Krooninen sairaus

tiivistelmä

EURTAC tutkimukset ovat osoittaneet, että tyrosiinikinaasiestäjä (TKI) erlotinibin oli ylivoimainen kemoterapian ensilinjan hoito pitkälle ei-pienisoluisen keuhkosyövässä (NSCLC), joka satama

EGFR

aktivoivat mutaatiot pääasiassa valkoihoinen väestö. Perustuen EURTAC ja useiden Aasian tutkimuksissa anti

EGFR

TKI ovat hoidon taso

EGFR

mutaatio-positiivisia NSCLC. Olemme pyrkineet vahvistamaan nopean multiplex

EGFR

mutaatiokokeessa kuin kumppani diagnostinen määritys valita potilaita tätä hoitoa. Näytteitä EURTAC tutkimuksessa oli takautuvasti seulottiin

EGFR

mutaatioita yhdistämällä laboratoriossa kehitetty testit (LDT), ja testattiin takautuvasti kanssa Cobas

EGFR

mutaatiotesti (

EGFR

PCR-testi).

EGFR

PCR-testin tuloksia verrattiin alkuperäiseen LDT tuloksia ja Sanger sekvensointi käyttäen osajoukko yksilöitä potilaista seulotaan tutkimukseen. Jäljellä kudosta oli saatavissa 487 (47%) ja 1044 potilasta seulotaan tutkimukseen.

EGFR

PCR-testi osoitti korkea yhteensopivuutta LDT tulosten kanssa 96,3% kokonaissopimusta. Kliininen tulos potilailla, jotka olivat

EGFR

-mutation havaitsee

EGFR

PCR-testi oli hyvin samankaltainen kuin koko EURTAC kohortissa. Välistä yhdenmukaisuutta

EGFR

PCR-testi ja Sangerin sekvensoinnilla oli 90,6%. Vuonna 78,9%: n ristiriitainen näytteiden

EGFR

PCR-testin tulos vahvisti herkkä syvä sekvensointi määritys. Tämä retrospektiivinen tutkimus osoittaa kliininen hyöty

EGFR

PCR testin tarkka valittaessa potilaita anti

EGFR

TKI-terapialle.

EGFR

PCR-testi osoitti parannettu suorituskyky suhteessa Sangerin sekvensoinnin.

Citation: Benlloch S, Botero ML, Beltran-Alamillo J, Mayo C, Gimenez-Capitán A, de Aguirre I, et al. (2014) Clinical validointi PCR määritys Detection of

EGFR

Mutaatiot Non-Small-Cell Lung Cancer: retrospektiivinen testaus yksilöitä EURTAC Trial. PLoS ONE 9 (2): e89518. doi: 10,1371 /journal.pone.0089518

Editor: John D. Minna, Univesity Texas Southwestern Medical Center at Dallas, Yhdysvallat

vastaanotettu: 23 heinäkuu 2013; Hyväksytty: 21. 2014; Julkaistu: 25 helmikuu 2014

Copyright: © 2014 Benlloch et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus rahoittivat Roche. Rahoittajat osaltaan tutkimuksen suunnittelu, tietojen kerääminen, analyysi, päätöstä julkaista ja valmistelu käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: BK, MS, WB, DC, GZ, JFP, LW ovat kaikki nykyiset työntekijät Roche . BK, DC, JFP ja LW on varastossa omistusosuuksien Roche. BK ja HJL ovat entisiä Roche työntekijöitä ja HJL on varastossa Roche ja on toiminut maksettu konsultti. FS oli maksettu konsultti Roche. SB, JBA, CM, AGC ovat tämänhetkisiä työntekijöitä Pangaea Biotech. MLB on entinen Pangaea työntekijä. MT ja SRyC on varastossa omistusosuus Pangaea Biotech. IdA, CQ, JLR ovat nykyisten työntekijöiden Lääketieteellisen Oncology Service-ICO, sairaala saksalaiset Trias i Pujol. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

