Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Kasvaimet käyttäytyvät usein menetys tuumorisuppressorigeeneille tai alleelinen voittoja aktivoitujen onkogeenien. Merkittävä osa syövän alttiuslokukset hiiressä osoittaa somaattisten tappioita tai voittoja sopusoinnussa kasvaimen herkkyyden tai vastus alleeli. Siten alleelispesifinen somaattisten voitot tai tappiot loci voi rajata läsnäolo vastus tai alttiusalleelien. Tavoitteena Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, aiemmin kartoitettu alttiuslokukset peräsuolen syövän osoittavat näyttöä alleelispesifistä somaattisia tapahtumia koolontuumoreissa.

Methods

suoritettu kvantitatiivinen genotyypin 16 yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) osoittaa tilastollisesti merkittävää yhteyttä peräsuolen syövän julkaistu genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS). Me genotyyppi 194 pariksi normaali ja peräsuolen kasvaimen DNA-näytteitä ja 296 pariksi validointi näytteitä tutkimaan nämä SNP varten alleelispesifinen somaattisten voittoja ja tappioita. Olemme yhdistetty analyysi tietojemme julkaistujen tietojen kanssa seitsemän näistä SNP.

Tulokset

Tilastollisesti merkittävää näyttöä alleelispesifistä somaattisten valinta havaittiin testattujen polymorfismien löytö asetettu.

rs6983267

variantti, joka on osoittanut etuuskohteluun menetys ei-riskin T-alleeli suhteellista voittoa riskin G-alleelin aiemmissa tutkimuksissa, suositaan suhteellisen vahvistuksen G-alleelin yhdistetyssä löytö ja validointi näytteitä (korjattu p-arvo = 0,03). Kun yhdistimme tietoja julkaistaan ​​alleelispesifinen epätasapaino tietoja tämän SNP, G alleelin

rs6983267

osoitti tilastollisesti merkittävää näyttöä suhteellisen säilyttäminen (p-arvo = 2,06 x 10

-4).

Johtopäätökset

Tuloksemme viittaavat siihen, että suurin osa variantteja tunnistettiin paksusuolen syöpä alttiusalleelien kautta GWAS eivät näytteille somaattisten alleelispesifinen epätasapaino koolontuumoreissa. Tuloksemme vahvistavat aiemmin julkaistut tulokset osoittavat alleelispesifinen epätasapainon

rs6983267

. Nämä tulokset osoittavat, että alleelispesifinen epätasapaino syövän alttiusalleelien ei voi olla yleinen ilmiö paksusuolen syöpä.

Citation: Gerber MM, Hampel H, Schulz NP, Fernandez S, Wei L, Zhou XP, et al . (2012) Evaluation of alleelispesifiset somaattiset muutokset genominlaajuisten Association Study alttiusalleelien Human kolorektaalisyövissä. PLoS ONE 7 (5): e37672. doi: 10,1371 /journal.pone.0037672

Editor: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Yhdysvallat

vastaanotettu: 17 tammikuu 2012; Hyväksytty: 26 huhtikuu 2012; Julkaistu: toukokuu 21, 2012

Copyright: © 2012 Gerber et ai. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus rahoitettiin osittain NIH /NCI (CA134461 on AET ja CA67941 jotta AdlC) ja Ohio State University Kattava Cancer Center Core avustus (CA16058). MMG oli rahoittanut OSU College of Medicine Systems ja Integrated Biology koulutusta avustusta. NPS oli rahoittanut OSU College of Medicine Medical Student Research Scholarship. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistelua käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Amanda Toland on PLoS ONE Editorial hallituksen jäsen. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

Kasvain ja onkogeeneihin on pitkään tunnustettu näyttämään kopioluvun tappiot ja voitot kasvaimet, vastaavasti [1], [2]. Klassisesti, villityypin alleelin tuumorisuppressorigeeneille on menetetty kasvaimia taas mutatoitunut tai ei-toiminnallisen alleelin esittää selektiivisen kertymisen. Samoin aktivoitu mutaatio tai aktivoitu kopio onkogeenin usein valittu voiton tai vahvistusta kasvaimissa. Aiemmat tutkimukset hiirellä malleja osoituksia siitä, että osajoukko alttiuslokukset ihon ja paksusuolen syöpä osoittaa kannan suhteen spesifisiä tai -tappiot yhdenmukainen näiden lokusten kotelo kasvain edistämällä alleeleja tai kasvain tukahduttamaan alleelien [3], [4]. Esimerkiksi

PTPRJ

, geeni tunnistettiin alun perin aineeksi tuumorisuppressori kartoitus hiiren

SCC1

locus, osoitettiin ensisijaisesti menettää epäillään vastus alleelin osajoukko heterotsygoottinen paksu- ja adenokarsinoomien näytetään heterotsygoottisuuden menetys on

PTPRJ

[3]. Alleelispesifiset voittoja yhden nukleotidin polymorfismi (SNP) in

AURKA

,

rs2273535

, on havaittu useita tutkimuksia Kolorektaalituumorien [5], [6]. Etuuskohteluun alleelinen -tappioiden useita genomin alueita on tunnistettu genominlaajuisten näyttöjä katsomalla yksilöiden useita toisistaan ​​riippumattomia primaarikasvainten [7] ja genomista tutkimuksissa glioblastoma näytteissä vertailua ituradan ja somaattisten genotyyppitietoja [8].

