Krooninen sairaus

tiivistelmä

Y-kromosomi on hiljattain ehdotettu on yhteys eturauhassyövän riskiä väestössä. Koska tämä kromosomi on haploidisia ja puuttuu rekombinaatio suurimman osan pituuttaan, haplotyyppien rakennettu binääri merkitsijä koko kromosomissa voidaan käyttää yhdistyksen tutkimuksiin. Arvioida mahdollisia Y-kromosomi panos eturauhassyövän riskiä, ​​olemme siis analysoinut 14 Y-kromosomi binary merkkiaineiden 106 eturauhassyövän tapauksissa ja 110 säätimet Korean väestöstä. Aikaisemmista toteamusten Japanin väestöstä ei havaittu tilastollisesti merkittävää eroa jakelussa Y-kromosomi haplogroup frekvenssi välillä havaittiin tapauksessa ja kontrolliryhmiin korealaiset. Siten meidän data tarkoita, että aiemmin raportoitu yhdistysten välillä Y-kromosomi suvusta ja taipumusta tai suojaa, eturauhassyöpä saattavat selittyä tilastollisia vaihteluita, tai geneettisiä vaikutuksia, jotka ovat nähneet vain tietyissä ympäristöissä.

Citation: Kim W, Yoo TK, Kim SJ, Shin DJ, Tyler-Smith C, Jin HJ et al. (2007) puuttuminen Association between Y-Kromosomi Haplogroups ja Eturauhassyöpä Korean Population. PLoS ONE 2 (1): E172. doi: 10,1371 /journal.pone.0000172

Academic Editor: Mikhail Blagosklonny, Ordway Research Institute, Inc., Yhdysvallat

vastaanotettu: 07 marraskuu 2006; Hyväksytty: 21 joulukuu 2006; Julkaistu: 24 tammikuu 2007

Copyright © 2007 Kim et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: WK on tukee avustusta Korean Science and Engineering Foundationin (KOSEF R01-2005-000-10534-0), Korean tasavalta. CTS tukee Wellcome Trust.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Eturauhassyöpä on yksi yleisimmistä mies- tiettyjen syöpien, mutta sen esiintyvyys vaihtelee huomattavasti väestön kanssa mahdollisuus kehittää tätä syöpä on korkein länsimaissa ja pienin Aasian maissa. Viimeaikaiset tutkimukset viittaavat siihen, että sekä geneettiset muutokset ja ruokavalion tekijät voivat liittyä eturauhassyövän [1] – [5], vaikka etiologiaa tämän taudin edelleen epäselvä useimmissa tapauksissa.

On yhä enemmän todisteita varten Y-kromosomi rooli pahanlaatuisuuteen ja mieserityisyyttä syövän etenemistä. Y-kromosomaalisia mutaatioita, jotka liittyvät eturauhasen syöpään, koska menetys tämä kromosomi on yleisin kromosomipoikkeavuustestissä havaittu eturauhassyöpäkudoksen [1], [6]. Monet geenit tai loci Y-kromosomin voi edistää paitsi mies sukusolujen kehittämiseen ja ylläpitoon, vaan myös molekyylitason mekanismeja kehittymistä ja etenemistä eturauhassyövän [7] – [10]. Esimerkiksi

SRY

, sukupuoli määritetään geeni Y-kromosomi, säätyy alas tässä syöpä ja on negatiivinen säätelijä androgeenireseptorin [11].

SRY

geeni näyttää siis olevan ehdokas osallisuudesta oncogenesis eturauhassyövän [12].

Y-kromosomi on erityinen geneettiset ominaisuudet, jotka sisältävät puuttuminen rekombinaation suurimman osan pituuttaan ja haploid tila. DNA-sekvenssi ei-yhdistimeen alueelle Y kromosomi sisältää siksi kirjaa vain mutaation tapahtumista menneisyydessä. Tämän seurauksena haplotyyppien valmistettu Y-kromosomi-alleelien on onnistuneesti käytetty tutkimaan isän suvusta [13] – [16], ja erottaa väestöryhmät [17] – [20]. Lisäksi kaikki mutaatio altistavia tai suojaavat, eturauhassyöpä makaavat vakiintunut fylogenia, jotta binary markkereita, jotka määrittävät suvusta voidaan myös käyttää assosiaatiotutkimuksilla. Lisäksi, koska Y-kromosomi suvusta (esim haplogroups) ovat erittäin kerrostunut keskuudessa väestössä, niin haplogroup assosiaatio on todennäköisesti asujaimisto- erityinen samoin.

