Krooninen sairaus

tiivistelmä

peräsuolen syöpä (CRC), perinnöllinen alttius riski vaikuttaa noin 35%: lla potilaista, kun taas korkea-penetrance ituradan mutaatioita osuus 6%: ssa tapauksista. Huomattava osa satunnaista kasvaimia voidaan selittää coinheritance useita matalan penetrance variantteja, joista jotkut ovat yhteisiä. Arvioimme alttius CRC myönnetty geneettisiä variantteja on

TGFBR1

lokuksessa. Analysoimme 14 polymorfismien ja alleelispesifinen lauseke (ASE) on

TGFBR1

sisään 1025 henkilöiden Espanjan väestöstä. A case-control tutkimus tehtiin, jossa 504 valvontaa ja 521 potilaalla on satunnaista CRC. Neljätoista polymorfismien sijaitsee

TGFBR1

lokuksen genotyypattiin kanssa

iPLEX Gold

(

MassARRAY-Sequenom

) tekniikkaa. Tarkempi analyysit polymorfismien ja haplotyyppien ja yhdistys tutkimukset suoritettiin kanssa SNPator Työpaketti. Ei alan yhdistykset välillä havaittiin yksittäisiä polymorfismien tai haplotypes ja riski CRC.

TGFBR1 * 9A /6A

polymorfismin käytettiin ASE analyysiä. Heterotsygoottinen yksilöitä analysoitiin ASE by fragmenttianalyysi käyttämällä cDNA normaalista kudoksesta. Suhteellinen taso alleelien ilmentymisen ekstrapoloitiin standardikäyrältä. Kynnysarvon laskettiin Youdenin indeksiin. ASE todettiin 25,4%: lla potilaista ja 16,4% valvonnan. Kun otetaan huomioon sekä bimodaalinen ja jatkuva jakelumuodolla, ei ole merkittäviä eroja ASE arvojen potilaiden ja verrokkien tunnistettiin. Mielenkiintoista, yhdistetty analyysi polymorfismien ja ASE varten yhdessä CRC esiintyminen paljasti, että ASE-positiivisen henkilön kuljettaa yksi yleisimmistä haplotyyppien (H2: 20,7%) osoitti huomattavaa herkkyyttä CRC (RR: 5,25; 95% CI: 2,547 -5,250; p 0,001) ja synergia kertoimella 3,7. Tutkimuksessamme 54,1% satunnaista CRC tapauksista johtuivat coinheritance H2 haplotyypin ja

TGFBR1

ASE. Nämä tulokset tukevat hypoteesia, että alleelinen arkkitehtuuri syövän geenien sijaan yksittäiset polymorfismien, tarkemmin määrittää CRC riski.

Citation: Martinez-Canto A, Castillejo A, Mata-Balaguer T, Castillejo MI, Hernandez -Illan E, Irles E, et ai. (2012)

TGFBR1

Intralocus epistaattinen Vuorovaikutus riskitekijä peräsuolen syövän. PLoS ONE 7 (1): e30812. doi: 10,1371 /journal.pone.0030812

Editor: Aedín C. Culhane, Harvard School of Public Health, Yhdysvallat

vastaanotettu: 20 syyskuu 2011; Hyväksytty: 21 joulukuu 2011; Julkaistu: 23 tammikuu 2012

Copyright: © 2012 Martinez-Canto et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä toiminto on tuettu osittain avustusta Valencian Espanjassa (AP140 /08) ja Biomedical Research Foundation päässä sairaalan Elche, Espanja (FIBElx0902). AM-C, CE, ja CG vastaanottavat apurahoja Fundación Juan Peran-Pikolinos; Fundacion Carolina-BBVA ja Conselleria de Educación (Valencian), respectivelly. Ei ylimääräistä ulkoista rahoitusta saanut tätä tutkimusta varten. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) vaikuttaa yli miljoona ihmistä maailmassa vuosittain ja siitä on tulossa yleisin syöpätyyppi kehittyneissä maissa [1]. Taustalla olevia syitä CRC ovat yhdistelmiä ympäristö- ja geneettiset tekijät eri suhteissa. Huomattava osuus satunnaista kasvaimia voidaan selittää coinheritance useita matalan penetrance variantteja, joista jotkut ovat yhteisiä. Peritty alttius taustalla ~35%: n varianssia CRC riskiä, ​​kun taas korkean penetrance ituradan mutaatioita osuus 6%: ssa tapauksista [2].

