Krooninen sairaus

tiivistelmä

polyploidisilla giant syöpäsoluja (PGCCs) ovat morfologisesti erilliset alaryhmä ihmisen kasvainsolujen lisääntynyt ydin- koon tai useampia ytimiä, mutta ne ovat yleensä pidetä tärkeänä, koska niiden katsotaan olevan jakautumattomia ja siten käyttökelvottomaksi . Olemme äskettäin osoittaneet, että nämä suuret syöpäsolut eivät ole ainoa toimiva mutta voi myös jakaa epäsymmetrisesti ja tuottaa jälkeläisiä syöpäsolujen syöpään varsi kaltaisia ​​ominaisuuksia kautta orastava jako. Edelleen ymmärtää molekyylitason tapahtumia osallistuu säätelyyn PGCCs ja sukupolven niiden jälkeläisten syöpäsoluja, me verrattain analysoineet proteomic profiilit PGCCs, PGCCs kanssa orastava tytärsoluksi, ja säännöllinen valvonta syöpäsolujen päässä HEI ja SKOV3 ihmisen munasarjasyöpäsolu linjat ja ilman CoCl

2. Käytimme suurikapasiteettisten iTRAQ-pohjainen proteomic menetelmää yhdistettynä nestekromatografia-sähkösumutusionisaatiota tandem massaspektroskopia määrittämiseksi eriytetty säännelty proteiineja. Suoritimme Western blotting ja immunohistokemiallisissa määrityksissä vahvistaa erot ekspressiokuvioita erilaisia ​​proteiineja välillä PGCCs tai orastava PGCCs ja säännöllinen syöpäsolujen tunnistetaan iTRAQ lähestymistapaa ja myös valitun ryhmän proteiinien kirjallisuudessa. Differentiaalisesti säännelty proteiinit sisältyvät proteiinit, jotka osallistuvat vastauksena hypoksia, kantasolujen sukupolvi, kromatiinin remodeling, solusyklin sääntelyn ja invaasio ja etäpesäkkeiden. Erityisesti olemme havainneet, että HIF-1-alfa ja sen tavoitearvojen STC1 ovat yläreguloituja PGCCs. Lisäksi olemme havainneet, että paneeli kantasolun säätelevä tekijät ja epiteelin-to-mesenkymaalitransitioon sääntelyyn transkriptiotekijöitä ilmentyivät orastava PGCCs, kun taas ilmaus histoni 1 perhe nukleosomaalisten linkkerin proteiineihin oli johdonmukaisesti alhaisempi PGCCs kuin verrokeilla soluissa . Siten proteomic ekspressiomalleja tuottaa arvokasta tietoa taustalla olevien mekanismien PGCC muodostumisen ja suhde PGCCs ja syövän kantasoluja, jos potilaalla on munasarjojen syöpiä.

Citation: Zhang S, Mercado-Uribe I, Hanash S, Liu J (2013) iTRAQ-Based proteomiikan analyysi polyploidisilla Giant Syöpäsolut ja Budding Progeny Cells paljastaa useita erillisiä väyliä munasarjasyöpä Development. PLoS ONE 8 (11): e80120. doi: 10,1371 /journal.pone.0080120

Editor: Nanette H piispanistuin, University of Miami School of Medicine, Yhdysvallat

vastaanotettu: 03 kesäkuu 2013; Hyväksytty: 29 syyskuu 2013; Julkaistu: 14 marraskuu 2013

Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Rahoitus: Tätä työtä tukee Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT) Multi-tutkija Grant; National Institutes of Health R01CA131183-01A2; IP50CA83639 (MD Anderson erikoistunut sovellus huippututkimuksen [SPORE] munasarjasyövän). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

polyploidisilla giant syöpäsoluja (PGCCs) ovat osajoukko suuri epätyypillisiä syöpäsolujen löytyy useimmiten kiinteitä kasvaimia. PGCCs ovat merkittävä tekijä epiteelituumori heterogeenisuus ja käsittävät 0,1%: sta 20% kasvaimen määriä, nämä prosenttiosuudet kasvaa vaiheessa ja pahanlaatuisuuteen [1,2]. Ydin- piirteitä näistä suuri kasvain solujen, myös niiden ydin- koko ja muoto, kromatiinin rakenteessa, useita nucleoli, ja määrä ytimet ovat yleisimmin kuvatut histopatologiset piirteitä ihmisen kasvaimista. Määrä PGCCs yleensä kasvaa patologisen asteen ja vaihe [3-5]. Viimeaikaiset tiedot osoittivat, ettei PGCCs osaltaan kiinteä kasvain heterogeenisuus ja tärkeä rooli kasvaimen aloittamista etäpesäkkeitä, ja chemoresistance [6] ja erytroi- solujen normaalien fibroblastien ja syöpäsolujen [7]. Tietyt mitoosia kemoterapiaa huumeita voi myös lisätä muodostumista PGCCs kasvaimissa, ja PGCCs usein pidetään vaiheessa mitoosi katastrofin ja partaalla apoptoosin [8]. Polyploideja jättisolut voidaan myös havaita luustolihaksiin normaalin kasvun, osteoklastien, viruksen infektoimissa soluissa solukkoviljelmät, ikääntyminen (senescent) solut [9], ja korosti (esim oksidatiivisen tai metabolinen stressi) soluja ja voidaan tuottaa kautta solufuusio tai abortive solusykleihin [10]. PGCCs voi myös palata normaalikokoisen syöpäsolujen (diploidi syöpäsoluja) on jako prosessi nimeltä deploidization [11-14] tai neosis [15]. Kaikki nämä ominaisuudet osoittavat, että PGCCs voi olla tärkeä rooli kasvainten kehittymiseen. Kuitenkin PGCCs ole herättänyt suurta huomiota syöpätutkimuksessa yhteisöä vuoksi niiden huonosti biologia kasvaimissa.

