Krooninen sairaus

tiivistelmä

Kertyvät todisteita on viime aikoina tukenut yhdistyksen bakteeritartunta kanssa kasvua ja kehitystä syöpien, erityisesti elimet, jotka ovat jatkuvasti alttiina bakteerit, kuten keuhkoihin, paksusuolen, kohdunkaulan syöpä jne Meidän

in silico

tutkimus proteomiin

Chlamydia pneumoniae

ehdottaa ennennäkemättömän käsityksen etiologiaa keuhkosyöpä ja ovat osoittaneet, että infektio

C

.

pneumoniae

liittyy keuhkosyöpään kehitystä ja kasvua. On kohtuullista olettaa, että

C

.

pneumoniae

kuljettaa sen proteiinit emojulkaisussa-solunsisäistä soluelimiin aikana infektio, jossa he voivat työskennellä isäntäsolun proteomiin. Nykyinen tutkimus suoritettiin ennustamisessa ydin- kohdistaminen proteiinin

C

.

pneumoniae

isäntäsolun käyttämällä bioinformatiikan ennustajia lukien Expasy pl /Mw työkalu, tumalokalisaatiosignaalin (NLS) mapper, tasapainoinen sub sijainti solussa ennustajan (BaCeILo), ja Hum-mPLoc 2.0. Me ennusti 47/1112 ydin- kohdistamisen proteiinien

C

.

pneumoniae

liittyy useita mahdollisia muutoksia isännän replikaatio ja transkriptio aikana solunsisäinen infektio. Nämä ydin- kohdistaminen proteiinit voivat suoraan kilpailukykyinen vuorovaikutusta isännän ja

C

.

pneumoniae

proteiineja saatavuus samalle alustalle ja voivat olla mukana etiologisista agenttien kasvua ja kehitystä keuhkosyöpään. Nämä uudet havainnot odotetaan käyttää ymmärtämään paremmin keuhkosyövän etiologiasta ja tunnistamaan molekyylitason tavoitteita terapia.

Citation: Khan S, Imran A, Khan AA, Abul Kalam M, Alshamsan A (2016) Systems Biology Approaches että ennustaminen mahdollinen rooli

Chlamydia pneumoniae

proteiinit etiologiassa keuhkosyöpään. PLoS ONE 11 (2): e0148530. doi: 10,1371 /journal.pone.0148530

Editor: Carl G. Maki, Rush University Medical Center, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 19 marraskuu 2015; Hyväksytty: 20 tammikuu 2016; Julkaistu: 12 helmikuu 2016

Copyright: © 2016 Khan et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: hanke rahoitettiin Tutkimusryhmät Program (Research Group numero RG-1436-027), Deanship tieteellisen tutkimuksen, kuningas Saudin yliopisto, Riad, Saudi-Arabia.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Keuhkot syöpä on yleisin kuolinsyy maailmanlaajuisesti [1]. Vuonna 2013 mukaan CA syövän raporttien keuhkosyöpä on toiseksi yleisin syöpä Yhdysvalloissa kuin oli arviolta 159480 (118080 urosta ja 110110 naista) kuolemantapauksia keuhkosyöpä ja 228190 (uros 87260 ja 72220) uudet keuhkosyöpää raportoitu [ ,,,0],2]. Karsinogeneesin prosessiin keuhkosyövän vielä täysin ymmärretä. Rinnalla tupakointi, on olemassa muita mahdollisia geneettisiä ja ympäristötekijät, kuten altistuminen asbestille ja radon selvä metallit, hiili savu, erilaiset hormonit, ja ilmansaasteet sekä geneettisiä yhteensopimattomuus ja kroonisia infektioita bakteerien ja loisten on liitetty keuhkojen syövän synnyn lukien

C

.

pneumoniae

, [3-6]. Kiistanalaista yhdistys tartunnanaiheuttajien etiologiassa syöpä on keskittynyt kiinnostusta tutkijoiden viime vuonna.

