Krooninen sairaus

tiivistelmä

munuaisissa D-vitamiinia muuntuu aktiiviseen muotoon. Koska D-vitamiinin kykenee sen toimintaa sitoutumalla ydinvoiman D-vitamiini- reseptoriin (

VDR

), useimmat geneettiset tutkimukset ovat ensisijaisesti keskittyneet vaihtelua tämän geenin. Siksi analyysi geneettistä vaihtelua

VDR

ja muita D-vitamiinin reitin geenit voivat tarjota käsityksen rooli D-vitamiinin munuaissolukarsinooma (RCC) verestä. RCC tapauksissa (N = 777) ja hallintalaitteet (N = 1035) genotyypattiin tutkia suhdetta RCC riskin ja vaihtelua kahdeksassa kohdegeenien. Minimi-p-arvo permutaatio (Min-P) testejä käytettiin liittyvien geenien tunnistamiseen riski. Kolmen yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) liukuikkuna käytettiin tunnistamaan kromosomialueita kanssa False Discovery Valuuttakurssi 10%, jos myöhemmin, haplotyyppi suhteelliset riskit laskettiin vuonna Haplostats. Min-P-arvot osoittivat, että

VDR

(p-arvo = 0,02) ja retinoidi-X-reseptori-alfa (

RXRA

) (p-arvo = 0,10) liittyi RCC riski. Sisällä

VDR

, kolme haplotyyppien poikki kahden kromosomi kiinnostavien alueiden tunnistettiin. Ensimmäinen alue, joka sijaitsee intronin 2, sisälsi kaksi haplotyyppien, että lisääntynyt RCC riskiä noin 25%. Toinen alue sisältyi haplotyyppi (rs2239179, rs12717991) poikki intronin 4 että lisääntynyt riski osallistujien kanssa

TC

(OR = 1,31, 95% CI = 1,09-1,57) haplotyypin verrattuna osallistujille yhteisen haplotyyppi,

TT

. Across

RXRA

, yksi haplotyyppi sijaitsee 3 ’koodaavan sekvenssin (rs748964, rs3118523), lisääntynyt RCC riski 35% yksilöiden kesken variantti haplotyyppi verrattuna yleisimmin haplotyyppi. Tässä tutkimuksessa arvioitua geneettistä vaihtelua kahdeksan D-vitamiinin reitin geenien suhteen RCC riskiä. Löysimme kohonnut liittyy

VDR

ja

RXRA

. Replikointi tutkimukset ovat perusteltuja vahvistaa näitä havaintoja.

Citation: Karami S, Brennan P, Rosenberg PS, Navratilova M, Mates D, Zaridze D, et al. (2009) analyysi SNP ja haplotyyppien D-vitamiini Pathway Geenit ja munuaisten syöpäriski. PLoS ONE 4 (9): e7013. doi: 10,1371 /journal.pone.0007013

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: toukokuu 11, 2009; Hyväksytty: 14 heinäkuu 2009; Julkaistu: 15 syyskuu 2009

Tämä on avoin-yhteys artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Public Domain ilmoitus, jonka mukaan, kun se on saatettu julkisia, tämä työ saa vapaasti kopioida, levittää, lähetetään, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat osittain Intramural tutkimusohjelma Yhdysvaltain National Institutes of Health, National Cancer Institute, osasto syöpä Epidemiology and Genetics. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

sisällä munuaisten, D-vitamiinia metaboloituu 1,25-dihydroksikolekalsiferolin (1,25 (OH)

2D

3), aktiivinen muoto D-vitamiinin [1]. Anti-syöpää aiheuttavia ominaisuuksia D-vitamiinin ovat inhibition klonaalisen kasvainsolujen proliferaatiota, immunologisen solujen erilaistumisen ja apoptoosin, ja väheni angiogeneesi [2], [3]. D-vitamiinin aktiivisuutta välittyy sitoutumisen 1,25 (OH)

2D

3 D-vitamiini- reseptoriin (

VDR

), joka voi säädellä transkriptiota muiden osallistuvien geenien solujen sääntelyn, kasvun , ja immuniteetti [3] – [6].

VDR

moduloi geenien ilmentymistä muodostamalla heterodimeerin kompleksin retinoidi-X-reseptorit (

RXR

) [7]. Tämä

VDR-RXR

kompleksi on suunnattu D-vitamiinin vaste-elementti (

VDRE

) promoottorialueella useiden 1,25 (OH)

2D

3 säädeltyjen geenien transkription aloittamiseksi [7], [8].