Useat genomin laajuinen yhdistys tutkimukset ovat paljastaneet alleeleja liittyy peräsuolen syöpä (CRC) riski [9] – [16]. SNP

rs6983267

8q24

on liittynyt sekä peräsuolen ja eturauhasen syöpä riski on genominlaajuisten merkitsevyystasolla [9], [17], [18]. Alleelispesifisen kopioluvun analyysit osoittivat, että G-alleelin (oletetun Riskimuodon) tämän variantin osoittaa etuoikeutettu voittoja koolontuumoreissa ja myelooinen leukemia [19] – [21]. Tietääksemme mitään muuta SNP julkaistuista GWAS kirjallisuudesta ovat lopullisesti ja toistettavasti esitetty alleelispesifinen epätasapaino Kolorektaalituumorien, vaikka yksittäiset tutkimukset ovat kuvanneet alleeliset epätasapaino CRC muiden lokusten [7], [22]. Esillä olevassa tutkimuksessa olemme suoritetaan kvantitatiivinen genotyypin 16 tilastollisesti merkitsevä variantteja julkaistu GWAS (mukaan lukien

rs6983267

) pariksi normaalissa paksusuolen ja peräsuolen kasvaimen DNA: ta. Tavoitteena Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää näiden SNP somaattisten voitto alttiusalleelin tai menetys vastus alleelin avulla alleeliset epätasapaino analyysit.

Methods

Human Näytteitä

Ethics lausuma.

tutkimus hyväksyttiin Ohio State University (OSU) Institutional Review Board. Kaikki TET kunhan kirjallinen lupa käyttää niiden kudosten tutkimukseen.

Discovery Set.

Pariksi normaali ja formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotetut (FFPE) kasvainkudoksen lohkot saatiin läpi OSU Human Tissue Research Network ja keskilännessä Cooperative Human Tissue Network. Kasvaimet että näytteillä microsatellite vakautta ja /tai värjäytyi positiivisesti varten Lynch oireyhtymä proteiinit MSH2, MLH1, PMS2, ja MSH6 immunohistokemian (IHC) priorisoitiin sisällytettäväksi tutkimuksessa. Kun mikrosatelliittimarkkereita tai IHC tiedot olivat käytettävissä, kasvaimia, jotka osoittivat ominaisuudet viittaavia Lynch oireyhtymä kuten oikeanpuoleinen sijainti, huono erilaistuminen, ja suuri osa mukiinia jätettiin [23]. Valinnan jälkeen vahvistuksen diagnoosi ja DNA: n eristämiseksi, 194 histologisesti normaali /kasvaimen DNA parit olivat saatavilla tutkimuksessa.

Validation Set.

validointi joukko 296 pariksi ei-kasvain /kasvaimen DNA-näytteitä saatiin kahdesta nykyisten tutkimus kokoelmista. Näytteitä 196 yksilöitä hankittiin väestöpohjaisen tutkimuskohortissa tapaus paksusuolensyöpä diagnosoitu suurkaupunkialueella Columbus alueella [24], [25]. Veren DNA oli käytettävissä kaikissa tapauksissa. Ylimääräinen 100 tuore Paired normaalin ja kasvaimen otettiin kudosnäytteet kautta Cooperative Human Tissue Network The Ohio State University Medical Center. Näytteet olivat pikajäädytettiin pian leikkauksen jälkeen ja sai anonyymisti sekä täydellinen patologian raportti. 296 CRC tapaukset olivat kaikki luokiteltu todennäköisesti microsatellite vakaa, joukko 196 näytteistä oli vakaa by microsatellite epävakaus testaus, ja 100 tuore kasvaimia kaikki osoittivat ehjiä yhteensopimattomuuden korjauksen proteiineja immunohistokemiallisesti värjäystä.