Mielenkiintoista, viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että tietyt Y -chromosomal suvusta liittyi eturauhassyövän riskiä Japanin väestöstä [12], [21]. Tällaisia ​​päätelmiä olisi monistaa itsenäinen väestönäyte jos asianomaiset suvusta ovat yhteisiä. Tulosten perusteella aiempien väestötutkimuksissa, japanilaiset näyttävät olevan lähempänä geneettinen suhde korealaisille kuin muihin Aasian populaatiot [20], [22], [23], joten Korean väestö on erityisen sopiva testata saman korrelaatio.

Tässä tutkimuksessa olemme siksi tutkineet yhdistyksen välillä Y-kromosomi haplogroups ja alttiuden eturauhassyövän Korean väestö tutkimalla 106 eturauhassyövän tapauksista ja 110 käyttäviin 14 Y-kromosomi binääri merkitsijä.

tulokset ja keskustelu

Havaitsimme yksitoista erilaista Y-kromosomi suvusta määrittelemän neljätoista binary merkkiaineiden syöpätapauksista ja valvonnan näytteitä, joista useimmat ovat odotetut hallitseva haplogroups itä-Aasiassa. Frekvenssijakaumat neljäntoista binääri merkitsijä ja vastaavat Y-kromosomi haplogroups luetellaan kuviossa 1. Korean väestö kartoitettu tässä on ominaista tiheä haplogroup O-M175 (ja sen sublineages) molemmissa ryhmissä eturauhassyövän potilailla (84,0% ) ja normaalit kontrollit (76,3%) (kuvio 1 ja taulukko 1). Tämä tulos on yhdenmukainen aikaisempien raporttien kanssa, jotka osoittavat, että suurin osa Aasian väestön yhteinen geneettinen piirre korkeita taajuuksia Haploryhmä O-M175-johdettu kromosomit [20], [24], [25]. Jakauma Y-kromosomin taajuuksien tutkittu tässä oli myös yhtäpitävä aiempien tulosten Korean tutkimuksista [20], [25].

Y-kromosomi haploryhmä jakelu eturauhassyövässä tapausten ja kontrollien Korean väestöstä. Parsimonious puu päällä näkyy evolutionistisestä viidentoista haplogroups. Nimikkeistön on mukaan Y-kromosomi Consortium [37].

aProstate syöpä;

BNORMAL valvonta; Tarkka

P

arvo = 0,44225 ± 0,02442

Ei tilastollisesti merkitsevää eroa (p 0,05) jakelu Y-kromosomi haplogroup frekvenssi välillä havaittiin tapauksessa ja ohjaus ryhmät (kuvio 1). Me nimenomaan tutkia uudelleen jo aiemmin julkistettuja yhdistysten löytyy Japanin väestöstä Korean näytteissä. Paracchini et ai. [12] kertoi, että haplogroup O-M122-johdettu suvusta (O3 niiden paperi) liittyivät tilastollisesti merkitsevä alttius eturauhassyövän heidän Japani näytteessä. Emme löytäneet mitään merkittävää yhteyttä eturauhassyövän riskiä meidän näytteitä Haploryhmä O-M122-johdettu suvusta (OR 1,16 (0,68-1,97), p = 0,60; taulukko 1), vaikka nämä suvusta ovat yleisempiä Korean väestön kuin Japanin [12], [20], [25]. Kumpikaan ositella iän ( 65) eikä sairauden vakavuudesta (käyttäen kriteereinä Paracchini ym. [12]) johti merkittävään yhdistyksen (OR 1,50 (0,64-3,50), p = 0,35; OR 1,09 (0,59-2,02 ), p = 0,77, vastaavasti; taulukko 2). EWIS et ai. [21] havaitsivat, että haplogroup D /E-YAP oli merkitsevästi yliedustettuna niiden eturauhassyöpä potilaiden ja Haploryhmä O-SRY (mukaan lukien alalinjasta O-47Z, O2b * ja O2b1 vastaavasti niiden paperi) oli merkittävästi aliedustettuina. Puuttuminen haplogroup D /E-YAP meidän Korean näytteestä (0%) oli mahdotonta arvioida välinen vastaavuus linjaa ja syöpätapauksista (kuvio 1). Voimme kuitenkin arvioida suojaava vaikutus O-SRY linjaa. Korean näyte, ei ole suojaavaa vaikutusta ei havaittu (OR 1,05 (0,58-1,92), p = 0,87; taulukko 1). Nämä erot voivat heijastaa väärä positiivinen yhdistysten aiemmissa tutkimuksissa, tai geneettisen alttiuden ilmaisema Japani elävät erilaisessa ympäristössä: potilaat tutkittiin Paracchini et al. [12], esimerkiksi, olivat Yhdysvalloista. Kuitenkin vaikutukset eivät näytä olevan yleinen piirre Aasian väestön, koska niitä ei havaittu omassa lisänäytteellä Koreasta. On edelleen toivottavaa tutkia toinen väestö jossa suvusta ovat yhteisiä.

