Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

tert-geeni on käänteiskopioijaentsyymin komponentti telomeraasi ja on välttämätöntä ylläpitämiseksi telomere DNA pituus, kromosomi vakautta ja solujen kuolemattomuus. CLPTM1L geeni koodaa proteiinia liittyy sisplatiinin vastus, ja se on hyvin säilynyt ja ilmaista erilaisissa normaaleissa tai pahanlaatuinen kudosten, kuten keuhkoissa.

Methods

Voit testata tätä hypoteesia, me genotyyppi kaksi merkittävää SNP tert- rs2736098 ja CLPTM1L-rs4016981 on tapauskontrollitutkimuksessa 501 syöpätapausta ja 576 syöpää vapaa valvontaa Kiinan nonsmoking väestöstä. Tiedot demografiset ja riskitekijöistä saatiin kussakin tapauksessa ja valvonta koulutettu haastattelija. Geenipolymorfismien määritettiin TaqMan menetelmiä.

Tulokset

Huomasimme, että homotsygoottinen variantti geneettistä mallia TERT geeni liittyi merkitsevästi lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään kanssa säätää OR 1,72 (95% CI = 1,19-2,51,

P

= 0,004 varten heterogeenisyys). Yhteinen vaikutus TERT- ja CLPTM1L suurentunut riski keuhkosyöpä kanssa tarkistetaan OR on 1,31 (95% CI = 1,00-1,74,

P

= 0,052 varten heterogeenisuus).

Johtopäätös

Genetic variantit TERT- ja CLPTM1L voivat vaikuttaa alttiuteen sairastua keuhkosyöpään, varsinkin adenokarsinooma kiinalaisten naisten tupakoivilla.

Citation: Li C, Yin Z, Wu W, Li X, Ren Y, Zhou B (2013 ) Geneettinen vaihtelut tert- CLPTM1L Geenit ja keuhkosyövän riskiä Kiinan Naiset tupakoivilla. PLoS ONE 8 (5): e64988. doi: 10,1371 /journal.pone.0064988

Toimittaja: Graham R. Wallace, University of Birmingham, Iso-Britannia

vastaanotettu: 24 lokakuu 2012; Hyväksytty: 19 huhtikuu 2013; Julkaistu: toukokuu 30, 2013

Copyright: © 2013 Li et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat apurahan no.81272293 National Natural Science Foundation of China, myöntää no.81102194 National Natural Science Foundation of China, myöntää no.LS2010168 Liaoningin maakunnan Department of Education, ja myöntää no.00726 Kiinasta lääkintöhallituksen.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Background

maailmanlaajuisesti syöpä on yksi johtavista syy syöpään liittyvien kuolemien. Useimmat syöpätyypit ovat johtuvan geenien ympäristön yhteisvaikutus. Suuri määrä tutkimukset ovat keskittyneet geenin polymorfia ja syöpäalttiutta. Sen lisäksi useita erilaisia ​​perinnöllinen kasvain, useimmat satunnaisia ​​tapauksia on vielä auki. Uusimmissa tutkimuksissa kiinnittää huomiota telomeraasin käänteiskopioijaentsyymin (tert), halkio transmembraani- 1 kaltainen (CLPTM1L) -geenin vaihtelu, joka locus kromosomissa 5p15.33. Monet genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) syöpää on raportoitu, ja edellyttäen, että tert- CLPTM1L genomin alueella liittyvä riski sairastua keuhkosyöpään. Useimmissa tutkimuksissa pääasiallisena tapauksista ja valvonta olivat tupakoineita että oli vaikea sanoa, ovatko ne geenit liittyvät keuhkosyövän tai tupakan käyttö [1]. Lisäksi huomattava osa keuhkosyövän Aasian naisilla esiintyykin tupakoimattomilla, joka mielenkiintoisesti on suhteellisen korkea rage syövän [2]. Lisäksi edellinen tutkimus osoitti näyttöä siitä, että yhdistysten genotyypin polymorfismien keuhkosyöpä riski voitaisiin sekoitti sukupuolen tai tupakoinnin [3]. Siksi teimme genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa ei-tupakointi naaraat Kiinan Han väestöstä.

tert-geeni on käänteiskopioijaentsyymin komponentti telomeraasi ja on välttämätöntä ylläpitämiseksi telomere DNA pituus, kromosomi vakautta ja cellular kuolemattomuus [4], [5]. Telomeraasiaktiivisuus havaittiin 85% -90% ihmisen syövissä. Lisäksi telomeeripituuden useimmissa kasvaimia pidetään voimassa vuoksi poikkeuksellisen ilmaista että telomere pahanlaatuisia soluja kuten useimmat syöpäsolujen. Kuitenkin tämä ilmiö ei ole todettu terveydenhuollon kudosten ja solujen [6]. CLPTM1L-geeni koodaa proteiinia, jotka liittyvät sisplatiinin vastus ant se on hyvin konservoitunut ja ilmaista erilaisissa normaaleissa tai pahanlaatuinen kudosten, kuten ihon keuhko-, rinta-, munasarja- kohdunkaulan [7].

