Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) in matriksimetalloproteinaasi 1 (MMP-1) on tärkeä merkitys joidenkin syöpien. Tutkimuksessa selvitettiin yhdistysten yksittäisten SNP tai haplotyyppien MMP-1 ja alttius, kliinis parametrit ja ennusteen mahasyövän suuri otos Han väestöstä Pohjois-Kiinassa.

Methods

Tällöin kontrolloidussa tutkimuksessa oli 404 potilasta, joilla mahalaukun syövän ja 404 tervettä verrokkia. Seitsemän SNP genotyypattiin käyttäen MALDI-TOF MS-laitteistoon. Sitten, SPSS ohjelmisto, Haploview 4,2 ohjelmisto, Haplo.states ohjelmistot ja THEsias ohjelmisto käytettiin arvioida yhdistyksen yksittäisten SNP tai haplotyyppien MMP-1 ja mahasyövän alttius, etenemisen ja ennusteen.

Tulokset

joukossa seitsemän SNP, ei ollut yksittäinen SNP korreloi mahalaukun syövän riskiä. Lisäksi ainoastaan ​​rs470206 genotyyppi oli korrelaatio histologisten, ja potilaille, joilla GA /AA oli hyvin solujen erilaistumista verrattuna potilailla, joilla on genotyyppi GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353-0,929; P = 0,023). Sitten rakensimme neljän markkerin haplotyyppi lohko, joka sisälsi 4 yhteinen haplotypes: TCCG, GCCG, TTCG ja TTTA. Kuitenkin kaikkia neljää yhteistä haplotypes ollut mitään korrelaatiota mahalaukun syövän riskiä ja emme löytäneet suhde näiden haplotypes ja kliinis parametrit mahasyövässä. Lisäksi kumpikaan yksittäinen SNP eikä haplotypes oli yhteydessä potilaiden selviytymiseen mahalaukun syöpä.

Johtopäätökset

Tässä tutkimuksessa arvioitiin polymorfismia MMP-1 -geenin mahasyövän kanssa MALDI-TOF MS menetelmä suuressa Pohjois-Kiinassa tapauskohtaisesti ohjattu kohortti. Tuloksemme osoittivat, että nämä seitsemän SNP MMP-1 ei ehkä ole käyttökelpoisia merkittävä markkereita ennustaa mahasyövän alttius, etenemisen tai prognoosi, ainakin Han väestöstä Pohjois-Kiinassa.

Citation: Song YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW, et ai. (2012) Association yksittäisten SNP tai haplotyyppien matriksimetalloproteinaasi 1 ja mahasyövän alttius, Progression ja ennuste. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10,1371 /journal.pone.0038002

Editor: Yury E. Khudyakov, Centers for Disease Control and Prevention, Yhdysvallat

vastaanotettu: 30 tammikuu 2012; Hyväksytty: 29 huhtikuu 2012; Julkaistu: toukokuu 24, 2012

Copyright: © 2012 Song et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Science Foundation of China (nro 30972879 ja nro 81172370), Program tieteellisen ja teknologisen laitos Liaoningin maakunnassa (nro 2010225032) ja Natural Science Foundation of Liaoningin maakunnassa (nro 20092129). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahalaukun syöpä on yksi yleisimmistä johtava syy syöpään liittyvää kuolleisuutta maailmanlaajuisesti [1]. Huolimatta edistysaskeleita diagnosointiin ja hoitoon mahasyövän viime vuosikymmeninä, ennuste potilaille, joilla on edennyt mahasyöpä edelleen heikko [2]. Kuten muiden syöpien, kehittäminen mahalaukun syöpä on monivaiheinen prosessi, jossa kertymistä geneettisten ja epigeneettisten muutoksia. Löytö ja soveltaminen biomarkkereita, jotka voidaan sisällyttää perinteisiä syövän diagnosointiin, lavastus ja ennuste voitaisiin suurelta parantaa varhaisen diagnoosin ja potilaiden hoitoa [3]. Valmistuessa Human Genome Project, miljoonia yhden nukleotidin polymorfismien (SNP: t) on tunnistettu houkutteleva biomarkkereita syövän riskin arvioinnissa, seulonta, lavastus, tai luokittelu [4].