DNA Extraction

Testi.

hematoksyliinillä ja eosiinilla tahrat normaalista ja kasvaimen FFPE kohdat arvioitiin jonka patologi vahvistaa diagnoosin ja merkitä kudosten ytimenottovälineelle. Tissue ytimet 1,6 mm valmistettiin alueet muodostavat 70% tai enemmän kasvainsoluja keräämistä varten kasvaimen DNA: ta, tai alueilla, joilla on normaali histologia eristämiseksi normaali (ei-kasvain) DNA: ta. Genomi-DNA uutettiin kudoksesta ytimet kuten aikaisemmin on kuvattu [26], ja kvantifioitiin Nanodrop-1000 spektrofotometrillä. Suurin osa DNA: t olivat hyvälaatuisia kuten osoitetaan A260 /A280-suhteita yli 1,8.

Validation Set.

kasvain-DNA: t päässä Columbus-pääkaupunkiseudulla tutkimuksessa eristettiin kuvatulla [26] . Normaali DNA: t nämä henkilöt eristettiin verinäytteistä on OSU Human Genetics Sample pankin vakioprotokollia. DNA: t alkaen 100 pariksi normaali /kasvaimen DNA-näytteet yhteistoiminnallisen Human Tissue Network eristettiin tuore kudoksen samalla uuttamalla protokollaa käytetään testipakkauksesta näytteitä. Normaali DNA: t kolmesta lähteestä (FFPE, veri, ja tuore kudos) osoitti yhtä usein Heterotsygoottisuuden ja vastaavien A260 /A280-suhde, mikä viittaa siihen verrattavissa DNA laatu poikki näytteen lähteitä.

sisällyttäminen SNP varten Study

Voit testata hypoteesia, että CRC alttiuslokukset osoittaisi alleelispesifinen somaattisia tapahtumia kasvaimissa, etsimme viimeaikainen kirjallisuus tunnistaa variantteja, joissa ilmenee CRC riskin GWA tutkimuksista [9], [10], [13] – [ ,,,0],15], [27] – [32]. Seitsemäntoista SNP (

rs10411210

,

rs10936599

,

rs11169552

,

rs16892766

,

rs3802842

,

rs4444235

rs4779584

,

rs4925386

,

rs4939827

,

rs6687758

,

rs6691170

,

rs6983267

,

rs7014346

,

rs7136702

,

rs719725

,

rs961253

,

rs9929218

) kokous tai lähestyy genominlaajuisten merkitystä (p-arvo 10

-7) CRC riski julkaistuissa GWA tutkimuksia analysointiin valittu alleelispesifinen epätasapaino alkuperäisen löytö sarja kasvain /normaali DNA parit (taulukko 1). Muut sisällyttäminen kriteerit Tutkimukseen osallistui tunnistamista valkoihoinen väestö ja riittävän korkea dokumentoitu vähäinen alleelin taajuus (MAF 20%) tunnistamiseen riittää heterotsygoottien varten tilastollinen voima. SNP

rs16892766

oli ainoa poikkeus tämän kriteerin, koska se on dokumentoitu MAF 7%.

rs4925386

poistettiin post-genotyypitys alkuperäisen näytteen asettaa vian vuoksi suurempi kuin 15%.

Quantitative genotyypin

Multipleksoidut alukkeita PCR-monistamiseen ja alleelispesifisen single base extension reaktiot suunniteltiin käyttäen Sequenom® MassARRAY Pitoisuus rakenne 3.1 ohjelmisto ja ovat saatavilla pyynnöstä. Massaspektrometria-pohjainen genotyypin 20 ng pariksi kasvain ja normaali-DNA suoritettiin käyttämällä Sequenom® MassARRAY iPlex Gold (Sequenom Inc., San Diego, CA, USA) valmistajan protokollan. Jokainen 384-kuoppainen Sequenom® levy sisälsi neljä negatiivista templaattikontrollien (dH

2O), kaksi näytettä testattiin kahtena kappaleena, ja neljä positiivisen kontrolli-DNA: t.

tarkastaminen genotyypin Technique

Validoida käyttö Sequenom® määrällisen genotyyppitestien sen herkkyyden tunnistamiseksi alleelinen epätasapaino, me syntyy luonnollinen log-transformoitujen N-suhde (N-suhde = normaali alleeli 1 piikin pinta-ala /normaali alleeli 2 piikin alue) DNA seokset tunnettujen homotsygootti DNA-näytteiden edustaa 0, 20, 40, 50, 60, 80, ja 100% alleeliset maksuja. Meillä ei ollut asianmukainen homotsygoottisia DNA: t kolmelle SNP joten niitä ei arvioitu. Suurin osa rinteistä ja R-arvoja nämä olivat hyvin lähellä Standardikäyrien ”täydellistä tietoa” viittaa korkea herkkyys meidän menetelmän kehittämiseen alleeliset poikkeamat 50% (kuva S1).

