Krooninen sairaus

tiivistelmä

Johdanto

peräsuolen syöpä on yleinen maligniteetti. Tunnistaminen geneettisen ennustetekijöitä markkereita voi auttaa ennustetekijöiden arvioita kolorektaalisyövässä. Geenit, jotka säätelevät vastaus hypoksia ja muita geenejä, jotka säädellään hypoksisissa olosuhteissa on osoitettu rooleja syövän etenemiseen. Tässä tutkimuksessa olemme arveltu, että geneettinen vaihtelut hypoksia reitin geenit liittyivät riskiä tulos peräsuolen syöpäpotilailla.

Methods

Tämä tutkimus tehtiin kahdessa vaiheessa. Ensimmäisessä vaiheessa, 49 SNP kuudesta hypoksia reitin geenien (

HF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

LOX

,

MIF

ja

CXCL12

) 272 peräsuolen syövän potilaista analysoitiin. Toisessa vaiheessa, 77 SNP seitsemästä hypoksia reitin geenien (

HF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

HIF2B

,

HIF3A

,

LOX

ja

CXCL12

) analysoitiin lisäksi kohortin 535 potilailla. Kaplan Meier, Cox yhden muuttujan ja monimuuttuja regressio analyysit tehtiin analysoida suhdetta SNP ja kokonaiselinaika (OS), taudista vapaa eloonjääminen (DFS) tai tautikohtaisten eloonjääminen (DSS). Koska tämä oli hypoteesi tuottavan tutkimuksessa, ei korjausta useille testaus haettiin.

Tulokset

vaiheessa I, yksi SNP (

HIF2A

rs11125070) havaittiin olevan liittyy DFS monimuuttuja-analyysi; mutta yhdistys proxy polymorfismi (

HIF2A

rs4953342) ei havaittu faasin II potilaan kohortissa. Vaiheessa II, yhteenliittymät kaksi SNP (

HIF2A

rs4953352 ja

HIF2B

rs12593988) olivat merkittäviä sekä OS ja DFS monimuuttuja analyysit. Kuitenkin yhdistys

HIF2A

rs4953352 ei toistettu ensimmäisen vaiheen kohortti välityspalvelimen SNP (

HIF2A

rs6706003).

Johtopäätös

Kaiken Tutkimuksemme ei vaan löytänyt vakuuttavia todisteita yhdistyksen tutkittujen polymorfismien kanssa tauti tulosten peräsuolen syövän.

Citation: Haja Mohideen AMS, Hyde A Squires J, Wang J, Dicks E, Younghusband B, et al. (2014) tutkiminen Polymorfismit Hypoksia Pathway Geenit suhteessa tuloksellisuuteen kolorektaalisyövässä. PLoS ONE 9 (11): e113513. doi: 10,1371 /journal.pone.0113513

Editor: Armin Gerger, Medical University of Graz, Itävalta

vastaanotettu: 25 helmikuu 2014; Hyväksytty: 29 lokakuu 2014; Julkaistu: 18 marraskuu 2014

Copyright: © 2014 Haja Mohideen et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat tutkimuksen ja kehittämisen Corporation Newfoundlandin (RDC; Ignite rahasto SS: sopimuksen numero: 5404.1201.101 ja vipuvaikutus rahasto SS, RG, PP: sopimuksen numero: 5404.1201.102), Kanadan Institute of Health Research (CIHR ) toiminta rahasto (SS, RG, PP, FRN: 110045), Medical Research Foundation (MRF) COX Award 2010 (SS ja RG), CIHR rahasto peräsuolen syövän Interdisciplinary Health Research Team Toronton yliopiston ja Memorial University, National Cancer Institute of Canada (myöntää 18223 ja 18226) ja Atlantin juhlarahasto tieteidenvälisessä Research Team in Human Genetics. Angela Hyde tukivat Walter ja Jessie Boyd Charles Scriver MD /PhD stipendi Award (Canadian Institute of Health Research Institute of Genetics ja Kanadan Gene Cure Foundation). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Huomaa, että kirjoittaja SS on akateeminen editori PLoS ONE. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen PLoS One Pääkirjoitus politiikan ja kriteerit. Mikään muu kirjoittajat ovat eturistiriitoja raportoida.