rooli

C

.

pneumoniae

tarttuvana karsinogeeni keuhkosyöpä on tutkittu jo yli 10 vuotta sitten [7, 8]. Epidemiologiset yhdistykset osoittivat, että

C

.

pneumoniae

liittyy mahdollisesti kasvua ja kehitystä keuhkojen soluja kohdunkaulan [9]. Eri tutkimukset suoritettiin tämän jälkeen analysoida mahdollisia yhteys

C

.

pneumoniae

infektio ja keuhkosyövän riskiä, ​​mutta tulokset eivät ole olleet johdonmukaisia ​​[10]. Ehdotetaan, että

C

.

pneumoniae

toimii kofaktorina yhdessä muiden syitä etenemisen ja kehittäminen keuhkojen caner [7, 8, 11, 12]. On havaittu, että tiitterit

C

.

pneumoniae

vasta-koholla keuhkosyöpäpotilaita. Niistä noita, potilailla, joilla on korkeat tiitterit anti-

C

.

pneumoniae

IgA-vasta kymmenen ajan riski adenokarsinoomista ja pienisoluisen keuhko- [9]. Tämä mahdollisuus on parannettu erityisesti mies- tupakoitsija potilailla, joilla on krooninen infektio

C

.

pneumoniae

[11]. Yksi havainto ovat osoittaneet tärkeän yhteyden kohonnut

Chlamydia Hsp-60

seropositiivisuus ja mahdollisuus keuhkosyöpä, mikä saattaa viitata siihen etiologinen rooli

C

.

pneumoniae

kasvuun ja kehitykseen keuhkosyövän [3].

C

.

pneumoniae

on yhteinen solunsisäinen hengitysteiden taudinaiheuttaja, joka vaatii säännellään isäntäsolun niiden selviytymistä ja kasvua. Seuraavat mekanismit on ehdotettu valaista miten krooninen infektio

C

.

pneumoniae

voisi parantaa mahdollisuuksia keuhkosyöpään. Yksi mahdollinen mekanismi välittyy reaktiivisten hapen lajien tulehduksen aikana, jotka voivat vaikuttaa DNA-vaurioiden [7]. Lisäksi tulehdus aiheuttaa soluvaurioita ja myöhempi korjaus jotka voivat parantaa nopeutta solunjakautumisen. Moninkertaistuminen solut lisäävät riskiä mutaation kautta kiinteällä nopeudella DNA-vaurioita, mikä voi johtaa syöpään [13]. Tietojen kerääminen ehdottaa, että immunologisten tapahtumien edistävät osittain karsinogeenisia toiminta

C

.

pneumoniae

. Aiemmin

in vitro

tutkimukset ovat itse asiassa osoittaneet, että TNF-α, IL-1β, IL8 ja superoksidi happiradikaalien vapautuu keuhkorakkuloiden makrofagien terveistä henkilöistä on ratkaiseva rooli keuhkokudoksessa ja DNA-vaurioita [14].

C

.

pneumoniae

on myös tehokas indusoija TNF-α, IL-1β, ja IL-6 vastaanottavissa monosyyttisoluilla jotka saattavat myötävaikuttaa karsinogeneesissä. Tässä artikkelissa, yritämme ennustaa ydin- suunnattu proteiineja

C

.

pneumoniae

vuoksi niiden mahdollinen rooli isäntäsoluissa sääntelyä ja osallistuminen etenemistä ja kehittäminen keuhkosyöpään.