On hyvin tunnettua, että kasvaimet kasvavat happiniukkaan ympäristössä, ja hypoksia voi helpottaa muodostumista ja ylläpitoa syöpä kantasolut ja näin lisätä kasvaimen kasvua [16-18]. Viime aikoina käytimme kobolttikloridia (CoCl

2), hypoksian jäljittelevää laajalti käytetään anemian [19,20], puhdistaa ja saavuttaa vakaan kasvun PGCCs jotka muuten olisivat erilaistuneet normaalikokoisen syöpäsoluja ja osoitti, että PGCCs on syöpä kantasolun kaltaisia ​​ominaisuuksia [6]. Edelleen ymmärtää taustalla olevien mekanismien mukana ero asetuksessa säännöllisen syöpäsoluja, PGCCs, ja PGCCs kanssa orastava tytärsoluksi käytimme isobaaristen koodaus suhteellisen ja absoluuttisen määritysrajan (iTRAQ) tunnistaa ilmennetty eri proteiinien PGCCs ja orastava jälkeläiset soluihin käyttäen HEY ja SKOV3 solulinjoja mallijärjestelminä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

hoito ja käyttö hiiret hyväksymän MD Anderson Institutional Animal Care ja käyttö komitea.

Syöpä solulinjoja ja kulttuuri

ihmisen munasarjasyövän solulinjoissa HEI ja SKOV3 hankittiin American Type Culture Collection. Kulttuuri HEI ja SKOV3- solujen kuvattu aikaisemmin ryhmämme [21]. Kahden syöpäsolulinjojen pidettiin täydellisessä Eaglen minimum essential väliaineessa (EMEM), joka on vähintään essential medium, johon on lisätty naudan sikiön seerumia ja antibiootteja.

Generation ja puhdistus PGCCs

HEI ja SKOV3 soluja viljeltiin täydellisessä EMEM T75- pulloissa, kunnes ne saavuttivat 90% konfluenssin. Sillä PGCC sukupolven, CoCl

2 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) lisättiin pulloihin lopulliseen konsentraatioon 300 uM ja viljeltiin 48-72 tunnin ajan, kuten aiemmin on kuvattu [6]. Sen jälkeen, kun huuhdeltiin 1 x fosfaattipuskuroitu suolaliuos (PBS), soluja viljeltiin säännöllisesti EMEM. Useimmat normaalikokoisen HEI soluista kuoli tämän käsittelyn jälkeen, ja vain hajanaisia ​​PGCCs selvisi hoidon jälkeen CoCl

2. Kymmenen 14 päivää myöhemmin, PGCCs talteen käsittelemällä CoCl

2 ja orastava tytär peräisin olevien solujen PGCCs havaittiin ja valokuvattiin. Sen jälkeen kolme kertaa tehtyjen hoitojen CoCl

2 (hankkia tarpeeksi puhdistettu PGCCs), pullot puhdistettua PGCCs (1 x 10

6) kerättiin Western blotting ja iTRAQ analyysi ennen PGCCs syntyy tytär soluja. Kun PGCCs viljeltiin täydellisessä väliaineessa ja talteen kolme tai neljä hoidot CoCl

2, PGCCs (4 x 10

4) hiljattain orastava tytärsoluksi (1 x 10

5) (noin 30% PGCCs ja 70% orastava tytärsolut) käytettiin proteiinin uutto ja myöhempää analyysiä varten.

valmistaminen proteiinin uutteita

tuore pelletit puhdistettua PGCCs, 30% talteen PGCCs ja 70% pieniä tytärsolut, ja valvonta-solut suspendoitiin uudelleen 1 ml: aan solun pesupuskurilla (ProteaPrep Cell Lysis Kit ; Protea Biosciences, Morgantown, WV, USA) ja sitten sentrifugoitiin 12000 x

g

5 min 4 ° C: ssa. Kahden pesun jälkeen, solupelletit suspendoitiin uudelleen 500 ul: aan ProteaPrep soluhajotuspuskurin ja inkuboitiin jäillä 30 min. Ajoittainen sonication käytettiin täysin solujen hajottamiseksi; solulysaatti sentrifugoitiin 12000 x

g

10 minuutin ajan 4 ° C: ssa, ja supernatantti siirrettiin puhtaaseen 1,5 ml: n putkeen. Ennen varastointia supernatantin -70 ° C: ssa, anionista happolabiileja pinta-II pesuainetta (Protea Biosciences) kasaantumisen supernatantti hajonnut käyttäen muurahaishappoa.