Koska 1,25 (OH)

2D

3 kykenee sen toiminnan kautta ydin-

VDR

, useimmat tutkimukset geneettinen alttius D-vitamiinin sairaudet ovat tutkineet vaihtelu sisällä

VDR

geeni [4], [7], [9] – [11]. Kuitenkin konsertti geenien kanssa vuorovaikutuksessa

VDR

on valtava; Siksi analyysi vaihtelua

VDR

ja muiden geenien D-vitamiinin reitti voi tarjota käsityksen rooli D-vitamiinin munuaissolukarsinooma (RCC) verestä. Kun otetaan huomioon D-vitamiinin aineenvaihdunnan munuaisissa ja puute tutkimuksissa on arvioitu suhde D-vitamiinin,

VDR

geeni, ja RCC, me aiemmin arvioitiin, miten kolme yhteistä

VDR

geenipolymorfismien (

BsmI

,

vitamiinireseptorin

,

TagI

) modifioitu RCC riski [12]. Havaitsimme vähensi RCC riski ikääntyneiden aiheita ja joukossa koehenkilöillä, joiden suvussa syöpä jotka olivat kantajia

f

alleelien

vitamiinireseptorin

yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) verrattuna potilailla, joilla oli

FF

genotyyppi [12]. Koska kuitenkin rajallinen genomista kattavuus

VDR

edellisessä ehdokas SNP tutkimuksessa, ja lukuisat geenit, jotka ovat suorassa vuorovaikutuksessa

VDR

että D-vitamiinin koulutusjakson, me laajennetaan näitä havaintoja tutkia vaihtelua kandidaattigeenejä jotka voivat olla vuorovaikutuksessa suoraan

VDR

muuttaa RCC riskien ja paransimme analyysi lisäämällä alueellinen kattavuus vaihtelua kunkin geenin 80-90%.

Siksi onko vaihtelu D-vitamiinin reitin geenit muutettu RCC riski, me kattavasti tutkittu suhdetta munuaissyövän riskiä ja 139 koodaus SNP kahdeksassa kohdegeenien (

VDR, RXRA, RXRB, CYP24A1, GC, STAT1, THRAP4,

ja

TRAP5

) ja D-vitamiinin polku keskuudessa tapausten ja kontrollien Keski-Euroopasta, alueella, jossa yksi korkeimmista RCC maailmanlaajuisesti [13]. Tietääksemme tämä on yksi suurimmista ja yksityiskohtaisia ​​tutkimuksia geneettisen vaihtelun sisällä D-vitamiinin polku ja RCC riski johdetaan mennessä.

Tulokset

Kuvaus tutkimukseen osallistuneista ja tunnetaan RCC riskitekijät on esitetty taulukossa 1. Kaikki osallistujat ja vain genotyyppi osallistujat osoitti samanlaista jakautuminen ominaisuuksia, lukuun ottamatta sukupuolta. Kotelot ja kontrollit olivat vertailukelpoisia iässä, mutta tapaukset olivat todennäköisemmin liikaa painoindeksi (BMI) ( 30 kg /m

2) ja verenpainetauti, ja on ensimmäisen asteen sukulainen syöpään. Yhdistys tupakointi ei enää havaittu säädön jälkeen ikä, painoindeksi, verenpaine, tutkimuskeskuksessa, ja sukupuoli [14].

Taulukossa 2 luetellaan tulokset globaalin geenipohjaisten testit yhdessä tapauksessa /valvonta-asema käyttämällä pienintä p-arvo permutaatio (Min-P) testi.

VDR

(p-arvo = 0,02) ja

RXR-alfa (RXRA) B (p-arvo = 0,10) geenit olivat voimakkaimmin liittyy RCC riski. Sekä pienin p-arvo kaikille koodaus SNP geenissä ja pienin vääriä löytää rate (FDR) säädetty p-arvoa kolmelle SNP haplowalk liukuvan ikkunan

VDR

ja

RXRA

olivat merkittävästi liittyvä RCC riski.

Myöhemmin HaploWalk menetelmiä käytettiin alueiden tunnistamiseksi mielenkiintoa kaikissa geeni säilyi merkittävänä klo FDR alle 10%. Kolme merkittävää

VDR

haplotyyppien (taulukko 3) havaittiin kahdella alueella, jotka liittyvät lisääntyneeseen RCC riski. Ensimmäinen alue (kuvio 1), joka sijaitsee intronin 2, osoittivat potilaalla on

AGC

(OR = 1,29; 95% CI = 1,10-1,52, p-arvo = 0,002) tai

GAC

(OR = 1,25; 95% CI = 1,04-1,51, p-arvo = 0,02) haplotyypin oli merkittävästi lisääntynyt riski verrattuna potilaisiin, joilla on eniten yhteistä kohdetta haplotyyppi,

GAT

. Lisääntynyt riski näytti ohjaavat

T

osoitteeseen

C

muutos kolmannessa loci. Toinen alue (kuvio 1), keskittynyt introni 4, myös lisääntynyt RCC riski osallistujien kanssa

