Krooninen sairaus

tiivistelmä

Viime vuosikymmenen, yleisyydestä somaattisten mitokondriaalisen DNA (mtDNA) mutaatioita on havaittu, perustuvat useimmiten murto molekyylin, eri syöpäkudoksiin; kuitenkin jotkut heistä tiedusteltiin ongelmien vuoksi tietojen laatua. On selvää, ilman kattavaa ymmärrystä mtDNA mutaatiostatuksesta profiili syöpäkudoksen tietyn potilaan, se ei todennäköisesti paljastaa todellinen suhde somaattisten mtDNA mutaatioita ja kasvaimen kehittymisen. Tämän tavoitteen saavuttamiseksi, selkein tapa on suoraan verrata koko mtDNA genomin vaihtelua kolme kudoksissa (eli syöpäkudoksen, para-syöpäkudoksen, ja kaukainen normaali kudos) samasta potilaasta. Ottaen huomioon, että suurin osa aiempien tutkimusten roolista mtDNA peräsuolen kasvain keskityttiin pelkästään siihen, että D-silmukka tai osittainen segmentin molekyylin, nykyisessä tutkimuksessa olemme keränneet kolme kudokset (syöpä-, para-syöpä- ja normaalien kudosten) vastaavasti rekrytoidaan 20: llä peräsuolen kasvain ja sekvensoitiin täysin mitokondrioiden genomin jokaisen kudoksen. Tuloksemme osoittavat suhteellisesti harvemmin somaattisten mutaatioiden näillä potilailla; kiehtovan, kaikki somaattiset mutaatiot ovat heteroplasmic tila. Yllättäen havaittiin somaattiset mutaatiot eivät rajoitu syöpäsoluissa, että para-syöpäkudosten ja kaukana normaaleista kudoksista myös satama somaattisten mtDNA mutaatioita, joilla on alempi tiheys kuin syöpä- kudoksissa, mutta suurempi kuin havaittu väestössä. Tuloksemme viittaavat siihen, että somaattiset mtDNA mutaatioita syöpäkudoksiin ei yksinkertaisesti selittää seurauksena kasvaimen; välin, somaattiset mtDNA mutaatioita normaaleissa kudoksissa saattaa johtua muuttunut fysiologisen ympäristön syöpäpotilailla.

Citation: Wang C-Y, Li H, Hao X-D, Liu J, Wang J-X, Wang W-Z, et ai. (2011) paljastaminen profiili somaattisten mtDNA Mutaatiot Kiinan peräsuolen syövän Potilaat. PLoS ONE 6 (6): e21613. doi: 10,1371 /journal.pone.0021613

Editor: Janine Santos, University of Medicine ja hammaslääketieteen New Jersey, Yhdysvallat

vastaanotettu: 15 maaliskuu 2011; Hyväksytty: 3 kesäkuu 2011; Julkaistu: 28 kesäkuu 2011

Copyright: © 2011 Wang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat avustuksia Science and Technology komitean Yunnanin maakunnassa (2007C103M), ja National Natural Science Foundation of China. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

viime vuosikymmenen rooli mitokondriaalisen DNA (mtDNA) mutaatio kasvainten synnyssä on saanut paljon huomiota. Yleisyydestä somaattisten mtDNA mutaatioita, lähinnä homoplastic, on tunnistettu lähes kaikenlaisia ​​syöpäkudoksen [1], [2]. Kuitenkin suhde somaattisten mtDNA mutaatioita ja kasvaimen kehittymisen on kiistelty. Jotkut tutkimukset viittaavat siihen mtdna somaattiset mutaatiot todennäköisesti johtuvat koholla reaktiivisia happiradikaaleja (ROS) kasvainsolun [3], [4], [5], koska suurin osa näistä mutaatioista on T C ja G A: base siirtymiä [ ,,,0],1], [2], joka on samanlainen mutaatio rakenteessa oksidatiivisen hajoamisen DNA [6], [7]. Lisäksi ehdotettiin, että joitakin muutoksia mtDNA voisi poistaa sen käytöstä mitokondrioiden Hengitysketjun ja siten edistää kasvaimen kulkue [8], [9], [10], [11]. Esimerkiksi tuoreessa tutkimuksessa todettiin, että mtDNA mutaatioita, jotka tuottavat puute hengitysteiden monimutkainen I aktiivisuus voisi edistää kasvaimen etenemistä parantamalla metastaattista potentiaalia syöpäsolujen [12]. Sitä vastoin joissakin tutkimuksissa ehdotettu, että somaattisen mutaation kasvainkudoksessa voisi yksinkertaisesti syntyä sattumalta kasvaimen kantasolujen ilman fysiologista hyötyä tai tuumorigeenisiä vaatimus [13], [14]. Todellakin, Vega ja kollegansa totesi, että paljon mtDNA mutaatioita havaittiin kasvaimen olivat itse asiassa yhteisen polymorfismien tai mutaatiokaavojen kuormittajat vallitsevan ihmisen yleisesti väestön, johtava kirjoittajat ehdottavat, että nämä somaattiset mutaatiot ovat todennäköisemmin neutraali [15]. Samoin toiminnallisten roolien joidenkin tunnistettujen somaattisten mtDNA mutaatioita tiedusteltiin paljolti ongelmien tietojen laatua [16], [17], [18]. On selvää, lisätodisteita tarvitaan selvittämään tarkkaa roolia, somaattiset mtDNA mutaatioita on pelata kasvainten synnyssä.

