Krooninen sairaus

tiivistelmä

Johdanto

monistaminen fibroblastikasvutekijäreseptori 1 (FGFR1) geeni on kuvattu kasvaimia ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) saaneilla potilailla. Ennen raportit osoittivat ristiriitaiset hinnat vahvistus taajuuden ja kliinistä merkitystä.

Materiaalit ja menetelmät

Olemme kehittäneet luotettavan reaaliaikaisen kvantitatiivinen PCR-määrityksen arvioida taajuus FGFR1 vahvistusta ja arvioinut optimaalinen sulku taso monistus- kliiniseen käyttöön.

tulokset

Kun koulutus kohortin 203 NSCLCs perustimme että 3,5-kertainen vahvistus optimaalisesti jaettu potilaita, joilla on eri eloonjäämisluvut selkeä kynnystason. Ne, joilla on FGFR1 vahvistus tasoilla yli 3,5-kertainen oli huonompi selviytyminen. Nämä tiedot vahvistettiin validointi kohortin 142 NSCLC. Säätämisen jälkeen ikä, sukupuoli, potilaan toimintakyvystä, vaihe, ja histologia, potilailla, joilla on FGFR1 vahvistus tasoilla yli 3,5 kertainen oli riskisuhde 2,91 (95% Cl 1,14, 7,41, p-arvo-0,025) kuolemalle validointi kohortissa. Määrien FGFR1 monistus käyttäen cutoff taso 3,5 oli 5,1% vuonna levyepiteelisyöpä ja 4,1% adenokarsinooman. Oli ei-merkitsevä suuntaus kohti korkeampia monistukset hintojamme runsaasti tupakoivat ( 15 pack-vuoden savukkeiden kulutusta) verrattuna valon tupakoitsijoille.

Keskustelu

Tuloksemme viittaavat siihen, että 3,5 kertainen monistaminen FGFR1 on kliinistä merkitystä NSCLC. Meidän cutpoint analyysi osoitti selkeästi kynnys vaikutus vaikutusta FGFR1 vahvistus potilaiden selviytymisen, jota voidaan käyttää aluksi opas potilasvalintaa tutkimuksissa tehon arvioimi- novel FGFR estäjiä.

Citation: Gadgeel SM, Chen W, Cote ML, Bollig-Fischer A, Land S, Schwartz AG, et al. (2013) fibroblastikasvutekijäreseptori 1 Amplification Non-pienisoluinen keuhkosyöpä kvantitatiivisen Real-Time PCR. PLoS ONE 8 (11): e79820. doi: 10,1371 /journal.pone.0079820

Editor A R M Ruhul Amin, Winship Cancer Institute of Emory University, Yhdysvallat

vastaanotettu: 30 kesäkuu 2013; Hyväksytty: 03 lokakuu 2013; Julkaistu: 08 marraskuu 2013

Copyright: © 2013 Gadgeel et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: tukemana Department of Defense myöntää W81XWH-11-1-0050. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistelua käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

paradigman muutos hallinnassa ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) potilailla on ollut tunnistaminen terapeuttisesti käytännöllisiä ”kuljettajan geneettiset muutokset [1]. Näiden lukumäärää geneettisiä muutoksia kasvaa tasaisesti [2]. Kuitenkin useimmat muutoksia on havaittu adenokarsinoomat keuhkoissa. Näin ollen, terapeuttista vaikutusta tämän paradigman muutos on ollut vähäistä potilailla, joilla on okasolusyöpä keuhkojen.

Äskettäin monistus fibroblastikasvutekijäreseptori 1 (FGFR1) geeni on kuvattu onkogeenisen muutoksen alaryhmään okasolusyöpää [3,4]. FGFR1 kuuluu FGFR perheen reseptoreita ja on mukana tulehdus, haavan paranemista ja alkionkehityksen. Koska FGFR perheen reseptorien näyttää olevan rooli monissa syövissä, useita estäjiä FGFR kehitetään [5]. Yksittäinen tapaus raportissa on todettu, että FGFR estäjä BGJ398 olisi osoittanut, osittainen vaste potilaalla, jolla okasolusyöpä keuhkosyöpä joiden kasvain monistettiin varten FGFR1 [6].

