Krooninen sairaus

tiivistelmä

Taihang Mountain valikoima Pohjois-Keski-Kiinassa, Etelä-alue alueella Fujianin maakunnassa, ja Chaoshan tavallinen Guangdongin maakuntaan ovat 3 keskeisillä alueilla Kiinassa tunnettuja korkean esiintyvyyden ruokatorven syöpään (EY). Nämä alueet myös osoittavat suurta ilmaantuvuus mahalaukun cardia syöpä (GCC). Esi Chaoshanese, nyt suuret asukasta Chaoshan plain, olivat Pohjois-Keski-Kiinassa. Oletimme, että EY: n ja GCC potilaiden Chaoshan alueilla on yhteinen syntyperä kanssa Taihang Mountain potilaita. Analysoimme 16 Aasian-erityinen Y-kromosomin kaksialleelisten markkerien (yhden nukleotidin polymorfismien, Y-SNP) ja 6 Y-kromosomin lyhyen tandem repeat (Y-STR) loci 72 ja EY 48 GCC potilaita Chaoshan ja EY 49 ja 63 GCC potilaita Taihang Mountain alueella. Olemme myös verrata tietoja 32 Chaoshan Hakka ja 24 jäsentä alkuperäisväestön Hän vähemmistö, jotka asuvat lähellä Chaoshan alueella. Analyysi tehtiin toistojaon pääkomponentti, korrelaatio ja hierarkkinen klusterianalyysin Y-SNP. Chaoshan potilasta läheisesti Taihang Mountain potilaille, vaikka ne ovat maantieteellisesti kaukana. Y-STR-analyysi paljasti, että 4 potilasryhmät olivat läheisempää sukua keskenään kuin muiden ryhmien. Verkko analyysi haplogroup O3a3c1-M117 osoitti suurta potilaan erityinen substructure. Ehdotamme, että EY: n ja GCC potilaita näiltä 2 alueet jakavat samanlaisen patrilineal geneettinen tausta, joka voi olla tärkeä rooli geneettisen tekijä EY: n ja GCC näissä potilasryhmissä.

Citation: Liu S, Huang B, Huang H, Li X, Chen G, Zhang G et al. (2013) Patrilineal taustaa ruokatorven syöpä ja mahasyöpä Cardia syöpäpotilaiden on Chaoshan suuren riskin alue Kiinassa. PLoS ONE 8 (12): e81670. doi: 10,1371 /journal.pone.0081670

Editor: Suminori Akiba, Kagoshima University Graduate School of Lääketieteen ja hammaslääketieteen laitos, Japani

vastaanotettu: 9. kesäkuuta, 2013 Hyväksytty 17. lokakuuta 2013 Julkaistu: 10 joulukuu 2013

Copyright: © 2013 Liu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus sponsoroi NSFC-Guangdongin yhteiseen kassaan keskeinen hanke (U1132004), NSFC (31171226, 81101548), Guangdong International Cooperative Technical Innovation Platform (todistukset gihz1106), ja NSF Guangdong (S2011020002393). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Ruokatorven syöpä (EY) on yksi yleisimmistä kohtalokas syöpiä maailmanlaajuisesti. Kiina on maantieteellinen ”hot spot” korkean EY esiintyvyys. Tunnettu alueen suuri riski EY Kiinassa on Taihang Mountain välisellä alueella Henan, Hebei, ja Shanxi maakunnat Pohjois-Keski-Kiinassa, kuuluisan ”Aasian EY vyö” vaihtelevat Kaukasian vuoret, poikki Pohjois Iran, kaikki tapa Pohjois-Kiinassa [1]. Samoin ilmaantuvuus mahalaukun cardia syöpä (GCC) on korkea vyö. Esimerkiksi maailman standardoitu esiintyvyys EY ja GCC Linxian, Henanin maakunnassa, oli 81,96 /100000 ihmistä ja 31,04 /100000, vastaavasti vuosina 1983 ja 2002 [2], [3]. Chaoshan alue Etelä-Kiinassa on toinen EY suuren riskin alue. Ikävakioitu ilmaantuvuus Nanao saaren EY ja GCC olivat 74,47 /100000 ja 34.81 /100000, vastaavasti, vuosina 1995 ja 2004 [4].