Tässä tutkimuksessa, suoritimme koko mitokondrion genomin seulonta somaattisten mutaatio pariksi syöpä- ja ei-syöpä kudoksia 20 potilasta, joilla peräsuolen syöpä. Käyttämällä samaa laadunvalvontatoimenpiteet hyväksyttyjen edellisessä tutkimuksessa täydellisessä mtDNA sekvensointi [19], [20], [21], [22], haluamme saada tarkempaa tietoa profiilin mtDNA somaattisten mutaatioiden peräsuolen syöpä. Suora vertailu koko mtDNA sekvenssit ensisijainen syöpä, Hyväksytty para syövän normaalia ja etäinen normaaleissa kudoksissa samasta potilaasta, johon liittyy tiukkoja data-laadunvalvonta, hyväksytään paljastaa yksityiskohtaisen profiilin mtDNA somaattisten mutaatioiden sekä normaalissa ja kasvaimen kudokset samalla potilaalla. Tuloksemme kävi ilmi, että havaitut somaattiset mutaatiot meidän näytteitä ovat paljon harvinaisempia kuin aiemmissa tutkimuksissa. Yllättäen kaikki havaitut somaattiset mutaatiot ovat heteroplasmic tilassa, havainto aivan erilainen kuin aiemmissa tutkimuksissa.

tulos

Yhteensä 59 täydellisen mitokondrioiden genomin sarjoissa kolme pariksi kudokset 20 kolorektaalisyövän potilaat saatiin tässä tutkimuksessa, ja kaikki sekvenssit on talletettu GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/) kanssa liittymiseen numerot GU392048-GU392106. Kaikki mtDNA muuttuva sivustoja kunkin kudoksen ovat näytetään kaaviokuva puu (kuva 1), joka voisi tarjota suoran vertailun koko mtDNA genomin vaihtelua kolme kudosten samasta potilaasta ja siten mahdollistaa kartoittamiseen somaattinen mutaatio (t) potilaalle sopivasti. Kuten on osoitettu kuviossa 1, kuusi 20 potilasta suorittaa mtDNA somaattiset mutaatiot niiden syöpäkudokset, miehittää paljon pienempään osuuteen (6/20, 30%) kuin monissa aiemmissa raporteissa. Esimerkiksi Tan et ai. löytyi 27 somaattiset mutaatiot 14/19 (74%) rintojen potilaista [23]; Zhu et al. löytyi 45 somaattiset mutaatiot 35 nukleotidin asemassa 14/15 (93%) syöpäpotilaista [24]; in Polyak et al. (1998), 7/10 (70%) ja peräsuolen kasvainten tapauksissa osoitettiin kuljettamaan yhtä ja kolme mutaatiota.

Haplogroup nimet lisätään pitkin oksat määritetään sijainnit vastaavan esi haplotyyppien. Vaihtoehdot (rekonstruoitu useimmat parsimoniously) on keskeytymätön sivuliikkeet on lueteltu mielivaltaisesti nousevassa järjestyksessä. Päätteitä ”A, C ja T” osoittaa transversiot, ”ins” osoittaa nukleotidin insertio; ”C /T, A /C, ja A /G” viittaavat heteroplasmic mutaatioita, ”d” tarkoittaa poistamista. Toistuva variantteja on alleviivattu. Pituus vaihtelu C-suolikanavan noin asemissa 310 ja 16189 ei ole merkitty kuvioon. Päätteitä ”C, CP, ja CN ’näytteessä nimet osoittavat” syöpäkudoksen, para-syöpäkudoksen ja normaali kudos ”tässä järjestyksessä.