Aikaisemmat tutkimukset raportoitu, että TERT- geenin ja CLPTM1L geeni liittyy riski monta tyyppiä syövät. Äskettäin kaksi genomin laajuinen yhdistys tutkimukset ovat tunnistaneet samaa altis alue keuhkosyöpään. Näistä sivustot, rs2736098 joka lokukseen TERT geeni on tunnistettu alttiita. Samanaikaisesti rs401681 ovat alueella korkean kytkentäepätasapainossa (LD), joka sisältää promoottorin alueet TERT- ja koko koodaavan alueen CLPTM1L geenin myös raportoitu paljon. Tämän hypoteesin testaamiseksi, me genotyyppi kaksi merkittävää SNP tert- rs2736098 ja CLPTM1L-rs4016981 on tapauskontrollitutkimuksessa 501 syöpätapausta ja 576 syöpää vapaa valvontaa Kiinan savuton väestöstä.

Materiaalit ja menetelmät

tutkimus Aihe

Saimme eettisen hyväksynnän tutkimuksemme. Nimi eettisen komitean on China Medical University eettisen komitean. Olemme myös lähettää virallisen kirjallisen luopumista etiikan hyväksynnän järjestelmään.

Tämä oli sairaalan johdolla tapauskontrollitutkimuksessa Koillis Kiinassa. Kaikki koehenkilöt eivät liittyneet etnisen Han-kiinalaisia. Ei ollut rajoituksia iästä ja histologia rekrytointiin ja poissulkemisperusteita tapauksista mukana metastasized syöpä, edellinen syöpä ja aiemmat sädehoitoa tai kemoterapiaa. Kaikkiaan 501 keuhkosyövässä tapausta saatiin 2002-2010 ensimmäisessä sidoksissa sairaalan Kiinan Medical University ja Liaoningin syöpä histopatologisesti vahvistettu ensisijainen keuhkosyöpään. 576 syöpää vapaa tarkastuksia valittiin samassa sairaalassa tai läsnä ollut pahanlaatuinen sairaus samana ajanjaksona kuin tapaukset rekrytoitiin ja ne taajuus sovitetaan case aiheista iän (± 5 vuotta). Ohjaimet kärsi pääasiassa keuhkoputkentulehdus, keuhkosairaus ja keuhkolaajentuma. Kaikki henkilöt mukana tässä tutkimuksessa vasta osallistui ilmoitettuaan kirjallinen lupa osallistua.

genotyyppi Analysis

Perimän DNA uutettiin leukosyyttien pellettiä käyttämällä proteinaasi K digestio seurasi fenoli-kloroformiuutolla ja etanolisaostus kuten aiemmin on kuvattu [8]. SNP sekä tert- rs2736098 ja CLPTM1L-rs401681 genotyypattiin tutkijat sokaissut case-control asema välttämiseksi genotyypityksen bias käyttäen TaqMan menetelmiä ja lukea kanssa Sequence Detection Ohjelmiston Applied Bio-järjestelmien 7500 FAST Real-Time PCR mukainen järjestelmä valmistajan ohjeiden (Applied Biosystems, Foster City, CA). PCR TaqMan alukkeiden ja koettimien toimitti Applied Biosystems. Jokainen levy kuului yksi negatiivinen kontrolli (ei DNA: ta), monistaa kaupallinen positiiviset kontrollit (TaqMan valvonta Perimän DNA; Applied Biosystems). Monistaminen tehtiin seuraavissa olosuhteissa: 95 ° C: ssa 10 min, mitä seurasi 47 sykliä 92 ° C 30 s ja 60 ° C 1 min. Validoida -genotyypitystulosten, 10% satunnaisesti valittua näytettä kahdennettu kaikki monistaa oli sovitettu.