Common geneettisiä variantteja useilla loci mukana transformoivan kasvutekijä beeta (TGF-beeta) superperheen signalointireitin on todettu alhaisen penetraation variantit, jotka vaikuttavat CRC kehitykseen, kun puolueeton lähestymistapaa käytetään, kuten genomin laajuinen yhdistys (GWA) analyysi [2].

TGF beeta on yksi voimakkaita estäjiä leviämisen epiteelisolujen. Poikkeavuuksia tässä signalointireitillä ovat lähes yleismaailmallisia syöpäsoluissa ja välittyvät erilaisten mekanismien [3]. TGF-beeta-reseptorin tyypin I (koodaama

TGFBR1

geeni) on välittäjäaine TGF-beeta kasvua estävää signaaleja ja on suunnattu useissa tutkimuksissa syövän alttiuden ja etenemisen, joissa usein ristiriitaisia ​​tuloksia [4 ] – [7].

Äskettäin ilmiö, jota kutsutaan ”alleelispesifinen ilmaisu” (ASE) kuvattiin; ASE esiintyy ituradan on

TGFBR1

geenin 10% -20% CRC potilaista ja luo lisääntynyt riski CRC (riskisuhde [OR]: 8,7; 95%: n luottamusväli [CI]: 2.6- 29,1), vaikkakin taustalla geneettinen syy tähän transkription vaihtelu ei tiedetä [8]. Viime aikoina, toisin tulokset raportoitiin, että ASE on

TGFBR1

havaittiin harvinainen tapahtuma, eikä lisääntynyt alttius CRC voitaisiin havaita [9] – [14].

tällä hetkellä hyväksytty, että on olemassa suora assosiaatio geneettinen alttius syövälle ja lukumäärä riskin alleelien kuljettaa yksittäisen [15]. Todisteita tämä olettamus on peräisin useita tutkimuksia, joissa kirjoittajat analysoi yhdistelmä pieni määrä alttiusalleelien eri loci [2]. 2% väestöstä on suurin riski, joka kantoi useita alhaisen riskin alleelit, oli kasvu CRC noin nelinkertaisesti verrattuna yksilöiden mediaani väestön riski [15].

Tässä tutkimuksessa, pyrittiin kartoittamaan geneettinen alttius vuorovaikutusten CRC on

TGFBR1

lokuksessa. Tuloksemme osoittavat, että yksilöillä, joilla yhdistelmä tietyn haplotyypin ja ASE on olennaisesti kohonnut CRC (suhteellinen riski [RR]: 5,25; 95% CI: 2,547-5,250; p 0,001), vaikka kumpikaan näistä tekijöistä oli merkittävää vaikutusta CRC alttiuteen kun analysoitava erikseen.

Methods

tavoitteet

työhypoteesia testasimme tässä tutkimuksessa oli, että yksityiskohtainen intralocus alleelin arkkitehtuuri

TGFBR1

tarkemmin ennustaa geneettinen alttius CRC kuin tehdä yksittäisiä yhden nukleotidin polymorfismien (SNP). Meidän tavoitteena oli kartoittaa geneettisen alttiuden vuorovaikutuksiin

TGFBR1 lokuksen

jotka vaikuttavat CRC, määritellään 14 polymorfismien ja

TGFBR1

ASE, joka tapauskontrollitutkimuksessa.

Osallistujat

Potilaat, joilla on satunnaista CRC.

yksilöiden satunnaista CRC (n = 521), joille tehtiin leikkaus, jossa parantava Tarkoituksena oli mukana tässä tutkimuksessa. Potilaat, joilla on familiaalinen adenomatoottisen polypoosin tai Lynchin oireyhtymä, suljettiin pois. Potilaat, joilla epäillään olevan Lynch oireyhtymä (kasvaimia diagnosoitu aikaisemmin 50-vuotiaita, joilla mikrosatelliittien epävakaus) on myös suljettu pois. Mediaani-ikä mukana potilaiden diagnoosi oli 67 vuotta (vaihteluväli 23-93 vuotta). Kliiniset ja patologiset ominaisuudet CRC potilaille annetaan yksityiskohtaisesti taulukossa 1.

Potilaiden biologisia näytteitä ja kliiniset ja patologiset tiedot saatiin biopankkien Elche yliopistollisen sairaalan ja Castellon Provincial Hospital (Espanja ).