Kaikkiaan on 18 somaattiset mutaatiot havaittiin 59 kudosnäytteet tutkitaan (kuvio 1 ja taulukko S1), ja kaikki somaattiset mutaatiot esiintyvät lähinnä terminaalin oksat Fylogeeninen puu, eikä haplotyyppi-shift havaittiin. Lukuun ottamatta RNA-koodaus geenit (mukaan lukien srna ja tRNA), näiden somaattisten mutaatiokohtia ovat hajallaan koko mitokondrion genomissa, mikä vaikuttaa aivan eri mutaatio spektrin havaittiin potilailla, joilla mitokondriotauteja [25], [26]. Erityisesti seitsemän mutaatiot paikantaa D-silmukka-alueen, kun taas loput 11 sijoittumaan proteiinia koodaavat alueet. Niistä 11 koodaavan-alue somaattisista mutaatioista, vain kaksi (eli G4532A ja A9275G) ovat synonyymejä siirtymiä, jotka esiintyvät kahdessa epävakaa sivustoja; kun taas loput yhdeksän mutaatiot ovat kaikki ei-synonyymejä substituutioita, jotka paikantamaan asemissa 6718, 14288, 15332, 15447, ja 15276, joista suurin osa on evoluutiossa erittäin konservoituneita, kun verrataan mitokondrion genomien 13 eri selkärankaislajeista (taulukko S1). Edelleen arvioimalla säilyttämistä näiden viiden mutaatiostatuksesta sivustojen joukossa yhteensä julkaistun 3635 täydellisen mitokondrion genomin sekvenssejä yleinen väestössä, tuloksemme paljasti, että kaikki viisi sivustot ovat erittäin säilyneitä yleinen väestössä sekä (taulukko S1). Yllättäen huolimatta korkea säilyttämisen sivuston 6718, heteroplasmic vaihtelu 6718A /G esittelee sekä syövän ja para-syöpä normaalia kudoksissa Potilas 1, nostaa mahdollisuus, että para-syöpä normaali kudos on todennäköisesti hyökänneet syöpäsoluja . Itse asiassa samanlainen kuvio havaitaan Potilas 3, jossa sen syövän ja para terveisiin kudoksiin samaa heteroplasmic vaihtelu 16365C /T. Tämä havainto taas korostaa erityisesti tarvetta sisällyttäminen kaukana normaalin kudoksen analyysiin.

Kiinnostavaa, kuten on esitetty kuviossa 1, tuonut esiin mtdna somaattiset mutaatiot eivät rajoitu ainoastaan ​​tuumorikudoksissa, ja teimme on havaittu joitakin somaattisten mutaatioiden normaaleissa kudoksissa potilaiden 1, 3, 8, 14, ja 20. Erityisesti siirtyminen 14288 näyttää olevan toistuva mutaation, koska se näkyy kolme potilasta, jotka kuuluvat eri haplogroups. Tämä ei-synonyymi mutaatio esitetään vain normaaleissa kudoksissa potilailla. 14288 sivuston itse ei konservoitunut eri lajien vaan näyttää varsin konservoitunut väestössä; onko tämä mutaatio on toiminnallinen vaikutus on tuntematon.

Patient 14, sivuston 16093 syöpäkudoksessa on homoplastic C, kun taas para syövän normaalia ja kaukainen normaalia kudosta tämä sivusto siirtyy olevan heteroplasmic kuin C /T. Tämä malli vahvistettiin DHPLC määrityksen tulos: syöpäkudoksessa C14 sivuston 16093 näyttää yhden piikin, kun taas para syövän normaalia ja etäinen normaaleissa kudoksissa se osoittaa kaksinkertainen piikki (kuvio 2). Huomattavaa on, että sivusto 16093 itsessään on hot spot koko väestössä ja mutaatio tämän sivuston on löydetty myös normaalissa kudoksessa syöpäpotilaiden muissa tutkimuksissa [27]. Samanlaisia ​​ilmiö tapahtui myös Patient 20, jossa vain kaukainen normaalia kudosta kanna somaattinen mutaatio (nim. A9275G). Nämä mtDNA somaattiset mutaatiot saattavat olla merkityksettömiä kasvaimien syntyyn harkitsee niiden esiintyminen normaaleissa kudoksissa.

suora sekvensointi osoittaa nukleotidin sivusto 16093 tuo näyttöön homoplastic C syöpäkudoksessa, kun taas para-syövän normaalia ja kaukainen normaalia kudosta sivustosta on heteroplasmic tilan T /C. DHPLC määritys vahvisti sekvensointi tulos: kudoksessa C14 se näyttää yhden piikin, kun taas CP14 ja CN14 se näkyy kaksinkertainen huippu.

