Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Äskettäinen raportti on osoittanut, että fylogeneettiseen alkuperä

Helicobacter pylori

perustuu monen lokuksen sekvenssi tyypitys (MLST) oli merkitsevästi liittyvä vakavuus gastriitti Kolumbiassa. Kuitenkin mahdollinen suhde phylogenetic alkuperä ja kliinisiin tuloksiin ei ole tutkittu, että tutkimuksessa. Jos fylogeneettiseen alkuperän sijasta virulenssitekijät oli todella liittynyt kliinisiä tuloksia, tunnistaa populaatio on suuri riski mahasyövän Kolumbiassa olisi suhteellisen yksinkertaista. Tässä tutkimuksessa selvitimme fylogeneettiseen alkuperää kannat mahasyövän ja pohjukaissuolihaava potilaat elävät Bogota, Kolumbia.

Methods

sisältyvät 35 mahasyöpäpotilaista ja 31 pohjukaissuolihaava potilaita, jotka pidetään variantti tuloksia. Genotyyppejä

CagA

ja

VacA

määritettiin polymeraasiketjureaktiolla. Sukututkimusta Näiden Kolumbian kannoista analysoitiin MLST. Bakteerien väestörakenne analysoitiin Structure.

Tulokset

H. pylori

kannat mahasyövän ja pohjukaissuolihaava potilasta hajallaan fylogeneettiseen puuhun; Näin emme havaitse mitään eroa fylogeneettisiin jakautuminen mahasyövän ja pohjukaissuolihaava jännitykset hpEurope ryhmässä Kolumbia. Kuusikymmentä kuusi kantoja, yhtä poikkeusta lukuun ottamatta, luokiteltiin hpEurope riippumatta

Caga

ja

Vaca

genotyyppiä, ja sairauden tyyppi. RAKENNE analyysi paljasti, että Kolumbian hpEurope kannoilla on fylogeneettistä yhteys Espanjan kantoja.

Johtopäätökset

tutkimus osoitti, että phylogeographic alkuperä määräytyy MLST oli riittämätön erottamiseksi mahasyövän ja pohjukaissuolihaava riski keskuudessa hpEurope kantoja Andien alueella Kolumbiassa. Analyysimme viittaa myös siihen, että hpEurope kannat Kolumbiassa olivat lähinnä käyttöön espanjalaisen maahanmuuttajien.

Citation: Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014)

Helicobacter pylori myynnissä maassa mahasyövän ja pohjukaissuolihaava Näytä Sama Phylogeographic Alkuperä Andien alueella Kolumbiassa. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10,1371 /journal.pone.0105392

Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japani

vastaanotettu: 07 maaliskuu 2014; Hyväksytty: 23 heinäkuu 2014; Julkaistu: 14 elokuu 2014

Copyright: © 2014 Shiota et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Nukleotidisekvenssiaineisto ilmoitetaan tässä löytyvät alla DDBJ hakunumeroilla AB923031 ja AB923492.

Rahoitus: Tämä raportti perustuu työhön tukee osittain avustuksia National Institutes of Health (DK62813) (YY), ja avustukset in-tuki Scientific Research opetus-, kulttuuri-, urheilu-, tiede ja teknologia (MEXT) Japanin (22390085, 22659087, 24406015 ja 24659200) (YY), (23790798) (SS) ja Special koordinointi rahastojen edistäminen Science and Technology päässä Japanista Science and Technology Agency (JST). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Helicobacter pylori

on kierre gram-negatiivinen bakteeri, joka tartuttaa yli puolet maailman väestöstä [1]. Välittymismekanismi

H. pylori

ei ole täysin selvitetty, mutta ihmisen-to-ihmisen leviämistä kautta oral-oral tai fecal-suullinen reiteillä arvellaan olevan todennäköisin [2].