iTRAQ merkitseminen Proteiininäytteet

iTRAQ-pohjainen proteomiikka-analyysi tehtiin Protea Biosciences (katso valmistajan ohjeet). Lyhyesti, sen jälkeen, kun pitoisuudet viisi näytettä kunkin proteiinin analysoida oli mitattu, näytteet saostettiin asetoniin 6: 1-suhde (asetoni: näyte), ja koko proteiini-isolaatteja viiden näytteen suspensoitiin uudelleen vähintään 60 ul: aan liukenemisen puskuria ja 1 ui denaturoivaa päässä iTRAQ kit. Sitten 2 ui pelkistintä ja 1 ui kysteiinin salpausreagenssissa lisättiin kuhunkin näytteistä. Digestion jälkeen lisäämällä 2 ug trypsiiniä, näytteet leimattiin iTRAQ reagenssit (taulukko S1) lisäämällä sisältö iTRAQ injektiopullon näyteliuoksille (Protea Biosciences). ITRAQ reagenssit liuotettiin uudelleen 50 ui: aan etanolia. Sen jälkeen, kun iTRAQ ampulliin lisättiin, näytteitä inkuboitiin huoneenlämpötilassa 60 minuutin ajan. 100 ui deionisoitua vettä lisättiin kuhunkin näytepulloon, ja näytteitä inkuboitiin 30 minuutin ajan huoneenlämpötilassa. Näytteet voidaan verrata toisiinsa yhdistettiin ryhmässä ja lyofilisoitiin ja liuottaa uudelleen voimakasta kationinvaihtohartsia (SCX) saattamisen puskuria.

Korkean suorituskyvyn nestekromatografia fraktiointi

Näytteet proteiinin fraktioitiin käyttäen SCX ProteaTip SpinTips (Protea Biosciences). Kärjet pestiin ensin kaksi kertaa lisäämällä 50 ui SCX laimentamisliuoksen (Protea Biosciences). Sitten näytteet ladattiin spin vihjeitä ja sentrifugoitiin 6000 rpm: ssa 3 minuutin ajan ja pestiin sitten lisäämällä 50 ui laimentamisliuoksen päälle spin kärki. Näytteet spin vihjeitä pestiin sitten jälleen SCX laimentamisliuoksella ja eluoitiin peräkkäin 150 ui eluointi liuosta, joka koostuu 20, 40, 60, 80, 100, 150, 250, tai 500 mM ammoniumformiaattia 10% asetonitriiliä. Kahdeksan fraktiot, jotka vastaavat kutakin suolapitoisuus kerättiin. Kukin fraktio puhdistetaan toistuvia lyofilisoimalla ja happokäsittely. Sen jälkeen, kun lopullinen lyofilisointi, pilkontatuotteet liuotetaan 40 ui asetonitriili /vesi /muurahaishapolla (5% /95% /0,1%) B

nestekromatografia-sähkö- ionisaatiomassaspektrofotometrisesti

Massaspektrometrinen ( MS) analyysi näistä näytteistä suoritettiin käyttäen QTRAP 5500 järjestelmä (Applied Biosystems, Toronto, Kanada) hankintaan MS ja tandem MS (MS /MS) tiedot. Peptidit ladattiin Kinetex 100,0 x 2,1 mm: n C18-pylvästä (100 Ä, 2,6 m; Phenomenex, Torrance, CA, USA) ja sitten toimitettiin liikkuva vaiheen eluointi puskurissa A ja puskuria B (katso taulukko S2 yksityiskohtaista tietoa eluutio). Peptidit eluoitiin virtausnopeudella 200 ul /min. Nestekromatografia eluentti suunnattu sähkösumutusionisaatiota lähde kvantitatiivinen aika-of-lennon MS-analyysiä. Sähkösumutusionisaatio suoritettiin tietojen riippuvaisen hankinta positiivisen-ionin tilassa spray jännitteellä 5 kV ja valitun massa-alue 100-1000

m Twitter /

z

. QTRAP 5500 järjestelmä toiminut datariippuvainen hankinta tilassa. Kolme runsaimmin veloitetaan peptidejä edellä 5 jonolukemakynnyksen valittiin MS /MS.

Peptidit tunnistetaan ja määritetään kvantitatiivisesti käyttäen ABI Protein ProteinPilot ohjelmisto 3.0 (Applied Biosystems, CA, USA). Paragon algoritmi ProteinPilot ohjelmistoa käytettiin peptidin tunnistamista. Jokainen MS /MS-spektri oli vastaavuushaku Kansainvälisen Protein indeksi ihmisen proteiini tietokantaan, ja tunnistettujen proteiinien 95%: n luottamusväli hyväksyttiin perusteella luottamuksesta tulokset saadaan käyttämällä ProteinPilot ohjelmistoa. Peittävyysprosenttia laskettiin prosenttiosuutena vastaavia aminohappoja tunnistaa peptidit, joilla luottamus on suurempi kuin 0 jaettuna kokonaismäärä aminohappojen sekvenssin.