Tulokset

Valinta proteiinin tietokannan

Valitsimme TW-183 -kantaa

C

.

pneumoniae

koska se sisältää eniten (1112) proteiinia täydellisessä Proteome G /11222. Kuitenkin, loput neljä kantoihin kuuluu AR39, LPCoLN, CWL029 ja J138 ovat 1109, 1105, 1052, ja 1069-proteiineja, vastaavasti [15-18].

ennustaminen tumalokalisaatiosignaalin

Euroopan cNLS mapper ennustettu sijainti proteiinin solulimassa sekä tuma ja solulima, osittain tuma, ja tumassa leikattu arvo 1-2, 3-5, 7-8, ja 8-10, tässä järjestyksessä. Tulokset esitetään täydentävä tieto (S1 taulukko).

ennustaminen solunosasijaintia eukaryootti- soluorganellien

tulokset BaCeILo arvioinnin koko proteiinin

C

.

pneumoniae

yhteenveto taulukossa 1. Tulokset osoittivat, että BaCeILo ennustettu koko soluliman (515), mitokondrioiden (183), ydin- (98) ja Sekre- (318) proteiineja.

Prediction of solunosasijaintia ihmisen soluorganellien

tulokset Hum-mPLoc 2.0 osoittaa taulukossa 1 ja verrataan tulosta BaCeILo. Tulos osoitti, että Hum-mPLoc 2.0 ennustettu koko soluliman (250), mitokondrioiden (196), ydin- (292) solukalvon 94, endoplasmakalvosto 63, Golgin laitteen 05, peroksisomipro- 11, mikrosomissa 01, lysosomiin 11, extracell 179, sentrosomimäärän 05 , solun tukirangan 01 ja tuntematon (04) proteiineja.

synkronointi BaCeILo ennustaa proteiinien Hum-mPLoc 2,0 ennustaja

synkronointi tulokset osoittivat, että joukossa BaCeILo ennustettu koko soluliman (515), mitokondrioiden ( 183), ydin- (98) ja eritys- (318) proteiinit, eivät kaikki noudattavat samaa ennustuksen tulokset Hum-mPLoc 2.0 (taulukko 2). Kun nämä BaCeILo proteiineja verrataan edelleen Hum-mPLoc 2.0 tuloksia, vain 47 proteiinit havaittiin yhdenmukainen BaCeILo tuloksia ja osoittivat tumaanohjaussignaali kautta

in silico

ennuste sekä laskennallisia työkaluja.

Nämä 47 isäntä ydinvoiman kohdistettuja proteiineja esitetään taulukossa 3 ja järjestetty kohti niiden NLS kynnysarvon. Lisääminen raja-arvo monopartite Maanmittauslaitoksen ovat yhteydessä vähentynyt ydinvoiman kohdentamiseen, kun taas päinvastainen kuvio havaitaan kaksijakoinen Maanmittauslaitoksen arvoihin, jossa korkean kynnysarvon lisää prosenttiosuus proteiinin kohdistamista tumaan paitsi kynnysarvon 8 (taulukko 3). S1 Taulukossa on tietoja ennustetuista proteiineista kohdistaa tumaan aikana

in silico

analyysiin.

Kuitenkin, ei mitään tarkkaa suhteen välillä havaittiin ydin- kohdistaminen proteiinin ja molekyylipaino, mutta lisääntynyt molekyylipaino jatkuvasti lisääntynyt ydinvoiman kohdistaminen paitsi yksi alue, jonka molekyylipaino on 60-80 kDa, suurin molekyylipaino proteiineja ( 80 kDa) havaittiin suurin suunnattu proteiineja tumaan isäntäsolun (taulukko 4).

Lisäksi arvo isoelektrisen pisteen (pl) ei osoittanut mitään vakio malli mitokondrioiden kohdentamiseen (taulukko 5).

kuviot

C

.

pneumoniae

proteiinin kohdistamista isäntäsolussa tumaan eri parametri näyttää kuvassa 1, kun taas kaikki proteiinit kohdentamista

C

.

pneumoniae

isäntäsoluissa komponenttien eri parametrien havainnollistaa kuvassa 2. Täydentävä data sisältää tietoja koskien proteiinien ennustettu kohdistaa tumaan isäntäsolun aikana analyysimme (S1 taulukko).