H. pylori

infektio on nyt hyväksytty liittyvän vaikean gastriitti liittyviä sairauksia, kuten mahahaava ja mahalaukun syövän (GC) [1]. Infektio pysyy piilevänä useimmilla tartunnan saaneille potilaille, ja vain vähemmistö yksilöiden

H. pylori

infektio koskaan sairastuminen [3]. Uemura et ai. kertoi, että GC kehittyi noin 3%

H. pylori

infektoiduista potilaista aikana havaintoihin 10 vuoden ajan, verrattuna yksikään infektoitumattom.iin potilaista [4]. Lisäksi isäntä, ympäristö-, ja ravinnon tekijät, erot virulenssi

H. pylori

kannat liittyvät vaihtelevia tuloksia

H. pylori

infektio. Virulenssitekijöistä

H. pylori

, kuten

Caga, Vaca, După, ICEA, oipA,

ja

Baba

, on osoitettu olevan ennustavia vakavia kliinisiä tuloksia [5], [6]. Tärkeää on, useimmat näistä virulenssitekijöiden liittyvät toisiinsa;

Caga

positiivisia kantoja myös oltava

vaca

s1 /m1 tyyppi ja ne ovat edelleen tiiviisti sidoksissa läsnäolo

Baba

ja

oipA

”päällä” tila [5].

geneettistä monimuotoisuutta

H. pylori

on suurempi kuin useimpien muiden bakteerien [7], ja noin 50 kertaa suurempi kuin ihmisen väestöstä [8]. Lisäksi usein rekombinaatio eri

H. pylori

kannat [9] johtaa vain osittaiseen kytkentäepätasapaino- välillä Monimuotoinen lokusten, joka tarjoaa enemmän tietoa väestön geneettistä analyysiä [10]. Äskettäin genomista monimuotoisuudesta

H. pylori

populaatiot tutkittiin monen lokuksen sekvenssi tyypitys (MLST) menetelmää käyttäen seitsemän siivous geenejä (

ATPA, EFP, mutY, PPA, trpC, UREI,

ja

yphC

) [10] – [12]. Tällä hetkellä seitsemän väestö tyyppejä on tunnistettu perustuu maantieteelliseen yhdistysten ja nimettiin seuraavasti: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica, ja hpSahul [10] – [12]. hpEastAsia on yleinen

H. pylori

isolaatteja Itä-Aasiassa, ja voidaan jakaa kolmeen alaryhmään hspEAsia, hspAmerind, ja hspMaori. hpEurope sisältää lähes kaikki

H. pylori

eristettyjen kantojen etninen eurooppalaisiin, mukaan lukien ihmisiä maista asuttaneet eurooppalaiset.

H. pylori

ennustetaan levinneen Itä-Afrikan samana ajanjaksona kuin anatomisesti modernin ihmisen (~58,000 vuotta sitten), ja on pysynyt läheisesti liittyvät niiden ihmisisäntiin lähtien [5], [11], [12] .

ikävakioitu ilmaantuvuus (ASR) GC Kolumbiassa on raportoitu olevan suhteellisen korkea (13,4 /100,000 väestö) verrattuna muihin Etelä-Amerikan maihin (keskimäärin ASR = 10,3 /100000 väestöstä) (International Agency for syöpätutkimuksen, GLOBOCAN2012, https://globocan.iarc.fr/). Erityisesti GC on yleisempää Kolumbian vuoristoalueella kuin rannikolla [13], [14]. de Sablet et ai. suoritetaan MLST määrittää phylogeographic vaihtelu vuori ja rannikkoalueiden [15]. Kiinnostavaa kyllä, he huomasivat, että kaikki

Caga

positiivisten kannat GC korkean riskin alueita kuului hpEurope, kun taas hpEurope ja hpAfrica1 rinnakkain GC matalan riskin alueilla [15]. Lisäksi tartunnan saaneilla hpEurope kantoja

H. pylori

osoitti korkeampia histopatologiset tulokset kuin tartunnan hpAfrica1 kantoja. Nämä havainnot viittaavat siihen, että phylogeographic alkuperä määritetään MLST voidaan käyttää ennustaja GC riskin.

Nämä tutkimukset eivät tutkia fylogeneettiseen alkuperän mukaan hoitotuloksia, ja näin on edelleen epäselvää fylogeneettiseen alkuperä on todella liittyy kliinisiä tuloksia Kolumbiassa. Tässä tutkimuksessa selvitimme fylogeneettiseen alkuperä

H. pylori

kannat GC ja pohjukaissuolihaava (DU) potilaat elävät Bogotassa, pääoman ja suurin kaupunki sijaitsee Andien alueella Kolumbiassa.