Analyysi epätasapaino

Sequenom® MassARRAY iPLEX ohjelmisto määrällisesti alueella kunkin alleelin huiput ja määrittää joko heterotsygoottinen tai homotsygoottinen puhelun SNP laskemalla huippuarvon suhde alueita kaksi alleelia. Kuten aiemmin on kuvattu [7], kaikki SNP testataan me sai etuoikeutetut alleeliset epätasapaino laskemalla R-suhde kutakin DNA parin. Me on määritelty R-suhteeksi kahden alleelin piikkien pinta normaalissa DNA jaettuna suhde kahden alleelin piikin alueilla pariksi kasvaimen DNA: ta (R-suhde = Normaali

(alleeli 1 /alleeli 2) /Kasvain

(alleeli 1 /alleeli 2)). Näytteet sijoitettiin olevan epätasapainon, joka määritellään menetys joko ensimmäisen tai toisen alleelin tuumorinäyte, jos R-suhde oli suurempi kuin 1,5 tai vähemmän kuin 0,67, vastaavasti. R-suhde kynnysarvoja käytetään määrittämään epätasapaino on kuvattu aikaisemmin [33], [34]. Chi-squared test (df = 1) käytettiin arvioimaan havaittu epätasapainon tilastollisesti merkitsevä poikkeama odotetusta 50:50 jakauma alleelin epätasapainoa. Niissä tapauksissa, joissa kasvain on heterotsygoottinen SNP-kohdan, jonka genotyyppi, mutta pariksi normaalissa näytteessä ei genotyyppi, keskimäärin kahden normaalin alleelit heterotsygoottisten normaalia näytteitä, että SNP on käytetty sijasta ei normaalissa näytteessä laskemiseen R- suhde. SNP p-arvo 0,10 katsottiin viittaavia suosivista alleeliset epätasapaino, ja sen vuoksi mukaan testataan validoinnissa näytejoukon sulkea pois vääriä positiivisia. Bonferroni korjausta käytettiin sopeuttaa määrän tilastollisia testejä. Sen lisäksi, että laadullisia epätasapainon määrityksen, me syntyy rasiakuvaajien jakelun R-suhde kullekin SNP näytteissä osoittaa suhteellisen menetys alleelin 1, suhteellinen menetys alleelin 2, eikä epätasapaino (kuvio S2). Näytteet jätettiin lohkoilta, jos heillä oli R-suhde on suurempi kuin 10, tai jos R-suhde ei voitu laskea, koska yksi kahdesta alleelista kasvaimen näyte oli alleelin piikin pinta-ala-arvo 0.

validointitutkimukset

jälkeen tilastollinen analyysi alleelispesifinen epätasapaino löytö näytejoukon, kolme variantteja p-arvojen 0,1 (

rs16892766

,

rs6983267

ja

rs7136702

) genotyypattiin by Sequenom® MassARRAY iPlex Gold on replikointi vedostulostus 296 pariksi normaali /kasvain-DNA: t. Sama määrälliset genotyypityksen protokollaa ja tilastollisia analyysejä käytetään löytämisen näytejoukosta käytettiin validointiohjeiden vedostulostus. Bonferroni korjausta käytettiin säätämään lukumäärälle tilastollisten testien (n = 3).

kokoaminen Alleelispesifisiä Epätasapaino tietoja useista Studies

Alleelispesifisiä epätasapaino analyysit ovat aikaisemmin suoritettu seitsemän GWAS SNP testattu tässä tutkimuksessa [19], [35]. Nämä tutkimukset palveluksessa manuaalinen mittaus sekvensointi kromatogrammin piikkien kasvain ja normaali-DNA: t voidaan laskea R-suhteet. Molemmat julkaistut tutkimukset hyödyntää R-suhde raja-arvojen 0,60 ja 1,67 varten alleelispesifisillä epätasapaino analyysi. Sekä aiemmin julkaistu tutkimuksia, kasvaimen DNA eristettiin tuore paksusuolen kasvaimet, ja verta lähteenä käytettiin normaalia DNA [19], [35]. Jotta testi seitsemän variantteja, jotka päällekkäin Tutkimuksessamme yhdistimme tietoja julkaistuista tutkimuksista meidän alleelispesifinen epätasapaino tulokset

rs6983267

,

rs961253

,

rs3802842

,

rs10411210

,

rs4444235

,

rs4779584

, ja

rs9929218

. Yhdistimme määrä suhteessa alleeliset tappioiden kanssa numerot julkaistuista tutkimuksista ja suorittivat khiin neliö -testi Bonferroni korjaus (n = 7) ja tilastollisen merkittävyyden määrittämiseksi yhdistetyn epätasapainon.