Tilastollinen analyysi

Kaksipuolinen

x

2 testillä tutkia eroja jakaumia demografisten ominaisuuksien, valittujen muuttujien ja genotyyppien joukossa tapauksia ja valvontaa. Liitot genotyyppien TERT ja CLPTM1L kanssa keuhkosyövän riskiä arvioitiin laskemalla kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja niiden 95%: n luottamusväli (CI) sekä yhden ja usean logistinen regressio mallien tapaus-verrokki analyysi. Hardyn-Weinberg tasapaino kullekin SNP testattiin Pearsonin

x

2 testiä. Kaikki analyysit suoritettiin säätö ikä ja tulot sekä kaikki yksilöt olivat savuttomia naisia. Kaikki testit olivat kaksipuolisia, ja P 0,05 pidettiin merkittävänä. Kaikki analyysit suoritettiin käyttäen tilasto tuote- ja palveluratkaisuja ohjelmistot (v.16.0; SPSS instituutti Cary, Chicago, IL).

Tulokset

demografiset tiedot 501 keuhkosyöpää ja 576 syöpä vapaa valvonta on esitetty taulukossa 1, jossa keskimääräinen vuotiaita tapausten ja kontrollien (keskiarvo ± SD) ovat lähes identtiset (56,7 ± 11,6 ja 56,2 ± 13,0 vuotta, vastaavasti). Ei ollut merkittävää eroa iän välillä tapausten ja kontrollien (

P

= 0,471). Tapaukset mukana 334 adenokarsinoomat, 90 levyepiteelikarsinoomien ja 77 muita kasvaimia, joilla on erilaisia ​​sairauksista (kuten suuret-solu, pienisoluinen karsinoomia ja Sekasolu tai erilaistumaton karsinoomat). Kaikki yksilöt olivat tupakoimaton naishenkilö.

Havaittu genotyyppi taajuudet joukossa verrokeilla olivat molemmat yhtä mieltä, että odottaa syntyvän Hardy-Weinberg tasapaino (p

2 + 2pq + q

2 = 1,

P

= 0,065 varten rs2736098 ja 0,463 varten rs401681). Kuten taulukosta 2 rs2736098 T alleeli TERT geeni liittyi merkitsevästi lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään (

P

= 0,009 varten heterogeenisyys), jossa on oikaistu syrjäisimpien alueiden 1,27 (95% CI = 1,06-1,52 ). Samalla voisimme tarkkailla lisääntynyt assosiaatio rs2736098 polymorfismin ja keuhkosyövän riskiä yhdessä geneettinen malli (TT vs CC: OR = 1,72, 95% CI = 1,19-2,51,

P

= 0,004 varten heterogeenisyys ). Lisäksi kun yhdistimme variantti genotyyppien (TT + TC) olettaen hallitseva geneettinen malli, yhdistetty variantti genotyypit ei merkittävästi lisääntynyt alttius sairastua keuhkosyöpään. Ei kuitenkaan ole merkittäviä yhdistys osoitti keskenään geneettistä mallia välillä rs401681 vuonna CLPTM1L ja keuhkosyövän riskiä. Sitten yhdisti kaksi SNP arvioida yhteisen vaikutus keuhkosyövän riskiä. Me luokitellut kaikki genotyypit kunkin SNP kolmeen tai kahteen eri ryhmään (trichotomized ja kahtia) lukumäärän mukaan variantin genotyyppien. Kuten taulukosta 2, sillä kaksijakoinen ryhmille, yksilöiden 2 variantti genotyypit oli merkitsevästi lisääntynyt riski keuhkosyöpä, verrattuna yksilöiden 0 tai 1 variantti genotyyppejä. Oikaistu OR on 1,31 (95% CI = 1,00-1,74,

P

= 0,052 varten heterogeenisuus).

Taulukko 3 tiivistää suhdetta tert- rs2736098 ja CLPTM1L-rs401681 genotyyppien keuhkosyöpää ja valvontaa, stratifioituna histologia tyyppi. Rs2736098 T-alleelin TERT geeni liittyi merkitsevästi lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään vuonna adenokarsinooma alaryhmässä (P 0,001 heterogeenisyys), jossa on oikaistu syrjäisimpien alueiden 1,43 (95% CI = 1,17-1,75). Olemme myös saaneet tilastollisesti merkittävästi lisätä assosiaatio rs2736098 polymorfismin ja adencarcinoma riski kaksi geneettistä mallia (TT vs CC: OR = 2,17, 95% CI = 1,44-3,25,