Controls.

Controls (n = 504) ilman henkilökohtaista historiaa syövän ja diagnooseja ajateltiin olevan liity taudin kiinnostavaan (esim, luunmurtumat, useita trauma, veri glukoosi väärinkäytöksiä, verisuoni- ja sydänsairauksien, komplikaatioita munuaisten vajaatoimintaan liittyvän) on valittu Elche yliopistollisen sairaalan Biopankkiverkosto (Espanja). Heidän mediaani-ikä oli 72 vuotta (vaihteluväli 23-98 vuotta).

Kuvaus menettelytavoista ja aloittamien tutkimusten

DNA /RNA: n uutto ja cDNA-synteesi.

DNA ja RNA oli uutetaan ääreisverivalkosolut valvonnan ja normaalista-esiintyvät paksusuolen limakalvon CRC potilaista. DNA /RNA: n uutto ja cDNA-synteesi suoritettiin kuten aiemmin on kuvattu [16].

polymorfismi valinta.

valinta SNP perustui niiden yhdessä esiintyminen

TGFBR1

ASE, kuten ovat kuvanneet Valle et al. [8]. Kaikkiaan 14 polymorfismien ulottuu pitkin 71 kb

TGFBR1 lokuksen

genotyypattiin. Kuusi SNP: t olivat geeninsisäinen, viisi sijaitsi ylävirtaan geenistä, ja kolme sijaitsee alavirtaan geenistä (kuvio S1). SNP rs7034716 ja rs6478974 kuvataan tagSNPs tällä alueella, mukaan HapMap tietokantaan (Data Rel27 vaiheen II + III).

SNP genotyypin.

MassARRAY Designer ohjelmisto (Sequenom) käytettiin suunnitella PCR-määritystä ja iPLEX yhden emäksen pidennyksestä alukkeita multipleksoidun analyysiä. iPLEX Gold määritys MassARRAY (Sequenom) on alukepidennystuotteen prosessi suunniteltu havaitsemaan järjestyksessä erot yhden nukleotidin tasolla. Alleelispesifisen eroja massan välillä laajentaminen tuotteiden pitoisuuksia MALDI-TOF /MS.

Analyysi

TGFBR1

9A /6A polymorfismi.

Olemme aiemmin raportoineet genotyypitys polymorfisen toistuva trinukleotidi 9A /6A

TGFBR1

eksonin 1 (rs11466445) potilailla, joilla satunnaista CRC ja valvontaan [16].

ASE analyysi.

käytetyt cDNA kaikista heterotsygoottista 9A /6A yksilöitä analysoimaan ASE on

TGFBR1

. Määrällisesti ASE, käytimme yhdeksän pisteen standardikäyrä rakennettu laimennoksilla cDNA 9A ja 6A homotsygoottisia yksilöitä laimennokset: 9:01, 8:02, 7:03, 6:04, 5:05, 4:06, 03:07, 02:08, ja 01:09). Standardikäyrä (Pearsonin korrelaatiokerroin 0,98) käytettiin interpoloimaan suhteellinen ASE kunkin yksittäisen. Kukin cDNA näyte testattiin kolmena kappaleena. cDNA näytteet kolmesta heterotsygoottista yksilöitä käytettiin myös kalibraattorit kaikissa määrälliset ASE kokeiden arvioimiseksi ja korjata mahdollisia interexperimental vaihtelua. Kynnysarvon laskettiin vastaanottimen toiminta käyräanalyysi, arvioida herkkyys ja spesifisyys eri cutoff pistettä, ja valita paras vastine Youdenin indeksiin.

Ethics

Kirjallinen suostumus sisällytettäväksi kunkin Biopankkiverkosto saatiin jokaisesta osallistuvien yksittäisten. Tutkimuksen hyväksyi eettisten komiteoiden Elchessä ja Castellon sairaaloissa.

Tilastolliset menetelmät

Tarkempi analyysejä polymorfismien ja haplotyyppien suoritettiin geneettisen tilastollisen alustan SNPator [17]. Ennen yksittäisiä polymorfismien analysoitiin, Hardy-Weinberg tasapaino vahvistettiin verrokkiryhmässä. SNPator alusta käyttää vaiheen ohjelma haplotyypin arvio. Tämä ohjelma toteuttaa Bayes tilastollinen menetelmä rekonstruointiin haplotypes väestön genotyyppitietoja.