Matrix (MMP) ovat tärkeä perheen metalli-riippuvaisten entsyymien, jotka ovat vastuussa hajoamista soluväliainekomponentteja [5]. Molecular epidemiologisissa tutkimuksissa on osoitettu, yhdistysten välillä geneettisten polymorfismien MMP ja syöpäalttiutta, etenemisen ja ennusteen [6] – [10]. Viime aikoina jotkut SNP: MMP-1 on osoitettu merkittävästi liittyy lisääntynyt kehittymisen riski keuhkosyövän [6], [7], [11]. Rintasyövän, Karolina Przybylowska et ai. todettiin, että 2G-alleelin 1G /2G MMP-1-geenin polymorfismia voi olla vastuussa imusolmuke (LN) metastaasin [8]. Toisaalta, molemmissa tutkimuksissa Hinoda Y et al. ja Ghilardi G et al. havaitsivat, että SNP: MMP-1 liittyi lisääntynyt riski paksusuolen syövän [12], [13]. Lisäksi SNP MMP-1: n promoottori osoitettiin korreloivan histologinen eroavuus mahasyövän [14]. Kuitenkin muut tutkimukset osoittivat negatiivinen yhdistyksen välillä MMP-1 polymorfismien ja syöpäalttiutta [15], [16], [17]. Lisäksi suurin osa näistä tutkimuksista rajoittuvat pieniä näytteitä, muutama SNP tai rakennetaan haplotypes kahdesta tai kolmesta polymorfista sivustoja. Siten suuri otos ja polymorfiset sivustot ovat kriittisiä ymmärtämisen rooli MMP-1 SNP mahalaukun syövän kehittymisessä.

Tässä tutkimuksessa, suuri näyte Han väestöstä Pohjois-Kiinassa, käytimme formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotetut kudokset (FFPETs) -johdannainen DNA-näytteet potilaiden ja verestä peräisin olevia DNA valvonnan matriisin laserdesorptio /ionisaatio-lentoaika-massaspektrometrialla (MALDI-TOF MS) menetelmää tutkia mahdollisia yhdistysten välillä seitsemän SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 ja rs1144396) tai haplotyyppien MMP-1 ja kasvain alttius, kliinis parametrit, ja selviytyminen mahasyövän.

Materiaalit ja menetelmät

Aihe valinta

Tämä tutkimus käsitti 404 ensisijainen mahasyövän potilaiden ja 404 valvontaa ja kaikki aiheet olivat Han väestöstä Pohjois-Kiinassa. Aihe ominaisuudet on kuvattu aiemmin [18]. Lyhyesti, voivat potilaat olivat saaneet radikaaleja First sairaalan Kiinan Medical University välillä tammikuun 1998 ja joulukuun 2004 oli diagnosoitu mahalaukun syöpä perustuu histopatologista arviointia. Kasvain histologinen arvosana arvioitiin mukaan Maailman terveysjärjestön kriteerien ja kasvaimia lavastettuja käyttäen seitsemäs painos TNM lavastus International Union Against Cancer (UICC) /American sekakomitean Cancer (AJCC) järjestelmä (2010), joka perustuu leikkauksen jälkeisiä patologinen tarkastelu yksilöitä. Täydellinen patologinen tulokset saatiin kuten ikä, sukupuoli, päivämäärä leikkaus, sijainnista primaarikasvaimen, histologinen, laskimoiden invaasio, lymphovascular invaasio, syvyys hyökkäystä, määrä LNS haetaan, useita metastaattisen LNS, ja useita kasvain talletusten noudetaan. Ne (i) kanssa synkroninen tai metachronous pahanlaatuiset kasvaimet, (ii) etäpesäkkeiden havaittu ennen leikkausta, (iii), joille tehtiin preoperatiivinen sädehoitoa tai kemoterapiaa, tai (iv) puutteellisilla patologinen syötetyt tiedot jätettiin pois tästä tutkimuksesta. Seuranta valmistui koko tutkimuspopulaatiossa vasta tammikuussa 2010. Kaksi potilasta kuoli leikkauksen jälkeen (30 päivää) ja 21 potilasta menetettiin seuranta; siksi, 381 potilasta osallistui selviytyminen analyysiin. Mediaani ja keskimääräinen seuranta-aikoja olivat 90,0 kuukautta ja 93,3 ± 20,24 kuukausi (vaihteluväli: 61-136 kuukautta), tässä järjestyksessä. Seuraavat tulokset saatiin kaikille potilaille: kuolinpäivä (tarvittaessa), kuolinsyy (tarvittaessa), ja päivämäärä seurannan. Ensisijainen päätepiste oli syöpäspesifisessä eloonjäämisen kesto alkaen mahasyövän diagnoosi kuolinpäivä. 5 vuoden eloonjäämisaste 404 potilaista oli 54,2%.