korrelaatio analyysi Alleelisia epätasapainoon ja ikä, sukupuoli, ja kasvain Stage

kunkin SNP onnistuneesti arvioitu alleelinen epätasapaino, tutkimme yhdistyksen välillä läsnäolo alleeliset epätasapaino ja ikä diagnoosin, sukupuolen ja kasvaimen vaiheessa potilaalle. Chi-neliö tilastollinen testi havaitsemiseen käytettiin yhdistyksen välillä alleeliset epätasapaino ja sukupuoli. Fisherin tarkka tilastollinen testi havaitsemiseen käytettiin yhdistyksen välillä alleeliset epätasapaino ja kasvaimen vaiheessa. Kasvaimen vaiheessa meidän luokiteltu kasvaimissa TNM I-IV mukaan käytettävissä kasvaimen kokoa, solmukohtien leviäminen, ja etäpesäkkeiden tiedot. Näyte t-testiä käytettiin vertaamaan potilaiden keski-ikä, joiden kasvaimet osoittivat alleeliset epätasapaino kuin potilailla, joiden kasvaimet säilyy heterotsygoottisuustesti. Korrelaatiot korjattu p-arvot 0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

Discovery Set genotyypin

Sen määrittämiseksi, jos jokin 17 CRC-liittyvä SNP merkkejä alleelin erityinen epätasapaino, me genotyypitetty ne 194 normaali /kasvaimen DNA paria. Yhtä lukuun ottamatta kaikki SNP,

rs4925386

, saatiin onnistuneesti genotyyppi on yli 85% näytteistä löytö asetettu. Johtuen korkea genotyyppitestien epäonnistumisia (24%),

rs4925386

jätettiin lisäanalyysejä. Määrä heterotsygoottista normaalia DNA: iden tunnistettava kaikkien SNP (jolle pariksi kasvain DNA onnistuneesti myös genotyyppi) vaihteli 27-84 on 194 näytettä (14-43%; taulukko 2). Taajuus yleinen suhteellisen alleelin menetys (sekä riskien ja ei-riskin alleelit yhdistetty) vaihteli 2%: sta 44%. Kun taas yksikään SNP oli tilastollisesti merkitsevä ja alleelispesifinen epätasapaino α = 0,05, kolme SNP: t (

rs16892766, rs6983267, rs7136702

) osoitti suuntaus alleelispesifinen epätasapaino (p-arvot 0,10) ennen Bonferroni korjaus monivertailu (n = 16). SNP

rs6983267

osoitti korkeampia taajuuksia suhteellisen menetys ei-riskin T-alleeli verrattuna riskin G-alleelin. Mielenkiintoista,

rs16892766

ja

rs7136702

molemmat osoittivat korkeampia taajuuksia suhteellisen menetyksen riskin alleelin verrattuna ei-riskin alleelin löytö asetettu kasvaimia. Muunnokset

rs16892766

,

rs6983267

ja

rs7136702

priorisoitiin validoitavaksi toisessa näytesarja. Sen lisäksi laadullisesti teki SNP kuin osoittaa epätasapaino tai ei epätasapainoa, jakelu R-suhdeluvut suhteellinen tappio riskin alleelin suhteellinen tappio ei-riski-alleeli mutta ei epätasapainoa piirrettiin kuten boxplots kullekin SNP (kuva S2) . Näytteet, joille R-suhde oli suurempi kuin 10 tai joille R-suhde ei voitu laskea jätettiin tontteja.

Validation Set genotyypin

SNP

rs16892766

,

rs6983267

ja

rs7136702

, jossa kaikki ilmeni merkkejä alleelispesifinen epätasapaino tapahtuneen alkuperäisen asetettu, testattiin edelleen validointiin näytteen sarja 296 normaali /kasvain DNA paria. Kuten Koepakettia, nämä kolme SNP menestyksellisesti genotyyppi on yli 85%: n validointi näytteitä. 22%: n validointi asetettu hetero- osoittaa suhteellinen tappio alleelin,

rs6983267

osoitti taajuudella yleistä suhteellisen alleelin menetys pienempi kuin havaittiin alkuperäisessä testissä joukko (30%, taulukko 3). Alhaisempi taajuus heterotsygoottinen näytteiden validointi set osoittivat suhteellinen menetys alleelin

rs7136702

(11%) verrattuna Koepakettia (23%, taulukko 3). Vastaavasti alempi taajuus alleelinen menetys

rs16892766

havaittiin validointi näytejoukon (16%) verrattuna alkuperäiseen Koepakettia (26%, taulukko 3).