Olennaista terapeuttiseen kohdentamiseen geneettisiä muutoksia keuhkoissa syöpä on nopea, erityinen ja tarkka tunnistaminen muutoksia potilaiden näytteistä. Monet tutkijat ovat käyttäneet fluoresoivia in situ -hybridisaatio (FISH) havaitsemiseksi FGFR1 vahvistus [7-11]. Määritelmä FGFR1 vahvistus on vaihdellut joukossa erilaisia ​​raportteja. Lisäksi FISH-analyysi on työlästä, teknisesti monimutkainen, ja lukija riippuvainen. Nämä ominaisuudet rajoittavat kliininen sovellettavuus. Olemme kehittäneet kvantitatiivisen reaaliaikaisen PCR-testi, joka on helpompi suorittaa ja vahvana sen tulkinnan, arvioida NSCLCs varten FGFR1 vahvistusta ja arvioi kliinisiä piirteitä sekä varoituksia merkitystä tämän geneettisen muutos. Perimmäisenä tavoitteena on pystyä tunnistamaan NSCLC potilaat, joka voi saada kliinistä hyötyä FGFR1 estäjiä käytetään tätä PCR-pohjainen testi.

Potilaat ja menetelmät

Näytteenotto ja tulosten tietojen

kokoelma biospecimens ja tulosten tiedot noudatetaan Helsingin julistuksen ja hyväksyivät Wayne State University School of Medicine Institutional Review Board. Kasvain materiaaleja käytetään tässä tutkimuksessa olivat potilaat, jotka kunhan kirjallinen lupa. Pakastemarjat kasvain näytteet kerättiin takautuvasti potilailta, joille tehtiin kirurginen resektio varten on todettu tai epäilty keuhkosyöpä. Kaikki potilaat, jotka olivat ehdolla resektioleikkaukselle niiden keuhkosyöpään, joko biopsian tai epäillään, oli suostunut näytteen keräämistä. Vain potilaat, joiden kasvaimet varmistettiin olevan NSCLC kuuluivat tähän analyysiin. Näytteitä potilaista, joilla on lopullinen diagnoosi pienisoluinen karsinooma (n = 16) tai pienisoluinen osa NSCLC (N = 2), karsinoidituumorit (N = 6), tai mesoteliooma (N = 3) suljettiin pois. Näytteet pidettiin pakastettuna -80 ° C: ssa erissä noin 0,1 g. Näytteen hankintamenettelyjä kehitettiin vähentämään resektio pakastamista aikaväli alle 30 min. Laatu uutettu analyyttien varmistettiin suorittamalla eheyden analyysi. Yleinen hankinta aikana vaihteli 1985 2001 Formaliinifiksoidusta ja parafinoidut näytteet tarkastunut diagnoosin ja määrittää kasvainsolun sisältöä. Näytteet yksilöidä laboratoriossa numerot sallittu ristiinvertailun kliinisiä tietoja kasvain rekisteristä ja kaavio tarkastelu paljastamatta potilaan henkilöllisyyden. Väestörakenteen ja kliinisiin tuloksiin kerättyjä sisältyi syntymäaika, diagnoosi (määritelty kuluessa ensimmäisestä patologisen tarkastus maligniteetin), kirurginen resektio (sama päivä kuin näytteen hankinta), ja viimeisimmän seurannan tai kuoleman; sukupuoli, rotu, kasvainhistologiaa, patologinen ja kliininen kasvain vaiheessa (versio 6), potilaan toimintakyvystä, laihtuminen (määritelty 5% 3 kuukauden aikana etenee leikkausta), ja itse ilmoitettu tupakointitavoista (määritelty elämän ajan ei koskaan tupakoitsija niille, jotka oli polttanut 100 savuketta, entinen tupakoitsija niille, jotka olivat lopettaa tupakoinnin enemmän kuin yksi vuosi, ja tupakoitsija kaikille muille). Yksi potilaista sisällytetty tähän analyysiin oli ennen leikkausta kemoterapiaa ja säteily ja yhdellä oli ennen leikkausta säteilyä. Yhdelläkään potilaalla ei ollut adjuvanttihoito. Standardoitu protokolla potilaiden seurantaa arviointi ei ole määritetty.