404 verinäytteet kontrolliryhmän saatiin syöpää vapaa yksilöitä, jotka valittiin satunnaisesti perustuvat lääkärintarkastuksissa joulukuussa 2009 Elokuussa 2011 ja tässä ryhmässä uskottiin olevan hyvä edustus väestön tällä alueella. Valintakriteerit ei sisältynyt yksilöllinen syöpä, taajuus vastaa tapauksiin sukupuoleen ja ikään ja yksilöt eivät liittyneet etnisen Han-kiinalaisia. Näytteet (etyleenidiamiinitetraetikkahappo [EDTA] anticoagulate) säilytettiin -20 ° C: ssa 30-40 minuuttia, ja sitten muutti pakastimessa -80 ° C: seen 2 tai 3 päivän ajan sen jälkeen.

etiikka selvitys

Tutkimus hyväksyttiin Research Ethics komitean Kiinan Medical University, Kiina. Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta ihmisiä ennen tutkimukseen osallistuneiden.

DNA: n eristämiseksi

Perimän DNA uutettiin FFPET koekappaletta ryhmässä. Osiot jonka paksuus on 8 um ja pinta-ala on enintään 250 mm

2 valmistettiin mikrotoomin DNA eristettiin 6 lohkot 12 osaan, riippuen kudosten kokoa ja solumäärät. Mikrotomiin puhdistettiin ja terät muutettiin välttämiseksi intersample saastuminen. DNA uutetaan FFPETs suoritettiin QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Saksa) [19], noudattamalla valmistajan kuvaamaa ja edellisessä työssä [18]. Noin 2-10 ug DNA otettiin talteen 50 ul: aan lopullista liuosta, ja sitä säilytettiin -80 ° C: ssa.

Genominen DNA uutettiin verinäytteet kontrolliryhmän kanssa Universal Genominen DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) mukaan valmistajan ohjeiden ja edellisessä työssä [18]. Noin 2-6 ug DNA: erittyi TE ja sitä säilytettiin -80 ° C: ssa.

valinta ehdokas SNP

Tutkimukseen osallistui seitsemän SNP MMP-1, joka otettiin NCBI SNP tietokanta ja HapMap tietokantaan. Valitsimme SNP poikki geenilokukset varmistaa korkea tiheys markkereita ja riittävän luonnehdintaa haplotyypin monimuotoisuuden [6]. Kaikki valitut SNP oli oltava pieni alleelifrekvensseiltään ≥5%. Siksi valittu seitsemän SNP-kohdista: rs2071231 (introni), rs7125062 (introni), rs491152 (introni), rs470558 (eksoni), rs2075847 (5’UTR), rs470206 (5 ’UTR) ja rs1144396 (Fig. 1A).

