Krooninen sairaus

tiivistelmä

mahdollista kliinistä käyttökelpoisuutta geenimerkit liittyy vaste fluoropyrimidiiniä hoitoon peräsuolen syöpäpotilailla edelleen kiistanalainen huolimatta laajassa tutkimuksessa. Tavoitteena oli testata kliininen pätevyys sekä uusia ja aikaisemmin tunnistetut markkerit haittatapahtumien laajassa kliinisessä ympäristössä. Olemme tehneet havainnoiva farmakogeneettisten tutkimuksen alussa haittatapahtumien kohortin tutkimuksessa 254 kolorektaalisyöpä hoidetuilla potilailla 5-fluorourasiilin tai kapesitabiini. Kuusitoista variantteja yhdeksän folaatista (farmakodynaaminen) ja lääkeaineita metaboloivan (farmakokineettinen) entsyymejä on analysoitu yksittäisinä markkereita ja /tai allekirjoitukset markkereita. Löysimme Merkitsevä yhteys

TYMP

S471L (rs11479) ja varhainen annoksen muutosten ja /tai vaikeita haittatapahtumia (oikaistu OR = 2,02 [1,03; 4,00], p = 0,042, säätää tai = 2,70 [1,23; 5,92 ], p = 0,01 vastaavasti). Siellä oli myös merkittävä yhdistyksen välillä näiden fenotyyppien ja allekirjoitus

DPYD

mutaatioita (oikaistu OR = 3,96 [1,17; 13,33], p = 0,03, säätää tai = 6,76 [1,99; 22,96], p = 0,002 vastaavasti ). Emme tunnistaa merkittäviä assosiaatioita yksittäisten ehdokas farmakodynaamisten markkereita ja myrkyllisyyttä. Jos ennustava testi varhaisen haittavaikutusten analysoinut

TYMP

ja

DPYD

variantit allekirjoituksena, herkkyys olisi 45,5%, positiivinen ennustearvo vain 33,9% ja siten huono kliininen voimassaoloaika. Useimmat tutkimukset ovat tähän mennessä olleet toimiva harkita useita ja farmakodynaamisen variantit samanaikaisesti, mutta tämä vastaavanlaisia ​​yksilöityjen tietojen käytöllä voi yhdistettävien meta-analyysit ratkaista epävarmuutta mahdollinen kliininen hyödyllisyys näistä merkeistä.

Citation : Jennings BA, Loke YK, Skinner J, Keane M, Chu GS, Turner R, et al. (2013) arvioiminen Ennakoiva Farmakogeneettisellä allekirjoitukset haittavaikutukset peräsuolen syövän hoidetuilla potilailla fluoropyrimidiineille. PLoS ONE 8 (10): e78053. doi: 10,1371 /journal.pone.0078053

Editor: Andreas-Claudius Hoffmann, Länsi-Saksan Cancer Center, Saksa

vastaanotettu: 15 kesäkuu 2013; Hyväksytty: 09 syyskuu 2013; Julkaistu 22 lokakuuta 2013

Copyright: © 2013 Jennings et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: H.A. Andrews Memorial Fund (Oddfellows) rahoitetaan meidän näytteiden keräämistä ja genotyypin määritystä. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

folaatti-riippuvainen yhden hiili aineenvaihdunta on tavoite lääkeryhmien, joita käytetään laajasti syövän ja tulehdussairauksien. Kaksi huumeita, 5-fluorourasiilin (5-FU) ja kapesitabiinin, ovat keskeisiä lääkehoito kolorektaalisyövän sekä pitkälle ja adjuvantti asetukset; niitä käytetään monoterapioita tai yhdessä muiden kemoterapia ja biologisia tekijöitä. Sekä folaatin aineenvaihduntaa ja kataboliaan 5-FU: n ja kapesitabiinin riippuu useista entsyymejä, jotka ovat toiminnallisesti polymorfisia [1]. 5-FU on fluoropyrimidiiniä, joka on käytetty kemoterapeuttinen aine yli viiden vuosikymmenen ajan. Esto tymidylaattisynteesin (TYMS) on tärkeä vaikutusmekanismi 5-FU, mikä johtaa DNA-synteesin esto ja DNA: n korjaukseen. Tämä sytotoksisuus on osittain riippuvainen muodostumista kolmen komponentin kompleksin TYMS, The deoksiribonuk- johdettu 5-FU: n ja 5-metyyli-tetrahydrofolaatti (THF). Tämä voidaan parantaa laajentaminen vähentää folaatin altaita, jotka voidaan saavuttaa, farmakologisesti, koska 5-FU järjestelmät sisältävät foolihapon (Leucovorin), 5-formyyli johdannainen THF: [2].

fluoropyrimidiiniä, kapesitabiinin (aihiolääke, joka on valikoivasti muunnetaan 5-FU kasvainsoluissa), on suunniteltu suun kautta ja olla tarkempi kuin 5-FU, aiheuttaa mahdollisesti eroja turvallisuusprofiili [2-5].