keskustelu

Epidemiologiset raportit ovat perustaneet useita hyvin määritellyt mahdolliset tekijät kasvun ja syövän kehittymisen kuten perinnöllisyys, ikä, tupakan käyttöä, ruokavalio, tulehdusta, ja kroonisia infektioita kanssa taudinaiheuttajia. Infektio on syynä noin 16% kaikista pahanlaatuisia kasvaimia maailmanlaajuisesti [19]. Useat bakteerit ovat osoittaneet kykyä muuttaa monia reittejä ja molekyylien isäntäsolujen niiden solunsisäisen selviytymistä isännässä. Ajatus, että tartunnan bakteerien voisi edistää karsinogeneesiin jätetään aluksi. Kuitenkin maamerkki tutkimukset 1990-luvun alussa perustettu

C

.

pneumoniae

aiheuttavana aineena eri keuhkosyövässä, tuloksena on uusi suuntaus tieteellisen keskittymistään malleja bakteeri yhdessä syöpiä (5, 6).

C

.

pneumoniae

bakteerien johdettu efektorimolekyyleille voi muuttaa sisäistä ympäristöä isäntäsolun tuotannon avulla krooninen tulehdus, tuumorin suppressorimekanismien, immunosuppression, ja transformaatio solujen siirto onkogeenien [7, 13, 14 , 20-22]. Proteiinit

C

.

pneumoniae

tullaan olemassa isäntäsolussa aikana kroonisen infektion ja jotkut proteiinit voivat siirtyä moniin soluelimiin isäntäsolun kuten tumaan, endoplasmakalvosto, Golgin laitteen, mitokondriot jne proteiinit tulla vastaanottavaan ytimiä on monia haittavaikutukset, jotka voivat estää tai edistää tiettyjä tärkeitä biologisia toimintoja johtaa syövän kehittymiseen.

Subsellulaariset proteiinia kohdistaminen voidaan ennustaa erilaisia ​​työkaluja, joka toimii eri periaatteilla ja eri parametreja. Nämä parametrit sisältyvät komposiitti motiivien kautta keinotekoinen hermo rehu-eteenpäin verkko, erilaisia ​​sitovia uria Importiini α, yksinkertainen Hidden Markov malli, identiteetti /linjaus haku, lineaarinen motiiveja ja niiden rooli solujen signalointi ja sääntelyä, tukivektorikone (SVM), ja toiminnallinen toimialuetiedot yhdessä peräkkäinen kehittyminen tiedot [23-28]. Me ennusti sub solun proteiinien kohdistetuissa cNLS mapper, BaCeILo ja Hum-mPLoc 2,0 ennustavia saavuttamiseksi tarkempia ja johdonmukaisia ​​tuloksia.

Nuclear lokalisaatiosignaaleja (NLSs) ovat erittäin tärkeää varmistaa selektiivinen kuljetusta proteiinien ydin [29]. CNLS Mapper työkalu oikein paikantaa ydinvoiman lokalisointi signaaleja (NLSs) erityisesti sen Importiini α /β-reitin ennustamalla Maanmittauslaitoksen tulokset. Lasketusta NLSs jaetaan kahteen luokkaan, monopartite (1 emäksinen rypäs) ja kahdenvälisellä (2 emäksinen rypäs) NLSs mukaan olemassaolo klusterin rikas perus aminohappotähdettä. Lisäksi tulokset Maanmittauslaitoksen arvioidaan neljä luokkaa profiilien määriteltyjen katkaista arvoja. Korkeammat arvot Maanmittauslaitoksen pisteet osoittavat enemmän Maanmittauslaitoksen toimintaa. Proteiinit, joilla raja-arvo 8-10 ennustettiin paikallisena tumaan, 8-10 kuten osittain tumassa, 3-5 kuten sekä tumassa ja sytoplasmassa, ja 1-2, koska varsinkin sytoplasmassa. Proteiinit

C

.