immunohistokemiallinen värjäys PGCC johdettujen hiirissä

inokulaation nude-hiirten säännöllisesti HEI syöpäsolujen tai PGCCs ja sen jälkeen kasvaimen kasvu oli kuvattu aiemmin [6]. Kymmenen PGCCs ja 1 x 10

6 säännöllisin HEI syöpäsolujen kullekin nude-hiiriin injektoitiin ihonalaisesti kylkiin hiirillä. Hiiret tapettiin ja tuumorit poistettiin, jolloin kasvaimen keskimääräinen halkaisija saavutti 0,5-1,0 cm. Immunohistokemiallinen värjäys ja kasvainkudoksen suoritettiin käyttäen avidiini-biotiini-peroksidaasi-menetelmällä kuten aiemmin on kuvattu [6]. Parafinoidut Kasvainkudos parafiini ksyleeniin ja rehydratoitiin käyttäen arvostellaan laimennoksia alkoholin veteen. Pesun jälkeen PBS: llä, osat kasvainkudoksen altistettiin antigeenille haku 0,01 M natriumsitraattia (pH 6,0) autoklaavissa 10 minuutin ajan. Sen jälkeen kun endogeenisen peroksidaasin ja epäspesifistä proteiinisuodatinta leikkeet tukossa, leikkeitä inkuboitiin primaarisilla vasta-aineilla yli yön 4 ° C: ssa kostutetussa kammiossa (katso taulukko S3 tarkemmat vasta-tiedot). Olemme sittemmin käsitelty näytteet biotinyloidun vuohen anti-kani-IgG: tä, ja signaali havaittiin käyttäen leimattua streptavidiini-biotiini-järjestelmän läsnä ollessa kromogeenin 3,3′-diaminobentsidiiniä. Tumat vastavärjättiin hematoksyliinillä.

Western blot-analyysi

perusteella proteomic tuloksia, ryhmä mahdollisesti tärkeät proteiinit on valittu kirjallisuudessa määritettiin Western blot. Solu-uutteita puhdistettua PGCCs, PGCCs kanssa orastava tytärsolut, ja ohjaus solut hajotettiin jääkylmässä puskuriliuosta. Proteiinit solut erotettiin 10% natriumdodekyylisulfaattia-polyakryyliamidigeelillä ja siirrettiin polyvinylideeni fluoria kalvo (GE Healthcare, Waukesha, WI, USA). Sen jälkeen, kun on estetty 5% rasvatonta maitoa Tris-puskuroidussa suolaliuoksessa, jossa oli 0,1% Tween-20: ssa 1 h huoneen lämpötilassa, kalvot inkuboitiin sopivan primaarisen vasta-aineita, 4 ° C: ssa yön yli ja sitten sekundaarisia vasta-aineita huoneenlämpötilassa 1 h. Proteiinin ilmentyminen mitattiin sekoitetut ECL Plus-reagenssia (GE Healthcare Life Sciences, Pittsburgh, PA, USA) ja kehitettiin käyttämällä X-OMAT 2000 elokuva prosessori (Eastman Kodak, Rochester, NY, USA). Kaikki Western blot kokeet kahdennettu, ja β-aktiini käytettiin proteiini-loading ohjaus.

Tulokset

CoCl

2 aiheuttama muodostumista PGCCs

Kuten aiemmin on kuvattu, muodostumista PGCCs voidaan indusoida käsittelemällä CoCl

2 [6 ]. Korkeat pitoisuudet CoCI

2 tappaa selektiivisesti diploidisolut, kun taas alhaiset pitoisuudet voivat aiheuttaa PGCC muodostumisen kautta solufuusio. Kuten kuviossa 1 on esitetty, ohjaus- HEI soluja epäsäännöllisen muotoisia pieniä liitoksissa. Hoito CoCl

2 suurena pitoisuutena (300 uM 72 ja 48 h HEI ja SKOV3- soluja, tässä järjestyksessä) tappoi suurimman osan erilaistuneet solut, ja PGCCs voitiin selvästi visualisoida jälkeen poistimme uivaa kuolleita soluja. Kun viljelmät toipunut CoCl

2 hoitoa, elossa PGCCs syntyy tytär solujen kautta orastava kun viljellään täydellisessä median kanssa 10% seerumia [6].

(A) Ohjaus HEY soluja. (B) HEI PGCCs käsittelyn jälkeen CoCl

2. (C) HEI PGCCs tuottavan tytärsoluksi kautta orastava (mustat nuolet). (D) Ohjaus SKOV3- soluja. (E) SKOV3 PGCCs käsittelyn jälkeen CoCl

2. (F) SKOV3 PGCCs tuottavan tytärsoluksi kautta orastava (mustat nuolet).