käyttö 5-FU /leukovoriiniin satunnaistetuissa kontrolloiduissa tutkimuksissa adjuvanttihoitoa peräsuolen syöpä on osoitettu parantavan sekä taudista vapaan ja kokonaiseloonjääminen verrattuna pelkästään leikkauksen [6,7]. Myöhemmin, tutkimus osallistujat sai 5-FU /leukovoriiniin, oksaliplatiinin havaittiin merkittävästi parantunut ilman taudin etenemistä oli 9,0 kuukautta, kun 6,2 kuukautta saaneilla 5-FU /leukovoriiniin yksinään (p 0,001) [8]. Kuitenkin neutropenia ja ripuli olivat tärkeitä haittavaikutuksia huomattava tässä tutkimuksessa. Tarve hallita myrkyllisyys on tärkeää, koska tahattomat vaikutukset voivat johtaa potilaan pitää ottaa vastaan ​​pienemmän annoksen tai lyhyempi kurssi kemoterapiaa, on kielteisiä vaikutuksia hyöty /haitta tasapainoa. Näin ollen on olemassa mahdollisia kliinisiä etuja kehittämisestä ennakoivan merkkiaineiden ohjata kliinikot valittaessa henkilöitä, jotka todennäköisimmin hyötyvät (tai ainakin todennäköisesti loukataan) tietyltä lääkitykseen. Jos henkilöt, joilla on korkea alttius haittavaikutusten voitaisiin tunnistaa ennen hoitoa, strategioita, joilla vähennetään riskiä esimerkiksi käyttämällä vaihtoehtoisia kemoterapiahoitojen (perustuen eri aineita tai annoksen) sekä seuraamalla tarkemmin käyttöä lisäämällä tukevia terapeuttisia, voitaisiin soveltaa. Useat tutkimukset ovat tutkineet ennustearvo genotyyppitestien varten hyödyllinen vaste kemoterapialle ja todennäköisyys kemoterapiaa liittyviä haittavaikutuksia [9-20] ja heterogeeninen tehtiin johtopäätöksiä yhdistys yksittäisten merkkiaineiden kanssa hoitotuloksia. Tuore genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa tunnistettiin yksi variantti, joka ei ollut aiemmin liitetty 5-FU farmakokineettisiä tai farmakodynaamisia väyliä ja jättänyt määrittelemättä yhdistys signaaleja aiemmin tunnistettu markkereita tai niiden laskennallisen Proxys [21].

Olemme aiemmin raportoitu meta-analyysi kliinisestä vaikutuksesta

TYMS

ja metyleenitetrahydrofolaattia reduktaasin (

MTHFR

) [22]. Tiedot syntetisoitiin yli 2000 potilasta yleisimmin tutkittu markkereita

TYMS

5’UTR toista polymorfismi (rs45445694) ja

MTHFR

677 C T (rs1801133). Löysimme tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä kliinisen vasteen ja

TYMS

genotyyppi liittyy alhainen proteiinin ilmentymisen vain; Kuitenkin vaikutus koko on pieni (RR = 1,36 [1,11, 1,65] ja RR = 2,04 [1,42, 2,95] etuuksien ja haittatapahtumien vastaavasti) ja ehdottaa siksi vähän kliinistä apuohjelma tämä merkki. Jotkin SNP

DPYD

geeni on vahvasti sidoksissa vakavaa myrkyllisyyttä; eksonin ohittaminen mutaatio intronin 14 (rs3918290) on osoitettu olevan positiivinen ennustearvo vaihtelee välillä 46% [23] ja 100% [17,24]. Hyöty /haitta-suhde riippuu todennäköisesti monimutkaiseen polygeenisten mallia, jossa yksittäisen genotyyppien on vain pieni rooli. Analysoidaan eri polymorfismien samanaikaisesti antaa meille mahdollisuuden harkita lisäaine, synergistinen ja kompensoidaan variantteja foolihappometaboliaan ja anti-folaatin hajoamista, joka voi olla kliinistä hyötyä kuin prediktiivisten allekirjoitukset; mutta tietoja suuret ikäluokat tarvitaan. Tässä tutkimuksessa esittelemme yksilöityjen farmakogeneettisten potilastietoja, jotka voivat yhdistettävien meta-analyysit geenien yhteisvaikutuksia. Meidän tavoitteena oli testata kliinistä pätevyyttä aiemmin havaittujen merkkiaineiden haittatapahtumien laajassa kliinisessä ympäristössä; ja tunnistaa mahdolliset uudet assosiaatiot haittavaikutusten ja ehdokas muunnelmia proksimaalisen entsyymien farmakodynaamisten ja farmakokineettisten polkuja.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkimusasetelma

Tämä on havainnoiva farmakogeneettisten kohorttitutkimuksessa kolorektaalisyövän hoidetuilla potilailla 5-FU tai kapesitabiini.

