Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Aberrant vaihtoehtoisen silmukoinnin sisältyy muutoksia osien mRNA koneen esiintyneet usein paksusuolensyöpä. Kuitenkin rooli

SF3A1

, yksi keskeinen osa mRNA koneita, on peräsuolen syöpä (CRC) riski ei ollut vielä selvitetty.

Menetelmä ja Havainnot

suoritetaan sairaalassa perustuva tapauskontrollitutkimuksessa sisältävän 801 CRC potilaita ja 817 syöpää vapaa valvontaa tutkia yhdistyksen välillä

SF3A1

polymorfismien ja CRC riski kiinalaisessa väestöstä. Neljä ehdokas SNP (rs10376, rs5753073, rs2839998 ja rs2074733) valittiin perustuen bioinformatiikan analyysiin ja aiempia havaintoja. Tulokset osoittivat merkittävää yhdistysten välillä SNP ja CRC riski (

P

0,05). Sitä paitsi, kerrostunut analyysi perustuu tupakoinnin ja alkoholin käytön tila saadaan tilastollisesti merkittäviä tuloksia.

Johtopäätös

Tutkimuksemme oli ensimmäinen tutkia yhdistyksen välillä

SF3A1

polymorfismit ja CRC riski. Tulokset viittasivat siihen Näiden neljän SNP

SF3A1

eivät liittyneet CRC riski kiinalaisessa väestöstä on kuitenkin edelleen lisää tutkimuksia tarvitaan vahvistamaan havaintomme.

Citation: Chen X, Du H Liu B, Zou L, Chen W, Yang Y, et ai. (2015) assosiaatioiden Silmukointi Complex Gene

SF3A1

polymorfismit ja peräsuolen syövän riski kiinalaisessa väestöstä. PLoS ONE 10 (6): e0130377. doi: 10,1371 /journal.pone.0130377

Academic Editor: Ming Yang, Beijing University of Chemical Technology, Kiina

vastaanotettu: 13 helmikuu 2015; Hyväksytty: 19. toukokuuta 2015 Julkaistu: 16 kesäkuu 2015

Copyright: © 2015 Chen et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi.

Rahoitus: Tätä työtä tuki National Natural Science Foundation of China (Grant nro 31172395), Key teknologioiden tutkimus- ja kehittämisohjelma Kiinassa (Grant nro 2013BAI12B01-3) ja terveys ja perhesuunnittelu komission Hubein maakunnassa Kiinassa (Grant No. WJ-2015MB039). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) on edelleen merkittävä terveysongelma ja on johtava syy sairastavuus ja kuolleisuus kaikkialla maailmassa, joka edustaa kolmanneksi yleisin syy syövän liittyvän kuoleman [1]. Sen arvioidaan aiheuttavan 142820 uutta tapausta ja 50830 kuolemantapausta paksusuolen ja peräsuolen syöpä Yhdysvalloissa sekä miesten ja naisten 2013 [2]. Vaikka useat ympäristön riskitekijät [3,4] on havaittu liittyvän riskin CRC, geneettinen alttius todettiin olla mukana tämän taudin kehitystä. Genome-laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) on onnistunut sovellettu tunnistamisessa alttiuslokukset syöpään ja muihin sairauksiin [5,6]. Kolorektaalisyövässä, viimeaikaiset GWAS tutkimukset ovat osoittaneet yli 20 alttius yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) useilla eri loci Euroopan ja Aasian populaatiot [7-20]. Kuitenkin suurin osa niistä sijaitsevat ei-koodaavat alueet ja osaa selittää alle 10%: n familiaalinen suhteellista riskiä CRC eurooppalaisissa populaatioissa [13,14] .Nämä osoitti, että voi olla huomattavan osa geneettiset tekijät havaitsematta ja biologisten mekanismien vaaditaan tutkittava.