Protein tunnistaminen ja suhteellinen proteiini kvantifiointiin PGCCs ja ohjaus syöpäsolujen

Voit selvittää globaalin proteiini allekirjoitus liittyy muodostumista PGCCs, teimme proteomiikka-analyysi puhdistettiin PGCCs ja verrataan proteiinin ilmentymistä niiden kanssa kontrollisoluissa ja PGCCs olevien orastava. Me eristetty yhteensä proteiiniextraktien HEI PGCCs yksin, HEI PGCCs kanssa orastava tytärsoluksi, hallita HEY soluja, SKOV3 PGCCs yksin, ja ohjata SKOV3- soluja. Proteiinit pilkottiin trypsiinillä, leimattu iTRAQ reagenssit (114-117), ja analysoitiin käyttäen tandem-massaspektrometriaa tunnistamaan eroja proteiinin tasot näiden ryhmien välillä. Kattavuuden lisäämiseksi proteiinin tunnistamiseen ja /tai luottamusta tuotetut tiedot, näytteet iTRAQ-leimattua kahtena seuraavasti: HEI PGCCs, 114; HEI PGCCs kanssa orastava, 115; ohjata HEY, 116; SKOV3 PGCCs, 116; ja ohjaus SKOV3, 117. Käyttämällä iTRAQ tunnistimme ja lajitellaan eri proteiineja mukaan Käyttämätön ProtScore. Suhde eri iTRAQ merkintöjen mainitut reagenssit suhteellinen runsaus proteiinien. Kaikkiaan 1188 proteiineja tunnistettiin 95% luottamusväli, jonka ProteinPilot hakualgoritmi ja sovitettu proteiinien Kansainvälisen Protein indeksi ihmisen proteiini tietokantaan. Suhteellinen kvantitointi peptidin suoritettiin ProteinPilot 3.0 ohjelmisto tilastollista analyysiä (

P

0,05) valintaa varten mahdollisesti ilmentyvät eri proteiineja. Hey PGCCs, 64 proteiinit eri ilmaistuna verrattuna PGCCs kanssa orastava tytärsolut ja valvonta-solut; 25 proteiinit säädellään ylöspäin PGCCs ja 39 vaimentua (taulukko 1). Vuonna SKOV3 PGCCs, 62 proteiinit eri ilmaistiin verrattuna ohjata soluihin, joissa 40 säädelty ja 22 alassäädetty (taulukko 2). ITRAQ tietoja eri solutyyppejä HEI voitaisiin luokitella yhdeksään toimintakategorioihin käyttäen PANTHER luokittelujärjestelmän (www.pantherdb.org; kuva S1), mukaan lukien sitovia, katalyyttinen aktiivisuus, entsyymin säädin aktiivisuus, ionikanavavaikutusta, motorisen toiminnan, rakenteelliset molekyylin aktiivisuutta, transkriptio säädin toiminta, kääntäminen säädin aktiivisuus ja kuljettaja aktiivisuutta.

Liittyminen

Protein Name

Tehtävä

peptidit (95%) B% kattavuus

Ratio (Näyte 1: 3)

