Krooninen sairaus

tiivistelmä

ilmaantuvuus ja kuolleisuus paksusuolen syöpä (CRC) on korkeampi Afrikkalainen amerikkalaiset (AAS) kuin muiden etnisten ryhmien U. S., mutta syyt erot ovat tuntemattomia. Suoritimme geeniekspressioprofilointi satunnaista CRC peräisin AAs vs. Euroopan amerikkalaiset (EAS) arvioimaan osuutta CRC eroja. Arvioimme geenin ilmentymistä 43 AA ja 43 EA CRC kasvaimia sovitettava vaiheeseen ja 40 vastaavat normaalia peräsuolen kudoksiin käyttämällä Agilent ihmisen koko genomin 4x44K cDNA taulukot. Gene ja polku analyysit suoritettiin käyttäen merkitys Analysis mikrosirujen (SAM), kymmenkertaisia ​​rajat validointi, ja kekseliäisyyttä Pathway Analysis (IPA). SAM paljasti, että 95 geenit ilmentyvät differentiaalisesti välillä AA ja EA potilaiden vääriä löytö määrä ≤5%. Käyttämällä IPA olemme päättäneet, että näkyvin tauti ja koulutusjakson yhteenliittymien erilaisesti ilmaisi geeneistä liittyivät tulehdukseen ja immuunivasteen. Kymmenkertainen rajat validointi osoitti, että seuraavat 10 geenejä voidaan ennustaa kansallisuus tarkkuudella 94%: CRYBB2, PSPH, ADAL, VSIG10L, C17orf81, ANKRD36B, ZNF835, ARHGAP6, TRNT1 ja WDR8. Expression näistä 10 geenien validoitiin qRT-PCR riippumattomalla testissä joukko 28 potilasta (10 AA, 18 EA). Tuloksemme ovat ensimmäisenä sekaantumaan ero geeniekspression CRC rotuun eroja ja osoittaa näkyvästi erilainen CRC tulehduksen välillä AA ja EA potilaita. Erot herkkyydessä tulehdus tukea olemassa erillinen kasvaimen mikroympäristöjen näiden kahden potilasryhmissä.

Citation: Jovov B, Araujo-Perez F, Sigel CS, Stratford JK, McCoy AN, Yeh JJ, et ai. (2012) Differential gene expression välillä Afrikkalainen Amerikkalainen ja amerikkalaisen peräsuolen syövän Potilaat. PLoS ONE 7 (1): e30168. doi: 10,1371 /journal.pone.0030168

Editor: Hassan Ashktorab, Howard University, Yhdysvallat

vastaanotettu: 30 maaliskuu 2011; Hyväksytty 15 joulukuuta 2011; Julkaistu: 19 tammikuu 2012

Copyright: © 2012 Jovov et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat apuraharahoitusta Mahalaukun erikoistunut ohjelma huippututkimuksen (GI SPORE, P50 106991) ja University of North Carolina Center for Mahalaukun Biology and Disease (CGIBD, P30 DK 34987). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) on edelleen yleisin ruoansulatuskanavan syöpä Yhdysvalloissa, vaikka viime aikoina parannuksia diagnosointiin ja hoitoon taudin. Ilmaantuvuus ja kuolleisuus CRC Afrikkalainen amerikkalaiset (AAS) ovat korkeammat kuin Yhdysvalloissa väestössä [1], [2]. Monet epidemiologiset ja geneettiset tutkimukset ovat keskittyneet AAs [3], [4], [5], [6], jonka tavoitteena on selvittämisessä syyt eroja. Kun taas yksi voi sulkea osuus sosioekonomiset tekijät, kuten pitemmälle taudin diagnoosi Aas muut biologiset tekijät vaikuttavat myös etenemistä paksusuolensyöpä [4]; [7]. Kuitenkin biologinen perusta olemassaolon aggressiivisemman CRC Afrikkalainen amerikkalainen potilaille jää edelleen selvittämättä. Genomin epästabiilisuuden on keskeinen piirre kasvainten kehittymiseen ja on ainakin 3 eri reittejä CRC synnyssä: kromosomi epävakaus (CIN), mikrosatelliittien epävakaus (MSI), ja CpG-saarekkeen methylator fenotyypin väyliä (CIMP) [8], [9]. Mikä tahansa tai kaikkia näistä reiteistä voivat edistää aggressiivisempia CRC biologiaa Afrikkalainen amerikkalaiset. Viimeaikaiset genomin laajuinen yhdistys tutkimukset CRC ovat osoittaneet paitsi vahvaa näyttöä yhteisiä yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) yhdistys on joukko geenejä ja kromosomialueita, mutta myös geneettinen heterogeenisyys CRC yhdistys AAs versus EAS [4], [10] , [11], [12], [13]. Eri ilmaantuvuus MSI ja eritasoista metylaation toiminnallisesti erittäin merkittäviä geenejä myös raportoitu mahdollisena tekijöitä CRC rotuun eroja [8], [14], [15].