maantieteellinen ominaisuuksia etelä-rannikon Chaoshan ja Pohjois-Keski Taihang Vuori alueella ovat erillisiä, mutta esiintyvyys EY ja GCC on korkea näillä 2 alueilla [5]. Me ja muut ovat ilmoittaneet familiaalinen yhdistäminen EY: n ja GCC ja lisääntynyt EY: n ja GCC riskejä perheenjäsenten tässä suuren riskin väestöstä [6] – [9]. Vuonna Chaoshan suuren riskin alue, esiintyvyys EY: n ja GCC ei ole edes eri väestöryhmien kesken, vaikka ne altistuvat samanlainen ympäristö.

3 tärkein väestön Chaoshan alueella ovat 2 Han väestö – Chaoshanese kanssa Chaoshan murteita ja Hakka kanssa Hakka murteita – ja yksi paikallinen aboriginaalien Hän väestöä. Koska Qing-dynastian (216~207 BC), Henan ja Shanxi Han ihmiset Pohjois-Keski-Kiinan muuttivat Chaoshan alue Guangdongin maakuntaan kautta Fujianin maakunnassa, koska sota ja nälkä. He vähitellen tuli hallitseva asukkaat Chaoshan alueella ja kutsutaan Chaoshanese [10], joten Chaoshan murre on samanlainen vanha kiinalainen. Hakka Kiinan peräisin pohjoisesta han-kiinalaisten Keltainen joki ja Luohe Vesistöalueella Keski Plain. Vuodesta Jin-dynastia (266~316 AD) on Tong dynastian (960~1297 AD), heidän oli pakko siirtyä eteläosien myös sotien. Kun Hakkas saapui Chaoshan alueella, Chaoshanese oli jo asettunut rikkaiden tavallinen alue, joten Hakkas joutui tyytymään vuoristoalueella, jossa he asuivat paikallisen aboriginaalit, She väestöstä (kuvio 1).

Nuolet osoittavat pohjois-etelä vaellusten Han asukasta pohjois-Keski-Kiinan mukaan historiallisiin. 218BC, AD311 ja AD669 ovat kolme suurta ajanjaksot pohjois-etelä muuttoliikkeitä.

Hakka ja Chaoshanese väestön osoittavat ominaisuudet niiden ainutlaatuinen kulttuurien [10] – [13], joilla on monia yhtäläisyyksiä Pohjois Han-kiinalaiset, mukaan lukien joitakin ominaisuuksia murre, elämäntapa, tulli, ja tottumukset [10]. Chaoshan Hän väestö on ainoa alkuperäisväestön ja vähemmistö. Hän ihmiset toimivat pääasiassa maa-, metsä- ja karjanhoidon; kielensä ja elävät tulli erota Han väestöstä [14]. Vaikka kaikki 3 populaatiot altistuvat samanlainen maantieteellisen ympäristön, vain Chaoshanese on korkea esiintyvyys EY ja GCC.

Aiemmat tutkimuksemme Y-kromosomi ja mtDNA haplogroups päätteli, että EY riskiryhmien in Taihang vuori, Fujian Minnan ja Guangdongin Chaoshan jakavat samanlaisen patrilineal ja matrilineal geneettistä taustaa [15], [16]. Esillä olevassa tutkimuksessa olemme edelleen selvitimme patrilineal geneettinen rakenne EY: n ja GCC potilasta Chaoshan riskialueilla ja sitä verrattiin Hyväksytty riskiryhmien ja vastaava matalan riskin väestölle. Meidän tavoitteena oli tutkia Chaoshan syöpäpotilailla on yhteinen syntyperä kanssa Taihang Mountain potilaiden ja ovatko ne samaa ainutlaatuinen Y-kromosomi haplotypes. Olemme myös verrata näitä tietoja Y-kromosomin yhden nukleotidin polymorfismien (Y-SNP) ja Y-kromosomin lyhyen tandem repeat (Y-STR) ja muiden kiinalaisten väestön julkisista tietokannoista tutustua suhteellinen sukulaisuussuhteen tutkituista väestön. Ensin analysoidaan ei-yhdistimeen osan Y-kromosomi (NRY) näissä 6 populaatioissa 16 Aasian-erityisiä kaksialleelisten markkerien [17], [18] (SNP), jolle oli ominaista alhainen mutaatioaste ja alhainen todennäköisyyksiä takaisin ja rinnakkaisia ​​mutaatio ja sopii jäljittämisessä varhaisen demografisista tapahtumista ihmiskunnan historiassa. Sitten tutkimme geneettisen etäisyyden keskuudessa EY: n ja GCC potilaalla on Y-STR loci suhteellisen korkea mutaatioaste ja asianmukaista analysoida suhdetta keskuudessa tiiviitä ja niiden mikroevoluutioon [15], [16]. Molemmat Y-SNP ja Y-STR analyysin tulokset tukevat että Chaoshan potilailla on lähellä geneettistä sukulaisuutta kanssa Taihang Mountain potilaita ja potilailla on läheisempi suhde keskenään kuin korkean riskin väestöä.