Monimuuttujatestaus ehdoton logistinen regressio malleja olettaen hallitseva, resessiivinen, lisäaine tai codominant tilat perintö käytettiin arvioimaan assosiaatioita polymorfismien tai haplotyyppien ja CRC.

selvitimme mahdollisia vaikutuksia muuttaminen sukupuolen, iän (alle vs yli mediaani-ikä 67 vuotta), kasvaimen sijainti (proksimaalinen vs distaalinen), ja kasvaimen vaiheen (I ja II vs III ja IV ) vastaavaan kerrostunut analyysi.

χ

2 testiä käytetään arvioimaan eroja variantti kantoaaltotaajuuksien välillä potilaiden ryhmässä ja kontrolliryhmässä ja analysointi assosiaatiota SNP ja kliininen ja patologisia tekijöitä. Armitage n suuntaus testiä käytettiin laskettaessa p kehitysnäkymät lisäaineen malli perintö. Kaikki p-arvot olivat kaksipuolisia ja p 0,05 pidettiin merkittävänä. Tulokset ilmaistaan ​​syrjäisimpien ja 95% Cl. Virta määritettiin käyttämällä online tilasto-ohjelmalla (https://www.stat.ubc.ca/~rollin/stats/ssize/caco.html). Bonferronin menetelmää korjata useita testejä sisällytettiin analyysiin sen varmistamiseksi, että yleistä luottamusta kerroin säilyi. Parametrisen U-testi käytettiin ASE analyysiä, kun jakelu pidettiin jatkuvasti. RR, synergia tekijä, ja väestö johtuu riski prosenttia (PAR%) laskettiin yhdistetyssä analyysissä haplotyyppien ja ASE.

Tulokset

ei ollut tilastollisesti merkitsevää eroa keskimääräisessä iässä tai sukupuoli jakautuminen potilaiden ja verrokkien

TGFBR1 polymorfismien ja CRC

yhteensä 782 yksilöiden (405 potilasta ja 377 kontrollit) genotyypattiin varten 13 SNP. Määrä ja /tai DNA: n laatu jäljellä yksilöt olivat riittämättömiä analyysin kanssa iPlex tekniikkaa. Laadunvalvonta Genotyyppausanalyysiin arvioitiin reaaliaikaisen PCR Taqman varten alleelinen syrjintää 0,7% genotyyppien tunnistaa iPLEX tekniikkaa. Genotyypitys polymorfisen toistuva trinukleotidi 9A /6A

TGFBR1

eksonin 1 (rs11466445) arvioitiin kaikkien potilaiden ja verrokkien mukana tutkimuksessa.

alleeliset ja genotyyppi taajuudet on esitetty taulukoissa S1 ja S2, vastaavasti. Kaikki polymorfismit mukana tässä tutkimuksessa oli vähäistä alleelin taajuus (MAF) on yli 8% (taulukot S1 ja S2). Genotyyppijakauman vertailupopulaatiossa eivät poikkea merkittävästi odotettavissa oleva väestön Hardy-Weinberg tasapaino (

P

0,25). Alleelifrekvenssien todettiin olevan samanlainen kuin raportoitu HapMap tietokantaan (https://hapmap.org) ja NCBI dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/).

Association tutkimukset yksittäisten SNP CRC esiintyminen osoitti merkittävää tulokset SNP rs7034716, rs10739778, ja rs334365, joissa syrjäisimmät alueet on 1,36-1,42 (taulukko 2). Kerrostunut analyysi osoitti merkitsevästi yhteydessä alaikäisen alleeli ja CRC diagnoosi nuorempina ( 67 vuotta) varten SNP rs7033283, 7034462, 7034867, 12686783, 11466445, ja rs928180 (taulukko 3). Mitään muuta merkittävää yhteyttä havaittiin, kun analyysi ositettiin sukupuolen, kasvaimen sijainti, tai vaiheessa.

kytkentäepätasapaino- (LD) tutkimus osoitti yleisesti korkea välisen sidoksen polymorfismien analysoitu . Sidos arvot yli 80% paria SNP johti D ’ 0,8. Tunnistetut tagSNPs tälle alueelle olivat SNP rs7034462, rs7034867, ja rs928180, joissa kaikissa on MMM 10% (taulukko S3).

haplotyyppianalyysissä osoitti läsnäolon 17 ja 27 eri haplotyyppien kontrolleissa ja potilaiden vastaavasti. Vain kuusi näistä haplotyyppien (H1, H2, H3, H4, H5 ja H13) oli taajuus suurempi kuin 1% kontrolleissa; nämä valittiin yhdistyksen tutkimuksia. Kuvaukset haplotyyppien ja niiden taajuudet on esitetty taulukoissa S4 ja S5, vastaavasti.