Jakelu haplogroup O-M122-johdettu suvusta verrattuna kaikkiin muihin suvusta yhdistää Korean eturauhassyöpäpotilaille kartoitettu tässä

Viimeaikaiset tutkimukset Aasiasta (esim, Japani, Singapore ja Korea) ovat osoittaneet yleinen trendi nouseva esiintyvyys eturauhassyövän, vaikka esiintyvyys on vielä alempi Aasiassa kuin länsimaissa [26]. Näyttävät ja Cheng [27] totesi, että ikääntymiseen oikaistu kuolleisuus per 100000 henkilötyövuotta oikaistaan ​​maailmanlaajuinen standardi, vaihteli 50% Thaimaassa 260% Koreassa. Muuttuvat väestörakenne eturauhassyövän Aasiassa voidaan selittää ympäristötekijöillä. Monissa Aasian maissa voidaan menettää suojaavan ruokailutottumuksiin ja hankkimalla riskialttiita hyväksymällä westernized elintapoja [27]. Siten lisätutkimukset muiden monipuolinen näytteitä voidaan vaatia arvioimaan yhteisiä toimia geneettisten ja ympäristötekijöiden tekijät parempi ymmärrys oncogenesis eturauhassyövän.

Methods

Potilaille ja valvonta

Analysoimme yhteensä 106 Korean eturauhassyöpäpotilaalla, jotka rekrytoitiin tutkimukseen alkaen urologian osastolla Eulji yliopiston lääketieteellisessä Soulissa ja Daejeon, Korea. Histologinen luokittelu eturauhassyövän määritettiin mukaan Maailman terveysjärjestön (WHO) suositus ja Gleason kuvio. Eturauhassyöpä kudosnäytteiden kaikki potilaat kerättiin jäädytetyistä näytteistä. Lisäksi yhteensä 110 Korean miehiä, jotka oli diagnosoitu vapaaksi eturauhassyövän jonka Eulji yliopiston sairaalan Soulissa ja Daejeon, Korea otettiin palvelukseen normaalia valvontaa. Nämä aiheet valittiin sattumanvaraisesti (ja siten todennäköisesti etuyhteydettömille) samalta maantieteelliseltä alueelta kuin tapaukset. Tutkimus hyväksyi eettinen komitea Eulji Medical Center of Eulji yliopiston lääketieteellisessä Soulissa, ja suostumus saatiin kaikilta osapuolilta.

DNA: t valmistettiin eturauhassyövän yksilöitä potilaiden ja kokoveren kontrollinäyttein standardimenetelmien mukaisesti [28].

genotyypin

Neljätoista Y-kromosomi binääri merkitsijä valittiin genotyypin kaikkien yksilöiden otokseen: YAP [29], M7, M9 [30], RPS4Y

711 [31], SRY

+465, DXYS5Y [32], P31 [33], M95, M119, M122, M134, M175, M214 [16], LINE1 [34]. Kaikki tiedetään olevan polymorfinen Itä-Aasiassa. Y

Alu

lisäys (YAP), RPS4Y

711 (C T korvaaminen), M9 (CG korvaaminen), M175 (-5 bp), M95 (C T korvaaminen), SRY

+465 (C T korvaaminen), DXYS5Y (G C korvaaminen), ja LINE1 pistokohdat kirjoitettu käyttäen aikaisemmin kuvattua protokollaa [20].

M7 (CG korvaaminen), M134 (-1 bp), M214 (T C korvaaminen), M119 (A-C korvaaminen), P31 (T C korvaaminen), ja M122 (T-C korvaaminen) merkkiaineiden monistettiin käyttäen seuraavia alukesarjoja ja muutokset ilmoittamat Hammer et ai. [33] ja salainen et al. [16], [30]: M7, 5′-CTTGACCAATGCCTTGCAAA-3 ’ja 5′-CAGCCTTGTGATCCAATTA-3′; M134, 5’-AATCATCAAACCCAGAAGGG-3 ’ja 5′-CCTTGTTAGCTAATTTTGAGC-3′; M214, 5’-TGCTGATACAACACACTGGA-3 ’ja 5′-AGCCATGGAAATGCCACTTCAC-3′; M119, 5’-GTTATGGGTTATTCCAATTCAGC-3 ’ja 5′-GAATGCTTATGAATTTCCCAGA-3′; P31, 5’-TAAGGCTGCGTGTTCCCTAT-3 ’ja 5′-ATATCGTGCCATTGCACACC-3′; M122, 5’-CAGCGAATTAGATTTTCTTGC-3 ’ja 5′-TGGTAAACTCTACTTAGTTGCCTTT-3’. Kukin PCR-reaktio suoritettiin kokonaistilavuudessa 25 ui, joka sisälsi 25 ng genomista DNA: ta, kaksikymmentäkaksi kutakin aluketta, 0,2 mM dNTP: itä, 2,0 mM MgCI