TC

(OR = 1,31; 95% CI = 1,09-1,57, p-arvo = 0,004) haplotyypin verrattuna osallistujille eniten yhteistä kohdetta haplotyyppi,

TT

. R säätää globaalin p-arvot sekä näiden alueiden oli 0,04 (taulukko 3). Across

RXRA

geenin (kuvio 2), yksittäinen alue sijaitsee alavirtaan, 3 ’koodaavan sekvenssin, osoitettiin liittyvän lisääntynyt RCC riski joukossa yksilöiden

CG

(OR = 1,35; 95% CI = 1,11-1,66, p-arvo = 0,003) haplotyypin verrattuna koehenkilöihin, yleisimmät haplotyyppi,

GA

. R säädetty globaali p-arvo tälle alueelle oli 0,03.

Top: HaploWalk analyysi tunnisti kaksi kromosomialueiden kiinnostusta D-vitamiinin reseptorin (VDR) geenin, joka oli huomattavia klo FDR 10%. Alue, joka sisältyy SNP-kohdista 3′- rs4760648, rs2853564, rs2254210 -5 ’; alueella kaksi sisältyvät SNP: 3’rs12717991, rs2239179 -5 ”. Pohja: Haploview analyysi havaitsi kaksi haplotyyppien korttelin samassa kromosomi kiinnostavilla alueilla.

Top: HaploWalk analyysi tunnistaa yhden kromosomaalisen alueen kiinnostusta retinoidi-X-reseptori-alfa (RXRA) geeni joka oli merkittävä klo FDR 10%. Tämä alue sisältyy SNP: iden 5′-rs748964, rs3118523 -3 ’. Pohja: Haploview analyysi yksilöi yhden haplotyypin lohkon samassa kromosomialueeseen kohteisiin.

Tulokset tarkkoja analyysejä näistä SNP annetaan Supplemental taulukossa S1. Kolmetoista SNP viidessä D-vitamiinin reitin geenit liittyivät merkittävästi RCC riski käyttämällä lisäainetta mallia (useita merkittäviä tag SNP):

VDR

(5),

RXRA

(5),

CYP24A1

(1),

GC

(1), ja

STAT1

(1). Tilastollisesti merkittäviä yhteisvaikutuksia näiden SNP ja mahdollisten sekoittavien tekijöiden (eli BMI, ikä, sukupuoli, tupakointi asema, korkea verenpaine ja suvussa syöpä) havaittiin (tuloksia ei ole esitetty). Eroa yhdistys yksittäisten SNP ja RCC riski havaittiin, kun analyysit rajoitu RCC tapauksissa histologisesti diagnosoitu selkeä solujen alatyyppiä (tuloksia ei esitetty) eikä silloin, kun analyysit rajoitu tapauksiin, joissa vain korkea laadut kasvaimia (tuloksia ei ole esitetty).

keskustelu

tässä analyysi 139 koodaus SNP kahdeksassa D-vitamiinia reitin geenit tunnistimme kolme alueita kaksi geeniä, jotka liittyivät merkittävästi RCC riski. Molemmat geenit,

VDR

ja

RXRA

, josta meillä hypoteesi

a priori

liittyisi riski, sisälsivät alueita, joilla on merkittäviä yhdistyksiä. Across

VDR

geeni, kolme haplotyyppien kahden alueen (intronin 2 ja introni 4) liittyi merkittävästi lisääntynyt riski. Across

RXRA

geeni, RCC riski oli korkeampi niillä yhteen tiettyyn haplotyyppi sijaitsee 3 ’koodaavan alueen.

Vain harva tutkimukset ovat kattavasti analysoitu geneettistä vaihtelua

VDR

geeni suhteessa syöpään [15], [16], [17]. A case-control tutkimus 630 tapahtumasta eturauhassyöpäpotilaalla tehtiin kattavasti analysoida geneettistä vaihtelua

VDR

geeni; kaksikymmentäkaksi SNP genotyypattiin kaapata suuri osa vaihtelusta

VDR

geeni [17]. Kahden-kertainen eturauhasen syövän riskiä tarkkailtiin kahden

VDR

loci (rs2107301 ja rs2238135), jotka sijaitsevat intronit 2 ja 4, vastaavasti [17]. Vaikka tieto on rajoitettu koskien yhdistyksen välillä

VDR

variantteja ja RCC riski, geneettinen alttius tutkimukset yhteisten

VDR

polymorfismien, kuten

BsmI

,

vitamiinireseptorin

,

Taql ja ApaI

, on osoitettu muuttaa RCC riski [15], [16]. Tuore tapaus-verrokki tutkimuksessa 135 RCC potilaista havaittiin, että osallistujat

AA

genotyyppi on

Apal

päällä oli merkittävä kasvu RCC riski (OR = 2,59, p-arvo = 0,01 ); tapauksissa

AA

genotyyppi myös havaittiin alhaisempi selviytymismahdollisuuksia (Suhteellinen riski = 3,3, p-arvo = 0,04) verrattuna tapauksiin, joissa

Aa

tai

aa

genotyyppien [16]. Kahden-kertainen syöpäriskin myös raportoitu osallistujien kanssa

TT

genotyyppi on

TagI

sivuston toisessa tapauskontrollitutkimuksessa 102 RCC potilaista verrattuna koehenkilöihin kanssa

tt

tai

tt

genotyyppi (p-arvo = 0,001) [15].