Tulokset

jakelu NRY Haplogroups vuonna 6 tutkituissa populaatioissa Kiinassa

Y-SNP genotyypitys paljasti haplogroup taajuudet Chaoshan EY tai GCC potilaille, Taihang Mountain EY tai GCC potilaita, ja Chaoshan Hakka ja hän populaatiot. Korkeimmat haplogroup on Chaoshan potilaista oli O3a3c1-M117, joka on ominainen haplogroup Pohjois Itäaasialaiset (taulukko 1). Se oli myös suuri Taihang Mountain potilaille mutta oli merkitsevästi pienempi Chaoshan Hakka ja hän väestön kuin Chaoshan potilailla (p 0,05). Sekä Chaoshan Hakka ja hän väestön oli korkea frequceny on O1a *, ominaisuus haplogroup Kaakkois aasialaiset. Se oli merkitsevästi suurempi Chaoshan Hakka kuin Chaoshan potilailla (p 0,05). She väestö osoitti ainutlaatuisen tiheä O3a3b * verrattuna muihin tutkittuihin populaatiot, paitsi Chaoshan GCC potilailla, joilla on hyvin matala taajuus 2,08%.

pääkomponenttianalyysiin paljastui Close Affinity joukossa 4 Potilasjärjestöille

pääkomponenttianalyysi (PCA) liittyy matemaattinen menettely, joka muuntaa useita korreloivat muuttujia (pienempi) määrä korreloimattomia muuttujia kutsutaan pääkomponenttia. Ensimmäinen pääkomponentti osuus niin paljon vaihtelua tietoja kuin mahdollista, ja kunkin seuraavan komponentin osuus niin paljon jäljellä vaihtelua kuin mahdollista. Vuonna pääasiallinen-komponentti juoni, sitä pienempi on etäisyys kahden populaation, sitä lähempänä geneettinen suhde on näiden kahden välillä. Kuvio 2 esittää tulokset Pääkomponenttianalyysin, jossa 3 komponentit (PC1, 2, 3), Y-SNP esiintyvyys perustuu -genotyypitystulosten on 6 tutkituissa populaatioissa ja lisätiedot muille kiinalaisille Han. Vertailun vuoksi haplotyyppifrekvenssit 4 riskiryhmien Chaoshan (CSHR), Fujian (FJHR) ja Taihang Mountain (THHR) sisältyivät [15]. 3 komponentit osuus 86,2% koko vaihtelua Y-SNP. 4 potilasryhmien ja 3 riskiryhmien ryhmitelty yhteen. Chaoshan Hän ja Hakka väestön muodostunut toinen klusteri. Loput pohjoisen Han ja Etelä Han muodostivat toisen ryhmän. Chaoshan potilaiden ja suuren riskin väestöstä eristettiin Chaoshan Hakka ja hän väestön ja Guangzhoun Han.