tehoa monia uusia kohdennettuja syövän hoitomuotoja voidaan ennustaa havaitsemiseen erityinen biomarkkereita kasvain. FDA on ilmoittanut, että jos tunnistaminen tietyn biomarkkereiden tarvitaan turvallinen ja tehokas lääkkeen antamisessa, hyvin validoitu FDA hyväksytty kumppani diagnostista määritystä vaaditaan, että huumeiden. Optimaalinen hyväksynnän polku uudelle täsmähoitoihin ja sen kumppani diagnostinen on rinnakkainen kliinisen kehityksen prosessi, johon kliinisten tutkimusten tutkitun aineen, jossa tutkittavasta diagnostinen testillä joko valita potilaita kokeisiin tai ennustaa hoitovastetta, ja päät mieluiten samanaikaisesti terveys viranomaisen hyväksyntä huumeiden ja kumppani diagnostinen. Onnistuneita esimerkkejä tästä ovat yhteistyön kehittäminen (ja co-hyväksyntä) on BRAF estäjän vemurafenib ja sen seuralainen diagnostisten BRAF V600E mutaatiokokeessa varten BRAF-mutantti metastaattinen melanooma [1], ja ALK estäjä crizotinib ja sen seuralainen diagnostinen ALK -fuusiogeenin testi kehittyneissä ALK-fuusio positiivinen ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) potilasta. [2], [3], [4]

kuitenkin joissakin tapauksissa, ennustava biomarkkereita kohdennetun terapian ei tunnisteta ennen kuin lääke on ensin hyväksytty. Esimerkiksi anti-

EGFR

vasta-setuksimabia ensin hyväksytty Yhdysvalloissa metastasoituneen kolorektaalisyövän 2004. Lukuisia retrospektiivi ja mahdollisille kokeiden jälkeen kävi ilmi, että kasvaimia kätkeminen

KRAS

mutaatioita olivat hyvin todennäköisesti reagoi setuksimabia. Heinäkuussa 2009 FDA: n vaatimien merkintöihin muutoksia setuksimabi ja toinen anti

EGFR

vasta-panitumumabin edellyttää, että merkinnät ja käyttö valtion ei ollut hoitoa etu huumeiden potilaille, joiden kasvaimet olivat

KRAS

mutaatiot kodonissa 12 tai 13, aikana, jolloin ei ollut FDA-hyväksyttyjä diagnostisia määrityksiä varten

KRAS

mutaatioita. [5] Vasta myöhemmin, heinäkuussa 2012 teki

KRAS

mutaatiokokeessa vastaanottaa FDA: n hyväksynnän, tulosten perusteella, että mahdollinen satunnaistetussa tutkimuksessa, korostetaan haasteita jälkikäteen validointi kumppania diagnostinen määritys jälkeen Keskeisissä lääketutkimukset on saatu päätökseen. [6]

anti-

EGFR

TKI erlotinibia alun perin hyväksytty kaikille potilaille, joilla on edennyt NSCLC, joka oli edennyt ensilinjan kemoterapiaa. Useat myöhemmät tutkimukset päättänyt, että potilailla, joilla on

EGFR

-mutant NSCLC oli suuri todennäköisyys vastaamaan näihin TKI, mikä tutkimuksissa ensilinjan puitteet

EGFR

-mutant syöpä. [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13] Neljä mahdollisille satunnaistetussa kliinisessä tutkimuksessa tutkittiin aasialaisilla osoitti, että erlotinibin ja gefitinibi paransi ilman taudin etenemistä verrattuna kemoterapian ensilinjan hoitona NSCLC potilaalla on

EGFR

mutaatioita. [7], [8], [9], [13] Muita kliinisiä tutkimuksia sekoitettu etnisyys ikäluokat ovat tehneet samanlaisia ​​tuloksia. [10], [12]

EURTAC tutkimus oli satunnaistettu vaiheen 3 tutkimuksessa arvioida tehoa ja turvallisuutta erlotinibin verrattuna normaaliin platina kemoterapian ensilinjan hoitoon potilasryhmässä kehittyneitä

EGFR

-mutation havaittu NSCLC on pitkälti valkoihoinen väestö eurooppalaisten potilaiden. Erlotinibi hoidetuista potilaista merkittäviä parannuksia mediaani PFS (9,7 kk vs. 5,2 kuukautta) kemoterapiaan verrattuna. Potilaat erlotinibin varsi oli myös huomattavasti suurempaa prosenttiosuutta vastausten (58% vs. 15%) intent-to-treat. [11] Tämä tutkimus on jätetty ensimmäisen rivin osoitus erlotinibin