P-arvo (näyte 1: 3

suhde (Näyte 2: 3) B-P-arvo (Näyte 2: 3) B-ilmentyminen lisääntyy (25) IPI00909303.2CTSB cDNA FLJ58073, kohtalaisen samankaltaisia ​​katepsiini B ( *) Lysosomaalinen kysteiini protease2404.701.75E-024.561.46E-02IPI00011229.1CTSD Cathepsin DTumor invasiveness132.774.165.22E-031.778.00E-02IPI00183695.9S100A10 proteiini S100-A10cell solusyklin etenemisen ja differentiation148.453.386.16E-024.294.91E-02IPI00845339. 1HSPA1B; HSPA1A cDNA FLJ54392, hyvin samankaltainen lämpöshokkiin 70 kDa proteiini 1 (*) proteiinin laskostumista, ja auttaa suojaamaan soluja stress849.453.267.62E-061.443.54E-02IPI00737171.1LOC729317 samanlainen riippuneet jännitteestä anioni kanava 2Mitochondria välittämää apoptosis421.842.718.39E-042.658.23E-02IPI00216308.5VDAC1 Jännite-riippuvaisen anioneille selektiivisen kanavan proteiini 1Mitochondria-välitteisen apoptosis129.332.538.72E-021.681.73E-02IPI00220827.5TMSB10 Thymosin beta-10Cytoskeleton479.552.154.82E-012.611.33E- 02IPI00010402.2SH3BGRL3 Oletetut karakterisoimattomat proteinpotentially mukana vastus solujen apoptoosin indusoiman TNF-α458.412.141.36E-052.191.52E-03IPI00186711.4PLEC Isoform 2 Plectin (*) välinen yhteys kolmen pääkomponentit cytoskeleton433. 672.042.02E-031.781.81E-02IPI00020984.2CANX cDNA FLJ55574, hyvin samanlainen CalnexinChaperone molekyylejä (avustava proteiinin laskostumista ja laadunvalvonta) 231.901.981.38E-012.424.26E-02IPI00940656.1LOC723972; ANP32A 28 kDa proteinInhibitor 1 PP2A443.721.902. 36E-031.851.55E-02IPI00872814.1MSN (moesiini) 68 kDa: n proteinCross-linkkerit välillä solukalvojen ja aktiini-pohjainen cytoskeletons443.061.892.20E-041.794.65E-02IPI00025491.1EIF4A1 Eukaryotic initiaatiofaktoria 4A-IProtein synthesis225.371.645.89E-030,969 .17E-01IPI00220362.5HSPE1 10 kDa lämpöshokkiproteiini, mitokondrio (*) Molecular chaperones1081.371.601.84E-020.979.53E-01IPI00019502.3MYH9 Isoformi 1 myosiiniin 9 (*) Lihas supistuminen ja eukaryoottisia motility233.521.574.19E-021,274 .70E-01IPI00795408.1RPL23 15 kDa proteinRibosomal protein355.711.521.68E-020.895.64E-01IPI00012442.1G3BP1 Ras GTPaasia aktivoivan proteiinin sitova proteiini 1RNA sitovan proteins333.481.503.45E-021.058.64E-01IPI00018352.1UCHL1 Ubiquitin karboksyyliterminaalisen hydrolaasi isoentsyymin L1Protein translaation jälkeiset modification260.091.434.29E-021.153.60E-02IPI00789551.1SNHG4; MATR3 Otaksuttavat karakterisoimattomat proteiinia MATR3Interaction ydin- matriisin proteiinien muodostamiseksi fibrogranular network431.841.267.42E-011.454.94E-02IPI00021405.3LMNA Isoformi A Prelamin -A /CReassembly ydin- kirjekuoren ja solujen division1570.481.247.53E-031.057.28E-01IPI00294578.1TGM2 Isoformi 1 Protein-glutamiinia gammaglutamyylitransferaasi 2absorption ja secretion321.401.249.07E-031.213.24E-01IPI00021812.2AHNAK neuroblasti differentiation- liittyvä proteiini AHNAK (*) Vuoden pseudopod ulkonema ja solujen migration9084.771.204.81E-021.431.18E-02IPI00099550.1UBQLN1 Isoform 1 Ubiquilin-1Protein translaation jälkeisiä modification222.241.189.96E-020.664.57E-02IPI00916861.1MDH1 Oletetut karakterisoimattoman proteiinin MDH1An entsyymi, joka katalysoi malaatti 134.321.115.28E-010.668.16E-03IPI00927101.1RPSA, RPSAP15, SNORA62; SNORA6 Oletetut karakterisoimattomat proteiini RPSANon-integriinin perheen, laminiinireseptori 1.231.821.073.88E-010.401.30E-02Downregulated (39) IPI00217030 .10RPS4X 40S ribosomaalinen proteiini S4, X isoformS4E perhe ribosomien proteins.150.190.988.27E-010.434.20E-02IPI00003362.2HSPA5 HSPA5 proteinMolecular chaperones1454.200.955.95E-010.774.22E-02IPI00554788.5KRT18 keratiini, tyypin I tukirangan 18A keratin proteiinin liittyvä sekretoriseen epithelia853.260.883.80E-020.791.58E-01IPI00003865.1HSPA8 Isoformi 1 lämpöshokin sukulais 71 kDa proteiinia (*) Molecular chaperones ja ATPaasi että purkaminen clathrin päällystettyjä vesicles1156.660.843.24E-010.448.60E- 04IPI00646304.4PPIB peptidyylijohdannaiset-prolyyli cis-trans-isomeraasin BApoptotic ja nekroottinen solu