Johdanto

Hypoksia on edellytys ominaista alhainen happipitoisuus. Kiinteän kasvaimen solut voivat kokea hypoksinen olosuhteet johtuen rajoittuneesta verenkiertoa. Vaikka tämä voi aiheuttaa alentunut solujen lisääntymistä tai kuolema, joskus se auttaa myös soluja sopeutumaan hypoksinen olosuhteet muuttamalla niiden energia-aineenvaihdunnan hapettumisen fosforylaatioreitti glykolyysistä polku. Tällaiset muutokset vaikuttavat ilmentymisen hypoksia-indusoituva geenien ja hoitotuloksia syöpäpotilailla. Lisäksi hypoksinen olosuhteet ovat sekaantuneet edistää DNA: n replikaatioon, angiogeneesi ja kasvaimen invaasion ja metastaattisen potentiaalia. Kaikki nämä muutokset helpottavat kasvainprogression ja saattavat vaikuttaa negatiivisesti potilaiden hoitotuloksiin. Nämä ja muut roolit hypoksinen olosuhteet kasvaimen etenemiseen ja lopputulos on laajalti tarkastelleet monet kirjallisuudessa (esimerkiksi [1], [2]).

Hypoksisissa olosuhteissa solut aktivoivat tiettyjä molekyyli- koneistoja jopa -regulating tai alaspäin säätelemällä tiettyjen geenien ilmentyminen. Tämä helpottaa se, hypoksian indusoima tekijä (HIFs). HIFs ovat heterodimeerisiä transkriptiotekijät, joka koostuu α ja β-alayksiköitä. Ihmisillä on kolme HIF-α (HIF-1α, HIF-2α ja HIF-3α) ja kaksi HIF-β (HIF-1β ja HIF-2β). Kukin näistä alayksiköistä koodataan erillinen geeni (

HF1A

,

ARNT Twitter /

HIF1B

,

EPAS1 Twitter /

HIF2A

,

ARNT2 Twitter /

HIF2B

, ja

HIF3A

). HIFs sitoutuvat hypoksia reagoivat elementit (hRes) pitkin hypoksian geenien säädellä ilmaisua. Nämä hypoksia-indusoituvaa sisältyvät geenit toimivat solujen kasvun, aineenvaihdunnan, DNA-vaurioita vastaus, angiogeneesi, ja etäpesäkkeiden (tarkistetaan [2], [3]). Lisäksi HIFs aktivoida geenien toiminta solujen mekanismeja, jotka johtavat vastustuskyvyn tavanomaisilla syöpälääkkeiden (tarkistetaan [3]).

Niistä geenit säätelevät HIFs ovat lysyyli oksidaasi (

LOX

) [4], makrofagien migraatiota estävä tekijä (

MIF

) [5] ja CXC-motiivin kemokiini 12 (

CXCL12

) [6].

LOX

koodaa entsyymiä, joka auttaa säilyttämään rakenteellinen eheys sidekudoksen ja on määritetty kriittiseksi kuljettaja hypoksian aiheuttaman etäpesäkkeitä ihmisen rinta- kasvaimissa [7]. MIF on tunnettu pääasiassa kuten immuunijärjestelmän proteiinin, vielä koolonsyöpäsolulinjoissa se edistää hypoksia-ajettu apoptoosiin [8]. CXCL12 on toisen proteiinin enimmäkseen tunnettu rooli immuunijärjestelmän, mutta se on osoitettu vaikuttavan kasvainsolun kuoleman ja vähentää etäpesäkkeiden riskin ja peräsuolen kasvainsolulinjoissa [9].

peräsuolen syöpä on yleinen syöpä kehittyneissä maissa. Kanadassa, mukaan Kanadan Cancer Society Statistics 2012, se on yksi johtavista syistä syöpään liittyvät kuolemat, [10]. Tällä hetkellä perustettu markkereita ovat riittämättömiä tarkan ennusteen ennusteen peräsuolen syöpäpotilailla. Siksi tunnistaakseen uusia ennustetekijöitä markkereita voivat auttaa parantamaan ennustemalleja, mikä puolestaan ​​voi parantaa selviytymistä tuloksia paksusuolen syövän potilaille. Tässä tutkimuksessa olemme arveltu, että geneettinen vaihtelu select geenit hypoksia reitin liittyy riski tulos peräsuolen syöpäpotilailla. Testata hypoteesia, suoritimme tämän tutkimuksen kahdessa vaiheessa: Ensimmäisessä vaiheessa I, me keskityttiin kolmeen HIF-koodaus geenit (