EGFR

mutatoitunut pienisoluista keuhkosyöpää.

suurin osa aktivoimiseksi

EGFR

mutaatiot sijaitsevat eksonit 19 (45%) ja 21 (40-45%). [14], [15], [16], [17], [18], [19], [20] Ohjeet järjestöjen kuten ASCO, CAP /AMP, ja NCCN suositeltavaa käyttää anti

EGFR

TKI ensilinjan potilaille, joilla

EGFR

-mutant kehittynyt NSCLC tulosten perusteella näiden keskeisessä kliinisessä tutkimuksessa. [21], [22], [23] hiljattain suosituksia CAP /IASLC /AMP neuvoa tunnistaminen EGFR mutaatioiden läsnä 1% josta eksonia 19 poistot ja eksonin 21 mutaatio (L858R) osuus on yli 90% kaikkien mutaatioiden. [24] Mikään suuntaviivojen määrittää testausmenetelmällä voidaan kuitenkin käyttää Cobas

EGFR

mutaatio testi on CE-IVD-hyväksytty ja on hiljattain FDA: n hyväksymä. [25]

Tässä esittelemme retrospektiivinen analyysi kliinisen validointitutkimuksessa

EGFR

PCR-testi on osajoukko keuhkosyöpä potilas jolta näyte seulottiin EURTAC oikeudenkäyntiä.

EGFR

PCR-testi osoitti parannettu näyte työnkulun suhteessa LDT käytettävien EURTAC tutkimuksessa, joka mahdollistaa

EGFR

mutaatio seulonta yhdessä analyysissä, jossa yhden päivän läpimenoaika.

EGFR

PCR-testi osoitti ylivoimainen herkkyys ja tarkkuus verrattuna tavanomaisiin Sangerin sekvensoinnilla.

Methods

laajan tutkimuksen tavoitteet olivat 1) korreloida kliinisiä tuloksia (PFS, Borr ) alaryhmästä käytettävissä olevien testattujen näytteiden

EGFR

PCR-testin tuloksiin koko muusta EURTAC väestö, ja 2) verrata analyyttinen suorituskyky

EGFR

PCR-testi kuin alkuperäisen LDT ja Sanger sekvensointi käyttäen massiivisesti rinnakkaisen pyrosekvensointi (MPP) ratkaista välisten erojen muut 3 testausmenetelmiä.

EURTAC tutkimuksessa 1044 potilasta sairaaloista Ranska, Italia ja Espanja seulottiin käyttämällä LDT: hen. Tätä tutkimusta varten kaikki näytteet takautuvasti analysoitiin IRB hyväksyntää Kopernikuksen IRB (00001313). Paikkasidonnainen IRB hyväksynnän Jokaista kliinistä päällä ja kirjallinen suostumus kaikilta potilailta saatiin ennen tutkimuksen suorittamisesta vaihe NCT00446225. [11], [26] 487 tapauksissa jäljelle saatiin näyte uudet testaukset kanssa

EGFR

PCR-testi (kuva 1). Yksittäinen 5 um osio vähintään 10% kasvain pitoisuus kustakin 487 yksilöitä käytettiin

EGFR

PCR-testissä. Perimän DNA nykyisistä eluaatti uutetaan lisäosioita testattiin Sangerin sekvensointia ja MPP. Taulukossa 1 luetellaan Väestörakenne potilaista seulottiin EURTAC oikeudenkäyntiin LDT, alaluokat potilaiden testattu tai testataan

EGFR

PCR-testissä. Potilaat kirjoilla EURTAC tutkimuksessa valittiin käyttäen laboratoriossa kehitetty testi, validoitu laboratorion Oncology (ICO-sairaala saksalaiset Trias i Pujol, Badalona, ​​Espanja), joka koostuu kolmesta menetelmiä. [26] Tässä tutkimuksessa yksittäinen PCR- määrityksessä havaitsemiseksi

EGFR

mutaatioita käytettiin. Tiedot analyyttistä suorituskykyä Tämän määrityksen on kuvattu aikaisemmin. [27]

E1 näytteet: kasvainblokki ei analysoitaviksi. E2 näytteet: kasvain materiaali riittämätön analysoitavaksi. LDT = laboratoriossa kehitetty testi.