death255.560.832.00E-010.491.41E-03IPI00396485.3EEF1A1 elongaatiotekijä 1-alfa 1 (*) käännös- ja tumasta proteins1157.360.811.24E-010.405.84E -03IPI00010204.1SRSF3 seriini /arginiini-rikas silmukoinnin tekijä 3RNA splicing262.200.813.40E-020.756.19E-01IPI00909232.1HNRNPC cDNA FLJ53542, hyvin samanlainen kuin heterogeeninen ydinaseiden ribonukleoproteiini- CTranscription566.320.798.86E-020.541.71E-02IPI00472119.2- 30 kDa proteinOther450.000.751.33E-020.582.80E-02IPI00025252.1PDIA3 Protein disulfidi-isomeraasia A3Other330.100.753.20E-010.673.85E-02IPI00290460.3EIF3G Eukaryotic translaation aloituksen tekijä 3 alayksikön GProtein synthesis118.440.751.95E-020.442.14E-01IPI00383296.5HNRNPM isoformia 2 heterogeeninen ydin- ribonukleoproteiini MProtein synthesis661.220.741.81E-030.674.79E-02IPI00784154.1HSPD1 60 kDa lämpöshokkiproteiini, mitochondrialMolecular chaperones1356.200.723.32E-020.607.56E-02IPI00216691.5PFN1 profiliiniin-1Cell motility1092.140.721.06E-010,414 .52E-02IPI00465248.5ENO1 Isoformi alfa-enolaasia Alpha-enolaseOther2274.420.711.51E-040.418.15E-03IPI00910458.1HNRNPK cDNA FLJ54552, hyvin samanlainen kuin heterogeeninen ydin- ribonukleoproteiini- KProtein synthesis665.830.699.61E-020.461.39E-02IPI00479191.2HNRNPH1 51 kDa proteinOther548.730.691.38E-010.234.10E-02IPI00554648.3KRT8 Keratiini, tyypin II solun tukirangan 8Cell skeletal655.690.647.05E-020.352.24E-03IPI00382470.3HSP90AA1 Isoform 2 lämpöshokkiproteiini HSP 90-alphaMolecular chaperones941.220.621.20E-010,582 .89E-02IPI00215780.5RPS19 40S ribosomaalisen proteiinin S19Protein synthesis562.070.602.58E-020.274.04E-02IPI00020599.1CALR CalreticulinPromoting makrofagien tuhoaa vaarallisten syöpäsolujen cells331.650.584.41E-040.835.25E-01IPI00008524.1PABPC1 Isoform 1 polyadenyloivat-sitovan proteiinin 1Käännökset initiation533.650.547.06E-040.517.02E-02IPI00010740.1SFPQ Isoform Long ja jatkaminen tekijä, proline- ja glutamiini-richProtein synthesis347.810.542.56E-030.481.33E-01IPI00005087.1TMOD3 Tropomodulin-3127.270.549.94E-031.106.73E-01IPI00012493 .1RPS20 40S ribosomaalisen proteiinin S20Protein synthesis147.900.534.10E-020.422.01E-01IPI00465365.4HNRNPA1 Isoform A1-A heterogeeninen ydin- ribonukleoproteiini A1Protein synthesis1281.560.516.02E-040.463.10E-01IPI00010779.4TPM4 Isoform 1 Tropomyosin alfa-4 chainCell motility887 .500.471.42E-021.591.75E-01IPI00027834.3HNRNPL heterogeeninen ydin- ribonukleoproteiini- LProtein synthesis129.710.474.74E-020.572.79E-01IPI00396378.3HNRNPA2B1 Isoformi B1 heterogeeninen ydin- ribonukleoproteiineissa A2 /B1Protein synthesis1271.390.467.20E-030.392.49E-03IPI00419585. 9PPIA peptidyylijohdannaiset-prolyyli cis-trans-isomeraasin AApoptotic ja nekroottinen solu death992.730.464.23E-030.372.04E-02IPI00796366.2MYL6 cDNA FLJ56329, hyvin samanlainen myosiinin kevyt polypeptidiin 6Cell motility255.040.452.54E-021.171.84E-01IPI00749113.2DUT Isoformi 3 Deoksiuridiinin 5′-trifosfaatti nucleotidohydrolase, mitochondrialCycle DNA repair142.060.451.67E-010.572.32E-02IPI00419258.4HMGB1 korkea liikkuvuusryhmän proteiini B1In ydin on vuorovaikutuksessa nukleosomeihin, transkriptiotekijöiden ja histonien järjestää DNA ja säätelee transcription.550.230.446.41 E-021.744.03E-03IPI00410693.4SERBP1 SERPINE1 mRNA sitova proteiini 1, isoformi CRA_dInteract kanssa CHD3 joka on yksi komponenteista histonideasetylaasi complex348.600.442.48E-040.642.95E-01IPI00966060.1SYNCRIP SYNCRIP proteiinia (fragmentti) Protein synthesis333. 330.441.52E-020.261.77E-04IPI00479997.4STMN1 StathminMicrotubule purkaminen ja solujen cycle346.310.276.36E-030.513.94E-02IPI00217468.3HIST1H1B Histone H1.5Nucleosome rakenne kromosomaalisen fiber980.090.263.88E-021.185.91E-01IPI00217465.5HIST1H1C Histone H1.2Nucleosome rakenne kromosomaalisen fiber1182.160.231.27E-021.145.41E-01IPI00217466.3HIST1H1D Histone H1.3Nucleosome rakenne kromosomaalisen fiber1077.830.232.02E-020.897.04E-01Table 1. proteiinit ilmentyvät differentiaalisesti joukossa hEI PGCCs, HEY PGCCs jossa Puhkeavat, ja valvonta HEY.