Mitä pienempi etäisyys kesken väestö, sitä lähempänä suhdetta. Jaoimme 26 väestöjen 3 klusterit: 1) Cluster1 (Red ympyrä): 4 potilasryhmien ja 3 väestön suuri riski ruokatorven syöpään (EY): CSEC: Chaoshan EY potilaat, CSCC: Chaoshan mahalaukun cardia syöpä (GCC) potilasta, CSHR : Chaoshan korkean riskin väestöä; FJHR: Fujian korkean riskin väestöä; Thec: Taihang Mountain EY potilaita; THCC: Taihang Mountain GCC potilaita; ja THHR: Taihang Mountain korkean riskin väestöä; 2) Cluster2 (vihreä ympyrä) Chaoshan Hakka (CSKJ) ja hän väestöstä (CSSZ); 3) Cluster3 (oranssi ympyrä) Pohjois- ja Etelä-Han populaatiot. Northern Han populaatiot: HEB: Hebei Han; LN: Liaoningin Han; XJ: Xinjiang Han; NMG: Neimeng Han; HB: Hubei Han; HN: Henan Han; GS: Gansun Han; SX: Shanxi Han; SD: Shangdongin Han. Southern Han populaatiot: GD: Guangzhou Han; SH: Shanghai Han; ZJ: Zhejiang Han; AH: Anhui Han; JS: Jiangsu Han; Hun: Hunan Han; JX: Jiangxi Han; SC: Sichuan Han.

positiivinen korrelaatio 4 potilasryhmissä ja Kiinan Han populaatiot

Y-SNP haplogroup frekvenssi varten potilasryhmien ja korkean riskin väestöä samalta alueelta oli positiivisesti korreloi, ja taajuudet kaikille potilasryhmät olivat korreloi positiivisesti Fujian ja Chaoshan riskiryhmien (taulukko 2). Taajuudet Chaoshan EY potilaiden ja Chaoshan Hakka korreloivat, mutta kerroin oli alhaisin. Taajuudet HC korreloivat positiivisesti useimpien kiinalaisten Han taajuudet ja niitä varten HNEC korreloivat positiivisesti joidenkin kiinalaisten Han taajuuksilla.

Hierarkkinen Cluster Analysis Bakteerin Potilaat ja korkean riskin väestöä muut populaatiot

tutkimiseksi yhteenkuuluvuus 4 potilasryhmien ja niiden suhteet muihin Han ja vähemmistökansallisuuksien, analysoimme Y-SNP tietoja hierarkkinen klusterianalyysin keskimääräinen sidos (ryhmien välillä). Vertasimme 17 Chinese Han väestö (väestö oli sama kuin mistä pääkomponenttianalyysi), 3 eteläinen vähemmistökansallisuuksien (Yao, Zhuang ja Dong; [19] ja 5 Pohjois vähemmistökansallisuuksien (Tiibetin, Mongolian (MG), Hui, Ewenki ( EWK), Shui). Taihang Mountain potilaiden ja suuren riskin potilaat (Taihang) olivat geneettisesti lähellä ja muodostivat haara, välin, Chaoshan potilaat olivat geneettisesti lähellä Chaoshan ja Fujianin riskiryhmien (Chaoshan, Fujian) ja muodostunut toinen haara (Fig. 3). Sitten nämä 2 oksia ristissä ja klusteroituja kanssa Chaoshan Hakka ja hän väestölle. Kaikki muut populaatiot ryhmittyneet ulkopuolella päähaaran muodostama väestön korkean riskin alueilla. Siksi EY tai GCC potilaiden ja riskiryhmien olivat lähempänä geneettisesti toistensa kuin Chaoshan Hakka, hän ja muut populaatiot.

Näyttää affiniteetti välillä tutkituissa populaatioissa, korkean riskin väestöä, Kiinan Han ja Kiinan vähemmistökansallisuuksien. Taihang: Taihang Mountain korkean riskin väestön Chaoshan: Chaoshan korkean riskin väestöä; Fujian: Fujian korkean riskin väestöä. Toinen lyhenteet määritellään menetelmät ja Kuva 2.