Statistical näkökohdat

Mutaatio Detected (MD) määriteltiin läsnäolo joko eksonin 19 deleetio tai L858R mutaatio. Mutaatio ei tunnisteta (MND) määriteltiin puuttuminen sekä eksonin 19 poistot ja L858R mutaatio. SAS /STAT® ohjelmistoa käytettiin kaikkien tietojen analysointia.

Kliiniset tulokset tutkimuksessa tilastojen

Kaplan-Meierin eloonjäämiskäyrien arviointiin käytettiin PFS käsittelemällä menetelmällä (kemoterapiaa tai erlotinibi) potilailla, jotka otettiin mukaan EURTAC tutkimus ja seulotaan LDT sekä potilasryhmässä jotka määritettiin olevan mutaation positiivisia

EGFR

PCR-testissä. Nonparametric log-rank-testi suoritettiin arvioimiseksi PFS potilailla, jotka satunnaistettiin saamaan kemoterapiaa tai erlotinibi. Riskisuhde (kemoterapia vs. erlotinibin) suhteessa PFS laskettiin myös. Paras kokonaisvaste oli paras vaste tallennettu hoidon aloittamisesta taudin etenemiseen asti ja Borr (paras yleinen hoitovaste) kiteytettiin 95%: n luotettavuusrajat mukaan Pearson-Clopper menetelmiä, jotka perustuvat tutkijoiden arviointi kunkin hoitoryhmään.

Analyyttinen suoritetilastoista

analyyttistä suorituskykyä, sopimus analyysi tehtiin välillä

EGFR

PCR-testin tuloksen ja LDT testi. Mutaation havaitseminen eksonin 19 poistot ja L858R mutaatiot analysoitiin yhteenlaskettuna. Erikseen

EGFR

PCR-testiä verrattiin myös Sangerin sekvensointia ja MPP jonka CLIA-sertifioitu laboratorio. Jotta sopimus analyysien positiivinen prosenttia sopimus (PPA), negatiivinen prosenttia sopimus (NPA), ja yleinen prosenttia sopimus (OPA), jossa niiden vastaavat 95%: n luottamusväli (CI) laskettiin. Lisäksi 3-tie analyyseistä MPP toisena vertailumenetelmällä suoritettiin ratkaista ristiriita tuloksia.

Mutaatio testausmenetelmiä

EGFR PCR-testillä.

EGFR

PCR-testi (Cobas

EGFR

mutaatiotesti, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) on CE-IVD multiplex alleeli-PCR-määrityksessä suunniteltu havaitsemaan 41 mutaatioiden eksoneissa 18, 19, 20, ja 21 FFPET yksilöiden ihmisen NSCLC. [28] DNA eristettiin käyttäen Cobas DNA Näytteen valmistelu Kit (Roche Molecular Systems, Branchburg, NJ). [29] vähintään 150 ng genomista DNA: ta PCR-monistukseen tarvittavaa, joka voidaan tyypillisesti eristää yhden 5 um FFPET osassa.

EGFR

PCR-testi ohjelmistoversio Tässä tutkimuksessa käytetyt suunniteltiin havaitsemaan 29 poistot eksonissa 19 ja 2 L858R variantit eksonissa 21. Macrodissection suositellaan vain, jos kasvain on alle 10%; Laser capture mikrodissektion ei tarvita.

EGFR

PCR suoritettiin per valmistajan pakkausseloste ja tulokset analysoidaan automaattisesti ja raportoitu. Toteamisrajan on validoitu 5% Mutanttialleelit. Työnkulun DNA eristäminen tulosraportoinnista voidaan suorittaa yhdessä 8 tunnin aikana. [27]

LDT.

potilaat EURTAC tutkimuksessa seulottiin käyttämällä menetelmien yhdistelmää kehittämä laboratorio Oncology, ICO-sairaala saksalaiset Trias i Pujol, Barcelona, ​​Espanja. [11] Lyhyesti, EGFR aktivoivat mutaatiot eksonit 19 ja 21 tunnistettiin aluksi Sangerin sekvensoinnilla ja varmistettiin fragmentti pituus analyysi eksonissa 19 deleetioita (FAM-leimattu aluke in ABI prism 3130 DNA-analysaattori (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) ja Taqman määritys eksonissa 21 (L858R) mutaatio. Kaikki kasvain näytteet olivat peräisin alkuperäisestä koepala otettu ennen mitään käsittelyä ja ennen satunnaistamista. testaus suoritettiin ≥ 2 mm