pneumoniae

osoittaa välittäjän raja-arvo on sisällytetty vain tiettyjen raja-arvo proteiinia luettelossa kuten raja-arvo 7,5 tai yli pyöristettiin jopa 8 kun 7,4 tai alle on pyöristetty 7. cNLS mapper käytettiin laskea NLS aktiivisuuden asemesta Maanmittauslaitoksen sekvenssin koska Maanmittauslaitoksen sekvenssit eivät ole niin tiukat [26]. On kuitenkin muistettava, että NLS profiilit cNLS mapper tuotettiin ydin- tuonti joissa käytetään datan hiiva. Siksi ennustaminen NLS muiden lajien ei ehkä ole yhtä tarkka kuin hiivassa, vaikka Importiini α /β-reitin eukaryoottien on erittäin konservoitunut. Tuore tutkimus paljasti uuden bakteerin proteiini SINC joka kohdistuu ydinvoiman kirjekuori tartunnan ja ei-tartunnan viereisen isäntäsolun kanssa potentiaalin muuttamiseksi ydinvoiman kirjekuori toimintoja. Nämä ominaisuudet

C

.

psittaci

bakteerit voivat edistää prosessia tuhoava patogeneesiä [30].

BaCelLo on laskennallinen ennustaja käyttää tutkimuksessamme varten solunosasijaintia proteiinien eukaryooteissa. Eläimiä, kasveja ja sieniä ennustajia toteutettiin BaCelLo; joten käytimme eläinten erityisiä ennustaja. Se perustuu erilaisiin SVMs ennustamiseen ydinaseiden, sytoplasmisen, mitokondrioiden, eritys- ja kloroplastikuljetuspeptidiä kohdistaminen proteiinit [24]. BaCelLo ennustaa subsellulaarisista kohdentaminen perustuu jäämien sekvenssi-informaatioon ja evoluution tiedot sisältyvät kohdistusprofiileja sisällä N- ja C-päät ja koko proteiinisekvenssin.

ennustaminen solunosasijaintia proteiinien ihmisen on enemmän haastava tehtävä. Toinen solunosasijaintia ennustustyökalun Hum-mPLoc 2.0 käytettiin käsitellä ydinvoiman kohdentamista proteiinia ihmisen elimistöön. Hum-mPLoc 2.0 työkalu ennustaa proteiinien kohdistaminen perusteella domain tieto ja juokseva evoluution tiedon. Prediktori laskee 14 subsellulaarisista paikoissa kuten tuma, sytoplasma, mitokondrioissa, solukalvon, Endoplasmakalvostoon extracell, Golgin laitteen, solun tukirangan, endosomissa, lysosomifuusio, peroksisomipro-, mikrosomissa, synapsi, ja keskusjyvänen. Vaikka vertaileva tulokset BaCeILo ja Hum-mPLoc 2,0 osoitettiin pienen eron solunosasijaintia

C

.

pneumoniae

proteiineja isäntä soluelimiin hienoinen ero tulosten BaCeILo ja Hum-mPLoc 2.0 saattaa johtua erilaisista tietojen omilla aineistoja käytetty ennustaminen. Siksi pieni vaihtelut tuloksia on saatu eri välineet voivat olla vastaavasti perusteltuja.

Tässä tutkimuksessa esittelemme järjestelmällisen laskennallinen ennustaminen

C

.

pneumoniae

proteiinien avulla eri toiminta ennustajia: Maanmittauslaitoksen mapper, BaCeILo, ja Hum-mPLoc 2.0, joka toimii eri tietoaineistoja. Ennustaminen BaCeILo perustuu eläinten aineisto, kun taas Hum-mPLoc 2,0 työskennelleet ihmisten erityisiä aineistot, joka sisältää 3681 ihmisen proteiinit luokiteltiin 14 eri ihmisen osa solujen sijainnit. Tämän vuoksi tulokset olivat rajata ja tarkastettu jälkeen käytetään ihmisen aineisto erityisiä ennustaja. On raportoitu, että monet proteiinit voivat paikallistaa tumaan ilman NLS [24, 31]. Lisäksi proteiineja vähemmän kuin 40 kD voi vapaasti diffundoituvat tumaan [32]. Mukaan meidän ennusteiden, vähän vaihtelua tuloksissa odotetaan käytön vuoksi erilaisia ​​työkaluja. Sen vuoksi nämä tulokset

in silico

ennustuksen vaativat vielä kokeellinen todentaminen ennen lopullisen päätelmän. Lisäksi olemme keskittyneet mahdollisia vaikutuksia näiden ydin- kohdistaminen proteiineja kasvainten synnyssä ja syövän kehittymisen.