Materiaalit ja menetelmät

Potilaat

H. pylori

kannat saatiin mahalaukun limakalvo

H. pylori

infektoiduista Kolumbian potilaalla on GC ja DU joille tehtiin tähystys Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Kolumbia. GC ja DU tunnistettiin tähystys, ja GC varmistettiin edelleen histopatologisella [16]. Potilailla, joilla on ollut osittainen mahalaukun resektio suljettiin pois. Kirjallinen suostumus saatiin kaikille osallistujille, ja protokolla hyväksyi eettinen komitea Universidad Nacional de Colombia.

eristäminen ja genotyypin määritystä

H. pylori

Antral koepalanäytteistä saatiin eristämiseen

H. pylori

käyttämällä tavanomaisia ​​viljelymenetelmiä, kuten aiemmin on kuvattu [17].

H. pylori

DNA uutettiin konfluentteja levyn viljelmiä laajentunut yksi pesäke käyttäen kaupallisesti saatavilla olevaa kittiä (QIAGEN, Valencia, CA). Tilan

CagA

määritettiin polymeraasiketjureaktiolla (PCR) ja konservoitunut alue

CagA

ja suoralla sekvensoinnilla käyttäen alukeparia cagTF; 5′-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 ’ja cagTR; 5’-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 ’(Y = C tai T) on suunniteltu 3’-toistoalueen

CagA

, kuten aiemmin on kuvattu [18]. PCR-olosuhteet olivat alkudenaturaation 5 minuutin ajan 95 ° C: ssa, 35 monistusvaiheiden (95 ° C: ssa 30 s, 56 ° C: ssa 30 s, ja 72 ° C: ssa 30 s), ja lopullinen laajennus sykli 7 min 72 ° C, käyttäen Blend Taq DNA-polymeraasia (TOYOBO, Osaka, Japani). Koska

CagA

varmistettiin läsnäolo

CagA

tyhjää kohtaa, kuten aiemmin on kuvattu [19]. PCR-tuotteet puhdistettiin QIAquick Purification Kit (QIAGEN) mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. Monistettu fragmentti havaittiin elektroforeesilla 1,5% agaroosigeelissä, joka myöhemmin värjättiin etidiumbromidilla ja visualisoitiin käyttäen UV-trans-valaisin.

VacA

genotyypin (s1, s2, m1 ja m2) suoritettiin kuten aiemmin on kuvattu [20], [21]. Alukkeet signaalin aluetta tuotti 259 emäsparin ja 286 emäsparin fragmentti varten s1 ja s2 variantit, tässä järjestyksessä. Alukkeet keskialueelle tuotti 570 emäsparin ja 645 emäsparin fragmentti varten m1 ja m2 variantteja, vastaavasti.

Fylogeneettinen analyysi

H. pylori

kannat

MLST seitsemän housekeeping-geenejä (

ATPA, EFP, mutY, PPA, trpC, UREI, yphC

) määritettiin PCR-pohjainen sekvensointi, kuten on kuvattu aiemmin [7 ], [22]. Suora DNA-sekvensointi suoritettiin käyttäen AB 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA) valmistajan ohjeiden mukaisesti. Rakentamiseen fylogeneettiseen puun perustuva MLST genotyyppejä, sekvenssi aineistoja on 7 taloudenhoito geenit hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, ja hspEAsia kannat (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18, ja 177 kannoista, vastaavasti, 1209 kannat yhteensä) saatiin PubMLST tietokannasta (https://pubmlst.org/). Nämä sekvenssi aineistot yhdistettiin tietomme 66 Kolumbian kannoista. Naapuri tuloaan puut konstruoitiin MEGA 5,0 käyttäen Kimura-2 parametrit [23].

Väestörakenne analyysi

H. pylori

kannat

Analysoimme bakteerikantojen aluejaon rakenne (v.2.3.2) ohjelmisto [24]. Markovin ketju Monte Carlo (MCMC) simulaatioita RAKENNE ajettiin sekoittumisen malli burn-in 20000, jonka jälkeen 30000 toistojen kussakin ajossa. Määrä alustava populaatiot (K) asetettiin 7-10 ja 5 ajot suoritetaan kutakin K.