HF1A

,

HIF1B

, ja

HIF2A

) ja kolme geeniä säädellään hypoksisissa olosuhteissa (

LOX

,

MIF

, ja

CXCL12

) ja tutkittiin suhdetta niiden SNP (n = 49), jossa tulosten pieni kohortin paksusuolisyövän potilaista (n = 272). Vaiheessa II, olemme keskittyneet viiteen HIF-koodaus geenit (

HF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

HIF2B

ja

HIF3A

) ja kaksi hypoksia-indusoituvaa geenit (

LOX

ja

CXCL12

) ja tutkittiin suhdetta niiden SNP (n = 77), jossa riski tulos ylimääräinen peräsuolen syöpä potilaan kohortissa (n = 535).

Materiaalit ja menetelmät

tutkimus toteutettiin kahdessa vaiheessa: vaihe I ja II vaiheen. Vaihe II aloitettiin valmistumisen jälkeen vaiheen, kun laajamittainen genotyyppitietoja suuremman potilaan kohortin saatiin ryhmämme osana toista projektia. Kuten kuviossa 1, välillä on eroja vaiheen I ja II vaiheen kannalta geenien SNP ja potilasaineistoihin tutkittu.

Ethic selvitys

Vaatimus potilaan suostumus on luopunut paikallinen REB komitean (Human Investigation komitea (HIC) Memorial University; hiljattain uudelleennimetty Health Research Ethics Authority (HREA)) potilaiden I vaiheessa kirjallinen suostumus saatiin joko potilaiden tai heidän perheenjäsenensä (jos kuolleen potilasta) faasin II kohortissa. Tämän tutkimuksen aikana, kaikki potilaan liittyvät tiedot tutkittiin anonyymisti. Tämä erityisesti tutkimus hyväksyi myös HIC.

Tutkimus näytteitä

a) vaiheen I kohortti.

Ensimmäinen kohortti koostui 280 potilasta ja kuvattiin yksityiskohtaisesti aiemmin [11 ]. Nämä potilaat oli diagnosoitu kolorektaalisyöpä välillä 1997-1998 vuonna Avalon niemimaalla, Newfoundland. Potilas tässä kohortissa seurasi asti 2009. Tässä projektissa DNA-näytteet 272 potilasta oli käytettävissä genotyypin reaktioita.

b) vaiheen II kohortti.

Toinen kohortti on sub-kohortin potilaista rekrytoitiin Newfoundlandin peräsuolen syövän Registry (NFCCR). NFCCR kohortti palvelukseen vuosien 1999 ja 2003 ja kuvattu muiden julkaisujen [12], [13]. Vuonna NFCCR kohortti on 736 potilasta vaiheen I-IV kasvaimet sekä kliinis sekä varoituksia kerättyjä vuoteen 2010 [11]. Näistä potilaista yhteensä 535 potilaalla, joiden genotyypit saadaan käyttämällä genomewide SNP genotyypitysmenetelmää (

katso jäljempänä

) sisällytettiin tähän vaiheen hankkeen.

valinta geenien

a) vaiheen I

Kuusi hypoksian reitin geenien (

HF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

LOX

MIF

ja

CXCL12

) valittiin.

b) vaiheen II.

Toisen vaiheen tämän hankkeen ensisijaisena tavoitteena oli tutkia yhdistyksille polymorfismien valitusta geeneistä I vaiheessa (

HF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

LOX

,

MIF

ja

CXCL12

) suurempaan potilaan kohortin. Hyödyntämällä saatavuuden genotyyppien, myös yhteistyö sisältyy kaksi HIF-koodaus geenit (

HIF2B

ja

HIF3A

) tässä vaiheessa.

valinta SNP

a) vaiheen I

jotta irtisanomisten polymorfismien tutkitaan, me seurasimme lähestymistapaa, joka osallistuu laskettaessa korrelaatiokertoimet (r

2) väliin genotyypin polymorfismien kohti -geenin; Näistä SNP jotka korreloivat voimakkaasti keskenään (r

2≥0.8), vain yksi edustaja SNP sisällytettiin tutkimukseen.