Genetic Etäisyys analysointi ja rakentaminen fylogeneettistä Tree

Käytimme Y-STR data tutkia geneettisiä väliset suhteet 4 potilasryhmissä. R

st väliset etäisyydet paria populaatiot lasketaan 6 Y-STR: DYS389 (I, II), DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 ja DYS394. Olemme mukana 6 kiinalaisen väestön ja 3 riskiryhmien: Zhejiang [20], Henan [21], Dongbei [22], Tianjing [23], Hunan Han [24], ja Tiibetin [25], ja Chaoshan, Fujianin, ja Taihang Moutain riskiryhmien, jotka kaikki kuuluvat Kiinan ja Tiibetin kielen perheen [15], samoin kuin 4 potilasryhmille. Vuodesta R

ST etäisyys matriisi, olemme rakentaneet juurtumattomilla naapuri-liittymällä puu (Fig. 4). Potilas ryhmät olivat lähempänä toisiaan kuin korkean riskin populaatiot ja muut kiinalaiset Han väestö.

4 potilasryhmiä ovat lähellä toisiaan ja ovat ryhmittyneet kanssa riskiryhmien.

Verkko Analyysi Y-STR Haplogroups on 4 Potilasjärjestöille ja 3 riskiryhmien

Suurin haploryhmä taajuus yhteinen Chaoshan potilaat oli O3a3c1-M117 (taulukko 1). Verkko potilaille ja riskiryhmissä edelleen rakennettu perustuu haplogroup O3a3c1-M117. Kaikkiaan 12 Henan ja 15 Chaoshan EY potilasta, 17 Chaoshan ja 9 Henan GCC potilasta, ja 23 Chaoshan, 8 Henan ja 24 Fujian korkean riskin yksilöitä kuului haplogroup O3a3c1-M117. Yksilöiden Y-STR taajuus 2 eliminoitiin analyysistä. Lopuksi tiedot 55 henkilöä sisällytettiin ja analysoitiin (kuvio. 5). Keskeinen solmu edusti 8 Fujian korkean riskin yksilöitä, 1 Henan korkean riskin yksilön ja 1 Chaoshan EY potilaalle. Kaikki muut haplogroup O3a3c1-M117 yksilöitä tuli tästä keskeinen solmu. Tämä keskeinen solmu oli liitetty 5 yksivaiheisen naapureita, jossa 2 naapureiden eli 5 Fujian korkean riskin yksilöitä; Kolmannen naapuri edusti 8 Chaoshan korkean riskin yksilöitä, 1 Henan korkean riskin yksilön, 2 Fujian korkean riskin yksilöitä ja 1 Chaoshan EY potilas; Neljännen naapuri oli 2 Chaoshan EY potilaita, 1 Chaoshan korkean riskin yksilön ja 1 Fujian korkean riskin yksilön; ja viides naapuri edusti 1 Chaoshan GCC potilas ja 1 Chaoshan korkean riskin yksilön. Useimmat potilaat muodostettiin viidennen yksivaiheisen naapuri ja siten ryhmitelty pääasiassa yhdellä alueella (ympyrä kuvassa. 5). Tämä alue sisältyy kaikki GCC potilasta ja 5 EY potilasta, ja loput 6 EY potilasta hajallaan muissa solmuissa.

Useimmat potilasryhmät olivat tuotettu yhdessä solmussa ja ryhmitelty pääasiassa yhdellä alueella (ympyrä). Ympyrät edustavat suvusta, alue on verrannollinen taajuus, ja väri osoittaa väestöstä alkuperää.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteenotto ja DNA Extraction

verinäytteet 288 jotka eivät liity urokset kerättiin Taihang Mountain ja Chaoshan riskialueilla. Tietoinen suostumus saatiin kaikissa aineissa. Koehenkilöille 1) Chaoshan potilaalla-72 ja EY 48 GCC potilaita; 2) Taihang Mountain potilaista-49 ja EY 63 GCC potilaita; ja 3) Chaoshan EY matalan riskin populaatio-24 Hän ihmiset Chaoshan Fenghuang Mountain ja 32 Chaoshan Hakka Chaoshan Puning County. Tauti kaikilla potilailla vahvistettiin patologisesti. Kaikki osanottajat tutkimuksessamme saivat kirjallisen tietoon perustuva suostumus. Tutkimuksen hyväksyi eettisen komitean Shantou University Medical College. Genominen DNA uutettiin kokoverestä jonka TIANamp veren DNA Kit (DP318-03) (Tiangen Biotech Co., Peking).