Nukleotidisekvenssi

nukleotidisekvenssiaineisto ilmoitetaan tässä löytyvät alla DDBJ liittymistä numerot AB923031 ja AB923492.

tulokset

sisältyvät 35 GC potilasta ja 31 DU potilaita. Kannat eristettiin GC potilaista 24

Caga

positiivisten ja 11

Caga

-negatiivinen. Kaksikymmentä yhdeksän oli

vaca

s1m1 genotyypin ja 6 olivat

vaca

s2m2 genotyyppi. Kaikki 24

Caga

positiivisten GC kannoista osoitti

vaca

s1m1 genotyyppi. 31 kannat DU potilaista, 22 kannat

Caga

positiivisten ja loput 9 oli

Caga

-negatiivinen.

vaca

s1m1 genotyypin löytyi 16 kantoja,

vaca

s1m2 5 kantoja, ja

vaca

s2m2 10 kantoja. Niistä 22

Caga

positiivisten kannat DU potilaista, 14 kantoja hallussaan

vaca

s1m1 genotyyppi. Viisi kannat olivat s1m2 ja loput 3 kannat olivat s2m2.

väestö tyypit 35 eristettyjen kantojen potilaalla on GC ja 31 välillä DU analysoitiin MLST. Fylogeneettiseen puu 66 Kolumbian kantojen perusteella MLST sekvenssit ja tyypit taudin esitetty kuvassa 1. GC ja DU kantoja hajallaan MLST puuhun; Näin, emme löytäneet mitään eroa fylogeneettisiin jakautuminen GC ja DU kantoja. Kuvio 2A esittää

Caga

tilan rasituksia MLST puuhun. Kannat

Caga

positiivisten ja

Caga

-negatiivinen ei voitu jakaa selvästi, vaikka

Caga

-negatiivinen kannat suhteellisen ryhmittyneet samalla alalla. Kuvassa 2b

vaca

tyyppisiä kantojen samalla MLST puu. Kuusitoista

vaca

s2m2 kannat ryhmittyneet sub-haara yhdessä kahden s1m2 ja kuusi s1m1 kantoja. Loput kolme

vaca

s1m2 kantoja sijaitsee keskuudessa 39

vaca

s1m1 kantoja.

Sequence aineistoja on 7 taloudenhoito geenit 66 Kolumbian kantoja oli käytetty puu . Punaiset ympyrät edustavat mahasyövän ja sininen ympyrä edustaa pohjukaissuolihaava kantoja. Naapuri tuloaan puut rakennettiin MEGA 5.0 käyttäen Kimura-2 parametrit.

Seuraavaksi rakensimme fylogeneettistä puu perustuva MLST sarjoissa 66 Kolumbian kantoja ja 1209 viitaten kantoja hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, ja hspEAsia, talletetaan pubMLST tietokantaan (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18, ja 177 kannoista, vastaavasti) (kuvio 3). Niistä 66 Kolumbian kantoja, vain yksi

Caga

positiivisten kanta sijaitsi keskuudessa Saharan oksat hpAfrica1. Loput 65 kannat olivat hajallaan hpEurope alahaaroissa riippumatta tyyppisiä tauti. Siten ei havaittu yhteyttä välillä haaroittumista fylogeneettiseen puun ja kliinisiä tuloksia.

MLST järjestyksessä aineistoja on 1209 kantoja saatiin PubMLST tietokannasta (60 kantoja hpAfrica2, 181 hpAfrica1, 61 hpNEAfrica, 566 hpEurope, 49 hpSahul, 17 hpAsia2, 80 hspMaori, 18 hspAmerind, ja 177 hspEAsia). 66 Kolumbian kantoja, jotka sekvensoitiin on merkitty punaisella tai sininen ympyrä mukaan sairauksiin.