Tätä tarkoitusta varten kunkin geenin mukana tässä tutkimuksessa genotyyppi tiedot Kaukasian näytteet ladataan HapMap tietokannasta [14] ennen aloittaa projektin, jota oli käytetty kytkentäepätasapaino- kartat geenien avulla Haploview ohjelmistoa [15]. r

2-arvot laskettiin ja tagSNPs määritettiin käyttäen pareittain Tagger [16] menettelyä toteutetaan Haploview. Sekä tagSNPs ja SNP joita ei ole koodattu joita tagSNPs pyrittiin sisällytetään saada kattava analyysi kunkin geenin. Vaiheessa I, yhteensä 49 tällaisten SNP onnistuneesti genotyypitetty käyttämällä tätä lähestymistapaa (taulukko S1 File S1). Niistä 49 SNP,

HIF2A

rs2346175 polymorfismi oli 15% puuttuvat tiedot ja kolme polymorfismien (

HIF1B

rs3738483,

HIF2A

rs6753127 ja

HIF2A

rs11687512) oli vähäinen alleelifrekvenssit (MAFs) 10% faasin I kohortissa.

b) vaiheen II.

kahdeksankymmentäyksi SNP valittiin kahdeksan hypoksia reitin geenien avulla lähestymistapa on kuvattu vaiheessa I. valitusta SNP, neljä SNP että oli MAF 10% oli jätetty tilastollisen analyysin (

HIF1B

rs10305724,

HIF1B

rs3738483,

HIF2B

rs16972160, ja

HIF2B

rs1139651), mikä johti 77 SNP voidaan sisällyttää tässä vaiheessa (taulukko S2 File S1). Ei polymorfismi oli yli 15% puuttuu genotyyppitietoja. Genotyyppien ei SNP päässä

MIF

geeni oli saatavilla tämän kohortin. Siten yhteensä 77 SNP seitsemästä geeneistä (

HF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

HIF2B

,

HIF3A

LOX

ja

CXCL12

) sisällytettiin osaksi vaiheen II.

Kolmetoista SNP tutkittiin kummassakin potilasaineistoihin. Lisäksi oli 15 SNP tutkittu vaiheen I, joka oli korreloi genotyypit muiden SNP tutkittu faasin II kohortti (taulukko S3 File S1): loput SNP tutkittiin joko kohortin I tai kohortti II muttei molempien . Koska SNP kanssa korreloi genotyypit voivat toimia malleina toisilleen, Tämän tutkimuksen aikana myös tarkastetaan (lisäksi identtinen SNP) onko tulokset tilastollisten testien saatu proxy SNP molemmissa kohorteissa olivat samanlaiset kannalta niiden yhteenliittymien kanssa elossaoloaika.

genotyypin

a) vaiheen I

tässä vaiheessa DNA-näytteet saada joko verinäytteistä tai muista kuin kasvain peräsuolen kudosblokeista saatu leikkauksen aikana . Genotyyppejä 49 polymorfismien mukana tässä vaiheessa tutkimuksesta saatiin joko Sequenom MassArray teknologiaa ulkoistussopimuksen genotyypityksen laitos (University Health Network Analyyttinen Genetics Technology Centre, Kanada; n = 35 SNP) tai in-house TaqMan SNP genotyypitys määritykset ( n = 14 SNP). Sekä MassArray ja TaqMan SNP genotyypityksen määrityksiä, vähintään 5% koehenkilöistä genotyypattiin kahdesti ja kaikki genotyypit Saatiin 100% yhtäpitävät. Jokainen genotyyppi reaktio sisälsi myös ei-templaattikontrollien havaitsemiseksi ulkoiseen DNA saastuminen. Ne DNA-näytteet, jotka oli ei genotyyppi mukaan TaqMan SNP genotyypin määritysten on yritetty genotyyppi kaksi tai useampia kertoja riippuen saatavuudesta DNA-näytteitä.

TaqMan SNP genotyypin

TaqMan SNP genotyypin määritysten suoritettiin 96-kuoppaisella nopea reaktio levyt käyttäen ABI 7900HT Fast Real-Time PCR System. Tyypillisesti genotyyppi reaktiot sisälsivät 9 ui reaktioseosta ja 1 ui DNA-näytettä (4 ng /ul). Reaktioseoksen koostui 5 ui TaqMan Universal PCR Master Mix (2 x) (Applied Biosystems PN 4304437), 0,25 ui SNP-genotyypin määritys Mix (20 x) (kunkin SNP) ja 3,25 ui steriiliä vettä. Joissakin tapauksissa, erityisesti ne, jotka oli huono vahvistus, reaktio tilavuus oli 5 ui (joka sisälsi 4 ng DNA: ta); tämä tehtiin lisätä DNA pitoisuuksia reaktioissa. Määritys tunnukset varten SNP genotyyppi tällä menetelmällä on esitetty taulukossa S4 File S1. Ennalta-run skannaus suoritettiin ennen alkua vahvistusta. PCR-reaktio-olosuhteet olivat seuraavat: a) aktivointi AmpErase UNG 50 ° C: ssa 2 min, b) AmpliTaq Gold -polymeraasia aktivointi 95 ° C: ssa 10 minuuttia, ja c) 40 sykliä denaturointi DNA 95 ° C: ssa 15 sekuntia, jota seuraa alukkeen ja pidennys 60 ° C: ssa 1 min. Päätyttyä reaktiot, post-run skannaus suoritettiin ja aineisto analysoitiin käyttämällä Sequence Detection ohjelmisto (SDS). SDS -genotyypitystulosten myös manuaalisesti tarkastetaan soittaa lopullinen genotyypit yksi meistä (SS).

