Krooninen sairaus

tiivistelmä

BRAF

(V600E) mutaatio peräsuolen syöpiä, jotka ovat microsatellite stabiileja (MSS ) annetaan huono potilaan ennustetta, kun taas

BRAF

mutantti mikrosatelliitti-epästabiili (MSI) kolorektaalisyövissä on erinomainen ennuste.

BRAF

villin tyypin syövät ovat tyypillisesti MSS ja näyttö kromosomi epävakaus (CIN). CIN ei ole laajasti tutkittu genomin laajuisesti suhteessa

BRAF

mutaatiostatuksesta riippumatta kolorektaalisyövässä.

BRAF

mutantti /MSS (

BRAF

mut /MSS) syöpiä (n = 33) ja

BRAF

mutantti /MSI (

BRAF

mut /MSI ) syöpiä (n = 30) verrattiin esiintymisen kopioluvun poikkeamia (CNAs) ohjeellinen CIN, jossa

BRAF

villityypin /MSS (

BRAF

paino /MSS) syöpiä (n = 18) käyttämällä Illumina CytoSNP-12 taulukot.

BRAF

mut /MSS ja

BRAF

paino /MSS syöpien osoitti lukumäärien CNAs /syövän 32.8 ja 29.8 vastaavasti. Oli kuitenkin eroja malleja CNA pituudeltaan MSS ikäluokat, jossa

BRAF

mut /MSS syöpiä, joilla on merkittävästi suurempi osuus polttovälin CNAs verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä (p 0,0001 ); kun taas koko kromosomi käsivarsi CNAs olivat yleisempiä

BRAF

paino /MSS syöpiä (p 0,0001). Tämä liittyy alennettu keskimääräinen CNA pituus

BRAF

mut /MSS verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä (20,7 Mb vs. 33,4 Mb; p 0,0001); ja pienempi keskimääräinen prosenttia CIN vaikuttaa genomien

BRAF

mut /MSS verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä (23,9% vs. 34,9% vastaavasti).

BRAF

mut /MSI syöpiä vahvistettiin olevan alhainen CNA hinnat (5,4 /syöpä) ja minimaalinen CIN-vaikutti genomit (keskimäärin 4,5%) verrattuna MSS ikäluokat (p 0,0001).

BRAF

mut /MSS syövät olivat yleisempiä poisto CNAs verrattuna

BRAF

paino /MSS syövät 6p ja 17Q at loci ei yleensä korreloi peräsuolen syöpä, ja suurempi vahvistus CNAs päälle 8q ja 18q verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä. Nämä tulokset osoittavat, että vertailukelpoiset hinnat CIN esiintyä MSS alaryhmien kuitenkin merkittäviä eroja niiden malleja epävakautta olemassa, jossa

BRAF

mut /MSS syövät osoittavat ”kohdennettu malli” ja

BRAF

p- /MSS syövät, joiden ”koko käsivartta mallia” CIN. Tämä ja genomisen loci useammin vaikuttaa

BRAF

mut /MSS syöpien antaa lisänäyttöä biologisen erot tämän tärkeän syöpää alaryhmä.

Citation: Bond CE, Nancarrow DJ, Wockner LF, Wallace L, Montgomery GW, Leggett BA, et al. (2014) mikrosatelliittimerkkien Vakaa kolorektaalisyövissä stratifioitiin

BRAF

V600E Mutaatio Näytä Erilliset mallit Kromosomi epävakautta. PLoS ONE 9 (3): e91739. doi: 10,1371 /journal.pone.0091739

Editor: Daniela Aust, University Hospital Carl Gustav Carus, Saksa

vastaanotettu: 30 syyskuu 2013; Hyväksytty: 13 helmikuu 2014; Julkaistu: 20 maaliskuu 2014

Copyright: © 2014 Bond et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat National Health ja Medical Research Council avustus (NHMRC # 1050455) ja Australian jatko palkinnon. DN tukivat Cancer Australia avustuksen # 552449. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

BRAF

V600E mutaatio on läsnä noin 10-15% satunnaista peräsuolen syöpä (CRC) [1] ja on tunnusmerkki sahalaitaiset neoplastisten reitin CRC, jossa syöpiä kehittyy sahalaitainen esiaste polyypit [2], [3]. CpG Island Methylator Fenotyyppikuvaus (CIMP) liittyy vahvasti läsnä ollessa

BRAF

mutaatio [2], [4], [5]. Noin puolet näistä

BRAF

mutantti syöpiä, CIMP liittyvät metylaatio ja hiljentäminen DNA virhepariutumista korjaava geeni,

MLH1

, tulokset laajalti lukukehysmutaatioita tunnetaan mikrosatelliitti epävakaus (MSI).