tutkimiseksi väestörakenne Kolumbian kannoista, suoritimme väestö analyysin avulla Structure [24]. Tätä analyysiä varten käytettiin samaa 1257-kantoja (1209 viite kantoja ja 66 Kolumbian kannat), joita käytettiin MLST fylogeneettinen analyysi. RAKENNE ohjelmisto toimii MCMC simulointi luokitella yksilöiden tietyn määrän populaatiot (K). Tietyn K, rakenne määrittää K väestön osat ja edustaa heitä K värit käyttämällä yhtä väriä edustaa yhtä väestöä komponentti. Teimme RAKENNE analyysin määrittämällä K 7-10 ja suoritetaan simulaatioita viisi kertaa kullekin K. Kuviossa 4 esitetään tulokset K = 9 ja 10, joiden posterior todennäköisyys on paras viiden kulkee (todennäköisin tulokset). Jokainen pystysuora rivi pylväskaaviot edustaa yhden kannan ja värit linja osoittaa väestön johon rasitusta voi kuulua. Pituudet värien linjaan ovat verrannollisia todennäköisyys, että kanta kuuluu kunkin populaation. Koska hpEurope ryhmä on mahdollisesti lisätty useita alkuperää, tämä ryhmä näyttää monimutkainen värejä.

tulokset väestöstä analyysin rakenne (A), jossa K, tai alustava määrä väestöstä, asetettiin 7, (B) K = 10, (C) suurennettu kaavio Kolumbian kantoja. Jokainen pystysuora palkki edustaa yhtä näytettä. Värit osoittavat väestön osia ja pituudet värejä pystypalkki ovat verrannollisia todennäköisyys, että näyte kuuluu väestön väri. Järjestys näytteiden on sama kaikissa pylväskaaviot. Tähdet paneelissa B edustaa Kolumbian kantoja ja hpEurope kantoja, joilla on sama väestöstä komponenttia.

Caga

tyypit ja sairauksien Kolumbian kantojen esitetty merkeillä alapuolella pylväsdiagrammi (C).

tulos K = 7, Kolumbian kannat osoittivat yhteinen värit hpEurope kantoja (kuvio 4A). Kun K asetettiin 10, Kolumbian ja useat hpEurope kannat esitetään eri värillä kuin muut, joka edustaa populaatio komponentti nimenomaan nämä kannat (vaaleanvihreä palkit merkitty tähdillä kuviossa 4B). Tämä tarkoittaa, että nämä kannat ovat perus samankaltaisuus eurooppalaisten kantojen, mutta muista erottuvien jos tutkittu yksityiskohtaisesti. Kuvio 4C on suurennos Kolumbian kannoista. Tangot linjattu vasemmalta oikealle alenevassa järjestyksessä vaaleanvihreä komponentti.

Caga

tyypit ja sairauksia on esitetty merkeillä alapuolella pylväsdiagrammi. Koska tämä luku osoittaa,

Caga

-negatiivinen kannat olivat usein oikeassa reunassa. Vaikka suurin osa Kolumbian kantojen oli erityinen komponentti ja /tai yhteinen väestö komponentti hpEurope, yhden kannan osoitti korkeampia samankaltaisuutta hpAfrica1 (kuvio 4C, baarissa merkitty kolmiolla). Tämä kanta vastaa se, joka kuuluu hpAfrica1 Saharan sivuliikkeen MLST fylogeneettisen puun (kuva 3).

saadut tiedot PubMLST, keräsimme 63 hpEurope kannat, jotka sisälsivät vaaleanvihreä väestön komponentti 10% tai suurempi ja haki näytteenottopaikassa. Kaksikymmentä viisi kantaa eristettiin Kolumbia, vaikka ne luokiteltiin hpEurope, 19 oli Espanjasta, 4 olivat Venezuelasta, ja toiset ovat eri maista (taulukko S1).