A, MMP-1-geenin rakenne. Täytetyt laatikot edustavat eksonit (5 ’→ 3’). Nuolet osoittavat sijainnit SNP. B: Mapping lohkon rakennetta seitsemän SNP tuottaman Haploview. Arvo kunkin neliön kolmiossa juoni edustaa pareittain korrelaatio SNP (mitattuna D ’) määrittelemän vasemmassa yläkulmassa ja oikeassa yläkulmassa puolin neliöt. Neliöt numerointi vastaavat D ’= 1. Varjostus edustaa suuruus ja merkitys pairwise LD, jossa on punainen tai valkoinen kaltevuus kuvastaa suurempia alentaa LD arvoja. Taajuus kunkin yhteisen haplotyypin lohkon sisällä on oikealla puolella haplotyypin.

SNP-analyysi ja validointi

SNP genotyypattiin käyttäen MALDI-TOF MS-järjestelmä (MassARRAY; Sequenom , San Diego, CA, USA) käyttäen alukkeita ja koettimia (taulukko S1), kuten aiemmin on kuvattu [19], [20]. Varmistaakseen kirjoittamalla laatu, 1% positiivisia näytteitä (Yanhuang -solukanta) sisällytettiin jokaiseen genotyyppitestien levy vahvistaa luotettavuutta alukkeiden ja 1% negatiivisista näytteistä (vesi, jossa ei ole DNA: ta) käytettiin seurata saastumista. 5% satunnaisotoksia testattiin kahtena eri henkilöt toistettavuus oli 100%. Laboratorion henkilökunta sokaisi näytteeseen järjestely prosessin aikana. MALDI-TOF MS-analyysi olivat mukainen Justenhoven et ai. [21] ja tärkein prosessi sisältyvät PCR-monistamisen (GeneAmp® PCR System 9700 Dual 384-Well Sample Block Module, Sequenom), katkaravun alkalisella fosfataasilla käsittely (Sequenom), base extension reaktioita, suolan poisto hartsista, SpectroCHIP annostelu (384-kuoppaisen SpectroCHIP microarray, Sequenom). Alleelisia syrjintä saatiin analyysin kanssa MassARRAY Analyzer Compact massaspektrometri (MT9). Lopuksi, data-analyysi suoritettiin käyttäen MassArray typer Analyzer ohjelmisto 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22].

Kytkentäepätasapaino (LD) lohko määrittäminen ja haplotyyppi rakentaminen

Haploview 4.2 ohjelmisto oli käytetään arvioimaan LD ja rakentaa haplotyyppien kuten aiemmin on kuvattu [6]. LD välillä seitsemän SNP käytetty haplotyyppianalyysissä mitattiin pareittain D ’tilastotieto. Rakenne LD lohkon tutkittiin käyttäen menetelmää, Gabriel et ai. [23], käyttäen 80%: n luottamusväli rajat D ”määritellä historiallisesti välisen rekombinaation SNP. Haplotypes konstruoitiin genotyypin tietojen täysikokoinen tapauskohtaisesti ohjauspaneelin sisällä lausetta nopeutettu EM-algoritmi menetelmällä Haploview 4.2 ohjelmisto [6], [24]. Lisäksi teimme SNP genotyyppi yhdistelmiä löytää yhdessä mahalaukun syövän riskiä [25].