arveltu, että geeniekspressioprofiilien CRC in Afrikkalainen Amerikan ja Euroopan-Amerikan potilaat voivat paljastaa biologinen eroja kahden populaation, jotka voisivat selittää aggressiivisempi syöpä fenotyypin Afrikkalainen-amerikkalaiset. Niinpä teimme genominlaajuisten geeniekspressioprofilointi suuri joukko kasvain näytteitä, jotka oli sovitettu valitulle kliinisiä muuttujia. Analysoimme tuloksia geeni ja polku tasot tunnistaa keskeiset erot tuumoribiologiassa välillä Afrikkalainen Amerikan ja Euroopan ja Yhdysvaltojen potilaille.

Methods

Potilaat

Sata ja neljätoista kasvaimet (86 sisältyvät alkuperäiseen analyysiin ja 28 validointitutkimuksessa) ja 40 normaaleissa kudoksissa dE-tunnistettu CRC potilaat saatiin Institutional Research Board (IRB) hyväksytyn University of North Carolina (UNC) Tissue hankintapalvelu jälkeen UNC School of Medicine IRB hyväksyntä tässä tutkimuksessa. Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta potilailta. Kaikki näytteet kerättiin vuosina 1999 ja 2008 toiminta-ajan ja jäädytettiin nestetypessä. Potilaat, joiden tiedetään familiaalinen adenomatoottisen polypoosin ja perinnöllinen ei-polypoosin CRC jätettiin pois. De-Tunnistetun kuten rotu, kasvain, solmu ja etäpesäkkeiden (TNM), luokan tai erilaistuminen, marginaali tila, ja eloonjääminen oli saatavilla suurimmalla osalla potilaista.

RNA: n eristäminen ja Microarray Hybridisaatio

kaikki RNA: n eristys ja hybridisaatio suoritettiin Agilent (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) ihmisen koko genomin 4X44 K DNA mikrosiruja UNC. RNA uutettiin macrodissected snap-pakastetut kasvain näytteitä Kaikki prep Kits (Qiagen, Valencia, CA) ja kvantitoitiin käyttäen Nanodrop spektrofotometrisesti (ThermoScientific, Wilmington, DE). RNA laatu arvioitiin kanssa käytön Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies, Santa Clara, CA). RNA valittiin hybridisaatiolla käyttäen RNA eheys numero ja tarkastus 18S ja 28S ribosomaalinen RNA. Samanlaisia ​​RNA laatu valittiin poikki näytteitä. Yksi mikrogramma RNA: ta käytettiin templaattina cDNA: n valmistamiseksi ennen hybridisaation Agilent 4X44 K ihmisen koko genomin taulukot. cDNA leimattiin Cy5-dUTP ja viittaus ohjaus (Stratagene; Catalog Number # 740000; Agilent Technologies, Santa Clara, CA; [16] leimattiin Cy3-dUTP käyttäen Agilent alhainen RNA tulo lineaarisen vahvistuksen kit ja hybridisoitiin yön yli 65 ° C Agilent 4X44 K koko ihmisen genomin paneelit. taulukot pestiin ja avulla skannattujen Agilent skanneri (Agilent Technologies, Santa Clara, CA).

Kaikki microarray tiedot ovat MIAME yhteensopiva muodossa ja raa’at ja käsitellyt tiedot on on talletettu Gene Expression Omnibus (GEO); katso https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/, hakunumero: GSE28000.