Keskustelu

Host , ympäristö-, ja ravinnon tekijät, ja erot

H. pylori

kannat liittyvät vaihtelevia tuloksia

H. pylori

infektio. Yleisesti, jakelu ilmaantuvuus GC liittyy läheisesti näiden

H. pylori

ryhmät määritellään väestön perustuva analyysi MLST [25]. Yleisyydestä GC todettiin alueilla, joilla hpEastAsia kannat ovat ensisijaisia ​​(erityisesti hspEAsia). Kuitenkin esiintyvyys GC on hyvin pieni Afrikassa, jossa useimmat kannat ovat hpNEAfrica, hpAfrica1 tai hpAfrica2, ja Etelä-Aasiassa, missä suurin osa kannat ovat hpAsia2. Kaiken kaikkiaan alhainen esiintyvyys mahasyövän Afrikkalainen ja Etelä-Aasian maissa saattavat selittyä ainakin osittain eri genotyyppejä

H. pylori

kiertävä eri maantieteellisillä alueilla. Kiehtovan, äskettäin raportin

Caga

positiivisia kantoja Kolumbiassa osoittivat, että kaikki kannat korkean riskin alueille GC kuuluvat hpEurope, kun taas hpEurope ja hpAfrica1 kantoja rinnakkain matalan riskin alueilla [15]. Lisäksi tartunnan saaneilla hpEurope kantoja

H. pylori

osoitti korkeampia histopatologiset tulokset kuin tartunnan hpAfrica1 kantoja. Tekijät päättelivät, että ero bakteeripopulaatioita voidaan käyttää ennustaja GC riskin.

Tässä tutkimuksessa olemme mukana

H. pylori

eristettyjen kantojen Kolumbian potilaalla on GC ja DU muttei gastriitti. Potilaat, joilla vain gastriitti aikaan tähystys voi kehittyä DU ja GC myöhemmin elämässä; Kääntäen, DU potilaat harvoin kehittää GC elinaikanaan [4], [26]. Näin ollen vaikka

H. pylori

infektio kehitystä edistävä sekä GC DU, GC ja DU pidetään variantti tuloksia. Tässä tutkimuksessa emme löytäneet mitään eroa fylogeneettisiin ryhmissä välillä GC ja DU kantoja. Meidän Kolumbian kantojen havaittiin kuuluvan hpEurope, lukuun ottamatta yhtä hpAfrica1 rasitusta. Vaikka Kolumbian kannat jaettiin pieniin osiin oksat phylogenetic puu ei ollut korrelaatiota oksat ja sairaudet (kuviot 1 ja 3). Siksi topologian MLST puu ei toimi merkkiaineena arvioida GC ja DU riski hpEurope kantoja Kolumbiassa. Itse asiassa, jopa tutkimuksessa de Sablet et ai., Kaikki

CagA

-negatiivinen kantojen katsotaan myös kuuluvan hpEurope [15]. Kirjoittajat totesi, että tartunnan saaneilla

Caga

-negatiivinen kannat olivat hyvin alhaiset histopatologinen tulokset; siksi, hpEurope rasittaa ilman läsnäoloa

Caga

voi olla vähemmän virulenttia. Lisäksi olemme aiemmin raportoitu, että kannat, joissa on enemmän kuin kolme toista alueilla 3 ’alueella

Caga

liittyi merkittävästi korkeammat pistemäärät mahalaukun limakalvon surkastumista ja suoliston metaplasiaa kuin ne, joilla on vähemmän toista alueisiin Kolumbiassa [20 ]. Esiintyvyys kantojen yli kolme Toistoalueet oli suurempi GC kuin DU [20]. Siten

Caga

sijasta tyypin phylogeographic alkuperää voi olla parempi ennustaja GC hpEurope kantoja [27].

aiemmin havaittu, että vaikka OipA ja

CAG

PAI ovat sidoksissa vain OipA oli itsenäinen riskitekijä DU [28]. OipA in

Caga

positiivisten kannat saattavat myötävaikuttaa phylogeographic vaihtelu määräytyy MLST analyysi. Lisäksi kerroimme, että

jhp0045

ja

jhp0046

liittyi merkittävästi GC

Caga

positiivisia kantoja Kolumbiassa [29]. Lisäksi kerroimme, että tartuntojen

Dupa

positiivisten kantojen lisääntynyt riski DU mutta olivat suojaavan GC Kolumbiassa [30]. Siksi tila muiden virulenssiin tekijät saattavat korreloida fylogeneettiseen puu saadaan suorittamalla MLST [5]. Väliset suhteet fylogenia taloudenhoito geenien ja