DNA: n replikaatiota ja DNA: han sitoutuvat proteiinit

perimän epävakaisuuden on ratkaiseva tekijä syöpään. Kuitenkin mekanismit sen kasvun ja kehityksen edelleen ei täysin tunneta. Usein todetaan oletus on, että poikkeamia translesion DNA-synteesiä tai virhealtista fenotyyppejä DNA-replikaatioon osallistuvat genomisen DNA: n epävakautta ja ovat näkyvästi syy syövän kehittymiseen. Tällaiset, virheellinen DNA: n kahdentuminen mekanismeja ovat sekaantuneet etiologiassa monissa syövissä [33-35].

Esimerkiksi DNA-polymeraasi beta proteiini liittyy likimäärin 30% kaikista ihmisen kasvaimista raportoitu tähän mennessä johtuen mutaatioista [33, 34]. Bakteerien DNA-polymeraasi III alayksikköä beta on homologia eukaryoottisen lisääntyvän solun tuma-antigeenin (PCNA). PCNA on tunnistettu molekyyli- merkkiaineena soluproliferaation replikaation aikana [36, 37]. Tutkimuksessamme havaitsimme tumalokalisaatio DNA-polymeraasi III alayksikköä beeta-proteiinia. PCNA on tunnettu mahdollisena antigeeni, joka ilmentyy vaiheen aikana DNA-synteesin solusyklin ja mukana karsinogeneesissä [38]. Siksi aikana infektio, mahdollinen olemassaolo kahden homologeista proteiineja samassa solussa ainutlaatuinen entsyymitoimintamalli muuttaa suhteellista aktiivisuutta isännän proteiinia. DNA-polymeraasi III alayksikköä beta on DNA-replikaation kytketty proteiineja, anomalia DNA-replikaatioon voi toimia myös tekijä kasvun ja syövän kehittymisen.

Toinen kaperoniproteiinina DnaJ homologia Hsp40 on myös ennustettu kuten ydin- tavoite, joka voi muuttaa aktiivisuutta Hsp40 ja mukana karsinogeneesiin [39, 40]. Lisäksi tietyt DNA: n replikaatiota ja sitovien proteiinien ennustetaan myös, kuten ydin- kohdistaminen proteiinit, kuten DNA-gyraasin alayksikön A, yksijuosteisen DNA: n sitova proteiini (SSB), ja primosomal proteiinia, joka voi myös olla mukana syövän kehittymiseen.

Geenien ilmentyminen liittyy proteiinien

Translational sääntely on keskeinen prosessi etenemistä ja syövän kehittymisen. Se hoitaa sekä ilmaisee yleisesti proteiinisynteesiä ja erityiset käännös valikoiva mRNA: iden, jotka voivat tukea erilaisia ​​kasvaimia synnyttävän ominaisuuksia kuten solujen transformaatio, kasvainsolun eloonjäämistä, invaasio, etäpesäke, ja angiogeneesiä. Ydin- kohdentaminen näiden geenien ilmentymisen proteiinien merkitsee niiden mahdolliset roolit kasvua ja kehitystä keuhkosyöpään. Näin ollen muutos geenin ilmentyminen on kytketty kasvun ja syövän kehittymisen kautta dysregulaatio monia kriittisiä geenejä. Dysregulation voi ohjata aktivoinnin proto-onkogeenien ja tukahduttaminen anti-onkogeenien [41].