Microarray ja tilastollinen analyysi

kaikki array data normalisoitiin käyttämällä LOWESS normalisointi. tiedot ei otettu geenien huono paikka laadusta tai geenejä, joilla ei ollut keskimääräinen voimakkuus on yli 10 jompaakumpaa kanavaa (vihreä ja punainen) vähintään 70%: n kokeissa. log2 suhde keskimääräisen punainen intensiteetti yli keskimääräisen vihreän intensiteetti laskettiin kullekin geenille, jota seuraa LOWESS normalisointi [17]. Puuttuvat imputoitiin käyttämällä k-lähimmän naapurin syyksi (KNN), jossa k = 10 [18]. Geenit, jotka olivat huomattavasti ylä- tai alassäädetty tunnistettiin käyttäen merkitys Analysis mikrosirujen (SAM) [19]. SAM määrittää pisteet kullekin geenin pohjalta muutos geenien ilmentyminen suhteessa keskihajonta toistettujen mittausten. Geenejä pistein suurempi kuin säädettävän kynnyksen, SAM käyttää permutaatiot toistuvissa mittauksissa arvioida osuus geenit tunnistaa sattumalta – väärä löytö määrä (FDR). Analyysiparametrit (Delta) on asetettu johtavan FDR≤5%.

Verkko ja geeni ontologian analyysi

Differentially ilmaistuna geenejä tutkittiin verkon ja geenin toiminnallinen keskinäiset mukaan kekseliäisyyttä Pathways Analysis (IPA) ohjelmistot (kekseliäisyyttä Systems, www.ingenuity.com; [20]. IPA skannaa joukon tulon geenien tunnistamiseen verkoissa käyttämällä Ingenuity Pathways Knowledge Base interaktioiden tunnistettu ”Focus Genes”, tässä tutkimuksessa, differentiaalisesti ilmentyvien geenien välillä AA ja EA ja tunnettujen ja hypoteettinen vuorovaikutuksessa geenien tallennettu osaamispohjaa IPA ohjelmistoa käytettiin tuottamaan joukon verkkoja, joiden suurin verkosto koko 35 geenien /proteiinien. verkot näytetään graafisesti geenit /geenituotteet ( ”solmut”) ja biologinen suhteet solmujen ( ”reunat”). Kaikki reunat ovat kanoninen tallennetut tiedot Ingenuity Pathways Knowledge Base. lisäksi IPA laskee pisteet kullekin verkon mukaan sovitus käyttäjän joukko merkittäviä geenejä. Lukemat ilmaisee todennäköisyyttä Focus geenien verkon kekseliäisyyttä tietoperustaa löydetään yhdessä johtuu sattumasta. Pistemäärä 3, cutoff tunnistamiseksi geeni verkkoja, osoittaa, että on vain 1/1000 mahdollisuus, että painopiste geenit näkyvät verkossa johtuvat sattumasta. Siksi pisteet 3 tai korkeampi osoittaa 99,9%: n luotettavuustasolla jättää sattuman.

Ten-kertainen Cross Validation (Ten-f-CV) B

Ten-f-CV analyysi [ ,,,0],21] käytettiin valita pienemmän edustavan joukon geenejä validointitutkimuksen by qRT-PCR. Käyttämällä Kymmenen f-CV analyysi tunnistimme 10 geenejä, jotka voivat ennustaa etnisyyden potilaan, jolle array tehtiin virhe 6%, mikä viittaa siihen, että nämä 10 geenit edustavat koko geenin luettelosta.

kvantitatiivinen reaaliaikainen PCR

validointi microarray tuloksista tehtiin 28 CRC potilaista (10 AA, ja 18 EA). Kymmenen ilmentyvät eri geenien (tunnistetaan SAM ja valita käyttäen Kymmenen f-CV menetelmä) todensi qRT-PCR. Hydroxymethylbilane syntaasia (HMBS) geeni toimi taloudenhoito geeni [22]. qRT-PCR suoritettiin kahtena kappaleena käyttämällä SYBR Green Gene Expression Assays (Applied Biosystems, Forester City, CA), jotka sisältävät pre-optimoitu alukesarjoja spesifisiä geenejä on validoitu [23]. Vahvistetut geenit olivat: Kiteinen, beeta B2 (CRYBB2), fosfoseriinifosfataasi homologi (PSPH), adenosiinideaminaasia kaltainen (ADAL), V-set ja immunoglobuliini verkkotunnuksen, joka sisältää 10 kuten (VSIG10L), Kromosomi 17 avoin lukukehys 81 (C17orf81) , ankyriiniproteiinista toista domain 36B (ANKRD36B). Sinkki sormi proteiini 83 (ZNF83), Rho GTPaasia aktivoiva proteiini 6 (ARHGAP6), WD toista domain 8 (WDR8), TRNA nucleotidyl transferaasi, CCA-lisäämällä, 1 (TRNT1), ja HMBS. Tiedot kerättiin käyttäen ABI PRISM 7500 järjestyksessä tunnistusjärjestelmä (Applied Biosystems, Forster City, CA). qRT-PCR tiedot kunkin näytteen normalisoitiin käyttäen ilmentymisen taloudenhoito geenin HMBS. Kuvaajat valmistettiin normalisoitu data suhteessa HMBS. Tilastollinen analyysi näistä tiedoista suoritettiin kaksipuolisella

t

-testi tai kaksipuolisen Wilcoxonin-summa testi, jos ilmaisua tiedot eivät noudata normaalijakaumaa.