genotyypin Y-SNP: iden ja Y-STR

Y- SNP: tä genotyypitettiin Sequenom MassARRAY iPLEX Gold-moduuli (Sequenom Inc.) (PCR-alukkeet ja laajentaminen alukkeet ovat taulukossa 3). M1 polymorfismi (Alu lisäys, jota kutsutaan myös YAP) oli suoraan analysoitiin agarosegel elektroforeesilla PCR: n jälkeen [26]. STRs genotyypitettiin fluoresenssilla PCR kuten aiemmin on kuvattu [15], ja fluoresenssileimattua laajennus tuotteet kapillaari elektroforeesi ABI 3730x Genetic Analyzer (ABI, USA). Kaikki alukkeet syntetisoitiin Sangon Co. (Shanghai). Vuonna 1999, Su et ai. varmistettu 17 Y-kromosomi haplogroups perustuva 19 Itä-Aasian-erityisiä kaksialleelisten markkerien kuin isän rakenne Itäaasialaiset [19]. Oikaistu phylogenetics kaavio Y-SNP: [27] sisältää lähes 600 SNP ja määrittelee 311 haplogroups. Fylogeneettiseen kaavio 17 haplogroups määritelty 16 Y-SNP on kuvassa 6.

Tuoreimmat markkereita määritellään haplogroups ovat vieressä oksat.

Väestö ja Genotyping

Oppiaineet genotyypattiin Y-SNP haplogroup ja taajuudet verrattiin joukossa 4 potilasryhmissä sekä Hän ja Hakka populaatioiden (taulukko S1). Pääkomponentti, korrelaatio ja hierarkkinen Klusterianalyysit käytettiin analysoimaan väliset suhteet 6 väestölle. Kolmen suuren riskin väestöä Taihang Mountain, Fujian Minnan, ja Chaoshan alueilla ja 25 aiemmin julkaistu Kiinan populaatiot verrattiin. 25 Kiinan väestö jaettiin 4 ryhmään maantieteellisen sijainnin ja kansallisuuden [15]: Northern Han (NHS) ja Pohjois vähemmistökansallisuuksien (NMNs), Etelä-Han (SH) ja eteläinen vähemmistökansallisuuksien (SMNs).

NH populaatiot olivat Hebei [28], Liaoningin (tietojen mukaan valtion Key Laboratory of Genetic Engineering ja Center for antropologinen Studies, School of Life Sciences, Fudanin yliopisto), Xinjiang, Gansu, Shanxi, Neimeng, Shandong ja Henan [28]; SH populaatiot olivat Hunan, Hubein, Zhejiang, Jiangxin, Shanghai, Anhui, Jiangsu, Sichuan [28], Guangzhou ja Guangxin (tiedoista Fudanin yliopisto); NMN populaatiot olivat Tiibetin, mongolien, Hui, Ewenki, ja Shui (tiedoista Fudanin yliopisto); tiedot 3 Etelä vähemmistökansallisuuksien (Yao, Zhuang ja Dong [19] ja 5 Pohjois vähemmistökansallisuuksien (Tiibetin, mongolien, Hui, Ewenki, ja Shui populaatiot toimitti Fudanin yliopistossa). Chaoshan potilaita, Henan potilaat, Chaoshan Hakka ja Chaoshan Hän väestöstä on SHS, NHS, SHS, ja SMNs, vastaavasti. Guangzhou Han, Chaoshan Hakka, ja Chaoshan potilaat kuuluvat Guangfu, Hakka, ja Fulao /Helao klaaneja, vastaavasti 3 suuret klaanit Guangdongin maakunta. Chaoshan Hän ihmiset käsittävät suuret SMNs jotka asuvat Chaoshan alueella. Nämä 4 populaatiot ovat maantieteellisesti lähellä toisiaan.