Samoin muutama aikaisempiin tutkimuksiin RCC riskin ja vaihtelua D-vitamiinin reitin geenit on tehty . Pieni määrä polymorfismien

VDR

geeni, kuten

poly (A) B,

Taql

, ja

BsmI

, on spekuloitu johtaa vaihtelu

VDR

ilmaisun ja oletettu myöhemmin aiheuttaa muutoksia veressä aktiivisen D-vitamiinin [15], [18], [19]. Altered

VDR

-proteiinin ilmentyminen on raportoitu useissa kasvaimen muodoissaan, mukaan lukien rinta-, pahanlaatuiset glioomat, eturauhas- ja paksusuolen syöpä [20]. Lisäksi aikaisemmat epidemiologisten tutkimusten mukaan lisääntynyt sitoutuminen D-vitamiinin

VDR

liittyy pienentynyt RCC riski, ja että aktiivinen D-vitamiinin

3 seerumissa ovat huomattavasti pienemmät RCC potilaista verrattuna väestöön tarkastukset [15], [16], [19]. Yhdessä nämä tulokset osoittavat, että D-vitamiinin vaikutusta RCC riski. Vaikka tulokset ovat olleet vaihtelevia koskevat assosiaatioita varianttien

RXR

geeni ja syövän riskiä [21] – [24],

in vitro

ihmisten ja eläinten tutkimukset ovat osoittaneet, että kohonneet

RXRA

kasvattaa antiproliferatiivisia vaikutuksia 1,25 (OH)

2D

3 [25], [26].

In vitro

ja eläinten tutkimukset viittaavat että D-vitamiinin ja sen metaboliitit voivat estää syövän synnyn stimuloimalla solujen erilaistuminen, solun uudiskasvun estämiseksi tyypillisesti ominaista G0 /G1 solusyklin pysähtymisen, apoptoosin, ja tukahduttaminen invassion, angiogeneesin, ja etäpesäkkeiden [3] – [6]. Laboratoriotutkimuksissa, 1,25 OH-D on osoitettu merkittävästi vähentää kasvaimen kasvua erilaisia ​​syöpiä, mukaan lukien paksusuoli-, rinta-, eturauhas- ja keuhkosyöpä [18]. Käyttö D-vitamiinin tai sen analogien kuten kemopreventiivisten aineina ihmisillä, mutta rajoittumatta, ovat osoittaneet edullisia vaikutuksia. Kliinisessä tutkimuksessa potilaille, joilla on käyttökelvottoman kehittynyt maksasyövän vuorokausiannos on 10 mg Seocalcitol (D-vitamiinin analogi) enintään yhden vuoden vähensi kasvaimen ulottuvuus [27]. Lisäksi joukossa 37 Metastasoivassa androgeenista riippumaton eturauhassyöpä, jotka saivat suuren annoksen hoito suun kalsitriolin /doketakseli (aktiivinen muoto D-vitamiinin /mitoosi estäjä), eturauhasen antigeenin vähentämisestä vähintään 50% havaittiin [ ,,,0],28].

Vaikka suuruus yhdistyksen välillä RCC riskin ja

VDR

ja

RXRA

geenivarianttien tutkimuksessamme voi olla pieni, jotkut näistä variantit ovat suhteellisen yleisiä väestön ja siksi voi liittyä paljon suurempi johtuva riski kokonaisuutena verrattuna harvinaisen korkea penetrance geenejä. Lisäksi

VDR

variantit liittyvät RCC riski tässä tutkimuksessa olivat introni ja eivät sijaitse lähellä introni-eksoni rajoja, jotka voivat tuottaa liitos virheitä. Nämä alleelit näyttävät ole vaikutusta ekspressiotasoja tai aktiivisuutta käännetty

VDR

proteiinia ja se on arveltu, että ne korreloivat muita muunnelmia on käytännöllinen merkitys. Synonyymi SNP: t ovat usein laiminlyödään monissa geneettinen alttius tutkimukset perustuvat oletukseen, että ne eivät muuta aminohapposekvenssiä, joka myöhemmin vaikuttaa proteiinien rakenteen ja toiminnan, eikä proteiinin ilmentyminen [29]. Silti luettelo synonyymi liittyviä mutaatioita ihmisen sairauksiin on kasvussa [29], [30]. Viimeaikaiset geneettiset tutkimukset ovat osoittaneet, että samaa mutaatiot eivät ole satunnaisia ​​ja voi olla merkittävä rooli taudin etiologiassa koska synonyymi SNP voi vaikuttaa proteiinin ilmentymistä ja toimintaa muuttamalla mRNA vakaus [29], [31], [32]. Tutkimukset keskity pelkästään geneettinen vaihtelu eksoni alueilla DNA johtaa muutoksiin proteiinin sekvenssi voi olla yksinkertainen ja ei voi edustaa suurempaa kuvaa, joka kehittyy välillä geneettistä vaihtelua ja sairauksien [33].