BRAF

mutantti /MSI syöpiä ovat hyvin ominaista ja esitellään tyypilliset molekyyli- ja kliinisten piirteiden myös erinomainen potilaiden hoitotuloksiin [4], [6], [7], [8], [9]. Loput

BRAF

mutantti syövät eivät metyloimaan

MLH1

ja ovat microsatellite stabiileja (MSS). Nämä

BRAF

mutantti /MSS syöpiä ei ole yhtä hyvin tutkittu, mutta tärkeämpää on antaa hyvin huonon potilaan ennusteeseen [9], [10], [11].

Suurin osa satunnaista CRC ovat

BRAF

villityypin ja syntyvät perinteisen adenoomia, jotka noudattavat hyvin määritelty polun molekyylitason tapahtumia syöpään johtavista [12]. Nämä

BRAF

villin tyypin syöpiä ovat tyypillisesti MSS ja usein osoittavat kromosomaalinen epävakaus (CIN) [8], läsnä ollessa, joka on korreloitu huonoon ennusteeseen näiden syöpien [13], [14], [15 ], [16]. Mielenkiintoista, läsnäolo

BRAF

V600E mutaatio MSS syöpien antaa vieläkin pahempi ennuste [9], [17], mutta CIN ei ole laajasti tutkittu genomin laajuisesti tämä syöpä alaryhmässä.

CIN viittaa määrä hankinnan kopioluvun poikkeamia (CNAs) kun osat DNA vaikuttaa joko poistetaan tai vahvistus tapahtumat [18]. CIN voi vaikuttaa koko kromosomia pitkälti huonosti kromosomi eriytymistä mitoosin aikana [18], [19], ja aneuploidiaa on stabiili tila epänormaali kromosomi numeroiden [18]. Vaihtoehtoisesti CIN voi viitata läsnäolo laaja rakenteellinen osa-kromosomi uudelleenjärjestelyt johtuvat virheellisestä korjaus DNA-vaurioiden [20]. Nämä rakenteelliset uudelleenjärjestelyt voivat syntyä vaikka toistuvat kierrokset rikkoutumisen ja fuusio korjaus syklit johtaa monimutkaisia ​​poistot, monistukset ja alueelta toiselle siirtäminen [21].

Harvat tutkimukset ovat laajalti tutkittu CIN yhteydessä

BRAF

mutaatiostatuksesta ja MSI tila. Olemme aikaisemmin havaittu verrattain korkeat taajuudet LOH tapahtumien välillä

BRAF

mutantti /MSS syöpien ja

BRAF

villityyppisen syövät useilla avaimen genomista loci (18q, 17p, 5q ja 8p), jotka ovat tiedetään satama tärkeä tuumorisuppressorigeeneille [22].

Sovelluksen genominlaajuisten yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) paneelit tutkia läsnäolon CIN on auttanut tuomaan esiin erilaisia ​​CNAs kuten monimutkaisten poikkeavuuksien kopioi neutraali heterotsygotian menetys (cnLOH) tapahtumia. Useita yhteisiä alueita kohteena CNAs CRC myös poistot kromosomeissa 17p, 18q, 5q, 8p, 4q ja 1p, ja monistukset kromosomeissa 13q, 20q, 7p, 7q ja 8q, on vahvistettu kautta SNP array tutkimuksissa [23], [ ,,,0],24].

MSI ja CIN aiemmin pidetty kaksi eri polkuja perimän epävakaisuuden vuoksi havainnot MSI syöpien hetkellä suurelta osin diploidinen [13], [25], [26]. Kuitenkin useissa tutkimuksissa käyttäen sytogeneenisuustutkimuksiin löytänyt MSI solulinjojen ja syövistä on huomattava läsnäolo kromosomipoikkeavuuksien, pääasiassa cnLOH tapahtumat [27], [28], [29], [30]. Samoin tutkimuksissa on raportoitu esiintyminen CIN ja CIMP korreloivan käänteisesti [31], [32], ja esiintyvyys usein metylaation liittyvän alennettuja ja pituudet CNAs [33], [34], [35] . Kuitenkin suurin osa näistä tutkimuksista ei ositusta varten läsnä on

BRAF

mutaatio [31], [33], [35].

ja muut ovat korostaneet, että

BRAF

mut /MSS syöpätyypin niiden korrelaatioita huono hoitotuloksia ja läsnäolo erillisiä molekyyli- ja kliinisten piirteiden [9], [10], [17], [22], [36]. Tämä tutkimus laajenee luonnehdinta näiden syöpien tutkimalla laajuus CIN on genomin laajuisesti, jotka voivat auttaa määrittämään tarkemmin molekyyli poikkeavuuksia, jotka voivat olla osaltaan aggressiivisuus tämän syöpätyypin.