b) vaiheen II.

Toisen vaiheen Tämän projektin, genotyyppi data 77 SNP saatiin osana koko genomin SNP genotyypitys tutkimus. Genotyypit saatiin käyttämällä Illumina Human Omni1-Quad Helmet Chip on palveluntarjoajan (Centrillion Genominen Services, USA) käyttämällä DNA-näytteet uutettiin verinäytteistä.

Tilastolliset menetelmät

genotyypit Saatiin järjestetään Microsoft Excel levyt ja tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen tilasto Package for Social Sciences (SPSS) ohjelmisto. Ennen tilastollista analyysiä, kaikki muuttujat tarkastettiin puuttuvia tietoja. Lisäksi MAFs of SNP laskettiin ja genotyyppien tarkastettiin poikkeamat Hardy Weinberg Equilibrium (HWE). HWE laskettiin käyttäen Chi-square testi. Muuttujia, oli yli 15% puuttuvat tiedot tai poiketaan HWE sisällytettiin osaksi yhden muuttujan analyysin tutkimustarkoituksessa, mutta jätettiin pois monimuuttuja analyysiin. Genotyypit koodattu olettaen hallitseva geneettinen malli. Paitsi ikä, kaikki muut muuttujat mukana analyysissä olivat kategorinen; ikä analysoitiin jatkuvana muuttujana.

kolme eri toimenpiteiden tuloksista käytettiin tilastolliseen analyysiin: kokonaiselossaoloaika (OS), taudista vapaa eloonjääminen (DFS) ja tautikohtaisten selviytyminen (DSS). OS, kuolema oli kliininen päätepiste (määritellään kuolemaan tahansa syystä). DFS, esiintyminen toistumisen sairauden tai etäpesäke tai kuolema oli kliininen päätepiste. DSS, peräsuolen syöpä erityinen kuolema oli kliinistä päätepiste. DSS oli käytettävissä vain vaiheen I kohortissa. Potilaat, jotka eivät ole kokeneet jos korot sekä seurantajakson ajan sensuroitiin ajankohtana niiden Viimeisessä seurannassa.

Eloonjäämiskäyrät kertyi Kaplan Meier menetelmällä. Suhde kutakin muuttujaa ja tulosmittareita (OS, DFS, DSS) analysoitiin yksitellen käyttäen Coxin regressiota menetelmää univariate analyysiin. P-arvot, hazard ratio (t) ja 95% luottamusväli (CI) varten HRS myös laskema Coxin regressiomenetelmä. Muuttujat, jotka olivat tilastollisesti merkitseviä yksiulotteista analyysissä (p 0,05) sisällytettiin osaksi monimuuttuja Coxin regressiomallit. Potilaat kahden tutkimuksessa ikäluokat verrattiin käyttäen Chi-square Testimuuttuja kategorisen muuttujia sekä U-testi varten jatkuvia muuttujia. P-arvo alle 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä; koska tämä oli Tutkimusanalyysi ei korjausta useille testaus suoritettiin. Kaikki testit olivat kaksipuolisia.

Tulokset

I vaihe

Baseline ominaisuudet vaiheen I kohortti on esitetty taulukossa 1. Tässä kohortissa (n = 280), The mediaani-ikä diagnoosin ajankohtana oli 68,4 vuotta (vaihteluväli: 25,3-91,6), mediaani OS ja DSS seurata aika oli 5,3 vuotta (vaihteluväli: 0-12,5 vuotta) ja mediaani DFS seurata aika oli 3,4 vuotta (vaihteluväli: 0-12,5 vuotta).