P

0,001 heterogeenisyys; CT + CC vs CC: OR = 1,40, 95% CI = 1,05-1,86,

P

= 0,026 varten heterogeenisyys). Myös kuten taulukossa 3, C-alleelin CLPTM1L-rs401681 lisäsi riskiä keuhkojen adenokarsinooma alakonsernin ja säätää OR on 1,23 (95% CI = 1,00-1,52,

P

= 0,046 varten heterogeenisuus).

keskustelu

Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus, joka on tutkinut kahden GWAS identifioitu geneettisiä variantteja (tert- rs2736098 ja CLPTM1L-rs401681) on 5p5.33 lokuksen ovat liittyy keuhkosyövän riskiä koskaan tupakoinnin Han-kiinalaisten naisilla. Tulokset viittasivat siihen, että variantti alleeli geenin rs2736098 merkitsevästi yhteydessä lisääntyneeseen keuhkosyövän riskiä, ​​erityisesti keuhkojen adenokarsinooma. Toisaalta, tutkimuksemme saanut tietoja lisääntynyt riski keuhkojen adenokarsinooma ja rs401681 C alleeli CLPTM1L geenissä, kun taas muiden geneettisten mallien ei ollut tilastollisesti merkittävää yhteyttä keuhkosyöpä naisilla tupakoivilla.

TERT-geeni on kartoitettu kromosomiin 5p15.33 ja koostui 16 eksonia ja 15 intronia ulottuu 35 kt genomisen DNA: n [9], rs2736098 on lokalisoitu toisen eksonin telomeraasin geenin TERT. TERT proteiini on katalyyttinen alayksikkö ja keskeinen säätelijä telomeraasiaktiivisuuteen. Siksi TERT pidettiin todennäköisempi ehdokas 5p15.33 keuhkosyövän riski [4]. Yliekspressio TERT- ja telomeraasiaktiivisuuden on havaittu monissa kasvaimissa, kuten keuhkosyöpä, ihosyöpä, gliooma. Kuitenkin, toiminnallinen merkitys SNP rs2736098 ei ole selvä ja molekyylitason mekanismi, jolla polymorfismi vaikuttaa keuhkosyövän riskiä ei ole vielä selvitetty. Tutkimuksemme edellyttäen vahvaa näyttöä Kiinan väestön että 5p15.33 saattaa olla syy-alue altistavan keuhkosyöpää alttius, ja vaikutus SNP rs2736098 oli sama Korean väestölle Aasiassa [10]. Tähän mennessä yksikään kyseisistä tutkimuksista suhdetta rs2736098 tert. ja keuhkosyövän valkoihoinen väestö, vaikka huomasimme, että mutaatio alleelin taajuus valkoihoinen väestö oli 37% läpi HapMap sekä tiedot Aasian väestöstä oli 41% (http : //snp.cshl.org/cgi-perl/gbrowse/hapmap24_B36/). CLPTM1L geeni myös sijaitsee kromosomissa 5p15.33 ja se voi olla tärkeä rooli apoptoottisen vasteen. Lisäksi CLPTM1L on myös houkutteleva syöpäalttiusgeeniksi koska se koodaa transkripti, jonka yli-ilmentyminen on yhdistetty sisplatiini vastus [7]. Yliekspressio CLPTM1L mRNA on havaittu monissa syöpätyypeissä, mukaan lukien keuhkosyöpä. Base meidän tuloksiin, rs401681 variantti alleelin TERT ole osuutta keuhkosyövän riskiä naisilla nonsmoker. Kuitenkin, kun ositettu patologia, C alleeli CLPTM1L-rs401681 lisäsi riskiä keuhkojen adenokarsinooma alakonsernin ja säätää OR on 1,23 (95% CI = 1,00-1,52,