Keskustelu

Tähän asti useimmat aikaisemmat tutkimukset roolia mtDNA peräsuolen kasvain keskityttiin pelkästään siihen, että D-silmukka tai osittainen segmentin molekyylin [28], [29], [30], [31], vain harvat raportit ovat keskittyneet mutaatioprosessiin profiilin sen koko genomista (Polyak et al., 1998). Saada enemmän oivalluksia suhdetta mtDNA ja peräsuolen kasvain, nykyisessä tutkimuksessa olemme rekrytoineet kolme kudokset (syöpä-, para-syöpä- ja normaalien kudosten) näytteet 20: llä peräsuolen kasvain; sekvensoimalla koko mitokondrion genomissa kustakin kudoksesta ja vertaamalla mutaation ero yksi kolmesta kudosten samasta potilaasta, tutkimuksemme osoitti suhteellisen alhainen mutational taajuus ja heteroplasmic tilan kaikki havaitun somaattiset mutaatiot. Nämä havainnot ovat aivan erilaiset kuin aiemmissa tutkimuksissa, joissa korostetaan monimutkaisuus etiologiassa peräsuolen kasvain.

Koska suurin osa potilaista (12/20) tutkittavana eivät satama mitään mtDNA somaattinen mutaatio niiden syöpäkudokset, Selityksenä voi olla, että se on muunnos tumagenomissa joka on edistänyt tuumorigeneesiä näytteet osallistumatta mitään mtDNA muutoksia. Taajuus mtdna somaattisista mutaatioista (6/20, 30%) havaittiin nykyisen tutkimuksessa, joka on verrattavissa edellisessä tuloksia rintasyöpään (2/10; 20% [22]), mutta on merkittävästi alhaisempi (p 0,05 ) kuin edellisenä havainnot, erityisesti ne peräsuolen kasvain. Esimerkiksi Polyak et al. havaitsivat, että 7/10 (70%) ja peräsuolen kasvain potilailla suorittaa viisikymmentäyhdeksän yli kaksi mutaatiota [32]. On mahdollista, että somaattinen mutaatio taajuus voi vaihdella eri etnisten väestöryhmien tai korreloi syöpä vaiheissa; testaa tämä mahdollisuus edellyttäisi järjestelmällistä tutkimuksen suunnittelu lähitulevaisuudessa. Vaihtoehtoisesti paljon harvemmin somaattisten mutaatioiden havaittu tutkimuksessamme eniten uskottavasti johtuvan tiukat laatukriteerit, jotka hyväksyttiin aikana luonti ja analysointi. Todellakin, kun mahdolliset ongelmat tuonut esiin aiemmissa tutkimuksissa käyttäen fylogeneettiseen lähestymistapaa [18] suljettiin, taajuus somaattisten mutaatioiden tällöin laskea huomattavasti.