CAG

PAI phylogeny on raportoitu [31]. Fylogenia Useimpien

CAG

PAI geenit oli samanlainen kuin MLST, mikä osoittaa, että

CAG

PAI oli todennäköisesti hankittu vain kerran

H. pylori

, ja sen geneettinen monimuotoisuus heijastaa eristämistä etäisyyden, joka on muotoiltu tämän bakteerilajien sillä nykyihminen siirtyneet pois Afrikasta [31]. Esillä olevassa tutkimuksessa, fylogeneettiseen puu perustuu MLST ei korreloi tyyppiä

Caga

tai

Vaca

, vaikka kantojen

Caga

-negatiivinen tai

vaca

s2m2 genotyypit suhteellisen klusteroituja. Vain yksi kanta kuului hpAfrica1, ja tämä kanta hallussaan

Caga

, mikä viittaa siihen, että

Caga

ja

vaca

genotyypit ole määrääviä tekijöitä fylogeneettiseen alkuperän perustuu MLST Andien alue Kolumbiassa. Olemme kuitenkin aiemmin raportoitu, että

Caga

tyyppi liittyi fylogeneettiseen klusterin Okinawassa, Japanissa [22], [27]. Kannat Okinawasta jaettiin 3 alapopulaatioihin ja yksi sekoittumisen ryhmä vaikutteita Länsi kantoja. Phylogeographic rakenteeseen ja -alapopulaatioiksi liittyi merkittävästi kliinisiä tuloksia; kuitenkin ero phylogeographic topologian johtui tilan

Caga

(Itä-Aasian tyyppi, Länsi-tyyppinen

Caga

, ja

Caga

-negatiivinen) ja

vaca

(m1 tai m2) alapopulaatioiden. GC oli yleisempää klusterin sisältävät enimmäkseen Itä-Aasian-type

Caga

kantoja. Tulokset MLST osoittivat, että esiintyvyys GC kussakin ryhmässä eivät eronneet kun vain läntisten

Caga

kantoja tai

Caga

-negatiivinen kantoja käytettiin [27]. Siten phylogeographic alkuperä voivat toimia sekoittavia tekijä ennustettaessa virulenssitekijät mutta ei tautia tulos (esim in hspEAsia, useimmat ovat

Caga

-positiivinen,

vaca

s1 /m1 tyyppi,

Baba

positiivisia ja

oipA

”päällä” tila). Tuoreessa tutkimuksessa, paitsi

H. pylori

syntyperä vaan myös koevoluutio ihmisen ja

H. pylori

havaittiin olevan paras ennustaja syövän esiasteita [32]. Lisätutkimuksia tarvitaan vahvistaa suhdetta esi alkuperän

H. pylori

riippumatta virulenssitekijät ja kliinisiä tuloksia.

Tässä tutkimuksessa olemme sisältyi Mestizos potilasta lähinnä asuvat Bogota kaupunki, joka sijaitsee vuoristoalueella (2600 m merenpinnan yläpuolella). Tämä alue on yleensä asuu Mestizos, sekapopulaatioon jotka polveutuvat aboriginaalien amerikkalaiset (Amerindians) ja Euroopan kansojen peräisin Espanjan kolonialismin aikana [33]. Amerindians on oletettu on tartunnan perin kanssa hspAmerind kantoja, jotka kuuluvat alapopulaatio hpEastAsia [10]. Siksi, odotimme, että

H. pylori

eristettiin Mestizos olisi näyttää sekoitettu tyyppi hpEurope ja hspAmerind. Mielenkiintoista, lukuun ottamatta yhtä tapausta tutkimuksessamme infektoitiin hpEurope kantoja, sopusoinnussa aiemman tutkimuksen [15]. RAKENNE analyysi paljasti, että useita kantoja kanssa hpEurope osoitti mosaiikkikuvioon; kuitenkin, ne eivät seos hpEurope ja hspAmerind. Tämä havainto tukee oletusta, että hpEurope kannat omistavat kilpailuetu alkuperäiskansojen hspAmerind kantoja kuten aiemmin on kuvattu [34], [35]. Yllättäen edellisessä tutkimuksessa osoitettiin, että jopa 16 eristettyjen kantojen Huitoto, primitiivinen, eristetty ryhmä elävät Amazonin viidakoissa Kolumbiassa, 4 kannat infektoitiin hspAmerind, loput 12 olivat hpEurope kantoja [12]. Lisäksi olemme havainneet, että useat Amerindian kannat Kolumbiasta hallussaan Länsi-type