rs6983267

jälleen osoitti taipumusta tilastollisesti merkitsevä etuoikeutettu alleelinen epätasapainoa (p-arvo = 0,06), joka suosii suhteellinen tappio ei-riskin T alleelin ja suhteellinen retentio riskin G-alleelin validoinnissa vedostulostus. Kumpikaan ei kuitenkaan

rs7136702

eikä

rs16892766

havaittiin tilastollisesti merkittävä taipumus etuoikeutettu alleeliset epätasapaino validointi näytteessä set (p-arvo = 0,59 ja 1,00, vastaavasti).

yhdistetty -genotyypitystulosten Discovery ja validointi näytejoukoilla

Kun testijärjestely ja validointi asettaa genotyypit yhdistettiin, 48 192 heterotsygoottisten näytteiden (25%) osoitti suhteellinen menetys alleelin

rs6983267

(taulukko 3). SNP

rs7136702

, 31 208 yhdistetyn heterotsygoottien osoitti suhteellisen menetystä joko alleelin (15%). Kun genotyyppejä testin asetettu ja validointi asettaa yhdistettiin varten

rs16892766

, 13 65 heterotsygoottien (20%) osoitti alleelinen menetys. Tekijä yhdistetty analyysi

rs6983267

osoitti vahvaa tilastollista näyttöä suosivista alleelinen epätasapaino (p-arvo = 0,01). Sen jälkeen Bonferroni korjauksen monimuuttujille testaus (n = 3),

rs6983267

yllä tilastollisesti merkitsevä oikaistun p-arvo on 0,03. Sitä vastoin sekä

rs16892766

ja

rs7136702

ole osoittanut mitään taipumusta merkittävästi alleelispesifinen epätasapaino yhdistetyn analyysin (oikaisemattomat p-arvot = 0,17 ja 0,37, vastaavasti).

kokoaminen alleelisia epätasapaino tietoja useista Studies

Koska muut ovat julkaisseet alleelispesifinen epätasapaino tietoa seitsemän variantteja Tutkimuksemme [19], [35], päätimme tehdä yhdistetty analyysi tämän tutkimuksen ja aiemmin julkaistut tutkimukset lisätä tehoa tunnistaa SNP osoittavat alleelispesifisillä epätasapaino. Kun epätasapaino havaitaan meidän näytteitä SNP

rs6983267

,

rs961253

,

rs3802842

,

rs10411210

,

rs4444235

,

rs4779584

, ja

rs9929218

yhdistettiin aiemmin julkaistuista [19], [35], havaitsimme erittäin merkittävä suhteellinen tappio ei-riski T alleelin

rs6983267

(p-arvo = 2,94 x 10

-5). Sen jälkeen Bonferroni korjaus (n = 7), etuuskohteluun suhteellinen menetys T alleelin

rs6983267

ylläpidetään erittäin merkittävä p-arvo 2,06 x 10

-4. Mikään muu varianttien osoitti tilastollisesti merkittävää näyttöä suosivista alleelinen epätasapaino (taulukko 4).

Korrelaatio Analyysi Alleelisia epätasapaino ja ikä, sukupuoli, ja kasvain Stage

Voit testata, onko näytteiden osoittavat alleeliset epätasapaino varten GWAS SNP oli eri kliinisiä piirteitä verrattuna näytteitä ei näy epätasapainoa, teimme korrelaatio analyysi epätasapainon iän, sukupuolen ja kasvaimen vaiheessa saatujen tietojen perusteella meidän löytö vedostulostus. Läsnäolo alleeliset epätasapaino oli merkitsevästi yhteydessä kasvaimen vaiheessa

rs719725

(oikaisemattomat p-arvo = 0,0098), ja merkittävästi todennäköisempi nuorilla varten

rs7014346

(oikaisemattomat p-arvo = 0,033) . Kuitenkin säätämisen jälkeen monimuuttujille (n = 16), ei ollut merkittävää yhdistyksen välillä läsnäolo alleeliset epätasapaino ja ikä, sukupuoli, ja kasvain vaiheessa (oikaistu p-arvot 0,05) mistään testatuista SNP.

keskustelu

tässä tutkimuksessa selvitettiin 16 SNP aikaisemmin yhdistetty CRC riski alleelispesifinen epätasapaino käyttäen Sequenom® MassARRAY iPLEX Gold genotyypitys alustalla. Vaikka 15 16 testattujen SNP ei osoittanut tilastollisesti merkittävää näyttöä (p-arvo 0,05) suosivista alleelisten epätasapaino meidän löytö vedostulostus, SNP

rs6983267

osoitti taipumusta tilastollisesti merkitsevä somaattista menetys non -risk T-alleeli säilyttäminen riskin G-alleelin sekä alkuperäisessä löytö asettaa ja validointi näyte set (p-arvo = 0,07 ja 0,06, vastaavasti, taulukot 2 ja 3). Tämä on sopusoinnussa aiemmin julkaistu raportteja [19], [20]. Mielenkiintoista, vaikka se suuren kytkentäepätasapainossa