Näytteet jaettiin koulutus- ja ei-päällekkäistä validointi kohortti. Yksityiskohdat validointi kohortin aiemmin raportoitu [12].

DNA: n eristys ja kvantitatiivinen PCR-analyysillä

Näytteet (~ 100 mg) jauhettiin erillinen, steriloitu, ja jäädytetty laastin ja pestles . DNA eristettiin käyttäen hartsipohjaista tai fenoli-pohjainen uuttotekniikat, ja näytteet eriin ja säilytetään jäähdytettynä. DNA määrä ja laatu arvioitiin käyttämällä Quantifiler

® ihmisen DNA: n kvantifiointiin Kit (Life Technologies, Carlsbad, CA), lähestymistapa määrällisesti monistettavissa DNA läsnä näytteessä käyttäen reaaliaikaista PCR TaqMan

® määritys, että tavoitteet 62 emäsparin sekvenssin ihmisen telomeraasin geenin. Standardikäyrä tunnettua DNA-pitoisuudet analysoitiin myös vertailun ja määrän kutakin DNA-näytettä. Reaaliaikaista loisteputki TaqMan

® reaktiota kuvanneet Hied, et ai, vetoaa hybridisaatiokoettimen leimattu kaksi erillistä väriaineet, reportteri väriaine (FAM) ja ei-fluoresoiva vaimenninväri [13]. Kun koetin on ehjä ja ei jatketa, fluoresoiva emissio reportteriväristä imeytyy vaimentaa väriainetta. Kun koetin on erityisesti hehkutetaan vastaava DNA-kohdesekvenssiin, ojennuksen aikana vaiheen PCR-koetin pilkotaan 5′-3 ’nukleolyyttiset aktiivisuutta DNA-polymeraasia. On koettimen katkaisua, sammuttava väri on vapautunut monimutkainen, minkä seurauksena kasvua reportteriväristä fluoresenssiemissiomittausten spektrien.

Kopioi numero analyysi ihmisen FGFR1 geeni suoritettiin reaaliaikaisella PCR: llä käyttäen kahta itsenäistä TaqMan

® määritykset (Life Technologies, Carlsbad, CA) spesifinen eksonin 15 (luettelonumero Hs02702320; kohdistaminen Chr.8: 38274932 on NCBI rakentaa 37, päällekkäisiä introni 14 – eksoni 15 rajan sisällä kinaasialue alue) ja eksonin 19 (luettelonumero Hs00237051; kohdistaminen Chr.8: 38271828 on NCBI rakentaa 37, päällekkäisiä introni 18 – eksoni 19 rajan sisällä kinaasidomeenisekvenssiin alue). Suhteellinen kvantitointi geenin kopioluvun syöpänäytteissä tehtiin jonka Livak (2

-ΔΔCT) menetelmällä käyttäen CEPH 1347-02 kontrolli-DNA ja RPLPO kuin viite-geenin (luettelonumero 4326314E), niin Life Technologies [14]. Keskimääräinen arvo 3 rinnakkaisnäytteiden laskettiin ja käytettiin geenin monistuksen tasolla.

DNA määritysrajan ja kopioluvun TaqMan

® määritykset suoritettiin ja emissiospektrit kerättyjä tietoja käyttäen Applied Biosystems

® 7900 Real- aika PCR System (Life Technologies).