tulokset Tutkimuksemme osoittavat, että DNA-suunnatun RNA-polymeraasi β ja β ”alayksiköiden

C

.

pneumoniae

kohdistetaan isäntä solun tumassa. Tämä on sopusoinnussa muiden raporttien jotka osoittivat muutoksen tasojen geeniekspression monet isännät, mukaan lukien ihmisten ja muiden eukaryooteissa, koska kanteen bakteerien RNA-polymeraasia. Esimerkiksi erilaiset ihmisen geenejä voidaan transkriptoida osallistumisen kautta bakteeri transkriptio sääntelyviranomaisten käyttämällä

E

.

coli

DNA-suunnattu RNA-polymeraasi II [42, 43]. Näitä ennustettuja transkriptio liittyvien proteiinien voi tehokkaasti sitoutua isäntä DNA ja siten estää sitoutumisaffiniteetti vastaanottavan transkription sääntelyviranomaisten ja lopulta vapauttaa geeniekspression [42]. Vaikka on vahvistettu, että

C

.

pneumoniae

liittyy muuttamiseen isännän geenin ilmentymisen [21], sen osallistuminen etenemistä ja kehittymistä keuhkosyövän ihmisen vaatii vielä kokeellista arviointia. Tuloksemme sisältää tärkeitä havaintoja, jotka voivat edistää tämän kehittyvällä alalla.

DNA-vaurioita ja korjaus proteiinit

Edellinen tutkimus osoitti, että

C

.

pneumoniae

on kyky indusoida DNA-vaurioiden kautta induktion reaktiivisten hapen lajien (ROS) [13]. Meidän havainnot ovat osoittaneet ydinvoiman kohdentamista DNA: ta vaurioittavien proteiineja kuten eksonukleaasi V alayksikköä recB, ribonukleaasi R, exodeoxyribonuclease VII pientä alayksikköä, ja exodeoxyribonuclease VII suuri alayksikkö. Lisäksi on havaittu, että DNA-yhteensopimattomuuden korjauksen on välttämätöntä parantaa oikeellisuuden replikaation useimmissa organismien, kuten bakteerien, hiivan ja ihmisille jne. MutS on tunnistettu proteiini ABC ATPaasi-superperheen, joka on mukana parittomia ja mispaired tukikohdat kaksijuosteinen DNA, joka aloittaa epäsuhta korjaus. Mutaatio MutS voi olla mahdollinen syy kasvun ja syövän kehittymisen [44, 45]. Olemme ennustettu tumaanohjaussignaali DNA mismatch korjaus proteiineja MutS ja MutL analyysin aikana. Muutos mismatch korjaus proteiineja liittyy mahdollisesti erilaisten ihmisen syöpien kuten keuhko-.

Johtopäätös

ehdottanut uutta ja integroiva

in silico

lähestymistapa tunnistamiseksi epäilyttävien rooli on

C

.

pneumoniae

proteiineja kasvua ja kehitystä keuhkosyöpään ihmisen. Tulokset

in silico

ennustuksen paljasti 47 ehdokasta proteiineja. Joista eri proteiinit voivat olla voisi käynnistää syövän kasvua läpi muutoksen replikaatiota, transkriptiota, ja DNA-vaurion korjaus mekanismi. On vahvistettu, että erilaiset proteiinit

C

.

pneumoniae

voi kohdistaa erilaisia ​​soluelimiin kuten tumaan ja muualla isäntäsoluista, joka voi olla etiologinen syy keuhkosyöpään. Meidän ennuste tiedot osoittivat enemmän tarkkuutta laskennallisen ennustuksen käytön vuoksi eri ennustaminen työkalu perustuu eri aineistoja, mikä saattaa viitata siihen, että ydin- kohdistaminen proteiinit

C

.

pneumoniae

voi olla potentiaalisia kohteita keuhkosyöpään hallintaan. Siksi tuloksista

in silico

tutkimuksessa voi avata uusi väylä keuhkosyövän tutkimukseen. Vaikka onkogeeninen ja merkittävä osuus tämän ydin- kohdistettujen proteiinia

C

.

pneumoniae

kasvuun ja kehitykseen syövän ehdotti tietomme ja laskennallisen analyysin, uudistettuun roolit ja spesifisyys näiden ennustetun proteiinin karsinogeneesis- prosessissa vaativat vielä kokeellinen validointi.