Materiaalit ja menetelmät

Syöpä näytteitä

Ensimmäinen kohortti 1052 satunnaista kolorektaalisyövissä ja Hyväksytty normaalit saatiin potilailta leikkauksen jälkeen Royal Brisbane ja naisten sairaala, Queensland, Australia. Kirjallinen, tietoon perustuva suostumus kerättiin kaikilta potilailta, ja hyväksyi tutkimuksen alla RBWH ja Bancroft Human Research Ethics komitea. Kliiniset tiedot kuten potilaan sukupuolesta, iästä, vaiheessa diagnoosi (American sekakomitean Cancer, AJCC) ja anatominen sivuston syövän (proksimaaliseen sijainti katsoa proksimaalisesti pernan flexure) kerättiin jos käytettävissä.

BRAF, p53 ja KRAS mutaatio, MSI ja CIMP Tutkimukset

: Kaikki syöpä näytteet oli aiemmin tutkittu MSI tila käyttämällä 5 markkeripaneeli National Cancer Institute (mononukleotidi: BAT25, BAT26; dinukleotidi: D5S346, D2S123 , D17S250) ja luokiteltu MSI jos vähintään kaksi markkereita, mukaan lukien vähintään yksi mononukleotidi markkeri, olivat positiivisia. Läsnäolo

BRAF

V600E mutaatio,

p53

mutaatio (yli eksonit 4-8),

KRAS

mutaatio (kodoneissa 12 ja 13), ja CpG Island Methylator Fenotyyppikuvaus (käyttäen 5 markkeripaneelin koostuu

CACNA1G

,

IGF2

,

NEUROG1

,

RUNX3

,

SOCS1

[ ,,,0],5]), oli myös aiemmin määritetty [22], [36], [37]. Syövistä myöhemmin kolmeen ikäluokat riippuen niiden MSI ja

BRAF

mutaatiostatuksesta tila: kun

BRAF

mutantti /MSS (n = 60),

BRAF

mutantti /MSI (n = 68) tai

BRAF

villityypin /MSS (n = 924).

Yhden nukleotidin polymorfismi Arrays

näistä ikäryhmät, 33

BRAF

mutantti /MSS, 30

BRAF

mutantti /MSI ja 18

BRAF

villityypin /MSS syövät ja vastaaviin normaaleihin näytteet valittiin kvantifiointiin käytetään Picogreen väriaine, ja analyysi genominlaajuisten kopioluvun poikkeamia (CNAs) kanssa HumanCytoSNP-12v2.1 yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) paneelit (Illumina, San Diego, Ca.) mukaan valmistajan ohjeiden. Beadchips skannattiin käyttämällä Illumina n Iscan järjestelmän ja kuvadatan analysoitiin Illumina n GenomeStudio versio 2011.1.0.24550. Syöpä jälkiä viitataan niiden vastaaviin normaaleihin profiilit ja rajat kaikkien somaattisten kopioluvun kromosomipoikkeavuuksien manuaalisesti määritetty ja perustuvat ihmisen genomin rakentaa NCBI36 /hg19. Tilille strooman saastumisen yleisesti esiintyvä syöpä näytteiden simuloitu DNA Copy Number (SiDCoN) [38] ja automaattisen SiDCoN2 työkalu, joka on R käsikirjoitus pohjaisia ​​sovelluksia, käytettiin osoittaa kullekin CNA loki R-suhde ja B-alleelin taajuus pisteet määritetään genotyyppi kunkin CNA. SiDCoN sovellus pystyi laajuuden määrittämiseksi solut, jotka osoittivat poikkeava kopiomäärä muutoksen kunkin CNA, kuten heterogeenisiä genotyypit. Jokainen yksittäinen CNA että pistemäärä vähintään 20% poikkeavan solun osallistumisen jätettiin analyysin luotettavuuden varmistamiseksi CNA data [38], [39]. CNAs sitten muunnetaan Excel mukautettuja tietoja kappaleita ja visualisoidaan University of California, Santa Cruz Genome Browser (https://genome.ucsc.edu/) [40].

sytogenetiikka terminologiaa levitettiin ”voitot” ja ”tappiot” viittaa koko kromosomin varsi tapahtumia, joissa suuri genominen alue vaikutti ja koostui tyypillisesti pieniä kopio numeroita. ”Amplifikaatiot” ja ”poistot” viitataan CNAs kattaa osa-kromosomi tai paikallinen alueilla ja nämä mahdollisesti mukana suurempi kopio numerot [41]. Tietyntyyppisiin poistamisen ja vahvistus CNAs analysoitiin poisto tapahtumia koostuu Heterotsygotian menetys (LOH), kopioi neutraali Heterotsygotian menetys (cnLOH) ja homozogous poistetaan (HD) tapahtumia, kun taas vahvistus CNAs mukana 3n ja ≥4n (kompleksi) monistumistapahtumia .