tilastollinen

optimaalinen FGFR1 vahvistus kynnys erottaa potilailla, joilla on pitkät ja lyhyet yleinen (OS) oli ensimmäinen määritettiin koulutus kohortti ja sitten vahvistettu riippumattoman ja ulkopuolisen validointi kohortti. Ensisijainen päätepiste oli OS, määritellään aikaväli jona diagnoosista kuolema mistä tahansa syystä. Potilaat, jotka olivat elossa tai kadonnut seuranta sensuroitiin ajankohtana viimeksi nähty elossa. Potilaiden kuvauksina lähtötilanteessa raportoitu koulutus- ja validointi ikäryhmät. Johtuen yli asentamisesta kysymys tunnistamisessa tulokseen liittyvä markkeri kynnysarvon, kymmenkertainen rajat validointi sisällä koulutus kohortin käytettiin. Lyhyesti, koulutus kohortti satunnaisesti osioitu 10 osiin. Joka kerta, yksi annos pantiin sivuun ja loput yhdeksän annosta käytettiin tunnistamaan parhaat sulku, joka määritellään se, joka saavutti merkittävimmät log-rank testi yhdistyksen välillä OS ja ryhmämäärittely (monistettu tai vahvistamattoman) joukossa kaikki mahdolliset cutoffs. Tunnistetut Paras sulku käytettiin sitten saamaan ryhmäohjelmointi kullekin potilaiden kesannoinnin osuus, jota ei käytetty määritettäessä sulku. Tämä prosessi toistettiin kullekin 10 osaan, kunnes kaikki potilaat koulutukseen kohortin oli ryhmätehtävänä. Log-rank-testi suoritettiin sitten koko koulutuksen kohortissa. Me toisti tämän prosessin 1000 kertaa saada jakeluun parhaiten cutoffs. Cutoff jolla on suurin taajuus oli viimeinen sulku, joka testattiin validointi kohortissa.

log-rank-testiä käytettiin vahvistaa cutoff validoinnissa kohortissa. Monimuuttujafunktiokehitettiin Cox mallia käytettiin arvioitaessa itsenäisen ennustetekijöiden roolia FGFR1 vahvistus ikä-, sukupuoli, suorituskyky (PS), vaihe ja histologinen alatyyppi. PS puuttui 10% validointitiedot, mikä vähentäisi näytteen kokoa ja voimaa jos päätökseen vasta havaintoja analysoitiin. Koska uskomme, että PS on täysin puuttuu satunnaisesti tässä kliinisessä asettaa, me muutettiin useita imputointia menetelmä ehdotti alunperin Rubin ja toteuttanut sitä Coxin mallin validointitiedot (15,16). Lyhyesti, me vain laskennallisia puuttuvat arvot kaksi kertaa (M = 2). Yksi kaikkien puuttuvat PS laskennalliset 0, ja toinen kaikki puuttuvat PS laskennalliset 0, ainoa valinta kahtia PS. Tämä malli vapaa useita syyksi lähestymistapa sopii meidän tarpeisiin arvioida vaikutusta Nokian muuttuviin kohteisiin, vahvistetun tai vahvistamattoman FGFR1, äärimmäisissä olosuhteen kovariantteja. Arvioitu keskivirhe saadaan Rubinin kaava [15,16]. Kaikki

p

-arvot olivat 2-puolinen kanssa merkitsevyystasolla 0,05. Kaikki laskelmat suoritettiin R version 2.14.0 [17]

Tulokset

Kliinisten tekijöiden koulutus ja validointi kohortteja

DNA riittävän määrän ja laadun saatiin 347 kasvain yksilöt potilaalla on NSCLC. OS tiedot olivat saatavilla 345 potilasta, joiden lähtötilanteen ominaisuudet on lueteltu taulukossa 1. mediaani-ikä oli 66 vuotta, 66% oli miehiä, ja mediaani savukkeiden kulutusta oli 50 pack-vuotiaat (PY). Suurin osa (66%) potilaista oli vaiheen I sairaus, ja adenokarsinoomat (49%) ja okasolusyöpää (39%) olivat merkittäviä histologiset ryhmiin. Perustaso ominaisuudet koulutus ja validointi ikäluokat olivat samanlaisia, vaikka validointi kohortti oli enemmän kuin valkoiset (p 0,001), huonompi PS (p 0,001) ja hieman suurempi mediaani pakkaus-vuotta tupakoinnin (p = 0,033) verrattuna koulutuksen kohortti.