Tilastollinen

kaksipuolinen chi-neliö (χ2) testiä käytettiin arvioimaan väestön jakautuminen ominaisuudet, vertailla eroja alleeliset ja genotyyppisten taajuudet tapausten ja kontrollien välillä sekä arvio assosiaatioita yksittäisten SNP ja kliinis parametrit. Arvioida merkitystä, permutaatio menettelyä (1000 testit) käytettiin korjaamaan P-arvo on yhden lokuksen -alueella tulokset [6]. Permutaatio testi on eräänlainen tilastollista merkittävyyttä koe, jossa jakelun testisuureen alla nollahypoteesin saadaan laskemalla kaikki mahdolliset arvot testisuureen alla uudelleenjärjestelyjä tarroja havaitun datapisteet. Lisäksi Bonferronin korjausta käytettiin useiden testaus korjaus [26]. Logistinen regressio käytettiin analysoimaan yhdistyksen välillä genotyypin taajuuksien ja mahalaukun syövän riski, oikaistu sukupuolen ja iän mukaan. Survival analyysit tehtiin siksi, että log-rank-testi ja Coxin suhteellisten riskien mallia. Haploview 4.2 ohjelmistopaketti käytettiin: arvio pareittain LD, havaita poikkeamat Hardy-Weinberg tasapaino, rakentaa haplotyyppien, laskea haplotyyppifrekvenssit ja arvio assosiaatioita haplotypes ja mahasyövän riskiä. Käytimme myös Haplo.states ohjelmisto arvioida assosiaatioita haplotypes ja viittaavia tekijöitä [6], [27]. THEsias ohjelmisto perustuu Coxin suhteellisen vaarat selviytymistä heikentämiseen haplotyyppi-pohjainen yhdistys analysoinnin Stokastinen-EM-algoritmia käytettiin tuottamaan selviytymisen analyysin haplotypes [28]. Koska useita hypoteesin testaukseen, P-arvo merkityksen oikaistiin konservatiivisesti Bonferroni korjaus 0,007 (0,05 /7) B

Tulokset

Aihe ominaisuudet

Kuten esitetään Taulukko 1 ja aikaisemman työn, keski-ikä oli 56,67 ± 11,92 y ja urosten osuus oli 70,54%, kun kyseessä ryhmässä. Keski-ikä kontrolliryhmässä oli 56,91 ± 11,48 y ja urosten osuus oli 70,54%. Ei ollut tilastollisesti merkitsevää eroa jakelussa sukupuolen ja iän välillä potilaiden ja verrokkien (kaikki P = 1,00). Lisäksi on 404 potilasta, 85 (21,04%) oli vaiheen I mahasyövän, 107 (26,49%) oli vaiheen II mahasyövän, ja 212 (52.48%) oli vaiheen III mahasyövän (taulukko 1). Toinen kliinis parametrit mahasyöpäpotilaista on esitetty taulukossa 1.

genotyypin onnistumisastetta, LD ja haplotyyppi rakenne

Kaikki SNP olivat polymorfinen vähäisin alleelifrekvenssit 10% ja genotyyppi jakaumat olivat kaikki yhtä mieltä Hardy-Weinberg tasapaino (tuloksia ei ole esitetty). Onnistuminen oli korkea, kun kyseessä ryhmässä (98,27-100%) ja kontrolliryhmässä (99,50-100%; Taulukko S2). Sitten käytimme Haploview 4.2 ohjelmisto arvioida LD ja rakentaa haplotypes. LD havaittiin poikki rs2071231, rs7125062, rs491152 ja rs470558 (kaikki D ≥0.99), ja nämä neljä SNP rakennettu lohko 1. Lohko 1 katettu 5,0 kb ja sisälsi 4 yhteinen haplotypes: TCCG, GCCG, TTCG ja TTTA (taajuusalue: 0.127- 0,500), mikä oli noin 99,9%: lla koehenkilöistä (kuvio 1 B).

Yhdistykset yksittäisten SNP ja mahalaukun syövän riski, kliinis parametrit ja selviytymisen

Kuten taulukosta 2, oli tilastollista eroa alleelin jakautuminen potilaiden ja verrokkien (P 0,007 ja P 0,007 jälkeen permutaatio testi Alleelifrekvenssien ja Bonferroni korjaus). Lisäksi ei ollut yhdistyksen välillä genotyypin jakaumat seitsemän SNP MMP-1 ja mahalaukun syövän riski (P 0,007 ja P 0,007 kun se on säädetty sukupuolen ja iän genotyypin taajuuksilla, taulukko 3).