2 kudosta on saatu yhdestä kolmeen kalvot 4 mikronin kudosleikkeiden, jotka alistettiin laser-capture mikrodissektion rikastuttaa läsnäolo kasvainsolujen. DNA uutettiin käyttämällä standardia laboratorio- protokollaa ja testata yhtenä site Espanjassa Laboratory of Oncology varten

EGFR

aktivoivia mutaatioita eksonissa 19 ja 21 käyttämällä aikaisemmin kuvattua menetelmää. Keskimääräinen läpimenoaika oli noin 5 päivää. [26]

Kaksisuuntainen Sangerin sekvensoinnilla.

Kaikki näytteet testattiin

EGFR

PCR-testiä testattiin myös Sangerin sekvensoinnilla käyttämällä DNA FFPET näytteet valmistettiin Cobas DNA Näytteen valmistelu Kit ja sekvensoitiin 2 × kaksisuuntainen Sangerin sekvensoinnilla, jota CLIA-sertifioitu laboratorio (SeqWright, Houston, TX, USA) käyttäen validoitua protokollaa. Toista Sangerin sekvensointi suoritettiin vertaamaan havaitsemiseen

EGFR

mutaatiot viereisistä osia kudoksen minimoimaan vaikutukset kudosta heterogeenisyys käytetään

EGFR

PCR-testi suhteessa alkuperäiseen LDT tuloksia. Myös sekvensointi protokollat ​​vaihtelevat laboratorion kannalta prosentin kasvaimen sisältö /näyte, joka vaatii macrodissection. DNA eristettiin Cobas DNA Näytteen valmistelu Kit ja käytettiin sekvensointiin tarvitaan ≥10% kasvain sisältöä. Keskimääräinen läpimenoaika tuloksiin oli 7 päivää. Arvioitu Toteamisraja on noin 20% Mutanttialleelit. [30]

massiivisesti rinnakkaisen pyrosekvensointi (MPP).

Näytteitä, joiden voimassa

EGFR

PCR testitulokset riittävästi DNA jäljellä alkuperäisestä uuton testattiin jonka MPP menetelmällä (454 GS Titaani, 454 Life Sciences, Branford, CT, USA) käyttämällä CLIA-sertifioitu laboratorio (SeqWright, Houston, TX, USA) käyttäen validoitua protokollaa. [31] Tämä menetelmä on 5-7 päivää prosessi, johon amplikonin sukupolvi, yhdistäminen, ligaatio, emulsio PCR, vahvistusta ja massiivisesti rinnakkaisen pyrosekvensointi manuaalisella tietojen analysointi. Arvioitu toteamisraja määrityksessä on 1,25% Mutanttialleelit. [27] MPP menetelmää käytettiin osoittamaan suorituskykyä EGFR PCR-testi on herkempi menetelmä ja välittäjänä varten discrepant tapausten välillä havaittu LDT tai toista Sangerin sekvensoinnin. Säilyttämiseksi potilaan yksityisyyden liittyy testattu kliinisissä näytteissä, raaka MPP sekvensoinnin tulokset anonymisoidaan ja esitetty taulukossa S1.

Tulokset

Yksilö demografiset

487 (47%) of 1044 yksilöitä seulottiin EURTAC tutkimuksessa käyttämällä LDT oli käytettävissä testaus käyttäen

EGFR

PCR-testissä. Virtaus Näytteiden läpi tutkimuksen on esitetty kuvassa 1. Potilaiden demografiset ja lähtötilanteen kasvainten ominaisuuksiin kaikille potilaille LDT tila on esitetty taulukossa 1. ei ollut merkittäviä eroja potilasryhmissä testattu ja potilaita ei testattu

EGFR

PCR-testi (p 0,05) kullekin LDT tila (mutaatio havaitaan, mutaatio ei havaittu) lukuun ottamatta maan seulonnan klinikalla.

kliiniset tulokset potilailla perustuu EGFR PCR testitulokset

Näistä 174 potilasta, jotka osallistuivat EURTAC tutkimuksessa, yksilöt 134 (77%) potilaista oli käytettävissä testaus käyttäen