tunnistaa laajuus CNA kattavuus per kromosomi, pituus kunkin CNA laskettiin osa sen kattavuus koko pituudelta erityisten kromosomin varsi, jotta vertailtaessa CNAs esiintyy kaikissa kromosomi aseiden eripituisia [41]. Jatkuva CNAs kattaa ≥95% kromosomaalisen varren olivat kutsutaan ”koko kromosomin arm” CNAs; alueelliset CNAs kattoi välillä 50-94% kromosomin arm; ja polttoväli tapahtumia pidetään 50% pituudesta kromosomin varsi sopusoinnussa aiemmin julkaistujen tietojen [24], [41], [42], [43]. Tässä tutkimuksessa koko kromosomin CNAs (jatkuva poikkeamia ulottuu yli sekä kromosomi käsivarret) sisällytettiin analyysiin koko kromosomin varsi CNAs kuin Beroukhim

et al

[41] ja Cancer Genome Atlas verkoston luonnehdinta CRC [ ,,,0],24]. Vähäinen yhteinen alueet (MCRs) on myös tunnistettu ja viittasi pienin genomi-lokuksen deleetion sisältävä tai vahvistusta kopiomäärä vaihtuu korkeimmalla taajuuksilla poikki syövät kussakin kohortissa.

Syöpä solutiheyden Näytteet

: SiDCoN apuna arvioitaessa syöpäsolun tiheys kunkin näytteen [39], ja ne näytteet, jotka sisälsivät 40% kasvainsoluja automaattisesti mukana analyysiä varten (kuva S1 File S1). Kuten kuvattu Dulak et al [43], loput syöpiä (

BRAF

mutantti /MSS 11/33 = 33%;

BRAF

mutantti /MSI 12/30 = 40%;

BRAF

villityypin /MSS 2/18 = 11%) analysoitiin läsnäolon rinnakkaiselo molekyylitason muutokset liittyvät tuumorigeneesiä vahvistaakseen oli riittävä suhde kasvainsolun verrattuna normaalin solun sisällön perustella molekyyli- analyysejä . Tämä analyysi sisälsi Metyloidun markkereita, näyttöä MSI ja LOH, ja mutaatioita syöpään liittyvien geenien [22], [36] (taulukko S1 File S1). Data ja tilastollisia eroja näiden syövän näytteistä joko sulkea pois tai ei verrattiin tarkistaa niiden sisällyttämistä tässä tutkimuksessa (taulukko S2 File S1).

Tilastollinen analyysi

Merkittävät erot kategorisen datan analysoitiin Pearson chi-neliö testi, tai Fisherin testiä tarvittaessa. Mittasuhteet testattiin käyttämällä osa testiä, ja tarvittaessa nämä p-arvot korjattiin monimuuttujille käyttäen Benjamini-Hochberg menetelmällä. Jatkuvien muuttujien, ANOVA käytettiin testaamaan varten merkitsevää eroa ryhmien välillä, ja Post-Hoc analyysi (käyttäen Tukeyn HSD) suoritettiin tutkimaan eroja entisestään. Niiden testien kuluessa ikäluokat, joko pariksi t-testiä tai Wilcox merkki rank testi ja Friedmanin testi liittyvien näytteiden tehtiin. P-arvot ≤0.05 pidettiin merkittävinä.

Tulokset

Clinical and Molecular ominaisuudet Study Kohorteissa

33

BRAF

mutantti /MSS (

BRAF

mut /MSS), 18

BRAF

villityypin /MSS (

BRAF

paino /MSS), ja 30

BRAF

mutantti /MSI (

BRAF

mut /MSI) syöpiä analysoitiin. Suurin osa

BRAF

mutantti syöpiä, jotka ovat peräisin proksimaaliseen paksusuolen, kun taas useimmat

BRAF

paino /MSS syöpiä havaittiin distaalisesti (p 0,0001) (taulukko 1).

BRAF

mut /MSS syövät esitettiin lähinnä myöhemmissä vaiheissa (AJCC III ja IV), verrattuna

BRAF

paino /MSS ja

BRAF

mut /MSI syöpiä (p = 0,03) (taulukko 1).

BRAF

mut /MSI syöpien siirrettävä myöhempään alkamisiällä verrattuna MSS syöpiä (p = 0,01. Molekyylirakennetta, CpG Island Fenotyyppikuvaus (CIMP) oli hallitseva

BRAF

mutantti ikäluokat, erityisesti

BRAF

mut /MSI syövät, ja että ei

BRAF

paino /MSS syöpiä CIMP korkea (p 0,0001) (taulukko 1).

KRAS

mutaatiot olivat läsnä 28%

BRAF

paino /MSS syöpien ja keskinäisen yksinoikeuden

KRAS

kanssa

BRAF

mutaatioita vahvistettiin.