Osallistujat, asettaminen ja Hoito-ohjelmat

Oheislaitteet kerättiin verinäytteet kaksisataaviisikymmentä-neljä CRC hoidetuista potilaista sisällä Oncology osasto Norfolk ja Norwich University Hospital Norfolk, Englanti välillä 2008 ja 2011. keskustoimisto tutkimuksen eettisten toimikuntien hyväksyi tutkimussuunnitelman (REC viite 07 /H0310 /134) ja kirjallinen suostumus saatiin kaikilta osapuolilta.

potilailla, joilla oli Maailman terveysjärjestön suorituskykyluokan välillä 0 ja 2, käsiteltiin neo-adjuvanttia, adjuvantti ja lievittävän asetukset joko laskimoon 5-FU tai kapesitabiini monoterapiana tai yhdessä muiden aineiden kuten kaksoishoito. Toinen solunsalpaajiin olivat tyypillisesti irinotekaani (FOLFIRI, CAPIRI hoito) tai platina suola oksaliplatiinin (FOLFOX, CAPOX hoito) [25]. Toksisuudet kohdannut kaikki käytetyt aineet arvioitiin mukaan yhteisen terminologia Kriteerit haittatapahtumat (CTCAE) version 4.0. Standardi osastojen protokollaa annosmuunteluun ja lääke lopetetaan.

Baseline ominaisuudet

ikä, sukupuoli, laboratoriotuloksia luuytimestä ja maksan toimintaa, plasmatasot karsinoembryonisen antigeeni (CEA) ja tauti vaiheessa rekisteröitiin jokaiselle osallistujalle alussa hoito-ohjelma. Histologinen luokittelu ja arvosana primaarikasvaimen tallennettiin myös.

Fenotyypit

kliiniset tietoja haittavaikutuksia kerättiin potilastietoja ja laboratorio kaavioita 12 viikon hoidon aloittamista hallinnon . Haittavaikutuksia luokiteltiin mukaisesti CTCAE version 4.0 ruoansulatuskanavan oireet, limakalvo- /suutulehdus, kämmenten ja jalkapohjien oireyhtymä, tuntoharhat ja sydäntoksisuutta, neutropenia, anemia, trombosytopenia ja epänormaalit maksa-arvot.

1. Viivästyksistä ja vähennykset hallinnon fluoropyrimidiinien haittavaikutusten vuoksi kirjattiin ensisijaisena tuloksia annettavasta analyysejä.

2. Asteen 3, 4 tai 5 haittatapahtumia analysoitiin toissijaisia ​​tuloksia. Toksisuus luokitellaan tuntoharhat ei sisälly tilastollinen analyysi potilailla, joita hoidettiin yhdistelmällä solunsalpaajahoitojen koska oire pääosin peräisin oksaliplatiinihoidon. Epänormaalit maksa-arvot eivät olleet mukana analyysien osallistujilla maksametastaaseihin.

Geenit, perimä ja genotyypin analysointi ja analyyttinen pätevyys

Käytimme tai kehittäneet alleeliset syrjintää määrityksissä polymorfiset muodot

MTHFR

,

TYMS

,

DHFR

,

MTHFD

,

SHMT, DPYD, umps, CDA ja TYMP

kuvattu taulukossa 1. Me tunnistaneet perimä kiinnostava järjestelmällisellä uuttamalla tietojen polymorfismien geenien kuvattu

NCBI

ja

SNP 500

tietokantoja tai julkaisuissa, ja niiden ositus oli perustuvat julkaistuihin tietoihin tai sekvenssi-pohjainen ennusteita niiden toiminnallinen vaikutus [17,18,26-34].

1 (a) B Gene symboli, locus

NCBI SNP ID: stä; polymorfismi; luokka mutaatio

PCR pari; ja Taqman

Entsyymi käyttää RFLP analyysiä

1 (b) genotyyppi Frequency homotsygoottisia pääalleelille /heterozygootit /homotsygoottisia pieniä alleelin

merkkiaineet farmakodynamiikka

TYMS

, 18p11.32rs45445694; 5’UTR-; Tandem toista polymorfismi (2R /3R) AAAAGGCGCGCGGAAG ja GCCGGCCACAGGCATNot mukaan geeli analysis84 /116 /53G C 3R alleelin rs45445694; SNPAAAAGGCGCGCGGAAG ja GCCGGCCACAGGCATHae III147 /89 /17rs16430; 3’UTR 1494 -6bp /+ 6 emäsparin; In /delGCAGAACACTTCTTTATTATAGCAACATATAA ja CGATCATGATGTAGAGTGTGGTTATGNot soveltuvissa Geelianalyysin 124/103/26