Tulokset

tunnistaminen eri tavalla ilmaistuna geenien välillä AA ja EA CRC potilaat

Potilasjoukko ominaisuudet 43 AA ja 43 EA potilasta sovitettava TNM lavastus (taulukko 1). Kaksi populaatiot olivat samanlaisia ​​iän, sukupuolen ja kasvainpaikantumisen. Neljäkymmentä ei-kasvain paksusuolen kudokset (13 AAS ja 27 EAS) käytettiin geneettisen vertailuja normaalin paksusuolen geenin ilmentymisen välillä AAs ja EAS.

vertailu geeniekspressioprofiilit AA ja EA kasvaimia käyttäen SAM paljasti 95 geenitranskriptien on ilmennetty eri ryhmien välillä on FDR on ≤5%. Viisikymmentäkahdeksan geenejä jopa säädellä (taulukko 2) ja 37 säädeltiin (taulukko 3) kasvaimen AAS. Käytimme Nerokkuus Pathway Analysis arvioida taudin ja koulutusjakson näiden yhteenliittymät 95 geenejä, jotka ilmentyvät differentiaalisesti CRC kasvaimia rotu. Tauti yhdistys analyysi paljasti yhteenliittymien erilaisesti ilmaisi geenien geneettisiin polkuja, jotka liittyvät tulehdusreaktiota, maksan sairaus, kehityshäiriöitä, geneettisiä häiriöitä ja neurologisia sairaus (taulukko S1). Kuusi Top liittyvien väyliä ilmentyvät eri geenit kuvassa. 1. Kolme näistä kuudesta reittejä liittyvät tulehdus- ja immuunivasteen. Ilmennetty eri geenien viiden eniten pisteitä verkot on esitetty taulukossa 4. Top verkkostatistiikka toimintoja eri tavoin ilmaistuna geenejä: 1) organismin vahinkoa ja poikkeavuuksia, geenien ilmentyminen, solujen kehitystä 2) rasva-aineenvaihduntaan, pienimolekyylisiä biokemian, molekyylibiologian liikenne 3) solu kokoonpano ja organisaatio, urut kehittäminen, hiilihydraattiaineenvaihduntaan 4) antigeenin esittelyä ja tulehdusreaktio, solu liike 5) käyttäytyminen, ruoansulatuskanavan kehitys ja toiminta, hormonitoimintaa kehitystä ja toimintaa. Yksi näistä verkoista (verkko 4, antigeenin esittelyä ja tulehdusreaktio) on graafisesti kuvassa. 2. Seitsemän yhdeksästä geenien johti verkoston jopa säännelty AA potilailla (HLA-DQB1, IL33, PAK2, PROKR1, SAA2, TLR4, ZNF234), ja kaksi geeniä säädeltiin (DHX58, IL27).

Y-akselilla on käänteinen osoitus p-arvo tai merkitys. Kynnys-viiva merkitsee p = 0,05. (Huomaa, että 3 6 top polkuja osoitettu liittyvät tulehdukseen ja immuunivasteen).

Red symbolit osoitettu säädelty ja vihreä alas geenien. Node muoto vastaa toiminnallista roolia molekyylejä, kuten on esitetty legenda. Suora tai epäsuora yhteisvaikutuksia esitetty täydellistä tai katkoviivoilla.

suoritettiin myös SAM analyysi käyttämällä ei-kasvain paksusuolen kudokset AA ja EA potilaiden ja ei nähnyt ero geenien ilmentyminen (dataa ei esitetty), mikä viittaa siihen, että muutokset tunnistimme ovat kasvain mikroympäristön erityisiä.

validointi microarray tulosten

jotta valita edustava joukko geenejä qRT-PCR validointi eri tavalla ekspressoituneiden geenien välillä AA ja EA CRC potilailla, teimme 10-kertainen syötön validointi analyysiin, jonka tuloksena valittiin seuraavat kymmenen geeniä: CRYBB2, PSPH, ADAL, VSIG10L, C17orf81, ANKRD36B, ZNF835, ARHGAP6, TRNT1 ja WDR8.