Kiehtovaa, kaikki somaattiset mutaatiot tunnistettu täällä ovat heteroplasmic, joka on aivan erilainen kuin aiemmin esitetyt havainnot. Erityisesti, jotkut somaattisten heteroplasmic mutaation läsnä myös normaaleissa kudoksissa syöpäpotilailla. Vastaavasti, Taylor ja työtovereiden totesi myös mitokondrion somaattisista mutaatioista normaalissa kudoksessa peräsuolen kasvain potilailla, ja useimmat näistä mutaatioista olivat heteroplasmic [33]. Sen arvioimiseksi, onko heteroplasmic mtdna somaattiset mutaatiot havaitaan normaaleissa kudoksissa syöpäpotilaiden on normaali ilmiö, tutkimme taajuus heteroplasmic mtdna somaattisista mutaatioista yleisessä väestössä (käsittää yhteensä 4738 mtdna genomin sekvenssejä haetaan kirjallisuudessa). Tuloksemme osoittivat, että taajuus yksilöiden kätkeminen heteroplasmic somaattisen mtdna mutaatio (t) on alle 4%, mikä viittaa siihen, että heteroplasmy on mtDNA väestössä on harvinainen ilmiö, ainakin silloin, kun havaitaan suoralla DNA-sekvensoinnilla menetelmän [34], [ ,,,0],35], [36]. Sitten perusteellisesti edellisen tutkimukset mtDNA mutaation eri kasvaintyypeissä ja totesi, että heteroplasmic somaattiset mtDNA mutaatioita havaittiin myös, että normaaleissa kudoksissa syöpäpotilaiden [9], [22], [27], [33], [37] , joilla on merkittävä korkeammalla taajuudella (38,6%) kuin koko väestössä (3,2%; p 0,001), mutta silti alhaisempi kuin syöpäkudoksen (52,9%; p 0,05) (taulukko S2). Koska kunkin yksittäisen on tunnusomaista seos liittyvien mitokondrioiden haplotyyppien, ja laajaa heteroplasmy on mtDNAs eri normaaleissa ihmisen kudoksissa ei ole havaittu [27], [38], [39], [40]. On todennäköistä, että havaittu ero taajuudet heteroplasmic mutaatioiden välisen normaalin kudoksen kasvain potilaille ja väestön (yleisesti käyttöön niiden perifeerisessä veressä) on johtuu heteroplasmy eri kudoksissa. Vaihtoehtoisesti lisääntynyt heteroplasmic mutaation taajuus, sekä syöpä- ja vastaaviin normaaleihin kudoksiin kasvaimen potilailla suhteessa väestön (taulukko S2), saattavat johtaa muuttuneeseen fysiologisen ympäristön (ehkä kohonnut ROS, tai jokin muu tuntematonta perimän muutoksia). Esimerkiksi Goodwin et al. (2008) havaitsivat, että sekä kasvain ja vastaaviin normaaleihin kudoksiin eturauhassyöpäpotilaalla esiintyy huomattavasti suurempi ekspressio spermiiniä oksidaasin [41], joka on liitetty kasvaneeseen ROS ja DNA-vaurioiden [42], [43], versus kudosten eturauhasen taudista vapaa potilaista.

Jälkeenpäin aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että mtDNA mutaatio mahdollisten toiminnallisten vaikutus voi edistää kasvaimen kulkue [8], [12]. Esillä olevassa tutkimuksessa tunnistettiin somaattisia mtDNA mutaatioita koodaavan alueen kaikki sijaitsevat evoluutiossa hyvin säilyneitä sivustoja. Siten näyttää mahdolliselta, että nämä somaattiset mutaatiot, vaikkakin kaikki heteroplasmic, voinut olla joitakin rooleja, jotka vaikuttavat toimintaan Hengitysketjun ja siten joitakin biokemiallisia toiminnallinen vaikutus sen isäntäsoluun. Kun kuitenkin otetaan huomioon, että useimmat potilaat eivät satama somaattisten mutaatioiden syöpäkudoksiin, onko toiminnallinen vaikutus näiden somaattisista mutaatioista ovat tarpeen isäntäsolun edelleen tuntematon. Mitä tulee somaattisten mtDNA mutaatioita esiintyy normaaleissa kudoksissa, niiden pitäisi heijastaa muuttunut mikroympäristön varten mtDNA. Olipa nämä mutaatiot sekä vuorovaikutus muuttunut microenvironment, voisi lisätä alttiutta solulle kasvaimien syntyyn ei tunneta.

Kaikkiaan suhteen ymmärtämiseksi mtDNA somaattisten mutaatioiden ja kasvaimen kehittymisen on haasteellinen tehtävä, koska strategioita, suoraan arvioimalla solukohtaloina tai jäljittää yksityiskohtainen prosessi sekä tapahtumia edelleen epäkäytännöllisiä in vivo. Suoraan vertaamalla mitokondrion genomissa vaihtelu kolmessa pariksi kudoksissa samasta potilaasta, Tutkimuksemme voisi tarjota laajan profiilin somaattisen mitokondrion mutaatio kasvaimen potilaalle. Matalataajuusradiovastaanotin somaattisten mtDNA mutaatio tunnistettiin peräsuolen potilaiden ja kaikki mutaatiot olivat heteroplasmic. Samaan aikaan jotkut somaattiset mutaatiot voivat olla läsnä normaalia kudosta, joka osoittaa, että nämä somaattiset mutaatiot eivät ole seurausta kasvaimen, ja se saattaa heijastaa muuttaa fysiologisen ympäristön mtdna kasvaimen potilaan.