rs6983267

klo 8q24 (D ’= 0,99) [9], [13],

rs7014346

eivät osoittaneet todisteita suosivista alleelinen epätasapaino (p- arvo = 0,53) löytö vedostulostus. Suurimmassa edellisen tutkimuksen arvioidakseen alleeliset epätasapainon

rs6983267

, 466 heterotsygoottinen kasvaimia Suomi CRC potilasta arvioitu onnistuneesti ja 101 näiden heterotsygoottisten näytteiden (22%) osoitti alleelinen epätasapaino [19]. Näistä 101 näytettä, oli merkitsevästi (p-arvo = 0,0007) lisää kasvaimia osoittaa suhteellinen menetys T-alleelin (66% kasvaimista) vs. suhteellinen menetys G-alleelin (34% kasvaimista). Meidän löytö ja validointi sarjaa yhdistettynä, arvioimme kasvaimet yksityishenkilöiden heterotsygoottinen

rs6983267

variantti, ja 48 (25%) näistä heterotsygoottien osoitti alleeliset epätasapaino. Havaitsimme lähes identtinen prosentteina kasvaimia osoittaa suhteellisen menetys T-alleelin (33 48, 69%) verrattuna G-alleelin (15 48, 31%). Tämä oli merkittävä, vaikka säätämisen monimuuttujille testaus (p-arvo = 0,03; taulukko 3). Siten meidän tiedot tukevat havaintoa suosivista alleeliset epätasapainon

rs6983267

ja vahvistaa meidän kokeellista menetelmää. Lisäksi kun yhdistimme tietojen kanssa, Tuupanen et al. [19], havaitsimme erittäin merkittävä suhteessa menetys T-alleelin ja suhteellinen vahvistus G-alleelin, joka kesti useita vertailuja testaus (p-arvo = 2,06 x 10

-4; taulukko 4). Tärkeää on, että havainto, että riski G-alleelin voidaan valikoivasti säilyttää tai saadut Kolorektaalituumorien on yhdenmukainen tutkimus osoittaa, että G-alleelin

rs6983267

osoittaa parannetun sitoutumisen Wnt-säänneltyjen transkriptiotekijä TCF4, ehkä johtava herkempiä ja Wnt signalointia yksilöiden kuljettavat G Riskimuodon [20]. Lisäksi nämä tiedot vahvistavat, että alleeli-spesifinen epätasapaino tapahtuu CRC alttiuslokukset, vaikkakin alhaisella taajuudella.

Toisessa tuoreessa tutkimuksessa, somaattisia alleelinen epätasapaino tutkittiin seitsemän matalan penetrance CRC alttiuslokukset [35] . Käyrän-koodaus SNP

rs4779584

,

rs3802842

,

rs4444235

,

rs9929218

,

rs10411210

, ja

rs961253

että genotyypattiin tutkimuksessamme olivat seitsemän variantteja testattiin alleelispesifisen epätasapaino tutkimuksessa Niittymäki et al. [35]. Vaikka mikään näistä SNP ilmeni merkkejä suosivista alleeliset epätasapainon yhdistettynä analyysi tietomme, yksi näistä SNP (

rs961253

) oli samanlainen alleelinen epätasapaino suuntauksia kuin on havaittu meidän löytö vedostulostus, jossa

rs961253

näytetään useammin suhteellinen menetys A-alleelin molemmissa tutkimuksissa (taulukko 4). Hinnat Heterotsygoottisuuden ja epätasapaino olivat hyvin samankaltaisia ​​kahdessa tutkimuksessa lukuun ottamatta tutkimuksemme osoittaa korkeampaa alleeliset epätasapainon

rs4779584

.A yhdistetty analyysi tietomme ja datan Niittymäki et al. [35] Kuuden varianttien yhteistä ei tullut esiin SNP todisteet alleelispesifisillä epätasapaino. Varauma yhdistämistä tietoja tämän tutkimuksen kanssa julkaistujen aineistoja on, että prosenttiosuus kasvainsolujen näytteissä sekä genotyypitysmenetelmiä ja R-arvo cutoffs määrittämiseksi alleelinen epätasapainon vaihtelevat eri tutkimuksissa. Siitä huolimatta meidän tutkimus toistetaan havainto, että nämä kuusi loci-koodaus SNP muuta osoita etuuskohteluun alleelinen epätasapaino pääasiassa valkoihoinen tutkimuspopulaatiossa.