silmukointi voi poistaa introneja pre-RNA: iden ja on tärkeää kaikille eukaryoottiorganismeja tuottaa huomattavia määriä vaihtoehtoisia isoformeja on muuttunut koodaus mahdollisten tai säätelyalueita, jotta voidaan taata toiminnallisen monimuotoisuuden niiden proteiinin edessä rajallinen määrä geenejä [21,22]. Kuitenkin poikkeava vaihtoehtoisen silmukoinnin johtui mutaatioiden liittämiseen elementtejä syöpää geenejä tai selostukset mutatoimattomaan geenien esiintynyt monissa syövissä [23]. Esimerkiksi muutama tutkimukset ovat tutkineet poikkeavaa vaihtoehtoisen silmukoinnin paksusuolen syövän ja havainneet paksusuolensyöpä erityinen vaihtoehto silmukointitapahtumia vaikuttaa useiden proteiinien tai reittejä [24-28]. Nämä paksusuolen syöpään liittyvien silmukointitapahtumilla usein mukana muutoksia osien mRNA kone, joka oli esimerkkinä hiljattain todennut, että vahvistus tai yliekspressio

PRPF6

voisi olla kuljettaja paksusuolen kasvaimen kehittymisen [29].

silmukointi on hyvin järjestettyä prosessi, joka rekrytoi, ryhmitellään ja irtoaa joukko pienen ydin- ribonukleoproteiini- (snRNP) komplekseja, sekä monia muita proteiinin osien päälle valmiiksi mRNA: t. Saumauksen aikana, SF3A1 yhdessä U2 snRNP ja muut proteiinit, rekrytoidaan 3’silmukoinnin sivusto tuottaa liittämiseen Kompleksin kirjaamisen jälkeen 3’silmukoinnin sivustolla [30] .Siksi

SF3A1

on kriittinen silmukointiyksikkövälitteiseen kokoonpanoon ja normaali silmukointitapahtumilla.

SF3A1

sijaitsee 22q12.2, jossa on raportoitu liittyvän alttiuteen sairastua keuhkosyöpään [31], rintasyöpä [32] ja tulehduksellinen suolistosairaus [33], jonka genomin laajuinen yhdistys tutkimukset. Useat tutkimukset ovat raportoineet yhdistysten välillä mutaatiot

SF3A1

ja muita sairauksia. Yoshida et al [30] ovat äskettäin löydetty alhaisemmat mutaatiostatuksesta hinnat

SF3A1

että suurin osa potilaista myelodysplastista oireyhtymää (MDS). Lisäksi, kuratoitu tietoja Luettelon Somaattiset mutaatiot Cancer (KOSMINEN) tietokannasta paljasti, että mutaatiot koodaus-alue

SF3A1

liittyi useita syöpiä, mukaan lukien ruokatorven adenokarsinooma, myxoid liposarkooma, nivelkalvon sarkoomat, osteosarcomas, kohdun limakalvon kasvaimia, keuhkosyöpä, rintasyöpä, munasarjasyövän, mahasyövän ja glioblastooma. Yhdessä nämä havainnot ehdotti välinen yhteys

SF3A1

ja syövän riskiä, ​​ja korosti tarvetta lisää tutkimuksia varten yhdistys

SF3A1

polymorfismien ja CRC riskiä.

Kun otetaan huomioon tavallista poikkeavan vaihtoehtoisen silmukoinnin CRC ja roolia

SF3A1

vuonna vaihtoehtoisen silmukoinnin, me arveltu polymorfismien on

SF3A1

voi myös edistää alttiutta CRC. Tässä tutkimuksessa, toteutimme sairaalan johdolla tapauskontrollitutkimuksessa kiinalaisessa väestöstä tutkia yhdistyksen välillä polymorfismit

SF3A1

ja CRC riskiä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Tällä rekrytointi, kirjallinen suostumus saatiin kuhunkin aiheeseen. Henkilötiedot seksistä, syntymävuosi, tupakointi ja juominen tottumukset kaikkien osallistujien kerättiin myös haastatteluilla. Samaan aikaan 5 ml perifeerisen veren näytettä kustakin koehenkilöstä otettiin talteen ja varastoidaan -80 ° C: ssa jääkaapissa ennen DNA: n uuttaminen. Tutkimus hyväksyi eettinen komitea Tongji sairaalan Huazhong tiede ja teknologia.