Out of 49 polymorfismien tutkittu tässä vaiheessa, genotyyppi taajuudet seitsemän SNP (

LOX

rs10040971,

HIF1B

rs10847,

CXCL12

rs2236534,

CXCL12

rs2236533,

CXCL12

rs11592974,

HIF2A

rs9973653 ja

HIF2A

rs4145836) poikkesi HWE (taulukko S1 File S1 ). Nämä SNP olivat mukana yhden muuttujan analyysiin, tutkimustarkoituksessa.

yhden muuttujan analyysin kokonaiselinaika, kolme SNP havaittiin merkitsevästi yhteydessä (p 0,05) ja tulos:

LOX

rs10519694 (p = 0,046; riskisuhde = 0,735; 95% CI: +0,543-+0,994),

HIF2A

rs11125070 (p = 0,003; riskisuhde = 0,616; 95% CI: 0,447-0,848) ja

HIF2A

rs1868084 (p = 0,024; riskisuhde = 0,678; 95% CI: +0,483-,950; Taulukko S5 File S1). Kuitenkin monimuuttuja malli, yhteenliittymät yksikään näistä SNP edelleen tilastollisesti merkitsevä, kun ikä-, laatu, vaihe ja MSI tila (taulukko 2).

yhden muuttujan analyysin tautikohtaisten selviytymisen, yhdistys of yksikään SNP olivat merkittäviä (taulukko S6 File S1).

yhden muuttujan analyysin taudista vapaa aika, kaksi SNP (

LOX

rs10519694; p = 0,012; riskisuhde = 0,685; 95 % CI: 0,510-0,919 ja

HIF2A

rs11125070; p = 0,003; riskisuhde = 0,629; 95% CI: 0,461-0,858) liittyivät (p 0,05) kanssa elinaika (taulukko S7 File S1) . Yksi näistä SNP (

HIF2A

rs11125070) edelleen tilastollisesti merkitsevä monimuuttuja analyysiin korjattuna

LOX

rs10519694 genotyyppejä, ikä, luokka, vaihe, ja MSI tila (HR: 0,619, 95% CI: ,446-,859, p = 0,004; taulukko 3).

Phase II

päättymisen jälkeen vaiheen I kattavampi tutkimus (faasi II) suoritettiin lisäämällä polymorfismit kahdesta enemmän HIF-koodaus geenit (

HIF2B

,

HIF3A

) ja tutkimalla niiden yhteenliittymien kanssa OS ja DFS toisessa ja suuremman potilaan kohortin.

Baseline ominaisuudet vaiheen II kohortti on esitetty taulukossa 4. vaiheen kohortti (n = 535), mediaani-ikä oli 61,2 vuotta (vaihteluväli: +20,7-+75,0vuosi), mediaani OS aika oli 6,34 vuotta (vaihteluväli: 0,38-10,88 ) ja mediaani DFS aika oli 5,98 vuotta (vaihteluväli: ,22-+10,88).

77 SNP (taulukko S2 File S1), genotyyppi taajuudet seitsemän polymorfismien poikkesi HWE (

HIF2B

rs8041826,

HIF2B

rs7172914,

HIF2B

rs1020398,

HIF2B

rs4778600,

HIF2B

rs8033706,

HIF3A

rs12461322 ja

HIF3A

rs11665853); Näiden SNP sisällytettiin vain yhden muuttujan analyysissä tutkimustarkoituksessa.

Tässä vaiheessa hankkeen,

HIF2A

rs4953352 (p = 0,012; riskisuhde = 1,596; 95% CI: 1,107-2,300 ) ja

HIF2B

rs12593988 (p = 0,024; riskisuhde = 0,690; 95% CI: ,500-+0,952) polymorfismit liittyi riski kuoleman yhden muuttujan analyysissä (p 0,05) (taulukko S8 File S1 ). Monimuuttuja-analyysi, yhteenliittymät

HIF2A

rs4953352 (p 0,001; riskisuhde = 2,189; 95% CI: 1,468-3,265) ja

HIF2B

rs12593988 (p = 0,009; riskisuhde = 0,627; 95 % CI: 0,442-0,890) kanssa kokonaiselossaoloaikaa pysynyt merkittävänä, kun myös oikaistu verisuonten invaasio tila, sukupuoli, vaihe ja MSI tila (taulukko 5).