2, 50 mM KCI, 10 mM Tris-HCl (pH 8,3), ja 1,5 U Vahvistin

Taq

DNA-polymeraasia (Perkin-Elmer, Foster, CA, USA). PCR-syklien varten M7 markkerin käytetään ensimmäisen denaturaatiovaiheen 94 ° C: ssa 5 min, ja sitten 35 sykliä 94 ° C: ssa 45 sekuntia, 54 ° C 45 sekuntia, 72 ° C 1 min, ja viimeinen pidennys 72 ° C: ssa 3 min. Pyöräily edellytykset M134 markkerin käytetään ensimmäisen denaturaatiovaiheen 94 ° C: ssa 5 min, ja sitten 35 sykliä 94 ° C: ssa 45 sekuntia, 55 ° C 45 sekuntia, 72 ° C 1 min ja lopullinen laajennus 72 ° C: ssa 3 min. Pyöräily edellytykset M214 markkerin käytetään ensimmäisen denaturaatiovaiheen 94 ° C: ssa 5 min, ja sitten 35 sykliä 94 ° C: ssa 45 sekuntia, 53 ° C 45 sekuntia, 72 ° C 1 min ja lopullinen laajennus 72 ° C: ssa 3 min. Pyöräily olosuhteet M119 olivat 94 ° C: ssa 5 min, ja sitten 35 sykliä 94 ° C: ssa 45 sekuntia, 56 ° C 45 sekuntia, 72 ° C 45 sekuntia, ja lopullinen pidennys 72 ° C: ssa 5 min . P31 monistettiin PCR-olosuhteissa 95 ° C 5 min, ja sitten 35 sykliä 94 ° C 30 sekuntia, 56 ° C 30 sekuntia, 72 ° C 45 sekuntia, ja lopullinen pidennys 72 ° C: ssa 2 min. Pyöräily olosuhteet M122 markkeri oli 94 ° C: ssa 5 min, ja sitten 35 sykliä 94 ° C 1 min, 54 ° C 1 min, 72 ° C 1 min, ja viimeinen pidentäminen 72 ° C: ssa 2 min. PCR-tuotteet M122 pilkottiin

Hsp

92II-entsyymiä (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) ja fraktioitiin 2% agaroosigeelillä. Mutaatiot M7, M119, M134, M214 ja P31 markkereita havaittiin PCR-SSCP-menetelmällä sen jälkeen, kun PCR-monistuksen kuvanneet Kutach et al. [35]. Juovakuviot niiden alleelien arvioitiin 10% natiivi PAGE geelillä ajaa 10 ° C: kylmähuoneessa ja visualisoitiin hopeavärjäyksellä kuten muualla on kuvattu [36].

Y-kromosomi binary haplogroups kaikille näytteille eturauhassyövän tapausten ja kontrollien määriteltiin analysoimalla kaikkien 14 binary polymorfismit. Nimikkeistön haplogroups seurasi, että Y-kromosomi konsortio (YCC) [37].

Data analysoidaan

Y haplogroup frekvenssi laskettiin laskien havaittu fenotyyppien. Testaamiseksi merkittävän populaation erotella eturauhasen syöpä tapauksia ja kontrolliryhmää, käytimme khiin neliö testi ja Fisherin tarkkaa testiä toteutetaan Arlequin paketin versio 2.0 [38]. Merkitsevyystaso Testin levitettiin todennäköisyydellä 0,05 cutoff pisteen. Lisäksi testi osuuden ja kertoimet suhdeluvut (OR), jossa 95%: n luottamusväli (CI) laskettiin myös (https://home.clara.net/sisa/).

Kiitokset

Haluamme kiittää kaikkia vapaaehtoisia tarjota DNA-näytteiden tehdä tätä tutkimusta mahdollista. Erityinen kiitos kaikille urologien ja patologeja Eulji Medical Center of Eulji yliopiston sairaalaan.