Tutkittavat

yhteensä 801 CRC tapauksissa ja 817 syöpää vapaa valvonta tutkittiin tässä tutkimuksessa, joista kaikki eivät liittyneet etnisten Han kiinalaisia ​​asuvat Wuhan alueella. Potilailla, jotka oli histopatologisesti vahvistettu ensisijainen kolorektaalisyöpä otettiin vuodesta Tongji Hospital vuosien 2009 ja 2013, ja ei ollut saanut sädehoitoa tai kemoterapiaa ennen verinäytteiden keräys, josta osa oli kuvattu aiemmissa tutkimuksissa [34-36]. Cancer-free valvonta valittiin lääkärintarkastus osallistujille samassa sairaalassa ja samana aikana ilman historian syöpä tai vakavasti krooninen sairaus. Ohjaus koehenkilöiden taajuus sovitetaan CRC potilaiden iän (± 5 vuotta) ja sukupuoli.

tunnistaminen ehdokas SNP

Ehdokas SNP tunnistettiin perustuen bioinformatiikan analyysi ja siihen liittyvät havainnot. Seulontamenetelmä kuvataan seuraavasti. Ensin panos geeni ”

SF3A1

” osaksi web-pohjainen bioinformatiikan työkalu ”SNPinfo-SNP Function Prediction” (https://snpinfo.niehs.nih.gov/snpinfo/snpfunc.htm) kanssa alleeli taajuus rajoitettu ”CHB” ja ”Aasian” populaatiot. Työkalu integroi GWAS ja kandidaattigeenifragmenttikloonien tiedot ennustaa toiminnallisia ominaisuuksia sekä ei-koodaus ja koodaus SNP, kuten transkriptio-tekijä-sitoutumiskohta (TFBS), microRNA-sitoutumiskohta, silmukointikohtaemäsasemasta, sääntelyn potentiaalisia pisteet, Polyphen ja niin edelleen. Tämän seurauksena 32 SNP kanssa MAF CHB tai Aasian 5% haettiin, joista vain rs10376 ja rs5753073 ennustettiin paikantaa sitoutumiskohdat mikroRNA kanssa Miranda pistemäärät kahden alleelin erosivat ≥ 16. Sitten toinen bioinformatiikan työkalu ”miRNA SNP v2.0” (http: //bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP2/) annettiin ennustaa toiminta rs2839998 koska sen epäselvä tulos ”SNPinfo-SNP Function Prediction”. Kuten odotettua, SNP on myös ennustettu olevan microRNA-sitoutumiskohdan. Lisäksi SNP on rs2074733 paljastui liittyvän suurentunut riski haimasyövän edellisessä tutkimuksessa. Siksi neljä SNP (rs10376, rs5753073, rs2839998 ja rs2074733) valittiin lopulta Tutkimuksessamme.

DNA eristys ja genotyypityksen

5 ml ääreisverinäytteestä kustakin tapauksesta ja valvonnan kohteena käytettiin eristämään genominen DNA käyttäen RelaxGene Veren System DP319-02 (Tiangen, Peking, Kiina) mukaan valmistajan ohjeiden. 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA) käytettiin määrittämään genotyyppejä rs2074733, rs10376, rs2839998 ja rs5753073 käyttäen TaqMan SNP-genotyypin määritys. (Applied Biosystems, Foster City, CA). Monistaminen tehtiin seuraavissa olosuhteissa: 95 ° C; 10 min, mitä seurasi 45 syklin 94 ° C: ssa 30 s ja 62 ° C 1 min. Aineisto analysoitiin Allelic Discrimination Program (Applied Biosystems). Lisäksi olemme satunnaisesti valittu 5% näytteistä ja genotyyppi kaksi kertaa laadunvalvonta konkordanssin oli 100%.