Variable

Training kohortti

Validation kohortti

P-arvo

*

(n = 203) (n = 142) Ikä mediaani (vaihteluväli) 66,2 (35,0-83,8 ) 65,2 (25,8-81,9) 0.144Sex Mies 133 (66%) 93 (65%) 1,000 Female70 (34%) 49 (35%) Race White197 (97%) 125 (88%) 0,001 Afrikkalainen American3 (1% ) 15 (11%) Other3 (1%) 2 (1%) Histologia Adenocarcinoma98 (48%) 71 (50%) 0,108 Squamous79 (39%) 57 (40%) Suuri cell15 (7%) 13 (9%) Other11 (5%) 1 (1%) Vaihe IA56 (28%) 42 (30%) 0,857 IB83 (41%) 48 (34%) IIA7 (3%) 6 (4%) IIB32 (16%) 27 (19% ) IIIA16 (8%) 12 (8%) IIIb2 (1%), 3 (2%) IV6 (3%), 4 (3%) Performance status 0147 (72%) 29 (20%) 0,001 144 (22% ) 79 (56%) 21 ( 1%) 20 (14%) Puuttuu Data11 (5%), 14 (10%) Weight Loss Absent162 (80%) 117 (82%) 0,049 Present28 (14%) 9 (6 %) Puuttuva Data13 (6%) 16 (11%) Tupakointi History0.247

** Ei koskaan smoker10 (5%) 11 (8%) Light tupakoitsija ( 15 PY) 13 (6%) 3 (2% ) Tupakoin ( 15 PY) 163 (80%) 106 (75%) Puuttuva Data16 (8%) 22 (15%) Taulukko 1. Potilaiden ominaisuudet.

* Fisherin testiä kategorisen muuttujien ja Wilcoxonin rank sum testi jatkuvien muuttujien ikä ja pakkaus-vuotta. ** Fisherin testiä välillä koskaan ja koskaan tupakoitsijoita. CSV Lataa CSV

Concordance välillä kopioluvun vaihtelut (CNV) eksonin 15 ja eksonin 19 FGFR1 geenin

ensimmäinen arvioitiin vastaavuutta välillä eksonissa 15 ja eksonin 19 CNV varten FGFR1 geeni käyttämällä äskettäin kehitetty reaaliaikainen PCR-määrityksen koulutuksessa kohortissa 203 NSCLC potilaiden. Eksoni 15 CNVs vaihteli 0,58-14,32, eksonin 19 CNVs vaihteli 0,44-12,89, ja ne korreloivat voimakkaasti (Spearmanin r = 0,918, p 0,001) (kuvio 1).

Optimal cut-pisteen määritys koulutuksessa kohortin

jälkeen määritetään taso eksonin 15 CNV joka tuotti optimaalinen erottelu potilaiden koulutukseen kohortin ryhmiin, joissa lyhyen ja pitkän OS. Käyttämällä CNV kynnys 3,50 johti paras erottelu, 191 potilasta, joilla on tasot alle 3,50 ja 12 (5,9%) potilaalla on suurempi kuin 3,50. Potilaat, joilla on korkea CNV oli merkitsevästi suurempi kuoleman todennäköisyyttä verrattuna niihin, joilla CNVs kynnyksen alapuolella (HR = 2,19, 95% CI: 1,02, 4,75;

p

= 0,045; Kuva 2). Suhdannekierroksen kovariaatit ikä, sukupuoli, potilaan toimintakyvystä, vaihe, ja histologia tuotti saman cutpoint 3,50 (kuva 2).

Tulokset validoinnissa kohortin

vahvistavat OS vaikutus CNV kynnyksen 3,50, olemme analysoineet validointi kohortin 142 potilasta (eksoni 15 CNV välillä 0,69-46,54). Viidellä potilaalla (3,5%) oli korkea, ja 137 oli alhainen. Suoritimme monimuuttuja Coxin regressioanalyysi säätämällä samoista kovariaatit ja pystyivät vahvistamaan, että potilailla, joilla on korkea CNVs ja riskisuhde kuolemalle 2,91 (95% CI: 1,14, 7,41;

p

= 0,025; taulukko 2). Kaplan-Meier eloonjäämisennusteet osoitti enää OS potilaille, joilla on alhainen CNVs verrattuna korkea CNVs (

p

= 0,0398; kuva 3).