Expression näistä kymmenestä geenien validoitiin qRT-PCR riippumattomaan testin sarja 28 CRC potilaista (10 AA ja 18 EA). QRT-PCR tulokset on esitetty kuviossa. 3. Kaksi 10 differentiaalisesti ilmaisi geenejä säädellään ylöspäin AA vs. EA CRC potilaita; CRYBB2, p = 0,0004 ja PHSP, p = 0,001 (Fig. 3, paneeli A). Kahdeksan oli säädellä vähentävästi AA vs. EA CRC potilaita; VSIG10L, p = 0,015; C17orf81, p = 0,032; WDR8, p = 0,002; TRNT1, p = 0,004; ANKRD36B, p = 0,044; ARHGAP6, p = 0,049; ADAL, p = 0,074; ZNF83, p = 0,11; (Fig. 3, paneeli B.). Muutoksen suuntaa (ylös tai alas asetus) varten qRT-PCR validoitu geenit oli suostumuksella SAM tuloksia. Kahdeksan kymmenestä geenien qRT-PCR validointitutkimuksen saavutettiin tilastollisesti merkittävää (p 0,05; CRYBB2, PSPH, C17orf81, ANKRD36B, VSIG10L, WDR8, TRNT1 ja ARHGAP6).

Paneeli A. Expression of kaksi up-geenien in Afrikkalainen amerikkalainen kolorektaalisyöpä potilaat: CRYBB2, PSPH. Paneeli B. ilmentäminen kahdeksan alassäädetty geenien Afrikkalainen amerikkalainen kolorektaalisyöpä potilaat: ARHGAP6, VSIG10L, C17orf81, ZNF83, ANKRD36B, ADAL, WDE8 ja TNRT1. Pisteet ovat suhteellisia Ct-arvot yksittäisille näytteitä; vaakasuorat viivat ovat keskiarvoja näytteen asetettu. Merkittävästi ilmentyvät eri geenit (p 0,05) välillä Afrikkalainen Amerikan (n = 10) vs. Euroopan-Amerikan (n = 18) CRC kasvaimia on merkitty tähdellä. Kuvaajat valmistettiin normalisoitu geenien ilmentyminen suhteessa ei siivous (HMBS) geeni.

Keskustelu

syyt CRC epäsuhta, joka vallitsee AA ja EA potilaita vielä täysin selvitetty. Vaikka suurin osa tutkimusta tästä epäsuhta on keskittynyt sosioekonomiset tekijät, viimeaikaiset havainnot tukevat voimakkaasti roolia geneettisten ja biologiset tekijät. Geneettisten erojen AA ja EA CRC potilasta raportoitu SNP liitolle ilmaantuvuus MSI ja tasosta geenin metylaatio [4], [14], [15]. Mikä tahansa näistä eroista voi johtaa ero geenien ilmentyminen välillä AA ja EA CRC potilaita. Tässä tutkimuksessa olemme analysoineet geeni-ilmentymisen profiilit 86 kasvainten 43 AA ja 43 EA potilailla. Merkittäviä eroja geenien ekspressiota, jotka liittyvät immuunivasteen ja tulehduksen tuumorin sisällä mikro-ympäristössä havaittiin näiden kahden ryhmän välillä. Tätä tulkintaa tukevat sekä sairauden yhdistys ja polku analyysejä. Useimmat immuuni liittyvien geenien oli korkeampi ilmentyminen kasvainten Afrikkalainen Amerikan potilailla kuin niillä, Euroopan ja Yhdysvaltojen potilaille. Vaikka alustavat, nämä havainnot ovat uusia ja voivat vaikuttaa syövän hoidossa. Nykyisestä tutkimuksessa, emme tiedä miksi CRC Afrikkalainen Amerikan potilailla olisi erilainen immunologista profiilia kuin kasvaimia eurooppalaisten-Amerikan potilaille. Oletamme, että mistä nämä erot ovat monitekijäinen. Krooninen tulehdus on ajateltu olevan kausaalinen tekijä peräsuolen syövän synnyssä [24], [25]. On osoitettu, että immuunivasteen allekirjoitus maksassa syöpäpotilaiden ennustaa etäpesäke ja toistumisen maksa- solujen karsinooma [26]. Niinpä tulevissa tutkimuksissa tulisi arvioida, onko immunologista profiilia CRC Afrikkalainen Amerikan potilailla on altistava tekijä kasvaimen etenemisen ja etäpesäkkeiden. Aiemmat tutkimukset tunnistettu kahden geenin kasvaimen allekirjoitus (CRYBB2 ja PSPHL), jotka tarkasti eriytetään Afrikkalainen Amerikan ja Euroopan ja Yhdysvaltojen eturauhassyöpäpotilaalla [27]. Nämä kaksi geeniä myös ilmentyvät differentiaalisesti välillä Afrikkalainen Amerikan ja Euroopan Amerikan rintasyöpäpotilaiden [28] Tässä tutkimuksessa löytyi säätely ylöspäin CRYBB2 ja PSPH geenin CRC Afrikkalainen Amerikan potilaille. Mutaatiot CRYBB2 geenissä ovat vastuussa myös familiaalinen kaihi [29]. PSPHL on homologi PSPH. Mielenkiintoista, PSPH sijaitsee kromosomissa 7p15.2, kromosomialueella tiedetään olevan voitto liittyvään pitkälle kasvaimen vaiheessa ei-pienisoluisen keuhkosyövän adenokarsinooma [30]. On osoitettu, että lisääntyneen ilmentymisen PSPH ei-pienisoluinen keuhkosyöpä vastaa kliinistä hoitovastetta erlotinibin [31]. Näin ollen, on mahdollista, että korkeampi ilmentyminen PSPH edistää CRC alttius AAs ja että tasot PSPH ekspressio voidaan korreloida vaste anti-EGFR-hoitoa. Nämä mahdollisuudet on testataan tulevissa tutkimuksissa. Ottaen alas geenien in AAs löysimme pienempi ilmentyminen C17orf81 geenin. Säätelyä alaspäin tämän geenin liittyvän paksusuolen syöpä [32], mikä viittaa siihen, että alemman tämän geenin ilmentyminen voi edistää aggressiivisempia CRC AAs. Muut sääteli geenejä AAs kuuluvat: TRNT1 (osalliseksi RNA jalostus; [33]); ARHGAP6 (edistää aktiini remodeling: [34]); WDR8 (helpottaa muodostuminen Multiproteiinikompleksit: [35]). Ottaen huomioon solutoiminnoille näiden geenien ei ole vaikea kuvitella, miten niiden ilmentyminen voi vaikuttaa aggressiivisuus CRC.