yksiöiden voidaan analysoida minuutin geneettisen monimuotoisuuden lähellä väestön, joten pohjalta Y-SNP tuloksiin, Y-STR olivat käytetään analysoida geneettisen erilaistumisen ja alkuperä potilaiden keskuudessa ja riskiryhmien (taulukko S2). Lisäsimme Y-STR tiedot 3 riskiryhmien aikaisemmista tutkimuksen [15] ja 6 aiemmin julkaistu populaatiot: Zhejiang [20] , Henan [21], Dongbei [22], Tianjing [23], Hunan Han [24] ja tiibetiläisten [25].

laajuus geneettinen erilaistuminen väestön arvioitiin R

st tilastollinen perusteella Y-STR haplotypes käyttämällä Alrequin 3.1. Naapuri-liittymällä puu rakennettiin mukaan R

st etäisyys matriisi käyttämällä MEGA 5.1. Verkosto Y-STR data rakennettiin käyttämällä Network 4.6.1.1 (www.fluxus-engineering.com). Verkossa karttaa, yksilöiden samat mutaatiot Y-STR olivat samassa solmussa, ja yksi solmu voi tuottaa muihin keskuksiin johtuu asteittaisesta Y-STR mutaatio [15].

Keskustelu

Chaoshanese jälkeläisiä pohjois-Keski-Kiinan Han ihmisiä. Pohjois-Keski Kiinan Han alkoivat vaeltaa Etelä-Kiinassa alkaen Qin-dynastian (216 eaa). Han-dynastian (206 eaa-220 jKr) koki toisen 3 aallot laajamittaisen maahanmuuton eteläisessä Kiinassa, koska laskun kantaväestön tällä alueella. Vähitellen, yli 2000 vuotta, pohjoiskeskisellä Kiinan Han tuli tärkein väestöstä – Chaoshanese että Chaoshan alueella, jota kutsutaan Helao, joka suoraan siirtyneet Pohjois-Keski-Kiinassa, tai Fulao, joka ensimmäisenä siirtynyt Fujian Minnan, sitten Chaoshan hyvin -maintained kieli ja tavat peräisin pohjois-Keski-Kiinassa. Taihang Mountain ihmiset Pohjois-Keski-Kiinassa, Fujianin Minnan ja Chaoshan alueet ovat tunnettuja yleisyydestä EY [15].

Kehittämisen diagnostisten menetelmien ja parannettu epidemiologian, lisää GCC tapausta on vahvistettu näillä alueilla. EY ja GCC ovat 2 yleisimmistä syövistä näitä 3 alueilla. Aiemmat geneettinen tutkimus osoitti, että riskiryhmien näillä 3 alueilla on yhteinen syntyperä [15], [16]. Esillä olevassa tutkimuksessa tutkittiin Y-kromosomi haplogroups EY ja GCC potilaita Chaoshan ja Taihang Mountain alueet tutkimaan edelleen isän geneettisen taustan potilaista. Vertasimme datan 2 vähäriskisiä Chaoshan Hakka ja hän väestön ja 3 riskiryhmien. Ensin analysoidaan jakelua Y-SNP haplogroups keskuudessa tutkituissa populaatioissa. Haplogroup jolla on suurin taajuus jaetaan Chaoshan EY: n ja GCC potilailla oli O3a3c1-M117, yksi pohjoisen Han hallitseva haplogroups, mikä oli myös korkea Taihang Mountain potilailla mutta alhainen Chaoshan Hakka ja hän populaatiot. Verrattuna Chaoshan potilaiden ja korkean riskin väestöä, Chaoshan Hakka ja hän väestön oli suhteellisen korkeampi taajuus eteläisen natiivin hallitseva O1 *. Samanlainen Taihang Mountain potilaille, Chaoshan potilailla havaittiin Pohjois Han hallitseva haplogroups koska niiden korkein taajuus haplogroups, joten Chaoshan ja Taihang Mountain potilaat suhteellisen läheistä sukua.