Materiaalit ja menetelmät

valinta proteiinin tietokannan

C

.

pneumoniae

on velvoittanut solunsisäinen gramnegatiiviset taudinaiheuttaja, tarttuu ihmisiin ja epäluuloisesti mukana kuin etiologinen keuhkosyöpään [5, 46]. Proteomiin

C

.

pneumoniae

TW-183 ladattiin UniProt tietokannasta. Viisi proteomeja eri kantaa

C

.

pneumoniae

olivat saatavilla [15-18]. Proteomiin TW-183 -kantaa

C

.

pneumoniae

analysoitiin ennustaminen sekä tumalokalisaatiosignaalin ja ihmisen solujen solunosasijaintia eri laskennallisia työkaluja.

ennustaminen tumalokalisaatiosignaalin

cNLS mapper työkalu eukaryoottisoluissa käytettiin ennustamiseen tumalokalisaatiosignaalin TW-183-proteiinia

C

.

pneumoniae

[23]. Täydellinen sekvenssi kunkin

C

.

pneumoniae

proteiinia käytettiin ennustamiseen monopartite ja kaksijakoinen MML järjestyksessä.

ennustaminen solunosasijaintia eukaryootti- soluorganellien

tasapainoinen solunosasijaintia ennustajan (BaCeILo) käytettiin ennustaa solunosasijaintia TW-183-proteiinia

C

.

pneumoniae

eukaryoottisissa soluluokille. BaCelLo on pohjautuu kolmeen erilliseen ennustavat eukaryoottisten valtakuntia kuten eläimiä, kasveja ja sieniä [24]. BaCeILo ennustaa viisi luokkaa sub solusijaintipaikan kuten ydin-, mitokondrion, sytoplasminen, eritys- ja kloroplastiin. Olimme tehneet ennustuksen eläinten erityisten ennustaja käyttää proteiineja TW-183 -kantaa

C

.

pneumoniae

.

ennustaminen solunosasijaintia ihmisen soluorganellien

Lisäksi ihmisen proteiini solunosasijaintia Hum-mPLoc 2.0 (Hum-mPLoc 2,0) ennustajan käytettiin ennustamaan solunosasijaintia TW-183

C

.

pneumoniae

proteiineja tuma ja muiden soluorganellien ihmisen [25]. Hum-mPLoc 2.0 ennustaa neljätoista luokat solunosasijaintia joka sisältää tuma, sytoplasma, mitokondrioissa, Endoplasmakalvostoon keskusjyvänen, solun tukirangan, endosomissa, extracell, Golgin laitteen, lysosomifuusio, mikrosomissa, peroksisomipro-, solukalvon ja synapsi.

synkronointi BaCeILo ennustaa proteiinien Hum-mPLoc 2,0 ennustaja

Lisäksi synkronointi on esimuotoillut varten predication ydinvoiman kohdistaminen proteiinin ihmisen käyttäen Hum-mPLoc 2.0. Tulokset BaCelLo käytettiin kaventamaan osa solun lokalisaatio

C

.

pneumoniae

proteiineja.

tukeminen Information

S1 Taulukko. S1 Taulukko sisältää tietoja tuotteesta ennustetun proteiinin kohdistettu tumaan isäntäsolujen.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0148530.s001

(DOC) B

Kiitokset

Hanke rahoittivat Tutkimusryhmät Program (Research Group numero RG-1436-027), Deanship tieteellisen tutkimuksen, kuningas Saudin yliopisto, Riad, Saudi-Arabia.