Koko genomin geenien ilmentymisen analyysi kokeilut voivat olla alttiita havainnot, jotka ovat joko ainutlaatuisia valittuun potilasryhmää tai keinotekoisesti luotu sovellettu tekniikka. Jos haluat sulkea pois mahdollisuutta artefakti, kahta erilaista lähestymistapaa käytettiin ylittämään vahvistamaan meidän geenien ilmentyminen tietoja. Ensinnäkin, vertasimme tuloksemme differentiaalisesti ilmentyvien geenien välillä 86 kasvainten ja 40 ympäröivä kuin tuumorikudoksista kanssa julkaistusta meta-analyysi viisi CRC geeniekspression tietojoukkoja Oncomine [36], [37], [38], [ ,,,0],39], [40]; Taulukko S2. Löysimme erittäin hyvä välisen tuloksemme ja tulokset muiden 5 meta-analyysit. Top 20 yliekspressoitujen geenien CRC kasvainten koko 5 muut meta-analyysit (Oncomine; https://www.oncomine.org), 15 havaittiin myös olevan merkittävästi säädelty (FDR, 5%) tutkimuksessamme. Top 20 alle ilmaistu geenien CRC kasvainten koko 5 muut meta-analyysit, 17 olivat merkittävästi alassäädetty (FDR, 5%) Tutkimuksessamme.

Toiseksi meidän validoitu ilmaus kymmenen keskeistä geenien kautta qRT-PCR ja vahvisti eroja geenien ilmentyminen välillä CRC AAS ja EAS kahdeksan niistä.

Yhteenvetona geeniekspressioprofiili CRC vastaa eroja tuumoribiologiassa välillä Afrikkalainen Amerikan ja Euroopan ja Yhdysvaltojen potilaille. Vaikutukset Näiden erojen taudin aggressiivisuutta ja hoitovaste tulee arvioida tulevissa tutkimuksissa.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Nerokkuus Pathway analyysi yhdistyksen erilaisesti ilmaisi geenien huippu bio toimintoja.

doi: 10,1371 /journal.pone.0030168.s001

(DOCX) B Taulukko S2.

vertailu top 40 eri ilmaistuna geenejä viidessä muussa CRC microarray tutkimuksia ja tässä tutkimuksessa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0030168.s002

(DOCX) B