Sen lisäksi, että ensimmäisiä geneettisen alttiuden tutkimuksissa kattavasti tutkia yhdistyksen välillä

VDR

ja seitsemän muuta D-vitamiinin reitin geenit suhteessa RCC riski, ylimääräinen vahvuus tutkimus sisältää käyttö HapMap tietojen koodata kiinnostuksen kohteena olevia geenejä käyttämällä korkean (80-90%) genomista kattavuus koodaus genomialuetta, sekä alku (20 kb) ja loppupään (10 kb) mahdollisuus vähenee vääriä negatiivisia löydöksiä. Tässä tutkimuksessa olemme myös havaittu korkea työvoimaosuus, käytetään uusien diagnosoitujen tapauksissa mukana vain histologisesti varmennettu syöpiä, ja kerätty biologinen materiaalien osuus on suuri aiheista. Suuri otoskoko Tämän tutkimuksen tarjonneet riittävästi tilastollinen voima havaita suhteellisen pienet yhdistysten välillä genotyyppien ja riskejä. Analyysi geenien merkittäviä maailmanlaajuisia p-arvot vähensi tyypin I virheitä Tutkimuksessamme kun käytetään kahta erilaista Haplotyyppifrekvenssianalyysi perustuvat menetelmät (HaploWalk ja HaploStats) vähensi mahdollisuutta löytää merkittäviä tuloksia sattumanvarainen. Lisäksi vaikka sairaala-pohjainen tapausverrokkitutkimukset on mahdollisten rajoitusten puuttuessa väestön valvonnan, nämä tutkimukset voivat parantaa hoitovaste intensiivistä kokoelma biologisia näytteitä ja siksi vähentää mahdollisuuksia puolueellisuudesta arvioinnissa geenin ympäristön vuorovaikutukset [ ,,,0],34]. Lopuksi emme työllistävät suoraan merkkiaine D-vitamiinin joukosta koehenkilöistä. Vaikka onkin yleisesti hyväksytty, että seerumin 25 (OH) D taso on paras indikaattori nykyisen D-vitamiinin tila, biokemiallinen markkeri on lyhyt puoliintumisaika ja eivät välttämättä pitkäaikainen D-vitamiinin asema etenkin tapausverrokkitutkimukset jossa tapaukset ovat juuri diagnosoitu [35].

Yhteenvetona meidän

a priori

hypoteesi tukivat ja havaitsimme, että geneettinen vaihtelut

VDR

ja

RXRA

liittyi merkittävästi RCC riski. Koska meidän tulokset havaita introneja sijaan eksonit ja koska olemme vasta alussa ymmärtää rooli geneettisen vaihtelun introni- alueilla ja niiden vaikutus sairauksien kehittymisestä, lisätutkimuksia geneettisen muunnelmia näistä kaksi geeniä ja RCC riskejä ovat perusteltuja.

Materiaalit ja menetelmät

tutkimus aiheet

tiedot Keski- ja Itä-Euroopan munuaissolukarsinooma (CEERCC) tutkimus on aikaisemmin raportoitu [36]. Lyhyesti, CEERCC tutkimus on sairaala-pohjainen tapauskontrollitutkimuksessa munuaisten syöpä toteutettiin vuosina 1999 ja 2003 seitsemän asemaa neljässä Keski- ja Itä-Euroopan maissa (Moskova, Venäjä, Bukarest, Lodz, Puola, ja Praha, Olomouc , Ceske-Budejovice, ja Brno, Tsekin tasavalta). Jokainen keskus seurasi samanlainen protokolla ja oli vastuussa rekrytoida peräkkäisen ryhmän uudesta diagnosoidusta munuaissyövän sekä vertailukelpoinen ryhmä sairaalan valvonnan. Controls kaikissa keskuksissa valittiin joukosta aiheita maahanpääsy in- tai out-potilailla samassa sairaalassa kuin tapaukset, joissa olosuhteet eivät liity tupakkaa tai urogenitaalinen häiriöt. Mikään yksittäinen tauti oli yli 20% kontrolliryhmään. Kaikki koehenkilöt olivat asukkaita tutkimuksen aloilla vähintään vuoden aikaan rekrytointi ja oli valkoihoisia syntyperää.