Jotkut merkittäviä assosiaatioita haplotyyppien ja CRC löydettiin kerrostunut analyysiin. Vuotiaiden yksilökohtaisia ​​Yli 67 vuotta, H2 ja H5 haplotypes liittyi kasvua ja vähentää CRC, vastaavasti. Yksilöt vuotiaista alle 67 vuotta ja kuljettavat H1 haplotyyppi oli pienempi riski CRC. Lopuksi mies yksilöt kantaen H4 haplotyyppi oli pienempi riski CRC (taulukko 4).

TGFBR1

ASE

ASE-analyysi suoritettiin informatiivinen yksilöitä varten rs11466445 polymorfismin: 9A /6A heterotsygoottinen yksilöitä (71 potilasta ja 67 valvontaa; n = 138). Suhteellinen

TGFBR1

ilmentymisen lasketaan standardikäyrästä piirrettiin (kuvio 1). Mediaani ASE suhde oli hieman korkeampi CRC potilaille kuin kontrollien (0,896 ± 0,317 vs. 0,862 ± 0,155, vastaavasti).

TGFBR1

alleeli suhdelukuja potilaalla on satunnaista CRC (paneeli A) ja valvonta (paneeli B). ASE-negatiivinen aluetta edustaa värillinen suorakulmio välinen raja-arvot (0,78 ja 1,27). Keskiarvo ja keskihajonta esitetään jokaisesta näytteestä.

analyysi, jossa ASE katsottiin olevan bimodaalisen tyyppistä jakelua, yksilöiden pidettiin positiivisina läsnäolo ASE jos ne osoittivat alleelimuodon ilmaus suhde 0,78 tai 1,27. Nämä raja-arvot vastasivat 9A /6A alleeli osuudet 44:56 ja 56:44 vastaavasti (herkkyys: 0,295; spesifisyys: 0,836; Youdenin indeksi: 0,131; taulukko S6). Positiivisessa potilailla, johdonmukainen suhteellinen yliekspressio * 6A alleelin havaittiin (

P

= 0,045).

Kahdeksantoista potilasta (25,4%) ja 11 ohjaa (16,4%) oli positiivinen ASE, ei ilmene merkittävää yhdistys syöpäriskiä (OR: 1,697; 95% CI: 0,74-3,87;

P

= 0,213). Vuonna kerrostunut analyysi CRC, ASE oli useammin löydetty yksilöiden varhaisvaiheen kasvaimet (

P

= 0,016; taulukko S7).

Ei merkittävää yhteyttä löytynyt, kun ASE pidettiin portaattomasti (

P

= 0,179).

yhdistettyyn analyysiin TGFBR1 ASE ja haplotyyppien

Olemme löytäneet erittäin merkitsevä assosiaatio toiseksi yleisin haplotyyppi H2 (potilaat: 24.07 %; tarkastukset: 20.72%), ASE (potilaat: 25,4%; tarkastukset: 16,4%), ja CRC esiintyminen. Yksilöt kuljettaa H2 haplotyyppi kanssa ASE oli korkea riski CRC (

P

0,0001; taulukko 5). Kun H2 ja ASE katsottiin riippumattomia tekijöitä, taajuudet havaittiin potilailla poikkesivat merkittävästi odotetun taajuuksilla (

P

= 0,013), mutta ei tee niin kontrolleissa (

P

P

= 0,213) ja 1.123 (95 % CI: 0,98-1,28;

P

= 0,095), tässä järjestyksessä. Näin ollen odotettu yhteenlaskettu RR ASE ja H2 oli 1,42, kun taas havaitut RR oli 5,250 (95% CI: 2,55-5,25;

P

0,0001). Tuloksena synergia oli 3,7 ja väestön jakautuminen riski oli 54,1% (taulukko 6).