MTHFR

, 1p36.3rs1801133; 677C T; A222V, MissenseGGGTCAGAAGCATATCAGTCATG ja CACAAAGCGGAAGAATGTGTCHinfI110 /111 /32rs1801131; 1298A C; E429A, MissenseCTACCTGG * AGAGCAAGTCCCCCAA ja GGATGAACCAGGGTCCCCMboII117 /119/17

DHFR

, 5q14.1IVS1 + 59_60insACCTGGGCGGGACGCGCCA; 19 emäsparin introni 1 /del ATGGGACCCAAACGGGC ja CACCCTTCCTGCCAGCGNot mukaan geeli analysis62 /135/56

MTHFD1

, 14q24rs2236225; 1958G A; R653Q, MissenseTTCCAATGTCTGCTCCAAATCC ja CCTTCCGATTCCAAATCAATTCMsp181 /123/49

SHMT1

, 17p11.2rs1979277; 1420c T; L474F, Missense

GCCCGCTCCTTTAGAAGTCA ja CTCCGGGAGGAGGTTGAGA;

Ei sovelleta, Taqman probes125 /107 /21Markers Farmakokinetiikan

DPYD

, 1p22rs3918290; IVS14 + 1 G A; Eksoni-ohita SNP intronissa 14CCTCTGGCCCCATGTATG ja AGCAACTGGCAGATTCTTTAATAAAHpyCH4IV250 /3 /01236G A; E412E, synonyymi SNPCTATGCAGTTTGTTCGGACT * GA ja GATGACCACATCGGCTTTCA DdeI243 /10 /0rs67376798; 2846A T; D949V, MissenseTAGAGCAAGTTGTGGCTATGATC * G ja GTCTCATAGCATTCTAATTCCAGCA TaqαI251 /2 /0c1129-5923C G; Introniset SNP luo jatkos siteTTTTATTTCACTCG * GCATCAGCC ja CATTTGACAAATCAGGTTGTCACTTDdeI243 /10/0

umps

, 3q13rs1801019; 638G C; G213A, MissenseTGTGGCAGCGAATCATAC * TG ja GGATCCTGGGCAGCTCTBsrI174 /73/6

CDA

, 1p36rs2072671; 258A C; K27Q, MissenseGCTCCCA GGAGGT * CAAG ja TTACCTTTGAAGATTCTCCCCTHpy188III113 /110/30

TYMP

, 22q13 rs11479; 1412C T; S471L, MissenseGCAGGAGGCGCTCGT ja CTGACAAGGTTTCGCGGCMnlI207 /44 /2rs112723255; 1393G A; A465T, MissenseGCAGGAGGCGCTCGT ja CTGACAAGGTTTCGCGGCHinP1I234 /17 /2Table 1. geenimerkit analysoitiin ennakoivaa markkereita haittatapahtumien ja biokemiallinen vaste 5FU ja Capecitabine hoitoa.

1 (a) taulukko kuvaa toiminnallisia vaikutuksia jokaisen polymorfismin ja oligonukleotideja ja restriktioentsyymejä käytetään määrityksissä. 1 (b) toimittaa genotyyppien kunkin markkeri esitetään kohortin 253 kolorektaalisyövän osallistuneiden potilaiden farmakogeneettisten analyysissä. (* – Osoittaa ristiriidan kanssa villin tyypin sekvenssin; esitteli poistaakseen /luoda tioentsyymikohdat määritystä varten) CSV Lataa CSV

DNA uutettiin kokoverestä käyttäen tavanomaisia ​​menetelmiä ja osa-jaettiin eriin 96-kuoppalevyille pitoisuudessa noin 100 ng ui

-1. Kaikki seuraavat reaktiot suoritettiin myös 96-kuoppaisilla levyillä ja 8 kanavan automaattinen pipetit käytettiin kaikki nestemäiset siirtoja. Viisitoista PCR reaktiot käsitti 100 ng DNA: ta, 200 nmol L

-1 kutakin aluketta ja 1 x PCR Thermo Start Mastermix (ABgene UK, Epsom, Englanti) on 25 ul: n tilavuudessa. PCR-olosuhteet jokaisessa määrityksessä vaihtelivat jakson numero ja hehkutus lämpötilassa, mutta kussakin tapauksessa alkudenaturaatio suoritettiin 95 ° C: ssa 5 minuutin ajan, ja PCR-reaktio liittyy lopullinen pidennysvaihe 10 minuuttia 70 ° C: ssa.

restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (RFLP) analyysi käytettiin 12 määrityksistä. Kussakin tapauksessa, 10 ui PCR-tuote digestoitiin yön yli 37 ° C: ssa 20 ul: n reaktiotilavuudessa. Käytetyt entsyymit (New England Biolabs, Hitchin, UK) ja kunkin reaktion on kuvattu taulukossa 1 (a). PCR-tuotteet elektroforoitiin 1 X Tris /boraatti /EDTA, 3% Metaphor agaroosia (FMC Bioproducts, Lichfield, UK) geeliä Stretch laajuinen laite (ABgene, Epsom UK) 80 V: ssa 50 minuuttia.