Kotelot välillä 20 ja 79-vuotiaita todenneessa nopealla raportointijärjestelmä. Osallistuvien lääkäri ja muut ammattitaitoinen henkilökunta jäsenet vierailevat urologian, leikkaus, radiologia tai patologian osastot sairaaloiden säännöllisesti tunnistettu tuotujen potilaiden munuaisten syöpään jatkokäsittelyä. Kaikki potilaat, joilla epäillään olevan munuaissyövän lähestyttiin haastatteluun, mutta ainoastaan ​​histologisesti varmistettua tapausta olivat mukana kädessä. Kaikki kasvaimia keskitetysti tarkistetaan vahvistaa diagnoosin ja histologia. Valtaosa munuaiskasvaimia olivat selkeitä solukarsinoomat (83,4%), kun taas muihin alatyyppeihin sisältyvät papillaarinen (7%), kromofobista leikettä (2,4%), oncocytoma (2,3%), oncocytic kasvaimet (0,2%), siirtymävaiheen solukarsinoomat (1,1%) ja luokittelemattomat (3,6%). Kontrollit taajuus-sovitettu tapauksiin iän (± 3 vuotta), sukupuoli, ja tutkimus keskus. Kaikkiaan 1097 vahvisti tapahtuman RCC tapauksissa ja 1476 kontrolleja mukana tässä tutkimuksessa. Genomi-DNA: ta saatiin 987 1097 (90%) tapauksista, ja 1298 ja 1476 (88%) valvonnan. Vasteprosentit poikki tutkimus keskusten kesken oikeutettuja henkilöt, jotka olivat pyytänyt saada osallistua vaihteli 90,0-98,6% tapauksista ja 90,3-96,1% tarkastuksia.

Haastattelu

Kotelot ja valvonta haastateltiin kanssa samalla kyselylomakkeella [37]. Tiedot demografisia ominaisuuksia, taustatietoja, ja elämäntapaan liittyvien tekijöiden saatiin läpi henkilökohtaista haastattelua koulutettu henkilökunta käyttää standardoituja elämäntapa ja ruoan taajuus kyselyihin. Tapaukset haastateltiin kolmen kuukauden kuluessa diagnoosista. Kirjallinen suostumus osallistumiseen saatiin kaikkien oppiaineiden ja eettinen hyväksyntä saatiin kaikille tutkimuksen keskuksia.

Laboratory Menettelyt

Genominen DNA uutettiin kokoverestä Valkosolukerros tavallisella fenoli kloroformi menetelmä . -genotyypitys Suoriteta GoldenGate® Oligo-allas Kaikki (OPA) määrityksessä Illumina® (www.illumina.com) National Cancer Instituten (NCI: n) Core genotyypin Facility (CGF) missä lab henkilökunta sokaisi tapauksiin /valvonta-asema. Sopiva määrä ja laatu genomista DNA saatiin osajoukko 777 (70,8%) RCC tapauksista ja 1035 (70,1%) valvontaa, koska tiukat laatua ja määrää kriteerit analysoinnin Illumina® OPA paneeli.

kirjallisuuskatsauksen D-vitamiinin liittyy geenien avulla tunnistettiin kahdeksan kandidaattigeenit (

VDR, RXRA, RXRB, CYP24A1, GC, STAT1, THRAP4

ja

THRAP5

), jotka lopulta valittiin niiden osallistumisesta D-vitamiinin aineenvaihdunta, liikenne, sitovia, funktio ja /tai ilmaisun, jotka voivat vaikuttaa mekanismeihin, joiden kautta D-vitamiinin voi vaikuttaa syövän riskiä. Koska on tunnettua, että

VDR

aikaansaa transkription vastaus muodostamalla heterodimeerin kompleksin retinoidi-X-reseptorin, tässä tutkimuksessa sekä

VDR

ja

RXR

olivat ensisijainen geenien epäillään

a priori

muuttaa munuaisten syöpäriskiä. Ryhmän erityinen osa

(GC)

D-vitamiinia sitovaan proteiiniin valittiin sen osallistumista merkittävänä harjoittaja D-vitamiinin plasmassa [38]. Sytokromi P450, perhe 24, subfamily A polypeptidi 1 (

CYP24A1

) valittiin sen osallistumista alentava ja säännellä 1,25 (OH)

2D

3 tasoa [39], [40 ]. Lopuksi signaali anturin ja aktivaattori transkription 1 (

STAT1

) ja tyroidihormonireseptorin liittyvä proteiini 4 ja 5 (

THRAP4

ja

THRAP5

) geenit valittiin vuodesta tutkimukset osoittavat, että nämä geenit voivat aiheuttaa tai tukahduttaa transkriptio vaikuttamalla

VDR-RXR

kompleksi [41], [42].