CSV Lataa CSV Liittyminen

Protein Name

Tehtävä

peptidit (95%) B% kattavuus

Ratio (Sample PGCC: kontrolli) B P arvo

voimistuvan proteiinit (40) IPI: IPI00923597.2NDRG1 cDNA FLJ39243 fis, klooni OCBBF2008283, hyvin samanlainen proteiini NDRG1Increase fosforylaation NEU /erbB2-reseptorityrosiinikinaasia ja aiheuttaa kasvua ja erilaistumista cells528.296.493.94E-03IPI: IPI00845339 .1HSPA1B; HSPA1A cDNA FLJ54392, hyvin samanlainen Kuumenna shock 70 kDa: n proteiini 1Tärkeää proteiinin laskostumisen ja auttaa suojaamaan soluja stress1245.875.152.95E-04IPI: IPI00169383.3PGK1 fosfoglyseraattikinaasin 1on entsyymi, joka osallistuu glycolysis1172.662.491.36E- 03IPI: IPI00479186.7PKM2 Isoform M2 pyruvaattikinaasin isotsyymien M1 /​​M2M2-PK on sytosolinen entsyymi, joka osallistuu fosforylaatioon histoni 1.1874.392.431.40E-07IPI: IPI00219018.7GAPDH glyseraldehydi-3-fosfaatti dehydrogenaseAn entsyymin, jotka liittyvät glykolyysiin 1577,312. 331.51E-04IPI: IPI00015947.5DNAJB1 DnaJ homologi B-alaryhmän jäsenenä 1Interact kanssa STUB1 ja HSP (lämpöisku- proteiini) A4132.622.171.27E-02IPI: IPI00302592.2FLNA Isoformi 2 filamiini-AParticipates in ankkuroiminen kalvon proteiinien aktiini cytoskeleton1945.622.163.50E-02IPI: IPI00018140.3SYNCRIP isoformi 1 heterogeeninen ydinvoiman ribonukleoproteiini- QInteract kanssa ACF, APOBEC1, SYT7 ja SYT9126.652.114.37E-02IPI: IPI00947127.1LDHA L-laktaattidehydrogenaasin ketju isoformi 3AN entsyymi liittyvät glycolysis859.002.071 .65E-05IPI: IPI00022774.3VCP siirtymävaiheen Endoplasmakalvosto ATPasePutative ATP-sitovat proteiinit rakkulan liikenteen ja fusion642.062.072.67E-03IPI: IPI00414676.6HSP90AB1 lämpösokkiproteiini HSP 90-betaMolecular chaperones852.352.064.19E-03IPI: IPI00298994.6TLN1 Talin- 1Assembly aktiinisäikeiden ja leviämistä ja solujen kulkeutumista 330.262.042.55E-03IPI: IPI00396485.3EEF1A1 elongaatiotekijä 1-alfa 1 (*) käännös- ja tumasta proteins1157.362.021.77E-04IPI: IPI00218319.3TPM3 Isoformi 2 Tropomyosin alpha -3 chainMuscle supistuminen ja solun tukirangan ei-lihaksen cells765.732.006.43E-04IPI: IPI00900293.1FLNB filamiini-B-isoformi 1Intracellular viestintä ja signalointi silloittamalla proteiini actin1134.181.998.81E-06IPI: IPI00465248.5ENO1 isoformi alfa- enolaasia Alpha-enolaseA glykolyyttisissä enzyme2784.561.969.69E-07IPI: IPI00003865.1HSPA8 Isoformi 1 lämpöshokin sukulais 71 kDa proteiinia (*) Molecular chaperones ja ATPaasi että purkaminen clathrin päällystettyjä vesicles1455.571.862.00E-04IPI: IPI00019502.3MYH9 Isoformi 1 myosiinin-9 (*) lihaksen supistumisen ja eukaryoottisia motility538.981.841.17E-02IPI: IPI00218918.5ANXA1 anneksiini A1Inhibits NF-KB: n sitoutumalla p65 subunit669.361.775.58E-03IPI: IPI00909232. 1HNRNPC cDNA FLJ53542, hyvin samanlainen kuin heterogeeninen ydin- ribonukleoproteiineja CInfluence pre-mRNA: n prosessointi ja muut näkökohdat mRNA aineenvaihduntaa ja transport366.671.754.91E-03IPI: IPI00930688.1TUBA1B Tubuliinin alfa-1B chainForm microtubules1248.121.742.23E-02IPI: IPI00014898.3PLEC Isoform 1 PlectinA toisiinsa kolmen pääkomponentit cytoskeleton332.711.713.68E-02IPI: IPI00013808.1ACTN4 Alpha-aktiini-4AN aktiini-sitova proteiini ja mukana metastaattisen processes321.621.713.42E-02IPI: IPI00549725.6PGAM1 fosfoglyseraattimutaasi 1Catalyzes sisäinen siirto fosfaattia group235.041.704.29E-02IPI: IPI00007752.1TUBB2C Tubuliinin beta-2C chainForm microtubules1062.471.661.00E-02IPI: IPI00930226.1ACTG1 cDNA FLJ57283, hyvin samanlainen Actin, sytoplasminen 2Ylläpito on cytoskeleton2070.511.638.74E- 03IPI: IPI00179330.6RPS27A Ubiquitin-40S ribosomaalisen proteiinin S27aTargeting solun proteiinien degradation557.051.586.80E-03IPI: IPI00382470.3HSP90AA1 Isoform 2 lämpöshokkiproteiini HSP 90-alphaMolecular chaperones 1051.051.561.10E-02IPI: IPI00000874.1PRDX1 Peroxiredoxin-1 ( *) jäsen antioksidantti enzyme1070.851.552.46E-04IPI: IPI00335930.1DAZAP1 Isoformi 2 DAZ liittyvä proteiini 1Involved in sukusolujen kehityksen ja gametogenesis217.721.541.22E-02IPI: IPI00010796.1P4HB proteiini disulfidi-isomeraseprotein disulfidi isomerase338.391.524. 68E-03IPI: IPI00909303.2CTSB cDNA FLJ58073, kohtalaisen samankaltaisia ​​katepsiini BLysosomal kysteiini protease339.271.503.55E-03IPI: IPI00027463.1S100A6 Protein S100-A6Cell solusyklin etenemisen ja differentiation350.001.451.28E-02IPI: IPI00418471.6VIM VimentinThe suuria tukirangan osa mesenkymaaliset cells3581.761.431.61E-02IPI: IPI00418169.3ANXA2 Isoform 2 anneksiini A2Involved solun liikkuvuudessa, kytkös kalvoon liittyvän proteiinin komplekseja aktiinitukirankaan, endosytoosin, 1168.351.414.26E-02IPI: IPI00017963.1SNRPD2 Pieni ydin- ribonukleoproteiini Sm D2Pre (B).