genotyypit yksittäisten SNP arvioitiin yhdistysten kanssa kliinis parametreja. Taulukko 4 osoitti, että rs470206 genotyypit oli korrelaatio histologisten, ja potilaille, joilla GA /AA oli hyvin solujen erilaistumista verrattuna potilailla, joilla on genotyyppi GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353-0,929; P = 0,023). Kuitenkin, se ei ollut merkittävää jälkeen Bonferroni korjauksen. Toinen genotyyppiä SNP ei ollut merkittävää korrelaatiota kliinis parametrit mahasyövässä.

univariate analyysi, Borrmann tyyppi, pT luokka, imusolmuke etäpesäke, lymphovascular invaasio ja TNM osoitettiin olevan merkittäviä prognostisia tekijät (taulukko 5). Kuitenkin tilastolliset tulokset paljastivat, että kaikki genotyypit seitsemän SNP ollut assosiaatioita eloonjäämistä potilailla, joilla on mahasyövän (kaikki P 0,007, taulukko 5).

assosiaatioiden haplotyyppien tai SNP genotyyppi yhdistelmiä ja mahalaukun syövän riskiä, ​​kliinis parametrit ja selviytymisen

Käyttämällä Haploview 4.2 ohjelmisto rakensimme neljän markkerin haplotyyppi lohko, joka sisälsi neljä yhteistä haplotypes: TCCG, GCCG, TTCG ja TTTA. Kaikki neljä yhteistä haplotypes ollut mitään korrelaatiota mahalaukun syövän riski (P 0,007 ja P 0,007 jälkeen permutaatio kokeen taulukko S3). Lisäksi emme löytäneet suhde näiden neljän yhteisen haplotypes ja kliinis parametrien mahasyövässä (kaikki P 0,007, taulukko S4). Lisäksi tulos yhden muuttujan analyysit osoittivat, ettei yhdistyksen välillä kaikkien haplotyyppien ja selviytymisen potilaiden mahalaukun syöpä (kaikki P 0,007, taulukko S5).

Sitten teimme SNP genotyyppi yhdistelmiä löytää yhdessä mahalaukun syöpäriskiä. Kaikista yhdistelmät, genotyyppi yhdistelmiä kahdesta SNP (rs2071231 ja rs470206) oli neljä alaryhmää: TA, TG, GG ja AA. Vaikka LD kahden SNP ei ollut olemassa ja neljä alaryhmää ollut mitään korrelaatiota mahalaukun syövän riski (P = 0,523), potilaiden TA oli hyvin solujen erilaistumista verrattuna potilailla, joilla on genotyyppi TG (OR = 0,561; 95% CI : 0,357-,881; P = 0.022). Kuitenkin, se ei ollut merkittävää jälkeen Bonferroni korjauksen. Lisäksi kaikki alaryhmät ollut assosiaatioita eloonjäämistä potilailla, joilla on mahasyövän (kaikki P 0,007). Muut genotyyppi yhdistelmät ei ollut merkittäviä tuloksia.