EGFR

PCR-testissä. Ilman 11 potilaalla on virheellinen

EGFR

PCR testitulokset ja 7 potilasta, joiden seurauksena

EGFR

mutaatio ei havaita, yhteensä 116 (67%) potilaista oli mutaatio havainnut

EGFR

PCR-testi ja arvioitavissa kliinisen lopputuloksen analyysi (57 potilasta kemoterapian käsivarren ja 59 on erlotinibi käsivarteen). Kliiniset tulokset (PFS, Borr, ja OS) on esitetty taulukossa 2. Niistä

EGFR

PCR-testin positiiviset potilaat, joita hoidetaan erlotinibin oli merkitsevästi pitkittynyt PFS verrattuna potilailla, joita hoidettiin kemoterapiaa (p-arvo mediaani PFS oli 10,4 kk (95% CI: 8,0-13,8 kuukausi) ja 5,4 kuukautta (95% CI: +4,4-+6,8kuukausi) saaneilla potilailla erlotinibi tai kemoterapiaa, vastaavasti (kuva 2). HR perustuu Coxin suhteellisten riskien mallia väheni 66% (HR 0,34; [95% CI: +0,21-0,54]) potilaista on erlotinibin verrattuna kemoterapian käsivarren. Vuoden kuluttua satunnaistamista, suurempi osuus potilaista erlotinibin verrattuna kemoterapiaa varsi oli tapahtuma-free (45% [95% CI: 32%: sta 59% vs. 6% [95% CI: 0%: sta 15%], vastaavasti).

borr olivat korkeampia potilailla on erlotinibi varsi (59,3% [95% CI: 45,7%: sta 71,9%]) verrattuna kemoterapian käsivarren (14,0% [95% CI: 6,3% 25,8%]). Potilasta erlotinibin käsivarren olivat paljon todennäköisemmin vastaamaan hoitoa kuin potilasta kemoterapian käsivarren (riskisuhde on 8,93, [95% CI: 3,59-22,19]).

ei ollut merkitsevää eroa OS välillä hoitoryhmissä (25,8 kuukautta erlotinibi varsi (95% CI: 16,1-30,0) ja 20,8 kuukautta kemoterapiassa varsi (95% CI: 17,3-29,4) (log-rank testi p-arvo = 0,5381)).

PFS, borr ja OS tulokset

EGFR

PCR-testin positiiviset potilaat eivät eroa merkittävästi siitä, saatiin kaikilla potilailla kirjoilla EURTAC tutkimuksessa, joka viittaa siihen, että

EGFR

PCR-testi positiiviset potilaat, jotka edustavat kaikkia EURTAC otetuista potilaista.

7 tapauksissa, joissa

EGFR

PCR-testin tulos mutaatiota ei havaittu ja discrepant kanssa LDT kaksi tapausta ratkaistiin hyväksi LDT MPP, kolme tapausta ratkaistiin hyväksi

EGFR

PCR-testiä ja yksi näyte oli virheellinen sekä Sanger ja MPP ja toinen oli välisen sopimuksen

EGFR

PCR-testi ja Sanger muttei MPP (taulukko S2). Anecdotally 6 7 potilasta hoidettiin erlotinibin ja vain yksi potilas saavuttaa suurempi tai yhtä suuri kuin mediaani PFS perustuu LDT tai

EGFR

PCR-testissä.

vertailu EGFR PCR-testin ja LDT tulokset

Niistä 432 yksilöt voimassa tuloksia sekä

EGFR

PCR-testi ja LDT, PPA, NPA ja OPA olivat 94,2% (146/155, CI: 89,3%, 96,9 %), 97,5% (270/277, CI: 94,9%, 98,8%), ja 96,3% (416/432, CI: 94,1%, 97,7%), vastaavasti (taulukko 3). Näin oli suuri välistä yhdenmukaisuutta alkuperäisen LDT ja

EGFR

PCR testitulokset. Niistä kuusitoista yksilöt ristiriitainen tuloksia,

EGFR

PCR-testin tulos vahvisti MPP 68,8% (11/16) tapauksissa (taulukko S3).

vertailu EGFR PCR testitulokset Sanger Sequencing

487 näytteet testattiin käyttämällä

EGFR

PCR-testi ja Sanger sekvensointi, 406 antoivat luotettavia tuloksia sekä menetelmillä (38 oli mitättömäksi molemmat menetelmät, viisi oli pätemättömäksi