Keskustelu

Saamiemme tulosten yhdistetty analyysi useiden geneettisten tekijöiden liittyy syövän alttius, jossa epäolennaisen yksittäisiä painoja, voisi paljastaa tarkempi intralocus alleeliset arkkitehtuuri kuin tölkki yksittäisten analyysien, ja määritellään erityisiä alaryhmiä yksilöiden tärkeitä riskitasot CRC.

nykyisen työn olemme esittäneet todisteita siitä, että yksilöt kantavat erityistä

TGFBR1

H2 haplotyypin ja

TGFBR1

ASE on korkea suhteellinen riski CRC (RR = 5.250; 95% CI: 2,55-5,25), kun taas yksittäiset riskejä kuhunkin näiden tekijöiden on häviävän pieni. Huomattava synergistinen suhde tunnistettiin yhdistetyssä analyysissä, tukemalla hypoteesia, että alleelinen arkkitehtuuri syövän geenien voisi tarkemmin määritellä syöpäriskiä. Laskennallinen PAR% oli 54,1%, mikä osoittaa, että yli puolet satunnaista CRC Väestön johtui yhdistelmä H2 ja ASE geneettiset tekijät on

TGFBR1 lokuksen

. Edelleen riippumattomat tutkimukset suurempien näytteitä on vahvistettava nämä tulokset.

Tällä hetkellä on hyväksytty, että vaikutus yleisin matalan penetrance alleelien on olennaisesti riippumaton ja hallussapito määrä on lisääntynyt riski alleeleja on liittynyt lisääntynyt syöpäriski, sopusoinnussa polygeenisiä mallin tautiherkkyyteen [15].

Tuloksemme viittaavat siihen, että intralocus epistaattinen vuorovaikutukset yhteinen variantteja CRC herkkyystekijöitä voisi olla. Suora kokeellinen todiste mekanismeja tällaisten intralocus epistaattinen yhteisvaikutuksia on raportoitu aiemmin [18].

Modest geeniekspressiota muutoksilla voi olla merkittäviä biologisia vaikutuksia, kuten nähdään

APC

geeni, jossa 50% perustuslaillinen vähennykset ilmaus yhden alleelin voi johtaa kehitystä familiaalisen adenomatoottisen polypoosin [19].

ASE on laajalle levinnyt ilmiö, joka vaikuttaa ilmentymistä 20% ihmisen geeneistä. Alleelinen erot ovat periytyviä in autosomaalisesta ajoin eivätkä ne ole painettu [20], [21]. Määrittely ASE auttaa meitä arvostamaan laajuus toiminnallisesti tärkeitä sääntelyn muunnelmia ja keskittyä ehdokas haplotypes jotka liittyvät vaihtelevasti ilmaisi alleelit, joka mahdollistaa yksityiskohtaisen molekulaarinen erityisiä polymorfismien [20].

ASE edustaa fenotyyppinen vaikutus tuntematon geneettisiä variaatioita, ja voivat sisältää yhden tai useamman paikallisen tai etäinen tekijöitä, jotka voivat toimia

cis

tai

trans

. Lisäksi kumulatiiviset vaikutukset, epistasia, genotyyppi ja ympäristön vuorovaikutukset ja pleiotropia voi selittää monimutkaisten geneettisten arkkitehtuuri taustalla nämä transkription vaihtelut [22]. Uskottavalta heterogeenisyys lainsäädäntöön liittyvät tekijät, erot valituissa kohorttia CRC potilaiden, ja erot menetelmiin lähestymistavat voivat olla vastuussa ilmeisesti incongruent tulokset julkaistaan ​​

TGFBR1

ASE [8] – [14].

ASE on mitattu useita kirjoittajia laskemalla annostus suhde (cDNA /gDNA) [8], [10] – [12]. Kuitenkin on selvää, että tätä menetelmää voi aiheuttaa satunnaisesti luonnostaan ​​ongelmia määrällisiä genotyypitys [9]. Päätimme, että ASE olisi arvioitava suhteessa hypoteettinen 1:01 suhde alleelinen annoksen sijaan vertaamalla cDNA ja gDNA annoksia yhden näytteen. Suhteellinen määrällisesti ilmaisun kunkin alleelin ekstrapoloimalla standardikäyrästä saattaa tarjota tarkempia tuloksia [9], [23]. Lisäksi mahdollisia sekoittavia tekijä ASE arviointi saattaa olla RNA lähde käytetty. Lymfoblastisolulinjoissa on käytetty monissa tutkimuksissa [9] – [11]. Kuitenkin muunnettava lymphoblasts voivat muuttua niiden mRNA-tasojen verrattuna alkuperäiseen ääreisverenkierron lymfosyyttien näytteestä, koska biologisen melun ja