P

= 0,046 varten heterogeenisyys). Siksi meidän tutkimuksessa todettiin, että CLPTM1L-rs401681 variantti genotyypit voi olla erilaisia ​​rooleja eri patologian alaryhmiin keuhkosyöpään. Katse takaisin aiempiin tutkimuksiin, tulokset, jotka on raportoitu oli epätyydyttävä ja jopa ristiriitaisia. Esimerkiksi varhainen tutkimus kertoo, että CLPTM1L T genotyypit eivät liittyneet keuhkosyövän riskiä on valkoihoinen väestö [11]. Lisäksi kaksi tutkijat kertoivat, että CLPTM1L geeni polymorfismi ei liittynyt keuhkosyövän riskiä ja Aasian väestöstä [15], [16]. Molemmat olivat sairaalan johdolla aineistoja. Kuitenkin kahdeksan yhdistys tutkimukset osoittivat, että rs401681 alleeli C marginaalisesti kasvanut keuhkosyövässä riski sekä valkoihoisia ja Aasian väestöstä [3], [12], [17] – [22]. Ei kauan sitten, meta-analyysi tutkittuja Yin et al. totesi, että yksilöiden C-alleelin genotyypit oli suurempi riski sairastua keuhkosyöpään [23]. Vaikka tämä tutkimus, silmiinpistävän lisääntynyt riski havaittiin tupakointiin liittyviin syöpien, kuten keuhkosyöpä. Se voidaan selittää, että CLPTM1L proteiini voi olla mukana apoptoosin vaste genotoksinen stressiä. Mahdollisia selitys näille mikä saattaa olla, että alleeli taajuudet eri etnisen olivat varsin erilaiset. Tietojen HapMap osoittavat, että T-alleelin taajuus valkoihoinen väestö oli 43%, mutta tiedot Aasian väestöstä oli 29% (https://snp.cshl.org/cgi-perl/gbrowse/hapmap24_B36/). Erillinen myös voisi koska suuri ero kunkin näytteen kokoa. Useimmat uusimmat GWAS tutkimukset sisälsivät yli kymmenentuhatta tapauksissa sekä valvontaa. Käänteisesti, kun käytetään TaqMan tai PCR-RFLP menetelmän, muut tutkimukset sisälsivät lähes tuhat tapauksissa tai vain useita satoja syöpätapausta. Lisäksi mikä saattaa johtua eri lähteestä kontrolliryhmän tai genotyypitysmenetelmää. Tarkka toiminnallinen of CLPTM1L jää epäselväksi. Edellisessä tutkimuksessa arveltu, se voi olla vahva LD muiden mahdollisten toiminnallisten tai syy SNP [7]. Vielä enemmän, positiivinen suhde rs401681 C-alleeli lyhyempi suhteellinen telomeeripituuden ehdotti, että CLPTM1L geeni oli ehdokkaana vaikuttaa keuhkosyövän herkkyys [24]. Se oli sama tert-rs2736098. Lisäksi pohja mahdollisesta vuorovaikutuksessa vaikutuksen välillä TERT- ja CLPTM1L, me luokitella kaikki genotyypit kunkin SNP kahteen ryhmään sen mukaan, kuinka monta variantin genotyyppien. Dichotomize malli osoitti, että yksilöiden 2 variantti genotyypit oli merkitsevästi lisääntynyt riski keuhkosyöpä, verrattuna yksilöiden 0 tai 1 variantti genotyyppejä.

tert- CLPTM1L genomin alueella ovat olleet laajasti tutkii monissa syövän sivustoja eri populaatioissa, mutta tulokset ovat ristiriitaisia. Gago-Dominguez et ai. [13] todettiin, että muunnos alleeli geenin sekä tert- rs2736098 ja CLPTM1L-rs401681 liittyivät merkittävästi lisääntynyt riski virtsarakon syöpä Kiinan väestön. Siitä huolimatta ei ollut puutetta yhdistyksen välillä yhteisten yhden nukleotidin polymorfismien tert- CLPTM1L lokuksen ja rintasyöpä ei-latinalaisamerikkalainen valkoiset. Lisäksi Chen et al. [14] kertoi, että homotsygoottinen variantti geneettistä mallia tert- rs2736098 lisääntynyt riski gliooma. On huomionarvoista, että tert- CLPTM1L genomin alueella keskuudessa Aasian väestöstä on liitetty suurentunut riski useiden syöpätyyppien. Toisaalta puute tutkimusten tutkittu muiden etnisten ryhmien. Lisää todisteita olisi annettava tulevaisuudessa koskien yhdistyksen välillä tert- CLPTM1L genomin alueella ja syöpäriskin eri rotuja. Lisätutkimukset että otetaan huomioon alaryhmäanalyysi ja ympäristörasituksia tällä alueella ovat tarpeen.

Johtopäätös

Yhteenvetona Tutkimuksemme osoitti, että tert- rs2736098 polymorfismi voi lisätä keuhkosyövän riskiä, ​​erityisesti keuhkon adenokarsinooma naisilla tupakoivilla Kiinan väestöstä. Lisäksi C-alleelin CLPTM1L-rs401680 geeni voi muuttaa riskiä keuhkojen adenokarsinooma. Koska geneettisten polymorfismien usein vaihtelevat etnisten ryhmien, tämä tutkimus voitaisiin laajentaa hyvin suunniteltu tulevaisuudessa tutkimuksia etninen naisilla tupakoimattomien.