EGFR

PCR-testi ja 38 pätemätön Sangerin sekvensoinnilla). PPA, NPA ja OPA varten

EGFR

PCR-testi verrattuna Sangerin sekvensoinnilla oli 96,6% (112/116, CI: 91,7%, 98,7%), 88,3% (256/290, CI: 84,1%, 91,5 %), ja 90,6% (368/406, CI: 87,4%, 93,1%, taulukko 4), vastaavasti. Niistä 38 ristiriitainen tulosten välillä

EGFR

PCR-testi ja Sanger sekvensointi, MPP yhtyi

EGFR

PCR-testin tulos 30 (78,9%) tapauksista (taulukko S4). Sangerin sekvensoinnin havainnut yhden L858R ei havaitse MPP ja ei havainnut 22 eksonin 19 poistot ja 7 L858R mutaatiot varmistettiin MPP. Neljä MPP tulokset olivat virheellisiä, ja loput neljä tulosten kanssa sovitun Sanger. Valikoima prosenttia mutanttialleelit tapauksista jäi Sangerin oli 3%: sta 60%, jossa on useita näytteitä (n = 16) alle arvioidun toteamisraja Sanger.

Keskustelu

Tämä tutkimus tukee mahdollisuutta suorittaa retrospektiivinen kliininen validointi kumppania diagnostisen mahdolliselta, kliinisiä.

EGFR

PCR-testin tulokset olivat erittäin yhdenmukaisia ​​( 96%) kanssa LDT tuloksia käytetään valitsemaan potilasta varten EURTAC oikeudenkäyntiä. Tämän seurauksena PFS ja Borr n potilasryhmässä, jossa

EGFR

mutaatioita havaittiin

EGFR

PCR-testi oli verrattavissa koko kohortin potilaiden kirjoilla EURTAC tutkimuksessa, näin validoida käyttö

EGFR

PCR-testi valita potilaita hoidon anti-

EGFR

TKI kuten erlotinibi. Mediaani PFS elinaika oli 9,7 vs. 10,4 kuukautta varten erlotinibin ryhmässä ja 5,2 vs. 5,4 kuukautta varten LDT ja

EGFR

PCR-testissä, vastaavasti. Borr oli 58% vs. 59,3% kuukautta erlotinibin ryhmässä ja 15% vs. 14,0%, että LDT ja

EGFR

PCR-testissä, vastaavasti. Niistä 16 discordant yksilöiden välillä

EGFR

PCR-testi ja LDT, kolmas mutaatio testausmenetelmä yhtyi

EGFR

PCR-testin tulos 11 tapauksessa. Seitsemän tapausta, jotka olivat mutaatio havainnut

EGFR

PCR-testi ja mutaatiota ei havaitse LDT, 5 vahvistettiin MPP. Nämä potilaat olisivat voineet mahdollisesti hyötyä anti

EGFR

TKI-terapialle.

EGFR

PCR-testi oli useita teknisiä etuja LDT käytetyn EURTAC tutkimuksessa. LDT tarvitaan laser kaapata mikrodissektion useita kudosleikkeiden mukana 3 erillistä määrityksissä mediaani läpimenoaika 4,5 päivää. Vertailun

EGFR

PCR-testi vaaditaan macrodissection vain, jos kasvain pitoisuus oli 10% ja se voidaan suorittaa yhdessä päivässä käyttäen yhtä 5 um osassa. Lisäksi

EGFR

PCR-testi on kaupallista kittiä perustuva määritys, joka tarjoaa automaattisen tulos, pikemminkin kuin manuaalinen prosessi tulkinnanvaraisia ​​ja jotka voidaan suorittaa millä tahansa pätevä kliinisen laboratorion.

yli 80% näytteistä testattiin tässä tutkimuksessa olivat pieniä biopsianäytteistä. Yleinen kelpaa korko Sangerin sekvensointia oli 15,6% (76/487) verrattuna

EGFR

PCR 9% (43/487). Kuitenkin pätemätön korko osajoukko yksilöitä peräisin resektoitiin näytteistä oli 0% (0/109) todennäköisesti johtuu riittävän kudosten saatavuudesta. Siten määritys on erittäin kestävä, kun suoritetaan resektoidun kasvain näytteet ja on noin 90% onnistumisprosentti on kudosnäytteistä, jotka ovat usein ainoa kasvainnäyte testattaviksi NSCLC.