Keskustelu

hajoamista soluväliaineen ja tyvikalvon, jonka MMP on yksi tärkeimmistä säätelyelementtejä monissa fysiologisissa ja patologisissa prosesseissa kasvaimen invaasion ja etäpesäkkeiden [5]. Suurin osa aiemmista tutkimuksista on keskittynyt suhteen SNP: iden välillä ja MMP-2 ja MMP-9. Lisäksi jotkut SNP: MMP-1 on osoitettu merkittävästi liittyy lisääntynyt riski kehittämiseen keuhkosyöpä, rintasyöpä ja paksusuolen ja peräsuolen syövän [6] – [8], [11] – [13]. Kuitenkin muut tutkimukset osoittivat negatiivinen yhdistyksen välillä MMP-1 polymorfismien ja syöpäalttiutta [15] – [17]. Lisäksi mahasyövän, useimmat tutkimukset MMP-1 ovat vain keskittyneet tärkeydestä SNP (-1607 1G /2G) vuonna promoottorin suhteellisen pieniä otoksia. Jin X et al. raportoitu, ettei yhdistys MMP-1: n promoottori polymorfismi (-1607 1G /2G) alttiuteen mahalaukun sydämen adenokarsinoomaa Pohjois-Kiinassa (183 potilasta) [15]. Kuitenkin tutkimus on japanilainen väestöstä (215 potilasta) osoittivat, että vaikka läsnäolo 2G-alleelin (-1607) että MMP-1: n promoottori ei lisätä mahalaukun syövän riski, voi olla mukana erilaistumista mahasyövän [14]. Siksi suuri otos ja polymorfiset sivustot ovat kriittisiä ymmärtämisen rooli MMP-1 SNP mahalaukun syövän kehittymisessä.

Edellä esitetyn valitsimme seitsemän polymorfista sivustoja MMP-1 varmistaa korkea tiheys markkereita ja riittävän luonnehdinta haplotyypin monimuotoisuutta. Lisäksi valitsimme 404 potilasta ja 404 valvontaa, joka oli sama jakaumat sukupuolen ja iän mukaan. Toisaalta tähän asti, useimmat SNP: iden tutkittiin restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (RFLP) määritys [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF-MS: [6], [20] ja pyrosekvensointi analyysi [31]. Tällä hetkellä MALDI-TOF MS -menetelmää, joka tarjoaa noin 100% tarkkuudella SNP genotyypin pidetään kultakantaan [19], [32]. Lisäksi aiemmat raportit osoittivat, että ei ollut alleelifrekvenssi eroja FFPET johdetut DNA- ja verestä peräisin olevia DNA samasta yksilöstä useilla erilaisilla menetelmillä, mukaan lukien MALDI-TOF MS: [33] – [35]. Siksi genotyypitys FFPET johdettujen DNA MALDI-TOF MS on luotettava ja toistettavissa. Tuloksemme osoittivat myös suuri menestys hinnat vaihtelivat 98,27% ja 100% (keskiarvo: 99,43%), jotka olivat yhtäpitäviä aiempien raportoitujen tietojen [19], [32], [33].

Niistä seitsemän SNP Sun et al. osoittivat, että riski Alleelifrekvenssien of rs7125062, rs2075847 ja rs470206 olivat korkeampia potilailla keuhkosyöpä kuin verrokeilla [6]. Mutta, tässä tutkimuksessa ei ollut yksittäinen SNP korreloi mahalaukun syövän riskiä. Lisäksi rs470206 genotyyppien oli corelation kanssa histologisten, ja potilaille, joilla GA /AA oli hyvin solujen erilaistumista verrattuna potilailla, joilla on genotyypin GG. Tämä tulos oli samanlainen polymorfisen sivustoja (-1607 1G /2G), joka voi olla osallisena erilaistumista mahasyövän [14]. Lisäksi jotkut tutkimukset paljastivat, että MMP-1: n promoottori polymorfismi (-1607 1G /2G) on yhdessä ennusteeseen kielen syöpä [36], rintasyövän [37] ja peräsuolen syöpä [38]. Emme kuitenkaan löytäneet yhtään yksittäisten SNP korreloivat ennusteeseen mahasyövän tutkimuksessamme.