Caga

mutta ei Itä-Aasian-type

Caga

[36]. On edelleen epäselvää, miksi useimmat Amerindian

H. pylori

kannoilla on genotyyppejä tyypillisiä kantoja länsimaista jopa kohteissa, joissa Länsi vaikutus näyttää olleen vähäinen. hpEurope sijaan hspAmerind kantoja, voidaan helposti mukauttaa ympäristöolosuhteiden ja selektiivinen paineen vastaanottavan. Kaksi hypoteesien, yksi, joka perustuu kantaan kilpailuun ja toinen kanta kumoukselliseen muuntamalla ehdotettiin syiksi uppouma hspAmerind mukaan hpEurope [34]. Lisätutkimuksia on tarpeen määritellä mekanismi (t), joka vastaa

in vivo

menetykseen Amerindians kantoja, kun kilpailevia Old World kantoja. Kiinnostavaa kyllä, huomasimme, että useat Kolumbian kannat osoittivat tietyn väestön osan, ja kyseinen osa on jaettu paitsi muiden Etelä-Amerikan kantoja, mutta myös espanjalaisen kantojen talletetaan PubMLST. Kaupunki Bogota, perustettiin vuonna 1538, tuli yksi tärkeimmistä hallintokeskusten Espanjan hallintoalueiden New World (yhdessä Liman ja Mexico City) [33]. Analyysimme mukaan hpEurope kannat Kolumbian otettiin käyttöön lähinnä Espanjan maahanmuuttajia. Väestön tyypitys

H. pylori

on hyödyllinen työkalu kartoittamiseen ihmisen muuttovirtoja [37]; todellakin, meidän havainnoista saattaisi olla hyödyllistä valaista kuin modernin ihmisen Etelä-Amerikassa. Vaikka MLST analyysi perustuu seitsemään taloudenhoito geenejä viittaa siihen, että suurin osa Kolumbian kantojen korvattiin hpEurope kantoja, pyhäinjäännökset esi alkuperäisväestön kantojen voisi jäädä muualla genomin. Laajempi maailmanlaajuinen ja genomin laajuisia selvityksiä auttaa meitä edelleen ymmärtää evoluution ja väestörakenne

H. pylori

.

Yksi mahdollinen rajoitus Tutkimuksemme syytä huomata, että emme voineet saada riittävästi tietoa etnisen potilaista, joilta

H. pylori

Kannat eristettiin. Itse asiassa on ehdotettu, että isäntä syntyperä saattavat vaikuttaa kliinisiä tuloksia edellä kuvatulla [32]. Esimerkiksi tulehdusta aiheuttavien sytokiinien geenipolymorfismien (

IL-1

geeni klusterin,

TNF-α

,

IL-10

, ja

IL-8

) on raportoitu korreloivan GC [38] – [43]. Lisäksi suvussa GC on osoitettu edistää kliinisiin tuloksiin [44]. Lisäksi muita

H. pylori

virulenssitekijät, tämä tieto voi olla hyödyllinen erottamaan GC ja DU riski. Lisätutkimuksia tarvitaan selvittämään yhdistyksen välillä

H. pylori

genotyypit ja taudin tuloksia.

Johtopäätös

Tutkimus osoitti, että phylogeographic alkuperä mukaan MLST ei riittänyt erottamaan GC ja DU riski Andien alueella Kolumbiassa. Fylogeneettinen analyysi lukien virulenssitekijöistä

H. pylori

saattaa olla tarpeen tarkemmin määritellä kliinisiä tuloksia. Lisäksi meidän analyysi viittaa myös siihen, että hpEurope kannat Kolumbian otettiin käyttöön pääasiassa espanjalaisen maahanmuuttajien ja heidän genotyyppi ei vaikuttanut Amerindians.

tukeminen Information

Taulukko S1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0105392.s001

(DOCX) B

Kiitokset

Kiitos Ms. Miyuki Matsuda erinomaista teknistä tukea.