SHMT1

määritys ’an Pitoisuus Design ”kit alukkeiden ja Taqman käytettiin Taqman perusseosta (Applied Biosystems, Warrington, Iso-Britannia) ja 100 ng DNA: ta 25 ul tilavuus . Applied Biosystems standardi pieneen uraan sitova PCR-reaktion olosuhteita käytettiin; 50 ° C 2 minuuttia; 95 ° C: ssa 10 minuutin jälkeen 40 sykliä 60 ° C 1 minuutti ja 92 ° C: ssa 15 sekunnin ajan.

Useat valvonnan vaiheet mukana meidän vakiotoimintamenettelyjä.

1. Genotyyppispesifinen eikä DNA valvontaa käytettiin.

2. Vähintään 10% näytteet jokaisesta genotyypattiin toisen kerran.

3. 677C T ja 1298A C alleelia

MTHFR

loci on osoitettu olevan kytkentäepätasapainossa koska nämä variantit ovat hyvin harvoin löytyy

cis

[33,35,36]. C1129-5923C G introni SNP on

DPYD

on tiukasti sidoksissa 1236G A, ja siksi nämä SNP odotetaan löytyy henkilöitä diplotype.

4. Käytimme tarkka testi Hardy-Weinberg mittasuhteet analysoida taajuuksia genotyyppien havaittujen kunkin lokuksen poikkeamisen Hardy-Weinberg tasapaino (HWE).

Tilastollinen analyysi

päätavoitteena oli arvioida yhdistyksen yksittäisten ehdokas SNPs ja myrkyllisyyttä. Oikaistu testi trendi oli ennalta määritetty menetelmämme tilastollista analyysia, mutta täydellisyyden, ja jotta meidän tietoja meta-analyysiin muut, myös laskettuna yhdistysten avulla hallitseva ja väistyvä malleja.

oikaisemattomat tulokset, laskimme kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusvälit (CI) suoraan välissä riski sekä 5-FU annosta muuttamalla ja riski asteen 3, 4 tai 5 myrkyllisyys tapahtumia ja kunkin SNP. Otimme homotsygoottisia pääalleelille viiteryhmäksi. Käytimme pisteet testi suuntaus kertoimet. Soviteltua tuloksia, käytimme ehdoton logistista regressiota arvioida syrjäisimpien alueiden ja 95% CI välillä riski kahden tulosten ja kunkin SNP, ikä-, sukupuoli, edellinen kemoterapiaa ja hoito-ohjelman.

Laske oikaistu testi trendi, me asennettu SNP tulos (0, 1 tai 2) jatkuvana lopputulos. Täydellisyyden vuoksi myös laskettu, onko alleelien lisääntynyt sairauden riskin alla hallitseva (1 + 2 versus 0) ja resessiivinen (2 versus 0 + 1) malleja. Kun oli pieni solumäärä (odotusarvo 5) käytimme Fisherin arvio oikaisemattomaan tuloksia ja emme laskea tulokset säädetyn mallin. Analysoimme dataa Stata versio 12 (StataCorp, 2011). Monet testit suoritettiin niin, vaikka se ei muodollisesti säätämällä monimuuttujille, me ennalta määritetty, että tulokset oikaistun testi suuntaus olisi otettava keskeiset tulokset.

Tulokset

Osallistujat ja hoito-ohjelmien

254 osallistujaa rekrytoitiin tutkimukseen. Yksi osallistuja sittemmin suljettu joka oli meneillään yhdistelmä kemosädehoidon varten okasolusyöpä peräaukko.

Potilaiden ominaisuudet on koottu taulukkoon 2. mediaani-ikä osallistujia oli 67 vuotta, ja miesten ja naisten suhde oli 1,34: 1. Useimmat osallistujat (209, 82,60%) on käynnissä ensilinjan kemoterapiaa.

Ominaisuus

Number (%) B Males145 (57.31) Females108 (42.68) Mediaani age67Age range23 – 88HistologyAdenocarcinoma221 (87,01) mucinous adenocarcinoma25 (9,84) Muu /Unknown7 (2,76) Modified Dukes luokitus diagnoosin

* A6 (2,36) B56 (22.05) C1121 (47,64) C226 (10,24) Ensimmäinen rivi ChemotherapyYes209 (82,60) No44 (17.39) hoito regime5-FU monotherapy63 (24.90) Combination kemoterapiaa 5-FU31 (12,25) Kapesitabiini monotherapy58 (22.92) Combination kemoterapiaa kanssa capecitabine101 (39.92) Taulukko 2. Demografiset, kliiniset ja patologiset tietoja 253 peräsuolen syöpäpotilaille.