Variable

riskisuhde (95% CI)

p

-Arvo

FGFR1 CNV arvo 3,50 (n = 137) Reference0.025 3,50 (n = 5) 2,91 (1,14-7,41) Vaihe I (n = 90) Reference0. 005 I (n = 52) 1,90 (1,22-2,96) ikä (kuten jatkuva muuttuja) 1,01 (0,99-1,03) 0.35Sex Mies (n = 93) Reference0.11 Nainen (n = 49) 0,68 (0,42-1,09) Performance status 0 (n = 29) Reference0.15 0 (n = 113) 1,57 (0,86-2,88) Histologia adenokarsinooma (n = 71) Viite Squamous (n = 57) 1,08 (0,69-1,68) 0,75 Suuri solu (n = 13) 1,16 (0,51-2,62) 0,73 Muut (n = 1) NANATable 2. monimuuttujamenetelmät Cox mallin validointi kohortin (N = 142).

CSV Lataa CSV

Taajuus ja ominaisuudet potilailla, joiden FGFR1 vahvistus

sitten yhdistetään koulutusta ja validointi kohortteja ja analysoitiin määrä potilaita, joilla FGFR1 vahvistus (määritellään CNV 3,50) alkutilanteessa ominaisuudet (taulukko 3). Kokonaisosuus FGFR1 monistukset oli 4,9% (17/345). FGFR1 vahvistus oli yleisempää miehillä (7%) verrattuna naisiin (2%),

p

= 0,064. Ei ollut merkittävää eroa määrä FGFR1 vahvistus välillä adenokarsinoomat (4,1%) ja okasolusyöpää (5,1%). Emme löytäneet tilastollisesti merkitsevä ero FGFR1 vahvistusta välillä kasvaimia sairastavien potilaiden ”kevyt” ( 15 PY) ja ”raskas” (≥ 15 PY) tupakoinnin historia (3% vs. 6%), vaikka oli suuntauksena korkeampi keskuudessa ”raskas” tupakoitsijoita. Potilaiden määrä, jotka olivat elämän ajan tupakoimattomia verrattuna koskaan tupakoitsijoita kanssa tai ilman FGFR1 vahvistusta oli liian alhainen tilastollisesti mielekästä vertailua.

Variable

FGFR1 CNV 3,50

FGFR1 CNV 3,50

p

-Arvo

*

Sex Male15 (7%) 211 (93%) 0,06 Female2 (2%) 117 (98%) Kilpailu White17 (5%) 305 (95% ) 1 Afrikkalainen American0 (0%) 18 (100%) Other0 (0%) 5 (100%) Tupakointi History 15 PY1 (3%) 36 (97%) 0,74 15 PY15 (6%) 255 (94 %) puuttuu Data1 (3%) 37 (97%) Histologia Adenocarcinoma7 (4%) 162 (96%) 0,04 Squamous7 (5%) 129 (95%) Suuri cell0 (0%) 28 (100%) Other3 (25% ) 9 (75%) Vaihe I 9 (4%) 220 (96%) 0,29 I8 (7%) 108 (93%) Performance status 09 (5%) 167 (95%) 0,59 06 (4% ) 138 (96%) Puuttuva Data2 (8%) 23 (92%) Taulukko 3. jakautuminen FGFR1 vahvistus kaikilla potilailla (n = 345).

* Fisherin testiä CSV Lataa CSV

keskustelu

kyky tunnistaa ja kohdistaa onkogeeninen muutoksia NSCLCs on ollut merkittävä edistysaskel potilaiden hoitoon. Tärkeä näkökohta kääntäminen näiden molekyylien muutokset kliiniseen käytäntöön on kehittää määrityksiä, joka voi nopeasti ja luotettavasti tunnistaa tiettyjä poikkeamia kliinisistä näytteistä. Tuloksemme viittaavat siihen, että kvantitatiivisen tosiaikaisen PCR kehitetty voi tunnistaa kasvaimia, joilla on kliinisesti merkittävä FGFR1 vahvistusta.