univariate taudista vapaa eloonjääminen analyysi,

HIF2A

rs4953352 (p = 0,009; riskisuhde = 1,574; 95% CI: 1,122-2,207),

HIF2B

rs12593988 (p = 0,042; riskisuhde = 0,736; 95% CI: 0,548-0,988), ja

HIF2B

rs8033706 (p = 0,023; riskisuhde = 0,704; 95% CI: ,521-,953) polymorfismit liittyivät uusiutumisen riskiä, ​​etäpesäke tai kuoleman (p 0,05) (taulukko S9 Tiedosto S1). Monimuuttuja-analyysi,

HIF2A

rs4953352 (p 0,001; riskisuhde = 1,965; 95% CI: 1,366-2,828) ja

HIF2B

rs12593988 (p = 0,017; riskisuhde = 0,678; 95% CI : +0,493-+0,931) pysyi merkitsevästi liittyy DFS kun oikaistu sukupuoli, sijainti, vaihe, verisuonten invaasio ja MSI tila (taulukko 6). Huomattavaa on, että koska genotyyppi taajuudet

HIF2B

rs8033706 polymorfismi poikkesi HWE, se ei sisälly tähän monimuuttuja mallissa.

SNP tutkittu sekä vaiheiden I ja II kohortteja

yhteensä 13 SNP tutkittiin molemmissa ikäryhmät. Lisäksi mukaan HapMap data oli 15 polymorfismit tutkittu vaiheen I, jonka genotyypit korreloi (r

2≥0.8) 15 muun polymorfismit tutkittu faasin II (taulukko S3 File S1). Me perusteltu, että SNP kanssa korreloi genotyypit voivat toimia malleina toisilleen. Nämä proxy SNP sai meidät onko yhdistys polymorfismin havaittiin yhdessä kohortissa toistui toisessa kohortissa.

HIF2A

rs11125070 polymorfismi liittyy tautiin elinaika faasin I kohortti,

HIF2A

rs4953342 polymorfismi tutkittu faasin II kohortti oli välityspalvelin (r

2 0,90). Tuloksemme osoittivat, että

HIF2A

rs4953342 ei liittynyt DFS faasin II kohortti (taulukko S9 Tiedosto S1). Lisäksi että

HIF2A

rs4953352 polymorfismi, joka havaittiin olevan yhteydessä sekä yleisen ja taudista vapaan eloonjääneiden faasin II kohortin oli polymorfismi (

HIF2A

rs6706003) genotyyppi on vaiheen I kanssa korreloi genotyyppien (r

2 = 0,87). Samoin tämä polymorfismi ei havaittu liittyvän joko OS (taulukko S5 File S1) tai DFS (taulukko S7 File S1) faasin I kohortissa.

Ei ollut proxy SNP tutkittu faasin I kohortti varten

HIF2B

rs12593988 polymorfismi että me havaittu liittyvän käyttöjärjestelmän ja DFS kertaa potilaan kohortin II.

erot vaiheen I ja vaiheen II kohortteja mitattuna niiden kliinis-

faasin I ja faasin II kohortteja merkittävästi erosivat toisistaan ​​suhteen seuraavat lähtötilanteen ominaisuudet: ikä: p 0,001, sukupuoli: p = 0,037, arvosana: p 0,001, lymfaattinen invaasio: p 0,001, sijainti : p 0,001 ja vaihe: p = 0,018.

keskustelu

tässä tutkimuksessa pyrittiin tutkimaan yhdistysten geneettisten vaihtelut valittuja geenejä toimittaessa alueella hypoksia koulutusjakson ja kliinistä tulosta peräsuolen syöpäpotilailla. Tämä tutkimus liittyy kaksi erilaista kohortteja ja jotenkin päällekkäisiä mutta ei täysin samassa geenien ja SNP kuten kuvassa 1. Ilman 13 SNP, jotka ovat yhteisiä välillä vaiheen I ja II, yhteensä 113 eri SNP tutkittiin joko vaiheen I tai vaiheen II.

faasi I tämän projektin, 49 SNP kuudesta geenien hypoksia koulutusjakson ja niiden suhde tulokseen potilaan kohortin analysoitiin käyttäen kolmea eri toimenpiteiden tuloksista (OS, DFS ja DSS). Tuloksemme osoittivat, ettei yhdistys näiden polymorfismien OS tai DSS tässä kohortissa. Kuitenkin yksi usein SNP sijaitsee mRNA koodausalue

HIF2A

geeni (rs11125070, NM_001430.4: c.27-2