* Dukes pisteet jälkeisestä kirurgiset histopatologia raportit jos käytettävissä. CSV Lataa CSV

Fenotyyppikuvaus

109 253 (43,08%) osallistujista sisältyvät farmakogeneettisten analyysissä oli annoksen viive tai muuttamista, ja 44 (17.39%) oli 3. tai 4. asteen haittavaikutus; tai kuoli syistä (vatsaoireita, maksan vajaatoiminta, sydämen oireiden ja tromboembolinen sairaus), joiden katsottiin liity taudin etenemistä 12 viikon kuluessa aloittamista kemoterapiakäytäntö. Vakavia haittavaikutuksia havaittiin useammin potilailla, jotka saivat yhdistelmää kemoterapiaa verrattuna saavien fluoropyrimidiinien monoterapiana (22% vs. 12%: lla, katso taulukko S1).

genotyypin analysointi ja analyyttinen pätevyys

pisteytys genotyypit oli 99,5% onnistunut ensimmäisellä kierroksella määrityksissä ja 100% onnistunut jälkeen hylkäyksen näytteet ja toistoja oli määritettiin uudestaan.

genotyyppi taajuudet on kuvattu taulukossa 1 (b). Yleisin vähäinen alleelin (

DHFR

) oli taajuudella 49% ja harvinaisin vähäinen alleeli (

DPYD

, rs67376798) oli taajuudella 0,4%. Nämä taajuudet yhtyi kuin löytyy tietokantoja muissa Pohjois-Euroopan populaatiot joka on sopusoinnussa aiempien havainto, että 94% väestöstä palvelee rekrytointi sairaalan ovat valkoisia ja syntynyt Englannissa [37].

Oli ei epäjohdonmukaisuuksia data-analyysi rastiliput mukana kunkin erän, tai kahtena analyysit, tai havaintoja kytkentäepätasapaino-. Mitään merkittäviä poikkeamia HWE havaittu.

Tilastollinen analyysi

väliset suhteet kunkin SNP ja annoksen muutokset tai vakavaa myrkyllisyyttä on esitetty taulukossa S2. Kertoimet suhde (syrjäisimpien alueiden) ikä-, sukupuoli, edellinen kemoterapiaa ja hoito-ohjelma on esitetty. Sillä

MTHFR

ja

DPYD

SNP, olemme sisällyttäneet analyysi varianttien kanssa samat toiminnalliset vaikutukset kuin allekirjoitusten vaihtoehtoisten polymorfismien.

tulokset mukautettu testi trendi oli ennalta määritelty tärkein hypoteesia-testaus data. Mutta neljä loci oli nolla havaintoja homotsygoottisia alaikäisen alleelin, jolloin käytimme säätää hallitseva malli.

Löysimme Merkitsevä yhteys aikaisin annosmuutoksiin ja vaikeita haittatapahtumia (oikaistu OR = 2,02 [1,03; 4,00], p = 0,042, säätää tai = 2,70 [1,23; 5,92], p = 0,013 vastaavasti päässä hallitseva malli) ja

TYMP

(rs11479). Siellä oli myös merkittävä yhdistyksen välillä näiden fenotyyppien ja allekirjoitus

DPYD

mutaatioita (oikaistu OR = 3,96 [1,17; 13,33], p = 0,03, säätää tai = 6,76 [1,99; 22,96], p = 0,002 vastaavasti ). Olemme myös löytäneet merkittävän suuntaus

TYMP

(rs11479), joka perustuu kahden havaitun homotsygoottisia alaikäisen alleelin.

oikaistu tuloksia, jotka emme korostaa (moninkertaisen vertailuja ja koska merkittävä testi sillä suuntaus on paras signaali vaikutus) on (1) yhdistys annosmuunteluun ja

DHFR

in /del hetero-; oikaistu OR 2,19 [1,12; 4,28], p = 0,023, ja OR 2,15 [1,13; 4,08], p = 0,020 hallitseva malli (2). Yhdistys vakavaa myrkyllisyyttä ja tai

SHMT1

(rs1979277) hetero-; mukautettua OR 0,40 [0,18; 0,88], p = 0,023 verrattuna CC homotsygootteja, ja OR 0,47 [0,23-0,97], p = 0,041 hallitseva malli. Mikään muu oikaistu tulokset olivat merkittäviä.

Kliininen voimassaolo ja Impact

Taulukko S1 esittää yksityiskohtaisia ​​tietoja varten markkereita liittyy vakavia haittatapahtumia (

DPYD

ja

TYMP

genotyyppien) ja kliinisen fenotyypin tiedot 44 osallistujille, jotka oli vakavia haittatapahtumia. Yhdeksästätoista 44 osallistujien kanssa vaikeita haittatapahtumia suorittaa ainakin yhden ehdokkaan ennakoivan markkereita.