Valuuttojen Kopioi numero poikkeamat Molecular Alaryhmät

Yksittäiset kopioluvun poikkeamia (CNAs), joka oli ≥20% solujen osallistumisen määritettynä SiDCoN [38], [39] sisällytettiin seuraavassa analyysissa. Syövät, joka oli alle 40% kasvain sisältöä arvioimana SiDCoN [39] oli merkittäviä todisteita syöpään liittyvien molekyylitason muutokset (taulukko S1 File S1) [43], mikä viittaa siihen riittävä kasvaimen soluihin myös havaita CNAs. Tilastolliset erot määrä ja tyyppi CNAs välillä tapahtuvat ikäluokat pysyi voimassa kun analyysit tehtiin niiden ulkopuolelle (taulukko S2). Siksi koko kohortteja pidettiin tässä tutkimuksessa.

MSS ikäluokat oli verrattavissa perustetaan keskimääräistä CNAs kohti syövän nopeudella 32,8 kohden

BRAF

mut /MSS syövän ja 29,8 kohden

BRAF

paino /MSS syöpä.

BRAF

mut /MSI kohortti oli huomattavasti alhaisempi 5,4 CNAs kohti syöpä (p 0,0001) (taulukko 2).

keskipituus yksittäisen CNA vuonna

BRAF

paino /MSS kohortti (33,4 Mt) oli merkitsevästi pidempi kuin keskimääräinen CNA pituus

BRAF

mut /MSS kohortti (20,7 Mt) (p 0,0001), ja

BRAF

mut /MSI kohortti (23,6 Mt) (p 0,0001) (taulukko 2). Pituus kunkin CNA pidettiin osa pituuden tietyn kromosomin varsi [41]. Tämä osoitti merkittäviä eroja keskimääräisessä ja mediaani kromosomin osa vaikuttaa CNAs välillä tapahtuvat ikäluokat, jossa

BRAF

paino /MSS jolla on korkein osa kromosomin varsi osallistumisen verrattuna

BRAF

mutantti ikäryhmät (p 0,0001) (taulukko 2). Tämä ero on keskimäärin CNA pituus vastasi suurempi keskimääräinen prosenttiosuus genomien vaikuttaa CNAs

BRAF

paino /MSS kohortissa (34,9%; alue 0-80,5%), verrattuna

BRAF

mut /MSS kohortissa (23,9%; alue 0-68,6%). Verrattuna MSS syöpiin,

BRAF

mut /MSI syöpien oli minimaalinen osuus genomin osallistuminen (4,5%; alue 0-25,8%) (p 0,0001) (taulukko 2). Tästä johtuen pienen laajuuden CNAs vaikuttaa

BRAF

mut /MSI syöpiä, seuraavat tulokset lähinnä verrata näitä kahta MSS ikäryhmät.

Poisto ja vahvistusta CNAs pidettiin nopeudella kokonaismäärästä of CNAs esiintyvien että kohortin sekä määrän tapahtumista kohti syöpä kussakin kohortissa. Kaikissa ikäluokat, poistetaan CNAs olivat yleisempiä kuin vahvistus CNAs, jossa poisto tapahtumia muodostavat noin 73% kaikista CNAs per kohortti (taulukko 2).

BRAF

paino /MSS kohortti oli huomattavasti suurempi keskimääräinen prosenttiosuus genomin vaikuttaa monistumistapahtumia kuin

BRAF

mut /MSS syöpiä (12,2% vs. 5,2% vastaavasti; p = 0,01) ( taulukko 2).

yleisimpiä poisto tapahtumista vähintään 50% syövistä molemmissa MSS väestöotoksessa mukana kromosomien 1p, 4q, 5q, 17p, 18q ja 22q.

BRAF

mut /MSS kohortissa oli huomattavasti yleisempää poisto tapahtumia kuin

BRAF

paino /MSS kohortissa kromosomeja 6p (p = 0,02), 6Q (p 0,05) ja 17Q (p = 0,02) (kuvio 1). Huomattavasti useammin monistumistapahtumia ilmeni

BRAF

paino /MSS verrattuna

BRAF

mut /MSS syövät at 13q (p = 0,0009) ja 7q (p = 0,006).

BRAF

mut /MSS syövät olivat huomattavasti useammin vahvistusta tapahtumista 8q verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä (p = 0,02) (kuva 1).

Tähdellä osoittaa ne kromosomi käsivarret jossa merkitseviä eroja (p 0,05) määrä CNAs kohti syövän välillä ilmennyt MSS kohortteja (punainen

BRAF

mut /MSS kohortti ja vihreä

BRAF

p- /MSS kohortti osoittaa, mihin on merkittävästi suurempi määrä CNAs kohti syöpä).

keskimääräinen tietyntyyppisiä joko laajentaa tai poisto CNAs kohti syöpä osoittaneet MSS ikäluokat olivat yhtä suuria lajeja tapahtumia (taulukko 2). Kuitenkin

BRAF

paino /MSS syöpiä oli merkittävästi pidempi pituudet kaikenlaisten poisto ja monistumistapahtumia, paitsi cnLOH CNAs (kuva 2).