Materiaalit ja menetelmät

Kliiniset näytteet

yhteensä 59 kudosnäytteiden kerättiin tässä tutkimuksessa, mukaan lukien ensisijainen peräsuolen syöpä kudoksiin (C1-C10), joka vastaa para syöpää normaalien kudosten (CP1-CP10) ja etäinen normaalien kudosten (CN1-CN10), joka otettiin 20 kiinalaista potilailla, joilla peräsuolen syövän leikkauksen aikana, jossa lupaa. Syöpäkudoksen varmistettiin HE-värjättyä dioja jääleike leikkauksen jälkeen, kun taas para-syöpä- normaalista kudoksesta saatiin normaalista ympäröivään kudokseen syöpä, ja kaukainen normaali kudos on vähintään 5 cm: n päässä reunasta syöpä kudosta. Kaikki potilaat olivat kliinisesti diagnosoitu vaiheessa I (T1-T2, N0, M0) peräsuolen syövän mukaan kliinisen standardi luokka syövän [44]. Koska päätavoite Tutkimuksemme on paikantaa hiuksenhieno ero syövän ja vastaaviin normaaleihin kudoksiin näkökulmasta mitokondrion genomin vain peräsuolen normaaleissa kudoksissa (mukaan lukien para-syöpä- ja kaukainen normaaleissa kudoksissa) samasta potilaasta otettiin sen vuoksi harkintaan. Para-syöpä- normaalia kudosta ei ollut saatavilla Potilaan 19. Tutkimus suoritettiin Helsingin julistuksen.

DNA: n monistuksen ja sekvensointi

Yhteensä genomista DNA: ta vastaavasti poimittu para syöpäkudoksen, ensisijainen syöpäkudoksen ja etäinen normaalia kudosta käyttämällä standardin fenoli /kloroformi-menetelmällä. Koko mtdna genomeja monistettiin ja sekvensoitiin täysin kuvattu aiemmissa tutkimuksissa [19], [20], [21], [22]. Sekvensointitiedot muokattu ja linjassa käyttämällä DNASTAR ohjelmiston (DNAStar Inc., Madison, WISC.), Ja mutaatiot pisteytettiin suhteessa tarkistetun Cambridge referenssijaksoa (rCRS) [45]. Fylogeneettiseen tilan kunkin mtdna määritettiin mukaisesti uudelleen Aasian mtdna phylogeny [20], [46], ja niiden suhteet olivat havainnollistettu kaaviokuva fylogeneettisen puun (kuvio 1).

Laadunvalvonta

ongelmien välttämiseksi ja virheet havaitaan julkaistu mtDNA taudin tutkimuksissa [18], [47], [48], [49], tiukka laadunvalvonnassa menettely [19], [20], [21 ] hyödynnettiin aikana näytteiden käsittely ja luonti. Lisäksi välttää kokonaan keinotekoisia rekombinaation laukaisi näyte mix-up tai saastuminen [18], [50], kukin kudosnäyte monistettiin ja sekvensoitiin yksilöllisesti kuten olemme tehneet aiemmin [22].

määritys heteroplasmy by DHPLC

havaittu heteroplasmic mutaation aikana suora DNA: n sekvensointi, olemme edelleen vahvisti sen denaturoivalla korkean erotuskyvyn nestekromatografia (DHPLC) (kuvio 2).

tukeminen Information

Taulukko S1.

somaattiset mtDNA mutaatioita tunnistettiin 20 peräsuolen potilailla

doi: 10,1371 /journal.pone.0021613.s001

(DOC) B Taulukko S2.

vertailu taajuus yksilöiden kätkeminen heteroplasmic mtDNA mutaatioita normaaliväestössä ja syöpäpotilailla.

doi: 10,1371 /journal.pone.0021613.s002

(DOC) B

Kiitokset

Olemme kiitollisia kaikille osallistujille tähän tutkimukseen. Haluamme myös antaa tunnustusta Shi-Fang Wu ja Chun-Ling Zhu heidän apua kokeissa. Kiitämme anonyymi tarkastuskohteille hyödyllisiä kommentteja aiemman version käsikirjoituksen.