Sangerin sekvensointia on laajalti käytetty havaita

EGFR

mutaatioita. [30], [32] Samanlainen yleistä kelpaa hinnat, että 134

EGFR

mutaatio havaitsimme LDT näytteitä kirjoilla EURTAC tutkimuksessa, Sanger sekvensointi oli suurempi kelpaa korko (15,7%) verrattuna 8,2%

EGFR

PCR-testissä. Oli myös 30 mutaatiota ei havaittu tuloksia Sangerin sekvensointia (22,4%) ja 7 mutaatio ei havaittu tulos

EGFR

PCR-testi (5,2%). 21 epäkelpoja tuloksia ja 30 mutaatiota ei havaittu tuloksia, Sangerin sekvensointia olisi luokiteltu väärin 38%: lla potilaista kirjoilla EURTAC tutkimuksessa. Samanlaisia ​​virheellinen hinnat on ilmoitettu kolmessa muissa tutkimuksissa, mikä viittaa siihen, että tätä menetelmää on rajoituksia, kun sitä sovelletaan DNA FFPET näytteistä. [33], [34], [35] Lisäksi Sangerin sekvensointia on osoittanut heikko herkkyys näytteissä, jotka sisältävät alle 20-25% mutanttialleelit. [35], [36], [37] Kun vertasimme välinen sopimus pätevä tulokset

EGFR

PCR -testi Sangerin sekvensoinnilla (n = 406) oli 38 ristiriitaisia tapauksista, joista 30 vahvistettiin MPP. Kaksikymmentä yhdeksän 30 tapausta johti mutaatio havaitaan tilan

EGFR

PCR-testi ja tekisi näistä potilaista oikeutettu anti-

EGFR

terapiassa. Huono herkkyys Sangerin sekvensoinnin siten selittää suhteellisen alhainen NPA verrattuna

EGFR

PCR-testi tässä tutkimuksessa havaitut.

Koska kriittisyys

EGFR

mutaatio testaus valittaessa tiettyjä hoitoja hengenvaarallisiin syöpiä kuten kehittyneitä NSCLC, kestävä ja tarkka määrityksiä nopea läpimenoaika ovat edullisia. Viimeaikaiset laadunvarmistus tutkimuksia selvittämään mutaatio aseman standardin paneelin kasvaimia ovat osoittaneet, että eri kliinisissä laboratorioissa eivät tunnistaa oikein mutaation tilan 100% paneelin jäsenten, vaikka ne käyttävät samoja tai samankaltaisia ​​testausmenetelmiä. [38 ], [39] määrityksiä, joissa mutaatio analyysi kasvaimen näytteiden tärkeitä tekijöitä analyysin luotettavuutta kuuluu analyyttinen standardointi, validointi reagenssien ja menetelmien laboratoriokokemuksen ja asianmukainen osallistuminen patologi.

Yhteenvetona tulokset tämän tutkimuksen mukaan Cobas

EGFR

mutaatio testi on erittäin vankka ja erittäin tarkka kumppani diagnostisen analyysin valita potilaita hoidon anti-

EGFR

hoitomuotoja, kuten erlotinibi.

tukeminen Information

Taulukko S1.

listaus MPP tulos.

doi: 10,1371 /journal.pone.0089518.s001

(PDF) B Taulukko S2.

tulokset näytteistä discrepant välistä Cobas EGFR PCR-testiä ja LDT jotka otettiin mukaan kliiniseen tutkimukseen (Cobas MND /LDT MD).

doi: 10,1371 /journal.pone.0089518.s002

(PDF)

Taulukko S3.

sopimus tulosten välinen ristiriitainen EGFR PCR ja LDT testejä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0089518.s003

(PDF) B Taulukko S4.

MPP johtuu resoluutio analyysiin ristiriitainen yksilöiden välillä EGFR PCR-testi ja Sangerin sekvensoinnilla.

doi: 10,1371 /journal.pone.0089518.s004

(PDF) B

Kiitokset

Haluamme tunnustaa Patrick O’Donnell ja Karen Yu näiden panoksesta tämän tutkimuksen.