Jos havaitsemisen yhdistetyn SNP allekirjoitusta käytettiin diagnostinen menettely tunnistaa ne, jotka myöhemmin kärsimään vaikeita haittatapahtumia, herkkyys olisi 45,5%, positiivinen ennustearvo 33,9%. Mahdollinen vaikutus testaus yhdistetyn SNP allekirjoituksen ja muuta sitten eri solunsalpaajahoito sairastavilla henkilöillä voidaan arvioida hypoteettinen kliininen väestö 1000 potilasta. Jos nämä potilaat oli samanlaiset ominaisuudet kuin meidän kohortin, 233 heistä yhdistetään SNP allekirjoitus positiivinen. Vaikutus muuttaa hoito näillä 233 potilaalla olisi 79 vähemmän vakavia haittatapahtumia. Täällä, 95 potilasta olisi vielä vaikeita haittatapahtumia (alas alkuperäisestä 174 ilman testausta suoritettu). Kuitenkin 156 potilaalla on yhdistetty SNP allekirjoitus olisi ollut niiden hoito muutettu mitään erityistä hyötyä, koska ne eivät olisi mennyt kehittämään vaikeita haittatapahtumia.

Keskustelu

Esitämme analyysi toiminnallisesti tärkeä geneettinen variantteja ja farmakodynaamisen polkuja, jotka vaikuttavat vastaus fluoropyrimidiineille. Fenotyyppeihin tutki olivat haittatapahtumia tunnistettiin annos viivästyminen tai annoksen 12 viikon verran haittavaikutusten vuoksi, ja CTCAE-aste 3, 4 tai 5 tulokset.

Farmakokinetiikka

Jokainen farmakokineettisen variantteja, pidämme pakottavat ehdokkaita ennustavaa markkereita, koska heillä on tunnettu tai otaksuttu toiminnallisia vaikutuksia entsyymejä tarvitaan huumeiden hajoamista tai niiden aineenvaihdunta aktiiviseen muotoon .

DPYD

variantit analysoitiin lukemiin entsyymi puutos tai puuttuminen ja niiden toiminnalliset vaikutukset voidaan havaita heterotsygoottista harjoittajille. Kuitenkin jokainen

DPYD

SNP on harvinaista, mikä vähentää niiden potentiaalista kliinistä käyttökelpoisuutta ennakoivaa markkereita. Tässä tutkimuksessa siis olemme myös tutkinut

DPYD

-versioiden allekirjoituksen vaihtoehtoisten polymorfismien, ja löysi vahvan yhdessä varhain haittavaikutuksia (katso taulukot S1 ja S2).

TYMP

koodaa tymidiinifosforylaasia; aktiivisuuden ja ilmentymisen, jotka on raportoitu rooli tuumorigeneesissä sekä aktivaation 5-FU: n ja kapesitabiinin [38]. Esitämme romaani havainto noin variantti, joka on nyt testataan itsenäisen kohortin. On olemassa merkittävä assosiaatio aikaisin haittatapahtumat ja

TYMP

SNP rs11479 (katso taulukot S1 ja S2), vähäinen alleeli aiheuttaa aminohapposubstituution (esim NP_001107227.1: p.Ser471Leu, vaikka vaihtoehtoinen liitos muotoja on kuvattu). Tämän tärkeys variantin on epäselvä; aminohapposubstituutio tapahtuu aivan pyrimidiini rylaasilla C terminaalista domeenia useimmissa malleissa ja Ser tässä asemassa ei ole laajalti säilynyt nisäkkäillä. Kuitenkin, variantti voi olla myös kytkentäepätasapainossa toisen polymorfismi, joka on toiminnallisesti tärkeä. Eräs edellinen farmakogeneettiset tutkimus

TYMP

SNP, kuten rs11479, ei löytänyt yhdessä haittavaikutus kämmenten ja jalkapohjien oireyhtymä pienessä (n = 130) sekoitettuna kohortti rinta- ja kolorektaalisyövän hoidetuilla potilailla kapesitabiinia [ ,,,0],39]. Toisessa pienessä tutkimuksessa paksusuolisyövän potilailla (n = 60) ei yhdessä selviytymisen löydettiin synonyymi

TYMP

SNP, rs470119 [40].

Emme löytäneet merkittäviä yhdistyksiä tai trendejä aikaisin annoksen muuttamiseen tai vaikeita haittatapahtumia ehdokkaana varianttien

umps

(rs1801019) ja

CDA

(rs2072671). Geneettisiä variantteja näistä loci on aiemmin liittynyt vaikea neutropenia ja ripuli saaneilla potilailla 5-FU [41], ja kämmenten ja jalkapohjien oireyhtymä saaneilla potilailla kapesitabiinia [39].

farmakodynamiikka

estäminen thimydylate syntaasi on tärkeä farmakodynaamisen fluoropyrimidiineille mutta tasapaino folaatin lajien sisällä biokemiallinen reitti voi riippua entsyymin variantit keskeisissä haarautumiskohtiin [1]. Olemme siis tutkinut ehdokas polymorfismien varten

MTHFR

,

DHFR

,

MTHFD1

, ja

SHMT

lisäksi

TYMS

. Nämä ovat ei-synonyymejä SNP tai variantteja, jotka vaikuttavat transloimattomat valvonta alueilla; jokainen polymorfismi on osoittanut tai otaksuttu vaikutus geenin ilmentymistä tai toimintaa.