in vitro

esineitä (tasot Epstein-Barrin virus käytettiin transformoimaan soluja, ATP-tasot, jne.), tai jopa äärimmäisen klonaalisen vaikutukset voivat vaarantaa ASE analyysi. Näistä syistä joukkopalautuksia transfOlmoimattomia solujen tai

ex vivo

soluja suositellaan ASE määrityksiä [22]. Kaikki aikaisemmin ilmoitettiin

TGFBR1

ASE tutkimuksissa käytettiin SNP kuten geneettiset markkerit [8] – [14]. SNaPshot [8], [9], [11] ja pyrosekvensointi [10], [12] – [14] tekniikoita on käytetty analysoida SNP, ja luoneet eroavaisuuksia julkaistu

TGFBR1

ASE tuloksia. Valitsimme insertio /deleetio polymorfismi (rs11466445), joka liittyy ASE ilmiö [8] ja opiskellut sitä kapillaarielektroforeesilla fragmenttianalyysi, mikä on sopivin metodologia analyysi tämän tyyppisen polymorfismin.

Olemme tietoinen rajoitukset tässä tutkimuksessa. Otoskoko Tässä tutkimuksessa käytetyt antoi meille mahdollisuuden havaita herkkyystekijöitä vähäisellä alleelin taajuus 8% kanssa RR≥2 tai ≤0.5, ja 80%: valtaa raakaöljyn yhdistysten yksinkertainen tekijöistä. Siksi merkitseviä löysimme varten SNP ja haplotyyppien olivat alimitoitettu. Lisäksi koko tämän tutkimuksen otos ei anna tunnistaa vaikutuksia harvinaisia ​​alleelien. Kuitenkin meidän oli tarkoitus analysoida yhdistelmän vaikutuksista yhteisiä geneettisiä tekijöitä. Herkkyys havaita geneettinen alttius on pienempi, kun väestö kerrostunut. Siksi riski havaittu yhdistetty analyysi ASE ja H2 haplotyyppi perustuu käytettävissä otoskoko on selvästi alimitoitettu. Spesifisyys ja herkkyys arvot, jotka yhdistys oli 95% ja 25%, vastaavasti.

Esiintymistiheyksien H2 /ASE, kun niiden katsottiin olevan riippumattomia tekijöitä, oli merkitsevästi erilainen kuin havaitut taajuuksia potilailla (

P

= 0,013), mutta ei kontrolleissa (

P

0,05, taulukko S8), mikä viittaa siihen, että tämä yhdistelmä tekijät voivat olla haitallinen vaikutus.

läsnäolo haplotyypin liittyy ASE ehdottaa

cis

sääntelymekanismiin taustalla ASE. Polymorfismien geenin promoottori, tehostaja, transkriptio-tekijä-sitoutumiskohtia, silmukointipaikoista, RNA vakautta elementtejä, tai antisense-RNA: t saattavat olla mukana taustalla mekanistisiin toimintahäiriö [24].

epistaattinen vuorovaikutukset on vaikea havaita, ellei marginaali- vaikutukset ovat merkittäviä. Myös tilastollinen rangaistuksen myönnetty laajamittainen useita testejä, jotka saattavat tehdä tunnistamista tällaista vuorovaikutusta erittäin ongelmallista. Siksi lisätutkimukset käyttäen suurempia näytteitä tarvitaan varmistamaan ratkaisevia tuloksia.

Polymorfiat valittu tutkimuksiin monitekijäinen geneettisiä kytkentöjä sairauksia, kuten nykyinen, ovat ratkaisevan tärkeitä. Korkea taso LD osoittama joukko polymorfismien käytetty tässä työssä antoi meille mahdollisuuden leikellä polymorfismien määriteltyä ne subhaplotypes jotka vahvemmin yhteydessä tautiin. Submaksimaalinen LD vaikutus voidaan piilottaa mahdollisesti hyödyllistä tietoa, joka jäisi näissä geneettisen epidemiologian tutkimuksissa, joissa ennalta tagSNPs käytetään. Tässä vaiheessa on tärkeää huomata, että kuviot LD voi vaihdella huomattavasti populaatioiden välillä [25].