Tag SNP tarjoamaan valittiin 80-90% genomista kattavuus poikki genomialuetta kiinnostava. Jotta varmistetaan kattavuus kohdennetun alueen lisäsopimuskauden alueista sekä ylävirtaan (20 kb) alkamisen transkription ja loppupäässä (10 kb) viimeisen eksonin avulla HapMap CEU tiedot (https://www.hapmap.org) keskuudessa SNP: t, joissa on vähäisiä alleelifrekvenssien vähintään 5% ja r

2≥80% valittiin. Lisäksi ei-synonyymi SNP tai ne korreloi polymorfismien mahdollisten toiminnallisten merkitys sisällytettiin analyysiin. Yhteensä 139 SNP kahdeksan D-vitamiinin liittyvien reitin kohdegeenien valittiin analyysiin. Kokonaispituus sekvenssin analysoinut kaikissa geenit oli 495664 emäkset (

VDR

: 37421 emäkset,

RXRA

: 144022 emäkset,

RXRB

: 36257 emäkset,

CYP24A1

: 50537 emäkset,

GC

: 72479 emäkset,

STAT1

: 75061 emäkset,

THRAP4

: 39862 emäkset, ja

THRAP5

: 40025 emäkset). Replikoi laadunvalvonta näytteet (5% näytteistä) oli lomaan genotyypitys levyjä. Genotyyppaustulokset virhetaajuus valitun SNP oli 4,8% (7/146). Konkordanssi välinen kurssi kahtena DNA-näytteiden vaihteli 93-100% ja viimeistely vaihtelivat 98-100%. Genotyyppi taajuudet kontrollien joukossa ei poikennut odotetusta Hardy-Weinberg tasapainoon osuudet (p 0,05). Kaikki SNP ja määritys tiedot raportoidaan NCI: n SNP500Cancer Database (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [43].

Tilastollinen analyysi

jakaumat valitut ominaisuudet ja tunnetaan RCC riskitekijät (sukupuoli, ikä, tupakointi, korkea verenpaine, BMI, suvussa syöpää, ja asuinmaa) vertailtiin genotyypitetty tapausten ja kontrollien käyttäen Chi-square testi. Nämä ominaisuudet arvioitiin edelleen onko assosiaatioita SNP ja RCC muutettiin; kuitenkaan mitään merkittäviä yhteisvaikutuksia ei havaittu syövän riski, RCC riskitekijöitä, ja SNP (tuloksia ei esitetty).

yhdistysten yksittäisten SNP ja RCC riski arvioitiin laskemalla kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusväli välein (95% CI) käyttäen ehdoton logistinen regressio. Vuorovaikutukset testattiin vertaamalla regressiomallit kanssa ja ilman vuorovaikutusta termejä käyttäen uskottavuusosamäärä (LRT). Kaikki regressiomalleja ikä- (jatkuva), sukupuoli, tutkimus keskus, ja Tupakointi (koskaan, ei koskaan). Muita riskitekijöitä (eli kohonnut verenpaine, BMI, ja suvussa syöpä) katsottiin myös, mutta nämä muuttujat eivät vaikuttaneet riskiestimaattien vähintään 10%. Välttämään turhia analyysejä, vain yksi SNP arvioitiin kun korkea korrelaatioita havaittiin kahden SNP (r

2 0,85). Niistä 139 SNP genotyyppi, kaksi paria SNP

VDR

geenin havaittiin korreloivan (r

2 = 0,95 rs1544410 (

BsmI

) ja rs731236 (

TagI

); r

2 = 0,89 varten rs2248098 ja rs2239185) ja siksi vain yksi SNP käytettiin paria kohden (rs1544410 (

BsmI

) ja rs2248098).

Koska yleisin muoto munuaissyövän on selvä solutyypistä, yhdistysten yksittäisten SNP ja RCC riski arvioitiin myös joukossa tapauksia histologisesti diagnosoitu tämän alatyypin munuaisten syöpään. Kuitenkin rajoittamista tapauksissa joista on selvästi solutyypin ei vaikuttanut riskiestimaattien vähintään 10% (tuloksia ei ole esitetty). Samoin analyysit rajoitu tapauksiin, joissa vain korkea laadut kasvaimia ei vaikuttanut riskiestimaattien (tuloksia ei ole esitetty).