BRAF

mut /MSI oli huomattavasti alhaisempi ja lyhyemmät pituudet kaikkiin tapahtumiin verrattuna MSS ikäluokat (taulukko 2, kuva 2).

Oli huomattavasti kauemmin pituudet kaikki tapahtumat ( paitsi cnLOH)

BRAF

paino /MSS verrattuna

BRAF

mut /MSS kohortissa.

BRAF

mut /MSI syöpiä oli huomattavasti lyhyempi pituudet kaikkiin tapahtumiin verrattuna MSS syöpiä (p 0,0001).

Taajuus Kopioi numero Aberrations mukaan Pituus

Kaikki CNAs arvioitiin osa kattavuuden mukaan erityisen kromosomi käsivarteen. Analyysi pituus kaikkien CNAs osoitti valtaosa oli joko alle 50% tai pidempi kuin 95% pituudesta kromosomin varren kunkin kolmen ryhminä (kuvio S2 File S1). Näin ollen, jotta edelleen verrata taajuuksia CNAs välillä ikäluokat, CNAs pidettiin joko koko käsivartta (≥95% kromosomi varren pituus), tai paikallinen (kuten 50% kromosomi varren pituus [24], [41], [42 ], [43]). Loput CNAs (50-94% kromosomi varren pituus) pidettiin alueellisia tapahtumia. Vaihtelevat kynnyksen polttoväli välillä 35% 65% kromosomi Varren pituus, vielä johtanut useimmissa CNAs säilytetään joko keskeisten tai koko pituudeltaan osajoukkoja, ja ei muuttanut tilastollista merkitystä tärkeitä havaintoja ( taulukot S3A ja S3B File S1).

koko kromosomi Arm Copy Number Aberrations.

BRAF

paino /MSS kohortti oli merkitsevästi enemmän taipumusta koko kromosomin varsi CNA tapahtumia 32% verrattuna

BRAF

mut /MSS kohortissa 17% (p 0,0001) (taulukko 2). Tämä vastasi huomattavasti suurempi keskimääräinen koko kromosomin varsi CNAs kohti syövän

BRAF

paino /MSS verrattuna

BRAF

mut /MSS syöpiä (p = 0,04); ja suurempi keskimääräinen osuus genomin vaikuttaa koko käsivartta tapahtumista BRAFwt /MSS verrattuna BRAFmut /MSS syöpiä (22% vs. 12%, p = 0,02) (taulukko 2).

BRAF

mut /MSI kohortin oli pienin koko käsivarren CNA nopeudella vain 1,4 per syöpä (p 0,0001); ja vain 3% niiden genomin vaikuttaa koko käsivartta CNAs (p 0,0001) (taulukko 2). Sisällä molemmat MSS ikäluokat, keskimäärin koko käsivartta menetykset olivat merkittävästi suurempia kuin keskimäärin koko käsivartta voitot (

BRAF

mut /MSS p 0,0001,

BRAF

paino /MSS p = 0,001).

BRAF

paino /MSS syöpien oli huomattavasti enemmän koko käsivartta voitto tapahtumia kuin BRAFmut /MSS syöpiä (p = 0,01) (taulukko 2).

Alueellinen Kopioi numero Aberrations.

hinnat alueellisten CNAs oli samanlainen kohortteja ja kun niitä ilmenee hitaammin kuin koko käsivartta ja polttoväli tapahtumia, niiden sisällyttäminen sallitaan kattava kuvaus CIN kaikissa kolmessa ikäryhmien (taulukko 2). Molemmat MSS ikäluokat oli merkitsevästi enemmän alueellista poisto kuin monistumistapahtumia näytettä kohden (taulukko 2).

Focal Kopioi numero Aberrations.

BRAF

mut /MSS kohortin oli korkein osuus polttoväli CNAs 70,7% kaikista CNAs, kun taas

BRAF

paino /MSS oli huomattavasti vähemmän 54,9% (p 0,0001). Tämä rinnastaa nopeudella 23,2 polttoväli CNAs per

BRAF

mut /MSS syöpä, ja 16,3 prosenttia

BRAF

paino /MSS syöpä;

BRAF

mut /MSI syöpiä oli oleellisesti vähemmän polttoväli CNAs 3,4 per syöpä (p 0,0001) (taulukko 2). On merkittävästi erilaiset keskipituuksien polttoväli poikkeavuuksien per kohortti 6,3 Mb varten

BRAF

mut /MSS, 10,9 Mb varten

BRAF

paino /MSS ja 2,3 Mb varten

BRAF

mut /MSI syöpiä (p 0,0001).

kaikissa ikäryhmien polttoväli poisto CNAs, etupäässä LOH tapahtumia, olivat merkittävästi suurempia kuin polttoväli vahvistus CNAs (

