston MD Anderson Cancer Center. Kukaan heistä oli aiemmin hoidettu leikkauksen kemoterapiaa ja /tai sädehoitoa ennen tutkimukseen osallistumiseen. Kaikki osallistujat olivat valmiiksi riskitekijä kyselylomake, joka keräsi demografisia ominaisuuksia, tupakan käytön historiasta, työ- ja ympäristön altistus, aiempi lääketieteellinen historia, ja kaikki historia syövän ensimmäisen asteen sukulaisia, ja oli myös lahjoittanut 40 ml verinäyte genotyypitys. Poimimamme kliiniset tiedot potilasasiakirjamerkinnöistä niiden oheissairauksia, kasvaimen koon, kliiniseen vaiheeseen, patologisen vaiheessa histologinen tyyppi, kasvaimen, hoidon tyyppi, kasvaimen uusiutumisen, selviytyminen, ja kasvaimen etenemiseen kaikille analyysit. Mediaani seuranta-aika oli 11,8 kuukautta.
SNP valinta ja genotyypityksen
Kattava paneeli syöpään liittyvien geenien myös RGS geeniperheen tunnistettiin ja luokiteltu kunkin erityisen reitin mukaan pääaineen raportoitiin toimintoja. Geenissä luettelossa, seitsemäntoista geenien RGS perhe (
RGS 1-5
,
7-14
,
16
,
18
,
20
, ja
22
) valittiin tähän paneeliin. Yksityiskohtainen menettely kokoamiseksi paneelin geenien ja SNP raportoitu aiemmin [55]. Genomi-DNA uutettiin periferaalisen veren lymfosyytit potilaan verinäytteestä, ja kaikki genotyypin työ suoritettiin standardin protokollan tarjoamia Illumina Inc. Sitten tulokset genotyypin oli tuottanut automaattisesti Illumina n BeadStudio ohjelmisto. Lopuksi, 95 SNP RGS reitin valittiin ja onnistuneesti genotyypitetty näille potilaille, kuten on esitetty taulukossa S1 tukevat tiedot.
Tilastollinen
STATA tilasto-ohjelmalla (StataCorp LP, College Station , TX) versio 10.2 käytettiin analyysiin hazard ratio (t),
P
arvot, keskimääräinen elinaika (MST),
P
arvoja log-rank testi ja Kaplan-Meier selviytyminen arvio. χ
2 testi (kategorisen muuttujat) ja Opiskelijan
t
-testi (jatkuvien muuttujien) arviointiin käytettiin erojen muuttujien välillä elävä ja kuollut potilaita. Jokaisen SNP, kuolleisuusriski kuin riskisuhde (HR) ja 95%: n luottamusväli (CI) arvioitiin kanssa Coxin suhteellisen vaarat regressiomallin. Lisäksi monimuuttujatestaus oikaisu ohjata mahdollisten sekoittavien tekijöiden (ikä, sukupuoli, kansallisuus, tupakoinnista ja pakkaus-vuotta, suorituskyky tila, kliiniseen vaiheeseen, ja hoito). Jokaisen SNP, geneettinen jakelu arvioitiin kolme geneettinen mallia (hallitseva, resessiivinen, ja lisäaine), ja malli on pienin
P
arvo valittiin parhaiten istuva malli [56]. Validoida Tulosten bootstap rs menetelmää käytettiin. Kunkin bootstrap otetun näytteen alkuperäisestä tietokokonaisuus, 100 bootstrap näytettä syntyy. Saimme
P
arvo kullekin SNP keskuudessa hallitseva, resessiivinen, ja lisäaine malleja. Kumulatiiviset vaikutukset eri genotyyppiä laskettiin summaamalla yksittäiset vaikutukset merkittäviä SNP, joka on, SNP, joka osoitti merkitsevä yhteys yhden SNP-analyysi ja oli myös bootstrap
P
arvo 0,05 vähintään 70 ajat. Käytimme Coxin suhteellisen vaarat regressiomallin arvioimiseksi tuntia ja 95% CI. Kaplan-Meier menetelmällä ja log-rank-testiä käytettiin arvioida niiden vaikutukset eloonjäämiseen kesto näille SNP. Lopuksi STREE ohjelma (https://masal.med.yale.edu/stree/) käytettiin suorittamaan selviytymisen puun analyysi korkeamman kertaluokan geeni-geenin vuorovaikutusta SNP. Näissä analyyseissä, me vain mukana SNP, joka oli hyväksytty sisäisesti bootstrapping. Kaksipuolinen
P
0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.
tukeminen Information
Taulukko S1.
NP että RGS kautta.
doi: 10,1371 /journal.pone.0021120.s001
(DOC) B