Kaikki yhteiset SNP tunnistettu tasalla GWA skannaukset antaa vaatimaton syöpäriski, ja suurin osa alttiusalleelien ovat syrjäisimmille alueille on 1,5. Lisäksi on raportoitu GWA tutkimuksissa, vain 12%: SNP: iden kanssa MAFs 5% -10% merkittiin, mikä osoittaa, että nämä strategiat eivät ole optimaalisesti konfiguroitu tunnistamaan matalataajuisen variantteja tässä alueella MAFs, joista osa voi olla vahvempi vaikutuksia [2]. Viisikymmentä prosenttia

TGFBR1

intralocus polymorfismit (7/14), jota käytetään esillä olevassa tutkimuksessa oli MAFs vaihtelee 8%: sta 10%, jolloin havaitsemisen uusien riskitekijöiden.

Haplotyyppi-pohjainen lähestymistavat voivat olla suurempi voima kuin yhden lokuksen analysoi kun SNP ovat vahvoja LD riskiin

lokuksen

. Uusi data-mining lähestymistapoja käytetään voittamiseksi mahdollisia monimutkaisuutta, joka syntyy geneettinen tutkimusten suuri määrä haplotypes, joka tarjoaa enemmän käsityksen geneettiset riskitekijät monimutkaisia ​​sairauksia [26].

Huolimatta yllä kuvatut rajoitukset , tulokset viittaavat siihen, että on tärkeää

TGFBR1

, että geneettinen alttius niin sanottu ”satunnaista” CRC. Nämä tulokset tarjoavat myös todiste siitä, että on olemassa intralocus epistaattinen välisten vuorovaikutusten yhteinen liittyvät muunnelmat CRC alttiuteen. Siksi yksityiskohtainen kartta geneettisten vuorovaikutusten tarvitaan tarkempia riskinarviointia, jonka pitäisi mahdollistaa syövän ehkäisy strategioita voidaan kohdentaa, ja yhä vaikuttaa syöpähoitojen.

tukeminen Information

Kuva S1.

sijainti analysoitu polymorfismien on

TGFBR1 lokuksen

. Kolmetoista SNP ja lisäys poisto polymorfismi (rs11466445) on

TGFBR1 lokuksen

genotyypattiin. Kuusi polymorfismit olivat geeninsisäinen, viisi sijaitsi ylävirtaan geenistä, ja kolme oli alavirtaan geenistä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s001

(TIF)

Taulukko S1.

Alleelifrekvenssien että

TGFBR1

polymorfismien ryhmittäin. (CRC: kolorektaalisyöpä; C: valvonta).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s002

(DOC) B Taulukko S2.

Genotyyppisen taajuudet

TGFBR1

polymorfismien ryhmittäin. (CRC: kolorektaalisyöpä; C: valvonta).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s003

(DOC) B Taulukko S3.

Kytkentäepätasapaino välillä analysoitiin polymorfismien on

TGFBR1

lokuksen (D ’arvo).

doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s004

(DOC) B Taulukko S4.

määrittely

TGFBR1

haplotypes löydetty tässä tutkimuksessa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s005

(DOC) B Taulukko S5.

Taajuudet on

TGFBR1

haplotyyppien potilaiden ja ohjaa ryhmiä. (CRC: kolorektaalisyöpä; C: valvonta).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s006

(DOC) B Taulukko S6.

Receiver operating käyrä analyysi määrittää raja-arvot

TGFBR1

ASE. (CRC: kolorektaalisyöpä; C: valvonta; ASE: alleeli-ekspressiota; YI: Youdenin Index).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s007

(DOC) B Taulukko S7.

välistä assosiaatiota

TGFBR1

ASE ja CRC: raakaöljyn ja kerrostunut analyysit. (CRC: kolorektaalisyöpä; C: valvonta; ASE: alleeli-ekspressiota, OR: riskisuhde; CI: luottamusväli).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s008

(DOC)

Taulukko S8.

Havaitut ja odotetut taajuudet

TGFBR1

H2 haplotyypin ja

TGFBR1

ASE potilailla ja valvontaa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s009

(DOC) B

Kiitokset

Haluamme kiittää kaikkia henkilöitä, jotka osallistuivat tutkimukseen.