Risk arvioita laskettiin heterotsygoottinen ja homotsygoottinen variantti genotyypit suhteessa yhteiseen homotsygoottinen genotyyppi olettaen lisäainetta malli. Kun taajuus homotsygoottinen variantti alleeli oli alle 5% kontrollien joukossa, on määräävä mallia käytettiin määrittämään riskin arviot läsnä ja poissa variantin alleelin. Associations välillä SNP variantteja ja RCC arvioitiin käyttäen lisäainetta mallia (lineaariset testi suuntaus kopiomäärä variantin alleelin (0, 1, 2)) tai määräävä mallin (eli Wald chi-neliö-testi tai Koska variantti alleelin (0, 1)). Sen arvioimiseksi maailmanlaajuinen merkitys yhdessä geenien, vähintään p-arvo permutaatio (Min-P) testiä käytettiin analyysiin, koska se korjaa useita testaus samalla osuus korrelaatiot SNP geenin sisällä [44]. Geenit on ollut huomattava Min-P testiä cut-off tasoa 10% valittiin lisäanalyysiä. Analyysi geenit, jotka eivät täytä tätä kriteeriä on saatavana Supplemental kuvassa S1, S2, S3, S4, S5, S6.

HaploWalk, haplotyypin perustuva liukuikkuna analyyttinen menetelmä, käytettiin arvioimaan kandidaattigeenejä kanssa N =

K

SNP. HaploWalk menettely pidetään kolme SNP ikkunan kullekin SNP alkaen SNP

2

kautta SNP

K-1

. Kunkin ikkunan, haplotyyppifrekvenssit tapauksissa ja valvonta rekonstruoitiin käyttämällä EM-algoritmia [45], ja Wald testiä käytettiin seulontaan yhdessä tapaus-verrokki asema [44]. Alkuperäisessä Kartoitusvaiheessa ei ole oikaistu mahdollisten sekoittavien tekijöiden. Wald testi käytetty raja-arvo on 5%, niin että haplotyyppien tapauksissa ja tarkastuksia oli arviolta taajuus kynnyksen alapuolella kontrolleissa yhdistettiin osaksi ”muut” harvinaisia ​​haplotyyppi luokka testaukseen. Jotta voidaan ottaa huomioon useita testaus poikki

K

SNP,

K-2

p-arvot (yksi kutakin ikkunan) säädettiin monimuuttujille käyttäen False Discovery Rate (FDR) -controlling menettely Benjamini ja Hochberg [46]. Haplotyyppi ikkunat joiden FDR-mukautettu arvo 10% ylennettiin toiseen vaiheeseen.

Toisessa vaiheessa, haplotyyppi lohkoja tunnistetaan HaploWalk analysoitiin suhteessa RCC riskiä käyttämällä Haplostats (R versio 2.4.0 ; https://www.r-project.org) [47], ikä-, sukupuoli, tutkimus keskus, ja tupakointi. Lisäksi käytimme standardimenetelmiä tunnistamiseen haplotypes käyttäen Haploview ohjelmaversio 3.32 [48]. Linkage markkerien välisen arvioitiin laskemalla pareittain Lewontin n D ’ja r

2 käyttämällä Haploview keskuudessa populaatiokontrolleja [48]. Heterogeenisyys genotyypin taajuuksien eri maissa arvioitiin käyttämällä uskottavuusosamäärä verrata sovitus mallien kanssa ja ilman vuorovaikutusta kannalta, mutta emme löytäneet todisteita heterogeenisuus väestölle. Ei ole todisteita väestön kerrostuminen oli ilmeistä, pääkomponentit analyysi genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa tällä väestöstä [49], ja todennäköisyys tämä on pieni Euroopan maiden väestöjen [50]. Associations välinen yhteinen haplotyyppien ( 5% taajuus) ja RCC riski arvioitiin laskemalla syrjäisimpien alueiden ja 95% CI yleisimpien haplotyyppi luokka vertailuun. Kaikki analyysit tehtiin STATA 9,0 ellei toisin mainita (STATA Corporation, College Station, TX).

tukeminen Information

Taulukko S1.

SNP-analyysi tärkeimmät vaikutukset D-vitamiinin reitin geenit

doi: 10,1371 /journal.pone.0007013.s001

(1,73 MB DOC) B Kuva S1.

RXRB HaploWalk ja Haploview analyysi. Top: HaploWalk analyysi ei havaittu kromosomialueiden kiinnostusta retinoidi-X-reseptori-beta (RXRB) geenin, joka oli huomattavia klo FDR 10%. Min-P testi tämän geenin ei ollut tilastollisesti merkitsevä (p-arvo = 0,20). Pohja: Haploview analyysi tunnisti kaksi haplotyypin lohkoa; none liittyi RCC vaaraa analysoidaan Haplostats.

doi: 10,1371 /journal.pone.0007013.s002

(0,24 MB TIF) B Kuva S2.

CYP24A1 HaploWalk ja Haploview analyysi. Top: HaploWalk analyysi ei havaittu kromosomialueiden kiinnostusta P450, perhe 24, subfamily A polypeptidi 1 (CYP24A1) geenin, joka oli huomattavia klo FDR 10%. Min-P testi tämän geenin ei ollut tilastollisesti merkitsevä (p-arvo = 0,63).