Y-SNP Pääkomponenttianalyysin, isän rakenne Chaoshan potilaille poikkesi varten Chaoshan Hakka ja hän väestön, vaikka ne ovat maantieteellisen läheisyyden ja Chaoshan Hakka ovat myös jälkeläisiä pohjoiskeskisellä kiinalainen Hans. Chaoshan potilaat ryhmittyneet tiiviisti Fujianin ja Henan korkean riskin väestöä ja potilaita, vaikka ne ovat maantieteellisesti kaukana. Chaoshan Hakka ja hän väestön ryhmittyivät yhteen, joka yhtyy historiatiedot. Chaoshan Hakka asuvat pääosin vuoristoalueella enemmän geenivirta kanssa Hän väestö, joka myös asuu vuoristoalueella. Y-SNP haplotyyppifrekvenssit korreloivat positiivisesti potilaiden joukossa, mikä edelleen tukee niiden lähellä sukulaisuussuhteen. Tulokset hierarkkinen klusterianalyysin tukivat myös lähellä sukulaisuussuhteen potilailla ja riskiryhmien. Fylogeneettisesti, potilas ryhmät läheisempää sukua toisilleen kuin korkean riskin väestöä (Fig. 4). Verkko-analyysi (Fig. 5) ehdotti, että patrilineal sukujuuret Haploryhmä O3a3c1-M117 yksilöitä oli Taihang Mountain ja Fujianin korkean riskin yksilöitä ja Chaoshan EY potilaita, jotka muodostivat Keski solmu, ja potilaat on O3a3c1-M117 yksilöitä 2 tutkittu alueet olivat pääosin yhdestä yksivaiheinen naapurit sisältävän 1 Chaoshan korkean riskin yksilön ja 1 Chaoshan GCC potilaalle. Haplogroup O3a3c1-M117 verkko analyysi paljasti vaihtelun väestön mutta myös korkea potilaan erityinen substructure. Kaikki 14 GCC potilaat ja 5 11 EY potilaat kuuluvat yhteen klusteriin (Fig. 5, ympyrä). Haploryhmä O3a3c1-M117 potilaat voivat olla peräisin samasta esi haplogroup. Niinpä suosittelemme patrilineal sukulaisuussuhteen joukossa 2 maantieteellisesti erillään GCC ja EY potilaiden Kiinassa.

Viime genomin laajuinen yhdistys tutkimukset Kiinasta riskialueilla osoittivat merkittävää yhteyttä Variantin klo 10q23 vuonna PLCE1 ja molemmissa ruokatorven okasolusyöpä ja mahalaukun cardia adenokarsinoomaa, jossa korostetaan yhteisiä geneettisiä mekanismeja, jotka saattavat edistää etiologiaa sekä syöpien [29]. Vaikka EY: n ja GCC ovat patologisesti erillisiä, epidemiologiaa tutkimukset [2] – [9], genomin laajuinen yhdistys tutkimukset ja tässä tutkimuksessa kaikki tukevat että EY: n ja GCC voi olla yhteisiä geneettinen rakenne. EY ja GCC ovat anatomisesti vieressä ja niillä on samanlaisia ​​embryogeneesiin. He altistuvat samanlaisia ​​ympäristön vaatimusta elämän aikana. Kuitenkin miksi ne voivat vaikuttaa yhteinen geneettinen rakenne on vielä tuntematon.

Suosittelemme, että EY: n ja GCC ei esiinny satunnaisesti riskiryhmien mutta läheisesti liittyy tiettyyn patrilineal tausta rakenne ja nämä liittyvä potilaat voivat periä patogeenisen geneettinen rakenne niiden yhteisestä esi-isät.

Yhteenvetona patrilineal geneettisen rakenteen Chaoshan ja Taihang Mountain potilaita on samanlainen, ja potilailla on lähempänä affiniteetti toistensa kanssa kuin riskiryhmien. N ja GCC potilaat jakavat äskettäin yhteinen esi-isä. Sen sijaan Chaoshan Hakka ja hän populaatiot ovat suhteellisen kaukana suhdetta Chaoshanese ihmisiä, mikä voi selittää osittain poikkeuksellisen korkea EY ja GCC Chaoshanese ihmistä.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Raakatietoihin yksittäisten Y-SNP.

doi: 10,1371 /journal.pone.0081670.s001

(XLS) B Taulukko S2.

Raakatietoihin yksittäisten Y-STR.

doi: 10,1371 /journal.pone.0081670.s002

(XLS) B