Tilastollinen

arvioimiseksi eroja jakelu sukupuolen, iän, tupakoinnin, juominen tilan ja genotyyppien välinen asia ja kontrolliryhmää, Pearson χ

2 testi ja

t

testiä käytettiin tarvittaessa. Hardy-Weinberg tasapainon genotyyppejä testattiin valvontaa hyvyyttä-of-fit χ

2-testi. Liitot välinen rs2074733, rs10376, rs2839998 ja rs5753073 ja CRC riski arvioitiin OR ja sen 95%: n luottamusväli (95% CI) käyttäen ehdoton regressioanalyysimme säätää iän, sukupuolen, Tupakointi ja alkoholin käyttö. SPSS 12.0 ohjelmistoa käytetään suorittamaan kaksipuolinen tilastolliset analyysit ja

P

0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

Ominaisuudet tutkimuspopulaation

Tässä tutkimuksessa, olemme rekrytoineet 801 CRC potilaita ja 817 syöpää vapaa terveillä henkilöillä, joiden ominaisuudet on esitetty taulukossa 1. potilaiden keski-ikä ja valvonta oli 58,18 vuotta (± 11,68) ja 57,51 vuotta (± 11,44), vastaavasti. Niistä tapauksista 58,4% oli miehiä verrattuna 58,0% kontrollien joukossa. Lisäksi 35,3% tapauksista oli tupakoitsijoita ja 31,6% tapauksissa juomatavat. Ei ollut merkittäviä eroja jakelussa iästä (

P

= 0,244), sukupuoli (

P

= 0,867), Tupakointi (

P

= 0,122) ja alkoholi käytä (

P

= 0,453) välillä tapaus ja kontrolliryhmiin.

Association analyysi

genotyyppi jakaumat

SF3A1

polymorfismit CRC potilaiden ja verrokkiyksilöiden on esitetty taulukossa 2. genotyypit rs5753073, rs2839998, rs10376 ja rs2074733 valvontaan sopeutui Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) kanssa

P

arvot 0,802, 0,734, 0,668 ja 0,208, vastaavasti. Logistinen regressioanalyysi ei osoittanut merkittäviä assosiaatioita heterozygoottiset ja homozygoottisia muunnelmia kaikkien näiden 4 SNP ja CRC riskin jälkeen säätää iän, sukupuolen, Tupakointi ja alkoholin käyttö. Esimerkiksi yksilöiden rs5753073 GG tai GA-genotyyppi, oli yhtä CRC riski verrattuna niihin, joilla AA genotyyppi (OR = 0,73, 95% CI: +0,37-+1,44 ja OR = 0,86, 95% CI: 0,68-1,08). Samoin ei ollut eroja genotyyppi jakaumat rs2839998, rs10376 ja rs2074733 tapausten ja kontrollien välillä.

Seuraava ositettu Tutkimuksemme aiheita tutkia suhdetta

SF3A1

polymorfismien kanssa tupakoinnin ja alkoholin käytön tila. Emme kuitenkaan vielä havaittu mitään merkitseviä näiden SNP ja CRC riski tupakointi ja alkoholin käyttö alaryhmiin (

P

0,05) (taulukot 3 ja 4).

keskustelu

Tässä tutkimuksessa olemme arveltu, että polymorfismit

SF3A1

voisi edistää geneettinen alttius CRC. Koska Silmukointi järjestelmä on välttämätön toiminnallisen monimuotoisuuden proteiinin ja geenin valvonnan eukaryoottiorganismeja, häiriöstä näiden koneiden, mukaan lukien mutaatiot sydämen geenien, voi aiheuttaa erilaisia ​​sairauksia ja syöpiä [37,38]. Jäsenenä silmukoinnin monimutkaisia,

SF3A1

on liitetty erilaisia ​​syöpiä. Meillä on siis ehdotti, että polymorfismit voivat vaikuttaa

SF3A1

lauseke, niin tuloksena poikkeavaan vaihtoehtoisen silmukoinnin tapahtumia CRC.