Ei merkittäviä yhdistysten tai suuntauksia havaittiin yksittäisten polymorfismien, jotka on luokiteltu alhainen aktiivisuus tymidylaattisyntaasia variantteja ja myrkyllisyyden 12 viikon kuluessa (taulukko S2). Analyysissä

TYMS

genotyyppejä, on ehdotettu, että haplotyyppi sijaan genotyypin analyysi voi parantaa herkkyyttä ja spesifisyyttä farmakogeneettisten testaus. G C polymorfismi nukleotidin 12 TYMS 28 emäsparin VNTR toistoelementtiä on ehdotettu vaikuttaa sekä ilmaus TYMS

in vitro

ja tasot 2’Deoksiuridiini

in vivo

. Kuitenkin julkaistut tiedot eivät osoita, että suurin osa mahdollisista genotyypit ei ole tutkittu suhteessa 5-FU herkkyys; Eri menetelmiä on käytetty testaamaan geenin ilmentymisen; ja päätelmät otaksuttu funktionaalisia vaikutuksia ei ole yhteneviä [28,42-45]. Toinen haplotyypin kliinistä merkitystä [46] käsittää 5 ’ja 3’

TYMS

variantteja, rs45445694 ja rs16430 (kutsutaan myös rs34489327) ja on kytkentäepätasapainossa [9,12,32]; mutta taas on ollut ristiriitaisia ​​havaintoja toiminnalliset vaikutukset 3 ”polymorfismi [19,32,47].

Aiemmissa systemaattinen tarkastelu ja äskettäin kirjallisuudessa etsiä farmakogeneettisten tutkimuksia kolorektaalisyövän hoidetuilla potilailla fluoropyrimidiinien, ei muita tutkimuksia tunnistettiin, jotka sisälsivät analyysi

DHFR

,

SHMT

tai

MTHFD1

genotyypit. Yhdistyksille suurentunut annosmuunteluun kartoitettiin erityisesti

DHFR

genotyypit ja vähentynyt riski saada vakavia haittavaikutuksia erityisesti

SHMT

genotyyppejä tässä tutkimuksessa. Mutta emme painottaa näitä tuloksia, koska ne ovat peräisin oikaistun hallitseva malli vain ja ei ollut välistä yhdenmukaisuutta 2 fenotyypit mukaan (taulukko S2).

Yhteenvetona ei havainnut merkittäviä tai pakottavaa assosiaatioita yksittäisten ehdokas farmakodynaamisten markkereita ja myrkyllisyyttä. Tämä saattaa heijastaa monimutkaisuus ulkoisen ja sisäisen vaikuttavia tekijöitä fluoropyrimidiini vastaus ruokavaliovalmisteissa folaatin; Leucovorin tarjotaan osana terapeuttista järjestelmää; ja vaihtelua folaattia oton.

rajoitukset havainnointitutkimukset

havaintoihin luonne Tämän tutkimuksen tarkoittaa, että mahdollinen harha ei voida sulkea pois. On olemassa useita tekijöitä, jotka voisivat painottumista nolla. Tämä voi johtua epätäydellisestä tallennuksesta haittavaikutusten, puuttuvat tiedot, tai potilaat, joilla on varhainen annosmuutoksiin ja /tai profylaktinen interventioita ennen korkeampaan palkkaluokkaan tapahtumia. Pieni vaikutus koot yhdessä alhaisten alleelin esiintymistiheys joissakin tapauksissa olisi vähentänyt tehoa tutkimuksen havaitsemiseksi merkittävää yhteyttä. Sitä vastoin tyypin I virhe voi ilmetä myös virheellisesti raportoi merkittävä havainto, kun ei oikeastaan ​​ole totta -alueella. Tämä voi johtua useista testaus monipuoliset geenimerkit (erityisesti post-hoc tai ”data troolauksen ’analyysit) ja on ongelma, joka voidaan lievittää kautta Bonferroni korjausta. Kuitenkin Perneger tuodaan esiin useita metodologisia heikkouksia Bonferronin korjaukset (kuten kohonnut tyypin II virheitä tai vääriä negatiivisia), ja hän suosittelee Bonferroni korjausta ”ei pitäisi käyttää arvioitaessa näyttöä tietyistä hypoteeseja” [48]. Tämä seikka on erityisen tärkeä tutkimuksemme koska olemme keskittyneet arvioinnin ennalta määriteltyjen muunnokset valitaan tiukan tarkastelun kirjallisuudessa, ja olemme vain korosti yhdistysten tunnistettu oikaistu testit trendi ja

a priori

hypoteeseja .