FGFR signalointi aktivoidaan monissa syövissä kuten suun levyepiteelisyöpä, munasarja-, virtsarakko-, ja rintasyöpiä [5,18 -22]. Weiss, et ai. oli ensimmäisten joukossa ilmoittaa, että kromosomi 8p12 segmenttiin, joka sisältää FGFR1 geeni, monistetaan 9,7% okasolusyöpää keuhkojen [3]. Lisäksi kirjoittajat raportoitu, että potilailla, joilla on kasvaimen FGFR1 vahvistus yleensä on huonompi selviytyminen, vaikkakin ei-merkitsevä. Heidän analyysinsa mukana 77 adenokarsinoomia, ja he löysivät FGFR1 vahvistus vain 1%: lla potilaista. He myös analysoi riippumaton sarja 153 okasolusyöpää hyödyntäen 8p12-erityisiä FISH koetin ja havaittujen FGFR1 vahvistusta (määritelty 9 kappaletta määrittelemätön osa solua) 22%: lla potilaista. Dutt et ai. arvioinut 8p11-12 segmenttien yli 600 keuhkosyövässä hyödyntämällä SNP array tekniikka ja löysi se monistetaan (määritelty 3.25 kopioluvun vaihtelu) 6%: NSCLCs, 21% (12/57) in levyepiteelisyöpä ja 3,4% (20/588 ) in adenokarsinoomat [4]. Lisäksi ne osoittavat, että lisääntymistä NSCLC solulinjojen vahvistus näytti olevan riippuvainen FGFR1 reitin aktivoinnin.

Useat muut tutkijat ovat tutkineet kliiniset näytteet NSCLCs esiintymisen FGFR1 monistuksen FISH [7-11]. On huomattava vaihtelu määrittelyssä positiivisen tuloksen näissä raporteissa. Kuitenkin kaikki raportoitu huomattavasti parempi in okasolusyöpää verrattuna adenokarsinoomia. Jotkut raportit löydetty korkeampia miehillä verrattuna naisiin, ja jotkut raportit löytyi FGFR1 vahvistus ennustetekijöiden huonompi selviytyminen [8,9]. Tiedot koskevat ennustetekijöiden vaikutuksista FGFR1 vahvistus vaihtelee eri tutkimuksissa; joidenkin tutkimusten osoittavat elinajan [3,7] ja muut osoittaa eroa tuloksiin [8].

vaihtelevuus FGFR1 vahvistusta hinnat määritetty FISH liittyy eroihin määritelmään positiivisen tuloksen ja tulkinta. Esimerkiksi analyysi 420 keuhkosyövässä, ryhmä tutkijoita Saksasta määritteli kasvain kuin hyvin monistettiin jos FGFR1 /centromere suhde oli ≥ 2,0, keskimäärin FGFR1 signaaleja kohti kasvainsolujen tuma ≥6, tai jos suuria klusterit (≥ 15 FGFR1 signaalit) todettiin ≥ 10% laskettuna ytimien. Näillä kriteereillä, ne ilmoitti FGFR1 vahvistus 16% [11].