neljä ehdokasta polymorfismien valita perustuen bioinformatiikan analyysiin ja aiempia havaintoja sijaitsevat ei- koodaavat alueet

SF3A1

. Yli 1200 GWAS tutkimuksissa on havaittu lähes 6500 alttiuslokukset [39], ja se on merkille pantavaa, että 93% jotka sijaitsevat ei-koodaavat alueet [5]. Jotkut SNP sijaitsee sääntely ei-koodaavat alueet voivat vaikuttaa geenin ilmentymisen ja ovat tärkeimpien komponenttien monimutkainen sairaus alttius [40]. Niistä neljä polymorfismien, rs10736, rs5753073 ja rs2839998 sijaitsevat 3’untranslated alueella (UTR), jossa microRNA sitoo ja säätelee mRNA: n ilmentymisen. Nämä siteet voivat vaikuttaa SNP että asuvat microRNA kohdesivusto, joka voi joko poistamaan nykyisiä sitoutumiskohtia tai luo laittoman sitoutumiskohtia, joilla on erilainen vaikutus geenien ilmentymisen ja edustaa toisentyyppistä geneettisen vaihtelun jotka voivat vaikuttaa riskiä tiettyjen ihmisen sairaudet [41]. Kertyviä todisteita ovat osoittaneet, että polymorfismit sisällä mikro-RNA-sitoutumiskohtia liittyvät rintasyövän [42], virtsarakon syöpä [43] ja peräsuolen syövän [44]. Lisäksi microRNA kohdesivustot, valtaosa CRC SNP paljastui GWAS päällekkäin ainakin yhden tehostajana paksusuolen crypt, joista osa liittyi merkittävästi matalataajuisen menetti variantti tehostajana loci (Vels) [45] ja liittyy muuttunut ilmentymistaso niiden kohdegeenien. Näin ollen edellä tutkijat ehdottivat oletetun roolit meidän ei-koodaavan SNP CRC karsinogeneesissä.

tutkimiseksi roolit

SF3A1

polymorfismit vaikuttavat alttiuteen CRC teimme yhdistys analyysi rs5753073, rs2839998, rs10376 ja rs2074733 vuonna 801 tapausta ja 817 syöpää vapaa valvonnan kiinalaisessa väestöstä. Kuitenkin, kaikki nämä SNP: iden eivät ole liittyvän CRC riski. Kun kerrostunut analyysit tehtiin joita tupakointi ja alkoholin käyttö tilan, emme vieläkään saatu tilastollisesti merkitseviä tuloksia. Olemme ehdottaneet, että rajallinen otoksen koko saattaa olla riittämätön tähän yhdistys tutkimuksessa, siis enemmän tapausten ja kontrollien tarvitaan tulevaisuudessa.

Joitakin rajoituksia oli olemassa myös nykyisessä tutkimuksessa. Ensinnäkin, kuten sairaalassa perustuva tapauskontrollitutkimuksessa, valinta bias ei ehkä välttää. Siksi suurempia mahdollisille tutkimukset osallistui vahvistamiseksi tuloksemme. Toiseksi, CRC on heterogeeninen sairaus, jossa ympäristötekijät on tärkeä rooli. Siksi enemmän muita riskitekijöitä olisi katsottava edelleen valaista etiologiaa CRC.

Yhteenvetona ensin tutkineet yhdistysten välillä polymorfismit

SF3A1

ja CRC riski. Tutkimuksemme osoitti, että rs5753073, rs2839998, rs10376 ja rs2074733 ei antanut vaaraan CRC perustuu nykyiseen sairaalan perustuva tutkimus. Varmasti suuremmat väestöpohjainen tutkimukset kokonaisvaltaista suunnittelua tarvitaan edelleen selkeyttää roolia polymorfismit

SF3A1

etiologiassa CRC.

Kiitokset

Olemme kiitollisia kaikki potilaat ja terveillä vapaaehtoisilla sitouduttaessa osallistua tutkimukseen, sekä kaikki ihmiset, jotka auttoivat meitä läpäistyään tutkimusta.