BRAF

mut /MSS p = 0,004,

BRAF

paino /MSS p = 0,03) (taulukko 2), (

BRAF

mut /MSI p = 0,0001). Verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä,

BRAF

mut /MSS syövät verrokkeja useammin polttoväli deleetioita 18q (11/33, 33% vs 1/18, 6%; p = 0,04) pääasiassa käsittää 18q21.2 joka sisältää

Smad2

geenilokuksesta. Focal monistuksia

BRAF

mut /MSS syövät olivat yleisempiä kuin

BRAF

paino /MSS syövät at 8q (11/33, 33% vs 1/18, 6%; p = 0,04) pääasiassa at 8q24.21 kattaa

Myc

lokuksen, ja 18q (7/33, 21% vs 0/18; p = 0,04), jotka vaikuttavat 18q11.2 (joka sisältää

GATA6

ja

CTAGE).

Minimal Common alueiden (MCRs).

Vähäinen yhteinen alueet katsottiin sisältävän kaikki pituudet CNAs. Molemmat MSS ikäluokat osoitti korkea syöpiä (≥40%) kohdistetuilla poisto tapahtumia useilla loci aikaisemmin yhdistetty CRC, kuten 18q21.1-18q21.2 (joka sisältää

Smad2, Smad4

,

DCC

) ja 17p13.1 (

p53

) (taulukko S4A File S1). Loci ole niin yleisesti liittyvät CRC todettiin myös poistettava samanlaisessa suhteessa MSS syöpien, ja mukana 22q12.1, 22q11.1, 22q13.2, 17p12, 17p11.2, joista kukin sisältää useita syöpään liittyvät geenit ( Taulukko S4A File S1).

analyysi MCRs vaikuttaa ≥20% syövistä ainakin toinen kahdesta MSS ikäluokat ilmeni useita loci jossa määrien CNAs eroavat merkittävästi toisistaan ​​ikäryhmät. Vaikka säädön jälkeen monimuuttujille merkitys ei enää saavutettu,

BRAF

mut /MSS syöpien oli tiheä poisto CNAs verrattuna

BRAF

paino /MSS syövät useissa lokusten 17Q ​​ja 6p lukien 17q22 (joka sisältää syöpään liittyvät geenit

RNF43

ja

VEZF1

), 17q24.3 (

SOX9

) ja 6p25.1 (

CDYL

) (taulukko 3). Monistaminen MCRs olivat yleisempiä

BRAF

mut /MSS kuin BRAFwt /MSS syövät at 8q24.21 (

Myc

), ja 18q11.2 (

GATA6, CTAGE

) (taulukko 3).

BRAF

mut /MSI syöpiä oli oleellisesti vähemmän MCRs kuin MSS ikäluokat, mutta niillä ei ole verrattain suuri osa syövistä (≥20%) jossa polttoväli deleetioita 3p14.2 (

FHIT

), 16p13.3 (

RBFOX1

) ja 20p12.1 (

MACROD2) B (taulukko S4C File 1).

eri mallien CIN välillä on

BRAF

mut /MSS ja

BRAF

paino /MSS Syövät

Vaikka MSS ikäluokat ollut samanlaisia ​​keskimääräinen lukumäärä CNAs per syöpä (kuvio 3A, taulukko 2),

BRAF

paino /MSS syöpiä oli suurin osuus genomin vaikuttaa CNAs (kuvio 3B). CIN tyypillisessä

BRAF

paino /MSS syövän pääasiassa kautta tapahtui koko kromosomin varsi tapahtumia, kun taas CIN vuonna

BRAF

mut /MSS syöpiä pitkälti korreloi usein polttoväli CNAs mikä johti pienempi osuus genomin vaikuttaa (kuviot 3A ja 3B).

A) keskimääräinen lukumäärä CNAs rajattu pituus kohti syöpä kussakin MSS kohortissa. MSS ikäluokat oli samanlainen joukko yleisen CNAs esiintyviä per syöpä, mutta

BRAF

mut /MSS syöpien osoittivat suuremman määrän polttoväli CNAs, jossa

BRAF

paino /MSS syöpien, jolla on suurempi määrä koko käsivartta tapahtumia.

BRAF

mut /MSI syöpiä oli huomattavasti vähemmän CNAs kaikki lajit. B) Keskimääräinen prosenttiosuus genomin vaikuttavat CNAs rajattu pituus kussakin MSS kohortissa.

BRAF

paino /MSS syöpiä oli suurin osuus genomin vaikuttaa CNA tapahtumia, mikä johtui suurempi määrä koko käsivartta tapahtumia tässä kohortissa.

BRAF

mut /MSS syöpien osoitti pienempi osuus genomin vaikuttavat CNAs, joka on heijastava verrattain alhaisempi koko käsivarren ja korkeampi polttoväli tapahtumista verrattuna

BRAF

paino /MSS syöpiä.