Vaikka vain yksi SNP testattu tässä tutkimuksessa osoitti vahvaa näyttöä suosivista alleelista epätasapaino, toinen SNP voi olla rooli ituradan taipumus CRC riippumatonta somaattisten tapahtumien kasvain. On ehdotettu, että nämä SNP: kehitykseen vaikuttavat kasvainten, mutta eivät vaikuta myöhemmin somaattisten neoplastisten etenemistä [35]. Funktionaalinen SNP: t on GWAS identifioitu loci voi vaikuttaa neoplastisten kehitystä muuttamalla geenin ilmentymistä, metylaatio, tai silmukointi kuvioita siten, että valinnan DNA-tasolla ei tarvita aikana tuumorigeneesiä. Nämä SNP: t voivat vaikuttaa myös ei-kasvainsoluissa, kuten strooman tai immuunisolujen muuttaa syövän riskiä, ​​mutta on riippumaton syöpäsoluja itseään. Kun mekanismi, jolla nämä muunnelmat toimivat antaa riski ymmärretään paremmin, voimme ehkä päätellä, jotka variantit ovat todennäköisesti näyttää valinnan kasvaimissa.

rajoituksensa tutkimuksessamme suunnittelu voisi entisestään peittää tehdyssä alleelista valinta. Ensinnäkin on mahdollista, että normaalit solut eristettiin kanssa kasvainsolujen kasvainkudoksen ydintä, josta DNA: ta uutettiin analyysiä varten. Huolimatta alustavan valinnan alueiden kasvaimen sisältävän 70% tai suurempi kasvainsoluja, jotkut normaali DNA saastuminen kasvaimen DNA-näytteen voisi bias näyte kohti näkyvissä mitään epätasapainoa. Kuitenkin meidän histologinen tutkiminen kudosnäytteiden tulisi minimoimiseksi normaalin DNA-kontaminaation. Vastaavasti meidän histologisesti normaalit näytteet FFPE paksusuolikudos voi olla normaalia ja se voi sisältää vastaavia somaattisista mutaatioista kuin kasvain, joka voi johtaa yleiseen ”undercalling” kasvaimia epätasapainon kanssa. Aina kun mahdollista normaalia paksusuolikudos kerättiin sivustoja kaukana kasvain. Toiseksi, käytimme konservatiivinen tietojen sisällyttämistä käytäntöjä diskonttaa- aggressiivinen genotyypin puhelut tekemät Sequenom® MassARRAY iPLEX ohjelmistoja ja tiputtamalla R-suhde cutoffs of 1,5 ja 0,67 määrittämisessä alleeliset epätasapaino. Tiukkaan vaatimukset tietojen sisällyttämisen voi rajoittaa havaitseminen rajatapaus merkittäviä alleeliset häiriöitä, etenkin Tuumorinäytteissä sisältävät ei-kasvainsoluja. Lisäksi, jos kasvaimet ovat heterogeeninen alleelinen menetys emme ehkä havaita epätasapainoa, että näytteessä. Kolmanneksi, meidän löytö vedostulostus rajoittui 194 normaali /kasvaimen DNA pareittain ja ehkä ollut tilastollista voimaa havaitsemiseksi suosivista alleeliset valinnan loci osoittaa alhaisempi Heterotsygoottisuuden tai harvemmin genomista poikkeamaa. Perustuen hiiren tietoja, jotka osoittavat, että noin 40% alttiuslokukset osoittaa etuoikeutettu alleeliset epätasapaino [4], emme odota kaikki SNP tunnistettu GWA tutkimukset osoittavat etuoikeutettu alleeliset valinta kasvaimissa. Kuitenkin meidän tulokset ovat yllättäviä, että vain yksi SNP,

rs6983267

, osoitti suuntaus somaattisen valinnan koolontuumoreissa. Nämä tulokset voivat osoittaa eroja lajien välillä, erot paksusuolen ja ihon kasvainten, tai ne voivat olla seurausta keskusteltu tutkimuksen rajoituksia.

Yhteenvetona, tulokset viittaavat siihen, että suurin osa variantteja tunnistettiin paksusuolen syövän alttiusalleelien kautta GWAS eivät näytteille somaattisten alleelispesifinen epätasapaino koolontuumoreissa. Kuitenkin meidän tiedot vahvistavat aiemmin julkaistut tulokset osoittavat alleelispesifinen epätasapainon

rs6983267

. Nämä tulokset osoittavat, että somaattisten alleelispesifinen epätasapaino syövän alttiusalleelien voi olla yleinen ilmiö paksusuolen syöpä, mutta että pieni osa loci (1 16, 6%, havaittiin tässä tutkimuksessa), somaattisia valinta tiettyjä alleelit voidaan ajon kasvaimien syntyyn.

tukeminen Information

Kuva S1.

Standardikäyrien SNP.