FISH-analyysi on työlästä, teknisesti monimutkainen, ja lukija riippuvainen. Kaikki ovat ominaisuuksia, jotka rajoittavat sen kliininen sovellettavuus. Siksi suunniteltu menetelmällä, joka arvioi FGFR1 geenimonistuman reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR, joka on teknisesti yksinkertaisempi, automatisoitu, kvantitatiivinen, ja riippumaton lukijan tulkinnan. Meidän Tutkimus osoitti, että 3,5-kertainen monistamisen FGFR1 geeni ennustetekijöiden huonompi selviytymisen. Lisäksi meidän optimaalinen cutpoint analyysi viittaa siihen, että on olemassa selvä kynnys (Fig. 2) välistä vuorovaikutusta geenimonistus ja selviytymisen; so riskisuhde pysyy noin 1,0 monistamiseen tasoilla alle 3,0-kertaiseksi ja pysyy noin 2,5-kertainen määrä ylittää 3,5-kertaisesti. Tällä cutpoint, nopeus FGFR1 monistetun kasvaimia oli 5,1% vuonna okasolusyöpää. Tämä korko on alhaisempi kuin raportoitu muissa käsikirjoituksia, koska korkeamman cutpoint tasolle. Esimerkiksi oli asetamme cutpoint on 2,0-kertainen vahvistus, 19% (26/136) ja okasolusyöpää olisi ollut positiivinen. Vaikka tämä vahvistus määrä on enemmän sopusoinnussa ennen raportteja, emme halutessaan käyttää tätä tasoa, koska siitä puuttuu ennustetekijöiden kliinistä hyötyä. Mielenkiintoista, The Cancer Genome Atlas Research (TCGA) verkko raportoi äskettäin kattavan analyysin genomista ja epigenomic muutoksiin 178 okasolusyöpää keuhkojen ja totesi, että korko FGFR1 vahvistus oli 7% [23]. Siten tuloksemme ovat samankaltaisia ​​kuin TCGA havaintoja.

ei löytynyt merkittävää eroa määrä FGFR1 vahvistus välillä levyepiteelisyöpä ja adenokarsinoomista kuten aiemmin raportoitu [3,4]. Tämä saattaa selittyä valinta bias, erot teknologioihin ja cutpoint määritelmiä, vaihtelua histologista tulkintaa, tai vaikutus tupakoinnin historiaa. Jotkut raportit ovat ehdottaneet, että määrä FGFR1 vahvistus on tupakoitsijoilla suurempi, ja monistukset saa havaita tupakoimattomia [7]. Havaitsimme suuntaus kohti korkeampaa FGFR1 amplifikaation ”raskas” tupakoitsijat verrattuna ”kevyt” tupakoitsijoita. On mahdollista, että korko FGFR1 vahvistus liittyy tupakointi historiaan, erityisesti pitkäaikainen tupakointi, mikä voi selittää havaitun yhdessä okasolusyöpä, koska se on tämä alatyyppi, joka läheisimmin liittyy savukkeiden kulutusta. Meidän hinta on 4,1% FGFR1 vahvistus vuonna adenokarsinooman on samanlainen määrä vahvistus havaittu muissa julkaisuissa [3,11].

tunnistaminen FGFR mahdollisena ”kuljettajan syövistä on kannustanut kiinnostusta kehittämiseen reittiin estäjiä. Käynnissä tutkimuksissa arvioimme rooli FGFR estäjien kasvaimissa FGFR1 aktivointi, mukaan lukien okasolusyöpä keuhkojen. Äskettäin, Wolf et ai. raportoitu vahvistettu vastaus BGJ398, joka on FGFR estäjä, joka okasolusyöpä potilaalla, joiden kasvain oli FGFR1 /CEP8 suhde 2,6 FISH [6]. Olipa kvantitatiivinen PCR voidaan käyttää ennustamaan vasteet FGFR estäjiä Vielä on selvitettävä, samoin kuin optimaalinen cutpoint ennustaa vastausta. Kuitenkin meidän tiedot viittaavat siihen, että 3,5-kertainen vahvistus on kohtuullinen alustava lähtökohta.

Yhteenvetona olemme kehittäneet kvantitatiivisen tosiaikaisen-PCR-määritys nopeaa ja luotettavaa määrittämistä FGFR1 vahvistus kasvaimen yksilöitä. Tuloksemme viittaavat siihen, että 3,5-kertainen vahvistus on kliinistä merkitystä NSCLC sairastavilla potilailla on korkeampi on lyhyemmät selviytymisen kuin vähemmän tasoja. Taajuus monistukset tämän tason yläpuolelle on 5,1% vuonna okasolusyöpää ja 4,1% adenokarsinooman. Meidän cutpoint analyysi viittaa siihen, että on olemassa selkeä kynnys vaikutus vaikutusta FGFR1 vahvistus potilaiden eloonjäämiseen.

Kiitokset

Tekijät haluavat kiittää potilaille, jotka suostuivat antamaan kasvain materiaalia käytettiin tässä tutkimuksessa.