SNP stabiilisti periytyvät, erittäin runsas ja osoittaa monimuotoisuutta ja väestöryhmistä, joiden arvellaan olevan houkutteleva biomarkkereita. Kuitenkin soveltaminen yksittäisten SNP on rajoitettu, koska niillä on alhainen penetrance ja niiden vaikutukset ovat melko vaikea tunnistaa. Näin ollen, on tärkeää haplotyypin tiedot on yhä yhdistää DNA-sekvenssin vaihtelu taudin [6], [18], [39]. Tutkimuksessamme rakensimme neljän markkerin haplotyyppi lohko, joka sisälsi 4 yhteinen haplotypes: TCCG, GCCG, TTCG ja TTTA, jotka olivat yhdenmukaisia ​​tutkimus Sun et al. [6]. Heidän tutkimus osoitti haplotyypin TTCG oli taajuus, joka oli merkitsevää eroa potilaiden ja verrokkien. Lisäksi haplotyypin TTCG oli lisääntynyt riski kaukainen etäpesäke keuhkosyövän ja, toisin kuin haplotyyppi TTCG, haplotyypin TTTA osoitti suojaava vaikutus keuhkosyövän etenemistä [6]. Kuitenkin Tutkimuksessamme kaikkia neljää yhteistä haplotypes ollut mitään korrelaatiota mahalaukun syövän riskiä ja emme löytäneet suhde näiden haplotypes ja kliinis parametrit mahasyövässä. Lisäksi tulos yhden muuttujan analyysit osoittivat, ettei yhdistyksen välillä kaikkien haplotyyppien ja selviytymisen potilaiden mahalaukun syöpä. Tähän asti yhä useammat tutkimukset ovat keskittyneet yhdistyksen välillä SNP ja sairauksien, mutta myös samalla SNP, tulokset olivat yleensä erilaisia. Yhä useammat tutkimukset paljastivat, että eri tuloksia voisi olla lähinnä erilaisia ​​yhdistelmiä tekijöistä, kuten taudin heterogeenisyys, väestö, ympäristö, Alleelifrekvenssien ja /tai LD eroja, kudoslähteeseen käytetty, otoskoot, havaitseminen tekniikka ja niin edelleen.

Mielenkiintoista on, että vaikka LD välillä rs2071231 ja rs470206 ei ole olemassa, meillä on vielä tehty SNP-genotyypin yhdistelmiä mukaan tutkimuksen Ostrovskii O et ai. [25]. Huomasimme, että verrattuna potilailla, joilla on genotyyppi TG, potilaiden TA oli hyvin solujen erilaistumista. Kuitenkin taajuus tämäntyyppisen SNP genotyypin yhdistelmä oli hyvin alhainen väestöstä.

Johtopäätöksenä tässä tutkimuksessa arvioitiin polymorfismia MMP-1 -geenin mahasyövän kanssa MALDI-TOF MS -menetelmää ja arkistoidaan FFPETs suuri Pohjois-Kiinassa tapauskohtaisesti ohjattu kohortti. Vaikka tulokset olivat negatiivisia, tämä tutkimus ensimmäinen osoitti, että SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 ja rs1144396) MMP-1 ei ehkä ole käyttökelpoisia merkittävä markkereita ennustaa mahasyövän alttius, etenemisen tai prognoosi, at vähiten Han väestöstä Pohjois-Kiinassa. Lisäksi nämä tulokset voivat antaa merkittävää tietoa muille tutkijoille tekemässä syöpätutkimuksessa poistaa nämä seitsemän SNP diagnostisina markkereina mahasyövän.

tukeminen Information

Taulukko S1.

Alukesekvensseillä käytetään genotyypitystä seitsemän SNP MMP-1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s001

(DOC) B Taulukko S2.

genotyypin onnistumisasteiden seitsemän SNP MMP-1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s002

(DOC) B Taulukko S3.

Associations välillä haplotyyppifrekvenssit neljän SNP MMP-1 ja mahalaukun syövän riski.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s003

(DOC) B Taulukko S4.

Associations välillä haplotyyppifrekvenssit neljän SNP MMP-1 ja kliinis parametrit.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s004

(DOC) B Taulukko S5.

Survival analyysi haplotyyppien neljän SNP MMP-1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s005

(DOC) B

Kiitokset

Kiitos osastolla Surgical Oncology ensimmäisen sairaalan Kiinan Medical University tarjota ihmisen näytteitä. Kiitämme myös College of China Medical University teknisen avun kokeissa.