Kuvio 4 esittää genomin laaja jakautuminen CNAs kaikilla kolmella ikäryhmien mukaisesti pituuden ja tyypin tapauksessa, että tapahtui tiettyyn kromosomiin varsi. Vaikka MSS ikäluokat tehdä osoittavat näytteen heterogeenisuus, hallitsevaa polttoväli rakenteessa CIN näkyy

BRAF

mut /MSS syöpiä, ja tämä on ristiriidassa koko kromosomin varsi kuvio näkyy

BRAF

paino /MSS syöpiä.

Sample heterogeenisyys tapahtui ikäluokat kuitenkin polttoväli kuvio näkyy

BRAF

mut /MSS ja koko varsi kuvio on läsnä

BRAF

paino /MSS kohortti.

keskustelu

Tämä tutkimus on osoittanut, että

BRAF

mut /MSS kolorektaalisyövissä pääasiassa satamaan keskeisten tai kohdistettuja CNAs, kun taas

BRAF

paino /MSS kolorektaalisyövissä ovat merkittävästi useammin koko kromosomin varsi CNAs. Tämä johtaa suurempaan keskimääräinen prosenttiosuus genomin vaikuttaa CIN in

BRAF

paino /MSS verrattuna

BRAF

mut /MSS syöpiä.

BRAF

paino /MSS syövät osoittavat vastaavasti suuri osa genomista vaikuttaa koko käsivartta CNAs kuin aiemman raportin suuren joukon erilaisia ​​syöpätyyppejä, mukaan lukien CRC [41]. Verrattain,

BRAF

mut /MSS kohortti on huomattavasti pienempi osuus niiden CIN vaikuttaa genomeja kattaa koko käsivarren tapahtumia. Kaiken kaikkiaan nämä havainnot tunnistaa, että

BRAF

mut /MSS syövät edustavat enemmän ”kohdennettu mallia” CIN, kun taas

BRAF

paino /MSS syövät näyttämään koko kromosomin arm ”mallia CIN.

Kun otetaan huomioon kaikki ikäluokat, taajuus poistetaan CNAs ylitti monistumistapahtumia kaikenlaisille CNAs. Tämä ero saattaa heijastaa suuremman valikoiman poistoista, joka voisi olla kasvain edistää ja osallistuu useampia yksinkertaisia ​​mekanismeja hankinnan, kun taas monistukset voi vaatia monimutkaisempaa vuorovaikutus homologisia ja ei-homologisen kromosomien [44].

Koko kromosomin varsi CNAs olivat merkittävästi yleisempiä

BRAF

paino /MSS kuin

BRAF

mut /MSS syöpiä. Koko kromosomin varsi CNAs voivat edistää tuumorigeneesiä kautta voitto onkogeenien ja menetys tuumorisuppressoreita suuressa mittakaavassa [19]. Kuitenkin koko kromosomin varsi CIN on myös yhteydessä syövän tukahduttaminen jossa käänteinen syövän edistävät vaikutukset tapahtuvat, ja siellä on overabundant menetys onkogeenisten tekijöiden ja voitto kasvaimen ehkäisevästä vaikutuksia [19]. Lisäksi lisääntynyt kromosomi kopiomäärä voi johtaa liialliseen proteiinia, jotka saattavat asettaa suurempia metabolisen stressiä syöpäsolujen ja lopulta vähentää, solujen kasvun ja lisääntymisen [19], [45], [46], [47]. Onko taipumusta koko käsivarren CNAs voidaan edistää vähemmän haitallisia luonteen BRAFwt /MSS syövät verrattuna BRAFmut /MSS syövät kautta edellä mainituissa järjestelyissä, voivat oikeuttaa lisätutkimukset.

aggressiivinen

BRAF

mut /MSS syöpien oli huomattavasti korkeampi polttoväli CNAs koko niiden genomit. On ollut Aiempien raporttien varhaisen verrattuna myöhäisessä vaiheessa syöpiä kätkeminen enemmän koko käsivartta verrattuna polttoväli CNAs [48], jossa vaihe I rintasyöpiä havaittiin useammin koko kromosomin varsi CNAs verrattuna vaiheen II /III rintasyöpiä joka oli pienempi monimutkaisempia tapahtumia [49]. Lisäksi haitallista kliinistä tulosta melanoomaan on liittynyt useammin polttovälin CNAS verrattuna koko kromosomin varsi tapahtumia [50]. Mahdollisesti näitä monimutkaisia, osa-kromosomi tapahtumia voidaan helpottaa syövän etenemisen erityisesti suunnattu avaintekijöitä tuumorigeneesiä.

muunlaisia ​​mekanismeja alkuperään liittyviä joko koko kromosomin tai paikallinen CNAs olemassa. On raportoitu yleisesti, että CIN liittyy koko kromosomia johtuu liittyvät virheet kromosomi eriytymistä mitoosin aikana [19], [51].